首先，在鞘液罐中的六升去离子水中加入 30 克氯化钠，然后摇晃罐以溶解盐。然后将储罐连接到细胞分选仪。打开细胞分选仪，启动流体系统，等待流体平衡。
设置丢弃延迟。要制备酵母提取物储备溶液，将一等分的碳 13 酵母提取物重悬于 7.5 毫升超纯水和 2.5 毫升甲醇中。然后，为了制备提取缓冲液，将 10 微升碳 13 酵母提取物储备液加入 10 毫升乙腈中并充分混合。
向96孔PCR板的每个孔中加入25微升提取缓冲液，并用盖子盖住孔。将板放在细胞分选仪上以收集分选的细胞。将 Alexa Fluor 647 阳性和 PE 阴性群体的 5000 个事件分别分类到前四个孔中。
然后，将 PE 阳性和 Alexa Fluor 647 阴性群体中各 5000 个事件分类到接下来的四个孔中。接下来，对于造血干细胞，将 PE-Cy7 低、PE 阳性、APC-Cy7 阳性、Brilliant Violet 605 阳性和 Brilliant Violet 421 阴性群体的 5000 个事件分选到第一个孔中，然后将 PE-Cy7 低、PE 阳性、APC-Cy7 阳性、Brilliant Violet 421 阳性和 Brilliant Violet 605 阴性群体的 5000 个事件分选到下一个孔中。对于碎片样本，根据向前和向向散射信号选择太小而无法表示完整细胞的事件。
接下来，打开LC-MS仪器。将样品板放入仪器的自动进样器中。打开LC-MS兼容软件并准备仪器进行分析。
运行至少四个工艺空白或混合样品以平衡色谱柱和LC测试混合物以检查色谱性能。确认初始和最大背压分别小于 150 和 400 bar。然后，确保保留时间在一分钟的窗口内。
接下来，验证正 132 到 86 转变中亮氨酸和异亮氨酸之间的谷值是否小于峰高的 20%。最后，确保 AMP 到 ADP 的保留时间差为 1.5 到 1.9 分钟，ADP 到 ATP 的时差为 1.1 到 1.5 分钟。确认实验参数后，使用工艺空白或池样品进行运行，以最大程度地减少LC测试混合物的残留，然后以随机顺序进行测试样品。
FACS分选能够从同一细胞悬液中分离出不同细胞类型的纯细胞群。使用用于造血干细胞和多能祖细胞的 FACS 细胞 CMS 方案保留来自同一组织的细胞类型之间的代谢差异。来自六只小鼠的细胞需要产生六个样本，与从同一小鼠脾脏中分选的 B 细胞和 T 细胞相比，每组内的变异性更大。
代表工艺空白对照样品的碎片样品与含有细胞提取物的样品明确分离。此处显示了不同细胞类型中代谢物相对水平信息的热图。
