Bu çalışma etik kurul onayı ve katılım onayı anlamına gelmemektedir. Bu çalışmada kullanılan veriler gen veri tabanlarından elde edilmiştir.
1. Hastalık hedeflerinin tahmini
<ol><li>GeneCards veritabanına (https://www.genecards.org) ve insan veritabanında (OMIM, https://www.omim.org) çevrimiçi Mendel kalıtımına erişin ve hastalık hedefleri için arama terimi olarak "anüs egzaması" kullanın.</li>
	<li>Hastalık hedeflerinin elektronik tablolarını indirin. Anüs egzaması hedeflerini elde etmek için tekrarlanan hedefleri silin.</li>
</ol>2. Aktif bileşenlerin seçimi
<ol><li>SDG'nin aday aktif bileşenlerinin ve hedeflerinin listesini elde etmek için Geleneksel Çin Tıbbı sisteminin farmakoloji veritabanında (TCMSP; http://tcmspw.com/tcmsp.php) "indigo naturalis, altın selvi, kalsine alçıtaşı, kalamin ve Çin Safrası" anahtar kelimesini arayın.</li>
	<li>Bileşeni İsviçre ADME veritabanına (http://www.swissadme.ch/index.php) emanet edin, aktif elemanlar olarak en az iki "Evet" DL değeri ile birlikte "yüksek" GI absorpsiyonu sergileyenlerin ayrıntılarını çıkarın. NOT: Normalde, yalnızca veritabanında ilaç benzeri (DL) değerlere ≥0.18 olan bileşenler aktif bileşen olarak dahil edilir.</li>
</ol>3. PPI ağının inşası ve çekirdek proteinlerin taranması
<ol><li>Venny2.1(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)'de, SDG ve anüs egzaması hedeflerini sırasıyla LİSTE1 ve LİSTE2'ye girin. Kavşağın görsel bir temsili anında oluşturulur. Sonuçlar bölümünde ortak hedefleri ortaya çıkarmak için paylaşılan alana tıklayın.</li>
	<li>STRING veritabanına (https://string-db.org/) erişin. Hedefleri İsim Listesi alanına girin. Ardından Organizma olarak Homo sapiens'i seçin ve Ara > Devam Et ile devam edin.</li>
	<li>Sonuçlar mevcut olduğunda, Gelişmiş Ayarlar'ı açın ve ağdaki bağlantısı kesilmiş düğümleri gizle'yi seçin. Gerekli Minimum Etkileşim Puanı'nda en yüksek güvenirliği (0,900) ayarlayın ve ardından Güncelle'ye tıklayın.</li>
	<li>Protein-protein etkileşimi (PPI) ağının metnini .png ve .tsv formatında indirmek için Dışa Aktar'a tıklayın.</li>
</ol>4. İlaç-bileşen-hastalık-hedef ağının oluşturulması
<ol><li>Cytoscape 3.9.1'i açın ve adım 3.4'te belirtilen .tsv dosyasını içe aktarın. Ağ düğümlerinin rengini, yazı tipini ve yanını optimize etmek için kontrol panelindeki Stil çubuğuna tıklayın.</li>
	<li>Ağ topolojisi analizi için Ağı Analiz Et işlevini kullanın. Hub genlerini elde etmek için Cytoscape yazılımında CytoHubba'yı kullanın. İlaç-bileşen-hastalık-hedef ağını kurun.</li>
</ol>5. GO ve KEGG zenginleştirme analizi
<ol><li>Metascape web sitesine erişin (https://metascape.org/). Bir dosya seçin veya bir gen listesini iletişim kutusuna yapıştırın ve Gönder düğmesine tıklayın. Ardından, hem Tür Olarak Girdi'de hem de Tür Olarak Analiz'de H. sapiens'i seçin; bundan sonra, Özel Analiz işlevini etkinleştirin.</li>
	<li>Zenginleştirme seçeneğinde GO Moleküler İşlevleri, GO Biyolojik Süreçleri, GO Hücresel Bileşenleri ve KEGG Yolu veritabanını seçin. Pick Selective GO Clusters (Seçmeli GO Kümeleri Seç) seçeneğini işaretleyin ve ardından Enrichment Analysis (Zenginleştirme Analizi ) düğmesine tıklayın. İlerleme çubuğunun tamamlanmasının ardından, zenginleştirme sonuçlarını almak için bir Analiz Raporu Sayfası tıklaması başlatın.</li>
</ol>6. GEO gen çipi veri kümesi analizi
<ol><li>Farklı veri gruplarında (kontrol grubu-atopik olmayan dermatit; deney grubu-atopik dermatit) merkezi genlerin ekspresyonunu araştırmak için GEO2R aracını (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/) kullanarak GEO gen çipi veri setini (GDS3806) arayın ve analiz edin.</li>
	<li>GEO veritabanı web sitesine (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) girin. Anahtar kelimeyi veya GEO Erişimini girin ve Ara düğmesine tıklayın. En iyi eşleşen sonucu seçin. Referans serisini (GSE26952) bulun.</li>
	<li>GEO2R aracı web sitesine (https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/) girin, GEO Erişimi kutusuna referans serisini girin ve Ayarla düğmesine tıklayın. Deney grubu olarak Atopik Dermatit'i seçin, kontrol grubu olarak Nonatopik Control'ü seçin ve Analiz Et düğmesine tıklayın. Hesaplama tamamlandıktan sonra sonuç görünecektir.</li>
</ol>7. Moleküler yerleştirme
<ol><li>TCMSP veritabanını açın ve seçilen bileşenlerin 3B yapısını indirin. Kimyasal Adı arama kutusunu kullanın ve ilgili 3B yapı dosyalarını mol2 formatında indirmek için seçilen bileşen adlarını arayın.</li>
	<li>RCSB protein veritabanını (http://www.pdb.org/) açın ve anahtar hedeflerin kristal yapılarını indirin. Arama kutusunda, hedef adlarını arayın ve ilgili kristal yapı dosyalarını pdb formatında indirin.</li>
	<li>Bileşenleri ve hedef yapı dosyalarını analiz yazılımına aktarın. Düzenle > Suyu Sil'e tıklayarak su moleküllerini silin. Düzenle > Hidrojenleri >Ekle'ye tıklayarak hidrojen ekleyin. Malzemeleri ligand olarak ayarlayın, reseptör olarak tüm hedefleri seçin ve kör yerleştirme gerçekleştirin.</li>
	<li>Moleküler yerleştirme aralığını belirleyin.<ol><li>Reseptörü ve ligandı sırayla seçin. Izgara kutusunu tüm modeli içerecek şekilde ayarlamak için Izgara > Izgara Kutusu'na tıklayın. Izgara kutusu durumunu kaydetmek için Dosya > Kaydetme akımını kapat'a tıklayın. Dosyaları gpf formatında kaydedin.</li>
		<li>Çalıştır'a tıklayın > Autogrid4'ü Çalıştırın > Parametre Dosya Adı > Gözat'a tıklayın, gpf dosyasını seçin ve ardından Başlat düğmesine tıklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Moleküler yerleştirme gerçekleştirmek için AutoDock 4'ü kullanın.<ol><li>Reseptörü seçmek için Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename'e tıklayın. Ligand'ı seçmek için Aç/ >Seç> Yerleştir'e tıklayın.</li>
		<li>Çalışma algoritmalarını ayarlamak için Yerleştirme > Arama Parametreleri'ne ve yerleştirme parametrelerini ayarlamak için Yerleştirme > Yerleştirme Parametreleri'ne tıklayın. Dpf dosyasını seçin, ardından Başlat düğmesine tıklayın. Dosyaları dpf formatında kaydedin.</li>
		<li>Analyze > Docking > Open'a tıklayın, dlg dosyasını seçin, reseptörü açmak için Analyze > Macromolecule'e tıklayın, sonuçları analiz etmek için Analyze > Conformasyons > Play, Ranked by Energy'ye tıklayın. Sonuçları pdbqt biçiminde kaydetmek için Oynat > Karmaşık Yaz'ı Ayarla'ya tıklayın.</li>
	</ol></li>
	<li>Daha fazla görselleştirme oluşturmak için yerleştirme dosyalarını PyMOL yazılımına aktarın.<ol><li>Ligandı seçin ve ligandlar ile dış ortam arasındaki hidrojen bağlarını görüntülemek için Nesnedeki Diğer Atomlara > > Polar Kontakları Bul > Eylem'e tıklayın. Rengi değiştirmek için c'ye tıklayın.</li>
		<li>Nesneyi Ayıklamak > Eylem'e tıklayın. Reseptörün çubuk yapısını göstermek için > Çubuklarını Göster'e tıklayın. Ligandlara bağlı kalıntıları tanımlayın ve çubuk yapısını gösterin.</li>
		<li>Reseptörün çubuk yapısını gizlemek için > Çubuklarını Gizle'ye tıklayın. Ölçüm Sihirbazı > tıklayın ve sırayla iki atoma tıklayın. Kalıntıların etiketini göstermek için Kalıntı > Etiket'e tıklayın. Gerekirse arka plan rengini ve saydamlığı ayarlayın. Resmi kaydetmek için Dosya > Resmi Farklı Dışa Aktar'a tıklayın.</li>
	</ol></li>
</ol>

Anüs Egzama Tedavisinde SKA Ağ Farmakolojisi ve GEO Veri Seti Analizi

<ol>
	<li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema.">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623 (2021).</li><li>Dietrich, C. F., Hoch, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anal+eczema.">Anal eczema.</a> Revue Therapeutique. 78 (9), 509-512 (2021).</li><li>Dietrich, A., Ruzicka, T., Hermans, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differential+diagnosis+of+anal+eczema.">Differential diagnosis of anal eczema.</a> Hautarzt. 66 (6), 400-407 (2015).</li><li>Rohde, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anal+eczema,+condylomata+acuminata.">Anal eczema, condylomata acuminata.</a> Deutsche Medizinische Wochenschrift. 133 (6), 245-246 (2008).</li><li>Havlickova, B., Weyandt, G. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Therapeutic+management+of+anal+eczema:+an+evidence-based+review.">Therapeutic management of anal eczema: an evidence-based review.</a> International Journal of Clinical Practice. 68 (11), 1388-1399 (2014).</li><li>Rainer, B. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea:+A+case-control+study.">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: A case-control study.</a> American Journal of Clinical Dermatology. 21 (1), 139-147 (2020).</li><li>Park, S. Y., Kim, H. S., Lee, S. H., Kim, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+acne:+Impact+of+systemic+antibiotics.">Characterization and analysis of the skin microbiota in acne: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 168 (2020).</li><li>Woo, Y. R., Lee, S. H., Cho, S. H., Lee, J. D., Kim, H. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+and+analysis+of+the+skin+microbiota+in+Rosacea:+Impact+of+systemic+antibiotics.">Characterization and analysis of the skin microbiota in Rosacea: Impact of systemic antibiotics.</a> Journal of Clinical Medicine. 9 (1), 185 (2020).</li><li>Zheng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Alterations+in+the+skin+microbiome+are+associated+with+disease+severity+and+treatment+in+the+perioral+zone+of+the+skin+of+infants+with+atopic+dermatitis.">Alterations in the skin microbiome are associated with disease severity and treatment in the perioral zone of the skin of infants with atopic dermatitis.</a> European Journal of Clinical Microbiology &amp; Infectious Diseases. 38 (9), 1677-1685 (2019).</li><li>Tott&#233;, J. E. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nasal+and+skin+microbiomes+are+associated+with+disease+severity+in+paediatric+atopic+dermatitis.">Nasal and skin microbiomes are associated with disease severity in paediatric atopic dermatitis.</a> The British Journal of Dermatology. 181 (4), 796-804 (2019).</li><li>Zhao, X. Y., Yang, Y. Y., Jl Feng, ., Feng, C. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology+prediction+and+experimental+validation+of+Trichosanthes-Fritillaria+thunbergii+action+mechanism+against+lung+adenocarcinoma.">Network pharmacology prediction and experimental validation of Trichosanthes-Fritillaria thunbergii action mechanism against lung adenocarcinoma.</a> Journal of Visualized Experiments. (193), e64847 (2023).</li><li>Zeng, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology+prediction+and+metabolomics+validation+of+the+mechanism+of+Fructus+Phyllanthi+against+hyperlipidemia.">Network pharmacology prediction and metabolomics validation of the mechanism of Fructus Phyllanthi against hyperlipidemia.</a> Journal of Visualized Experiments. (194), e65071 (2023).</li><li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Li, L., Chu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mechanism+of+action+of+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Ligusticum+chuanxiong+in+the+treatment+of+ischemic+stroke+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking.">The mechanism of action of the combination of Astragalus membranaceus and Ligusticum chuanxiong in the treatment of ischemic stroke based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine. 101 (28), e29593 (2022).</li><li>Wang, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+mechanism+of+luteolin+by+regulating+microglia+polarization+based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments.">Exploring the mechanism of luteolin by regulating microglia polarization based on network pharmacology and in vitro experiments.</a> Scientific Reports. 13 (1), 13767 (2023).</li><li>Qi-Yue, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=From+natural+dye+to+herbal+medicine:+a+systematic+review+of+chemical+constituents,+pharmacological+effects+and+clinical+applications+of+indigo+naturalis.">From natural dye to herbal medicine: a systematic review of chemical constituents, pharmacological effects and clinical applications of indigo naturalis.</a> Chinese Medicine. 15 (1), 127 (2020).</li><li>Andr&#233;, C., Dumur, J. P., Hrabina, M., Lefebvre, E., Sicard, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Juniperus+ashei:+the+gold+standard+of+the+Cuppressaceae.">Juniperus ashei: the gold standard of the Cuppressaceae.</a> Allergie et Immunologie. 32 (3), 104-106 (2000).</li><li>Weidinger, S., Novak, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Atopic+dermatitis.">Atopic dermatitis.</a> Lancet. 387 (10023), 1109-1122 (2016).</li><li>Cai, L. L., Wu, Y., He, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology+of+Shidu+ointment+in+the+treatment+of+EGFR-TKIs+induced+acneiform+eruptions.">Network pharmacology of Shidu ointment in the treatment of EGFR-TKIs induced acneiform eruptions.</a> China Pharmaceuticals. 29 (16), 5 (2020).</li><li>Gu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanisms+of+indigo+naturalis+on+treating+ulcerative+colitis+explored+by+GEO+gene+chips+combined+with+network+pharmacology+and+molecular+docking.">Mechanisms of indigo naturalis on treating ulcerative colitis explored by GEO gene chips combined with network pharmacology and molecular docking.</a> Scientific Reports. 10 (1), 15204 (2020).</li><li>Lou, Y., Ma, Y., Jin, J., Zhu, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oral+realgar-indigo+naturalis+formula+plus+retinoic+acid+for+acute+promyelocytic+leukemia.">Oral realgar-indigo naturalis formula plus retinoic acid for acute promyelocytic leukemia.</a> Frontiers in Oncology. 10, 597601 (2021).</li><li>Zhang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Psoriasis+treatment+using+Indigo+Naturalis:+Progress+and+strategy.">Psoriasis treatment using Indigo Naturalis: Progress and strategy.</a> Journal of Ethnopharmacology. 297, 115522 (2022).</li><li>Naganuma, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficacy+of+Indigo+Naturalis+in+a+multicenter+randomized+controlled+trial+of+patients+with+ulcerative+colitis.">Efficacy of Indigo Naturalis in a multicenter randomized controlled trial of patients with ulcerative colitis.</a> Gastroenterology. 154 (4), 935-947 (2018).</li><li>Yang, Q. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploring+the+mechanism+of+Indigo+Naturalis+in+the+treatment+of+ulcerative+colitis+based+on+TLR4/MyD88/NF-&#954;B+signaling+pathway+and+gut+microbiota.">Exploring the mechanism of Indigo Naturalis in the treatment of ulcerative colitis based on TLR4/MyD88/NF-&#954;B signaling pathway and gut microbiota.</a> Frontiers in Pharmacology. 12, 674416 (2021).</li><li>Sun, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Indigo+Naturalis+alleviates+dextran+sulfate+sodium-induced+colitis+in+rats+via+altering+gut+microbiota.">Indigo Naturalis alleviates dextran sulfate sodium-induced colitis in rats via altering gut microbiota.</a> Frontiers in Microbiology. 11, 731 (2020).</li><li>Cao, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immune+and+metabolic+regulation+mechanism+of+Dangguiliuhuang+decoction+against+insulin+resistance+and+hepatic+steatosis.">Immune and metabolic regulation mechanism of Dangguiliuhuang decoction against insulin resistance and hepatic steatosis.</a> Frontiers in Pharmacology. 8, 445 (2017).</li><li>Min, S. Y., Park, C. H., Yu, H. W., Park, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anti-inflammatory+and+anti-allergic+effects+of+saponarin+and+its+impact+on+signaling+pathways+of+RAW+264.7,+RBL-2H3,+and+HaCaT+cells.">Anti-inflammatory and anti-allergic effects of saponarin and its impact on signaling pathways of RAW 264.7, RBL-2H3, and HaCaT cells.</a> International Journal of Molecular Sciences. 22 (16), 8431 (2021).</li><li>Seo, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Saponarin+from+barley+sprouts+inhibits+NF-&#954;B+and+MAPK+on+LPS-induced+RAW+264.7+cells.">Saponarin from barley sprouts inhibits NF-&#954;B and MAPK on LPS-induced RAW 264.7 cells.</a> Food &amp; Function. 5 (11), 3005-3013 (2014).</li><li>Moreno-Anz&#250;rez, N. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+cytotoxic+and+anti-inflammatory+campesterol+derivative+from+genetically+transformed+hairy+roots+of+Lopezia+racemosa+Cav.+(Onagraceae).">A cytotoxic and anti-inflammatory campesterol derivative from genetically transformed hairy roots of Lopezia racemosa Cav. (Onagraceae).</a> Molecules. 22 (1), 118 (2017).</li><li>Numao, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tryptanthrin+attenuates+TLR3-mediated+STAT1+activation+in+THP-1+cells.">Tryptanthrin attenuates TLR3-mediated STAT1 activation in THP-1 cells.</a> Immunologic Research. 70 (5), 688-697 (2022).</li><li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Pavithra, D., Sugapriya, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melianone+inhibits+secreted+aspartic+proteases+(SAP),+a+virulence+factor+during+hyphal+formation+in+Candida+albicans.">Melianone inhibits secreted aspartic proteases (SAP), a virulence factor during hyphal formation in Candida albicans.</a> Current Computer-Aided Drug Design. 18 (5), 327-336 (2022).</li><li>Veni, A., Lokeswari, T. S., Krishna Kumari, G. N., Gayathri, D., Sudandiradoss, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioactivity+of+melianone+against+Salmonella+and+in+silico+prediction+of+a+membrane+protein+target.">Bioactivity of melianone against Salmonella and in silico prediction of a membrane protein target.</a> 3 Biotech. 10 (10), 460 (2020).</li><li>Ma, M., Lu, H., Yang, Z., Chen, L., Li, Y., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Differences+in+microbiota+between+acute+and+chronic+perianal+eczema.">Differences in microbiota between acute and chronic perianal eczema.</a> Medicine. 100 (16), e25623 (2021).</li><li>Williams, H. C., Chalmers, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prevention+of+atopic+dermatitis.">Prevention of atopic dermatitis.</a> Acta Dermato-Venereologica. 100 (12), (2020).</li><li>Nogales, C., Mamdouh, Z. M., List, M., Kiel, C., Casas, A. I., Schmidt, H. H. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology:+curing+causal+mechanisms+instead+of+treating+symptoms.">Network pharmacology: curing causal mechanisms instead of treating symptoms.</a> Trends in Pharmacological Sciences. 43 (2), 136-150 (2022).</li><li>Wang, T., Zhou, Y., Wang, K., Jiang, X., Wang, J., Chen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+and+validation+of+potential+molecular+targets+for+the+combination+of+Astragalus+membranaceus+and+Angelica+sinensis+in+the+treatment+of+atherosclerosis+based+on+network+pharmacology.">Prediction and validation of potential molecular targets for the combination of Astragalus membranaceus and Angelica sinensis in the treatment of atherosclerosis based on network pharmacology.</a> Medicine (Baltimore). 101 (26), e29762 (2022).</li><li>Jiang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exploration+of+Fuzheng+Yugan+mixture+on+COVID-19+based+on+network+pharmacology+and+molecular+docking.">Exploration of Fuzheng Yugan mixture on COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking.</a> Medicine (Baltimore). 102 (3), e32693 (2023).</li><li>Dong, Y., Zhao, Q., Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network+pharmacology-based+investigation+of+potential+targets+of+astragalus+membranaceous-angelica+sinensis+compound+acting+on+diabetic+nephropathy.">Network pharmacology-based investigation of potential targets of astragalus membranaceous-angelica sinensis compound acting on diabetic nephropathy.</a> Scientific Reports. 11 (1), 19496 (2021).</li><li>Wang, T., Jiang, X., Lu, Y., Ruan, Y., Wang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+integration+analysis+of+a+novel+prognostic+signature+associated+with+cuproptosis-related+ferroptosis+genes+and+relevant+lncRNA+regulatory+axis+in+lung+adenocarcinoma.">Identification and integration analysis of a novel prognostic signature associated with cuproptosis-related ferroptosis genes and relevant lncRNA regulatory axis in lung adenocarcinoma.</a> Aging (Albany NY). 15 (5), 1543-1563 (2023).</li><li>Wang, T., Jiang, X., Ruan, Y., Zhuang, J., Yin, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Based+on+network+pharmacology+and+in+vitro+experiments+to+prove+the+effective+inhibition+of+myocardial+fibrosis+by+Buyang+Huanwu+decoction).">Based on network pharmacology and in vitro experiments to prove the effective inhibition of myocardial fibrosis by Buyang Huanwu decoction).</a> Bioengineered. 13 (5), 13767-13783 (2022).</li></ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.

Atopik dermatit, egzama ile altta yatan mekanizmaları paylaşan spesifik bir egzama şeklidir. Bu durumla ilişkili olduğuna inanılan hub genleri TNF, MAPK14 ve CASP3'tür. SDG'nin anal egzama üzerindeki terapötik etkileri, esas olarak bu üç hub geni17 aracılığıyla TNF ve MAPK sinyal yolları üzerindeki etkisine atfedilir.
SDG beş farklı ilaç içerir: indigo naturalis, altın selvi, kalsine alçıtaşı, kalamin ve Çin Gall'i. Geleneksel Çin tıbbında,...

Anal egzama, perianal bölgeyi ve mukozayı etkileyen, çeşitli klinik belirtiler gösteren alerjik bir cilt rahatsızlığıdır1. Karakteristik semptomlar arasında anal eritem, papüller, kabarcıklar, erozyon, eksüdalar ve kabuklanma bulunur. Bu belirtiler çoğunlukla etkilenen bölgenin çizilmesi, kalınlaşması ve pürüzlülüğü nedeniyle ortaya çıkar2.
Hastalığın uzun sürmesi, tekrarlayan ataklar ve zorlu tedavi ile karakterize edilen anal egzama, hastaların fiziksel ve zihinsel sağlığı üzerinde olumsuz etkilere neden olabilir3. Anal egzamanın patogenezi henüz net değildir ve modern tıp, lokal anal lezyonlar, diyet, çevre, genetik ve diğer faktörlerle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir4. Anal egzama tedavisi, tahriş edici maddeler ve potansiyel alerjenlerle temastan kaçınmanın yanı sıra, esas olarak iltihabı önleme, alerji önleme ve kaşıntıyı hafifletme gibi yöntemlere odaklanır5.
SDG, anal egzama ve diğer anal durumların tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. SDG, anal cilt eksüdasyonunu düzenler, nemi azaltır, anal cildi onarır ve kaşıntıyı etkili bir şekilde ele alır 6,7,8. Ayrıca, SDG, perianüs mikrobiyotasını düzenleme ve böylece anüs egzamasını iyileştirme potansiyeline sahiptir 9,10.
Yapay zeka ve büyük veri alanında yeni ve disiplinler arası, son teknoloji bir biyoinformatik yaklaşım olan ağ farmakolojisi, geleneksel Çin tıbbının derinlemesine araştırılmasını sağlar. Bu disiplin, ilaçlar ve hastalıklar arasındaki moleküler korelasyon kurallarının ekolojik ağ perspektifinden sistemik olarak açıklanmasını vurgulamaktadır. Bitki özlerindeki temel aktif bileşenlerin tanımlanması, küresel etki mekanizmalarının deşifre edilmesi, ilaç kombinasyonlarının formüle edilmesi ve reçete uyumluluğunun incelenmesi dahil olmak üzere çeşitli yönlerden kapsamlı bir şekilde benimsenmiştir. Geleneksel Çin reçeteleri, çok bileşenli ve çok hedefli nitelikleri sergiler ve bu da ağ farmakolojisi alanına önemli ölçüde uyarlanabilirliklerini gösterir. Bu metodoloji tarafından yönlendirilen, karmaşık geleneksel Çin tıbbı sistemlerinin incelenmesinde yeni bakış açıları ortaya çıkmış ve klinik uygulama rasyonalizasyonu ve ilaç yeniliği için sağlam teknik destek sağlamıştır 11,12,13,14.
Bu çalışmanın amacı, anal egzama tedavisinde SKH'nin etkinlik mekanizmasını araştırmaktır. Bu araştırma çabası, ağ farmakolojisi ve GEO veri kümelerinin sinerjik bir entegrasyonunu kullanarak topikal ilaç uygulama mekanizmasını aydınlatmaya çalıştı. Bulgular, anüs egzamasının tedavisinde SDG'nin etkinliği ve altında yatan mekanizmalar hakkında değerli bilgiler sağlamakta ve bu durum için etkili bir terapötik yaklaşım olma potansiyelini göstermektedir. Çalışmanın ayrıntılı iş akış şeması Şekil 1'de sunulmuştur.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>AutoDockTools</td>
			<td>AutoDock</td>
			<td>https://autodocksuite.scripps.edu/adt/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytoscape 3.9.1&#160;</td>
			<td>Cytoscape</td>
			<td>https://cytoscape.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneCards database&#160;</td>
			<td>GeneCards</td>
			<td>https://www.genecards.org</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GEO database</td>
			<td>National Center for Biotechnology Information</td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GEO2R tool&#160;</td>
			<td>National Center for Biotechnology Information</td>
			<td>https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Metascape</td>
			<td>Metascape</td>
			<td>https://metascape.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Online Mendelian inheritance in man database</td>
			<td>OMIM</td>
			<td>https://www.omim.org</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RCSB protein database&#160;</td>
			<td>RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB)</td>
			<td>http://www.pdb.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STRING database&#160;</td>
			<td>STRING</td>
			<td>https://string-db.org/</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Swiss ADME database&#160;</td>
			<td>Swiss Institute of Bioinformatics</td>
			<td>http://www.swissadme.ch/index.php</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Traditional Chinese Medicine system&#39;s pharmacology database (TCMSP)</td>
			<td>Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform</td>
			<td>http://tcmspw.com/tcmsp.php</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Venny2.1</td>
			<td>BioinfoGP</td>
			<td>https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the efficacy and underlying pathway mechanisms of shidugao treatment for anus eczema based on geo datasets and network pharmacology

Anüs egzaması, anüs çevresini etkileyen kronik ve tekrarlayan inflamatuar bir cilt hastalığıdır. Lezyonlar öncelikle anal ve perianal deride meydana gelirken, perine veya genital bölgeye de uzanabilir. ShiDuGao'nun (SDG) anal kaşıntıya, eksüdasyon kontrolüne, nem azaltmaya ve cilt onarımına karşı önemli onarıcı özelliklere sahip olduğu bulunmuştur. Bununla birlikte, SDG'nin anal egzama üzerindeki genetik hedefleri ve farmakolojik mekanizmaları henüz tam olarak aydınlatılmamış ve tartışılmamıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada ağ farmakolojik bir yaklaşım kullanılmış ve gen hedeflerini araştırmak için gen ekspresyon omnibus (GEO) veri kümeleri kullanılmıştır. Ek olarak, bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) kuruldu ve bunun sonucunda "ilaç-hedef-hastalık" etkileşim ağı içinde 59'u merkez gen olarak kabul edilen 149 hedefin tanımlanması sağlandı.
Perianal egzama tedavisinde SDG'nin gen fonksiyonu, Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) analizi kullanılarak değerlendirildi. Daha sonra, ağ farmakolojik analizinde tanımlandığı gibi SDG'nin anti-perianal egzama fonksiyonu ve potansiyel yolu, moleküler yerleştirme metodolojisi kullanılarak doğrulandı. Anüs egzamasının tedavisinde SDG hedefli genler ve proteinlerle ilişkili biyolojik süreçler, diğerlerinin yanı sıra öncelikle sitokin aracılı yanıtları, inflamatuar yanıtları ve lipopolisakkarite yanıtları kapsar. Yol zenginleştirme ve fonksiyonel açıklama analizlerinin sonuçları, SDG'nin Shigellosis ve herpes simpleks virüs 1 enfeksiyon yolaklarını düzenleyerek anal egzamanın önlenmesinde ve yönetilmesinde çok önemli bir rol oynadığını göstermektedir. Ağ farmakolojisi ve GEO veri tabanı analizi, anal egzama tedavisinde, özellikle TNF ve MAPK sinyal yollarında çok önemli merkez hedefleri olan TNF, MAPK14 ve CASP3'ü modüle ederek SDG'nin çok hedefli doğasını doğrulamaktadır. Bu bulgular, SDG'nin anal egzama için terapötik mekanizması hakkında daha fazla araştırma için net bir yön sağlarken, bu zayıflatıcı durum için etkili bir tedavi yaklaşımı olma potansiyelini vurgulamaktadır.

Anal eczema is an allergic skin condition that affects the perianal region and mucosa, exhibiting various clinical manifestations1. The characteristic symptoms include anal erythema, papules, blisters, erosion, exudates, and crusting. These symptoms mostly arise due to scratching, thickening, and roughness of the affected area2.
Anal eczema, characterized by a prolonged duration of the disease, recurrent attacks, and challenging treatment, can have adverse effects on patients&#39; physical and mental health3. The pathogenesis of anal eczema is not yet clear, and modern medicine suggests that it may be related to local anal lesions, diet, environment, genetics, and other factors4. In addition to avoiding contact with irritants and potential allergens, the treatment of anal eczema mainly focuses on methods such as inhibiting inflammation, anti-allergy, and relieving itching5.
SDG has been extensively utilized for the treatment of anal eczema and other anal conditions. SDG regulates anal skin exudation, reduces moisture, repairs anal skin, and effectively addresses pruritus6,7,8. Furthermore, SDG has the potential to regulate perianus microbiota, thereby improving anus eczema9,10.
Network pharmacology, a novel and interdisciplinary, cutting-edge bioinformatic approach in the realm of artificial intelligence and big data, provides an in-depth exploration of traditional Chinese medicine. This discipline emphasizes the systemic expounding of molecular correlation rules between drugs and diseases from an ecological network perspective. It has been extensively adopted for various aspects, including identifying key active ingredients in herb extracts, deciphering their global mechanisms of action, formulating drug combinations, and studying prescription compatibility. Traditional Chinese prescriptions exhibit the attributes of multi-component and multi-target, signifying their substantial adaptability to the realm of network pharmacology. Driven by this methodology, fresh perspectives have emerged in the examination of complex traditional Chinese medicine systems, furnishing robust technical support for clinical application rationalization and drug innovation11,12,13,14.
This study aims to explore the mechanism of effectiveness of SDG in the treatment of anal eczema. This investigative effort sought to elucidate the mechanism of topical drug administration using a synergistic integration of network pharmacology and GEO datasets. The findings provide valuable insights into the efficacy and underlying mechanisms of SDG in the management of anus eczema, indicating its potential as an effective therapeutic approach for this condition.The detailed workflow diagram of the study is presented in Figure 1.

Yazar Spotlight: Anüs Egzaması Tedavisinde ShiDuGao'nun Çok Hedefli Yaklaşımını Keşfetmek

Anüs Egzaması için ShiDuGao Tedavisinin GEO Veri Setleri ve Ağ Farmakolojisine Dayalı Etkinliği ve Altta Yatan Yol Mekanizmaları

1 This article evaluated the feasibility, target<v>2 and the mechanism of ShiDuGao in treating anus eczema. 3 Network pharmacology and GEO database analysis 4 confirms the multi-target nature of SDG 5 in treating anal eczema, 6 specifically by modulating TNF and APK 14, 7 and the CASP3, 8 which are crucial hub targets in the TNF 9 and MAPK signaling pathways. 10 These fundings provide a clear direction 11 for further investigation into SDG's 12 therapeutic mechanism for anal eczema, 13 while highlighting its potential 14 as an effective treatment approach 15 for this debilitating condition.16 Mechanism research is acknowledged<v>17 as the most intricate aspect 18 of herbal prescription investigation. 19 Network pharmacology currently permits diverse aspect 20 of the pharmacentrical field, 21 making a paradigm shift from conventional 22 to contemporary biomedicine, 23 and refining traditional Chinese medicine development. 24 This research combined network pharmacology 25 with GEO dataset to discern to topical drug mechanisms.26 In this study, the pure data generation method<v>27 was used to maximize data utilization 28 by combining modified disease, 29 especially for some diseases that are difficult 30 to build animal models for. 31 The online data are used primarily to predict 32 and verify diseases and drug targets, 33 so as to gather research direction 34 and lay a good foundation 35 for subsequent experimental verification.

Anüs egzaması ile ilişkili genler, SDG hedef genleri ve ortak hedefler Toplam 958 potansiyel gen adayı Genecard'larda ve 634'ü OMIM veritabanlarında taranırken, kopyalar hariç tutuldu. Anal egzama ile ilgili genler hakkında kapsamlı bir anlayış elde etmek için, birden fazla veri tabanından elde edilen bulgular birleştirildi ve toplam 958 farklı gen elde edildi. Sonuç olarak, anal egzamaya özgü bir protein-protein etkileşim ağı (PPI) titizlikle formüle edildi. SDG, indigo natural...

Watch this Scientific Journal Video about The Efficacy and Underlying Pathway Mechanisms of ShiDuGao Treatment for Anus Eczema Based on GEO Datasets and Network Pharmacology at JoVE.com

Bu araştırma çabası, ağ farmakolojisi ve gen ekspresyonu omnibus (GEO) veri kümelerinin sinerjik bir entegrasyonunu kullanarak topikal ilaç uygulama mekanizmasını aydınlatmaya çalıştı. Bu makalede anüs egzamasının tedavisinde ShiDuGao'nun (SDG) uygulanabilirliği, hedefi ve mekanizması değerlendirilmiştir.

Anus eczema is a chronic and recurrent inflammatory skin disease affecting the area around the anus. While the lesions primarily occur in the anal and ...

the-efficacy-underlying-pathway-mechanisms-shidugao-treatment-for

Research

JoVE Journal

Medicine

The Efficacy and Underlying Pathway Mechanisms of ShiDuGao Treatment for Anus Eczema Based on GEO Datasets and Network Pharmacology

537 Görüntüleme.  Tianjin Medical University General Hospital. 1 Bu makale,anüs egzamasının tedavisinde ShiDuGao'nun fizibilitesini, hedef 2'sini ve mekanizmasını değerlendirdi. 3 Ağ farmakolojisi ve GEO veritabanı analizi 4, anal egzama tedavisinde SDG 5'in çok hedefli doğasını doğrulamaktadır, 6 özellikle TNF ve APK 14, 7 ve CASP3, 8 TNF 9 ve MAPK sinyal yollarında çok önemli merkez hedeflerdir. 10 Bu fonlar, SKH'lerin daha fazla araştırılması için net bir yön 11 sağlamaktadır 12 anal egzam...

Video: Yazar Spotlight: Anüs Egzaması Tedavisinde ShiDuGao'nun Çok Hedefli Yaklaşımını Keşfetmek

Anus eczema is a chronic and recurrent inflammatory skin disease affecting the area around the anus. While the lesions primarily occur in the anal and perianal skin, they can also extend to the perineum or genitalia. ShiDuGao (SDG) has been found to possess significant reparative properties against anal pruritus, exudation control, moisture reduction, and skin repair. However, the genetic targets and pharmacological mechanisms of SDG on anal eczema have yet to be comprehensively elucidated and discussed. Consequently, this study employed a network pharmacological approach and utilized gene expression omnibus (GEO) datasets to investigate gene targets. Additionally, a protein-protein interaction network (PPI) was established, resulting in the identification of 149 targets, of which 59 were deemed hub genes, within the "drug-target-disease" interaction network.
The gene function of SDG in the treatment of perianal eczema was assessed through the utilization of the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and Gene Ontology (GO) analysis. Subsequently, the anti-perianal eczema function and potential pathway of SDG, as identified in network pharmacological analysis, were validated using molecular docking methodology. The biological processes associated with SDG-targeted genes and proteins in the treatment of anus eczema primarily encompass cytokine-mediated responses, inflammatory responses, and responses to lipopolysaccharide, among others. The results of the pathway enrichment and functional annotation analyses suggest that SDG plays a crucial role in preventing and managing anal eczema by regulating the Shigellosis and herpes simplex virus 1 infection pathways. Network pharmacology and GEO database analysis confirms the multi-target nature of SDG in treating anal eczema, specifically by modulating TNF, MAPK14, and CASP3, which are crucial hub targets in the TNF and MAPK signaling pathways. These findings provide a clear direction for further investigation into SDG's therapeutic mechanism for anal eczema while highlighting its potential as an effective treatment approach for this debilitating condition.

This investigative effort sought to elucidate the mechanism of topical drug administration using a synergistic integration of network pharmacology and gene expression omnibus (GEO) datasets. This article evaluated the feasibility, target, and mechanism of ShiDuGao (SDG) in treating anus eczema.

Tıp

Identifying Disease Targets and Active Components in Traditional Chinese Medicine for Anus Eczema

Establishing a Drug-Component-Disease-Target Network, GO and KEGG Enrichment, and GEO Gene Chip Dataset Analysis in Anus Eczema

1 To begin, launch the Cytoscape 3.9.1 software<v>2 on the desktop and import the tsv file 3 containing core proteins of anus eczema. 4 Click on the style bar in the control panel 5 to optimize the color, font, and size of the network nodes. 6 For network topology analysis, 7 employ the analyze network function.8 To obtain hub genes, use CytoHubba 9 and establish the drug component disease target network. 10 Open the Metascape website. 11 Select a file or paste a gene list into the dialog box 12 and click the submit button.13 Then select H.sapiens in both input as species 14 and analysis as species, 15 and enable the custom analysis function. 16 In the enrichment option, 17 select GO molecular functions, GO biological processes, 18 GO cellular components, and the KEGG Pathway database. 19 Check pick selective GO clusters, 20 and click on the enrichment analysis button.21 Upon completion of the progress bar, 22 initiate an analysis report page and click 23 to retrieve the enrichment results. 24 Open the GEO2R tool to search 25 and analyze the GEO gene chip database. 26 Open the GEO database website.27 Then enter the keyword or GEO accession 28 and click on the search button. 29 Select the best matching result, 30 and find the reference series. 31 Now on the GEO2R tool website, 32 enter the reference series in the GEO accession box 33 and click the set button.34 Select atopic dermatitis as the experimental group 35 and nonatopic control as the control group. 36 Click the analyze button and wait for the results to appear. 37 KEGG and GO enrichment analyses of 59 key targets 38 identified 218 pathways and over 3, 000 biological processes, 39 highlighting significant pathways in SDG and anal eczema.40 GO analysis on biological processes, cell composition, 41 and molecular function 42 emphasized common targets in SDG and anal eczema. 43 Relevant biological functions included peptidyl-tyrosine 44 phosphorylation and regulation of cell-cell adhesion.

Anüs Egzammasında İlaç-Bileşen-Hastalık-Hedef Ağının Kurulması, GO ve KEGG Zenginleştirme ve GEO Gen Çipi Veri Seti Analizi

Predicting the Binding of SDG Active Components to Anus Eczema Targets

1 To begin, 2 open the traditional Chinese Medicine Systems 3 Pharmacology database. 4 Using the chemical name search box, 5 search the selected ingredient names 6 to download the corresponding 3D structure files 7 in Mol2 format. 8 To download the crystal structures of the key targets, 9 open the RCSB Protein database.10 In the search box, 11 search the target names 12 and download the corresponding 13 crystal structure files in PDB format. 14 Import ingredients and target structure files 15 in the analysis software. 16 Click Edit, then Delete Water to delete water molecules.17 To add hydrogens, click on Edit, Hydrogens, and Add. 18 Set the ingredients as the ligand. 19 Select whole targets as the receptor 20 and perform blind docking.21 To determine the range of molecular docking, 22 select the receptor and ligand in sequence. 23 Click on Grid, then Grid Box to adjust the grid box 24 to include the entire model. 25 Click on File and Close to save the current grid box status 26 and save the files in GPF format.27 Now click on Run and Run Auto Grid Four, 28 click Parameter File Name, and Browse, 29 to select the GFP file. 30 Then click the Launch button. 31 For molecular docking, 32 open the auto doc four and click on docking, Macromolecule, 33 and set rigid file name to select the receptor.34 Then click on Docking, Ligand and open, 35 or choose to select the ligand. 36 Now click on Docking 37 and Search Parameters to set operation algorithms. 38 Then click Docking and Docking Parameters 39 to set docking parameters.40 Select the DPF file and click the launch button. 41 Save files in the DPF format. 42 Click on Analyze, Docking, 43 and open to select the DLG file.44 Then click on Analyze and Macromolecule 45 to open the receptor. 46 Now click on Analyze, Confirmations, and Play, 47 ranked by energy to analyze the results. 48 Finally, click Set Play, 49 and write complex to save the results in PDBQT format.50 Import the docking files into PyMOLE, 51 then select the ligand and click on Action, Find, 52 Polar Contracts and to other atoms and object 53 to display hydrogen bonds between ligands 54 and the external environment. 55 Click on single letter C to change color. 56 Click Action and Extract Object.57 Click Show, then Sticks, 58 to show the stick structure of the receptor, 59 identify the residuals connected to ligands 60 and show the stick structure. 61 Then click Wizard and Measurement 62 and click on two atoms in sequence. 63 Click Label then Residue to show the label of the residues.64 If necessary, adjust the background color and transparency. 65 Finally, click File, then Export Image As 66 to save the picture. 67 In the atopic dermatitis group, 68 GEO database analysis revealed upregulation 69 of P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 and P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 and CASP Three were downregulated.72 Docking analysis confirmed the interaction 73 between active SDG components 74 and potential target proteins 75 indicating their significant role in anal eczema treatment. 76 Indigo and Berberrubine demonstrated strong binding activity 77 with energy's less than minus five kilo calories per MOL, 78 emphasizing their therapeutic potential.