Antibiyotik direncinin altında yatan evrim, iletim ve moleküler mekanizmalarla ilgileniyoruz. Özellikle, bu makaleyi besleyen çalışma, çevresel dirence olan ilgimizden kaynaklanmaktadır. Şu anda, bir yıllık verileri kullanarak antimikrobiyal dirençteki mekansal zamansal değişimi izlemek için yerel bir veri tabanı oluşturmaya çalışıyoruz.
Antimikrobiyal direnci tespit etmek ve izlemek için kültür tabanlı teknikler ve genomiklerin bir kombinasyonu kullanılır. Örneklerden alınan DNA, mikrobiyal çeşitliliğin profilini çıkarmak ve direnç genlerini tespit etmek için PCR veya av tüfeği dizilimine tabi tutulur. Ek olarak, gelişmiş AMR tespiti için metabarkodlama ve gen tabanlı AMR panelleri kullanılır.
Parçalanmış düşük moleküler ağırlıklı DNA'nın AMR genlerinin bir rezervuarı olduğu bilinmektedir, ancak doğrusal ve düşük moleküler ağırlıklı DNA'nın yüksek verimli ekstraksiyonuna özgü yöntemlerin geliştirilmesine çok az odaklanılmıştır. Çalışmalarımız bu boşluğu gidermeye odaklanmaktadır. Protokolümüz, atık sudan ekstrakte edilen düşük moleküler ağırlıklı DNA oranını zenginleştirmek için basit bir ön işleme adımı sunar.
Sonuç olarak, bu, serbest DNA fraksiyonlarını dışlamadan çevresel AMR'yi bütünüyle yakalar. Bu protokol, biraz daha fazla çalışma ile kitsiz bir yöntem haline getirilebilir. Bu da çevresel AMR'yi yakalamak için uygun maliyetli tekniklerin geliştirilmesinin önünü açıyor.
Mutasyon direncinin ötesine geçmek ve genetik olmayan mekanizmaların antibiyotik direncine katkısını araştırmak istiyoruz. Özellikle, yatay gen transferi ve genomik mutasyonların farklı ortamlarda antibiyotiklere adaptasyona göreceli katkılarını karşılaştırmakla ilgileniyoruz.