המחקר שלי בוחן את המנגנונים הפתוגניים הנפוצים הפוטנציאליים המקשרים בין תסמונת סיוגרן ראשונית לאדנוקרצינומה באמצעות תובנות ביואינפורמטיות ואימות ניסיוני. אני שואף להבין כיצד תנאים אלה משתלבים זה בזה ואת הגורמים הבסיסיים התורמים למערכת היחסים. המחקר שלי עוסק בפער בהבנת הקשר בין תסמונת סיוגרן ראשונית לאדנוקרצינומה, ומדגיש את המנגנונים הפתוגניים המשותפים שלהם.
תובנה זו הגיעה מאסטרטגיות אבחון וטיפול עתידיות לחולים מושפעים. במחקר עתידי, אנו מקווים לשתף פעולה עם ניתוחי חזה כדי להשיג דגימות כירורגיות ריאתיות מחולי pSS כדי להמחיש את ההתקדמות מחדירת לימפוציטים לאתרים פרוקסימליים ניאופלסטיים כדי להתחיל, פתח את מסד הנתונים Gene Expression Omnibus או GEO והשתמש בתסמונת סיוגרן ראשונית ואדנוקרצינומה ריאתית כמילות מפתח לחיפוש פרופילי ביטוי גנים. לחץ על התוצאות במסד הנתונים של GEO DataSets ובחר הומו ספיינס באורגניזמים המובילים.
בחר והורד את מערך הנתונים המעניין, יחד עם פרטי הפלטפורמה המתאימים לו. לאחר מכן פתח את מסד הנתונים של GeneCard והשתמש בתסמונת סיוגרן ראשונית ואדנוקרצינומה של הריאות כמילות מפתח כדי להשיג את הגנים הקשורים ל-pSS ו-LUAD. הורד את הגיליונות האלקטרוניים של גני המחלה.
באמצעות תוכנת R, זהה והמחיש גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי או DEGs עם ערך P מותאם של פחות מ-0.05 ושינוי קיפול גדול מ-1.2 או פחות מ-0.83. להשוות ולנתח את ביטוי הגנים בין מערכי נתונים אלה. בחר גנים עם רמת ביטוי גדולה או שווה ל-20 הקשורים ל-pSS ו-LUAD ממסד הנתונים של GeneCard.
מיזגו את ה-DEGs הקשורים ל-pSS ו-LUAD הן ממסד הנתונים של GEO והן ממסד הנתונים של GeneCard. לאחר התקנת חבילת Venn Diagram בתוכנת R, השג ודמיין את ה-DEGs המשויכים ל-pSS ו-LUAD. באתר Metascape, לחץ על בחר קובץ והעלה את הקובץ בפורמט xlsx של pSS-LUAD-DEGs.
בחר הומו ספיינס הן עבור קלט כמין והן עבור ניתוח כמין. לחץ על ניתוח מותאם אישית ולאחר מכן לחץ על העשרה ובחר מסלול KEGG. בטל את הסימון של האפשרויות האחרות.
לחץ על ניתוח העשרה ולאחר שתסיים, לחץ על דף דוח ניתוח. לחץ על הכל בקובץ Zip אחד כדי להוריד את התוצאות. גש _FINAL_GO.
csv בתיקיה Enrichment_GO כדי להציג את התוצאות. באמצעות חבילת ggplot2 בתוכנת R, בצע את תוכנית ההדמיה של KEGG. עבור אונטולוגיה של גנים או ניתוח העשרה של GO, ייבא את רשימת פורמטי הטקסט של pSS-LUAD-DEGs לתוך R.Run את חבילות Cluster Profiler ו-Enrich Plot לניתוח העשרת GO והדמיית תוצאות.
הגדר מובהקות סטטיסטית בניתוח בערך P מתואם של פחות מ-0.05. גש למסד הנתונים של STRING ולחץ על עיון, והעלה את הקובץ של pSS-LUAD-DEGs. בחר הומו ספיינס באורגניזמים ולאחר מכן לחץ על חיפוש.
לאחר לחיצה על המשך, כאשר התוצאות זמינות, לחץ על הגדרות. תחת הגדרות בסיסיות וניקוד אינטראקציה מינימלי נדרש, בחר מהימנות גבוהה 0.7. סמן את הסתר צמתים מנותקים ברשת בהגדרות מתקדמות ולאחר מכן לחץ על עדכן.
לחץ על ייצוא בשורת הכותרת כדי להוריד את הטקסט של אינטראקציית חלבון-חלבון או קשר PPI בפורמט TSV. בתוכנת Cytoscape 3.7.1, לחץ על קובץ, ואחריו ייבוא ורשת מקובץ כדי לייבא את הקובץ בפורמט TSV לבניית רשת PPI. השתמש בכלי NetworkAnalyzer כדי לנתח את הפרמטרים הטופולוגיים ברשת ולבצע אופטימיזציה של גודל הצומת וצבעו באמצעות סרגל הסגנון בלוח הבקרה.
בשורת התפריטים, בחר כלים ונתח רשת. בחלונית הטבלה, לחץ על תואר כדי למיין רכיבים לפי מעלה בסדר יורד. לזיהוי ואימות של גנים רכזת, ייבא את רשימת פורמט הטקסט של גנים רכזת ל-R טעון בחבילת PROC.
שרטט מאפיין הפעלה של מקלט או עקומות ROC של גני הרכזת, וחשב את השטח מתחת לערכי עקומת ROC. בסך הכל 233 DEGs משותפים בין pSS DEGs ו-LUAD DEGs הודגמו באמצעות דיאגרמת Venn לאחר הניתוח. 10 מסלולי ה-KEGG המשמעותיים ביותר עבור pSS LUAD DEGs זוהו וקשורים בעיקר למסלולים מטבוליים, כולל PI3K-Akt, MAPK ואינטראקציות קולטני ציטוקין-ציטוקינים.
ניתוח העשרת GO של pSS LUAD DEGs חשף תהליכים ביולוגיים משמעותיים כולל תגובה לנגיף ולתגובה חיסונית מולדת, קטגוריות רכיבי תאים ופונקציות מולקולריות כמו קשירת קולטני ציטוקינים ופעילותם. רשת ה-PPI כללה 99 צמתים ו-466 קצוות, וזיהתה את STAT3, STAT1 ו-TP53 כגנים המרכזיים המובילים. 20 הגנים המובילים עם דרגות גבוהות יותר ברשת PPI הודגמו, כולל TNF, IL6 ו-EGFR.
כדי להתחיל, בצע ניתוח ביואינפורמטי כדי לקבוע את המסלולים הדלקתיים בהתרחשות משותפת של תסמונת סיוגרן ראשונית ואדנוקרצינומה של הריאות. לפיתוח מודל החיה, מקם עכבר מורדם על מסנן בעל חיים קטן כשבטנו פונה כלפי מעלה, ראשו מורם וזנבו מונמך בזווית של 45 מעלות. השתמש בחוט דק כדי לולאה סביב החותכות העליונות של העכבר, משוך אותן כלפי מעלה, והדק את החוט על בורג במחזיק החיה כדי לחשוף את חלל הפה של העכבר במלואו.
לאחר הדלקת מנורת האור הקרה, השתמש במלקחיים כדי לשלוף בעדינות את לשון העכבר ולחשוף את הגלוטיס במלואו. הכנס מחט שוכנת ורידים בגודל 18 לקנה הנשימה של העכבר ושלף החוצה את ליבת המחט. הנח חוט כותנה בקצה החיצוני של המחט, ואשר החדרה מוצלחת כאשר החוט נע עם תנועות החזה של העכבר.
בעזרת מזרק של מיליליטר אחד, שאפו 0.2 מיליליטר אוויר, ואז 0.1 מיליליטר מתלה PM 2.5, ולבסוף, עוד 0.2 מיליליטר אוויר. הזריקו את התערובת לקנה הנשימה דרך המחט השוכנת בוורידים בגודל 18. לאחר שליפת המחט השוכנת, אבטח את מחזיק החיה זקוף וסובב אותו עם כיוון השעון ונגד כיוון השעון 30 פעמים כדי לפזר באופן שווה את מתלה PM 2.5 בריאות.
האריכו את צוואר העכבר ישר והניחו אותו על צדו כדי למנוע חנק, ותנו לו להתאושש. לאחר 29 יום, הניחו את העכבר שהומת בשכיבה על לוח חיתוך נקי. בעזרת מספריים ומלקחיים, הסר את העור והשרירים המכסים את אזורי הגחון, בית החזה והצוואר.
בצע חתכים בשולי הצלעות משני צידי חלל החזה כדי לחשוף את חלל בית החזה. חותכים את עצם הבריח כדי ליצור פתח רחב מספיק לבדיקת אונות הריאה. כרתו את שרירי הצוואר המשתרעים מעצם החזה והצלעות ועד הלסת.
הכנס מספריים מתחת לקצה הקדמי של הצלעות, ובצע חתכים משני הצדדים כדי להסיר את החלק הגרמי המכסה את קנה הנשימה. אחוז בקנה הנשימה ליד הלסת בעזרת מלקחיים ובצע חתך רוחבי שלם באמצעות מספריים המונחים מעל המלקחיים. לאחר מכן משוך בעדינות את קנה הנשימה בעזרת מלקחיים, חותך את חיבורי רקמת הגחון במספריים עד להסרת כל רקמת בית החזה מהגוף.
הניחו את הריאות שטוחות ושטפו את המשטח במי מלח. לאחר ייבוש הרקמה, הכניסו את הרקמה לתוך צינורות קריו-טיוב כדי לאחסן במינוס 80 מעלות צלזיוס לשימוש ביוכימי עתידי.
