我的研究通过生物信息学见解和实验验证，探讨了将原发性干燥综合征与腺癌联系起来的潜在常见致病机制。我的目标是了解这些条件如何插入以及促成这种关系的潜在因素。我的研究解决了理解原发性干燥综合征和腺癌之间联系的差距，强调了它们共同的致病机制。
这一见解来自对受影响患者的未来诊断和治疗策略。在未来的研究中，我们希望与胸外科合作，从 pSS 患者那里获得肺部手术样本，以说明从淋巴细胞浸润到肿瘤近端部位的进展首先，打开基因表达综合或 GEO 数据库，并使用原发性干燥综合征和肺腺癌作为关键字来搜索基因表达谱。单击 GEO 数据集数据库中的结果，然后选择 Top Organisms 中的 Homo sapiens。
选择并下载感兴趣的数据集及其相应的平台信息。然后打开 GeneCard 数据库，以原发性干燥综合征和肺腺癌为关键词，获取 pSS 和 LUAD 相关的基因。下载疾病基因的电子表格。
使用 R 软件，识别和可视化调整后 P 值小于 0.05 且倍数变化大于 1.2 或小于 0.83 的差异表达基因或 DEG。比较和分析这些数据集中的基因表达。从 GeneCard 数据库中选择表达水平大于或等于 20 的与 pSS 和 LUAD 相关的基因。
合并 GEO 数据库和 GeneCard 数据库中与 pSS 和 LUAD 相关的 DEG。在 R 软件中安装 Venn Diagram 包后，获取并可视化与 pSS 和 LUAD 相关的 DEGs。在 Metascape 网站中，单击“选择文件”并上传 pSS-LUAD-DEGs 的 xlsx 格式文件。
选择 Homo sapiens 作为 Species 作为 Input （输入） 和 Analysis as species（作为物种）。单击 Custom Analysis，然后单击 Enrichment 并选择 KEGG 通路。取消选中其他选项。
单击 Enrichment Analysis，完成后，单击 Analysis Report Page。单击 All in One Zip File 下载结果。访问 _FINAL_GO。
CSV Enrichment_GO文件以查看结果。使用 R 软件中的 ggplot2 包，执行 KEGG 可视化程序。对于基因本体或 GO 富集分析，将 pSS-LUAD-DEGs 的文本格式列表导入 R.Run the Cluster Profiler 和 Rich Plot 包以进行 GO 富集分析和结果可视化。
将分析中的统计显著性设置为小于 0.05 的调整后 P 值。访问 STRING 数据库并单击 Browse，然后上传 pSS-LUAD-DEGs 文件。选择 Homo sapiens in Organisms（生物体中的 Homo sapiens），然后单击 Search（搜索）。
单击 Continue 后，当结果可用时，单击 Settings。在 Basic Settings and minimum required interaction score （基本设置和最低所需交互分数） 下，选择 高置信度 0.7。在 Advanced Settings 中勾选 hide disconnected nodes in the network，然后单击 Update。
单击标题栏中的 Exports（导出），以 TSV 格式下载蛋白质-蛋白质相互作用或 PPI 关系文本。在 Cytoscape 3.7.1 软件中，单击“文件”，然后单击“导入”和“从文件网络”以导入用于构建 PPI 网络的 TSV 格式文件。使用 NetworkAnalyzer 工具分析网络中的拓扑参数，并通过控制面板中的 Style （样式） 栏优化节点大小和颜色。
在菜单栏上，选择 Tools 和 Analyze Network。在表格面板中，单击 Degree 以按度数降序对组件进行排序。为了识别和验证中心基因，将中心基因的文本格式列表导入到加载了 PROC 包的 R 中。
绘制集线器基因的受试者工作特征或 ROC 曲线，并计算 ROC 曲线值下的面积。分析后，使用 Venn 图可视化了 pSS DEGs 和 LUAD DEGs 之间共有 233 个 DEGs。确定了 pSS LUAD DEGs 的前 10 个重要 KEGG 通路，主要与代谢通路相关，包括 PI3K-Akt、MAPK 和细胞因子-细胞因子受体相互作用。
pSS LUAD DEGs 的 GO 富集分析揭示了重要的生物过程，包括对病毒的反应和先天免疫反应、细胞成分类别以及细胞因子受体结合和活性等分子功能。PPI 网络由 99 个节点和 466 个边组成，将 STAT3 、 STAT1 和 TP53 确定为顶级枢纽基因。可视化了 PPI 网络中度数排名前 20 位的基因，包括 TNF 、 IL6 和 EGFR。
首先，进行生物信息学分析以确定原发性干燥综合征和肺腺癌同时发生的炎症途径。为了开发动物模型，将麻醉的小鼠放在小动物约束器上，腹部朝上，头部抬高，尾巴以 45 度角降低。使用细线绕在老鼠的上门牙上，将它们向上拉，然后将线固定在动物支架上的螺丝上，以完全暴露老鼠的口腔。
打开冷光灯后，用镊子轻轻拉出鼠标的舌头，将声门完全露出。将 18 号静脉留置针插入小鼠气管并拉出针芯。在针的外端放置一根棉线，当棉线随着鼠标的胸部运动而移动时，确认插入成功。
使用 1 毫升注射器吸出 0.2 毫升空气，然后吸出 0.1 毫升 PM 2.5 混悬液，最后再吸出 0.2 毫升空气。通过 18 号静脉留置针将混合物注入气管。拔出留置针后，将动物支架直立固定，顺时针和逆时针旋转 30 次，使 PM 2.5 混悬液均匀分布在肺部。
将鼠标的脖子伸直并侧放以防止窒息，然后让它恢复。29 天后，将安乐死的小鼠仰卧在干净的解剖板上。使用剪刀和镊子去除覆盖腹侧、胸部和颈部区域的皮肤和肌肉。
沿着胸腔两侧的肋骨边缘做切口，露出胸腔。切开锁骨，形成一个足够宽的开口，以便检查肺叶。切除从胸骨和肋骨延伸到下巴的颈部肌肉。
将剪刀插入肋骨前缘下方，并在两侧切开以去除覆盖气管的骨部分。用镊子抓住下巴附近的气管，并使用放置在镊子上方的剪刀做一个完整的横向切口。然后用镊子轻轻拉起气管，用剪刀剪断腹侧组织连接，直到整个胸部组织从体内取出。
将肺部平放并用生理盐水冲洗表面。吸干后，将组织分装到冻存管中，储存在零下 80 摄氏度以备将来生化使用。
