该协议描述了生成和优化高效 sgRNA 载体的关键步骤。我们对候选 sgRNA 的预加速针对相对时间和推论。该协议的主要优点是,它使得分析每个sgRNA的DNA编码印象,而无需编辑内源基因。
这种预选择方法也可以通过双链断裂应用于其他基因编辑措施。首先将冻干寡核苷酸稀释到双蒸馏水中的最终浓度为10微摩尔。在薄壁PCR管中以一比一的比例混合前进和反向寡核苷酸,无需添加任何额外的缓冲液。
在95摄氏度下孵育混合物5分钟,然后将温度降到72摄氏度10分钟。从 PCR 机器上去除寡核苷酸混合物,并允许它在室温下冷却。要消化pX330-xCas9载体,与Bbs1一起,将载体、酶和消化缓冲液在50微升体积中结合,并在37摄氏度下孵育反应两小时。
进行细胞转化后,从 LB 板中选择 5 到 10 个细菌菌落,并在 1.5 毫升管中使用 1 毫升 LB 培养基接种 1 毫升 LB 介质。然后在旋转摇床上孵育管子两到三个小时。执行 PCR 以筛选文本手稿中描述的重组质粒,然后在每厘米 10 伏以下的 2% Agarose 凝胶上运行产品。
识别阳性质粒后,使用它们以及记者向量共同感染适当的细胞系。要对细胞进行精使,请从培养的细胞中去除生长介质。用 PBS 轻轻清洗培养容器的表面,将 100 微升 PLB 放入每个培养井中,以完全覆盖细胞单层。
让板在室温下孵育20分钟,然后将落酸转移到管或小瓶中,以进行进一步处理或储存。要执行双荧光素酶测定,对亮度计进行编程,以提供两秒的预读延迟,然后进行 10 秒的测量周期。然后,将100微升荧光素测定试剂分配到适当数量的发光计管中。
小心地将20微升的细胞利沙酸盐加入发光计管中,通过移液混合两到三次。将管子放在发光计中并启动读数。从发光仪上拆下样品管。
加入100微升停止试剂和涡流短暂混合。将样品返回亮度计并开始读数。记录蕾妮拉路西法酶活动,与萤火虫路西法酶活动正常化,特别是屏幕上显示的比例的倒数。
完成后丢弃反应管。该方法用于为绵羊DKK2 Exon 1生成三个sgRNA载体。sgRNA 和 xCas9 表达载体是通过预先消化向量骨干,然后通过退火寡对将载体骨干连接成一系列短的双链 DNA 片段而构建的。
用特定的底基因对引导PCR对筛选了7个细菌菌落,并检测出阳性菌落。通过双荧光素酶测定同时检测出pX330-xCas9 T1、T2和T3的基因靶向能力。最后一个sgRNA载体显示最高的检测信号,随后用于绵羊基因编辑研究。
按照此协议,可以进行 T7EI 测定或核糖核酸酶测定。这些额外的措施给内源基因编辑更准确的印象。