IFC ve H ve E boyama için Mizuno Takako'nun, doku kesiti için Vanessa Garcia'nın ve el yazması hazırlanmasına yardımcı olduğu için Anika S Chandrasekaran'ın desteğine teşekkür ederiz. Bu çalışma Ulusal Sağlık Enstitüleri (5RO1HL135163-04, PO1HL108793-08) ve Celgene IDEAL Konsorsiyumu tarafından desteklenmektedir.

İnsan akciğer dokusu, ölen doku bağışçılarından, Uluslararası Tıbbın İlerlemesi Enstitüsü (IIAM) tarafından geliştirilen ve Cedars-Sinai Tıp Merkezi İç İnceleme Kurulu tarafından onaylanan rıza prosedürlerine uygun olarak elde edilmiştir.
1. Akciğer hücrelerinin trakeo-bronşiyal veya küçük hava yolu/parankimal (küçük hava yolları ve alveoller) bölgelerinden izolasyonu için doku işleme
<ol><li>Tüm diseksiyon aletlerini, cam eşyaları ve uygun çözeltileri hücre izolasyonundan bir gün önce hazırlayın ve otoklav yapın.</li>
	<li>Akciğer dokusunu aldıktan sonra, proksimal ve distal bölgeleri tanımlayın ve ayırın. Trakea ve bronşlar "proksimal" olarak kabul edilir. Bu protokolün amaçları doğrultusunda, trakea ve ilk 2-3 nesil bronş ekilir ve "proksimal" hava yolu epitelinin izolasyonu için kullanılır. Çapı 2 mm veya daha küçük olan küçük hava yolları ve çevresindeki parankimal doku, bu protokolün amacı doğrultusunda, "distal" akciğer epiteli olarak kabul edilir (Şekil 1A). NOT: İnsan akciğer dokusunun işlenmesini içeren tüm prosedürler, uygun kişisel koruyucu ekipman kullanılarak bir biyogüvenlik kabininde yapılmalıdır.</li>
</ol>2. Distal akciğer dokusundan küçük hava yolu ve alveoler epitelyal progenitör hücrelerin zenginleştirilmesi ve alt ayarlanması
<ol><li>Distal doku hazırlığı<ol>
<li>Distal akciğer dokusunu steril bir Petri kabına (150 x 15 mm) yerleştirin. Zar dokusunu yaklaşık 1cm3 parçaya bölün ve temiz bir 50 mL tüpe yerleştirin.</li>
		<li>Dokuyu soğutulmuş HBSS ile 3 kat yıkayın, kan ve epitel astar sıvısını çıkarmak için her seferinde HBSS yıkamasını atın.</li>
		<li>Mendili yeni bir Petri kabına yerleştirin ve steril tüy önleyici mendillerle kurulayın. Forseps ve makas kullanarak, mümkün olduğunca fazla viseral plevrayı (akciğerin yüzeyini kaplayan hassas şeffaf bir zar) çıkarın.</li>
		<li>Dokuyu yaklaşık 2 mm çapında parçalara ayırmak için makas kullanın. Kıyılmış dokuyu temiz bir Petri kabına aktarın ve steril tek taraflı tıraş bıçağı ile yaklaşık 1 mm boyuta doğrayarak daha da doğrayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Enzim sindirimi NOT: Liberaz stok çözeltisi 5 mg/mL (100x) ve DNaz stoğu 2,5 mg/mL'dir (100x) (Malzeme Tablosu).<ol>
<li>50 mL konik bir tüp içinde steril HBSS'ye 50 μg / mL Liberaz ve 25 μg / mL DNaz ekleyin.</li>
		<li>Yaklaşık 2-3 g kıyılmış dokuyu, Liberaz ve DNaz içeren 25 mL HBSS içeren yeni bir 50 mL konik tüpe aktarın. 900 rpm'de ayarlanmış bir mikser kullanarak sürekli çalkalama ile 37 ° C'de 40-60 dakika boyunca inkübe edin. 30 dakikalık inkübasyondan sonra, küme oluşumunu önlemek ve inkübasyona devam etmek için iğnesiz 30 mL'lik bir şırınga kullanarak sindirilmiş dokuyu tritüre edin. NOT: Enzimlerle kuluçka süresi, dokunun tipine veya durumuna bağlı olarak değişebilir. Örneğin, normal dokunun enzimatik sindirimi yaklaşık 45 dakika sürer. Bununla birlikte, idiyopatik pulmoner fibroz örneklerinden elde edilen fibrotik doku, 60 dakikaya kadar daha uzun bir kuluçka süresi gerektirebilir. Bu nedenle, FACS için çok önemli olan yüzey belirteçlerinin zarar görmesini önlemek için bu adımda dokuyu dikkatlice izleyin.</li>
	</ol></li>
	<li>Tek hücreli izolasyon<ol>
<li>30 mL'lik bir şırıngaya takılı 16 G'lik bir iğneden 5 kat çekerek dokuyu tritürleştirin. Doku süspansiyonunu geniş delikli bir pipete çekin ve vakum basıncı altında bir dizi hücre süzgecinden (500 μm, 300 μm, 100 μm, 70 μm, 40 μm) geçirin. Kalan hücreleri toplamak için süzgeci 20 mL HBSS+ tamponu ile yıkayın. HBSS+ tamponunun tarifi Malzeme Tablosu'nda bulunabilir.
</li>
		<li>Liberaz aktivitesini inhibe etmek ve aşırı sindirimi önlemek için filtrata 45 dakika sonra eşit miktarda HBSS+ tamponu ekleyin.</li>
		<li>Santrifüj, 4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de filtratlanır. Süper natantı dikkatlice çıkarın ve atın. Pelet'e 1 mL Kırmızı Kan Hücresi (RBC) lizis tamponu ekleyin, peleti yerinden çıkarmak için tüpü hafifçe sallayın ve 1 dakika boyunca buz üzerinde inkübe edin. NOT: RBC lizis çözeltisindeki miktar ve süre, peletin boyutuna bağlıdır. Hedef hücrelerin lizisini önlemek için hücreleri buz üzerinde tutmak ve RBC lizis çözeltisindeki zamanı dikkatlice izlemek önemlidir. RBC lizisi yetersizse, adımı tekrarlayın.</li>
		<li>RBC lizis arabelleğini nötralize etmek için 10-20 mL HBSS+ arabelleği ekleyin. Santrifüj, 4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de filtratlanır.</li>
		<li>Lize kırmızı kan hücreleri (hayalet hücreler) hücre peletinin üzerinde bulutlu bir tabaka oluşturursa, peleti 10 mL HBSS+ tamponunda yeniden askıya alın ve hayalet hücreleri ortadan kaldırmak için süspansiyonu 70 μm hücre süzgecinden süzün. Filtratın 4 ° C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj yapın ve sonraki adımlarla devam edin.</li>
	</ol></li>
	<li>İmmün hücrelerin ve endotel hücrelerinin tükenmesi (isteğe bağlı adım)<ol>
<li>CD31 + endotel hücrelerini ve CD45 + bağışıklık hücrelerini, üreticinin protokolüne uygun olarak monoklonal anti-insan CD31 ve CD45 antikoruna (izotip fare IgG1) ve LS sütunlarına konjuge edilmiş CD31 ve CD45 mikroboncuklarını kullanarak toplam hücre havuzundan tüketin (Malzeme Tablosu).</li>
		<li>Öncelikle epitel ve stromal hücrelerden oluşan akışı taze steril bir tüpte toplayın ve 4 ° C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj yapın. Akıştaki toplam hücre sayısını belirlemek için bir hücre sayımı gerçekleştirin.</li>
	</ol></li>
	<li>Floresanla ilişkili hücre ayıklama (FACS) için hücre yüzeyi boyama<ol>
<li>1 mL HBSS+ arabelleği başına 1 x 107 hücreyi yeniden askıya alın. Gerekli konsantrasyonda birincil antikorlar ekleyin ve hücreleri karanlıkta 4 ° C'de 30 dakika boyunca inkübe edin. Bu çalışmada, aksi belirtilmedikçe florofor konjuge primer antikorlar kullanılmıştır. Antikor kaynaklarının ve titrelerin detayları Malzeme Tablosunda açıklanmıştır. NOT: HTII-280 şu anda distal akciğer hücrelerinin ağırlıklı olarak hava yolu (HTII-280-) ve alveoler tip 2 (HTII-280+) hücre fraksiyonlarına alt ayarlanmasına izin veren en iyi yüzey reaktif antikorudur. Bu stratejiye bir uyarı, AT1 hücrelerinin bu yöntem kullanılarak lekelenmemesi ve kırılganlıkları nedeniyle zayıf bir şekilde temsil edilmesidir. Bununla birlikte, AT1 hücreleri, muhtemelen FACS tarafından canlı hücrelerin seçimi sırasında kırılganlıkları ve kayıpları nedeniyle distal akciğer preplerinde zayıf bir şekilde temsil edilir ve bu nedenle sadece hava yolu hücre fraksiyonunun nadir bir kirleticisini temsil eder.</li>
		<li>3 mL HBSS+ tamponu ekleyerek hücreleri yıkayın ve 4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj yapın.</li>
		<li>Konjuge edilmemiş primer antikorlar kullanılıyorsa, uygun bir florofor konjuge sekonjuge sekonder antikorun gerekli konsantrasyonunu ekleyin ve buz üzerinde 30 dakika boyunca inkübe edin. 4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de 3 mL HBSS+ tampon ve santrifüj ekleyerek fazla sekonder antikoru yıkayın.</li>
		<li>Üst natantı atın ve HBSS+ arabelleğindeki hücreleri 1 x 10 7 hücre/mL başına yeniden askıya alın. Tek hücreli bir süspansiyonun oluşumunu sağlamak için hücreleri bir süzgeç kapağından 5 mL polistiren tüplere filtreleyin. Geçirgen (ölü) hücreleri boyamak için DAPI (1 μg/mL) ekleyin. NOT: FACS sırasında yanlış pozitifleri en aza indirmek için uygun tek renkli ve floresan eksi bir (FMO) kontrollerinin (yani, antikor boyama kokteyli eksi her biri bir antikor) kullanılması esastır. Bu çalışmada, floroforlar arasındaki emisyon spektrumlarının örtüşmesi için ampirik kompanzasyon için pozitif ve negatif seleksiyon boncukları kullanılmıştır (Malzeme Tablosu). FACS, ilgilenilen hücre tiplerini zenginleştirir. Canlı epitel hücreleri, CD45-negatif, CD31-negatif, CD236-pozitif hücre yüzey fenotipi ve DAPI için negatif boyama ile zenginleştirilir. Bu epitel hücre fraksiyonu, AT2 hücreleri için zenginleştirilmiş HTII-280-pozitif hücreler için spesifik boyama gibi, hücre tipine özgü yüzey belirteçleri için boyamaya dayanarak daha da alt kümelenebilir. Buna karşılık, HTII-280 için negatif seleksiyon, kulüp ve siliyer hücreler gibi küçük hava yolu epitel hücrelerinin zenginleşmesine izin verir (Şekil 2).</li>
	</ol></li>
</ol>3. Trakeo-bronşiyal hava yollarından epitelyal progenitör hücrelerin zenginleştirilmesi ve alt ayarlanması
<ol><li>Doku hazırlama<ol>
<li>Proksimal hava yollarını (trakea / bronşlar) akciğerlerden diseke edin. Lümeni açığa çıkarmak için makas kullanarak uzunlukları boyunca hava yollarını açın ve dokuyu tamamen örtmek için 50 μg / mL Liberaz ekleyin.</li>
		<li>900 rpm'de ayarlanmış bir termomikser kullanarak sürekli çalkalama ile 37 ° C'de 20 dakika boyunca inkübe edin.</li>
		<li>Proksimal hava yolunu santrifüj tüpünden çıkarın ve steril bir Petri kabına (150 x 15 mm) yerleştirin. Luminal epitel hücrelerini dokudan tamamen çıkarmak için bir neşter kullanarak hava yolunun yüzeyini yavaşça kazıyın.</li>
		<li>Petri kabını, yerinden çıkmış tüm luminal epitel hücrelerini toplamak ve yerinden çıkmış hücreleri 50 mL konik santrifüj tüpüne aktarmak için 5 mL steril HBSS+ tamponu ile yıkayın. Tek hücreli süspansiyon elde etmek için 10 mL'lik bir şırıngaya takılı 5x ila 16 G iğne ve 18 G iğne çizerek süspansiyonu tritürleştirin.</li>
		<li>Süspansiyonu 4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj yapın. Peleti taze HBSS+ tamponunda yeniden askıya alın ve bu luminal hava yolu hücrelerini buz üzerinde saklayın, önümüzdeki adımlarda kıyılmış proksimal hava yollarından üretilen tek hücreli süspansiyonla birleştirilmeye hazır.</li>
		<li>Makas kullanarak, küçük doku şeritleri oluşturmak için halkaları boyunca kalan trakeo-bronşiyal dokuyu kesin ve şeritleri taze bir Petri kabına aktarın. Daha küçük parçalar yapmak için doku şeritlerini tek taraflı bir tıraş bıçağı kullanarak kıyın. NOT: Proksimal hava yolları kıkırdaklı olduğundan, distal akciğer dokusu kadar ince kıyılamazlar.</li>
		<li>Kıyılmış dokuyu C tüplerine aktarın, dokunun suya batırılmasını sağlamak için tüpe 2 mL Liberaz ekleyin. C tüpünü otomatik ayrıştırıcıya yükleyin ve dokuyu mekanik olarak daha da ayrıştırmak için İnsan Akciğer Protokolü-2'yi çalıştırın. NOT: Bu protokolde kullanılan ayrıştırıcı, bu özel uygulama için insan akciğer protokolü-2 adı verilen optimize edilmiş bir program sunar (bkz.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Enzim sindirimi ve tek hücre izolasyonu<ol>
<li>C tüpünden yaklaşık 2 g kıyılmış proksimal dokuyu her 50 mL konik santrifüj tüpüne aktarın ve her tüpe 50 μg / mL Liberaz ve 25 μg / mL DNaz çözeltisi ekleyin. NOT: Verimli ayrışmayı sağlamak için, tüpler 30 mL işaretinin ötesinde doldurulmamalıdır.</li>
		<li>Kıyılmış dokuyu 37 ° C'de 45 dakika boyunca inkübe edin ve 900 rpm'de ayarlanmış bir mikser kullanarak sürekli çalkalayın.</li>
		<li>Ayrışmış doku süspansiyonunu, yukarıda belirtildiği gibi vakum basıncı altında bir dizi hücre süzgecinden (500 μm, 300 μm, 100 μm, 70 μm, 40 μm) geçirin ve akışı toplayın. Kalan hücreleri toplamak için süzgeci 20 mL HBSS+ tamponu ile yıkayın. NOT: Proksimal doku, distal dokuya kıyasla kıkırdaklı ve hacimli olduğundan, filtrelerin tıkanma olasılığı daha yüksektir. Bir huni kullanmak, süzgeçlerden geçerken sıvının taşmasını önlemeye yardımcı olabilir.</li>
		<li>Liberaz aktivitesini inhibe etmek ve aşırı sindirimi önlemek için filtrata eşit miktarda HBSS+ tamponu ekleyin. İzole edilmiş luminal proksimal hava yolu hücrelerini 3.1.5'ten hücre süspansiyonuna bu adımda ekleyin.</li>
		<li>Kombine hücre süspansiyonunu 10 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj edin. Süpernatantı çıkarın ve HBSS+ arabelleğinde hücre yıkamayı tekrarlayın. CD45 + bağışıklık hücrelerinin ve CD31 + endotel hücrelerinin yukarıda 2.4'te belirtildiği gibi tükenmesini sağlayın (isteğe bağlı adım).</li>
		<li>Boyama yöntemleri distal akciğer dokusuna benzer, 2.5'teki adımları izleyin. Canlı epitel hücrelerini CD45-negatif, CD31-negatif, CD236-pozitif hücre yüzey fenotipine ve DAPI için negatif boyamaya dayanarak zenginleştirin.</li>
		<li>Ayrıca, bazal (NGFR pozitif) ve bazal olmayan (NGFR negatif; sekretuar, siliyer, nöroendokrin) hücre tiplerinin zenginleşmesine izin veren NGFR gibi hücre tipine özgü yüzey belirteçleri için boyamaya dayanan epitel hücre fraksiyonunu alt kümeleyin (Şekil 3).</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. Organoid kültür
<ol><li>5.000 ekleyin (bu sayı istenen epitel organoid yoğunluğunu vermek için ayarlanabilir), 7.5 x 104 MRC-5 hücreleri (insan akciğer fibroblast hücre hattı) ile birlikte steril 1.5 mL tüpe sıralanmış proksimal veya distal epitel hücreleri. Epitel-mezenkimal etkileşimler progenitör hücrelerin genişlemesi için kritik öneme sahiptir.</li>
	<li>4 °C'de 5 dakika boyunca 500 x g'de santrifüj. NOT: Organoid koloni oluşturma verimliliğinin doğruluğunu sağlamak için sıralayıcıdan elde edilen hücre sayısını manuel olarak onaylamak önemlidir.</li>
	<li>Süpernatantı dikkatlice çıkarın ve atın ve hücre peletini antibiyotiklerle desteklenmiş 50 μL buz gibi soğuk ortamda yeniden askıya alın. Hücre süspansiyonunu buz üzerinde tutun.</li>
	<li>Flakona 50 μL buz gibi soğuk 1x büyüme faktörü tükenmiş bazal membran matris ortamı ekleyin ve karıştırmak için süspansiyonu buz üzerinde hafifçe pipetleyin. NOT: Bodrum membran matris ortamının erken polimerizasyonunu önlemek için buz gibi soğuk ortam kullanmak ve buz üzerindeki hücreleri korumak önemlidir.</li>
	<li>Hücre süspansiyonunu, hava kabarcıklarının girmesini önlemeye özen göstererek, 24 kuyucuklu bir plakada (1,4 x 10 4 hücre/cm2)0,4 μm gözenek boyutunda hücre kültürü ekine aktarın.</li>
	<li>Matrisin katılaşmasını sağlamak için 30-45 dakika boyunca 37 ° C'de inkübe edin.</li>
	<li>Kuyuya 600 μL önceden ısıtılmış büyüme ortamı ekleyin. NOT: Media, tohumlamadan sonraki ilk 24 saat boyunca antimikotik ajanlar (%0.4) ve Pen strep (%1) ve ilk 72 saat için 10 μM Rho kinaz inhibitörü ile desteklendi.</li>
	<li>30 gün boyunca% 5'lik bir CO2 inkübatöründe 37 ° C'de kültür, bu süre zarfında ortam her 48 saatte bir değiştirilmelidir. NOT: Kültür süresi, deneyin amacına göre değiştirilebilir. Farklılaşmayı incelemek için daha uzun uç noktalar kullanılırken, deneyin amacı tam farklılaşmayı başarmak değilse, 7 gün, 14 gün vb. daha kısa uç noktalar kullanılabilir.</li>
	<li>Hücreleri proliferatif fazda tutmak ve fibroblastların aşırı büyümesini baskılamak için 15 gün boyunca kültür ortamına 10 μM TGFβ inhibitörü ekleyin. NOT: Sonuçlar, tahlil için kullanılan kültür ortamına göre farklılık gösterir. Örneğin, burada gösterilen sonuçlar Pneumacult-ALI Medium kullanılarak üretilmiştir, bu da distal akciğerden büyük organoidlerin, proksimal akciğerden iyi diferansiye ve daha büyük organoidlerin üretilmesiyle sonuçlanır.</li>
</ol>5. Organoid boyama
<ol><li>Organoidlerin sabitlenmesi ve gömülmesi<ol>
<li>Hem üst hem de alt transmembran kesici uç odalarından gelen ortamları aspire edin ve ılık PBS ile bir kez durulayın.</li>
		<li>37°C'de 1 saat boyunca kesici uca 300 μL PFA (%2 w/v) ve kuyuya 500 μL yerleştirerek kültürleri sabitleyin. Fiksatifi çıkarın ve basememt membran matris tapasını yerinden çıkarmamaya dikkat ederek ılık PBS ile durulayın. NOT: Sabit organoidler, sonraki adımlara başlamadan önce PBS'de 4 °C'de bir ila iki hafta boyunca suya batırılmış olarak saklanabilir.</li>
		<li>PBS'yi aspire edin, kesici ucu ters çevirin ve kesici uç membranını çevresine dikkatlice kesin. Forseps kullanarak, matris tapasını rahatsız etmemeye dikkat ederek transwell membranı çıkarın.</li>
		<li>Petri kabında, matris fişini kurtarmak için kesici uca dokunun.</li>
		<li>Matris tapasına Histogel (37 °C'de tutulur) gibi bir damla Numune işleme jeli ekleyin ve jel katılaşana kadar 4 °C'de tutun.</li>
		<li>Fişi gömme bir kasete aktarın, artan etanol konsantrasyonları (% 70, 90 ve% 100) ile dehidratatın, ksilen içinde temizleyin ve parafin mumuna gömülün.</li>
		<li>Bir mikrotom üzerinde 7 μm kesitler kesin ve pozitif yüklü slaytlarda toplayın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Organoidlerin immünofloresan boyanması<ol>
<li>Balmumunu temizlemek için slaytları 30 dakika boyunca 65 ° C'ye yerleştirin.</li>
		<li>Bölümleri ksilen'e daldırarak deparaffinize edin ve etanol konsantrasyonlarını azaltarak rehidratlayın.</li>
		<li>Antijen maskesini kaldırma çözeltisinde, ticari olarak temin edilebilen bir retriever kullanarak sitrik asit bazında, slaytları çözeltiye 15 dakika batırarak yüksek sıcaklıkta antijen alımı gerçekleştirin (Malzeme Tablosu).</li>
		<li>Bir pap kalem kullanarak dokuyu hidrofobik bir bariyerle çevreleyin.</li>
		<li>Birincil antikorlar ve doku arasındaki spesifik olmayan boyamayı, Bloke edici tamponda inkübe ederek bloke edin.</li>
		<li>Kapsüllenmiş bir odada 4 °C'de gece boyunca inkübasyon çözeltisinde seyreltilmiş birincil antikorların uygun konsantrasyonundaki bölümleri inkübe edin.</li>
		<li>Bölümleri bir yıkama tamponu ile oda sıcaklığında 3 kat durulayın.</li>
		<li>Oda sıcaklığında 1 saat boyunca uygun florokrom konjuge sekonder antikor konsantrasyonunda inkübe edin.</li>
		<li>Bölümleri oda sıcaklığında %0,1 Ara 20-TBS ile 3 kat durulayın. bölümleri DAPI'de (1 μg/mL) 5 dakika boyunca inkübe edin. Bölümleri TBS'de (Tris tamponlu salin) %0,1 Aralık 20 ile bir kez durulayın, kurutun ve bir montaj çözeltisine monte edin (Şekil 4 ve Şekil 5). NOT: İmmünofloresan boyama için kullanılan primer ve sekonder antikorların kaynak ve optimal çalışma seyreltmesi Malzeme Tablosunda yer almaktadır.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Rackley, C. R., Stripp, B. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Building+and+maintaining+the+epithelium+of+the+lung.">Building and maintaining the epithelium of the lung.</a> Journal of Clinical Investigation. 122 (8), 2724-2730 (2012).</li><li>Montoro, D. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revised+airway+epithelial+hierarchy+includes+CFTR-expressing+ionocytes.">A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes.</a> Nature. 560 (7718), 319-324 (2018).</li><li>Plasschaert, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single-cell+atlas+of+the+airway+epithelium+reveals+the+CFTR-rich+pulmonary+ionocyte.">A single-cell atlas of the airway epithelium reveals the CFTR-rich pulmonary ionocyte.</a> Nature. 560 (7718), 377-381 (2018).</li><li>Barkauskas, C. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Type+2+alveolar+cells+are+stem+cells+in+adult+lung.">Type 2 alveolar cells are stem cells in adult lung.</a> Journal of Clinical Investigation. 123 (7), 3025-3036 (2013).</li><li>Barkauskas, C. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lung+organoids:+current+uses+and+future+promise.">Lung organoids: current uses and future promise.</a> Development. 144 (6), 986-997 (2017).</li><li>Leeman, K. T., Fillmore, C. M., Kim, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lung+Stem+and+Progenitor+Cells+in+Tissue+Homeostasis+and+Disease.">Lung Stem and Progenitor Cells in Tissue Homeostasis and Disease.</a> Stem Cells in Development and Disease. 107, 207-233 (2014).</li><li>Rawlins, E. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Role+of+Scgb1a1(+)+Clara+Cells+in+the+Long-Term+Maintenance+and+Repair+of+Lung+Airway+but+Not+Alveolar,+Epithelium.">The Role of Scgb1a1(+) Clara Cells in the Long-Term Maintenance and Repair of Lung Airway but Not Alveolar, Epithelium.</a> Cell Stem Cell. 4 (6), 525-534 (2009).</li><li>Rock, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basal+cells+as+stem+cells+of+the+mouse+trachea+and+human+airway+epithelium.">Basal cells as stem cells of the mouse trachea and human airway epithelium.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (31), 12771-12775 (2009).</li><li>Chang, W. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bmp4+is+essential+for+the+formation+of+the+vestibular+apparatus+that+detects+angular+head+movements.">Bmp4 is essential for the formation of the vestibular apparatus that detects angular head movements.</a> Plos Genetics. 4 (4), 1000050 (2008).</li><li>McQualter, J. L., Bertoncello, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Concise+Review:+Deconstructing+the+Lung+to+Reveal+Its+Regenerative+Potential.">Concise Review: Deconstructing the Lung to Reveal Its Regenerative Potential.</a> Stem Cells. 30 (5), 811-816 (2012).</li><li>Gonzalez, R. F., Allen, L., Gonzales, L., Ballard, P. L., Dobbs, L. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HTII-280,+a+Biomarker+Specific+to+the+Apical+Plasma+Membrane+of+Human+Lung+Alveolar+Type+II+Cells.">HTII-280, a Biomarker Specific to the Apical Plasma Membrane of Human Lung Alveolar Type II Cells.</a> Journal of Histochemistry &amp; Cytochemistry. 58 (10), 891-901 (2010).</li><li>Rock, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Notch-Dependent+Differentiation+of+Adult+Airway+Basal+Stem+Cells.">Notch-Dependent Differentiation of Adult Airway Basal Stem Cells.</a> Cell Stem Cell. 8 (6), 639-648 (2011).</li><li>Page, H., Flood, P., Reynaud, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+tissue+cultures:+current+trends+and+beyond.">Three-dimensional tissue cultures: current trends and beyond.</a> Cell and Tissue Research. 352 (1), 123-131 (2013).</li><li>Hynds, R. E., Giangreco, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Concise+Review:+The+Relevance+of+Human+Stem+Cell-Derived+Organoid+Models+for+Epithelial+Translational+Medicine.">Concise Review: The Relevance of Human Stem Cell-Derived Organoid Models for Epithelial Translational Medicine.</a> Stem Cells. 31 (3), 417-422 (2013).</li><li>Lancaster, M. A., Knoblich, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organogenesis+in+a+dish:+Modeling+development+and+disease+using+organoid+technologies.">Organogenesis in a dish: Modeling development and disease using organoid technologies.</a> Science. 345 (6194), (2014).</li><li>Weber, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organoids+test+drug+response.">Organoids test drug response.</a> Nature Cell Biology. 20 (6), 634 (2018).</li><li>Fatehullah, A., Tan, S. H., Barker, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Organoids+as+an+in+vitro+model+of+human+development+and+disease.">Organoids as an in vitro model of human development and disease.</a> Nature Cell Biology. 18 (3), 246-254 (2016).</li><li>Nikolic, M. Z., Rawlins, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lung+Organoids+and+Their+Use+To+Study+Cell-Cell+Interaction.">Lung Organoids and Their Use To Study Cell-Cell Interaction.</a> Current Pathobiology Reports. 5 (2), 223-231 (2017).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon,+adenoma,+adenocarcinoma,+and+Barrett's+epithelium.">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Reynolds, B. A., Rietze, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neural+stem+cells+and+neurospheres--re-evaluating+the+relationship.">Neural stem cells and neurospheres--re-evaluating the relationship.</a> Nature Methods. 2 (5), 333-336 (2005).</li><li>Chua, C. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+luminal+epithelial+progenitors+can+generate+prostate+organoids+in+culture.">Single luminal epithelial progenitors can generate prostate organoids in culture.</a> Nature Cell Biology. 16 (10), 951-961 (2014).</li><li>Teisanu, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+analysis+of+two+distinct+bronchiolar+progenitors+during+lung+injury+and+repair.">Functional analysis of two distinct bronchiolar progenitors during lung injury and repair.</a> American Journal of Respiratory and Cellular Molecular Biology. 44 (6), 794-803 (2011).</li><li>Chen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Airway+epithelial+progenitors+are+region+specific+and+show+differential+responses+to+bleomycin-induced+lung+injury.">Airway epithelial progenitors are region specific and show differential responses to bleomycin-induced lung injury.</a> Stem Cells. 30 (9), 1948-1960 (2012).</li><li>Benam, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+airway-on-a-chip+enables+analysis+of+human+lung+inflammation+and+drug+responses+in+vitro.">Small airway-on-a-chip enables analysis of human lung inflammation and drug responses in vitro.</a> Nature Methods. 13 (2), 151-157 (2016).</li><li>Huh, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reconstituting+organ-level+lung+functions+on+a+chip.">Reconstituting organ-level lung functions on a chip.</a> Science. 328 (5986), 1662-1668 (2010).</li><li>Jain, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primary+Human+Lung+Alveolus-on-a-chip+Model+of+Intravascular+Thrombosis+for+Assessment+of+Therapeutics.">Primary Human Lung Alveolus-on-a-chip Model of Intravascular Thrombosis for Assessment of Therapeutics.</a> Clinical Pharmacology &amp; Therapeutics. 103 (2), 332-340 (2018).</li><li>Mulay, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARS-CoV-2+infection+of+primary+human+lung+epithelium+for+COVID-19+modeling+and+drug+discovery.">SARS-CoV-2 infection of primary human lung epithelium for COVID-19 modeling and drug discovery.</a> bioRxiv. , (2020).</li></ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyleri yoktur.

Moleküler veya fonksiyonel analiz ve hastalık modellemesi için insan akciğer dokusundan tanımlanmış akciğer hücrelerinin alt popülasyonlarının izolasyonu için güvenilir bir yöntem tanımladık. Yöntemlerin kritik unsurları, taze izole edilmiş hücrelerin antikor aracılı zenginleştirilmesine izin veren yüzey epitoplarının korunması ile doku ayrışmasını sağlama yeteneğini ve bölgeye özgü epitel organoidlerinin verimli bir şekilde üretilmesi için kültür yöntemlerinin optimizasyonunu i...

İnsan solunum sisteminin hava sahaları, sırasıyla gazların taşınmasına ve daha sonra epitel-mikrovasküler bariyer boyunca değişimine aracılık eden iletken ve solunum bölgelerine ayrılabilir. İletken hava yolları trakea, bronşlar, bronşiyoller ve terminal bronşiyolleri içerirken, solunum hava boşlukları solunum bronşiyolleri, alveoler kanallar ve alveolleri içerir. Bu hava sahalarının epitel astarı, fonksiyonel olarak farklı her bölgenin benzersiz gereksinimlerini karşılamak için proksimo-distal eksen boyunca kompozisyonda değişir. Trakeo-bronşiyal hava yollarının psödostratifiye epiteli, fırça, nöroendokrin ve iyonosit 1,2,3 dahil olmak üzere daha az miktarda hücre tipine ek olarak, bazal, salgı ve siliyer olmak üzere üç ana hücre tipinden oluşur. Bronşiyoler hava yolları, morfolojik olarak benzer epitel hücre tiplerini barındırır, ancak bolluklarında ve fonksiyonel özelliklerinde farklılıklar vardır. Örneğin, bazal hücreler bronşiyoler hava yollarında daha az bulunur ve salgı hücreleri, trakeo-bronşiyal hava yollarında baskın olan seröz ve kadeh hücrelerine karşı kulüp hücrelerinin daha büyük bir bölümünü içerir.  Solunum bölgesinin epitel hücreleri, alveoler kanalların ve alveollerin alveoler tip I (ATI) ve tip II (ATII) hücrelerine ek olarak, solunum bronşiyollerinde kötü tanımlanmış bir küboidal hücre tipini içerir 1,4.
Her bölgede epitelin korunmasına ve yenilenmesine katkıda bulunan epitel kök ve progenitör hücre tiplerinin kimliği eksik tanımlanmıştır ve büyük ölçüde hayvan modellerinde yapılan çalışmalardan çıkarılmıştır 5,6,7,8. Farelerde yapılan çalışmalar, psödotabakatize hava yollarının bazal hücrelerinin veya bronşiyoler hava yollarının kulüp hücrelerinin veya alveoler epitelin ATII hücrelerinin, sınırsız kendini yenileme ve multipotent farklılaşma kapasitesine dayanan epitel kök hücreleri olarak işlev gördüğünü göstermiştir 7,9,10,11,12 . İnsan akciğer epitel hücre tiplerinin köklülüğünü değerlendirmek için genetik soy izleme çalışmalarının yapılamamasına rağmen, epitel kök ve progenitör hücrelerin fonksiyonel potansiyelini değerlendirmek için organoid bazlı kültür modellerinin mevcudiyeti, fare ve insan arasındaki karşılaştırmalı çalışmalar için bir araç sağlamaktadır13,14,15,16,17.
Epitel hücre tiplerinin insan akciğerinin farklı bölgelerinden ve kültürlerinden izole edilmesi için bölgesel hücre tiplerini özetlemek için 3D organoid sistem kullanarak yöntemleri açıklıyoruz. Diğer organ sistemlerinden epitel hücrelerinin fonksiyonel analizi ve hastalık modellemesi için de benzer yöntemler geliştirilmiştir 18,19,20,21. Bu yöntemler, bölgesel epitel progenitör hücrelerinin tanımlanması, regülasyonlarını ve mikroçevrelerini araştıran mekanik çalışmalar yapmak, hastalık modellemesi ve ilaç keşfini sağlamak için bir platform sağlar. Hayvan modellerinde yapılan akciğer epitel progenitör hücreleri üzerine yapılan çalışmalar, in vivo veya in vitro analizden yararlanabilse de, insan akciğer epitelyal progenitör hücrelerinin kimliğine ilişkin bilgiler büyük ölçüde model organizmalardan ekstrapolasyona bağlı olmuştur. Bu nedenle, bu yöntemler, insan akciğer epitel hücre tiplerinin kimliğini ve davranışını, kök / progenitör hücrelerin düzenlenmesini araştıran çalışmaları ile ilişkilendirmek için bir köprü sağlar.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:694px;" width="694">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Cell Isolation</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">10 mL Sterile syringes, Luer-Lok Tip</td>
			<td style="width:152px;">Fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">BD 309646</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">30 mL Sterile syringes, Luer-Lok Tip</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">BD302832</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Biohazard bags</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">89495-440</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Biohazard bags</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">89495-440</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">connecting ring</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">41-50000-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Deoxyribonuclease (lot#SLBF7798V)</td>
			<td style="width:152px;">sigma Aldrich</td>
			<td style="width:161px;">DN25-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Disposable Petri dishes</td>
			<td style="width:152px;">Corning/Falcon</td>
			<td style="width:161px;">25373-187</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Funnel</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">42-50000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">HBSS</td>
			<td style="width:152px;">Corning</td>
			<td style="width:161px;">21-023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Liberase TM Research Grade</td>
			<td style="width:152px;">sigma Aldrich</td>
			<td style="width:161px;">5401127001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">needle 16G</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">305198</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">needle 18G</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">305199</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:214px;">PluriStrainer 100 &#181;m (Cell Strainer)</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">43-50100-51</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:214px;">PluriStrainer 300 &#181;m (Cell Strainer)</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">43-50300-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:214px;">PluriStrainer 40 &#181;m (Cell Strainer)</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">43-50040-51</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">PluriStrainer 500 &#181;m (Cell Strainer)</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">43-50500-03</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:214px;">PluriStrainer 70 &#181;m (Cell Strainer)</td>
			<td style="width:152px;">Pluriselect</td>
			<td style="width:161px;">43-50070-51</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Razor blades</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">55411-050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Red Blood Cell lysis buffer</td>
			<td style="width:152px;">eBioscience</td>
			<td style="width:161px;">00-4333-57</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Equipment&#8217;s</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">GentleMACS C Tubes</td>
			<td style="width:152px;">MACS Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:161px;">130-096-334</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">GentleMACS Octo Dissociator</td>
			<td style="width:152px;">MACS Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:161px;">130-095-937</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Leica ASP 300s Tissue processor</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">LS Columns</td>
			<td style="width:152px;">MACS Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:161px;">130-042-401</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">MACS MultiStand**</td>
			<td style="width:152px;">Miltenyi Biotech</td>
			<td style="width:161px;">130-042-303</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Thermomixer</td>
			<td style="width:152px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:161px;">05-412-503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:214px;">Thermomixer</td>
			<td style="width:152px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:161px;">05-412-503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HBSS+ Buffer</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:214px;">Amphotericin B</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">15290018</td>
			<td style="width:167px;">2ml</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">EDTA (0.5 M), pH 8.0, RNase-free</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">AM9260G</td>
			<td style="width:167px;">500&#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="30">
			<td height="30" style="height:30px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td style="width:152px;">Gemini Bio-Products</td>
			<td style="width:161px;">100-106</td>
			<td style="width:167px;">10ml</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">HBSS Hank&#39;s Balanced Salt Solution 1X 500 ml</td>
			<td style="width:152px;">VWR</td>
			<td style="width:161px;">45000-456</td>
			<td>500ml bottle</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;">HEPES (1 M)</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">15630080</td>
			<td style="width:167px;">5ml</td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:60px;width:214px;">Penicillin-Streptomycin-Neomycin (PSN) Antibiotic Mixture</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">15640055</td>
			<td style="width:167px;">5ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">List of antibodies for FACS</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:214px;">Alexa Fluor 647 anti-human CD326 (EpCAM) Antibody</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">369820</td>
			<td style="width:167px;">1:50</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">BD CompBead Anti-Mouse Ig, K/ Negative control particles set</td>
			<td style="width:152px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">BDB552843</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:214px;">CD31 MicroBead Kit, human</td>
			<td style="width:152px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:161px;">130-091-935</td>
			<td style="width:167px;">20&#181;l/ 107 total cells</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;width:214px;">CD45 MicroBeads, human</td>
			<td style="width:152px;">Miltenyi Biotec</td>
			<td style="width:161px;">130-045-801</td>
			<td style="width:167px;">20&#181;l/ 107 total cells</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">DAPI</td>
			<td style="width:152px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:161px;">D9542-10MG</td>
			<td style="width:167px;">1:10000</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">FITC anti-human CD235a</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">349104</td>
			<td style="width:167px;">1:100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">FITC anti-human CD31</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">303104</td>
			<td style="width:167px;">1:100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">FITC anti-human CD45</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">304054</td>
			<td style="width:167px;">1:100</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">FITC anti-mouse IgM Antibody</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">406506</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Mouse IgM anti human HT2-280</td>
			<td style="width:152px;">Terrace Biotech</td>
			<td style="width:161px;">TB-27AHT2-280</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">PE anti-human CD271(NGFR)</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">345106</td>
			<td style="width:167px;">1:50</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td colspan="2" height="21" style="height:21px;width:367px;">Composition of Organoid Culture mediums</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">MRC-5</td>
			<td style="width:152px;">ATCC</td>
			<td style="width:161px;">CCL-171</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">PneumaCult -ALI Medium</td>
			<td style="width:152px;">Stemcell Technologies</td>
			<td style="width:161px;">5001</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Small Airway Epithelial Cell Growth Medium</td>
			<td style="width:152px;">PromoCell</td>
			<td style="width:161px;">C-21170</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">ThinCert Tissue Culture Inserts, Sterile</td>
			<td style="width:152px;">Greiner Bio-One</td>
			<td style="width:161px;">662641</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Y-27632 (ROCK inhibitor) 100mM stock (1000x)</td>
			<td style="width:152px;">Stemcell Technologies</td>
			<td style="width:161px;">72302</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Mouse Basal medium:</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Amphotericin B</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">15290018</td>
			<td style="width:167px;">50 &#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">DMEM/F-12, HEPES</td>
			<td style="width:152px;">ThermoFisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">11330032</td>
			<td style="width:167px;">50 ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Fetal Bovine Serum</td>
			<td style="width:152px;">Gemini Bio-Products</td>
			<td style="width:161px;">100-106</td>
			<td style="width:167px;">5 ml</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Insulin-Transferrin-Selenium (ITS -G) (100X)</td>
			<td style="width:152px;">ThermoFisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">41400045</td>
			<td style="width:167px;">500 &#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Penicillin-Streptomycin-Neomycin (PSN) Antibiotic Mixture</td>
			<td style="width:152px;">Thermo fisher scientific</td>
			<td style="width:161px;">15640055</td>
			<td style="width:167px;">500 &#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">SB431542 TGF-&#946; pathway inhibitor (stock 100 mM)</td>
			<td style="width:152px;">Stem cell</td>
			<td style="width:161px;">72234</td>
			<td style="width:167px;">5 &#181;l</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td colspan="2" height="42" style="height:42px;width:367px;">List of antibodies for Immunohistochemistry</td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Antigen unmasking solution, citric acid based</td>
			<td style="width:152px;">Vector</td>
			<td style="width:161px;">H-3300</td>
			<td style="width:167px;">937 &#181;l in 100ml water</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Histogel</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Scientific</td>
			<td style="width:161px;">HG-4000-012</td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Primary Antibodies</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Anti HT2-280</td>
			<td style="width:152px;">Terracebiotech</td>
			<td style="width:161px;">TB-27AHT2-280</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">FOXJ1 Monoclonal Antibody (2A5)</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">14-9965-82</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Human Uteroglobin/SCGB1A1 Antibody</td>
			<td style="width:152px;">R and D systems</td>
			<td style="width:161px;">MAB4218</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Keratin 5 Polyclonal Chicken Antibody, Purified [Poly9059]</td>
			<td style="width:152px;">Biolegend</td>
			<td style="width:161px;">905901</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">MUC5AC Monoclonal Antibody (45M1)</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">MA5-12178</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">PDPN / Podoplanin Antibody (clone 8.1.1)</td>
			<td style="width:152px;">LifeSpan Biosciences</td>
			<td style="width:161px;">LS-C143022-100</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Purified Mouse Anti-E-Cadherin</td>
			<td style="width:152px;">BD biosciences</td>
			<td style="width:161px;">610182</td>
			<td style="width:167px;">1:1000</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Sox-2 Antibody</td>
			<td style="width:152px;">Santa Cruz biotechnologies</td>
			<td style="width:161px;">sc-365964</td>
			<td style="width:167px;">1:300</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Secondary Antibodies</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Donkey anti-rabbit lgG, 488</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21206</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">FITC anti-mouse IgM Antibody</td>
			<td style="width:152px;">BioLegend</td>
			<td style="width:161px;">406506</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Goat anti-Hamster IgG (H+L), Alexa Fluor 594</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21113</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Goat anti-Mouse IgG1 Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21121</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Goat anti-Mouse IgG2a Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 488</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21131</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Goat anti-Mouse IgG2a Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 568</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21134</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Goat anti-Mouse IgG2b Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor 568</td>
			<td style="width:152px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:161px;">A-21144</td>
			<td style="width:167px;">1:500</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:214px;">Buffers</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:214px;">Immunohistochemistry Blocking Solution</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;">3% BSA, o.4% Triton-x100 in TBS (Tris based saline)</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Immunohistochemistry Incubation Solution</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;">3% BSA, ).1% Triton-X100 in TBS</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:214px;">Immunohistochemistry Washing Solution</td>
			<td style="width:152px;"></td>
			<td style="width:161px;"></td>
			<td style="width:167px;">TBS with 0.1% Tween 20</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

isolation and enrichment of human lung epithelial progenitor cells for organoid culture

Epitelyal organoid modelleri, bir organ sisteminin temel biyolojisini incelemek ve hastalık modellemesi için değerli araçlar olarak hizmet eder. Organoidler olarak yetiştirildiğinde, epitelyal progenitör hücreler kendi kendini yenileyebilir ve in vivo meslektaşlarınınkine benzer hücresel fonksiyonlar sergileyen farklılaştırıcı döller üretebilir. Burada, bölgeye özgü progenitörleri insan akciğerinden izole etmek ve deneysel ve doğrulama aracı olarak 3D organoid kültürler üretmek için adım adım bir protokol açıklanmaktadır. Akciğerin proksimal ve distal bölgelerini, bölgeye özgü progenitör hücreleri izole etmek amacıyla tanımlıyoruz. Toplam hücreleri akciğer ve trakeadan izole etmek için enzimatik ve mekanik ayrışmanın bir kombinasyonunu kullandık. Spesifik progenitör hücreler daha sonra, bazal hücreleri sıralamak için NGFR ve alveolar tip II hücreleri sıralamak için HTII-280 gibi hücre tipine özgü yüzey belirteçlerine dayanan floresan ilişkili hücre sıralama (FACS) kullanılarak proksimal veya distal orijinli hücrelerden fraksiyone edildi. 3D organoid kültürleri oluşturmak için izole bazal veya alveoler tip II progenitörler kullanıldı. Hem distal hem de proksimal progenitörler, 30. günde 5000 hücre/kuyu kaplandıklarında distal bölgede %9-13, proksimal bölgede %7-10 kolon oluşturan etkinliğe sahip organoidler oluşturdular. Distal organoidler kültürde HTII-280+ alveoler tip II hücrelerini korurken, proksimal organoidler 30. günde siliyer ve sekretuar hücrelere farklılaştı. Bu 3D organoid kültürler, akciğer epiteli ve epitel mezenkimal etkileşimlerinin hücre biyolojisini incelemek ve ayrıca bir hastalıkta epitel disfonksiyonunu hedefleyen terapötik stratejilerin geliştirilmesi ve doğrulanması için deneysel bir araç olarak kullanılabilir.

Kaynak akciğer dokusu Trakea ve ekstrapulmoner bronş (Şekil 1A) proksimal hava yolu epitel hücrelerinin ve sonraki jenerasyon proksimal organoidlerin izolasyonunda kaynak doku olarak kullanıldı. Hem parankimi hem de çapı 2 mm'den küçük küçük hava yollarını içeren distal akciğer dokusu (Şekil 1A), küçük hava yolu ve alveoler epitel hücrelerinin (distal akciğer epiteli) izolasyonu ve küçük hava yolu veya alveoler orga...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture at JoVE.com

Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

Bu makalede, insan akciğerinin proksimal ve distal bölgelerinden canlı epitel hücrelerinin zenginleştirilmesine izin veren doku dissosiyasyonu ve hücresel fraksiyonasyon yaklaşımları için ayrıntılı bir metodoloji sunulmaktadır. Bu yaklaşımlar, akciğer epitel progenitör hücrelerinin fonksiyonel analizi için 3D organoid kültür modelleri kullanılarak uygulanmaktadır.

Organoid Kültür için İnsan Akciğer Epitel Progenitör Hücrelerinin İzolasyonu ve Zenginleştirilmesi

Epithelial organoid models serve as valuable tools to study the basic biology of an organ system and for disease modeling. When grown as organoids, ...

isolation-enrichment-human-lung-epithelial-progenitor-cells-for

Research

JoVE Journal

Biology

7.9K Görüntüleme.  Cedars-Sinai Medical Center. Bu makalede, insan akciğerinin proksimal ve distal bölgelerinden canlı epitel hücrelerinin zenginleştirilmesine izin veren doku dissosiyasyonu ve hücresel fraksiyonasyon yaklaşımları için ayrıntılı bir metodoloji sunulmaktadır. Bu yaklaşımlar, akciğer epitel progenitör hücrelerinin fonksiyonel analizi için 3D organoid kültür modelleri kullanılarak uygulanmaktadır.

Video: Isolation and Enrichment of Human Lung Epithelial Progenitor Cells for Organoid Culture

Isolation and Culture of Post-Natal Mouse Cerebellar Granule Neuron Progenitor Cells and Neurons 

The cerebellar cortex is a well described structure that provides unique opportunities for studying neuronal properties and development1,2. Of the cerebellar neuronal types (granule cells, Purkinje cells and inhibitory interneurons), granule neurons are by far the most numerous and are the most abundant type of neurons in the mammalian brain. In rodents, cerebellar granule neurons are generated during the first two post-natal weeks from progenitor cells in the outermost layer of the cerebellar cortex, the external granule layer (EGL). The protocol presented here describes techniques to enrich and culture granule neurons and their progenitor cells from post-natal mouse cerebellum. We will describe procedures to obtain cultures of increasing purity3,4, which can be used to study the differentiation of proliferating progenitor cells into granule neurons5,6. Once the progenitor cells differentiate, the cultures also provide a homogenous population of granule neurons for experimental manipulation and characterization of phenomena such as synaptogenesis, glutamate receptor function7, interaction with other purified cerebellar cells8,9 or cell death7.

Isolation and Culture of Post-Natal Mouse Cerebellar Granule Neuron Progenitor Cells and Neurons

Here we present a method to isolate and culture cerebellar granule neuron progenitor cells and cerebellar granule neurons from postnatal mouse.

Post-Natal Mouse Serebellar Granül Nöron Progenitör Hücreler ve Nöronlar İzolasyon ve Kültür

The cerebellar cortex is a well described structure that provides unique opportunities for studying neuronal properties and development1,2. Of the ...

Biyoloji

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult human peripheral blood within a mean of 12 days. After large scale expansion &gt;1x108 ECFCs can be obtained for further tests. Advantageously by using pHPL the contact of human cells with bovine serum antigens can be excluded. By flow cytometry and immunohistochemistry the isolated cells can be characterized as ECFC and their in vitro functionality to form vascular like structures can be tested in a matrigel assay. Further these cells can be subcutaneously injected in a mouse model to form functional, perfused vessels in vivo. After long term expansion and cryopreservation proliferation, function and genomic stability appear to be preserved. 3,4
This animal-protein free isolation and expansion method is easily applicable to generate a large quantity of ECFCs.

Endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) are a promising tool to study vascular homeostasis and repair.1,2 This paper introduces a novel animal-serum free method for isolation and expansion of ECFC from heparinised adult human peripheral blood with pooled human platelet lysate (pHPL) diminishing the risk of anti-bovine immunisation.

İzolasyon ve Büyük Ölçekli Genişleme Yetişkin İnsan Endotel Koloni Oluşturan Progenitör Hücreler

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

Isolation and Culture of Avian Embryonic Valvular Progenitor Cells

Proper formation and function of embryonic heart valves is critical for developmental progression. The early embryonic heart is a U-shaped tube of endocardium surrounded by myocardium. The myocardium secretes cardiac jelly, a hyaluronan-rich gelatinous matrix, into the atrioventricular (AV) junction and outflow tract (OFT) lumen. At stage HH14 valvulogenesis begins when a subset of endocardial cells receive signals from the myocardium, undergo endocardial to mesenchymal transformation (EMT), and invade the cardiac jelly. At stage HH25 the valvular cushions are fully mesenchymalized, and it is this mesenchyme that eventually forms the valvular and septal apparatus of the heart. Understanding the mechanisms that initiate and modulate the process of EMT and cell differentiation are important because of their connection to serious congenital heart defects. In this study we present methods to isolate pre-EMT endocardial and post-EMT mesenchymal cells, which are the two different cell phenotypes of the prevalvular cushion. Pre-EMT endocardial cells can be cultured with or without the myocardium. Post-EMT AV cushion mesenchymal cells can be cultured inside mechanically constrained or stress-free collagen gels. These 3D in vitro models mimic key valvular morphogenic events and are useful for deconstructing the mechanisms of early and late stage valvulogenesis.

This article will provide a method for isolating and culturing quail or chicken HH14- valve endocardial cells and HH25 valve cushion mesenchymal cells.

Kuş Embriyonik Kapak Progenitör Hücreler izolasyonu ve Kültür

Proper formation and function of embryonic heart valves is critical for developmental progression. The early embryonic heart is a U-shaped tube of ...

Isolation and Culture of Adult Epithelial Stem Cells from Human Skin

The homeostasis of all self-renewing tissues is dependent on adult stem cells. As undifferentiated stem cells undergo asymmetric divisions, they generate daughter cells that retain the stem cell phenotype and transit-amplifying cells (TA cells) that migrate from the stem cell niche, undergo rapid proliferation and terminally differentiate to repopulate the tissue.
Epithelial stem cells have been identified in the epidermis, hair follicle, and intestine as cells with a high in vitro proliferative potential and as slow-cycling label-retaining cells in vivo 1-3. Adult, tissue-specific stem cells are responsible for the regeneration of the tissues in which they reside during normal physiologic turnover as well as during times of stress 4-5. Moreover, stem cells are generally considered to be multi-potent, possessing the capacity to give rise to multiple cell types within the tissue 6. For example, rodent hair follicle stem cells can generate epidermis, sebaceous glands, and hair follicles 7-9. We have shown that stem cells from the human hair follicle bulge region exhibit multi-potentiality 10.
Stem cells have become a valuable tool in biomedical research, due to their utility as an in vitro system for studying developmental biology, differentiation, tumorigenesis and for their possible therapeutic utility. It is likely that adult epithelial stem cells will be useful in the treatment of diseases such as ectodermal dysplasias, monilethrix, Netherton syndrome, Menkes disease, hereditary epidermolysis bullosa and alopecias 11-13. Additionally, other skin problems such as burn wounds, chronic wounds and ulcers will benefit from stem cell related therapies 14,15. Given the potential for reprogramming of adult cells into a pluripotent state (iPS cells)16,17, the readily accessible and expandable adult stem cells in human skin may provide a valuable source of cells for induction and downstream therapy for a wide range of disease including diabetes and Parkinson's disease.

A rapid, robust way of isolating viable adult epithelial stem cells from human skin is described. The method utilizes enzymatic digestion of skin collagen matrix , followed by plucking of hair follicles and isolation of single cell suspensions or tissue fragments for cell culture.

İnsan Cilt Yetişkin Epitel Kök Hücre İzolasyonu ve Kültür

The homeostasis of all self-renewing tissues is dependent on adult stem cells. As undifferentiated stem cells undergo asymmetric divisions, they generate ...

Ex Vivo Culture of Primary Human Fallopian Tube Epithelial Cells

Epithelial ovarian cancer is a leading cause of female cancer mortality in the United States. In contrast to other women-specific cancers, like breast and uterine carcinomas, where death rates have fallen in recent years, ovarian cancer cure rates have remained relatively unchanged over the past two decades 1. This is largely due to the lack of appropriate screening tools for detection of early stage disease where surgery and chemotherapy are most effective 2, 3. As a result, most patients present with advanced stage disease and diffuse abdominal involvement. This is further complicated by the fact that ovarian cancer is a heterogeneous disease with multiple histologic subtypes 4, 5. Serous ovarian carcinoma (SOC) is the most common and aggressive subtype and the form most often associated with mutations in the BRCA genes. Current experimental models in this field involve the use of cancer cell lines and mouse models to better understand the initiating genetic events and pathogenesis of disease 6, 7. Recently, the fallopian tube has emerged as a novel site for the origin of SOC, with the fallopian tube (FT) secretory epithelial cell (FTSEC) as the proposed cell of origin 8, 9. There are currently no cell lines or culture systems available to study the FT epithelium or the FTSEC. Here we describe a novel ex vivo culture system where primary human FT epithelial cells are cultured in a manner that preserves their architecture, polarity, immunophenotype, and response to physiologic and genotoxic stressors. This ex vivo model provides a useful tool for the study of SOC, allowing a better understanding of how tumors can arise from this tissue, and the mechanisms involved in tumor initiation and progression.

Ex Vivo Culture of Primary Human Fallopian Tube Epithelial Cells

The fallopian tube (FT) is emerging as an alternative site of origin for serous ovarian carcinoma (SOC). This protocol describes a novel method for the isolation and ex vivo culture of fallopian tube epithelial cells. This system recapitulates the in vivo epithelium and allows the study of SOC pathogenesis.

Ex Vivo Kültür İlköğretim İnsan Fallop Tüp Epitel Hücreleri

Epithelial ovarian cancer is a leading cause of female cancer mortality in the United States. In contrast to other women-specific cancers, like breast and ...

Isolation of Mammary Epithelial Cells from Three-dimensional Mixed-cell Spheroid Co-culture

While enormous efforts have gone into identifying signaling pathways and molecules involved in normal and malignant cell behaviors1-2, much of this work has been done using classical two-dimensional cell culture models, which allow for easy cell manipulation. It has become clear that intracellular signaling pathways are affected by extracellular forces, including dimensionality and cell surface tension3-4. Multiple approaches have been taken to develop three-dimensional models that more accurately represent biologic tissue architecture3. While these models incorporate multi-dimensionality and architectural stresses, study of the consequent effects on cells is less facile than in two-dimensional tissue culture due to the limitations of the models and the difficulty in extracting cells for subsequent analysis.
The important role of the microenvironment around tumors in tumorigenesis and tumor behavior is becoming increasingly recognized4. Tumor stroma is composed of multiple cell types and extracellular molecules. During tumor development there are bidirectional signals between tumor cells and stromal cells5. Although some factors participating in tumor-stroma co-evolution have been identified, there is still a need to develop simple techniques to systematically identify and study the full array of these signals6. Fibroblasts are the most abundant cell type in normal or tumor-associated stromal tissues, and contribute to deposition and maintenance of basement membrane and paracrine growth factors7.
Many groups have used three dimensional culture systems to study the role of fibroblasts on various cellular functions, including tumor response to therapies, recruitment of immune cells, signaling molecules, proliferation, apoptosis, angiogenesis, and invasion8-15. We have optimized a simple method for assessing the effects of mammary fibroblasts on mammary epithelial cells using a commercially available extracellular matrix model to create three-dimensional cultures of mixed cell populations (co-cultures)16-22. With continued co-culture the cells form spheroids with the fibroblasts clustering in the interior and the epithelial cells largely on the exterior of the spheroids and forming multi-cellular projections into the matrix. Manipulation of the fibroblasts that leads to altered epithelial cell invasiveness can be readily quantified by changes in numbers and length of epithelial projections23. Furthermore, we have devised a method for isolating epithelial cells out of three-dimensional co-culture that facilitates analysis of the effects of fibroblast exposure on epithelial behavior. We have found that the effects of co-culture persist for weeks after epithelial cell isolation, permitting ample time to perform multiple assays. This method is adaptable to cells of varying malignant potential and requires no specialized equipment. This technique allows for rapid evaluation of in vitro cell models under multiple conditions, and the corresponding results can be compared to in vivo animal tissue models as well as human tissue samples.

A simple method is described for analyzing effects of tissue fibroblasts on associated epithelial cells. The combination of this method and three-dimensional tissue culture can facilitate analysis of cells after isolation from 3D. The technique is applicable to cells of varying malignant potential, allowing systematic study of effects of tumor-associated stroma on tumor cells.

Üç boyutlu Karışık-hücre Sfero Co-kültürden Meme Epitel Hücrelerinin İzolasyonu

While enormous efforts have gone into identifying signaling pathways and molecules involved in normal and malignant cell behaviors1-2, much of this work ...

Serial Enrichment of Spermatogonial Stem and Progenitor Cells (SSCs) in Culture for Derivation of Long-term Adult Mouse SSC Lines

Spermatogonial stem and progenitor cells (SSCs) of the testis represent a classic example of adult mammalian stem cells and preserve fertility for nearly the lifetime of the animal. While the precise mechanisms that govern self-renewal and differentiation in vivo are challenging to study, various systems have been developed previously to propagate murine SSCs in vitro using a combination of specialized culture media and feeder cells1-3.
Most in vitro forays into the biology of SSCs have derived cell lines from neonates, possibly due to the difficulty in obtaining adult cell lines4. However, the testis continues to mature up until ~5 weeks of age in most mouse strains. In the early post-natal period, dramatic changes occur in the architecture of the testis and in the biology of both somatic and spermatogenic cells, including alterations in expression levels of numerous stem cell-related genes. Therefore, neonatally-derived SSC lines may not fully recapitulate the biology of adult SSCs that persist after the adult testis has reached a steady state.
Several factors have hindered the production of adult SSC lines historically. First, the proportion of functional stem cells may decrease during adulthood, either due to intrinsic or extrinsic factors5,6. Furthermore, as with other adult stem cells, it has been difficult to enrich SSCs sufficiently from total adult testicular cells without using a combination of immunoselection or other sorting strategies7. Commonly employed strategies include the use of cryptorchid mice as a source of donor cells due to a higher ratio of stem cells to other cell types8. Based on the hypothesis that removal of somatic cells from the initial culture disrupts interactions with the stem cell niche that are essential for SSC survival, we previously developed methods to derive adult lines that do not require immunoselection or cryptorchid donors but rather employ serial enrichment of SSCs in culture, referred to hereafter as SESC2,3.
The method described below entails a simple procedure for deriving adult SSC lines by dissociating adult donor seminiferous tubules, followed by plating of cells on feeders comprised of a testicular stromal cell line (JK1)3. Through serial passaging, strongly adherent, contaminating non-germ cells are depleted from the culture with concomitant enrichment of SSCs. Cultures produced in this manner contain a mixture of spermatogonia at different stages of differentiation, which contain SSCs, based on long-term self renewal capability. The crux of the SESC method is that it enables SSCs to make the difficult transition from self-renewal in vivo to long-term self-renewal in vitro in a radically different microenvironment, produces long-term SSC lines, free of contaminating somatic cells, and thereby enables subsequent experimental manipulation of SSCs.

Serial Enrichment of Spermatogonial Stem and Progenitor Cells SSCs in Culture for Derivation of Long-term Adult Mouse SSC Lines

A simple method to derive and maintain spermatogonial stem and progenitor cell lines from adult mice is presented here. The method utilizes feeder cells originating from the somatic cell compartment of the adult mouse testis. This technique is applicable to common mouse strains, including transgenic, knock-out, and knock-in mice.

Uzun vadeli Yetişkin Fare SSC Hatları türetilmesi için Kültür Spermatogonial Kök ve progenitör hücrelerin Seri Zenginleştirme (DGM)

Spermatogonial stem and progenitor cells (SSCs) of the testis represent a classic example of adult mammalian stem cells and preserve fertility for nearly ...

Induction and Analysis of Epithelial to Mesenchymal Transition

Epithelial to mesenchymal transition (EMT) is essential for proper morphogenesis during development. Misregulation of this process has been implicated as a key event in fibrosis and the progression of carcinomas to a metastatic state. Understanding the processes that underlie EMT is imperative for the early diagnosis and clinical control of these disease states. Reliable induction of EMT in vitro is a useful tool for drug discovery as well as to identify common gene expression signatures for diagnostic purposes. Here we demonstrate a straightforward method for the induction of EMT in a variety of cell types. Methods for the analysis of cells pre- and post-EMT induction by immunocytochemistry are also included. Additionally, we demonstrate the effectiveness of this method through antibody-based array analysis and migration/invasion assays.

A straightforward method is described for the induction of epithelial to mesenchymal transition (EMT) in a variety of cell types. Methods for the analysis of cells in EMT states by immunocytochemistry are included.

Mezenkimal Geçiş indüksiyon ve Epitel Analizi

Epithelial  to mesenchymal transition (EMT) is essential for proper morphogenesis during  development. Misregulation of this  process has been implicated ...

Culturing of Human Nasal Epithelial Cells at the Air Liquid Interface

In vitro models using human primary epithelial cells are essential in understanding key functions of the respiratory epithelium in the context of microbial infections or inhaled agents. Direct comparisons of cells obtained from diseased populations allow us to characterize different phenotypes and dissect the underlying mechanisms mediating changes in epithelial cell function. Culturing epithelial cells from the human tracheobronchial region has been well documented, but is limited by the availability of human lung tissue or invasiveness associated with obtaining the bronchial brushes biopsies. Nasal epithelial cells are obtained through much less invasive superficial nasal scrape biopsies and subjects can be biopsied multiple times with no significant side effects. Additionally, the nose is the entry point to the respiratory system and therefore one of the first sites to be exposed to any kind of air-borne stressor, such as microbial agents, pollutants, or allergens. 
Briefly, nasal epithelial cells obtained from human volunteers are expanded on coated tissue culture plates, and then transferred onto cell culture inserts. Upon reaching confluency, cells continue to be cultured at the air-liquid interface (ALI), for several weeks, which creates more physiologically relevant conditions. The ALI culture condition uses defined media leading to a differentiated epithelium that exhibits morphological and functional characteristics similar to the human nasal epithelium, with both ciliated and mucus producing cells. Tissue culture inserts with differentiated nasal epithelial cells can be manipulated in a variety of ways depending on the research questions (treatment with pharmacological agents, transduction with lentiviral vectors, exposure to gases, or infection with microbial agents) and analyzed for numerous different endpoints ranging from cellular and molecular pathways, functional changes, morphology, etc. 
In vitro models of differentiated human nasal epithelial cells will enable investigators to address novel and important research questions by using organotypic experimental models that largely mimic the nasal epithelium in vivo.

Nasal epithelial cells, obtained through superficial scrape biopsy of human volunteers, are expanded and transferred onto tissue culture inserts. Upon reaching confluency, cells are grown at air liquid interface, yielding cultures of ciliated and non-ciliated cells. Differentiated nasal epithelial cell cultures provide viable experimental models for studying the respiratory mucosa.

Hava Sıvı Arayüz İnsan Burun Epitel Hücrelerinin ekimi

In vitro models using human primary  epithelial cells are essential in understanding key functions of the respiratory  epithelium in the context of ...

Isolation and Culture of Dental Epithelial Stem Cells from the Adult Mouse Incisor

Understanding the cellular and molecular mechanisms that underlie tooth regeneration and renewal has become a topic of great interest1-4, and the mouse incisor provides a model for these processes. This remarkable organ grows continuously throughout the animal&#39;s life and generates all the necessary cell types from active pools of adult stem cells housed in the labial (toward the lip) and lingual (toward the tongue) cervical loop (CL) regions. Only the dental stem cells from the labial CL give rise to ameloblasts that generate enamel, the outer covering of teeth, on the labial surface. This asymmetric enamel formation allows abrasion at the incisor tip, and progenitors and stem cells in the proximal incisor ensure that the dental tissues are constantly replenished. The ability to isolate and grow these progenitor or stem cells in vitro allows their expansion and opens doors to numerous experiments not achievable in vivo, such as high throughput testing of potential stem cell regulatory factors. Here, we describe and demonstrate a reliable and consistent method to culture cells from the labial CL of the mouse incisor.

The continuously growing mouse incisor provides a model for studying renewal of dental tissues from dental epithelial stem cells (DESCs). A robust system for consistently and reliably obtaining these cells from the incisor and expanding them in vitro is reported here.

Yetişkin Fare insizör Diş Epitel Kök Hücreleri İzolasyon ve Kültür

Understanding the cellular and molecular mechanisms that underlie tooth regeneration and renewal has become a topic of great interest1-4, and the mouse ...