提高2D和3D皮肤<em&gt;体外</em&gt;模型使用大分子拥挤

摘要

我们提出了一个协议，以获得富含胞外基质蛋白的细胞来源的基质，使用大分子沟渠扫污机（MMC）。此外，我们提出该结合MMC在三维器官皮肤共培养产生，从而降低了培养时间，同时保持结构的成熟的协议。

摘要

胶原的糖蛋白家族代表在人体内的主要结构蛋白，并且是在现代组织工程中使用的生物材料的重要组成部分。一个技术瓶颈是胶原的体外沉积，因为它是相当慢，导致结缔组织和随后的组织凝聚力亚最佳的形成，特别是在皮肤的模型。在这里，我们描述了包括加入差分大小蔗糖共聚物的皮肤培养物，以产生高分子拥挤（MMC），其导致胶原沉积的急剧增强的方法。具体地，真皮成纤维细胞相比，控制沉积下的MMC胶原I / IV / VII和纤连蛋白的一个显著量。

该协议还描述了一种方法，以decellularize拥挤的细胞层，暴露显著量细胞外基质（ECM）的该被保留的培养表面上由immunocy证明组化。使用干扰反射显微镜研究总矩阵的质量和分布格局。变化的组成和形态的有趣的是，成纤维细胞，角质形成细胞和共培养生产细胞衍生的基质（CDM）的。 CDM可作为"生物支架"进行二次细胞接种，其中当前使用的涂层或支架的，典型地从异种动物来源的，是可以避免的，由此实现更临床相关的应用程序移动。

此外，该协议描述中一个三维器官皮肤共培养模型这是足以增强的ECM沉积于真皮 - 表皮交界处（DEJ），特别是，胶原VII，主要部件的浸没阶段MMC卡的应用锚固纤维。电子显微镜确认为与对照相比锚固在使用MMC的发展，培养原纤维的存在。这是因为显著锚原纤维系绳真皮表皮，因此，具有预成形的成熟DEJ可以以接枝稳定性和整体的伤口愈合方面受益皮肤移植接受者。此外，培养时间第5周冷凝至3周，以获得成熟的构建物，使用MMC时，降低了成本。

引言

皮肤形成通过防止水分流失和病原体进入的保护性屏障。它是由三大部分组成;基质丰富的真皮^1，分层表皮^2,3,4在它的上面，并在^5,6之间的真皮表皮交界处。真皮是由主要的胶原蛋白和弹力纤维，并用稀疏的⁷成纤维细胞填充。与此相反，细胞丰富表皮是由角化细胞的多层组成。最内层的角质形成细胞是增殖性并提供新的基底细胞，其更新和替换末端分化的角质形成细胞是不断移动到皮肤的最外层，并失去了核和细胞质材料，导致其经历角化层脱屑。

真皮 - 表皮交界，特定类型的基底膜，是互连矩阵分子，其tethe组成的复杂结构RS表皮到真皮。真皮的胶原蛋白I的纤维交织胶原VII锚定它们锚定到IV型胶原丰富致密板纤维。反过来锚固丝（5层粘连蛋白，胶原十七和整合）与基底角朊细胞的半桥粒连接致密板。基底角质形成细胞（基底层）有能力的增殖和更新​​，以及分化和分层，以形成基底层层;棘层，颗粒层，以及最后的角质层，它代表了皮肤的接触面与环境。从基底层的角化层的途中 ，角化切换角蛋白的表达模式和最后经历细胞凋亡和包住自己在角化信封，共价由转谷氨酰胺酶活性的交联的特定蛋白质的船体。

重建皮肤及其体外层，包括的复杂结构真皮 - 表皮连接和真皮细胞外基质，并以模拟角化过程中，具有长好奇科学家和生物工程作为一个具有挑战性的任务。已经出现了皮肤组织工程显著的进步，例如，皮肤细胞从病人活检成功提取和皮肤器官培养物使用源自患者的皮肤细胞⁸的生成。然而，未解决的问题保持由皮肤细胞有关的细胞外基质蛋白的分泌差本身并导致次优的皮肤模型。此外，所需要的时间，以产生使用当前的协议三维器官皮肤共培养四到八周之间变化，这可能潜在地与大分子沟渠扫污机的掺入缩短一个时间段。减少培养时间可以节省试剂成本，减少细胞衰老的发生率，降低了患者的等待时间应该产品在临床中使用。

t"的>高分子拥挤（MMC）涉及引入特定大分子到培养基中，以产生排除体积效应。这些影响酶促反应速率，包括原胶原的蛋白水解切割这是标准的水性培养条件^9-13下缓慢。在MMC中，酶反应被加速，而不相比不拥挤的对照¹⁰增加试剂导致^14,15的量，以原胶原裂解，I型胶原在拥挤的培养物分子的量增加的情况下，由于原胶原胶原的转换允许胶原蛋白的形成组件，具有MMC 48小时培养成纤维细胞产生显著更多的胶原蛋白我相比，监测四个星期^11,16,17拥挤的成纤维细胞培养的。除了对影响ECM的形成，稳定和重塑酶活性，MMC还效应已显示直接提升和调制胶原纤维的形成^18,19。

我们在这里提出的方法，以增强由皮肤细胞的胞外基质（ECM）的生产，特别是真皮成纤维细胞和表皮角质形成细胞。此外，我们表明，在单层培养下的MMC中产生的富集的ECM可脱细胞并用作纯细胞衍生的基质（CDM）的。

我们使用非传统的方式来可视化和充分理解皮肤细胞培养MMC沉积在细胞外基质。干扰反射镜通常用于研究细胞 - 基质相互作用或细胞至玻璃的接触点。这种技术是在我们的系统中使用，以查看基质的沉积在玻璃表面上的总金额。干扰反射显微镜加上荧光免疫染色，以获得在细胞外基质组合物和图案方面最量的信息，在存在和不存在的MMC。

Organotypic皮共培养是在皮肤上的体外在三维上下文建模经典方法。而二维共培养可能提供显著的信息，它转换该数据和应用回体内环境，这是固有的三维结构时是有限的。皮肤角质形成细胞，尤其是偏振和含有心尖和基底段这对于稳态和细胞粘附是必不可少的。此外，典型的基底层蛋白在角化细胞的基底层之上，如角蛋白1，角蛋白10和聚丝蛋白的表达仅在分层和角化细胞的终末分化的过程中存在。由于终末分化是典型的单层培养几乎不存在，基底层蛋白的表达通常不会在这个培养体系来实现的。因此，器官型培养开始淹没在培养基中，但随后提升到空气 - 液体界面驱动keratinocytË分化。这导致分层的标记，甚至角化和表皮生理学的总体上更好的反射的表达。虽然其他团体先前生成的器官皮肤共培养成功，建立了功能真皮表皮交界地带一直是一个问题。这里，我们提出用于培养器官皮肤共培养具有增强的基底膜，在稠时间帧，在不损害这些构建体的成熟的新方法。这将提供皮肤类似物在体外模型，皮肤生物学研究和筛选试验的品种。

研究方案

1.大分子拥挤在2D皮肤细胞培养

1. 种子50,000个细胞（初级成纤维细胞或角质形成初级或初级成纤维细胞和角化细胞的共培养）每一个24孔板的孔。种子细胞在1ml对应的小区类型的生长介质。
2. 使细胞附着过夜，在5％CO ₂ 37℃培养箱中。
3. 废旧媒体和含大分子沟渠扫污和100μM抗坏血酸苯磺酸1毫升的新鲜介质代替。使用克劳德鸡尾酒组成的37.5毫克/毫升聚蔗糖70和25毫克/毫升的Ficoll 400使用成纤维细胞培养基（FM）的组成的DMEM补充有10％FBS和1％青霉素 - 链霉素抗生素。生长的角质形成细胞在无血清培养基，KSFM或CNT-57。保持共培养物中50％的FM和50％无血清培养基的混合物。
4. 孵育6天培养物在37℃培养箱中于5％的CO _2，与媒体的变化，每2天。

2.皮肤细胞培养免疫荧光染色

1. 洗细胞培养物两次用1×PBS。
2. 固定用甲醇或聚甲醛（取决于抗体规格）的细胞培养物。
   1. 甲醇固定
      1. 等分500μl的冷甲醇到每个孔中，并在-20℃下进行10分钟孵育。吸固定剂和丢弃甲醇浪费。空气干燥在层通风柜。
   2. 对于多聚甲醛固定
      1. 等分试样500微升的2％多聚甲醛溶液导入各孔中，并孵育在室温下进行15分钟。吸固定剂和丢弃多聚甲醛的浪费。
      2. 用1X PBS洗涤，用于洗三次，每洗5分钟。
      3. 等分试样1毫升1×PBS中的每个孔。
3. 免疫荧光染色使用抗体
   1. 等分试样的3％牛血清白蛋白（在1×PBS稀释）到每个500微升良好。在室温下孵育30分钟。吸出封闭溶液并丢弃。
   2. 一抗
      1. 直接从印版成像:等分200μl的初级抗体（1:100稀释在10％山羊血清）溶液到每个孔中，并孵育在室温下90分钟。
      2. 为盖玻片:分装50μl的初级抗体（1:100稀释在10％山羊血清）溶液在平坦的片封口膜。放置盖玻片上封口膜，但面向溶液单元侧（与细胞盖玻片的一部分）。覆盖整个单元侧，与无气泡。孵育在室温下90分钟。
   3. 吸去第一抗体溶液并丢弃。
   4. 用1X PBS洗涤，用于洗三次，每洗5分钟。
   5. 二抗
      1. 直接从印版成像:等分200μl的第二抗体（1:400稀释度在10％山羊血清）溶液到每个孔中，并孵育30分钟，在室温下，覆盖板与铝FO金正日。
      2. 对于盖玻片:分装50微升二抗（1:400稀释10％山羊血清）解决方案到一块平坦的封口膜。放置盖玻片上封口膜，但面向溶液单元侧（与细胞盖玻片的一部分）。覆盖整个单元侧，与无气泡。孵育在室温下30分钟，覆盖用铝箔封口膜。
   6. 吸二级抗体溶液并丢弃。
   7. 用1X PBS洗涤，用于洗三次，每洗5分钟。等分试样1毫升1×PBS中的每个孔。
   8. 安装
      1. 对于直接从印版成像:不安装。继续显微镜。
      2. 对于盖玻片成像摩盖玻片，在安装媒体，玻片上。干通宵在覆盖着铝箔的容器。继续显微镜。
4. 获得使用激光共聚焦显微镜与40X / 1.30油浸物镜图像。

e"的皮肤细胞培养> 3。免疫印迹

1. 用1×PBS洗涤细胞层两次。
2. 等份加入100μl裂解缓冲液（见材料列表）到每个孔（6孔板格式）。刮用细胞刮刀和转让溶液放入微量离心管中的细胞层。
3. 在15330×g离心30分钟，离心的溶液在4℃。将上清转移至另一微量离心管中，弃去沉淀。
4. 混合13微升样品缓冲液5微升和2μl还原剂的各样品的（见材料清单）。热样品在95℃下进行10分钟。
5. 在15330 XG 1分钟离心样品，收集冷凝水。负载样品成预制-PAGE凝胶上并在100V为约1小时运行。
6. 到分离的蛋白质转移至硝酸纤维素膜，夹着纸片和海绵（相同尺寸的）之间的凝胶和膜。确保有胶，膜，纸和海绵之间无气泡秒。关闭三明​​治盒，并在2小时运行在70 V输出用于传输。
7. 要检查是否转让完成后，用0.1％PBS吐温20，三次，每次洗10分钟，用10毫升丽春红S.洗膜孵育膜。
8. 用10毫升的5％的牛奶在室温下1小时阻断。用0.1％的PBS-Tween-20中，三次，每次洗涤10分钟洗膜。
9. 用90分钟10毫升初级抗体（1:1,000稀释在5％的牛奶的小鼠抗胶原VII，LH 7.2，1）孵育。用0.1％的PBS-Tween-20中，三次，每次洗涤10分钟洗膜。
10. 用30分钟10毫升二级抗体（:2,000稀释在5％的牛奶的山羊抗小鼠-HRP，1）孵育。用0.1％的PBS-Tween-20中，三次，每次洗涤10分钟洗膜。
11. 膜转移到磁带，加入1ml ECL检测试剂。将在膜清晰，薄塑料片。
12. 为了检测化学发光，将感光膜在塑料片材和关闭磁带。 2之后-5分钟，从盒取出胶片，并将其放置到一个显影剂。

4.制作和使用细胞衍生矩阵

1. 种子50,000个细胞（初级成纤维细胞或角质形成初级或初级成纤维细胞和角化细胞的共培养）每一个24孔板的孔。
2. 使细胞附着过夜，在5％CO ₂ 37℃培养箱中。
3. 废旧媒体和含大分子沟渠扫污和100μM抗坏血酸新鲜培养基更换。的克劳德鸡尾酒包含37.5毫克/毫升聚蔗糖70和25毫克/毫升的Ficoll 400成纤维细胞培养基（FM），由DMEM补充有10％FBS和1％青霉素 - 链霉素的。角质形成细胞生长在无血清的培养基，KSFM或CNT-57。保持共培养物中50％的FM和50％KSFM或CNT-57的混合物。
4. 孵育6天培养物在37℃培养箱中于5％CO _2，改变介质每2天。
5. Decellularize细胞层，以获得一个细胞衍生马特里X（F-垫 =成纤维细胞来源基质中，k-垫 =角质细胞衍生的基质， 共垫 =从成纤维细胞和角化细胞的共培养衍生的矩阵）。
   1. 在1×PBS洗涤细胞层两次。
   2. 加入250微升0.5％去氧胆酸钠。孵育，在冰上进行10分钟。吸细胞裂解液。
   3. 重复步骤4.5.2三次。
   4. 在蒸馏H ₂ O洗涤细胞衍生基质两次保持细胞衍生基质在1×PBS中。矩阵可以储存在4℃长达1周℃。
6. 准备二次细胞悬液（例如，在顶部F-垫播种角质形成细胞）。
   1. 吸1X PBS。
   2. 种子的细胞衍生的基质（F-MAT）的在前50000角质形成细胞。使细胞附着过夜，在5％CO ₂ 37℃培养箱中。
      注:测定可直接在贴壁细胞来进行。

5.表征小区的衍生矩阵

1. 免疫荧光染色:参照协议2。
2. 干扰反射显微镜
   1. 种子细胞上盖玻片，以下4.1-4.5协议。
   2. 获得细胞来源的基质后，修复以下协议2.2样本。
      注:抗体染色是可选的。如果需要的话，请参阅2.3协议。
   3. 通过使用共聚焦激光扫描显微镜具有40X / 1.30油物镜进行图像采集。在74毫米设置针孔。
   4. 使用LP 505为干扰重新挠度显微镜（IRM）通道和BP 575-615 IR为FL为荧光滤镜红色通道。使用NT 80/20的IRM通道和HFT 405/488/561，NFT 565，板为FL荧光的分光器红色通道。请使用以下激光器:DPSS 561-10（波长561纳米）以1.1％的电力为FL荧光红色通道，并在HeNe633为IRM通道5.0％的功率（波长633纳米）。

6. 3D器官皮肤共培养

1. 投出胶原蛋白凝胶，与成纤维细胞封装，在细胞培养插入（6孔板格式）。
   1. 分装10毫升鼠尾Ⅰ型胶原感冒烧杯中。
   2. 加入1毫升冷的DMEM。将0.5ml的1M NaOH来中和酸性的胶原蛋白。加入0.5毫升（含120万成纤维细胞）成纤维细胞悬液。
   3. 一个6孔板内转移该溶液中，在寒冷的吸移管，向细胞培养插入物。 12毫升总溶液的均匀分为6细胞培养插入。
   4. 孵育在37℃培养箱的凝胶在5％的CO _2，1小时。
   5. 凝胶已凝固后，淹没在调频的凝胶。 24小时后，丢弃旧媒体和新的媒体替代，含大分子沟渠扫污。 2毫升的细胞培养插管的内部和2ml的体积添加到细胞培养插管的外侧。
2. 24小时后，种子在骨胶原的顶部角质形成细胞。
   1. Trypsinize角质用0.125％胰蛋白酶/螯合剂5分钟，在37℃。点击烧瓶两侧轻轻打跑细胞，并用含血清培养基中和胰蛋白酶。计数细胞并制备角质形成细胞悬浮液（每凝胶300000角化细胞并悬浮于200μl培养基）。
   2. 吸旧媒体从细胞培养插入。添加在凝胶顶部角化细胞。
   3. 孵育在37℃培养箱的凝胶在5％的CO _2，1小时。
   4. 角化细胞有附着到凝胶表面后，淹没用2ml KSFM或凝胶CNT-57的细胞培养插管的内部和2ml调频到细胞培养插管的外侧。
3. 24小时后，丢弃旧媒体和新的媒体替代，含大分子沟渠扫污。
4. 经过7天浸没培养，提高培养至空气 - 液体界面。
   1. 转移细胞培养插件ERT到深孔板。 10毫升分层介质添加到细胞培养插管的外侧。保持细胞培养插管干的内部。
5. 孵育在37℃培养箱培养在5％的CO ₂和改变介质每3天，在接下来的14天。
   注意:2周的空气 - 液体界面之后，皮肤等效的是成熟的，可以收获（或者快速冷冻或福尔马林固定的）。

7.采收和器官的表征皮肤替代物

1. 吸分层介质。
2. 使用镊子，转移培养插入到纸巾和​​从插入件的基部轻拍远离剩余的介质。
3. 使用手术刀，沿着培养插管的内周切割。
4. （与PET膜合）修复皮肤器官共培养。
   1. 捕捉冻结
      1. 凝胶结构转移到cryomold。盖上华侨城cryomold的内部复合。放置cryomold到液氮中持续10秒。
      2. 使用镊子，从液氮取出冷冻cryomold，包裹在铝箔和冷冻样品储存在-80℃冰箱中。
      3. 部冷冻样品用低温恒温器，具有7μm的切片厚度。
   2. 福尔马林固定
      1. 放置一个'活检海绵垫'到'活检盒"。转移凝胶构建到海绵垫。轻轻地放在另一个海绵垫的凝胶结构的顶部。关闭录像带。
      2. 完全浸没在10％的中性缓冲的福尔马林盒48小时，在室温下。取出磁带并丢弃福尔马林浪费。
      3. 通过首先用乙醇系列脱水，然后逐渐渗透用蜡样品嵌入固定样品放入蜡块。部分中的蜡块用切片机。
5. 在皮肤替代物的表征
   1. 免疫染色
      1. 对于冰冻切片:
         1. 孵育在10％山羊血清（在1×PBS中稀释的）切片在室温下1小时。在1X PBS洗净切片，以去除山羊血清。
         2. 孵育初级抗体部分（1:在10％山羊血清100稀释）在室温下90分钟。洗切片在1×PBS中，三次，每次洗涤5分钟。
         3. 孵育二级抗体部分（1:在10％山羊血清1:400稀释）在室温下30分钟后，在用铝箔覆盖的容器。洗切片在1×PBS中，三次，每次洗涤5分钟。
         4. 山滑，带安装媒体，到一个玻璃罩。盖样品用铝箔并晾干过夜。
         5. 图片使用共聚焦显微镜与40X / 1.30油浸物镜。
      2. 对于福尔马林固定的石蜡切片:
         1. 脱蜡切片（和再水合）以递减的乙醇百分比，以水（二甲苯 - 100％的乙醇- 90％的乙醇 - 80％的乙醇 - 70％的乙醇 - 水）。在解决方案完全淹没样品。每个脱蜡步骤应该是3分钟。
         2. 孵育在1％的过氧化氢的部分30分钟。洗切片在1×PBS中5分钟。
         3. 孵育在120℃下在柠檬酸盐溶液的部分（10毫升柠檬酸盐溶液溶解于90ml水）20分钟。允许滑动冷却过夜，在室温下。洗切片在1×PBS中，三次，每次洗涤5分钟。
         4. 孵育在10％山羊血清（在1×PBS中稀释的）切片在室温下1小时。在1X PBS洗净切片，以去除山羊血清。
         5. 孵育初级抗体部分（1:在10％山羊血清100稀释）在室温下90分钟。洗切片在1×PBS中，三次，每次洗涤10分钟。
         6. 孵育30分钟HRP标记的聚合物（未稀释），在室温下部分。洗切片用1×PBS，三次，每次洗涤10分钟。
         7. 到微量离心管中，结合1毫升DAB底物（3,3'-二氨基联苯胺）与色原的1滴。孵育部分用该溶液，持续15秒 - 5分钟（棕色=阳性信号）。
         8. 停止反应，在流水中洗涤切片。
         9. 对细胞核用苏木，5分钟。漂洗在自来水部分。
         10. 孵育切片在酸醇溶液，1分钟。漂洗在自来水部分。
         11. 孵育节在斯科特的自来水液，2分钟。漂洗在自来水部分。
         12. 可选:孵育切片在曙红1分钟，在流水洗净。
         13. 脱水在乙醇升序百分比二甲苯部分（70％的乙醇 - 80％的乙醇 - 90％的乙醇 - 100％乙醇 - 二甲苯）。确保样品完全浸没每阶段3分钟。
         14. 山幻灯片，使用安装媒体，一个玻璃罩。空气干燥过夜。
         15. 图片使用共聚焦显微镜与40X / 1.30油浸物镜。
   2. 透射电子显微镜（形象化锚纤维）
      1. 固定在2.5％戊二醛的样品72小时。
      2. 洗涤样品在1×PBS中，三次，每次洗涤10分钟。
      3. 切成小块（1 ^立方毫米）。修复交样品在1％的四氧化锇，pH为7.4，在室温下1小时。洗涤样品中的蒸馏水。
         注意:四氧化锇是有毒和无毒和应在通风橱中小心处理。
      4. （ - 50％的乙醇 - 75％的乙醇 - 95％的乙醇 - 100％的乙醇 - 丙酮25％乙醇）对每步20分钟，通过一升乙醇系列脱水样品。
      5. 通过浸泡在100％丙酮样品渗透:ARALDITE树脂（1:1）在室温下30分钟，然后在1:3 1小时，接着1:6过夜。浸泡样品在新鲜ARALDITE树脂在室温下2小时，随后新鲜ARALDITE树脂的1小时，在40℃的第二变化。离开三一新鲜在45℃下1小时raldite树脂变化和离开1小时第四新鲜ARALDITE树脂变更为50℃。
      6. 在60℃孵育样品24小时，以允许聚合。
      7. 用玻璃刀，部分样本以获得半薄切片，厚度为1微米。用亚甲蓝染色部分观察组织学。部分样品，以获得为70nm的超薄切片，并收集各部分在铜网格。
      8. 染色切片用15分钟，随后进行10分钟的3％柠檬酸铅溶液5％乙酸双氧铀溶液。
      9. 获得用透射电子显微镜（100千伏）的图像，在30,000X的放大倍数。

结果

大分子拥挤能够提高ECM的沉积，特别是成纤维细胞沉积的更多的胶原蛋白I，IV和纤连蛋白相比，对照培养物（ 图1，细胞层; 1A，I型胶原; 1B，IV型胶原; 1C，纤连蛋白）。在脱细胞，这是明显的，因为相比于角质形成细胞（ 图1，基质），该成纤维细胞胶原I，IV和纤连蛋白的主要存。

讨论

Enhanced extracellular matrix is obtained upon introduction of macromolecular crowders to cell culture, owing to the excluded volume effect which increases the propeptide cleavage by proteinases. This results in extracellular matrix, in particular collagen, to be processed faster and deposited on the culture surface. While other groups have obtained thick fibroblast cell layers, it involved a culture time of several weeks²⁰. In contrast, MMC described in this Protocol, dramatically shortens the culture time wh...

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Ascorbic acid	Wako	013-12061	Cell culture media additive
Cell culture inserts  (6-well format)	Greiner Bio-One	657610	Organotypic cultures
Citrate solution	Dako	S2369	DakoCytomation Target Retrieval Solution Citrate, pH 6 (x10)
Collagen (rat tail)	Corning	354236	Organotypic cultures
CnT-57	CELLnTEC	CnT-57	Cell culture media
DAB Substrate + chromogen kit	Dako	K3468	Histology
Deep-well plate (6-well format)	Corning	355467	Organotypic cultures
ECL detection reagent	GE Healthcare Life Sciences	RPN2106	Amersham ECL Western Blotting Detection Reagent
Electron microscope (TEM)	JEOL	JEM-1010 (100kV)	Transmission electron microscopy
Fibroblast media (FM)			High Glucose-DMEM + 10% Fetal Bovine Serum + 1% Penicillin Streptomycin
Ficoll PM70	GE Healthcare Life Sciences	17-0310-05	Macromolecular crowder
Ficoll PM400	GE Healthcare Life Sciences	17-0300-05	Macromolecular crowder
Keratinocyte serum-free media (KSFM)	Life Technologies	17005-042	Cell culture media
Lysis buffer	ThermoFisher Scientific	89900	Lysis buffer for protein extraction. A protease inhibitor (Roche, #11836170001) was added to this lysis buffer.
Microscope	Zeiss	LSM510	Red, green and blue channels to visualize AF594, AF488 and DAPI fluorescent immunostainings (40X mag).
Mounting media (Hydromount)	National Diagnostics	HS-106	Fluorescent staining
Mounting media (Cytoseal)	ThermoFisher Scientific	8310-16	Histology (HRP)
OCT compound (Tissue Tek)	Sakura	4583	Embedding for cryotomy
Penicillin-streptomycin antibiotics	Sigma Aldrich	A5955	Cell culture media additive
Primary antibodies
Anti-Collagen I antibody	Abcam	#ab6308
Anti-Collagen Type IV	Novocastra	#NCL-COLL-IV
Anti-collagen VII			LH7.2 (in house)
Anti-Fibronectin antibody	Abcam	#ab2413
Reducing agent	ThermoFisher Scientific	NP0009	Western blot
Sample buffer	ThermoFisher Scientific	NP0008	Western blot
Secondary antibodies (Immunostaining)
4′,6-Diamidino-2-phenylindole dihydrochloride (DAPI)	Sigma Aldrich	#D9542
AlexaFluor 594 goat-anti-rabbit	ThermoFisher Scientific	#A-11037
AlexaFluor 594 goat-anti-mouse	ThermoFisher Scientific	#A-11005
AlexaFluor 488 chicken-anti-rabbit	ThermoFisher Scientific	#A-21441
AlexaFluor 488 goat-anti-mouse	ThermoFisher Scientific	#A-11001
Secondary antibodies (HRP)	Dako	Envision + System - HRP Labelled Polymer Anti-Rabbit and Anti-Mouse	undiluted
Sodium deoxycholate	Prodotti Chimicie Alimentari		Decellularization
Stratification media
Dulbecco's Modified Eagle's Medium			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
Ham’s F12			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
10% fetal bovine serum			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
100 U/ml penicillin and 100 U/ml streptomycin			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
0.4 mg/ml hydrocortisone			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
5 mg/ml insulin			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
1.8·10-4 M adenine			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
5 mg/ml transferrin			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
2·10- 11 M triiodothyronine			Used during the air-liquid interface of organotypic cultures. This media is added to the outside of the cell-culture insert.
Trypsin	Biopolis Shared Facilities	0.125% Trypsin/Versene   pH 7.0 + 0.3	Used to trypsinize cells