系统评分分析是一种评估粘膜损伤的技术，有助于组织学解释，由训练有素的研究人员进行。这种方法的主要优点是它是免费的，易于使用。它允许对从结肠炎小鼠肠道获得的病理学数据进行定量分析。
该协议提供了一个快速和可重复的方式来解释整个结肠的疾病严重程度，这是比较来自不同遗传背景的动物疾病所必需的。对于组织准备，组织所有试剂和材料非常重要。首先将安乐死的鼠标放在一个超平位置的解剖垫上，然后用 20 个 1.5 英寸的针头固定小鼠的四肢。
使用钳子和剪刀，在腹部皮肤上做一个小切口，并拉到一边，以暴露腹腔，然后打开腹腔与腹膜的中线切口从阴骨到腹部的两侧。小心地去除组织和器官，直到大肠被可视化。切开结肠两侧的骨盆骨，使器官完全可视化，从肛门延伸到粪坑。
轻轻去除附着在结肠上的脂肪、小静脉和动脉，同时仔细解剖器官，切开靠近肛门和切除的粪坑。使用插入肛门的柔性塑料加瓦奇针小心地用 PBS 冲洗结肠，以去除粪便内含物。将结肠放在一条直线上，沿着中性动脉纵向打开。
从解剖纵向到近端纵向分割结肠。将一半的组织用于组织学分析，另一半用于西式污点、PCR 或卷入第二个瑞士卷，用于新鲜冷冻免疫荧光显微镜。用剃须刀刀片从近结肠修剪额外的组织，直到沿整个结肠长度获得大致相同的宽度。
对齐结肠，用柔性气孔针暴露流明并完全压平组织。如果需要，添加更多 PBS 以在整个过程中保持组织湿润。使用纸巾去除多余的 PBS。
用注射器和气孔针，加入10%中性缓冲形式素溶液两到三分钟，以修复和扁平组织，然后使用直钳抓住末端的结肠，将结肠从离结肠到近端扭成同心圆。插入一个27号针针，将结肠固定在中间，并保持其瑞士卷形，然后将瑞士卷放入组织标本容器内嵌入的盒式磁带中，将组织与盒式磁带平行定位。在4摄氏度的夜间将组织固定在10%中性缓冲形式素溶液中。
隔夜固定后，用 PBS 清洗组织三次。在石蜡嵌入过程之前加入 70% 乙醇，并在继续之前从瑞士卷中取出针头。组织可以在室温下储存在乙醇中，直到石蜡嵌入。
打开图像处理软件中的扫描图像后，验证整个冒号是否可见，并且样品中没有缺失区域。通过单击标签成像器激活标签成像器和比例尺工具，以正确识别扫描的幻灯片。通过单击注释打开注释工具，通过单击新层创建三个不同的层，以量化瑞士卷的总长度、炎症或损伤以及侵蚀或溃疡。
单击图层颜色，为每一层选择不同的颜色。通过单击笔工具在肌肉粘膜之后绘制一条线来测量每个图层或类别的长度，根据需要移动指点以可视化相邻区域进行分析。以 400 微米变焦查看图像，以便于对肌肉粘膜进行充分可视化。
每次停止笔时，都会生成一个小的新层区域。它可以与层区域选项卡一起可视化和编辑。回顾总长度，炎症或伤害，侵蚀或溃疡测量使用肌肉粘膜作为参考。
定义所有图层后，使用导出网格导出数据，以在图层区域选项中文本文件按钮。打开文本文件并将数据复制到电子表格软件。将每个区域的所有段总计，并计算总长度的损伤和溃疡百分比。
考虑三个主要特征来计算结肠炎的评分，并评估疾病的严重程度。检查健康的肠道粘膜，其特点是有组织的上皮细胞在隐秘的发光轴，拉米纳丙原与免疫细胞很少和亚贾森肌肉粘膜。接下来，检查炎症或损伤，其特征是上皮隐士衰减或部分缺失上皮细胞和粘膜炎症与中性粒细胞渗透到墓穴。
最后，检查是否有侵蚀或溃疡，其特征是没有表面上皮的区域或完全缺乏有或没有相关白细胞的上皮隐秘的区域。为了说明这种组织的结肠炎评分分析在粘膜损伤背景下的可靠性，在8只C57BL6野生型小鼠的饮用水中施用了2.5%DSS，为期5天，随后是5天的正常水的恢复期。在DSS的急性管理期间，体重保持不变，但当小鼠开始饮用常规自来水时，体重急剧下降。
血液和软凳子出现在DSS管理三天后，一直持续到实验的第八天。这些观察表明，在第五天至第八天的恢复期内，观察到了接触DSS的最有害影响。第10天结肠长度的测量证实实验结束时结肠长度显著缩短。
结肠在零、二、五、七、八和十日收获，使石蜡瑞士卷。组织沾染了H&E，并分析了高清扫描，以计算组织结肠炎的分数和受伤和溃疡的百分比。在未经处理的小鼠中观察到正常的墓穴结构。
经过两天的DSS管理，免疫细胞招募被观察到。第五天，上皮细胞出现损伤，中性粒细胞渗透到上皮损伤相关的上皮。从第五天到第八天，观察到炎症和溃疡的上皮损失区域。
第10天，上皮细胞开始再生和重新填充溃疡区，慢慢恢复结肠粘膜。在尝试此协议时，重要的是创建一个正确定位和保存完好的瑞士卷，以及正确识别粘膜炎症或损伤、溃疡或侵蚀。这种方法可用于定量评估其他结肠炎模型（如 TMS 或 T 细胞转移模型）中结肠粘膜整个长度的损伤。
