Stopniowe niszczenie określonych białek jest niezbędne do postępu i zakończenia cyklu komórkowego. Takie białka są ubikwitynowane przez ligazy ubikwityny, a następnie niszczone przez proteasom. SCF (Skp1/Cullin/F-box) i kompleks promujący anafazę (APC) to dwie ważne ligazy ubikwityny biorące udział w progresji cyklu komórkowego. Podczas gdy SCF jest aktywny przez cały cykl komórkowy, APC jest aktywowany podczas przejścia z metafazy do anafazy. Cdc20 lub Cdh1 wiąże się z APC i aktywuje go, powodując powstanie odpowiednio kompleksów APC^Cdc20 i APC^Cdh1. Cdc20 i Cdh1 pomagają również APC w identyfikacji substratów.

APC^Cdc20 odgrywa istotną rolę w przejściu z metafazy do anafazy. Siostrzane chromatydy są utrzymywane razem przez kohezyny. Pierścienie kohezyny muszą zostać przerwane przez enzym separazę, aby chromatydy siostrzane mogły przemieszczać się w kierunku przeciwległych biegunów podczas anafazy. Jednak aktywność separazy jest hamowana przez białko sekurynę. APC^Cdc20 ubikwitynuje sekurynę, prowadząc do jej proteasomalnej degradacji. Prowadzi to do późniejszej aktywacji separazy. APC^Cdc20 ubikwitynuje również cykliny mitotyczne, które z kolei dezaktywują kinazy zależne od cyklin lub Cdk. Inaktywacja Cdk, a następnie defosforylacja substratów Cdk są niezbędne do zakończenia podziału komórki.