首先,使用光片显微镜获取早期斑马鱼胚胎的多视图图像。检测到兴趣点后,选择所有视图,右键单击并选择 Register using Interest Points。要检查注册的精确工作情况,请选择两个连续的视图。
转到重叠区域并在两个视图之间切换,以观察从不同角度成像的拉延筋是否叠加。成功注册后,单击多视图资源管理器窗口中的 Save 以保存更新的 XML 文件。现在打开珠子。
XML 文件,并在 view registrations 下复制整个块。打开胚胎。XML 文件,并将 view registrations 块替换为从 beads 文件复制的块。
然后打开胚胎。XML 文件,并仔细检查胚胎的注册是否成功。通过检查每两个连续视图中感兴趣结构的重叠,对珠子重复相同的操作。
要执行多视图反卷积,请选择 Bead 文件中的所有视图,右键单击,然后选择点扩散函数和提取选项。继续使用默认的点扩散函数大小,然后单击 OK。然后重新保存 XML 文件。接下来,打开胚胎。
XML 文件,并为每个视图分别分配点展开函数。右键单击视图,单击点扩展函数,选择分配,然后选择高级,然后选择将新 PSF 分配给所有选定的视图。单击 浏览,转到 XML 文件路径并打开 PSF 文件夹。
在所选视图中,选择具有相应 ID 的匹配点分布函数,然后单击 OK。为所有视图分配点展开函数后,右键单击并选择 multi-view deconvolution。选择边界框作为当前选定的视图。在 70% epiboly 时,胚胎在聚合物管内呈现水平、垂直或倾斜方向,水平方向的代表性最少,而垂直和倾斜位置则同样观察到。
当在原肠胚形成前制备样品时,大约 25% 的胚胎表现出水平方向。其余胚胎在芽期表现出各种其他方向。然而,它们中的许多在早期体节形成期间重新定向到水平位置。
细胞规模信息注入图像的比较显示细胞核信息没有显着差异,但在 30 度设置中细胞边界的分辨率更高。与原始输入图像相比,分割图像包含错误。该软件要么无法检测到单元边界,要么绘制了不存在的单元边界。
与 30 度相比,以 45 度和 60 度角度间隔成像获得的注入图像的误差数量急剧增加。