特定蛋白质的逐步破坏对于细胞周期的进展和完成是必要的。这种蛋白质被泛素连接酶泛素化，然后被蛋白酶体破坏。SCF （Skp1/Cullin/F-box） 和后期促进复合物 （APC） 是参与细胞周期进程的两种重要的泛素连接酶。虽然 SCF 在整个细胞周期中都处于活跃状态，但 APC 在中期到后期的转变期间被激活。Cdc20 或 Cdh1 与 APC 结合并激活它，分别导致 APC^Cdc20 和 APC^Cdh1 复合体的形成。Cdc20 和 Cdh1 还有助于 APC 识别其底物。

APC^Cdc20 在中期到后期的转变中起着重要作用。姐妹染色单体由黏连蛋白结合在一起。粘连蛋白环需要被酶分离酶打破，以便姐妹染色单体可以在后期向相反的两极移动。然而，分离酶活性被蛋白质 securin 抑制。APC^Cdc20 泛素化 securin，导致其蛋白酶体降解。这导致随后的分离酶激活。APC^Cdc20 还泛素化有丝分裂细胞周期蛋白，进而使细胞周期蛋白依赖性激酶或 Cdk 失活。Cdks 的失活和随后的 Cdk 底物的去磷酸化是完成细胞分裂所必需的。