JoVE Logo
Authors
Contact Us

Sign In

A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.

In This Article

  • Summary
  • Abstract
  • Introduction
  • Protocol
  • النتائج
  • Discussion
  • Disclosures
  • Acknowledgements
  • Materials
  • References
  • Reprints and Permissions

Summary

الفورمالين--الثابتة العينات جزءا لا يتجزأ من البارافين تمثل مصدرا قيماً للمؤشرات الحيوية الجزيئية للأمراض التي تصيب الإنسان. نقدم هنا كدنا المستندة إلى مختبر مكتبة إعداد بروتوكول، في البداية مصممة مع الحمض النووي الريبي مجمدة طازجة، والأمثل لتحليل microRNAs المؤرشفة من أنسجة تخزين تصل إلى 35 عاماً.

Abstract

– جزءا لا يتجزأ من البارافين الأنسجة (FFPE) أرشفة، تصنيف سريرياً الفورمالين--الثابتة يمكن أن توفر الأحماض النووية للدراسات الجزيئية الاستعادي للتنمية سرطان. باستخدام الآفات غير الغازية أو ما قبل الخبيثة من المرضى الذين يصابون بالمرض الغازية في وقت لاحق، قد يساعد تحليل التعبير الجيني التعرف المبكر التعديلات الجزيئية التي تعرض لخطر الإصابة بالسرطان. وقد وصفت جيدا أن الأحماض النووية المستردة من الأنسجة FFPE خضعت لأضرار مادية والتعديلات الكيميائية، مما يجعل من الصعب تحليلها وعموما يتطلب تكييف فحوصات. ميكرورناس (ميرناس)، ومع ذلك، التي تمثل فئة صغيرة من جزيئات الحمض النووي الريبي التي تمتد فقط إلى ~ 18 – 24 النيوكليوتيدات، قد ثبت أن تحمل التخزين على المدى الطويل، وقد تم تحليلها بنجاح في عينات فب. نقدم هنا 3 ' المراقب مكملة الحمض النووي (كدنا) مكتبة إعداد بروتوكول على وجه التحديد الأمثل لتحليل الكشف الصغيرة المستخرجة من الأنسجة المحفوظة في الأرشيف، والذي تجلى مؤخرا أن تكون قوية واستنساخه بدرجة عالية عند استخدام الأرشيف تخزين لمدة 35 عاماً من العينات السريرية. هذا إعداد مكتبة أيضا تكييف متعدد وتحليل المواد الخطر المتدهورة حيث متصلة مع المراقب محولات الفردية 3 ' عينات الحمض النووي الريبي (حتى 18) وثم تجميعها معا للتحضيرات الانزيمية والبيوكيميائية اللاحقة قبل التحليل. وتجري تنقية جميع بالتفريد جل polyacrylamide (صفحة)، الذي يسمح للتحديدات الخاصة بالحجم والفاسدون من الأنواع الصغيرة من الحمض النووي الريبي المراقب. هذا إعداد مكتبة كدنا أيضا تكييف دقيقة الحمض النووي الريبي المدخلات، تجريبية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) تتيح تصميم دورة التضخيم محددة على إنتاج كميات الأمثل من المواد للجيل التالي التسلسل (خ ع). هذا النهج الأمثل لاستخدام الحمض النووي الريبي FFPE المتدهورة من العينات المحفوظة لمدة 35 عاماً، وتوفر البيانات خ ع استنساخه بدرجة عالية.

Introduction

ميرناس هي المصانة ملحوظ أيضا في الفورمالين--الثابتة جزءا لا يتجزأ من البارافين (FFPE) العينات1،،من23. العمل السابقة قد أثبتت أن التعبير عن هذه قصيرة التنظيمية غير ترميز واحد الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي الريبي جزيئات يمكن تقييمها بنجاح باستخدام مجموع الجيش الملكي النيبالي من عينات فب وتقديم بيانات تعبير الجينات ذات الصلة بالمقارنة مع الطازجة الأصلي الأنسجة4،،من56،،من78. عند مقارنة بالحجم الكبير رسول الكشف، التي أظهرت أن تتأثر خطيرة FFPE تجهيز الأنسجة (فورمالدهايد، والحرارة، وجفاف، إلخ)، رنسيس الذاتية، والسن من العينات، صغر حجم ميرناس (~ 18 – 24 النيوكليوتيدات) يظهر لجعلها مقاومة للتحلل ومرونة للتخزين على المدى الطويل، كما أثبتت من خلال دراسات التعبير ميرنا أن يتفوق الدراسات مرناً الفائق في العينات المحفوظة9. دراسات التعبير ميرنا باستخدام العينات السريرية المؤرشفة، التي أجريت معظمها في تحليلات الصغيرة، قد أثبتت أن الواحد أو متعدد الكمي PCR فحوصات، يمكن لأنواع مختلفة من تقنيات ميكرواري، وآخرها خ ع تستخدم لتقييم التعبير عن ميرناس يتم الحفاظ عليها بعد التحسين لهذه الاختبارات10،،من1112،،من1314.

وبالنظر إلى أن التقلبات ميرنا التعبير ارتبط بتطوير مجموعة متنوعة من الأورام الخبيثة البشرية وأن هناك يحتمل أن تكون كمية هائلة من سريرياً المشروح العينات المحفوظة في الأرشيف، أصبح من الواضح أن هذه الصغيرة من الحمض النووي الريبي وتمثل الجزيئات مصدرا واعداً من احتمال السرطان المؤشرات الحيوية15،16،،من1718. ويمتاز استخدام تكنولوجيا التعبير الجيني الفائق مثل خ ع تقديم تقييم شامل لجميع النصوص ميرنا بالمقارنة مع التكنولوجيات المستهدفة مثل PCR و/أو [ميكروارس]19. ولهذا السبب، بروتوكولا الأمثل وميسورة التكلفة ويسهل تطبيقها لإعداد مكتبة كدنا الكشف صغير من العينات المحفوظة القديمة خ ع الأمثل لتمكين دراسات واسعة النطاق أثر رجعي20.

وأنشأنا سابقا بروتوكول استخراج الحمض النووي الريبي/الحمض النووي متزامنة لاسترداد منفصلة من الجيش الملكي النيبالي والحمض النووي من عينات المحفوظة القديمة، التي وجدنا أن يتفوق مجموعات التجارية المعاصرة21. باستخدام هذا البروتوكول الاستخراج، للحصول على مجموع الجيش الملكي النيبالي من الأنسجة FFPE المحفوظة لفترة طويلة من أوقات، نحن الأمثل إعداد مكتبات كدنا خ ع ميرناس الحفاظ عليها في العينات السريرية ليصل إلى 35 عاماً. وعلاوة على ذلك، في دراسة نشرت مؤخرا حيث أعددنا كدنا المكتبات من تصنيف سريرياً سرطان الأقنية في الموقع (دسيس) العينات، حددنا ميرناس خلطات المعلنة التي تم التحقق من صحتها قبل PCR الكمي، الذي أشار إلى أن يغير التعبير ميرنا محددة قد تكون قابلة للكشف في الآفات دسيس من المرضى الذين يصابون بسرطان الثدي بالمقارنة مع آفات دسيس من المرضى الذين لم يصبن بسرطان الثدي.

ونظرا لتكلفة مجموعات تجارية لإعداد مكتبات كدنا الصغيرة في الجيش الملكي النيبالي، واحتمال وقف العمل بها، فضلا عن استخدام الكواشف المؤلف/براءات الاختراع-المحمية التي لا يمكن أن يكون الأمثل، قررنا أن تكييف المنشورة سابقا يسمح تحليل متزامنة من 18 عينات المختبري وخال من المجموعة 3 ' مكتبة كدنا المراقب إعداد بروتوكول خ ع الكشف الصغيرة المؤرشفة في عينات فب،22. هذا البروتوكول تنص على إجراء خطوة بخطوة مثالية وقوية مع نقاط التفتيش التقييم البصرية والتقنية، والتي تعتبر حاسمة بالنسبة للتكيف مع عينات من "الحمض النووي الريبي فب"، ولديه إمكانات قوية للتطبيق إلى مصادر أخرى للخطر أو صعبة لاستخدام مادة الحمض النووي الريبي. تم تحسين انطباق البروتوكول الأصلي باستبدال علامات الحجم المسمى إشعاعيا بنيون (مثلاً، سيبر الذهب) يمكن كشفها الجيش الملكي النيبالي حجم علامات المستخدمة أثناء اختيار مكتبات الواصلة على المواد الهلامية polyacrylamide كبيرة. هذا البروتوكول الأمثل يعتمد على ربط المراقب محولات 3 'إلى 18 عينات"الحمض النووي الريبي فب"الفردية، التي ثم تجميعها معا للخضوع لمحول ربط 5'، عكس النسخ، وإجراء تحليل PCR تجريبية لتضخيم كدنا النهائي مصممة خصيصا مكتبة قبل واسعة النطاق التضخيم بكر وتنقية وخ ع في التسلسل إنتاجية عالية.

Protocol

1-إعداد جميع الكواشف والإشعال

  1. ترتيب جميع أجهزة الإشعال ومحولات كما هو موضح في الشكل 1.
  2. إعداد معايرة الأسهم كوكتيل، التي سوف تكون ارتفعت في كل عملية ربط الفردية.
    1. ريسوسبيند اليغنوكليوتيد الناقل (الشكل 1) إلى 0.5 ميكرومتر مع المياه خالية من رناسي. ريسوسبيند النوكليوتيد معايرة 10 (الشكل 1) إلى 100 ميكرومتر استخدام 0.5 ميكرومتر الناقل اليغنوكليوتيد الحل.
    2. الجمع بين 10 ميليلتر لكل من آلة لفرز 10 في ميكروسينتريفوجي سيليكونيزيد للحصول على أسهم كوكتيل معايرة 100 ميكرومتر، وتعد حلاً نانومتر 0.026 لتخزين في-20 درجة مئوية.
  3. تمييع أدينيلاتيد فريدة من نوعها، والمجففة بالتبريد، 3 ' المحولات 20 مع المياه خالية من رناسي لتركيز نهائي من 50 ميكرومتر (الشكل 1).
    ملاحظة: من المستحسن إعداد 2.5 ميليلتر مختبرين من كل محول في أنابيب سيليكونيزيد الفردية وتخزينها في-80 درجة مئوية لمدة تصل إلى سنتين.
  4. ريسوسبيند 19 ديسالتيد nt-3 'محول و nt 24-3' النوكليوتيد ماركر حجم المحول إلى 250 نانوغرام/مليلتر (الشكل 1).
  5. ريسوسبيند المحول المنقي 5 ' [هبلك] إلى 100 ميكرومتر مع المياه خالية من رناسي. ريسوسبيند الإشعال PCR 5 'و 3' إلى 100 ميكرومتر استخدام مياه خالية من رناسي (الشكل 1).
    ملاحظة: قاسمة النوكليوتيد جميع المبالغ اللازمة لتجارب 1 – 2 ومخزن في-80 درجة مئوية.
  6. إعداد polyacrylamide يشوه هلام (PAA) تحميل صبغ بالجمع بين ميثلامين 98.8%، 1% (v/v) M 0.5 غ2ح2 يدتا، pH 8.0، والأزرق بروموفينول 0.2%، وحددت مختبرين مل 1-80 درجة مئوية.
    1. إعداد 0.5 م غ2ح2 يدتا الحل بإضافة ز 18.6 غ2ح2 مسحوق أدتا إلى 50 مل مياه خالية من نوكلاس. إضافة حبيبات هيدروكسيد الصوديوم للوصول إلى درجة الحموضة 8.0. ضبط حجم الصوت إلى 100 مل للحصول على 0.5 م غ2ح2 يدتا، حل الأسهم pH 8.0.
    2. تزن 15 ملغ بروموفينول الأزرق في أنبوب منفصل 15 مل. إضافة 600 ميليلتر من المياه خالية من نوكلاس. إضافة مل 14.25 من ميثلامين دي المتأين. إضافة 150 ميليلتر من 0.5 م غ2ح2 يدتا، حل pH 8.0.
    3. قاسمة PAA الحل النهائي من 15 مل في مختبرين 1 مل في-80 درجة مئوية.
  7. إعداد 5 × [اغروس] هلام تحميل صبغ بالجمع بين الأزرق بروموفينول 0.2%، 0.2% زيلين نفط زايلين FF، يدتا 50 مم نا2ح2 ، pH 8.0، و 20% نوع فيكل-400.
    1. ريسوسبيند ز 1.86 غ2ح2-يدتا في 50 مل مياه خالية من نوكلاس في كوب 400 مل على محرض مغناطيسية في درجة حرارة الغرفة (RT). إضافة حبيبات هيدروكسيد الصوديوم للوصول إلى الرقم الهيدروجيني 8.0. إضافة المياه خالية من نوكلاس للوصول إلى 100 مل للحصول على 50 ملم غ2ح2 يدتا الحل.
    2. تزن 20 ملغ مسحوق بروموفينول الأزرق و 20 ملغ من مسحوق FF زايلين زيلين نفط 2 غ من مسحوق نوع فيكل-400، وريسوسبيند في 5 مل من 50 مم يدتا غ2ح2 .
    3. دوامة الأنبوب الذي يحتوي على ثلاثة الأصباغ وإضافة 5 مل من 50 مم نا2ح2 يدتا. مزج الصبغة 5 تحميل جل x agarose وتحضير مختبرين 1 مل وتخزينها في-80 درجة مئوية.

2-إعداد 3 ' المراقب محول ليجيشنز مع عينات الحمض النووي الريبي الفردية 18

  1. تحديد عينات الحمض النووي الريبي فردي 18 (قبل الكوتيد في 100 نانوغرام في ميليلتر 9.5 خالية نوكلاس المياه في أنابيب 1.5 مل سيليكونيزيد ميكروسينتريفوجي)، وتعيين الأنابيب على الجليد إذابة الثلج لمدة 10 دقائق.
  2. إعداد 10 × "الجيش الملكي النيبالي ليجاسى المخزن المؤقت" (دون ATP) الطازجة.
    1. في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل سيليكونيزيد، الجمع بين 343 ميليلتر من المياه خالية من رناسي، 500 ميليلتر من تريس 1 م الأس الهيدروجيني 7.5، 100 ميليلتر مجكل م 12و 50 ميليلتر من ألبومين المصل البقري 20 ملغ/مل ميليلتر 7 من 14 م 2-ميركابتوثانول. مزيج من قبل التحريك الأنبوب الطرد المركزي 2 s في 2000 x ز و RT، وتعيين على الجليد.
      ملاحظة: جميع الخطوات في هذا البروتوكول التي تشير إلى "أجهزة الطرد المركزي ل 2 s" تجري في ميكروسينتريفوجي benchtop RT وسرعتها القصوى 2,000 س ز لجمع الحلول إلى الجزء السفلي من الأنابيب.
  3. إعداد المخزون [دمس] مائي 50% بإضافة 1 مل خالية رناسي المياه إلى 1 مل من [دمس] في أنبوب ميكروسينتريفوجي 2 مل سيليكونيزيد والتفاف الأنبوب في رقائق الألومنيوم، وتخزينها في الرايت
  4. تذويب 0.026 كوكتيل معايرة نانومتر على الجليد لأدنى 10 إعداد مزيج الرئيسي ربط من خلال الجمع بين الترتيب التالي في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل سيليكونيزيد: 40 ميليلتر من 10 × "الجيش الملكي النيبالي ليجاسى المخزن المؤقت" وميليلتر 120 من 50% مائي [دمس] استخدام ماصة 200 مل ، وإضافة 10 ميليلتر لمعايرة نانومتر 0.026 كوكتيل استخدام ماصة 10 ميليلتر. نفض الغبار على أنبوب 1.5 مل للمزيج، الطرد المركزي 2 s، ومجموعة على الجليد.
  5. إضافة ميليلتر 8.5 من مزيج الرئيسي ربط كل من عينات الحمض النووي الريبي FFPE فردياً الكوتيد 18، بلطف نفض الغبار الأنابيب، أجهزة الطرد المركزي 2 s، ومخزن على الجليد.
  6. تذويب 2.5 مختبرين ميليلتر من كل من المراقب المحولات 3 ' 18، ووضعها على الجليد إذابة الثلج لمدة 20 دقيقة.
    1. استخدام ماصة 3-ميليلتر نقل 1 ميليلتر لكل محول إلى عينات "الحمض النووي الريبي فب" المقابلة التي تحتوي على الحمض النووي الريبي ومزيج الرئيسي ربط (أي، ميليلتر 9.5 + 8.5 ميليلتر).
    2. لا "الماصة؛" صعودا وهبوطاً، ببساطة الاستغناء عن إلى السائل وسحب الحافة. تأكد من تغيير نصائح بين عينات "الحمض النووي الريبي فب". قم بإغلاق كل أنبوبة، ونفض الغبار إلى المزيج، الطرد المركزي 2 s، وتعيين على الجليد.
  7. تؤذي ردود الفعل بوضع أنابيب 18 على كتلة حرارة عند 90 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة ومن ثم ضع فورا على الجليد.
  8. إعداد الحل إنزيم ربط بتمييع ميليلتر 10 T4 K227Q مبتوراً رنا ليجاسى 2 مع 10 ميليلتر الحرة رناسي المياه في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 1.5 طازجة سيليكونيزيد.
  9. استخدم ماصة ميليلتر 3 لتحويل 1 ميليلتر من إنزيم ربط المخفف إلى كل من عينات الحمض النووي الريبي 18 (لا "الماصة؛" صعودا وهبوطاً، وتغيير نصائح بين كل أنبوبة). تعيين ليجيشنز 18 على الجليد، ووضع في غرفة باردة 4 درجة مئوية لتفريخ بين عشية وضحاها ح 18.

3-تنقية الكشف الصغيرة الواصلة

  1. إلغاء تنشيط ردود الفعل ربط بوضع أنابيب 18 لمدة 1 دقيقة على كتلة حرارة عند 90 درجة مئوية، وثم العودة للجليد لمدة 2 دقيقة على الأقل ليبرد.
  2. إعداد مزيج ماجستير هطول الأمطار بإضافة 1 ميليلتر من الصبغة الزرقاء مرتبطة تساهمي الجليكوجين إلى 26 ميليلتر من كلوريد الصوديوم 5 م رناسي خالية في أنبوب ميكروسينتريفوجي سيليكونيزيد جديدة.
    1. نقل ميليلتر 1.2 من مزيج ماجستير هطول الأمطار في كل من هذه الأنابيب 18. إضافة ميليلتر 63 من الإيثانول 100% لكل من الأنابيب 18. قم بإغلاق كل أنبوبة، ونفض الغبار للمزيج، الطرد المركزي 2 s، ومكان هذه الأنابيب على الجليد. دمج محتويات جميع الأنابيب 18 في أنبوب واحد مل 1.5 سيليكونيزيد.
    2. إغلاق الأنبوب، عكس ثلاث مرات إلى المزيج، وأجهزة الطرد المركزي 2 s، ومكان على الجليد لمدة 60 دقيقة التعجيل.
  3. إعداد كبيرة (16 x 20 سم2) 15% polyacrylamide هلام للصفحة.
    1. اثنين الصب سيليكونيزيد ألواح الزجاج (تعامل مع بديلاً أمنا للطلاء سيلاني) مع الفواصل 0.1 سم.
    2. الجمع بين 9 مل من نظام مخفف، مل 18 من 12 ميليلتر من تيميد في أنبوب 50 مل و 240 ميليلتر لوكالة الأنباء الجزائرية (9%)، تركيز نظام ومل 3 من المخزن المؤقت للنظام.
    3. نقل حل جل صفحة ما بين ألواح الزجاج باستخدام ماصة 30 مل، وإدراج مشط 14-جيدا (0.1 سم) والسماح للهلام يصلب على RT لمدة 30 دقيقة.
  4. الطرد المركزي أنبوب 1.5 مل مع ليجاتيونس المجمعة في 16,000 س ز و 4 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة.
  5. إزالة المشط. تنظيف الآبار تماما مع المياه خالية من رناسي باستخدام زجاجة بخ مع تلميح 200 ميليلتر في نهايته لتصل إلى داخل الآبار وقوة الأمم المتحدة مبلمرة الاكريلاميد بها (بئر واحدة في كل مرة) أعلاه المصارف. تعيين 15% الصفحة على جهاز هلام، ملء الخزانات مع 0.5 × الحل بورات تريس يدتا (TBE)، وقبل تشغيل هلام لمدة 30 دقيقة في 450 الخامس.
  6. استرداد الأنبوب مع ليجيشنز المجمعة من أجهزة الطرد المركزي والجافة بعناية بيليه الحمض النووي الريبي.
    1. إزالة المادة طافية مع تلميح ماصة 1 مل ولكن ترك بعض السائل في الجزء السفلي. إمالة الأنبوب واستخدام ماصة 20 مل لإزالة المادة طافية المتبقية دون لمس بيليه. فراغ شفط الأنبوبة باستخدام ماصة باستور مع تلميح 10 ميليلتر في نهايته، دون لمس بيليه.
    2. ريسوسبيند بيليه الجيش الملكي النيبالي في 20 ميليلتر من المياه خالية من رناسي خلال يسددها الأنبوب. إضافة 20 ميليلتر من جل PAA تحميل حل ريسوسبيند الجيش الملكي النيبالي، ونفض الغبار لخلط، وأجهزة الطرد المركزي ل 2 سبت RT، وتعيين الأنبوب في 90 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة ومن ثم ضع فورا على الجليد.
  7. X TBE استبدال 0.5 جهاز جل مع علامات حجم x TBE، وتحميل السلم، 0.5 طازجة وميرناس الواصلة في وسط الهلام، ترك الآبار 2-فارغة على كلا الجانبين (الشكل 2).
  8. تشغيل الهلام في 450 الخامس (35 mA) لمدة 60 دقيقة، إيقاف تشغيل لمدة 10 دقيقة تبرد، ثم تشغيل مرة أخرى على 520 الخامس (25 mA) لآخر 60 دقيقة أونكاست 15% الصفحة عن طريق إزالة واحدة من ألواح الزجاج.
  9. طفيفة رذاذ هلام يجلس على لوحة الزجاج مع الحل صبغة الفلورسنت (10 ميليلتر) في 25 مل 0.5 x TBE، واسمحوا الجلوس شقة لمدة 5 دقائق في الظلام.
  10. الزجاج على عاتق الهلام في ترانسيلوميناتور ضوء أزرق، ومحاذاة كلا 19 nt و nt حجم علامات 24 بمسطرة المباشرة ختان الكشف الصغيرة الواصلة (الشكل 2). المكوس الهلام.
  11. ضع جل قصت في أنبوب 0.5 مل، تهدف إلى تفتيت شرائح هلام، المتمركزة بشكل أمن في أنبوب 1.5 مل سيليكونيزيد ميكروسينتريفوجي. الطرد المركزي في س 16,000 ز لمدة 3 دقائق في "الرايت ريسوسبيند" هلام مجزأة مع 300 ميليلتر من 400 ملم محلول كلوريد الصوديوم وإغلاق الأنبوب، وختم ذلك مع الفيلم البارافين.
  12. تعيين الأنبوب في التحريض على ثيرموميكسير 1,100 لفة في الدقيقة في غرفة باردة 4 درجة مئوية لحضانة بين عشية وضحاها (ح 16-17).

4-ربط محول 5 '

  1. نقل الحل وجل مجزأة إلى عامل تصفية 5 ميكرومتر أنبوب يجلس في أنبوب 1.5 مل سيليكونيزيد وختم مع الفيلم البارافين والطرد المركزي لمدة 5 دقائق في 2,300 س ز والرايت
  2. إضافة 950 ميليلتر من الإيثانول 100% إلى الحل الذي تم تصفيته، وإغلاق الأنبوب، عكس للمزيج، الطرد المركزي 2 s، ختم الأنبوب مع الفيلم البارافين، وتعيين على الجليد ح 1.
  3. إعداد 12 ٪ هلام الصفحة كما هو موضح في الخطوة 3، 3، ولكن الجمع بين 12.6 مل مخفف، 14.4 مل تركيز، 3 مل من المخزن المؤقت و 240 ميليلتر APS 12 ميليلتر من تيميد في أنبوب 50 مل. قبل تشغيل 12% هلام الصفحة لمدة 30 دقيقة في 450 الخامس (~ 35 mA) في 0.5 x TBE.
  4. الطرد المركزي حل الجيش الملكي النيبالي الصغيرة المنقاة في 16,000 س ز لمدة 60 دقيقة في 4 درجات مئوية.
  5. بدقة "الماصة؛" من المادة طافية باستخدام ماصة 1 مل إزالة الجزء الأكبر الحل واستخدام ماصة 200 مل لإزالة الحل المتبقي، دون لمس بيليه.
  6. بعناية باستخدام ماصة باستور مع تلميح 10 مل في نهايته متصلاً قارورة فراغ، جاف بيليه دون لمسها.
  7. ريسوسبيند بيليه في 9 ميليلتر من المياه خالية من رناسي دون بيبيتينج صعودا وهبوطاً، ولكن بخفة يسددها الأنبوب، الطرد المركزي 2 s، ومجموعة الأنبوب على الجليد.
  8. إعداد 10 × الطازجة "رنا ليجاسى العازلة" (مع ATP) عن طريق الجمع بين 500 ميليلتر من 1 م تريس درجة الحموضة 7.5، 100 ميليلتر من 1 م MgCl2، 50 ميليلتر من 20 ملغ/مل أسيتيلاتيد جيش صرب البوسنة، ميليلتر 200 ملم 10 ATP، ميليلتر 7 من 2-mercaptoethanol م 14 ، و 143 ميليلتر من المياه خالية من رناسي.
  9. مزيج 10 × الجيش الملكي النيبالي ليجاسى العازلة (مع ATP) بالتحريك الأنبوب، والطرد المركزي ل 2 s لجمع الحل في الجزء السفلي من الأنبوب.
  10. إعداد عملية ربط محول 5 'بإضافة ميليلتر 2 من 10 × الجيش الملكي النيبالي ليجاسى العازلة (مع ATP)، 1 ميليلتر من 100 ميكرومتر 5' محول، و 6 ميليلتر 50% مائي [دمس] إلى ميليلتر 9، 3 ' المراقب حل الجيش الملكي النيبالي الصغيرة.
  11. نفض الغبار أنبوب طفيفة للمزيج، الطرد المركزي 2 s لجمع الحل، ضع الأنبوبة في كتلة حرارة عند 90 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة، ومرة أخرى على الجليد لمدة 2 دقيقة على الأقل.
  12. إضافة 2 ميليلتر من T4 رنا ليجاسى 1 إلى الحل (لا "الماصة؛" صعودا وهبوطاً)، نفض الغبار الأنبوب الطرد المركزي 2 s، والجلوس الأنبوب في العائمة رفوف في حمام مائي 37 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة.
  13. في نفس الوقت، إعداد ليجاتيونس اثنين بين 19 nt-3 'المحول والمحول 5'، وهما ليجاتيونس بين 24 nt-3 'المحول والمحول 5'.
    1. الجمع بين 2 ميليلتر من 19nt-3 'محول (250 نانوغرام/ميليلتر) أو nt 24-3' محول (250 نانوغرام/ميليلتر) مع: 2 ميليلتر من 5 ' المحول (100 ميكرومتر)، 2 ميليلتر من 10 × الجيش الملكي النيبالي ليجاسى العازلة (مع ATP)، ميليلتر 6 من 50% مائي [دمس]، 6 ميليلتر من المياه خالية من رناسي ، و 2 ميليلتر من T4 رنا ليجاسى 1 في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل سيليكونيزيد.
    2. نفض الغبار أنابيب للمزيج، الطرد المركزي 2 s، ومجموعة الأنابيب عند 37 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة.
  14. إضافة 20 ميليلتر من "المخزن المؤقت يشوه جزء من الكمية المسندة" إلى جميع ليجيشنز (تنقية صغيرة الكشف، ليجيشنز 2 19nt-3 'المحول، وليجيشنز 2 24nt-3' محول).
    1. ميكس بالتحريك الأنابيب، وأجهزة الطرد المركزي ل 2 s، واحتضان هذه الأنابيب على كتلة حرارة عند 90 درجة مئوية للحد الأدنى 1 نقل جميع الأنابيب الجليد، وإعداد سلم (3 مل سلم مع 20 ميليلتر من PAA).
  15. إفراغ الخزان العلوي لجهاز جل مع قبل تشغيل الصفحة جل 12%، وإضافة جديدة حل x TBE 0.5 أدنى من مستوى الآبار (آبار إفراغ مع ماصة نصيحة طويلة ورقيقة).
    1. تحميل العينات مع تلميح ماصة رقيقة، كما هو موضح في الشكل 3.
    2. X TBE استخدام 0.5 الطازجة لملء الآبار الفردية إلى الجزء العلوي من الجل.
    3. إضافة 0.5 الطازجة x TBE إلى خزان فوق الآبار وابدأ التفريد 12% الصفحة لمدة 60 دقيقة في 450 الخامس (~ 35 mA).
    4. إيقاف التشغيل بإطفاء مولد لمدة 10 دقيقة لتبرد الهلام. إعادة تشغيل المولدات الكهربائية وتشغيل هلام لمدة 60 دقيقة في 520 الخامس (~ 25 mA).
  16. إيقاف المولد وإفراغ الخزانات بعكس الجهاز فوق بالوعة أونكاست 12% الصفحة عن طريق إزالة واحدة من ألواح الزجاج.
  17. الجلوس على الزجاج مع هلام شقة، ورذاذ الهلام مع 10 ميليلتر من صبغة الفلورسنت في 25 مل 0.5 x TBE، واحتضان في الظلام للحد الأدنى 5 على عاتق الزجاج الهلام في ترانسيلوميناتور ضوء أزرق، ومحاذاة كلا 19 nt وكلاهما 24 nt حجم العلامات مع مسطرة المباشرة ختان الكشف الصغيرة الواصلة (الشكل 3).
    1. المكوس الجل ونقل قطعة جل قصت في أنبوب الكسارة جل 0.5 مل. أغلق غطاء أنبوب الكسارة هلام، تعيين في أنبوب 1.5 مل سيليكونيزيد ميكروسينتريفوجي، وآمنة مع الفيلم البارافين. إزالة أنبوب الكسارة هلام، إضافة 300 ميليلتر من 300 ملم كلوريد الصوديوم، و 1 ميليلتر من 100 ميكرومتر 3 ' PCR التمهيدي للقطع جل سحقت في أنبوب 1.5 مل.
    2. إغلاق الأنبوب مع الفيلم البارافين في التحريض على ثيرموميكسير 1,100 لفة في الدقيقة في 4 درجات مئوية، بين عشية وضحاها (ح 17 – 18) في غرفة باردة.

5-عكس النسخ من 5 'متصلة و 3' المراقب تنقية صغيرة الكشف

  1. استرداد الأنبوب من ثيرموميكسير وتصفية تنقية الحل مع أنبوب تصفية 5 ميكرومتر.
    1. استخدام ماصة 1 مل لنقل الحل إلى أنبوب تصفية 5 ميكرومتر إدراجها 1.5 مل siliconized أنبوب جمع رناسي مجاناً. الطرد المركزي في أنبوب لمدة 3 دقائق في 2,300 س ز والرايت
    2. تجاهل الأنبوبة التصفية وإضافة 950 ميليلتر من الإيثانول 100% إلى 1.5 مل ميكروسينتريفوجي جمع الأنبوب الذي يحتوي على الحل التي تمت تصفيتها. عكس أنبوب لمزيج، وأجهزة الطرد المركزي 2 s، ومكان على الجليد ل 60 دقيقة متسرعا بيليه الجيش الملكي النيبالي سينتريفوجينج الأنبوبة في 16,000 س ز و 4 درجات مئوية عن ح 1.
  2. جاف بيليه الجيش الملكي النيبالي.
    1. فتح الغطاء وإزالة المادة طافية مع ماصة 1 مل، تاركة بعض السائل في الجزء السفلي بعناية.
    2. استخدام ماصة 20 ميليلتر لإزالة جميع المادة طافية المتبقية دون لمس بيليه. إمالة على أنبوب للسماح لأي حل للجلوس على الجانب المعاكس لبيليه.
    3. استخدام ماصة باستور مع تلميح فلتر ماصة 10 مل لنضح المادة طافية وجاف بيليه استخدام فراغ.
  3. ريسوسبيند بيليه الجيش الملكي النيبالي في ميليلتر 5.6 المياه خالية من رناسي.
    1. تذويب الكواشف النسخ العكسي على الجليد للحد الأدنى 15 مجموعة تصل إلى رد فعل عكسي نسخ بإضافة 3 ميليلتر من 5 x المخزن المؤقت، 4.2 ميليلتر من 10 x deoxynucleotide ثلاثي الفوسفات (دنتبس) (كل 2 مم)، و 1.5 ميليلتر من ديثيوثريتول (DTT) إلى ميليلتر 5.6 رناسي الحرة بيليه حراكه.
    2. بلطف نفض الغبار على أنبوب لخلط رد فعل، والطرد المركزي ل 2 s لجمع الحل. قم بإعداد رد فعل على كتلة حرارة عند 90 درجة مئوية للضبط 30 ثانية وثم نقل مباشرة على ثيرموميكسير في 50 درجة مئوية.
    3. ترك الأنبوب في ثيرموميكسير لمدة 2 دقيقة بحيث يساوي درجة الحرارة. إضافة ميليلتر 0.75 إنزيم النسخ العكسي مباشرة إلى الحل، ونفض الغبار برفق لخلط ومجموعة الأنبوب مرة أخرى على ثيرموميكسير عند 50 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة فورا.
  4. وبعد 30 دقيقة، نقل الأنبوب إلى كتلة حرارة عند 95 درجة مئوية لمدة 1 دقيقة لإيقاف النسخ العكسي. إضافة ميليلتر 95 من المياه خالية من رناسي مباشرة للنسخ العكسي ونفض الغبار على أنبوب لخلط ووضعه مباشرة على الجليد لمدة 2 دقيقة.
  5. قم بتسمية الأنبوب مع كدنا معرف "مكتبة المخزون" ومكتبة.

6-رائد بكر وعلى نطاق واسع [بكر] تضخيم

  1. إعداد المخزن المؤقت x PCR 10 جديدة بإضافة ميليلتر 304 من المياه خالية من رناسي، ميليلتر 125 2 م بوكل، 50 ميليلتر من 1 م تريس pH 8.0، 10 ميليلتر مجكل م 12, 5 ميليلتر من 1% تريتون ميليلتر X-100، و 6 من 1 م 2-mercaptoethanol في أنبوب ميكروسينتريفوجي سيليكونيزيد ، والحفاظ على الرايت
  2. تجميع رد "بكر الطيار" من خلال الجمع بين 67 ميليلتر من المياه خالية من رناسي و 10 ميليلتر من 10 x PCR المخزن المؤقت, 10 ميليلتر 10 x dNTPs، 0.5 ميليلتر من 100 ميكرومتر 5 'PCR التمهيدي، 0.5 ميليلتر من 100 ميكرومتر 3' PCR التمهيدي، 10 ميليلتر من كدنا "مكتبة المخزون" 2 ميليلتر من 50 x Taq بوليميراز.
    1. إعداد اثنان دورات بكر على ثيرموسيكلير على النحو التالي: ملف 1:94 ° ج ل 45 ثانية، 50 درجة مئوية ل 85 s، و 72 درجة مئوية ل 60 s لعشر دورات، عقد في 4 درجات مئوية؛ ملف 2:94 ° ج ل 45 ثانية، 50 درجة مئوية ل 85 s، و 72 درجة مئوية ل 60 s لدورتين، عقد في 4 درجات مئوية. إعداد رد "بكر الطيار" في ثيرموسيكلير والبدء في 1 ملف.
    2. في نهاية الملف 1، فتح الأنبوب PCR، واستخدام ماصة 20 ميليلتر، نقل 12 ميليلتر من رد فعل "بكر الطيار" في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل يحتوي على 3 ميليلتر من 5 س جل تحميل صبغ، مزيج من بيبيتينج صعودا وهبوطاً، إغلاق الأنبوب ، قم بتسميته "10 دورات".
    3. أغلق أنبوب "بكر الطيار" وبدء ملف 2 في ثيرموسيكلير. في نهاية الملف 2، فتح أنبوب بكر واستخدام ماصة 20 مل لنقل 12 ميليلتر من الحل في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل مع 3 ميليلتر من 5 س جل تحميل صبغ، وتسميته "12 دورة".
    4. كرر الخطوات الموضحة في الخطوات 6.2.2 و 6.2.3 لجمع 12 منتجات PCR ميليلتر من رد فعل "بكر الطيار" في دورات بكر 14، 16 و 18 و 20. إضافة 3 ميليلتر من 5 × صبغ تحميل جل لكل من مختبرين بكر ميليلتر 12، وسلم nt 20 التي تحتوي على 3 ميليلتر من سلم وميليلتر 9 المياه خالية من رناسي.
  3. تعد نسبة 2.5% [اغروس] هلام مع 0.5 x TBE.
    1. تزن 2.5 g من [اغروس] في كوب نظيف وإضافة 100 مل 0.5 x TBE. الحل في ميكروويف يسخن حتى يغلي. إزالة الحل من الموجات الدقيقة، ودوامه زجاجة مزيج في [اغروس] وإضافة 4 ميكروليتر اثيديوم بروميد (10 مغ/مل)، ونقل الحل إلى علبة التفريد2 7 × 10 سم، مغلقة على طرفي مع الشريط.
    2. تعيين مشط 8-جيدا وترك [اغروس] هلام يصلب في نقل الرايت طدت [اغروس] هلام في جهاز التفريد مليئة 0.5 x TBE.
  4. تحميل سلم والعينات [بكر] على [اغروس] هلام، وتشغيله لمدة 30 دقيقة في 120 الخامس.
  5. تقييم الجل على مربع الأشعة فوق البنفسجية لتحديد دورة بكر الأمثل (الشكل 4 أ).
    ملاحظة: يظهر حجم العصابات PCR المتوقعة في الشكل 4B.
    1. مراقبة عصابات بكر اثنين في كل من الآبار المختلفة (الشريط العلوي: مكتبة الحمض النووي، والشريط السفلي: مبلمر).
    2. تعريف دورة PCR كافية للتضخيم كدنا بتحديد دورة حيث المكتبة كدنا مرئياً، ولكن يتم مبلمر الكاد يمكن ملاحظتها.
      ملاحظة: عموما، يتم تحديد دورة PCR كاف بين دورات 12 – 16. في الشكل 4A، دورة PCR كافية لهذه المكتبة هو 14.
  6. إعداد ردود فعل واسعة النطاق بكر (6 x 100 ميليلتر) ل [اغروس] هلام مكتبة تنقية.
    1. إعداد أنبوب طازجة من 10 × PCR المخزن المؤقت بعد الخطوة 6، 1.
    2. إعداد مزيج PCR الرئيسية على نطاق واسع في أنبوب 1.5 مل من خلال الجمع بين ميليلتر 435.5 خالية رناسي المياه، 65 ميليلتر من المخزن المؤقت x PCR 10، 65 ميليلتر من x dNTPs 10، ميليلتر 3.25 من 5 'PCR التمهيدي، ميليلتر 3.25 3' PCR التمهيدي، وبيبيتينج صعودا وهبوطاً لمزيج.
    3. نقل ميليلتر 88 من مزيج PCR الرئيسية إلى ست أنابيب PCR 0.5 مل. نقل 10 ميليلتر من كدنا "مكتبة المخزون" (المخزنة على الجليد) وإضافة 2 ميليلتر من 50 x Taq بوليميراز في كل من أنابيب PCR 6 "الماصة؛" إلى المزيج.
    4. إعداد أنبوب تفاعل PCR سلبي عن طريق الجمع بين ميليلتر 77 خالية رناسي المياه 10 ميليلتر من المخزن المؤقت x PCR 10، 10 ميليلتر من 10 x dNTPs، 0.5 ميليلتر من PCR التمهيدي 5 '، 0.5 ميليلتر من PCR التمهيدي 3' و 2 ميليلتر من 50 x Taq بوليميريز، وماصة لمزيج.
    5. وضع أنابيب PCR في ثيرموسيكلير استخدام دورة PCR الموضحة في الخطوة 6.2.1 وتعيين العدد الأمثل لدورات التضخيم. إعداد 2.5% [اغروس] هلام استخدام 0.5 x TBE، كما هو موضح في الخطوة 6.3.
  7. بعد التضخيم بكر، نقل ميليلتر 9 من كل أنبوبة PCR إلى ست أنابيب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل يحتوي على 3 ميليلتر من 5 س جل تحميل صبغ.
    1. إعداد 20 nt سلم بالجمع بين 3 مل سلم في ميليلتر 9 المياه خالية من رناسي وإضافة 3 ميليلتر هلام تحميل صبغ في أنبوب 1.5 مل.
    2. تحميل السلم ومراقبة PCR سلبي ومنتجات PCR 6 على [اغروس] هلام، وتشغيل هلام لمدة 30 دقيقة في 120 الخامس.
    3. التحقق من اتساق إيضاحات مسهبة بكر بين الممرات على مربع الأشعة فوق البنفسجية (خذ صورة).
    4. الجمع بين 3 ردود الفعل PCR في أنبوب ميكروسينتريفوجي 1.5 مل siliconized اثنين (3 × 91 ميليلتر)، إضافة 27 ميليلتر من 5 م كلوريد الصوديوم و 950 ميليلتر من الإيثانول 100%. عكس هذه الأنابيب لخلط ومجموعة منهم في-20 درجة مئوية بين عشية وضحاها يعجل بمنتجات PCR.

7-كدنا تنقية المكتبة والتقييم

  1. الطرد المركزي سواء أنابيب مع ردود الفعل بكر في 16,000 س ز لمدة 60 دقيقة في 4 درجات مئوية.
  2. إزالة المادة طافية مع ماصة 1 مل، ثم إمالة الأنبوب مع بيليه على الجانب العلوي والسائل على الجانب السفلي، واستخدم ماصة باستور متصلاً قارورة فراغ مع حوض ونضح السائل مع تلميح 10 مل في نهاية ماصة باستور.
  3. قم بإعداد ملخص بميي.
    1. ريسوسبيند واحد من الكريات PCR مع 17.5 ميليلتر من المياه خالية من نوكلاس، ونقل ريسوسبينديد بيليه بيليه PCR الثانية. إضافة 2 ميليلتر من 10 × المخزن المؤقت و 0.5 ميليلتر من الإنزيم بميي، والخلاصة في حمام مائي ح 2 في 37 درجة مئوية.
    2. إعداد 2.5% [اغروس] هلام استخدام 0.5 x TBE (الخطوة 6.3). إضافة ميليلتر 6 من 5 × صبغ تحميل جل للخلاصة. نقل 13 ميليلتر من كل خلاصة في الآبار المجاورة اثنين من [اغروس] هلام وتحميل سلم حجم nt 20 في نهاية الآبار وتشغيل هلام لمدة 90 دقيقة في 150 الخامس (الشكل 4).
    3. المكوس العصابات بكر العلوي من الجل على مربع الأشعة فوق البنفسجية ونقل القطع جل في أنبوب ميكروسينتريفوجي طازجة وزنه 1.5 مل وتزن قطعة هلام على نطاق.
  4. تنقية قصت PCR كدنا تضخيم المكتبة باستخدام مجموعة أدوات استخراج جل اتباع إرشادات الشركة المصنعة. تحديد حجم كدنا المكتبة باستخدام الحمض النووي التحليل الكمي والصك، اتباع إرشادات الشركة المصنعة.
  5. تقييم حجم ونقاء المكتبة كدنا مع رقاقة الحمض النووي حساسية عالية على بيواناليزير (الشكل 5). تسلسل كدنا المكتبة باستخدام نظام الفائق. نقل ملف البيانات فستق بخط أنابيب رناوورلد لمحول التشذيب والمحاذاة للجينوم البشري لتحديد تسلسل ميرنا.

النتائج

كما هو موضح في أسلوب هنا، ما مجموعة 18 عينات "الحمض النووي الريبي فب" الفردية (100 نانوغرام كل) تم إعدادها في أنابيب منفصلة للخضوع 3 ' أدينيلاتيد المراقب اليغنوكليوتيد T4 ربط بين عشية وضحاها. في اليوم التالي، التفاعلات الانزيمية هي الحرارة المعطلة، جنبا إلى جنب، وعجلت في أنبوب...

Discussion

ويرد بروتوكول إعداد مكتبة خ ع الكشف الصغيرة المؤرشفة في عينات من الحمض النووي الريبي FFPE كدنا استنساخه للغاية وقوية في هذا البروتوكول، الذي نسخة معدلة ومحسنة من الإجراء الموضح هافنر et al. 22

لقد تم تحسين جميع الخطوات من هذا البروتوكول للاستخدام مع كبار السن ا...

Disclosures

الكتاب تود أن تكشف عن أن منشورا يحتوي على بعض البيانات المعروضة في هذه المخطوطة نشرت في "المجلة الدولية للعلوم الجزيئية" لودج et al. 21.

Acknowledgements

ونحن نشكر الدكتور توماس توشل، رئيس مختبر البيولوجيا الجزيئية الجيش الملكي النيبالي، وكذلك أعضاء مختبرة لدعمهم وتقاسم التكنولوجيا المتقدمة في المختبر وتوفير إمكانية الوصول إلى خط الأنابيب رناوورلد. كما نشكر الدكتور ماركوس هافنر لتقاسم له البروتوكول وتقديم وصف مفصل على جميع الخطوات البيوكيميائية والانزيميه المستخدمة في الإجراءات الأولية له.

Materials

NameCompanyCatalog NumberComments
1% Triton x-100InvitrogenHFH10
10mM ATPAmbionAM8110G
10X dNTPsAmbionAM8110G
10x TBEThermofisher Scientific15581044
14M MercaptoethanolSigmaO3445I-100
20 nt ladderJena BioscienceM-232S
20mg/ml Bovine Serum AlbumineSigmaB8894-5ML
50X Titanium TaqClontech Laboratories639208
Ammonium PersulfateFisher Scientific7727-54-0
BRL Vertical Gel Electrophoresis System with glass plates and combsGIBCOV16
Dimethyl sulfoxide (DMSO)SigmaD9170-5VL
Eppendorf microcentrifuge 5424RUSA scientific4054-4537Q
Eppndorf ThermomixerUSA scientific4053-8223Q
Fisherbrand™ Siliconized Low-Retention Microcentrifuge Tubes 1.5mlFisher Scientific02-681-320
Gel Breaker Tube 0.5 mlIST Engineering Inc,3388-100
Gel electrophoresis apparatus 7cm x10cm- Mini-sub Cell GT with gel trays and combsBiorad1704446
GlycoblueAmbionAM9516
Jersey-CoteLabScientific, Inc1188
KcL 2MAmbionAM9640G
MgCl2 1MAmbionAM9530G
Minifuge dual rotor personal centrifugeUSA scientific2641-0016
Model V16 polyacrylamide gel electrophoresis apparatus, glasses, combs, and spacersCiore Life Science21070010
OligonucleotidesIDTDefined during order
Owl EasyCast B2 mini electrophoresis system- with gel trays and combsThermofisher ScientificB2
Qiaquick Gel Extraction kitQiagen28704
Restriction enzyme PmeINEBR0560S
RNase-free waterAmbionAM9932
Safe Imager 2.0Life TechnologiesG6600
Safe Imager 2.0 blue light transilluminatorThermofisherG6600
SeaKem LE agaroseLonza50002
Superscript III reverse transcription kitInvitrogen18080-044
SybrGoldLife TechnologiesS11494
T4 RNA Ligase 1NEBM0204S
T4 RNA Ligase 2 Truncated K227QNEB0351L
TEMEDFisher ScientificO3446I-100
Themocycler with heated lidApplied Biosystem4359659
Tris 1M pH 7.5Invitrogen15567027
Tris 1M pH8.0AmbionAM9855G
UltraPure Sequagel system concentrate, diluent, and bufferNational DiagnosticsEC-833

References

  1. Peiró-Chova, L., Peña-Chilet, M., López-, J. A., García-Gimenez, J. L., Alonso-Yuste, E., Burgues, O., et al. High stability of microRNAs in tissue samples of compromised quality. Virchows. Arch. 463, 765-774 (2013).
  2. Klopfleisch, R., Weiss, A. T., Gruber, A. D. Excavation of a buried treasure--DNA, mRNA, miRNA and protein analysis in formalin fixed, paraffin embedded tissues. Histol. Histopathol. 26, 797-810 (2011).
  3. Kakimoto, Y., Kamiguchi, H., Ochiai, E., Satoh, F., Osawa, M. MicroRNA Stability in Postmortem FFPE Tissues: Quantitative Analysis Using Autoptic Samples from Acute Myocardial Infarction Patients. PLoS One. 10 (6), e0129338 (2015).
  4. Giricz, O., Reynolds, P. A., Ramnauth, A., Liu, C., Wang, T., Stead, L., et al. Hsa-miR-375 is differentially expressed during breast lobular neoplasia and promotes loss of mammary acinar polarity. J. Pathol. 226, 108-119 (2012).
  5. Hui, A. B., Shi, W., Boutros, P. C., Miller, N., Pintilie, M., Fyles, T., et al. Robust global micro-RNA profiling with formalin-fixed paraffin-embedded breast cancer tissues. Lab. Invest. 89, 597-606 (2009).
  6. Zhang, X., Chen, J., Radcliffe, T., Lebrun, D. P., Tron, V. A., Feilotter, H. An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples. J. Mol. Diagn. 10, 513-519 (2008).
  7. Kolbert, C. P., Feddersen, R. M., Rakhshan, F., Grill, D. E., Simon, G., et al. Multi-platform analysis of microRNA expression measurements in RNA from fresh frozen and FFPE tissues. PLoS One. 8, e52517 (2013).
  8. Meng, W., McElroy, J. P., Volinia, S., Palatini, J., Warner, S., Ayers, L. W., et al. Comparison of microRNA deep sequencing of matched formalin-fixed paraffin-embedded and fresh frozen cancer tissues. PLoS One. 8 (5), e64393 (2013).
  9. Liu, A., Tetzlaff, M. T., Vanbelle, P., Elder, D., Feldman, M., Tobias, J. W., et al. MicroRNA expression profiling outperforms mRNA expression profiling in formalin-fixed paraffin-embedded tissues. Int. J. Clin. Exp. Pathol. 2, 519-527 (2009).
  10. Dijkstra, J. R., Mekenkamp, L. J., Teerenstra, S., De Krijger, I., Nagtegaal, I. D. MicroRNA expression in formalin-fixed paraffin embedded tissue using real time quantitative PCR: the strengths and pitfalls. J Cell Mol Med. 16, 683-690 (2012).
  11. Siebolts, U., Varnholt, H., Drebber, U., Dienes, H. P., Wickenhauser, C., Odenthal, M. Tissues from routine pathology archives are suitable for microRNA analyses by quantitative PCR. J. Clin. Pathol. 62, 84-88 (2009).
  12. Jang, J. S., Simon, V. A., Feddersen, R. M., Rakhshan, F., Schultz, D. A., Zschunke, M. A., Lingle, W. L., Kolbert, C. P., Jen, J. Quantitative miRNA expression analysis using fluidigm microfluidics dynamic arrays. BMC Genomics. 12, 144 (2011).
  13. Andreasen, D., Fog, J. U., Biggs, W., Salomon, J., Dahslveen, I. K., Baker, A., Mouritzen, P. Improved microRNA quantification in total RNA from clinical samples. Methods. 50 (4), S6-S9 (2010).
  14. Kelly, A. D., Hill, K. E., Correll, M., Wang, Y. E., Rubio, R., Duan, S., et al. Next-generation sequencing and microarray-based interrogation of microRNAs from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue: preliminary assessment of cross-platform concordance. Genomics. 102, 8-14 (2013).
  15. Visone, R., Croce, C. M. MiRNAs and cancer. Am. J. Pathol. 174, 1131-1138 (2009).
  16. Lu, J., Getz, G., Miska, E. A., Alvarez-Saavedra, E., Lamb, J., Peck, D., et al. MicroRNA expression profiles classify human cancers. Nature. 435, 834-838 (2005).
  17. Cho, W. C. MicroRNAs: potential biomarkers for cancer diagnosis, prognosis and targets for therapy. Int. J. Biochem. Cell. Biol. 42, 1273-1281 (2010).
  18. Hui, A., How, C., Ito, E., Liu, F. F. Micro-RNAs as diagnostic or prognostic markers in human epithelial malignancies. BMC Cancer. 11, 500 (2011).
  19. Tam, S., de Borja, R., Tsao, M. S., McPherson, J. D. Robust global microRNA expression profiling using next-generation sequencing technologies. Lab. Invest. 94, 350-358 (2014).
  20. Loudig, O., Wan, T., Ye, K., Lin, J., Wang, Y., Ramnauth, A., et al. Evaluation and Adaptation of a Laboratory Based cDNA Library Preparation Protocol for Retrospective Sequencing of Archived MicroRNAs from up to 35-Year-Old Clinical FFPE Specimens. Int J Mol Sci. 18, e627 (2017).
  21. Kotorashvili, A., Ramnauth, A., Liu, C., Lin, J., Ye, K., Kim, R., et al. Effective DNA/RNA co-extraction for analysis of microRNAs, mRNAs, and genomic DNA from formalin-fixed paraffin-embedded specimens. PLoS One. 7 (4), e34683 (2012).
  22. Hafner, M., Renwick, N., Farazi, T. A., Mihailović, A., Pena, J. T., Tuschl, T. Barcoded cDNA library preparation for small RNA profiling by next-generation sequencing. Methods. 58 (2), 164-170 (2012).
  23. Loudig, O., Brandwein-Gensler, M., Kim, R. S., Lin, J., Isayeva, T., Liu, C., et al. Illumina whole-genome complementary DNA-mediated annealing, selection, extension and ligation platform: assessing its performance in formalin-fixed, paraffin-embedded samples and identifying invasion pattern-related genes in oral squamous cell carcinoma. Hum. Pathol. 42 (12), 1911-1922 (2011).

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Explore More Articles

135 FFPE T4

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Privacy

Terms of Use

Policies

Contact Us

Recommend to library

JoVE NEWSLETTERS

Research

Education

Authors

Librarians

ABOUT JoVE

Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved