نود أن نعترف إسهامات جوليتش ​​Dörthe ، الجولة جنيفر وأندرو مارا في تطوير هذا البروتوكول. دعم البحوث المقدمة من معاهد الصحة القومية ، والجمعية الأميركية للسرطان ، ومارس من الدايمات.

1. تثبيت و <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإصلاح الأجنة بين عشية وضحاها في 4 درجة مئوية مع بارافورمالدهيد 4 ٪ (PFA) في برنامج تلفزيوني. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة الإصلاح ويغسل 2 × برنامج تلفزيوني ، كل 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة (RT). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> dechorionate يدويا الأجنة في برنامج تلفزيوني في لوحة من الزجاج الاكتئاب باستخدام الملقط ساعاتي. بعد dechorionation ، يتم نقل الأجنة باستخدام الزجاج المصقول النار باستور ماصة لأنها قد التمسك ماصات البولي بروبلين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل الأجنة من خلال سلسلة من 25 ٪ و 50 ٪ و 75 ٪ في الميثانول برنامج تلفزيوني لمدة 5 دقائق لكل منهما. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استبدال الميثانول السائل مع 100 ٪ ، واحتضان 5 دقائق ثم استبدال الميثانول النقي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أجنة في مكان -20 درجة مئوية لمدة لا تقل عن ساعة واحدة. (ونحن عادة احتضان الأجنة بين عشية وضحاها. قياسي في الموقع التهجين ستعمل على الأجنة تخزينها لأكثر من عام ، لكننا لم تتناول ما إذا كان فقدان القرار عالية من فلوري التهجين في الموقع للتخزين لفترات طويلة.) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل الأجنة لمدة 5 دقائق في كل من 75 ٪ و 50 ٪ و 25 ٪ في الميثانول في PBST RT. تغسل مرتين لمدة 5 دقائق في كل PBST في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإصلاح مرة أخرى لمدة 20 دقيقة في PFA 4 ٪ في برنامج تلفزيوني في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغسل مرتين لمدة 5 دقائق في كل PBST في RT. </li></ol> مذكرة بشأن PFA : نقوم بتخزين PFA 4 ٪ في aliquots في C -20 درجة مئوية (انظر الجدول الكواشف). لتثبيت الأولي ، ونحن نستخدم فقط PFA التي لم تكن أبدا إذابة سابقا. تثبيتات لاحقة ، ونحن غالبا ما تستخدم PFA التي تم إذابة سابقا. التثبيت الأولي يبدو أن تكون حاسمة لتلطيخ ناجحة مع هذا البروتوكول. 2. بروتين وPOSTFIXATION <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> K هضم مع بروتين (5μg/ml في PBST) في RT لمدة 3 إلى 12 دقيقة لpermeabilize الأجنة. (فترة حضانة يعتمد على عمر الجنين ومراحل الشباب أكثر حساسية ، ويعتمد أيضا على مجموعة من الإنزيمات.) للحصول على أجنة somitogenesis المرحلة ، ونحن permeabilize عادة لمدة 3-4 دقائق. خلال هذه الحضانة ونحن نرسي أنبوب microcentrifuge على جانبها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> شطف لفترة وجيزة في PBST ويغسل مرة واحدة لمدة 5 دقائق في PBST. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإصلاح مرة أخرى لمدة 20 دقيقة في PFA 4 ٪ في برنامج تلفزيوني في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغسل مرتين ، لمدة 5 دقائق لكل منهما ، في PBST في RT. </li></ol> 3. PREHYBRIDIZATION <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الأجنة لمدة 5 دقائق عند 65 درجة مئوية في HYB. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Prehybridize عند 65 درجة مئوية لمدة لا تقل عن 1 في ساعة HYB +. </li></ol> 4. تهجين <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة كافة ولكن 50 ميكرولتر من preHYB ، ولكن تأكد للحفاظ على الاجنة مغمورة تماما. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1-2 ميكرولتر من كل riboprobe (digoxygenin وفلوريسئين المسمى riboprobes) إلى الأجنة والمزيج بلطف بواسطة عبها الأنبوب. كمية التحقيق هو عادة 1 - 2μl من رد فعل التوليف 20μl التحقيق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وبالنظر إلى أن فلوريسئين الحساسة للضوء ، ينبغي أن تكون ملفوفة في احباط أنابيب الألومنيوم أو خلاف ذلك تتعرض للضوء الحد الأدنى من هذه النقطة إلى الأمام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الأجنة بين عشية وضحاها في 65 درجة مئوية. </li></ol> 5. إقالة PROBE علما بأن الحلول من هذا النقص المنظفات النقطة. القضاء على المنظفات ويبدو أن ردود الفعل تلطيخ مساعدة ولكن لا يتسبب في الأجنة لتصبح لزجة نوعا ما. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة riboprobe. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل 2 × 30 دقيقة عند 65 درجة مئوية في formamide/2xSSC 50 ٪. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل لمدة 15 دقيقة عند 65 درجة مئوية في SSC × 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل لمدة 30 دقيقة 65 درجة مئوية في SSC X 0.2. </li></ol> 6. ANTI - فلوريسئين الضد الحضانة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كتلة ما لا يقل عن 1 في ساعة RT في 500μl من محلول حمض المالئيك 1X العازلة زائد 2 ٪ كاشف حظر (انظر الجدول الكواشف). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة الأضداد المضادة للفلوريسئين - POD ، كما تم توفيره من قبل شركة روش ، في التخفيف 1:500 في حل حظر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يحضن بين عشية وضحاها في 4 درجة مئوية. خلال هذه الحضانة ونحن نرسي أنبوب microcentrifuge على جانبها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل 4 × 20 دقيقة في 1X العازلة حمض المالئيك. تغسل مرتين لمدة 5 دقائق في كل برنامج تلفزيوني. </li></ol> 7. كشف فلوريسئين - صفتها PROBE <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان 30-60 دقيقة في محلول TSA فلوريسئين بلس. نحن نرسي (سبين أسفل الركيزة TSA قبل اتخاذ حل تلوين ، وللاطلاع على رد الفعل ، وتمييع كاشف tyramide 01:50 بيركن في التضخيم إلمر العازلة مخفف.) خلال هذه الحضانة ، وأنبوب microcentrifuge على جانبها. يجب تحديد وقت رد الفعل تجريبيا لكل التحقيق. للأسف ، لا يمكن أن يكون رد الفعل تلطيخ رصد بصريا كما هو الركيزة الفلورسنت ، واحد وسوف نرى في كل مكان في جميع أنحاء مضان أخضر التفاعل تلطيخ. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل لمدة 10 دقيقة في كل من 30 ٪ ، 50 ٪ ، 75 ٪ و 100 ٪ في برنامج تلفزيوني الميثانول. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان في حل من 1 ٪ H 2 0 2 في الميثانول لمدة 30 دقيقة لإبطال نشاط البيروكسيديز الأولى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل كل 10 دقائق في 75 ٪ و 50 ٪ والميثانول بنسبة 30 ٪ في برنامج تلفزيوني. ثم يغسل مرتين لمدة 10 دقيقة في كل برنامج تلفزيوني. فمن المهم أن كل من التقىيمكن إزالة hanol. </li></ol> ملاحظات على التضخيم SIGNAL TYRAMIDE : لقد تم استخدام إلمر بيركن أطقم TSA. نجد أن ركائز اليكسا - Tyramide صمة جيدا باستخدام التضخيم إلمر بيركن العازلة مخفف ، ولكن لم يكن لدينا النجاح باستخدام العازلة تلطيخ المتوفرة مع أطقم مجسات Invitrogen / الجزيئية. أخيرا ، وجدنا أن يتم القضاء على Cy5 مضان لاحقة الميثانول / H 2 O 2 العلاج بينما فلوريسئين واليكسا 647 - تتأثر. ويمكن أيضا أن تتأثر سلبا Cy3 من الميثانول / H 2 O 2 العلاج كما هو متعلق هيكليا لCy5. لهذا السبب ، ينبغي أن لا Cy3 وردود الفعل Cy5 TSA أن تستخدم للتفاعل تلطيخ الثانية في الفلورسنت مزدوجة في البروتوكول الموقع. 8. ANTI - Digoxygenin الضد الحضانة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كتلة الأجنة مرة أخرى لمدة لا تقل عن 1 في ساعة RT في محلول حمض المالئيك 1X العازلة زائد 2 ٪ كاشف حظر. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة الأضداد المضادة POD - DIG كما قدمتها شركة روش في التخفيف 1:1000 في عرقلة الحل أعلاه </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يحضن بين عشية وضحاها في 4 درجة مئوية. خلال هذه الحضانة ونحن نرسي أنبوب microcentrifuge على جانبها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل 4 × 20 دقيقة في 1X العازلة حمض المالئيك. تغسل مرتين لمدة 5 دقائق في كل برنامج تلفزيوني. </li></ol> 9. كشف Digoxygenin - صفتها PROBE <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نحن نرسي احتضان 30-60 دقيقة في TSA بلس Cy5 محلول (سبين أسفل الركيزة TSA قبل اتخاذ حل تلوين ، وللاطلاع على رد الفعل ، وتمييع كاشف tyramide 01:50 العازلة في التضخيم مخفف) وخلال هذه الحضانة ، وأنبوب microcentrifuge على جانبها. يجب تحديد وقت رد الفعل تجريبيا لكل التحقيق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يغسل ثلاث مرات لمدة 10 دقيقة في كل PBST. </li></ol> 10. PROPIDIUM يوديد تلطيخ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغسل مرتين لمدة 5 دقائق في كل من محكمة أمن الدولة × 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الأجنة لمدة 30 دقيقة عند 37 درجة مئوية في 50 ميكرولتر SSCT × 2 مع 10 ريبونوكلياز ميكرولتر (لتركيز النهائي من 100μg/ml). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل ست مرات لمدة 3 دقائق في كل من محكمة أمن الدولة في RT × 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وصمة عار الأجنة لمدة 8 دقائق في محلول يوديد propidium 330μg/ml في SSC × 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> غسل ست مرات لمدة 3 دقائق في كل من محكمة أمن الدولة في RT × 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإصلاح لمدة 20 دقيقة في PFA 4 ٪ في برنامج تلفزيوني في RT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغسل مرتين ، لمدة 5 دقائق لكل منهما ، في PBST في RT. </li></ol> 11. متزايد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان الأجنة لمدة 10 دقيقة في كل من 25 ٪ و 50 ٪ في الجلسرين PBST. واضح بين عشية وضحاها في الجلسرين 75 ٪ عند 4 درجة مئوية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ونحن تشريح deyolk الأجنة وجبل مسطح منهم على شريحة المجهر. يمكن أن تنتج كبيرة صفار مضان الخلفية. تشريح هو أسهل بكثير بعد أجنة مسحت ovenight في gylcerol. </li></ol> الحلول : <table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> PBST </td><td> PBS توين زائد 0.1 ٪ </td><td></td></tr><tr><td> SSCT </td><td> SSC زائد توين 0.1 ٪ </td><td></td></tr><tr><td> HYB - </td><td> 50 ٪ formamide 5xSSC 0.1 ٪ توين - 20 </td><td></td></tr><tr><td> HYB + </td><td> HYB - 5mg/ml بالمستخفيات (خميرة) RNA 50μg/ml الهيبارين </td><td style="width: 300px;"> مستعدة RNA بالمستخفيات بواسطة بروتين الهضم K من الحمض النووي الريبي لاحقة مع الفينول ، الفينول كلوروفورم ، وعجلت كلوروفورم extraction.The RNA والذائبة في الماء DEPC المعاملة. </td></tr><tr><td> 1 × العازلة حمض المالئيك </td><td> 150mM حمض المالئيك ، 100mM كلوريد الصوديوم (الرقم الهيدروجيني 7.5) </td><td></td></tr></tbody></table><img src="/files/ftp_upload/1229/Brend_Holley_Fig1.png" alt="الشكل 1" width="600" height="688" /> الشكل 1. نتائج ممثل جبل بأكمله الفلورسنت مزدوجة في الموقع التهجين. (AC). الصور تدل على باب واحد متحد البؤر من خلال المنطقة الخلفية من الزرد الجنين في مرحلة العشر الجسيدة. ومن وجهة النظر مع الظهرية الأمامية إلى الأعلى. ملطخة النوى مع يوديد propidium زرقاء اللون. (A) تم الكشف عن deltaC مرنا باستخدام riboprobe digoxygenin المسمى وكاشف TSA - Cy5. (ب) من كتب مرنا الجين her1 تم الكشف مع riboprobe فلوريسئين المسمى وكاشف TSA - فلوريسئين. (ج) دمج قنوات خضراء وحمراء لا لبس فيها تحدد مناطق مختلفة التعبير الجيني أو تداخل الجينات اثنين. (D ، E) تفاصيل her1 التعبير يدل على دقة عالية من هذا الإجراء. يمكن أن يكون مرنا للتوطين التحت خلوية تمييزها بوضوح. السهام تشير إلى خلية نشطة معرض النسخ ، التي كشفت عنها نقاط من تلطيخ في النواة. سهام تشير إلى وجود خلية حشوية تظهر الترجمة من مرنا. (F ، G) مزدوج لتلطيخ her1 وdeltaC يكشف الخلايا التي يتم تدوين كل من الجينات (رأس السهم الأبيض) ، أو بإحدى هاتين العقوبتين الجين بشكل منفصل (السهام الحمراء والخضراء).

<ol>
	<li>Schulte-Merker, S., Ho, R. K., Herrmann, B. G., N&#252;sslein-Volhard, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+protein+product+of+the+zebrafish+homologue+of+the+mouse+T-gene+is+expressed+in+nuclie+of+the+germ+ring+and+the+notochord+of+the+early+embryo.">The protein product of the zebrafish homologue of the mouse T-gene is expressed in nuclie of the germ ring and the notochord of the early embryo.</a> Development. 116, 1021-1027 (1992).</li><li>Jowett, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Double+in+situ+hybridization+techniques+in+zebrafish.">Double in situ hybridization techniques in zebrafish.</a> Methods. 23, 345-358 (2001).</li><li>J&#252;lich, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=beamter/deltaC+and+the+role+of+Notch+ligands+in+the+zebrafish+somite+segmentation,+hindbrain+neurogenesis+and+hypochord+differentiation.">beamter/deltaC and the role of Notch ligands in the zebrafish somite segmentation, hindbrain neurogenesis and hypochord differentiation.</a> Dev Biol. 286, 391-404 (2005).</li><li>Mara, A., Schroeder, J., Chalouni, C., Holley, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Priming,+Initiation+and+Synchronization+of+the+Segmentation+Clock+by+deltaD+and+deltaC.">Priming, Initiation and Synchronization of the Segmentation Clock by deltaD and deltaC.</a> Nat Cell Biol. 9, 523-530 (2007).</li><li>Lecuyer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+analysis+of+mRNA+localization+reveals+a+prominent+role+in+organizing+cellular+architecture+and+function.">Global analysis of mRNA localization reveals a prominent role in organizing cellular architecture and function.</a> Cell. 131, 174-187 (2007).</li></ol>

بروتوكول المعروضة هنا يعمل بشكل جيد مع التحقيقات التي تعطي إشارة قوية نظيفة بعد تلطيخ عن 30-45 دقيقة في الفوسفاتاز القلوية ، توسطت فيه رد فعل نموذجي. قبل تنفيذ بروتوكول فلوري التهجين في الموقع ، ونحن لدينا دائما اختبار تحقيقات باستخدام معيار غير الفلورسنت البروتوكول (?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Paraformaldehyde 16% solution, EM Grade</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Services</td>
<td>15710</td>
<td>Dilute to 4% in 1.33x PBS (final 1x). Store in 2ml aliquots at &#x2013;20&deg;C</td>
</tr>
<tr>
<td>Proteinase K, recombinant PCR grade</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>03115879001</td>
<td>Make a 20mg/ml stock solution in water. Store in 1ml aliquots at &#x2013;20&deg;C</td>
</tr>
<tr>
<td>Blocking Reagent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>11096176001</td>
<td>Make a 10% stock solution in 1x maleic acid buffer. Store in 50ml aliquots at &#x2013;20&deg;C. Stable over multiple freeze/thaws.</td>
</tr>
<tr>
<td>Anti-Fluorescein-POD, Fab fragments</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>11426346910</td>
<td>Aliquot and store at -20&deg;C. Keep one working aliquot at 4&deg;C.</td>
</tr>
<tr>
<td>Anti-Digoxigenin-POD, Fab fragments</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>11207739910</td>
<td>As above.</td>
</tr>
<tr>
<td>TSA Plus Fluorescein system</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Perkin Elmer</td>
<td>NEL741001KT</td>
<td>Prepare each vial of TSA reagent only when needed. Dissolve in 60&mu;l DMSO. Store at 4&deg;C.</td>
</tr>
<tr>
<td>TSA Plus Cyanine5 system</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Perkin Elmer</td>
<td>NEL745001KT</td>
<td>As above</td>
</tr>
<tr>
<td>TSA Plus Cyanine3 system</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Perkin Elmer</td>
<td>NEL744001KT</td>
<td>As above</td>
</tr>
<tr>
<td>TSA Kit #16 AlexaFluor647 tyramide (plus HRP-goat-anti-rabbit IgG)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Probes /Invitrogen</td>
<td>T20926</td>
<td>Dissolve tyramide reagent in 150&mu;l DMSO, aliquot and store at &#x2013;20&deg;C.</td>
</tr>
<tr>
<td>RNase, DNase free</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>11119915001</td>
<td>Supplied as 500&mu;g/ml solution</td>
</tr>
<tr>
<td>Propidium Iodide</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Probes /Invitrogen</td>
<td>P-3566</td>
<td>Supplied as 1mg/ml solution in water.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

zebrafish whole mount high-resolution double fluorescent in situ hybridization

جبل بأكمله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين هي واحدة من أكثر التقنيات المستخدمة على نطاق واسع في البيولوجيا التطورية. هنا ، فإننا نقدم عالية الدقة المزدوجة الفلورسنت<em&gt; في الموقع</em&gt; بروتوكول التهجين لتحليل نمط التعبير الدقيق لجين واحد وتحديد مجالات التداخل في التعبير عن اثنين من الجينات. البروتوكول هو نسخة معدلة من معيار<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين باستخدام الفوسفاتيز القلوية وركائز مثل NBT / BCIP الأحمر وسريع<sup&gt; 1،2</sup&gt;. هذا البروتوكول يستخدم معيار digoxygenin فلوريسئين وصفت تحقيقات مع تضخيم إشارة tyramide (TSA)<sup&gt; 3</sup&gt;. المتاحة تجاريا مجموعات TSA تسمح يمكن استخدام التصميم التجريبي مرنة ومضان الانبعاثات من الاخضر الى الاحمر وحتى في تركيبة مع البقع النووية المختلفة ، مثل يوديد propidium ، أو المناعية لبروتينات مضان. TSA تنتج ركيزة التفاعل الفلورسنت التي تساهميا بسرعة بربط الأنصاف ، وبقايا التيروسين عادة ، في المناطق الملاصقة للriboprobe العقاقير المسماة. ويمكن ملاحظة أنماط تلطيخ الناتجة ارتفاع القرار في ذلك توطين التحت خلوية مرنا للاستخدام ليزر متحد البؤر المجهر<sup&gt; 3،4</sup&gt;. يمكن للمرء أن يلاحظ المحاضر الوليدة في مواضع الكروموسومات ، تميز تلطيخ النووية وحشوية ووضع تصور لأنماط أخرى مثل توطين القشرية من مرنا. دراسات في<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; تشير إلى أن حوالي 70 ٪ من mRNAs المعرض أنماط محددة من التوطين التحت خلوية التي ترتبط في كثير من الأحيان مع وظيفة هذا البروتين المشفرة<sup&gt; 5</sup&gt;. عندما يقترن بمساعدة الكمبيوتر تعمير مجموعات البيانات مبائر 3D ، لدينا بروتوكول يسمح للتحليل مفصل لتوزيع مرنا مع شبه الخلوية القرار في أجنة الفقاريات كلها.

Watch this Scientific Journal Video about Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization at JoVE.com

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

جبل بأكمله في الموقع التهجين هي واحدة من أكثر التقنيات المستخدمة على نطاق واسع في البيولوجيا التطورية. هنا ، نقدم قرار عالية الفلورسنت مزدوجة في البروتوكول الموقع التهجين لتحليل نمط التعبير الدقيق لجين واحد وتحديد مجالات التداخل في التعبير عن اثنين من الجينات. نحن تتضمن يوديد النووية propidium مكافحة وصمة عار لتسليط الضوء على تنظيم الأنسجة.

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

zebrafish-whole-mount-high-resolution-double-fluorescent-situ

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

23.1K Views.  Yale University. جبل بأكمله في الموقع التهجين هي واحدة من أكثر التقنيات المستخدمة على نطاق واسع في البيولوجيا التطورية. هنا ، نقدم قرار عالية الفلورسنت مزدوجة في البروتوكول الموقع التهجين لتحليل نمط التعبير الدقيق لجين واحد وتحديد مجالات التداخل في التعبير عن اثنين من الجينات....

Video: Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying  gene expression in brain, neural tube, somite and heart primordia formation. This video demonstrates the different steps in 2-color whole mount in situ hybridization; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, the embryo is processed for prehybridization. The embryo is then hybridized with two different probes, one coupled to DIG, and one coupled to FITC.  Following overnight hybridization, the embryo is incubated with DIG coupled antibody. Color reaction for DIG substrate is performed, and the region of interest appears blue. The embryo is then incubated with FITC coupled antibody. The embryo is processed for color reaction with FITC, and the region of interest appears red. Finally, the embryo is fixed and processed for phtograph and sectioning. A troubleshooting guide is also presented.

This video demonstrates 2-color whole mount in situ hybridization, a method by which the spatial and temporal expression pattern of 2 different genes can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by David Wilkinson, Domingos Henrique, Phil Ingham and David Ish -Horowicz.

الجامعة جبل مزدوجة في الموقع التهجين لافراخ الدجاج في وقت مبكر

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Method for Whole Mount Antibody Staining in Chick

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ideal tool for studying antibody expression in developing brain, neural tube and somite. This video demonstrates the different steps in whole-mount antibody staining using HRP conjugated secondary antibodies; First, the embryo is dissected from the egg and fixed in paraformaldehyde. Second, endogenous peroxidase is inactivated; The embryo is then exposed to primary antibody. After several washes, the embryo is incubated with secondary antibody conjugated to HRP. Peroxidase activity is revealed using reaction with diaminobenzidine substrate. Finally, the embryo is fixed and processed for photography and sectioning. The advantage of this method over the use of fluorescent antibodies is that embryos can be processed for wax sectioning, thus enabling the study of antigen sites in cross section. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell 1.

This video demonstrates whole mount immunohistochemistry, a method by which the spatial and temporal expression pattern of an antigen can be visualized in young chick embryos. This method was originally introduced by Jane Dodd and Tom Jessell.

طريقة لتلطيخ جسم الجامع في جبل الفرخ

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of specific mRNA transcripts within whole mount specimen. This technique (adapted from Albertson and Yelick, 2005) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom at Syracuse University. The first two thirds of the Comparative Vertebrate Biology lab course gave students the opportunity to study the embryology and gross anatomy of several organisms representing various chordate taxa primarily via traditional dissections and the use of models. The final portion of the course involved an innovative approach to teaching anatomy through observation of vertebrate development employing molecular techniques in which WISH was performed on zebrafish embryos. A heterozygous fibroblast growth factor 8 a (fgf8a) mutant line, ace, was used. Due to Mendelian inheritance, ace intercrosses produced wild type, heterozygous, and homozygous ace/fgf8a mutants in a 1:2:1 ratio. RNA probes with known expression patterns in the midline and in developing anatomical structures such as the heart, somites, tailbud, myotome, and brain were used. WISH was performed using zebrafish at the 13 somite and prim-6 stages, with students performing the staining reaction in class. The study of zebrafish embryos at different stages of development gave students the ability to observe how these anatomical structures changed over ontogeny. In addition, some ace/fgf8a mutants displayed improper heart looping, and defects in somite and brain development. The students in this lab observed the normal development of various organ systems using both external anatomy as well as gene expression patterns. They also identified and described embryos displaying improper anatomical development and gene expression (i.e., putative mutants).
For instructors at institutions that do not already own the necessary equipment or where funds for lab and curricular innovation are limited, the financial cost of the reagents and apparatus may be a factor to consider, as will the time and effort required on the part of the instructor regardless of the setting. Nevertheless, we contend that the use of WISH in this type of classroom laboratory setting can provide an important link between developmental genetics and anatomy. As technology advances and the ability to study organismal development at the molecular level becomes easier, cheaper, and increasingly popular, many evolutionary biologists, ecologists, and physiologists are turning to research strategies in the field of molecular biology. Using WISH in a Comparative Vertebrate Biology laboratory classroom is one example of how molecules and anatomy can converge within a single course. This gives upper level college students the opportunity to practice modern biological research techniques, leading to a more diversified education and the promotion of future interdisciplinary scientific research.

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Whole mount in situ hybridization (WISH) was used in an upper level undergraduate Comparative Vertebrate Biology course in addition to vertebrate dissections. This gave students the opportunity to study gene expression patterns as well as gross anatomy, linking the study of molecular and organismal biology within one course.

جبل به الجامعة في الموقع تهجين ارتباط البيولوجيا الجزيئية والعضوي

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures are lengthy and technically demanding with multiple important steps that collectively contribute to the quality of the final result. This protocol describes in detail several key quality control steps for optimizing probe labeling and performance. Overall, our protocol provides a detailed description of the critical steps necessary to reproducibly obtain high quality results. First, we describe the generation of digoxygenin (DIG) labeled RNA probes via in vitro transcription of DNA templates generated by PCR. We describe three critical quality control assays to determine the amount, integrity and specific activity of the DIG-labeled probes. These steps are important for generating a probe of sufficient sensitivity to detect endogenous mRNAs in a whole mouse embryo. In addition, we describe methods for the fixation and storage of E8.5-E11.5 day old mouse embryos for in situ hybridization. Then, we describe detailed methods for limited proteinase K digestion of the rehydrated embryos followed by the details of the hybridization conditions, post-hybridization washes and RNase treatment to remove non-specific probe hybridization. An AP-conjugated antibody is used to visualize the labeled probe and reveal the expression pattern of the endogenous transcript. Representative results are shown from successful experiments and typical suboptimal experiments.

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

This whole mount in situ hybridization protocol discusses critical steps that ensure reproducible high quality results for gene expression studies in E8.5-E11.5 day old mouse embryos.

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 protein variants encoded by the var genes.
The haploid P. falciparum genome harbors approximately 60 different var genes of which only one has been believed to be transcribed per cell at a time during the blood stage of the infection. How such mutually exclusive regulation of var gene transcription is achieved is unclear, as is the identification of individual var genes or sub-groups of var genes associated with different receptors and the consequence of differential binding on the clinical outcome of P. falciparum infections. Recently, the mutually exclusive transcription paradigm has been called into doubt by transcription assays based on individual P. falciparum transcript identification in single infected erythrocytic cells using RNA fluorescent in situ hybridization (FISH) analysis of var gene transcription by the parasite in individual nuclei of P. falciparum IE1.
Here, we present a detailed protocol for carrying out the RNA-FISH methodology for analysis of var gene transcription in single-nuclei of P. falciparum infected human erythrocytes. The method is based on the use of digoxigenin- and biotin- labeled antisense RNA probes using the TSA Plus Fluorescence Palette System2 (Perkin Elmer), microscopic analyses and freshly selected P. falciparum IE. The in situ hybridization method can be used to monitor transcription and regulation of a variety of genes expressed during the different stages of the P. falciparum life cycle and is adaptable to other malaria parasite species and other organisms and cell types.

Analysis of Single-cell Gene Transcription by RNA Fluorescent In Situ Hybridization FISH

Fluorescent in situ hybridization (FISH) to identify mRNA transcripts in individual cells allows analysis of polygenic activity such as the simultaneous transcription of more than one member of the var multigene family in Plasmodium falciparum infected erythrocytes 1. The technique is adaptable and can be used on different types of genes, cells and organisms.

تحليل النسخ الجيني وحيدة الخلية التي كتبها نيون RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Adhesion of Plasmodium falciparum infected erythrocytes (IE) to human endothelial receptors during malaria infections is mediated by expression of PfEMP1 ...

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The specification of replication timing is thought to be a dynamic process regulated by tissue-specific and developmental cues that are responsive to epigenetic modifications. However, the mechanisms regulating where and when DNA replication initiates along chromosomes remains poorly understood. Homologous chromosomes usually replicate synchronously, however there are notable exceptions to this rule. For example, in female mammalian cells one of the two X chromosomes becomes late replicating through a process known as X inactivation1. Along with this delay in replication timing, estimated to be 2-3 hr, the majority of genes become transcriptionally silenced on one X chromosome. In addition, a discrete cis-acting locus, known as the X inactivation center, regulates this X inactivation process, including the induction of delayed replication timing on the entire inactive X chromosome. In addition, certain chromosome rearrangements found in cancer cells and in cells exposed to ionizing radiation display a significant delay in replication timing of &gt;3 hours that affects the entire chromosome2,3. Recent work from our lab indicates that disruption of discrete cis-acting autosomal loci result in an extremely late replicating phenotype that affects the entire chromosome4. Additional 'chromosome engineering' studies indicate that certain chromosome rearrangements affecting many different chromosomes result in this abnormal replication-timing phenotype, suggesting that all mammalian chromosomes contain discrete cis-acting loci that control proper replication timing of individual chromosomes5.
Here, we present a method for the quantitative analysis of chromosome replication timing combined with fluorescent in situ hybridization. This method allows for a direct comparison of replication timing between homologous chromosomes within the same cell, and was adapted from6. In addition, this method allows for the unambiguous identification of chromosomal rearrangements that correlate with changes in replication timing that affect the entire chromosome. This method has advantages over recently developed high throughput micro-array or sequencing protocols that cannot distinguish between homologous alleles present on rearranged and un-rearranged chromosomes. In addition, because the method described here evaluates single cells, it can detect changes in chromosome replication timing on chromosomal rearrangements that are present in only a fraction of the cells in a population.

Chromosome Replicating Timing Combined with Fluorescent In situ Hybridization

A quantitative method for the analysis of chromosome replication timing is described. The method utilizes BrdU incorporation in combination with fluorescent in situ hybridization (FISH) to assess replication timing of mammalian chromosomes. This technique allows for the direct comparison of rearranged and un-rearranged chromosomes within the same cell.

التوقيت كروموسوم النسخ المتماثل جنبا إلى جنب مع نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

Mammalian DNA replication initiates at multiple sites along chromosomes at different times during S phase, following a temporal replication program. The ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Assessing the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization properties of its transcribed RNA, are key features for understanding its biological function during development. RNA in situ hybridization (RNA-ISH) is a powerful method used for visualizing RNA distribution properties, be it at the organismal, cellular or subcellular levels 1. RNA-ISH is based on the hybridization of a labeled nucleic acid probe (e.g. antisense RNA, oligonucleotides) complementary to the sequence of an mRNA or a non-coding RNA target of interest 2. As the procedure requires primary sequence information alone to generate sequence-specific probes, it can be universally applied to a broad range of organisms and tissue specimens 3. Indeed, a number of large-scale ISH studies have been implemented to document gene expression and RNA localization dynamics in various model organisms, which has led to the establishment of important community resources 4-11. While a variety of probe labeling and detection strategies have been developed over the years, the combined usage of fluorescently-labeled detection reagents and enzymatic signal amplification steps offer significant enhancements in the sensitivity and resolution of the procedure 12. Here, we describe an optimized fluorescent in situ hybridization method (FISH) employing tyramide signal amplification (TSA) to visualize RNA expression and localization dynamics in staged Drosophila embryos. The procedure is carried out in 96-well PCR plate format, which greatly facilitates the simultaneous processing of large numbers of samples.

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Here we describe a whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) protocol for determining the expression and localization properties of RNAs expressed during embryogenesis in the fruit fly, Drosophila melanogaster.

كله جبل RNA نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأجنة

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

Marine elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity and have unique mechanisms for osmoregulation 1-3. As the most primitive living jawed-vertebrates with paired appendages, elasmobranchs are an evolutionarily important model, especially for studies in evolution and development. Marine elasmobranchs have also been used to study aquatic toxicology and stress physiology in relationship to climate change 4. Thus, development and adaptation of methodologies is needed to facilitate and expand the use of these primitive vertebrates to multiple biological disciplines. Here I present the successful adaptation of RNA whole mount in situ hybridization and histological techniques to study gene expression and cell histology in elasmobranchs.
Monitoring gene expression is a hallmark tool of developmental biologists, and is widely used to investigate developmental processes 5. RNA whole mount in situ hybridization allows for the visualization and localization of specific gene transcripts in tissues of the developing embryo. The expression pattern of a gene's message can provide insight into what developmental processes and cell fate decisions a gene may control. By comparing the expression pattern of a gene at different developmental stages, insight can be gained into how the role of a gene changes during development.
While whole mount in situ's provides a means to localize gene expression to tissue, histological techniques allow for the identification of differentiated cell types and tissues. Histological stains have varied functions. General stains are used to highlight cell morphology, for example hematoxylin and eosin for general staining of nuclei and cytoplasm, respectively. Other stains can highlight specific cell types. For example, the alcian blue stain reported in this paper is a widely used cationic stain to identify mucosaccharides. Staining of the digestive tract with alcian blue can identify the distribution of goblet cells that produce mucosaccharides. Variations in mucosaccharide constituents on short peptides distinguish goblet cells by function within the digestive tract 6. By using RNA whole mount in situ's and histochemical methods concurrently, cell fate decisions can be linked to gene-specific expression.
Although RNA in situ's and histochemistry are widely used by researchers, their adaptation and use in marine elasmobranchs have met limited and varied success. Here I present protocols developed for elasmobranchs and used on a regular basis in my laboratory. Although further modification of the RNA in situ's hybridization method may be needed to adapt to different species, the protocols described here provide a strong starting point for researchers wanting to adapt the use of marine elasmobranchs to their scientific inquiries.

RNA In situ Hybridization in Whole Mount Embryos and Cell Histology Adapted for Marine Elasmobranchs

By combining methods for RNA whole mount in situ hybridization and histology, gene expression can be linked with cell fate decisions in the developing embryo. These methods have been adapted to marine elasmobranchs and facilitate the use of these animals as model organisms for biomedical, toxicology and comparative studies.

RNA<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين في الأجنة جبل الجامعة وعلم الأنسجة الخلية مقتبس عن Elasmobranchs البحرية

Marine  elasmobranchs are valued animal models for biomedical and genomic studies as  they are the most primitive vertebrates to have adaptive immunity ...

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression both in terms of tissue distribution and developmental stage. Protocols are described for the use of WISH of zebrafish embryos using antisense RNA probes labeled with digoxigenin. Probes are generated by incorporating digoxigenin-linked nucleotides through in vitro transcription of gene templates that have been cloned and linearized. The chorions of embryos harvested at defined developmental stages are removed before incubation with specific probes. Following a washing procedure to remove excess probe, embryos are incubated with anti-digoxigenin antibody conjugated with alkaline phosphatase. By employing a chromogenic substrate for alkaline phosphatase, specific gene expression can be assessed. Depending on the level of gene expression the entire procedure can be completed within 2-3 days.

High Resolution Whole Mount In Situ Hybridization within Zebrafish Embryos to Study Gene Expression and Function

The zebrafish, a small tropical fish, has become a popular model for studying gene function during vertebrate development and disease. The temporal and spatial expression of target genes can be determined by in situ hybridization. Our improved protocol allows for the detection of low abundant transcripts with low non-specific background signal.

ارتفاع القرار جبل بأكمله<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين داخل الأجنة الزرد لدراسة التعبير الجيني وظيفة

This article focuses on whole-mount in situ hybridization (WISH) of zebrafish embryos. The WISH technology facilitates the assessment of gene expression ...

Analysis of Apoptosis in Zebrafish Embryos by Whole-mount Immunofluorescence to Detect Activated Caspase 3

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis in zebrafish embryos. The whole-mount analysis provides spatial information in regard to tissue specificity of apoptosing cells, although sectioning and/or colabeling is ultimately required to pinpoint the exact cell types undergoing apoptosis. The whole-mount Casp3 assay is optimized for analysis of fixed embryos between the 4-cell stage and 32 hr-post-fertilization and is useful for a number of applications, including analysis of zebrafish mutants and morphants, overexpression of mutant and wild-type mRNAs, and exposure to chemicals. Compared to acridine orange staining, which can identify apoptotic cells in live embryos in a matter of hours, Casp3 and TUNEL assays take considerably longer to complete (2-4 days). However, because of the dynamic nature of apoptotic cell formation and clearance, analysis of fixed embryos ensures accurate comparison of apoptotic cells across multiple samples at specific time points. We have also found the Casp3 assay to be superior to analysis of apoptotic cells by the whole-mount TUNEL assay in regard to cost and reliability. Overall, the Casp3 assay represents a robust, highly reproducible assay in which to analyze apoptotic cells in early zebrafish embryos.

Certain genetic perturbations or exposure to toxins can disrupt normal developmental processes leading to death of specific cell types. The analysis of activated Caspase 3 by whole-mount immunofluorescence in zebrafish embryos reveals stage- and tissue-specific localization of cells specifically undergoing apoptosis.

Whole-mount immunofluorescence to detect activated Caspase 3 (Casp3 assay) is useful to identify cells undergoing either intrinsic or extrinsic apoptosis ...