يستكشف بحثي الآليات المسببة للأمراض الشائعة المحتملة التي تربط بين متلازمة شوغرن الأولية والسرطان الغدي من خلال رؤى المعلوماتية الحيوية والتحقق التجريبي. أهدف إلى فهم كيفية تدخل هذه الظروف والعوامل الأساسية التي تساهم في العلاقة. يعالج بحثي الفجوة في فهم العلاقة بين متلازمة شوغرن الأولية والسرطان الغدي ، مع تسليط الضوء على آلياتهما المسببة للأمراض المشتركة.
جاءت هذه البصيرة من الاستراتيجيات التشخيصية والعلاجية المستقبلية للمرضى المتأثرين. في البحث المستقبلي ، نأمل في التعاون مع جراحة الصدر للحصول على عينات جراحية رئوية من مرضى pSS لتوضيح التقدم من تسلل الخلايا الليمفاوية إلى المواقع القريبة من الأورام للبدء ، افتح قاعدة بيانات Gene Expression Omnibus أو GEO واستخدم متلازمة Sjogren الأولية وسرطان الرئة الغدي ككلمات رئيسية للبحث عن ملفات تعريف التعبير الجيني. انقر فوق النتائج في قاعدة بيانات GEO DataSets وحدد Homo sapiens في Top Organisms.
حدد مجموعة البيانات التي تهمك وقم بتنزيلها، جنبا إلى جنب مع معلومات النظام الأساسي المقابلة لها. ثم افتح قاعدة بيانات GeneCard واستخدم متلازمة Sjogren الأولية وسرطان الرئة الغدي ككلمات رئيسية للحصول على الجينات المتعلقة ب pSS و LUAD. قم بتنزيل جداول البيانات الخاصة بجينات المرض.
باستخدام برنامج R ، حدد وتصور الجينات أو DEGs المعبر عنها تفاضليا بقيمة P معدلة أقل من 0.05 وتغيير أضعاف أكبر من 1.2 أو أقل من 0.83. قارن وتحليل التعبير الجيني بين مجموعات البيانات هذه. حدد الجينات ذات مستوى التعبير أكبر من أو يساوي 20 المتعلقة ب pSS و LUAD من قاعدة بيانات GeneCard.
دمج DEGs المقترنة ب pSS و LUAD من كل من قاعدة بيانات GEO وقاعدة بيانات GeneCard. بعد تثبيت حزمة Venn Diagram في برنامج R ، احصل على DEGs المرتبطة ب pSS و LUAD وتصورها. في موقع Metascape على الويب، انقر فوق تحديد ملف وقم بتحميل ملف تنسيق xlsx الخاص ب pSS-LUAD-DEGs.
اختر Homo sapiens لكل من المدخلات كأنواع والتحليل كأنواع. انقر فوق التحليل المخصص، ثم انقر فوق الإثراء وحدد مسار KEGG. قم بإلغاء تحديد الخيارات الأخرى.
انقر فوق تحليل الإثراء، وبمجرد اكتماله، انقر فوق صفحة تقرير التحليل. انقر فوق الكل في ملف مضغوط واحد لتنزيل النتائج. الوصول إلى _FINAL_GO.
CSV في المجلد Enrichment_GO لعرض النتائج. باستخدام حزمة ggplot2 في برنامج R ، قم بتنفيذ برنامج التصور KEGG. بالنسبة لأنطولوجيا الجينات أو تحليل تخصيب GO ، قم باستيراد قائمة تنسيق النص ل pSS-LUAD-DEGs إلى R.Run حزم Cluster Profiler و Enrich Plot لتحليل تخصيب GO وتصور النتيجة.
قم بتعيين الدلالة الإحصائية في التحليل عند قيمة P المعدلة أقل من 0.05. قم بالوصول إلى قاعدة بيانات STRING وانقر فوق استعراض، وقم بتحميل ملف pSS-LUAD-DEGs. حدد الإنسان العاقل في الكائنات الحية، ثم انقر على بحث.
بعد النقر فوق "متابعة"، عندما تكون النتائج متاحة، انقر فوق "الإعدادات". ضمن الإعدادات الأساسية والحد الأدنى لدرجة التفاعل المطلوبة، حدد ثقة عالية 0.7. ضع علامة في إخفاء العقد غير المتصلة في الشبكة في الإعدادات المتقدمة، ثم انقر على تحديث.
انقر فوق الصادرات في شريط العنوان لتنزيل نص التفاعل بين البروتين والبروتين أو نص علاقة PPI بتنسيق TSV. في برنامج Cytoscape 3.7.1 ، انقر فوق ملف ، متبوعا بالاستيراد والشبكة من ملف لاستيراد ملف تنسيق TSV لإنشاء شبكة PPI. استخدم أداة NetworkAnalyzer لتحليل المعلمات الطوبولوجية في الشبكة وتحسين حجم العقدة ولونها عبر شريط النمط في لوحة التحكم.
في شريط القائمة، حدد الأدوات وتحليل الشبكة. في لوحة الجدول، انقر فوق درجة لفرز المكونات حسب الدرجة بترتيب تنازلي. لتحديد جينات المحور والتحقق من صحتها، قم باستيراد قائمة تنسيق النص لجينات المحور إلى R المحملة بحزمة PROC.
ارسم خاصية تشغيل المستقبل أو منحنيات ROC لجينات المحور ، واحسب المساحة الواقعة تحت قيم منحنى ROC. تم تصور ما مجموعه 233 DEGs مشتركة بين degs و LUAD DEGs باستخدام مخطط Venn بعد التحليل. تم تحديد أهم 10 مسارات KEGG ل pSS LUAD DEGs وربطت بشكل أساسي بمسارات التمثيل الغذائي ، بما في ذلك تفاعلات مستقبلات السيتوكينات والسيتوكين.
كشف تحليل تخصيب GO ل pSS LUAD DEGs عن عمليات بيولوجية مهمة بما في ذلك الاستجابة للفيروس والاستجابة المناعية الفطرية ، وفئات مكونات الخلايا ، والوظائف الجزيئية مثل ارتباط مستقبلات السيتوكين ونشاطها. تألفت شبكة PPI من 99 عقدة و 466 حافة ، وحددت STAT3 و STAT1 و TP53 كأفضل جينات المحور. تم تصور أفضل 20 جينا بدرجات أعلى في شبكة PPI ، بما في ذلك TNF و IL6 و EGFR.
للبدء ، قم بإجراء تحليل المعلوماتية الحيوية لتحديد المسارات الالتهابية في الحدوث المتزامن لمتلازمة شوغرن الأولية والسرطان الغدي الرئوي. لتطوير النموذج الحيواني ، ضع فأر مخدر على مقبض صغير بحيث يكون بطنه متجها لأعلى ، ورأسه مرفوعا ، وذيله منخفضا بزاوية 45 درجة. استخدم خيطا دقيقا للالتفاف حول القواطع العلوية للماوس ، وسحبها لأعلى ، وقم بتثبيت الخيط على برغي على حامل لكشف تجويف فم الفأر بالكامل.
بعد تشغيل مصباح الضوء البارد ، استخدم الملقط لسحب لسان الماوس برفق وفضح المزمار بالكامل. أدخل إبرة وريدية مقاس 18 في القصبة الهوائية للفأر واسحب قلب الإبرة. ضع خيطا قطنيا في الطرف الخارجي للإبرة ، وتأكد من الإدخال الناجح عندما يتحرك الخيط بحركات صدر الماوس.
باستخدام حقنة سعة ملليلتر واحد ، استنشق 0.2 مل من الهواء ، ثم 0.1 مل من تعليق PM 2.5 ، وأخيرا ، 0.2 مل أخرى من الهواء. حقن الخليط في القصبة الهوائية من خلال الإبرة الوريدية ذات العار 18. بعد سحب الإبرة الساكنة ، قم بتأمين حامل في وضع مستقيم وقم بتدويره في اتجاه عقارب الساعة وعكس اتجاه عقارب الساعة 30 مرة لتوزيع تعليق PM 2.5 بالتساوي في الرئتين.
مد رقبة الماوس بشكل مستقيم وضعه على جانبه لمنع الاختناق واتركه يتعافى. بعد 29 يوما ، ضع الفأر القتل الرحيم في وضع ضعيف على لوح تشريح نظيف. باستخدام المقص والملقط ، قم بإزالة الجلد والعضلات التي تغطي مناطق البطن والصدر والرقبة.
قم بعمل شقوق على طول حواف الأضلاع على جانبي تجويف الصدر لفضح التجويف الصدري. قطع الترقوة لإنشاء فتحة واسعة بما يكفي لفحص فصوص الرئة. استئصال عضلات الرقبة الممتدة من القص والأضلاع إلى الفك.
أدخل مقصا أسفل الحافة الأمامية للأضلاع ، وقم بعمل شقوق على كلا الجانبين لإزالة الجزء العظمي الذي يغطي القصبة الهوائية. أمسك القصبة الهوائية بالقرب من الفك بالملقط وقم بعمل شق عرضي كامل باستخدام مقص يوضع فوق الملقط. ثم اسحب القصبة الهوائية برفق باستخدام ملقط ، وقطع وصلات الأنسجة البطنية بالمقص حتى تتم إزالة الأنسجة الصدرية بالكامل من الجسم.
ضع الرئتين بشكل مسطح واشطف السطح بالمحلول الملحي. بعد تجفيفها ، قم بتقطيع الأنسجة إلى أنابيب تبريد لتخزينها عند 80 درجة مئوية تحت الصفر للاستخدام الكيميائي الحيوي في المستقبل.
