Ступенчатое разрушение специфических белков необходимо для прогрессирования и завершения клеточного цикла. Такие белки убиквитинируются убиквитин-лигазами, а затем разрушаются протеасомой. SCF (Skp1/Cullin/F-box) и анафазостимулирующий комплекс (APC) являются двумя важными убиквитин-лигазами, участвующими в прогрессии клеточного цикла. В то время как SCF активен на протяжении всего клеточного цикла, APC активируется во время перехода из метафазы в анафазу. Cdc20 или Cdh1 связывается с APC и активирует его, в результате чего образуются комплексы APC^Cdc20 и APC^Cdh1 соответственно. Cdc20 и Cdh1 также помогают APC идентифицировать свои субстраты.

APC^Cdc20 играет важную роль в переходе из метафазы в анафазу. Сестринские хроматиды удерживаются вместе когезинами. Когезиновые кольца должны быть разрушены ферментом сепараза, чтобы сестринские хроматиды могли перемещаться к противоположным полюсам во время анафазы. Однако активность сепаратазы подавляется белком секурином. APC^Cdc20 убиквитинирует секурин, что приводит к его протеасомной деградации. Это приводит к последующей активации сепаратазы. APC^Cdc20 также убиквитинирует митотические циклины, которые, в свою очередь, инактивируют циклин-зависимые киназы или Cdk. Инактивация Cdk и последующее дефосфорилирование Cdk-субстратов необходимы для завершения деления клеток.