A destruição gradual de proteínas específicas é necessária para a progressão e conclusão do ciclo celular. Tais proteínas são ubiquitinadas pela ubiquitina ligases e, em seguida, subsequentemente destruídas pelo proteassoma. O SCF (Skp1/Cullin/F-box) e o complexo promotor de anáfase (APC) são duas importantes ubiquitina ligases envolvidas na progressão do ciclo celular. Enquanto o SCF está ativo durante todo o ciclo celular, o APC é ativado durante a transição da metáfase para a anáfase. Cdc20 ou Cdh1 liga-se ao APC e o ativa, resultando na formação dos complexos APC^Cdc20 e APC^Cdh1, respectivamente. Cdc20 e Cdh1 também ajudam a APC a identificar seus substratos.

O APC^Cdc20 desempenha um papel essencial na transição da metáfase para a anáfase. As cromátides irmãs são mantidas juntas por coesinas. Os anéis de coesina precisam ser quebrados pela enzima separase para que as cromátides irmãs possam se mover em direção aos pólos opostos durante a anáfase. No entanto, a atividade da separase é inibida pela proteína securina. APC^Cdc20 ubiquitina a securina, levando à sua degradação proteassômica. Isso leva à ativação subsequente da separase. APC^Cdc20 também ubiquitina ciclinas mitóticas, que por sua vez inativa quinases dependentes de ciclina ou Cdks. A inativação de Cdks e a subsequente desfosforilação de substratos de Cdk são necessárias para a conclusão da divisão celular.