FDR Kontrol Tabanlı Hedefsiz Metabolom Üzerinde Entegre Bir Tanımlama ve Niceleme İş Akışı

Bu protokol, metabolit tanımlamanın yanlış pozitiflerini etkili bir şekilde azaltan FDR kalite kontrolüne dayanan hedefsiz metabolomun kalitatif ve kantitatif analizini sağlar. Bu iş akışı, nitel analiz modülünde metabolom tanımlaması için FDR'yi daha doğru bir şekilde değerlendirmek üzere hedef-aldatma stratejisini kullanan XY-Meta'yı entegre eder. Bu önlem, hedeflenmemiş metabolom tanımlamasının yanlış pozitif sonuçlarını etkili bir şekilde filtreleyebilir ve bu da biyobelirteçleri veya anahtar molekülleri keşfetmenin sağlamlığını artırır.

Araştırmacıların FDR kontrolü için hedef-aldatma stratejisini anlayabilmelerini ve ustalaşabilmelerini ve bu boru hattını protokolün varsayılan parametreleriyle birkaç kez sıkı bir şekilde çalıştırmayı denemelerini bekliyoruz. GNPS veritabanı web sayfasına gidip veri kümelerine gözat'ı tıklatarak başlayın. Başlık sütununda anahtar sözcüğü arayın ve ardından veri kümesi kimlik numarasını tıklayın.

FTP kullanarak veri kümesini indirin ve ham verileri ilgili klasöre kaydedin. Ham verilerin biçimini dönüştürmek için, önce ProteoWizard yazılımını yükleyin. ProteoWizard kurulum yolu altında msconvert yazın.

exe, ardından ham veri biçimini mzXML biçimine dönüştürmek için belirli parametreler gelir. Yine, msconvert'i kullanarak. exe bu verileri MGF biçimine dönüştürür ve MGF klasöründe depolar.

Metabolitler için referans spektral kütüphanesini hazırlamak üzere GNPS web sayfasına gidin. NIST anahtar sözcüğünü arayın, ayrıntılar için görüntüle'yi tıklatın ve kitaplığı indirin. Kitaplığı veritabanı klasörüne kaydedin.

XY-Meta programını indirin. Yapılandırma klasörünün altındaki parametre yapılandırma dosyasını bulun ve metin protokolünde açıklandığı gibi içeriğini değiştirin. Adducts türünü adduct klasöründe bir liste olarak ayarlayın.

XY-Meta.exe komutunu kullanarak metabolit tanımlama ve yanlış keşif hızı kontrolünü gerçekleştirin. MetaX yazılım paketini indirin ve yükleyin. Ardından örnek listesini düzenleyin.

txt dosyası, metin protokolünde açıklandığı gibi örneği ve buna karşılık gelen kütle spektrometresi verilerini belirtmek için kullanılır. MetaX yazılımını kullanarak Mock ve wild-type gruplarının nicelleştirilmesi için komut dosyasını çalıştırmak üzere metin protokolüyle birlikte verilen R dosyasını kullanın. PCA grafiği gibi nicel analiz sonuçlarının depolandığı çıktı klasörünü kontrol edin.

Ardından, hem sonuçları tümleştirmek hem de R betiğini çalıştırmak için metabolit tanımlamalarını kullanarak nitel ve nicel analizdeki tepe noktalarına açıklama eklemek için R betiğindeki parametreleri değiştirin. Niceliklendirilmiş metabolitlerin kutu grafikleri, sağlıklı ve hastalık örneklerinin genel dağılımının, ortalama değerlerin düşük dalgalanmasıyla benzer olduğunu göstermiştir. Metabolitlerin sadece% 3.39'u eksik değerlerin% 30'undan fazlasına sahipti.

Her iki gruptan örneklerin temel bileşen analizi grafiği, metaX'in CV'si 0.3'ten az olan metabolitlerin oranını önemli ölçüde artırdığını göstermiştir. Üç istatistiksel test yönteminden farklı olarak tespit edilen metabolitlerin Venn diyagramı, 119 yaygın metaboliti ortaya çıkardı. Tüm açıklamalı metabolitlerin yük dağılımına göre tutma süresi ve kütle, altı anlamlı ve farklı şekilde tespit edilen metabolitleri gösteren, 0.01'den daha düşük bir yanlış keşif oranı ile çizilmiştir.

İş akışı testi için süreyi sınırlamak önemlidir. Analiz için çok fazla örnek seçmemeyi ve her grupta en az iki örnek bulundurmayı unutmayın. Bu teknik, FDR kontrolüne dayalı spektrum eşleştirme sonuçlarını kullanarak daha sağlam bir referans spektrum spektral kütüphanesi oluşturan veriden bağımsız toplama verilerinden metabolize edilmiş tanımlamanın kalite kontrolünü sağlar.