Langzeitstudien sind unerlässlich, um den Prozess der Evolution und die Mechanismen der Anpassung zu verstehen. Diese Studien erfordern in der Regel, Verpflichtungen über die Lebensdauer der Forscher. Hier ist eine leistungsfähige Methode beschrieben, die State-of-the-Art-Datensammlung zum Generieren von Längsschnittdaten in natürlichen Systemen erheblich Fortschritte.
Langzeitstudien ermöglicht die Identifizierung von Eco-evolutionäre Prozesse, die über längere Zeiträume auftreten. Darüber hinaus bieten sie wichtige empirische Daten, die verwendet werden können in Prognosemodelle, um evolutionäre Antworten der natürlichen Ökosysteme auf künftige Veränderungen der Umwelt zu prognostizieren. Allerdings sind außer wenigen Ausnahmefällen Langzeitstudien knapp wegen logistischen Schwierigkeiten im Zusammenhang mit dem Zugriff auf zeitliche Proben. Zeitliche Dynamik werden häufig im Labor oder in kontrollierten Mesokosmen Experimente mit außergewöhnlichen Studien untersucht, die die Entwicklung der natürlichen Populationen in freier Wildbahn zu rekonstruieren.
Hier wird eine Standardarbeitsanweisung (SOP) bereitgestellt, um wieder zu beleben oder wiederbeleben ruhenden Daphnia Magna, eine weit verbreitete Zooplankton Schlüsselspezies in aquatischen Ökosystemen, um drastisch die State-of-the-Art längs Datenerfassung im Voraus natürliche Systeme. Bereich der Auferstehung Ökologie wurde 1999 von Kerfoot und Mitarbeitern, definiert, obwohl die ersten am ruhenden Zooplankton Eiern reichen zurück bis in den späten 1980er Jahren schlüpfen Versuche. Da Kerfoots Samen-Papier ist die Methodik der Wiederbelebung Zooplankton Arten immer häufiger angewendet worden, obwohl Labors nur über direkten Wissenstransfer propagiert. Hier wird eine SOP beschrieben, die eine schrittweise auf die Praxis Protokoll der Wiederbelebung ruhender Daphnia Magna Eiern.
Zwei wichtige Studien werden in die Fitness-Antwort von Daphnia Magna Bevölkerungen zu auferstanden Erwärmung gemessen wird, aufbauend auf die Fähigkeit, historische und moderne Bevölkerungen in den gleichen Einstellungen zu studieren. Schließlich ist die Anwendung der nächsten Generation Sequenziertechnologien wiederbelebt oder noch ruhenden Stadium diskutiert. Diese Technologien bieten beispiellose macht in sezieren die Prozesse und Mechanismen der Evolution, wenn für die Bevölkerung angewendet, die Veränderungen der Selektionsdruck im Laufe der Zeit erlebt haben.
Langzeitstudien sind entscheidend für das Verständnis ökologische und evolutionäre Prozesse in der Natur und bei der Beurteilung, wie Arten reagieren und bleiben während der Umweltveränderungen1. Und zwar deshalb, weil Eco-evolutionäre Prozesse über Generationen hinweg geschehen und Veränderungen in der Umwelt, über lange Zeiträume auftreten. Darüber hinaus bieten Langzeitstudien wichtige Erfahrungswerte, die Verbesserung der Genauigkeit der prädiktive Modellierung, evolutionäre Antworten der natürlichen Ökosysteme auf Veränderungen der Umwelt2zu prognostizieren. Die Genauigkeit dieser Modelle ist entscheidend für die Bewirtschaftung und Erhaltung Strategien zur Erhaltung der Biodiversität und Ökosystemdienstleistungen umzusetzen.
Außer wenigen Ausnahmefällen (z.B. Galapagos Darwin Finken3 und Algen4) sind langfristige Studien weitgehend nur die Arten mit kurzen Generationszeit, die im Labor5,6 propagiert werden kann , 7 , 8. die evolutionäre Dynamik zugrunde liegenden Prozesse bleiben daher, schwer fassbar. Wegen logistischen Schwierigkeiten im Zusammenhang mit dem Zugriff auf zeitliche Muster empirische Daten werden immer häufiger in eine räumliche als in einem zeitlichen Zusammenhang untersucht und zeitliche Eco-evolutionäre Prozesse abgeleitet oder aus räumlichen Daten modelliert. Dieser Ansatz wird als "Raumzeit" Substitution9, bezeichnet wobei Raum als Surrogat zeitliche evolutionäre Dynamik angenommen wird. Die wichtigste Einschränkung der "Raumzeit" Substitution ist, dass zeitliche Variation in der gleichen Bevölkerung Raten von Anpassung auf verschiedenen räumlichen Ebenen unterscheiden; Daher sind Rückschlüsse basierend auf Ersatz der Zeit mit dem Raum voreingenommene10.
Eine leistungsfähige Alternative, die ermöglicht die Untersuchung evolutionäre Dynamik in natürlichen Ökosystemen im Laufe der Zeit ist die Analyse der ökologischen und genetischen Veränderungen in Herstellung von ruhenden Phasen11Arten. Diese ruhenden Phasen sammeln in Form geschichtet biologische Archive, die genau datiert werden können und Paleolimnologically gekennzeichnet12,13. Wichtig ist, können diese ruhenden Stadien wieder zum Leben erweckt und verwendet in Laborversuchen, wo ihre evolutionäre Reaktion auf Veränderungen der Umwelt direkt gemessen werden. Historische Bevölkerungen können gegen ihre modernen entwickelten Nachkommen Fitness Änderungen und die Funktion von Genen entwickelt sich im Gleichschritt mit Umweltveränderungen14,15,16studieren antrat.
Ruhende Stadien sind Samen, Zysten, Sporen und Ei Banken. Obwohl die ersten Studien über wiederauferstandene ruhenden Eiern stammt aus den späten 1980er Jahren17und eine Handvoll Studien dieser Technik in den frühen 1990er Jahren18,19angewendet haben, wurde der Bereich der Auferstehung Ökologie formell von der Samen-Papier Kerfoot und Mitarbeiter in 199920gegründet. Diese Praxis wurde vor allem in Paleolimnological Rekonstruktionen von Süßwasserfischen17,21,22angewendet. Eine SOP ist jedoch noch nicht verfügbar. Hier ist eine schrittweise Beschreibung des Protokolls Auferstehung auf ruhende Eiern der Gattung Zooplankton Daphnia Magna angewendet, von der Probenahme von Sedimenten, die Einrichtung von klonalen Kulturen von Jungtiere zur Verfügung gestellt. Schritte der SOP, die sind ohne weiteres übertragbar auf andere Arten von Daphnien,sowie Schritte, die zusätzliche Optimierung erfordern werden diskutiert.
Daphnien sind bei den meisten lotic Lebensräume23 Süßwasser Zooplankters. Daphnien -Arten sind entweder obligat asexuell oder zyklische Parthenogens. D. Magna ist eine zyklische Parthenogen, die unter günstigen Umweltbedingungen24klonal reproduziert. Wenn die Umweltbedingungen verschlechtern, männliche Produktion erfolgt und sexuelle Rekombination führt zur Bildung von befruchteten Eizellen, die einen der Vegetationsruhe aus der Umgebung durch einen Chitin-Fall genannt Ephippium geschützt Zustand. Ein Teil dieser ruhenden Eier schlüpfen bei günstigen Umweltbedingungen zurück. Ein Großteil der ruhende Ei Bank hat jedoch nie eine Chance zu schlüpfen und damit biologische Archiv im Laufe der Zeit aufbauen. Ruhende Stadien bleiben in den Sedimenten von Seen und Teichen begraben und können über längere Zeiträume für das Studium der evolutionäre Dynamik wiederbelebt werden. Da ruhende Eiern von D. Magna sexuelle Rekombination resultieren, sind sie eine gute Darstellung der natürlichen genetischen Vielfalt der Arten25. Darüber hinaus können sie über klonalen Vermehrung im Labor gewartet werden. Diese Eigenschaften bilden den einzigartigen Vorteil der isogenen Modellorganismen, unter Beibehaltung der natürlichen genetischen Vielfalt.
Zwei wichtige Studien werden vorgestellt, um die Vorteile der direkten Vergleich historische und moderne Nachkommen der gleichen Bevölkerung D. Magna zu demonstrieren Umwelt Selektionsdruck im Laufe der Zeit zu erleben. D. Magna Exemplare wurden vom See Ring (Dänemark), eine flache auferweckt (5 m Tiefe; Oberfläche 22 ha) gemischte Teich, die eine Erhöhung der durchschnittlichen Temperatur und Hitzewellen auftreten im Laufe der Zeit erlebt hat. D. Magna (Teil-) Populationen wurden entlang dieser zeitlichen Verlauf von 60 Jahren (1960 – 2005) wiederbelebt und untersucht, um evolutionäre Reaktion auf Temperatur Erwärmung zu untersuchen. In der ersten Studie in einem gemeinsamen Garten Experiment wurden Änderungen in Fitness-linked Lebensgeschichte Eigenschaften als Reaktion auf eine Erhöhung der Temperatur von + 6 ° C, in Übereinstimmung mit den Vorhersagen des zwischenstaatlichen Ausschusses für den Klimawandel für die nächsten 100 Jahre gemessen. 26. in der zweiten Studie wurde eine Mesokosmen-Experiment zur wettbewerbsfähigen Fähigkeiten der drei Messen (Teil-) Populationen unter Erwärmung. Diese Experimente in Kombination zeigen, dass in Gegenwart der Erwärmung als des einzige Stress, alle Lebensgeschichte Züge und Populationen ein hohes Maß an Plastizität zeigen und gleiche wettbewerbsfähige Fähigkeiten haben. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass Erwärmung, da eine einzelne Stress keine signifikante Fitnesskosten mindestens in der Bevölkerung hier studiert.
Die folgende SOP enthält eine schrittweise Beschreibung des Protokolls verwendet, Daphnia Magna wiederbeleben ruhende Eiern, einschließlich einer detaillierten Beschreibung der Probenahme, Isolierung des Ephippien aus dem Sediment und Einrichtung von klonalen Kulturen ( Abbildung 1).
Abbildung 1: schrittweise Anleitung für die Auferstehung des Daphnia Magna. Sediment aus Süßwasser Lebensraum (A) wird mit einem Kolben Corer (B) gesampelt. Sedimentkern (C) wird in inkrementelle Schichten von 1 oder 0,5 cm (D) geschnitten. Jede Schicht des Sediment wird in einer Probe Zip-Lock Beutel (E) in dunklen und kalten Bedingungen (4 ° C) gespeichert. Jede Schicht der Sedimente wird gewogen und gesiebt mit geologischen Siebe (1 mm und 125 µm Maschenweiten, F). Weißem Hintergrund Tabletts dienen, Daphnia Magna Ephippien (G) zu isolieren. Decapsulated ruhende Eiern (H) sind auf Petrischalen übertragen und ans Licht und Temperatur Reize um Schlupf zu induzieren. Jungtiere werden übertragen, um Gläser (ich) Isoclonal Linien zu trennen. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
1. Probenahme von Sedimentkernen
Abbildung 2: Cartoon des Kolbens Entkernung Verfahren. Kolben Corer, ein hohles Rohr mit einer internen gleitenden Dichtung (Kolben), die ein schwaches Vakuum erzeugt. Wenn der Kolben die Sediment-Wasser-Grenzfläche berührt, das Gewicht drückt den Kern-Lauf in das Sediment und das Vakuum bewirkt, dass das Sediment wird entkernt und bewegen sich das Rohr ohne zu stören die Sedimentschichten. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
2. Siebung der Sedimentschichten
Abbildung 3: Daphnia Magna Ephippium. Ruhende Daphnia Magna Eiern unmittelbar nach Delamination. Ephippium (A), die innere Eihülle (B) und die ruhenden Eiern (C) ergeben sich. Maßstabsleiste = 500 µm.
(3) Delamination von Ephippien und Schraffur
4. Festlegung Isoclonal Daphnia magna
5. wichtige Studien
Hinweis: Eine Beschreibung der beiden wichtigsten Studien erfolgt in dem auferstandenen D.magna (Teil-) Populationen aus sedimentären Archiv von See Ring (Dänemark) verwendet werden, um die evolutionäre Reaktion auf Erwärmung zu beurteilen. Drei (Teil-) Populationen wurden auferweckt von den folgenden Zeiträumen: 1960-1970, 1970-1985, und > 1999. D. Magna schlüpfen Erfolg aus der sedimentären Archiv lag zwischen 11 und 58 % (Abbildung 4). Aus der Jungtiere aus jedem Zeitfenster gewonnen war eine zufällige Teilmenge für zwei wichtigen Studien, die hier beschriebenen gewählt. Diese Studien wurden entwickelt, um festzustellen, ob (Teil-) Populationen aus verschiedenen Zeiträumen entlang der Temperaturgradient auferstanden zeigten Unterschiede in der Fitness-linked Lebensgeschichte Züge (5.1) und ob sie hatten unterschiedliche wettbewerbsfähige Fähigkeiten (5.2) nach Exposition gegenüber Erwärmung.
Abbildung 4: Schraffur Erfolg in einem sedimentären Archiv von See Ring abgetastet. Der Anteil der erfolgreichen Jungtiere entlang der sedimentären Archiv der See Ring in den wichtigsten Studien verwendet. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 5: Erwachsenfrau Daphnia Magna. Erwachsene weibliche Daphnia Magna Parthenogenetische Eier in den Brutraum. Der Abstand zwischen dem Kopf und das Ende der Rute Wirbelsäule wird verwendet, um die Größe des Tieres zu messen. Die roten Linien zeigen die Größenmessungen. Maßstabsleiste = 500 µm.
Langfristige empirische Daten sind entscheidend für das Verständnis der evolutionäre Dynamik und Ausdauer der natürlichen Populationen. Diese Daten sind in der Regel schwierig, aufgrund logistischer Schwierigkeiten im Zusammenhang mit Zugriff auf zeitliche Proben und das Erfordernis der langfristigen Datenerhebung zu begehen. In den beiden wichtigsten Studien hier präsentiert ist empirische Beweise für die Reaktion auf die Temperatur von einem zentralen Zooplankter in Süßwasser-Ökosystemen über evolutionäre Zeiträume zur Verfügung gestellt. Dies ist durch die Verwendung von geschichteten ruhende Ei Banken aktiviert, die die Möglichkeit bieten, die Reaktion der historische Bevölkerungen und ihre modernen Nachkommen auf Umweltstress in allgemeine experimentelle Einstellungen zu studieren.
Gemeinsamer Garten experiment
Der gemeinsame Garten Experiment zeigte, dass alle Merkmale der Lebensgeschichte auf Temperatur reagiert (Abbildung 6 und Abbildung 7). Die ANOVA-Analyse ergab, dass alle (Teil-) Populationen auf Temperatur über Plastizität (Tabelle 2), mit Ausnahme von Sterblichkeit, reagieren nicht mehr reagiert. Evolutionäre Veränderungen (Unterschiede zwischen (Teil-) Populationen) verzeichneten nur Bevölkerungswachstum (Tabelle 2), die in zwei der drei deutlich zugenommen (Teil-) Populationen bei 24 ° C (Abbildung 6).
Abbildung 6: gemeinsame Garten Experiment. Reaktion Normen für Lebensgeschichte Eigenschaften (Fruchtbarkeit, Größe und Alter am Ende der Laufzeit) und Bevölkerungswachstum (R) werden für jedes (Teil-) Bevölkerung unter Temperatur Erwärmung (24 ° C) im Vergleich zu den gemeinsamen Garten und aktuelle Temperatur-Regime (18 ° C) angezeigt. Die Wachstumsrate der Bevölkerung "R" wird anhand der Eulerian Gleichung (1). Konfidenzintervalle werden angezeigt. (Teil-) Populationen sind farblich gekennzeichnet: blau (i): 1960-1970; (Ii) grün: 1970 – 1985; (Iii) rot: > 1999. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 7: Mortalität. Sterblichkeitsrate pro (Sub) Bevölkerung (1960-1970; 1970-1985; > 1999) unter Erwärmung (24 ° C) im Vergleich zu modernen Temperaturregime (18 ° C) ausgewiesen. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Mesokosmen-experiment
Nach vier Wochen der Auswahl, vertreten durch die Erwärmung bei 24 ° C, die Häufigkeit der drei (Teil-) Populationen änderte sich nicht signifikant (χ2 = 0,55, P = 0,76) im Vergleich zu den ursprünglichen Inokulum (Abbildung 8). Unter den 30 Genotypen im Experiment Mesokosmen geimpft wurde die Mehrheit nach vierwöchiger Auswahl (Abbildung 9) identifiziert. Konkret wurden 70 % der geimpften Genotypen erholt, kompatibel mit Poisson Erwartung der Wiederherstellung mindestens einen Vertreter jeder Genotyp in einer Stichprobe von 32 Personen.
Abbildung 8: Wettbewerb Experiment - Bevölkerung Frequenz. Bevölkerung im Durchschnitt Median und Quartile (25th und 75th), ist für die drei gezeigt (Teil-) Populationen von D. Magna nach vierwöchiger Auswahl in Mesokosmen Wettbewerb Experimente (24 ° C), im Vergleich zu einer anfänglichen gleicher Häufigkeit (bei der Anfang). (Teil-) Populationen sind farblich gekennzeichnet, wie in Abbildung 6dargestellt. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 9: Wettbewerb Experiment - Genotyp Frequenz. Genotyp-Frequenzen – gemittelten Median und Quartile (25th und 75th), ergeben sich nach vier Wochen nach der Exposition gegenüber Erwärmung (24 ° C) im Vergleich zu eine anfängliche gleicher Häufigkeit der Genotypen (gestrichelte Linie). Namen auf der x-Achse sind die beimpften Genotypen-ID gruppiert pro (Sub) Bevölkerung (blau, 1960-1970; grün, 1970-1985; rot, > 1999). Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Locus | EIN | Größenbereich (bp) | Primer (5' - 3') | Farbstoff-label | Motiv zu wiederholen | TM | |
B008 | HQ234154 | 150 – 170 | F: TGGGATCACAACGTTACACAA | VIC | (TC) 9 | 56 | |
R: GCTGCTCGAGTCCTGAAATC | |||||||
B030 | HQ234160 | 154-172 | F: CCAGCACACAAAGACGAA | HAUSTIER | (GA) 11 | 56 | |
R: ACCATTTCTCTCCCCCAACT | |||||||
B045 | HQ234168 | 118 – 126 | F: GCTCATCATCCCTCTGCTTC | NED | (TG) 8 | 56 | |
R: ATAGTTTCAGCAACGCGTCA | |||||||
B050 | HQ234170 | 234-248 | F: TTTCAAAAATCGCTCCCATC | 6FAM | (GAA) 6 | 56 | |
R: TATGGCGTGGAATGTTTCAG | |||||||
B064 | HQ234172 | 135 – 151 | F: CTCCTTAGCAACCGAATCCA | 6FAM | (TC) 8 | 56 | |
R: CAAACGCGTTCGATTAAAGA | |||||||
B074 | HQ234174 | 196 – 204 | F: TCTTTCAGCGCACAATGAAT | NED | (GT) 9 | 56 | |
R: TGTGTTCCTTGTCAACTGTCG | |||||||
B096 | HQ234181 | 234-240 | F: GGATCTGGCAGGAAGTGGTA | VIC | (AC) 15 | 56 | |
R: TTGAACCACGTCGAGGATTT | |||||||
B107 | HQ234184 | 250 – 274 | F: GGGGTGAAGCATCAAAGAAA | HAUSTIER | (CT) 8 | 56 | |
R: TGTGACCAGGATAAGAGAAGAGG |
Tabelle 1: Mikrosatelliten Multiplex. Der NCBI Beitritt Anzahl (AN), die Multiplex-Informationen, die PCR-Primer-Sequenzen, die PCR Größenbereich, das wiederkehrende Motiv der Farbstoff verwendet, um die Beschriftung, die der forward Primer und die Anlasstemperatur (Tm) angezeigt werden.
Pop-Wachstumsrate (R) | DF | F | P | |
Evolution (Pop) | 2 | 30.309 | < 0,001 | |
Plastizität (Temp) | 1 | 531.546 | < 0,001 | |
Evol. Plastizität (Pop-X Temp) | 2 | 65.137 | < 0,001 | |
Sterblichkeit | DF | F | P | |
Evolution (Pop) | 2 | 2.234 | 0.1162 | |
Plastizität (Temp) | 1 | 2.679 | 0.1071 | |
Evol. Plastizität (Pop-X Temp) | 2 | 1.8657 | 0,164 | |
Fruchtbarkeit | DF | F | P | |
Evolution (Pop) | 2 | 1.8852 | 0.1633 | |
Plastizität (Temp) | 1 | 6.8934 | 0.0117 | |
Evol. Plastizität (Pop-X Temp) | 2 | 1.6511 | 0.203 | |
Größe am Ende der Laufzeit | DF | F | P | |
Evolution (Pop) | 2 | 0.211 | 0.8106 | |
Plastizität (Temp) | 1 | 11.1361 | 0.0017 | |
Evol. Plastizität (Pop-X Temp) | 2 | 0.6586 | 0.5225 | |
Alter am Ende der Laufzeit | DF | F | P | |
Evolution (Pop) | 2 | 0.7811 | 0.4637 | |
Plastizität (Temp) | 1 | 8.0764 | 0.0066 | |
Evol. Plastizität (Pop-X Temp) | 2 | 0,088 | 0.9159 |
Tabelle 2: Analyse der Varianz (ANOVA). Analyse der Varianz zu testen, ob Veränderungen in der Lebensgeschichte Züge und Bevölkerungswachstum der auferstandene (Teil-) Populationen zur Erwärmung ausgesetzt durch evolutionäre Anpassung (Populationen), Plastizität (Temperaturbehandlung), erklärt sind und ihre Wechselwirkungsterm (Entwicklung der Plastizität). Signifikanten p-Werten (p< 0,05) werden fett dargestellt.
Ergänzende Video 1: Probenahme von Sedimentkernen. Die Verwendung von einem Big Ben Corer wird angezeigt. Big Ben ist ein Kernrohr von ca. 1,5 m Länge mit einem internen Rohrdurchmesser von 14 cm. Es besteht aus einem Kolben auf einem Seil und einem Corer Kopf, auf die Stäbe befestigt sind, um das Rohr in das Sediment zu fahren. Eine Core-Catcher wird verwendet, um dem Kernrohr zu unterstützen, die von einem kleinen Schiff bereitgestellt wird. Der Kolben in das Sediment durch Gravitationsdruck nach unten gedrückt. Ein Rahmen wird verwendet, um dem Kernrohr zu unterstützen, während der Extrusion durchgeführt mit einem modifizierten Flasche Jack, der den Kolben nach oben drückt. Jedes Sedimentschicht gesammelt auf einer flachen Metalloberfläche und auf transparenten Probenahme Taschen für langfristige Lagerung übertragen [dunkel und kalt (4 ° C) Bedingungen]. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterladen.
Ergänzende Video 2: Sediment Siebung. Die notwendige Ausstattung für Siebung Sediment ist eine Präzisionswaage, weiße Probenahme Trays und geologischen Siebe. Aus jeder Sedimentschicht sind mindestens 5 g für die radiometrische Datierung beibehalten. Der Rest des Sediments wird verwendet, um Ephippien zu isolieren. Das Sediment wird durch zwei geologische Siebe, eins mit 1 mm und eine zweite mit 125 µm Maschenweite übereinander gestapelt gesiebt. Medium wird auf 1 mm-Sieb, Lehm, große Wirbellose und Feinstaub zu trennen gegossen. Medium auf das zweite Sieb mit 125 µm Maschenweite gegossen trennt D. Magna Ephippien und kleine Partikel. Aliquote von Sedimenten werden dann auf einem weißen Probenahme Tablett übertragen. D. Magna Ephippien sind von Auge in den weißen Hintergrund Fach entdeckt. Ephippien aus jeder Schicht werden in separaten Petrischalen gesammelt. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterladen.
Ergänzende Video 3: Delamination. Unter einem Stereomikroskop werden durch Druck auf die Wirbelsäule des Falles Chitin D. Magna Ephippien mit Mikrodissektion Zange geöffnet. Die innere Eihülle vorsichtig entfernt und Dauereier sanft mit einer Pasteurpipette auf einer Petrischale mit 10 mL Medium übertragen. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterladen.
Ergänzende Video 4: schraffieren. Nach Exposition gegenüber einer langen Photoperiode und 20 ° C wird die Entwicklung des Embryos zwischen 48 Stunden und Wochen fortgesetzt. Wenn die Entwicklung abgeschlossen ist, die Embryonen befreien von der Eierschale und frei schwimmen im Medium. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterladen.
Wegen der hohen Wärmeleitfähigkeit des Wassers sind Süßwasser-Ökosystemen34höheres Risiko von Verlust der biologischen Vielfalt als terrestrische Ökosysteme angesichts der globalen Erwärmung. Es ist daher entscheidend für die Reaktion der Schlüsselarten in diesen Ökosystemen zu verstehen und identifizieren Bewältigungsmechanismen um thermische Belastung zu überleben. Das Verständnis dieser Mechanismen auf Arten und gemeinschaftlichen Ebene kann helfen, vorherzusagen, wie Arten von der Erderwärmung betroffen sind und wie die Auswirkungen auf die einzelnen Arten zu anderen trophischen Ebenen Kaskaden. Letztlich, Verständnis der Mechanismen der Antworten auf die globale Erwärmung ermöglicht die Identifizierung von Sanierungsstrategien, Aussterben zu mildern.
Die hier vorgestellten Fallstudien zeigen, dass die Antwort von D. Magna zu Temperaturanstieg durchdringend durch Plastizität in Lebensgeschichte Eigenschaften vermittelt wird und Reaktion auf Temperaturerhöhung alleine nicht klar Fitnesskosten aufbürdet zumindest in der Bevölkerung studiert hier. Hohe Plastizität in Lebensgeschichte Eigenschaften wird durch nicht-signifikanten Unterschiede in der konkurrierenden Fähigkeiten der (Teil-) Populationen in Anwesenheit von Erwärmung unterstützt. Jedoch möglicherweise längerfristige Wettbewerb Experimente auf mehrere Populationen notwendig, diese Befunde zu verallgemeinern.
Auferstehung des ruhenden Phasen bietet eine noch nie da gewesenen Ressource um Mechanismen der Anpassung und Flugbahnen von einer Art Evolution durch Zeit10zu studieren. Zooplankton Arten profitieren von einer schnellen Generationszeit (ca. 2 Wochen) und die Lebensfähigkeit des ruhenden Phasen, wodurch ein Vorfahre, Headtohead gegen seine eigenen Nachkommen zu konkurrieren oder "Evolution, die aus verschiedenen vergangenen beginnt wiedergeben". Auferstehung Ökologie im Wesentlichen ermöglicht die Untersuchung, ob ein bestimmtes evolutionäres Ergebnis einige vorherige Ereignis abhängig ist. Die Identifizierung der genetischen Elemente der Evolution ist derzeit möglich in Laborversuchen mit Hilfe von Mikroorganismen für die "Erblinien" eingefroren und wieder zum Leben erweckt werden für eine vergleichende Analyse mit ihren weiterentwickelten Nachkomme6. Eine der wichtigsten Einschränkungen mit Labor Organismen zu arbeiten ist jedoch, dass "angestammten" einer bereits verschobene Basislinie ist. Das Studium der ruhenden Phase ermöglicht die Entnahme von Proben aus Zeit älter jedenfalls Stress (z.B., unberührten Umweltbedingungen) und evolutionäre Flugbahnen von ungestörte Umweltbedingungen in verschiedenen letzten Staaten zu messen bis zur Neuzeit. In den letzten Jahren hat die Untersuchung der DNA-Polymorphismus im auferstandenen oder noch ruhenden Zooplankton Stadien wichtige Einblicke in die vergangenen demographischen und adaptive Prozesse zur Verfügung gestellt, die das Erbgut der heutigen Bevölkerung14 beigetragen haben , 16 , 25 , 33 , 35 , 36. mit der höheren Verfügbarkeit von Hochdurchsatz-Sequenziertechnologien das Genom und Transkriptom des auferstandenen oder noch ruhenden Phasen sequenziert werden können und die Art und Anzahl der genetischen Veränderungen in sich entwickelnden Bevölkerungen über angesammelt die Zeit gemessen.
Die Auferstehung SOP hier vorgestellten hat wichtige Anwendungen im Bereich der Multi-Omics auf zwei Ebenen. Multi-Omics-Technologien können an auferstandenen Exemplare, erlaubt eine umfassende Analyse der molekularen Elemente beteiligt adaptive Antworten auf ökologische Selektionsdruck angewendet werden. Darüber hinaus können Omics-Technologien auf Decapsulated aber noch ruhenden Phasen angewendet werden. Bisher wurde die Anwendung von Hochdurchsatz-Sequenziertechnologien ruhen Etappen durch das Erfordernis einer großen Menge von input-Material begrenzt. Diese Einschränkungen werden aufgehoben37. Mit der Senkung Anforderungen für Vormaterial und Fortschritt in Nanofluidics, kompletten Genoms (WGS) ist nun möglich aus so wenig wie 1 ng oder ein paar Pg Material38zu starten. Die Nutzung des gesamten Genoms Verstärkung (WGA) und ganze Transkriptom Verstärkung (WTA) Techniken, so dass die Anreicherung von DNA und RNA von sehr geringen Mengen von Gewebe, hat Metagenomik39,40 und Medizin revolutioniert. Forschung,41. Diese Technologien für die Decapsulated ruhende Eiern ermöglichen die Überschreitung der Grenzen, die Lebensfähigkeit des ruhenden Phasen und die Untersuchung von längeren Zeiträumen (z.B. Jahrhunderte) zugeordnet.
Die Auferstehung der Wirbellosen Gemeinschaften produzieren ruhende Phasen ermöglicht die Ausrichtung der Gemeinschaft Geschichten mit bekannten Änderungen in den Naturlandschaften oder Veränderungen der Umwelt aus Analysen der Sedimente Orsoils2abgeleitet. Die Analyse der Gemeinschaft Veränderungen in Reaktion auf Veränderungen der Umwelt bietet uns die Möglichkeit zu quantifizieren Eco-evolutionäre Rückmeldungen42 , die erhebliche Auswirkungen auf Bevölkerung Beharrlichkeit43, trophische Interaktionen44 haben , Gemeinde Versammlung45und Veränderungen im Ökosystem Funktionen und Services46. Schließlich sind genaue Vorhersagen über biologische Reaktionen auf Veränderungen der Umwelt ausschlaggebend für den Schutz der Biodiversität47führen. Aktuelle prädiktiver Modelle sind in dieser Hinsicht ungenau, weil sie nicht ins Konto wichtige biologische Mechanismen wie Demografie, Zerstreuung, Evolution und Arten Interaktionen nehmen. Verstehen, wie diese Prozesse im Laufe der Zeit ändern und diese Informationen als eine vorherige Prognose Modellierung werden unsere Fähigkeit, Arten Vorhersagen verbessern und Persistenz der Gemeinschaft angesichts der ökologischen ändern2.
Die Anwendung der hier vorgestellten SOP ist nicht ohne Herausforderungen. Die größte Einschränkung der Wiederbelebung ruhender Stadien ist die Notwendigkeit von Spezialausrüstungen für die Probenahme. Darüber hinaus erfordert der gesamte Prozess von Sediment Siebung, Einrichtung von klonalen Kulturen erheblichen Arbeitsaufwand beträgt.
Einige der hier vorgestellten SOP-Schritte sind leicht übertragbar auf andere Daphnien -Arten. Diese sind: Probenahme, Einrichtung von klonalen Linien und experimentelles Design. Weitere Schritte der SOP können jedoch weitere Optimierung zugeschnitten auf die untersuchten Arten erforderlich. Delamination wird oft D. Magna Exemplare Schlupferfolg zu verbessern. Jedoch kann dieser Ansatz nicht für kleinere Exemplare geeignet. Schraffur Reize kann auch unter Art48 und unter Sicht Probe49variieren. Daher kann eine ad-hoc- Optimierung der Schraffur Schritte der SOP vor Anwendungen auf andere Krustentiere erforderlich sein. Während der Schlupferfolg der D. Magna Bevölkerung auferstanden aus See Ring (30,5 % über den sedimentären Archiv) im Einklang mit früheren Ergebnissen49ist, variiert je nach Schlupf Erfolg der Erhaltungszustand des Sediments, Gattung 50,51, und die geografische Herkunft der Sediment-48. Zukünftige Studien über die Mechanismen, die Einreise und das Fortschreiten durch die Phasen der Diapause regulieren ist erforderlich, um optimale Schlupf Reize zugeschnitten auf verschiedene Arten zu identifizieren.
Zu guter Letzt Hintergrundwissen für das Studiensystem, insbesondere die Arten von Interesse im Laufe der Zeit ratsam. Dies kann über historische Aufzeichnungen erreicht werden. Wenn historische Aufzeichnungen nicht verfügbar sind, empfiehlt Probenahme- und screening von Oberflächenschichten des Sediments See vor der Probennahme Kern, obwohl es nur über die jüngste Geschichte informieren kann.
Die Autoren haben nichts preisgeben
Diese Arbeit wurde durch die NERC Highlights Grant (NE/N016777/1) unterstützt. Ensis Ltd, wissenschaftliche Umweltdienstleistungen, Environmental Change Research Centre, University College London abgetastet und die Sedimentkern datiert.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
sampling bags | Fisher Scientific | 11542783 | Sampling bag revolve round wires closure system and safety tabs sterile polyethylene with writing area clear 89µm thickness 140mm x 229mm, 720mL Fisherbrand |
piston corer | ENSIS ltd | na | Long, heavy tube plunged into the sea, lake, pond floor to extract samples of mud sediment. Piston corers have a viariable diameter and are generally in PVC |
precision scale | Veritas-M124A | TLP-50 | Analytical Balance |
geological sieve | UKGE limited | SV7521 | 200 mm diameter geological sieve - 1 mm mesh |
geological sieve | UKGE limited | SV7525 | 200 mm diameter geological sieve - 0.125 mm mesh |
white sampling tray | nhbs | http://www.nhbs.com/title/view/159614?ad_id=1509 | Standard mulipurpose lab trays |
pasteur pipette | Globe Scientific inc. | 138020B | Transfer Pipet, 1.7mL, General Purpose, 87mm, Bulb Draw - 0.9mL |
stereo microscope | nikon | smz800 | Microscope with magnification range 1x -8x linked to a camera control unit |
petri dish | EduLab | 153-533 | Sterile 90mm diameter plastic petri dish |
glass jars | compak | Round Jam Jars 4oz | 100 mL jars |
glass jars | compak | Atum Jars/ Bonta Jar 10oz | 200 mL jars |
glass jars | bottlecompanysouth | 500ml Food Jam Jar With Twist Off Lid | 500 mL jars |
statistical software R | https://cran.r-project.org/ | na | Free online GNU language and environment for statistical computing and graphics |
microdissection forceps | Fisher Scientific | 41122405 | Fine point stainless steel forceps for microdissections |
image software | https://imagej.nih.gov/ij/index.html | na | Open source ImageJ image processing toolkit written in Java |
mesocosm | amazon | na | Nobby Fauna-Box III, 41 x 23 x 29 cm, 20.0 Liter |
mirocentrifuge tubes | Sigma_Aldrick - Merck | Z606340 | premium microcentrifuge tubes 1.5 mL |
AGENCOURT DNAdvance | Beckman Coulter | A48705 | DNA extraction kit |
size standard | Thermo Fisher Scientific | 4322682 | LIZ500 - Size standard compatible with ABI sequencers |
ABI3032 sequencer | ABI | na | Sequencer used to perform fragment analysis or sanger sequencing |
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