تتطلب الإنزيمات مكونات إضافية للعمل بشكل صحيح. هناك نوعان من هذه الفئات من الجزيئات: العوامل المساعدة والأنزيمات المساعدة. العوامل المساعدة هي أيونات معدنية والإنزيمات المساعدة عبارة عن جزيئات عضوية غير بروتينية. يمكن أن يرتبط كلا النوعين من الجزيئات المساعدة بإحكام بالإنزيم أو يرتبط فقط عندما ترتبط الركيزة.

تتواجد العوامل المساعدة في حوالي ٣٠٪ من البروتينات الناضجة. غالباً ما يتم دمجها في إنزيم حيث يتم طيها وتشارك في نشاط الإنزيم التحفيزي. المغنيسيوم عامل مساعد أساسي لأكثر من ٣٠٠ إنزيم في جسم الإنسان ، بما في ذلك بوليميريز الحمض النووي. في هذه الحالة ، يساعد أيون المغنيسيوم في تكوين رابطة فسفودايستر على العمود الفقري للحمض النووي. يعد الحديد والنحاس والكوبالت والمنغنيز من العوامل المساعدة الشائعة الأخرى.

العديد من الفيتامينات عبارة عن أنزيمات مساعدة ، فهي عبارة عن جزيئات عضوية مساعدة غير بروتينية للإنزيمات. على سبيل المثال ، البيوتين _ نوع من فيتامين ب _ مهم في مجموعة متنوعة من الإنزيمات التي تنقل ثاني أكسيد الكربون من جزيء إلى آخر. يجب تناول البيوتين وفيتامين أ والفيتامينات الأخرى في نظامنا الغذائي ، حيث لا يمكن أن تصنعها الخلايا البشرية.