在球蛋白细胞炎中进行半细胞外DNA半定量的受监督机器学习

摘要

细胞外DNA（ecDNA）在细胞死亡期间释放是消炎，并会导致炎症。在损伤部位测量ecDNA可以确定靶器官治疗的有效性。该协议描述了使用机器学习工具自动测量肾脏组织中 ecDNA。

摘要

球状细胞死亡是骨髓过氧化物酶抗中性粒细胞质抗体相关血管炎（MPO-AAV）的病理特征。细胞外脱氧核糖核酸（ecDNA）在不同形式的细胞死亡期间释放，包括凋亡、坏死、坏死、中性粒细胞外陷阱（NETs）和肺气肿。测量这种细胞死亡是耗时与几个不同的生物标志物需要识别不同的生化形式的细胞死亡。ecDNA 的测量通常以血清和尿液作为肾损伤的代理进行，而不是发生在发生病理损伤的实际目标器官中。目前调查肾内肾肾脱氧核糖核酸的难点在于缺乏在实验和存档的人类肾脏活检中采用正式固定石蜡嵌组织（FFPE）的方法。该协议概述了在 FFPE 组织（人类和鼠）中染色 ecDNA 所需的步骤，使用公开提供的开源 ImageJ 插件可训练的 Weka 分段，在生成的图像中测量 ecDNA。可训练的Weka分段应用于球蛋白中的ecDNA，程序学习对ecDNA进行分类。此分类器应用于后续获得的肾脏图像，减少了对每个单个图像进行手动注释的需要。可训练韦卡分段的适应性在肾组织中进一步证明，从实验鼠抗MPO球状体炎（GN），以识别NET和ecMPO，抗MPO GN的常见病理贡献者。该方法对肾组织中的ecDNA进行了客观分析，明确证明了可训练的Weka分段程序能够区分正常肾组织和患病肾组织之间的疗效。该协议可以很容易地适应，以识别在其他器官的ecDNA，NET和ecMPO。

引言

骨髓环氧酶抗中性粒细胞质抗体相关血管炎（MPO-AAV）是一种自身免疫性疾病，导致肾功能衰竭的病理球状损伤与相当大的细胞死亡和脱氧核糖核酸（DNA）释放^11，2。2DNA可以作为危险信号激活免疫系统。在正常健康条件下，DNA的核位置可以保护他们免受免疫系统的照射。自我DNA在致病过程或自身免疫过程中在细胞外释放，被免疫系统视为一种有效的亲炎损伤相关分子自蛋白^{（DAMP）3。}额外的细胞DNA（ecDNA）通过几个不同的机制从垂死细胞中释放出来，这些机制受不同的生化途径控制，如凋亡、神经球菌外细胞陷阱形成（NET）、坏死或肺尘埃增多^4,4、5、6、7、8。^5,6,7,8

我们在此描述从死亡细胞释放的ecDNA的方法，从实验抗MPO GN和从MPO-AAV^99，1010患者患者体内固定石蜡嵌入（FFPE）肾脏部分释放。从血清和尿液以及体外测定^11，12,12检测中检测循环双链DNA（dsDNA）和DNA复合物的方法有多种。这些方法虽然准确确定ecDNA的含量，但不能确定在解剖学上释放ecDNA的位置。有一些方法描述了ecDNA的具体测量，如凋亡调谐器和细胞碎片的测量^{13，14。13,}没有任何方法描述测量ecDNA在发生病理损伤的FFPE肾脏中所有形式的细胞死亡。这一点很重要，以确定实验性治疗是否正在清除从实际目标器官的病理损伤部位的ecDNA。

从肾脏样本中采集多个图像可创建大量数据，通常由一个用户进行分析。这耗费人力，耗时，由于用户偏见，其他用户可能会难以重现。可训练Weka分段是ImageJ的开源软件插件，它使用尖端的生物信息工具使用机器学习算法^15、16,16对像素进行分类。此方法是"可训练"的，它根据用户对像素段的分类来学习，并将新学习的分类应用于其他图像。此方法依赖于 ImageJ 程序中的常见分析工具，这些工具用于将段中的每个像素"分类"为属于特定"类"。程序学习"分类器"后，可用于识别同一图像中的其他类似分类段。然后，此模型将保存并应用于同一实验中的其他图像集。

目前确定肾分部原位ecDNA的障碍是内源性自荧光，从正式固定在形式和劳动密集型分析的图像。我们在这里描述如何淬火这种自动荧光，检测ecDNA，并使用监督机器学习进行高通量测量ecDNA。我们之前已经发布了使用 ImageJ 中的宏进行的 NET 和细胞外 MPO （ecMPO） 的测量，现在我们演示了这些方法使用监督机器学习¹的半自动化。我们演示了机器学习工具的适应性，以在同一图像中对 NET 和 ecMPO 的替代污渍进行分类。此处描述的这些染色方法用于检测 ecDNA、NET 和 ecMPO，可转换为其他固体器官和疾病，其中 ecDNA、NETS 和 ecMPO 在使类风湿性关节炎和狼疮^等,疾病长期存在^{中发挥作用。}

研究方案

这种方法能够检测来自所有形式细胞死亡的泛性ecDNA。相同的方法和抗体用于人类肾脏活检组织（从第4步）。所有动物和人类科目都获得莫纳什大学和莫纳什健康大学（维多利亚州克莱顿）的伦理批准。

1. 染色的ecDNA与DAPI和β-Actin

1. 在8-10周大的C57/Bl6小鼠中诱导一个20天的抗骨髓性球菌病（抗MPO-GN）模型，对照^9。
   1. 使用 CO₂腔对小鼠进行人道安乐死。
   2. 用剪刀通过皮肤进行前中切口切除肾脏，然后小心地切下圆锥体，然后重新固定在解剖板上。使用钳子推开前肾筋膜和腹膜，通过切断肾骨盆的输尿管和血管（肾动脉和静脉）来切开肾脏。用钳子取出，用大小为22的手术刀将肾脏切成两半（下垂平面）。
   3. 在室温 （RT） 下，将肾脏固定（4% 缓冲形式）放置 16 小时。在加工前24小时将固定肾脏在30%乙醇中取出并浸泡。
2. 使用标准的 6 小时周期处理肾脏:
   70%乙醇15分钟
   90%乙醇15分钟
   100%乙醇15分钟
   100%乙醇20分钟
   100%乙醇25分钟
   100%乙醇30分钟
   二甲苯 20 分钟
   二甲苯 30 分钟
   二甲苯 40 分钟
   蜡 30 分钟
   蜡 35 分钟
   蜡40分钟
   注:这很重要，因为肾脏不应长时间暴露在蜡中的热量中，因为它会破坏感兴趣的抗原。
3. 在微微镜上切割 3 μm 部分，并安装在商用玻璃显微镜幻灯片上，涂层为正电荷。允许干燥过夜。
4. 将玻璃滑板放入滑架放入 60°C 烤箱中 60 分钟。
   注:步骤 1.3 和 1.4 对于确保节在抗原检索步骤期间不会浮动至关重要。
5. 将滑滑梯浸入两种溶剂（二甲苯或替代物）中，每次更换40分钟，并浸入烟头。
6. 再水合物在100%乙醇、100%乙醇、70%乙醇中滑动，每次5分钟。用自来水洗5分钟。
7. 将热板放入烟头，将抗原检索溶液（10 mM Tris，1 mM EDTA pH 9.0）放入压力锅中。一旦抗原检索溶液开始沸腾，使用一对钳子将幻灯片水平放入锅中并锁定盖子。在高（相当于 15 psi 或 103 kPa）上煮沸 10 分钟。
   注:此步骤至关重要，因为它通过解蔽抗原表位（通过正式固定交叉链接）来检索感兴趣的抗原，从而允许表皮抗体特异性结合，而后续染色则无法没有它。
8. 将压力锅从热中取出，并通过在水槽的盖子顶部运行冷水龙头，立即取下盖子。在抗原检索解决方案中将幻灯片保持平衡 20 分钟。
9. 在轨道摇床上，在0.01 M磷酸盐缓冲盐水（PBS）（pH 7.4）中洗涤滑动5分钟。
10. 使用疏水笔在肾脏组织周围画圆圈，小心不要让任何组织在这个时候干涸。
11. 在5%牛血清白蛋白（BSA）/PBS（pH 7.4，0.01 M）中块组织在10%鸡血清中30分钟，每节60μL。此步骤后不要洗涤，但使用 60 μL 移液器小心地拆下阻塞溶液，不要让部分干燥。
12. 将原抗体鸡尾酒应用于稀释 1/1000 的 β-actin 1% BSA/PBS （pH 7.4， 0.01 M）， 每节 60 μL， 并在 4 °C 的湿度室中孵育过夜。
13. 在轨道摇床上用PBS（pH 7.4，0.01 M）洗涤两次5分钟。
14. 应用继发抗体，鸡抗兔488（1/200），60 μL每节稀释在1%BSA/PBS（pH 7.4，0.01 M）在RT40分钟。
15. 在轨道摇床上用PBS（pH 7.4，0.01 M）将幻灯片洗涤两次5分钟。
16. 将幻灯片浸入 0.3% 苏丹黑中，在 70% 乙醇中浸泡 30 分钟，在 Coplin 罐子中。
    注:此步骤很重要，因为它可以解解由正式固定引起的自荧光。
17. 在自来水中清洗滑轨以去除沉淀物，然后浸入 PBS （pH 7.4， 0.01 M） 中 10 分钟，以防止进一步的苏丹黑沉淀形成。
18. 使用三个 60 μL 的安装解决方案，使用 DAPI 将滑轨安装到共焦玻璃盖玻片上，并通过在盖玻片周围涂抹，用指甲油密封盖玻片。
19. 让幻灯片在 RT 处固化 24 小时（让 DAPI 穿透），然后在 4°C 下存储，防止光线照射。
    注:重要的是保持在黑暗中，以防止荧光探头褪色。
20. 使用附着在显微镜上的共聚焦激光扫描头进行图像幻灯片。使用用于 DAPI 的 405 激光和用于 Beta Actin 的 488 激光器的激发幻灯片。使用线顺序捕获和 4 行平均线捕获单平面 1024 x1024 像素图像，这对于检测 ecDNA 至关重要。使用 40x 1.0 NA 机油目标。
    1. 每个样本至少成像 20 个球状物。将图像保存为 ND2 文件。

2. DAPI 和 β-Actin 分析

1. 安装映像J:https://imagej.net/Fiji/Downloads。
2. 检查可训练 Weka 分段是否在插件下可用|细分 |可训练的韦卡分段。
3. 将图像拖放到 ImageJ 工具栏上。单击图片 |颜色 |拆分通道。会出现一张DAPI为蓝色染色所有核的图像，并出现1张绿色为β-actin的图像，描绘球状物。
   1. 通过单击"颜色" 创建单个图像的合并文件，为 glomerulus 绘制感兴趣的区域 （ROI）合并通道。弹出框将要求为每个通道分配颜色。为每个通道指定颜色后，勾选"创建复合"框和"保持源图像"框，然后单击"确定"。将显示合并的合成图像。
   2. 使用 β-actin 染色作为指南，在球状塔夫周围绘制 ROI。保留此映像，以使用此协议末尾的 ROI。
4. 在单个蓝色 DAPI 图像上执行高斯模糊。单击"流程" |过滤器 |高斯模糊，放入1-2.00。图像现在看起来有点模糊，但核现在光滑，背景软化。
   注: 此步骤是预制的，用于消除噪声，以清除可能阻止分析图像属性的相关检测的伪影中的图像。
5. 点击插件 |细分 |可训练的韦卡分段。
6. 使用 ImageJ 工具栏上的线工具，首先使用自由手工具（有可选择的线、圆形和方形工具选项）跟踪完整的核，然后添加到"添加 1 类"框。
7. 使用 ImageJ 中的工具栏上的线工具将背景区域描绘为2 类框。
8. 单击 Weka 分段窗口中的"创建新类"按钮标签，并标注"ecDNA"。使用线工具（从 ImageJ 工具栏）来描绘 DAPI 染色的外核 DNA。
9. 单击可训练 Weka 分段窗口中训练菜单中的"训练分类器"按钮。
   注:停止按钮将代替列车分类器按钮，并保留直到培训完成。请勿在训练期间单击此按钮，因为该过程将中断。
10. 单击"创建结果"按钮以创建包含所有分类组件的图像，该组件由完整的核、背景和已识别的 ecDNA 组成。
11. 单击"获取概率"按钮。切换鼠标以提供所有类的黑白图像，选择对象以白色突出显示。
12. 通过单击图像复制此图像 |重复。
13. 使用包含 ecDNA 的鼠标按钮切换到屏幕。应用阈值，仅获取已标识为 ecDNA的内容。当阈值足够时，单击"应用"。
14. 如果在阈值后，有更多的DNA区域不是ecDNA，返回到原始训练的图像，添加更多分类器，并重复步骤2.1-2.13。
15. 单击图片 |图像调整 |使二进制。复制步骤 2.3 中做出的球形 ROI，然后单击Ctrl_Shift_E。按编辑激活 Weka 窗口|选择 |还原，恢复所选内容。单击"分析粒子"，该粒子将仅测量球状体内的 ecDNA 粒子。
    注: 结果表的计算与粒子计数、面积、平均像素和包含 ecDNA 的球状物的百分比一起计算。这些结果可以导出到电子表格中并保存，以便以后进行统计分析。
16. 通过单击选项菜单中的"保存分类器"到桌面上的 ImageJ 应用，将分类器保存为 ecDNA.分类器。然后单击"从选项菜单中保存数据"，然后以 ecDNA.arff 身份保存到 ImageJ 文件夹中。ROI 每次都必须手动添加，因为球状物的大小和形状将发生变化，但程序已经了解了 ecDNA 是什么。
17. 要将模型重新应用于后续图像，请使用新图像重复步骤 2.1-2.5。单击选项菜单中的"负载分类器"，然后从步骤 2.16 中的 ImageJ 文件夹中单击 ecDNAmodel.分类器。日志菜单将弹出并运行模型。
18. 模型运行后，单击选项菜单中的"加载数据"，然后从步骤 2.16 中选择保存在 ImageJ 文件夹中的 ecDNA.arff 文件。单击"创建结果"。如果生成的图像未能选取所有核、背景或 ecDNA，请单击重新训练分类器并添加更多分类器并保存新模型。通过重复步骤 2.9-2.16 完成分析过程。
    注:可以使用多个图像生成用于检测 ecDNA 的最终模型。这是通过将模型应用于后续图像、添加更多分类器并将新模型和数据保存到 ImageJ 文件夹中来实现的。当不同的样本具有较高的背景时，这一点尤其重要。Weka 分段程序还与 ImageJ 宏语言兼容，它使许多命令能够宏录制，从而自动执行某些步骤。

3. 中性粒细胞外陷阱和ecMPO的测量

注:此方法通过细胞外DNA、西特鲁林特组蛋白酶蛋白酶4（PAD4）和MPO的共定位来识别NET。

1. 在8-10周大的C57/Bl6小鼠中诱导一个20天的抗骨髓性球菌病（抗MPO-GN）模型，对照^9。
   1. 使用 CO₂腔对小鼠进行人道安乐死。
   2. 用剪刀通过皮肤进行前中切口切除肾脏，然后小心地切下圆锥体，然后重新固定在解剖板上。使用钳子推开前肾筋膜和腹膜，通过切断肾骨盆的输尿管和血管（肾动脉和静脉）来切开肾脏。用钳子取出，用大小为22的手术刀将肾脏切成两半（下垂平面）。
   3. 在室温 （RT） 下，将肾脏固定（4% 缓冲形式）放置 16 小时。在加工前24小时将固定肾脏在30%乙醇中取出并浸泡。
2. 使用标准的 6 小时周期处理肾脏:
   70%乙醇15分钟
   90%乙醇15分钟
   100%乙醇15分钟
   100%乙醇20分钟
   100%乙醇25分钟
   100%乙醇30分钟
   二甲苯 20 分钟
   二甲苯 30 分钟
   二甲苯 40 分钟
   蜡 30 分钟
   蜡 35 分钟
   蜡40分钟
   注:肾脏不应长时间暴露在蜡中的热量中，因为它会破坏感兴趣的抗原。
3. 在微微镜上切割 3 μm 部分，并安装在商用玻璃显微镜幻灯片上，涂层为正电荷。允许隔夜干燥
4. 将玻璃滑板放入滑架放入 60°C 烤箱中 60 分钟。
   注:步骤 3.3-3.4 对于确保在抗原检索步骤期间不会浮动部分至关重要。
5. 将滑滑梯浸入两种溶剂（二甲苯或替代物）中，每次更换40分钟，并浸入烟头。
6. 再水合物在100%乙醇、100%乙醇、70%乙醇中滑动，每次5分钟。
7. 用自来水洗5分钟。
8. 将热板放入烟头，将抗原回收溶液（10 mM Tris-1 mM EDTA pH 9.0）放入压力锅中。一旦抗原检索溶液开始沸腾，使用一对钳子将幻灯片水平放在锅中并锁定盖子。在高（相当于 15 psi 或 103 kPa）上煮沸 10 分钟。
   注:此步骤通过解蔽抗原表位（通过正式固定交叉链接）来检索感兴趣的抗原，以允许表皮抗体特异性结合，没有此步骤，后续染色将不起作用。
9. 从热中取出压力锅，通过运行水槽盖顶部的冷水龙头，立即取下盖子。在抗原检索解决方案中将幻灯片保持平衡 20 分钟。
10. 在轨道摇床上用磷酸盐缓冲盐水 （PBS） （PBS） （pH 7.4， 0.01 M） 冲洗两次 5 分钟。
11. 使用疏水笔在肾脏组织周围画圆圈，小心不要让任何组织在这个时候干涸。
12. 在5%牛血清白蛋白（BSA）/PBS（pH 7.4，0.01 M）中块组织在10%鸡血清中30分钟，每节60μL。此步骤后请勿清洗，但使用 60 μL 移液器小心地拆下阻塞溶液。不要让部分干涸。
13. 在 1 管中稀释 1%BSA/PBS（pH 7.4，0.01 M）的主抗体的鸡尾酒。每个肾脏部分应用 60 μL。主要抗体的浓度如下:
    兔子抗人/鼠 H3Cit 1/100
    鼠标防人/鼠标 PAD4 1/50
    山羊抗人/鼠 MPO 1/200
14. 在湿度室中孵育在4°C下过夜。
15. 在轨道摇床上用PBS（pH 7.4，0.01 M）洗涤两次5分钟。
16. 在1管中制作二次抗体的鸡尾酒。二次抗体在1%BSA/PBS中应用，每节60μL，如下所示:
    鸡防兔 488 1/200.
    鸡防鼠647 1/200。
    鸡防山羊 594 1/200.
17. 在RT孵育40分钟。
18. 在轨道摇床上用PBS（pH 7.4，0.01 M）洗涤两次5分钟。
19. 在 RT 60 μL 每节 RT 60 μL 下，在 1%BSA/PBS（pH 7.4，0.01 M） 中应用二次抗体 1:200，40 分钟。
20. 在轨道摇床上用PBS（pH 7.4，0.01 M）洗涤两次5分钟。
21. 浸入 0.3% 苏丹黑色在 70% 乙醇 30 分钟。
22. 在自来水中清洗滑轨以去除沉淀物，然后浸入 PBS （pH 7.4， 0.01 M） 中 10 分钟，以防止进一步的苏丹黑沉淀形成。
23. 使用三个 60 μL 的安装解决方案，使用 DAPI 将滑轨安装到共焦玻璃盖玻片上。通过在盖玻片的周围涂抹，用指甲油密封盖玻片。
24. 让幻灯片在 RT 处固化 24 小时（让 DAPI 穿透），然后在 4°C 下存储，防止光线照射。保持在黑暗中，以防止荧光探头褪色。
25. 使用附着在显微镜上的共聚焦激光扫描头进行图像幻灯片。使用 405 激光用于 DAPI 和 488 激光的 H3Cit、561 MPO 和 647 用于 PAD4 的激发幻灯片。使用线顺序捕获和 4 线平均，捕获单平面 1024x1024 像素图像，这对于检测 ecDNA 至关重要。使用 40x 1.0 NA 机油目标。每个样本至少成像 20 个球状物。将图像保存为 ND2 文件。

4. 嗜中性细胞外陷阱和ecMPO分析

1. 安装映像J:https://imagej.net/Fiji/Downloads。
2. 检查可训练 Weka 分段是否在插件下可用|细分 |可训练的韦卡分段。
3. 将图像放入 ImageJ 中。单击图片 |颜色 |拆分通道。将显示一张 DAPI 为蓝色染色所有核的图像，一张以绿色显示 H3Cit 的图像，一张红色 MPO 图像，以及一张以白色显示 PAD4 的图像。
   1. 通过单击"颜色" 创建单个图像的合并文件，为 glomerulus 绘制 ROI合并通道。弹出框将要求为每个通道分配颜色。为每个通道指定颜色后，勾选"创建复合"框和"保持源图像"框，然后单击"确定"。将显示合并的图像。与之前的 ecDNA 协议不同，我们将使用复合图像执行其余步骤。
4. 对合成图像执行高斯模糊。这允许平滑核。单击"流程" |过滤器 |高斯模糊，放入1.00-2.00。图像现在看起来有点模糊，但核现在光滑，背景软化。
   注: 此步骤是预制的，用于消除噪声，以清除可能阻止分析图像属性的相关检测的伪影中的图像。
5. 点击插件 |细分 |可训练的韦卡分段。将显示一个全新的窗口，其中将分析图像，Weka 将特定菜单工具进行细分。
6. 使用工具栏上的线工具（在 ImageJ 中），首先使用自由手工具跟踪所有 4 个 NET 组件（MPO、PAD4、DAPI 和 H3Cit）未为正的完整核，然后添加到添加 1 类框。
7. 使用 ImageJ 工具栏上的线工具将背景区域描绘为2 类框。
8. 单击标签菜单中的"创建新类"按钮标签，并标注"NET"。使用线工具将标识为共同本地化 DAPI（蓝色）、MPO（红色）、PAD4（白色）和分叉组（绿色）的 NETS 进行划定。
9. 单击标签菜单中的"创建新类"按钮标签，并标注"ecMPO"。使用线工具划定无细胞的 MPO（红色）。
10. 单击"可训练 Weka 细分"窗口中训练菜单中的"训练分类器"按钮。
    注:停止按钮将代替列车分类器按钮，并保留直到培训完成。在训练期间不要单击此按钮，该过程将中断。
11. 单击"在训练菜单中创建结果"按钮，创建包含所有分类组件的图像，该组件由完整的核、背景和标识为 ecMPO 的内容组成。
12. 单击"获取训练菜单中的概率"按钮。切换鼠标以提供所有类的黑白图像，选择对象以白色突出显示。
13. 通过单击图像来复制 NET 概率和 ecMPO 概率图像 |重复。
14. 使用包含 NET 的鼠标按钮切换到屏幕。应用阈值以确保仅突出显示已识别的 NET。在 ImageJ 菜单工具栏上，单击"图像 " |调整 |阈值。移动滑动切换条，直到 NET 组件上高亮显示。对阈值满意时单击"应用"。对 ecMPO 重复相同的步骤。
15. 如果在阈值后仍有检测 ecMPO 或 NET 的区域，请返回原始训练的图像并添加更多分类器并重新应用步骤 4.1-4.14。
16. 单击图片 |图像调整 |使二进制。复制步骤 4.3 中做出的球形 ROI，单击Ctrl_Shift_E。按编辑激活 Weka 窗口|选择 |还原，恢复所选内容。单击"分析粒子"仅测量球形中的 NET 粒子。
17. 使用包含 ecMPO 的鼠标按钮切换到屏幕。应用阈值以确保仅获得标识的 ecMPO。对阈值满意时单击"应用"。重复上面的步骤 4.16。
    注: 结果表的计算与粒子计数、面积、平均像素和包含 NET 和 ecMPO 的球状体的百分比一起计算。这些结果然后可以放入电子表格并保存，以便以后进行统计分析。
18. 通过单击选项菜单中的"保存分类器"并将文件保存到桌面上的 ImageJ 应用（ImageJ 文件夹），将分类器保存为 NET.分类器。然后单击"从选项菜单中保存数据"，然后另存为 NET.arff 文件。glomerular ROI 每次都必须手动添加，因为球状物的大小和形状将发生变化，但程序已经了解了 NET 和 ecMPO 是什么。
19. 要将模型重新应用于后续图像，请使用新图像重复步骤 4.1-4.5。单击选项菜单中的"负载分类器"。单击 ImageJ 文件夹中的Nets.分类器。日志菜单将弹出并运行模型，一旦模型运行，单击选项菜单中的"加载数据"并选择 NETs.arff 文件。
    1. 单击"创建结果"。如果生成的图像未能选取所有核、背景或 ecDNA，请单击重新训练分类器并添加更多分类器并保存新模型。通过重复步骤 4.11-4.19 完成分析过程。
       注:可以使用多个图像生成用于检测 ecDNA、ecMPO 和 NET 的最终模型。这是通过将模型应用于后续图像、添加更多分类器并将新模型和数据保存到 ImageJ 文件夹中来实现的。当不同的样本具有较高的背景时，这一点尤其重要。Weka 分段程序与 ImageJ 宏语言兼容，它使许多命令能够宏录制，从而自动执行某些步骤。

结果

这些图像表示成功使用可训练 Weka 分段所需的多个步骤，以尽量减少从具有诱导抗 MPO GN 的小鼠荧光染色的 FFPE 肾脏组织中对 ecDNA 的劳动密集型人工测量。这些步骤在图 1和图2中总结，其中图像直接取自 Weka 分段程序，概述了分析过程中的每一个步骤。然后，图 3显示了该分析的测量结果，演示了程序在?...

讨论

存在多种方案，用于测量肾上腺炎患者和小鼠模型血清和尿液中的消炎标记物。这种所述协议允许直接分析球状体内的细胞死亡产物（ecDNA、NET和ecMPO）。该协议中最重要的步骤是组织准备和成像。使用荧光染色方法进行分析的主要限制因素是组织自荧光。形式内固定石蜡组织受到自荧光，可以掩盖特定的荧光染色。染色方法的最后一步，其中幻灯片浸入苏丹黑色，衰减组织的自荧光，并允许通过...

材料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Bovine Serum Albumin	SIGMA	A2153	5% and 1% solutions are made up in PBS, can be made in bulk and frozen- discard once thawed.
Chicken anti Goat IgG (H+L) cross absorbed antibody Alexa Fluor 594	ThermoFisher Scientific	A-21468	Spin in mini centrifuge for 1 minute prior to use to avoid any free conjugate in your antibody cocktail
Chicken anti mouse IgG (H+L) cross absorbed antibody, Alex Fluor 647	ThermoFisher Scientific	A-121468	Spin in mini centrifuge for 1 minute prior to use to avoid any free conjugate in your antibody cocktail
Chicken anti rabbit IgG (H+L) Cross absorbed antibody Alexa Fluor 488	ThermoFisher Scientific	A-21441	Spin in mini centrifuge for 1 minute prior to use to avoid any free conjugate in your antibody cocktail
Chicken sera	SIGMA	C5405	Made up in 1%BSA/PBS
Coverslips 24 x60 mm	Azerscientific	ES0107222	#1.5 This is not standard thickness- designed for use in confocal microscopy
EDTA 10mM	SIGMA	E6758	Add TRIS and EDTA together in distilled water and pH to 9, for antigen retrieval, can be made up in a 10x Solution
Ethanol 30%, 70% and 100%	Chem Supply	UN1170	Supplied as 100% undenatured ethanol- dilute to 30% and 70% using distilled water
Formaldehyde, 4% (10% Neutral buffered Formalin)	TRAJAN	NBF-500	Kidney is put into a 5ml tube containing 3ml of formalin for 16 hours at RT, formalin should be used in a fume hood
Glass histology slides- Ultra Super Frost, Menzel Glaze, 25x75 x1.0mm	TRAJAN	J3800AM4	Using positive charged coated slides is essential. We do not recommend using poly-L-lysine for coating slides as tissue dislodges from slides during the antigen retrieval step
Goat anti human/mouse MPO antibody	R&D	AF3667	Aliquot and freeze at minus 80 degrees upon arrival
Histosol	Clini Pure	CPL HISTOSOL 08	Used neat, in 200ml staining rack containers, use in a fume hood
Hydrophobic pen	VECTOR Labs	H-400	Use to draw circle around kidney tissue
Mouse anti human/mouse Peptidyl arginase 4 (PAD4)	ABCAM	ab128086	Aliquot and freeze at minus 80 degrees upon arrival
Nikon C1 confocal scanning laser head attached to Nikon Ti-E inverted Microscope	Coherent Scientific		Aliquot and freeze at minus 80 degrees upon arrival
Phosphate Buffered Saline	SIGMA	P38135	0.01M PB/0.09% NaCl Make up 5L at a time
Pressure Cooker 6L Tefal secure 5 Neo stainless	Tefal	GSA-P2530738	Purchased at local homeware store
Prolong Gold DAPI	Life Technologies	P36962	Apply drops directly to coverslip
Rabbit anti human/mouse Beta Actin antibody	ABCAM	ab8227	Aliquot and freeze at minus 80 degrees upon arrival
Rabbit anti human/mouse H3Cit antibody	ABCAM	ab5103	Aliquot and freeze at minus 80 degrees upon arrival
Staining rack 24 slides	ProScitech	H4465	Staining rack chosen has to be able to withstand boiling under pressure and incubation in 60 degree oven
Sudan Black B	SIGMA	199664	0.3% Add 3g to a 1L bottle in 70% Ethanol, filter and protect from the light- stable for 6 months at room temperature
Tris 10mM	SIGMA	T4661	Add TRIS and EDTA together in distilled water and pH to 9, for antigen retrieval, can be made up in a 10x solution
Xylene	Trajan	XL005/20	Must be use used in a fume hood