Mes recherches explorent les mécanismes pathogènes communs potentiels reliant le syndrome de Sjögren primaire et l’adénocarcinome grâce à des connaissances bioinformatiques et à des vérifications expérimentales. Mon objectif est de comprendre comment ces conditions interviennent et les facteurs sous-jacents qui contribuent à la relation. Mes recherches portent sur les lacunes dans la compréhension du lien entre le syndrome de Sjögren primaire et l’adénocarcinome, en mettant en évidence leurs mécanismes pathogènes communs.
Cette idée provient de futures stratégies diagnostiques et thérapeutiques pour les patients atteints. Dans le cadre de recherches futures, nous espérons collaborer avec la chirurgie thoracique pour obtenir des échantillons chirurgicaux pulmonaires de patients atteints de pSS afin d’illustrer la progression de l’infiltration lymphocytaire aux sites proximaux néoplasiques. Pour commencer, ouvrez la base de données Gene Expression Omnibus ou GEO et utilisez le syndrome de Sjögren primaire et l’adénocarcinome pulmonaire comme mots-clés pour rechercher des profils d’expression génique. Cliquez sur les résultats dans la base de données GEO DataSets et sélectionnez Homo sapiens dans Top Organisms.
Sélectionnez et téléchargez l’ensemble de données qui vous intéresse, ainsi que les informations de la plateforme correspondante. Ouvrez ensuite la base de données GeneCard et utilisez le syndrome de Sjögren primaire et l’adénocarcinome pulmonaire comme mots-clés pour obtenir les gènes liés au pSS et au LUAD. Téléchargez les feuilles de calcul des gènes de la maladie.
À l’aide du logiciel R, identifiez et visualisez les gènes ou DEG exprimés de manière différentielle avec une valeur P ajustée inférieure à 0,05 et un changement de pli supérieur à 1,2 ou inférieur à 0,83. Comparez et analysez l’expression des gènes parmi ces ensembles de données. Sélectionnez dans la base de données GeneCard les gènes dont le niveau d’expression est supérieur ou égal à 20 et qui sont liés à pSS et LUAD.
Fusionnez les DEG associés à pSS et LUAD à partir de la base de données GEO et de la base de données GeneCard. Après avoir installé le package Venn Diagram dans le logiciel R, obtenez et visualisez les DEG associés à pSS et LUAD. Sur le site Web Metascape, cliquez sur Sélectionner un fichier et téléchargez le fichier au format xlsx de pSS-LUAD-DEGs.
Choisissez Homo sapiens pour l’entrée en tant qu’espèce et l’analyse en tant qu’espèce. Cliquez sur Analyse personnalisée, puis sur Enrichissement et sélectionnez Chemin KEGG. Décochez les autres options.
Cliquez sur Analyse d’enrichissement et, une fois l’opération terminée, cliquez sur Page Rapport d’analyse. Cliquez sur Tout dans un fichier zip pour télécharger les résultats. Accédez à la _FINAL_GO.
CSV dans le dossier Enrichment_GO pour afficher les résultats. À l’aide du package ggplot2 dans le logiciel R, exécutez le programme de visualisation KEGG. Pour l’ontologie génétique ou l’analyse d’enrichissement GO, importez la liste de format texte des pSS-LUAD-DEG dans R.Exécutez les packages Cluster Profiler et Enrich Plot pour l’analyse d’enrichissement GO et la visualisation des résultats.
Définissez la signification statistique dans l’analyse à une valeur P ajustée inférieure à 0,05. Accédez à la base de données STRING et cliquez sur Parcourir, puis téléchargez le fichier de pSS-LUAD-DEGs. Sélectionnez Homo sapiens dans Organismes, puis cliquez sur Rechercher.
Après avoir cliqué sur Continuer, lorsque les résultats sont disponibles, cliquez sur Paramètres. Sous Paramètres de base et score d’interaction minimum requis, sélectionnez niveau de confiance élevé 0,7. Cochez cette case pour masquer les nœuds déconnectés du réseau dans les paramètres avancés, puis cliquez sur Mettre à jour.
Cliquez sur Exportations dans la barre de titre pour télécharger le texte de l’interaction protéine-protéine ou de la relation IPP au format TSV. Dans le logiciel Cytoscape 3.7.1, cliquez sur Fichier, puis sur Importer et réseau à partir d’un fichier pour importer le fichier au format TSV afin de construire le réseau PPI. Utilisez l’outil NetworkAnalyzer pour analyser les paramètres topologiques du réseau et optimiser la taille et la couleur des nœuds via la barre de style du panneau de configuration.
Dans la barre de menus, sélectionnez Outils et Analyser le réseau. Dans le panneau du tableau, cliquez sur Degré pour trier les composants par degré dans l’ordre décroissant. Pour l’identification et la validation des gènes du hub, importez la liste des gènes du hub au format texte dans R chargé avec le package PROC.
Tracez les caractéristiques de fonctionnement du récepteur ou les courbes ROC des gènes du hub et calculez l’aire sous les valeurs de la courbe ROC. Au total, 233 DEG partagés entre les DEG pSS et les DEG LUAD ont été visualisés à l’aide d’un diagramme de Venn après l’analyse. Les 10 principales voies KEGG significatives pour les DEG de pSS LUAD ont été identifiées et principalement associées aux voies métaboliques, y compris PI3K-Akt, MAPK et les interactions cytokine-récepteur cytokine.
L’analyse de l’enrichissement GO des DEG de pSS LUAD a révélé des processus biologiques significatifs, notamment la réponse au virus et la réponse immunitaire innée, les catégories de composants cellulaires et les fonctions moléculaires telles que la liaison et l’activité des récepteurs de cytokines. Le réseau PPI comprenait 99 nœuds et 466 arêtes, identifiant STAT3, STAT1 et TP53 comme les principaux gènes centraux. Les 20 principaux gènes avec des degrés plus élevés dans le réseau PPI ont été visualisés, y compris TNF, IL6 et EGFR.
Pour commencer, effectuez une analyse bioinformatique afin de déterminer les voies inflammatoires dans la cooccurrence du syndrome de Sjögren primitif et de l’adénocarcinome pulmonaire. Pour développer le modèle animal, placez une souris anesthésiée sur une petite ceinture d’étranglement avec son abdomen vers le haut, la tête surélevée et la queue abaissée à un angle de 45 degrés. Utilisez un fil fin pour enrouler autour des incisives supérieures de la souris, en les tirant vers le haut, et fixez le fil sur une vis sur le support de l’animal pour exposer complètement la cavité buccale de la souris.
Après avoir allumé la lampe à lumière froide, utilisez une pince pour retirer doucement la langue de la souris et exposer complètement la glotte. Insérez une aiguille veineuse à demeure de calibre 18 dans la trachée de la souris et retirez le noyau de l’aiguille. Placez un fil de coton à l’extrémité extérieure de l’aiguille et confirmez que l’insertion est réussie lorsque le fil se déplace avec les mouvements de la poitrine de la souris.
À l’aide d’une seringue d’un millilitre, aspirez 0,2 millilitre d’air, puis 0,1 millilitre de suspension PM 2,5, et enfin, 0,2 millilitre d’air. Injectez le mélange dans la trachée à l’aide de l’aiguille veineuse à demeure de calibre 18. Après avoir retiré l’aiguille à demeure, fixez le porte-animal à la verticale et tournez-le 30 fois dans le sens des aiguilles d’une montre et dans le sens inverse des aiguilles d’une montre pour répartir uniformément la suspension PM 2,5 dans les poumons.
Étendez le cou de la souris droit et posez-la sur le côté pour éviter l’étouffement, et laissez-la récupérer. Après 29 jours, placez la souris euthanasiée en position couchée sur une planche de dissection propre. À l’aide de ciseaux et de pinces, retirez la peau et les muscles recouvrant les régions ventrale, thoracique et du cou.
Faites des incisions le long des bords des côtes des deux côtés de la cavité thoracique pour exposer la cavité thoracique. Coupez la clavicule pour créer une ouverture suffisamment large pour l’examen des lobes pulmonaires. Exciser les muscles du cou qui s’étendent du sternum et des côtes à la mâchoire.
Insérez des ciseaux sous le bord antérieur des côtes et faites des incisions des deux côtés pour retirer la partie osseuse recouvrant la trachée. Saisissez la trachée près de la mâchoire à l’aide d’une pince et faites une incision transversale complète à l’aide de ciseaux placés au-dessus de la pince. Ensuite, tirez doucement la trachée vers le haut avec une pince, en coupant les connexions des tissus ventraux avec des ciseaux jusqu’à ce que tout le tissu thoracique soit retiré du corps.
Posez les poumons à plat et rincez la surface avec une solution saline. Après l’avoir séché, aliquote le tissu dans des cryotubes à stocker à moins 80 degrés Celsius pour une utilisation biochimique future.
