酵素が正しく機能するためには、追加の成分が必要です。そのような分子には、補因子と補酵素の2種類があります。補因子は金属イオンで、補酵素は非タンパク質の有機分子です。補酵素は金属イオンで、補酵素は非タンパク質の有機分子です。これらの分子は、酵素にしっかりと結合している場合と、基質が結合したときにのみ結合する場合があります。

補酵素は、成熟したタンパク質の約30%に存在し、酵素が折り畳まれる際に頻繁に取り込まれ、酵素の触媒作用に関与します。マグネシウムは、DNAポリメラーゼを含む300種類以上の酵素の必須補酵素です。この場合、マグネシウムイオンは、DNA骨格上のホスホジエステル結合の形成を助けます。その他、鉄、銅、コバルト、マンガンなどがあります。

ビタミンの多くは、酵素を助ける非タンパク質の有機分子である補酵素です。例えば、ビタミンB群の一種であるビオチンは、二酸化炭素をある分子から別の分子に移動させる様々な酵素に重要な役割を果たしています。ビオチンやビタミンAなどのビタミン類は、人間の細胞では作ることができないため、食事で摂取する必要があります。