该协议是一种非常简单有效的方法来检测由CRISPR / Cas9技术从众多个体中产生的突变体。这种技术的两个主要优点是它可以在几个小时内完成,并且适用于多种生物体。引物设计对某些基因来说可能具有挑战性,并且可能需要多轮引物设计和验证才能使HRMA高效。
要进行梯度PCR,请先制备预混液。然后在96孔板中除去19微升用于非模板对照或NTC的预混液。然后,将模板添加到剩余的预混音中。
将20微升样品等分到96孔板中。根据循环参数执行PCR,然后使用手稿中提到的参数生成热熔体曲线。收集所有必需的材料后,准备预混液,每人用0.5微升DNA释放试剂和20微升稀释缓冲液进行基因分型。
使用多通道移液器,将20微升的混合物等分到PCR板中,并将PCR板留在冰上。接下来,将麻醉的G1蚊子放在玻璃培养皿中以保持镇静,并将八只野生型蚊子放入第二个培养皿中。用70%乙醇擦拭一对镊子,然后用消毒的镊子去除其中一只蚊子的后腿。
然后,将腿浸没在DNA释放试剂溶液中。将蚊子放入相应的小瓶中,并用海绵关闭小瓶。完成后,用70%乙醇擦拭镊子,然后继续从下一个蚊子身上取下腿,直到96孔板完成。
之后,用光学PCR板密封板密封板,并在室温下孵育含有腿的PCR板两到五分钟,然后在98摄氏度下孵育两分钟。让板冷却至室温。对于PCR,制备含有优选组分的预混液,然后使用多通道移液管将19微升的预混液转移到96孔板的每个孔中。
在将含有先前制备的蚊子DNA的DNA释放溶液的一微升转移到板中后,用光学PCR板密封板密封板。使用适当的循环参数执行PCR,以按照手稿中描述的参数生成热熔体曲线,然后通过为参考簇分配野生型控制来检查熔体曲线。在 96 孔模板上用相应的颜色标记不同的聚类。
接下来,选择具有感兴趣曲线的个体,并从管中取出所选个体以向后交叉。血液喂养使它成为雌性,然后收集G2As。在代表性分析中,显示了埃及伊蚊ZIP11突变体的序列分析。
埃及伊蚊ZIP11杂合突变体的电泳图显示了发生凹陷的核苷酸位置。indel由从单峰到双峰的转变表示,因为多态位置同时显示两个核苷酸。在运行结束时,通过计算单个峰值来计算已删除或插入的基础对的数量。
对含有埃及伊蚊ZIP11和肌女性基因突变的蚊子进行基因分型和测序验证,利用HRMA的高分辨率熔融分析进行测序验证。样品的荧光信号被归一化为1到0的相对值。此外,从 wild 型参考中减去每条曲线,并表示相应的放大倍率。
失败的自动聚类分配显示在代表性结果中,其中未对组进行适当的区分。此外,单独分析每个样品,并根据与杂合子,纯合子和转杂合子的参考样品的相似性分配给正确的组。在执行HRMA之后,有必要对突变个体的DNA进行测序,以分析内嵌并鉴定靶序列中的其他突变。