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Method Article
El análisis de seguimiento de nanopartículas (NTA) es un método ampliamente utilizado para caracterizar vesículas extracelulares. Este artículo destaca los parámetros y controles experimentales de NTA, además de un método uniforme de análisis y caracterización de muestras y diluyentes necesarios para complementar las pautas propuestas por MISEV2018 y EV-TRACK para la reproducibilidad entre laboratorios.
El análisis de seguimiento de nanopartículas (NTA) ha sido uno de los varios métodos de caracterización utilizados para la investigación de vesículas extracelulares (EV) desde 2006. Muchos consideran que los instrumentos NTA y sus paquetes de software se pueden utilizar fácilmente después de una capacitación mínima y que la calibración del tamaño es factible internamente. Como tanto la adquisición de NTA como el análisis de software constituyen la caracterización de EV, se abordan en Información mínima para estudios de vesículas extracelulares 2018 (MISEV2018). Además, han sido monitoreados por Transparent Reporting y Centralizing Knowledge in Extracellular Vesicle Research (EV-TRACK) para mejorar la robustez de los experimentos ev (por ejemplo, minimizar la variación experimental debido a factores no controlados).
A pesar de los esfuerzos para fomentar el informe de métodos y controles, muchos trabajos de investigación publicados no informan los entornos críticos necesarios para reproducir las observaciones originales de NTA. Pocos artículos informan de la caracterización NTA de controles o diluyentes negativos, asumiendo evidentemente que los productos disponibles comercialmente, como la solución salina tamponada con fosfato o el agua destilada ultrapura, están libres de partículas. Del mismo modo, los controles positivos o los estándares de tamaño rara vez son reportados por los investigadores para verificar el tamaño de las partículas. La ecuación de Stokes-Einstein incorpora variables de viscosidad y temperatura de la muestra para determinar el desplazamiento de partículas. Informar de la temperatura estable de la cámara láser durante toda la recolección de video de muestra es, por lo tanto, una medida de control esencial para una replicación precisa. La filtración de muestras o diluyentes tampoco se informa rutinariamente, y si es así, rara vez se incluyen los detalles del filtro (fabricante, material de membrana, tamaño de poro) y las condiciones de almacenamiento. Los estándares mínimos de detalle experimental aceptable de la Sociedad Internacional de Vesículas Extracelulares (ISEV) deben incluir un protocolo NTA bien documentado para la caracterización de EV. El siguiente experimento proporciona evidencia de que el investigador individual debe establecer un protocolo de análisis NTA e incluirlo en los métodos de publicaciones que utilizan la caracterización NTA como una de las opciones para cumplir con los requisitos MISEV2018 para la caracterización de una sola vesícula.
El análisis preciso y repetible de vehículos eléctricos y otras partículas a escala nanométrica presenta numerosos desafíos en toda la investigación y la industria. La replicación de la investigación ev ha sido difícil, en parte, debido a la falta de uniformidad en el informe de los parámetros necesarios asociados con la recopilación de datos. Para abordar estas deficiencias, el ISEV propuso pautas de la industria como un conjunto mínimo de estándares bioquímicos, biofísicos y funcionales para los investigadores de vehículos eléctricos y los publicó como una declaración de posición, comúnmente conocida como MISEV20141. El ritmo acelerado de la investigación de vehículos eléctricos requirió una guía actualizada, y la "MISEV2018: una declaración de posición del ISEV" amplió las directrices MISEV20142. El documento MISEV2018 incluyó tablas, esquemas de protocolos sugeridos y pasos a seguir para documentar la caracterización específica asociada a EV. Como medida adicional para facilitar la interpretación y replicación de los experimentos, EV-TRACK se desarrolló como una base de conocimientos de crowdsourcing (http://evtrack.org) para permitir informes más transparentes de la biología de ev y la metodología utilizada para los resultados publicados3. A pesar de estas recomendaciones para la presentación de informes estandarizados de métodos, el campo continúa sufriendo con respecto a la replicación y confirmación de los resultados publicados.
Encajando con el esfuerzo de los Institutos Nacionales de Salud y la Fundación Nacional de Ciencias por las herramientas de evaluación de la calidad, este documento sugiere que ISEV requiere informes estandarizados de métodos y detalles para que las herramientas de evaluación de datos puedan aplicarse con el objetivo de replicar los resultados entre laboratorios. El informe de las fuentes celulares, los procedimientos de cultivo celular y los métodos de aislamiento de EV son factores importantes para definir las cualidades de la población de EV. Entre los instrumentos de NTA, factores como la configuración de detección, el índice de refracción del fluido portador, las poblaciones de partículas heterogéneas que contribuyen a la polidispersidad, la falta de requisitos de informes estandarizados y la ausencia de resultados de medición intra e interobservadores hacen que la comparación de NTA entre laboratorios sea difícil o imposible.
En uso desde 2006, NTA es un método popular para la determinación del tamaño y la concentración de nanopartículas que actualmente es utilizado por aproximadamente el 80% de los investigadores de EV4. Las Directrices MISEV2018 requieren dos formas de análisis de una sola vesícula, de las cuales NTA es una de las opciones populares. NTA sigue siendo de uso común para la caracterización de EV debido a su amplia accesibilidad, bajo costo por muestra y su teoría fundacional directa (la ecuación de Stokes-Einstein). La evaluación de EV por NTA genera una distribución del tamaño de partícula y una estimación de concentración utilizando la dispersión de luz láser y el análisis de movimiento browniano, con el límite inferior de detección determinado por el índice de refracción del EV. Cuando se utiliza una muestra de fluido de viscosidad y temperatura conocidas, se rastrean las trayectorias de los evs para determinar su desplazamiento cuadrático medio en dos dimensiones. Esto permite calcular el coeficiente de difusión de partículas y convertirlo en un diámetro hidrodinámico equivalente a una esfera mediante una ecuación de Stokes-Einstein modificada 5,6,7. El análisis de partícula a partícula de NTA tiene menos interferencia por aglomerados o partículas más grandes en una población heterogénea de EV que otros métodos de caracterización7. Mientras que unas pocas partículas más grandes tienen un impacto mínimo en la precisión del tamaño, la presencia de cantidades incluso diminutas de partículas grandes y de alta dispersión de la luz da como resultado una reducción notable en la detección de partículas más pequeñas debido a la reducción de la detección y el seguimiento de EVpor software 8. Como técnica de medición, generalmente se considera que el NTA no está sesgado hacia partículas más grandes o agregados de partículas, pero puede resolver poblaciones de múltiples tamaños a través del análisis de partículas individuales9. Debido al uso de la dispersión de la luz por partículas, una de las limitaciones del análisis NTA es que cualquier partícula como polvo, plástico o polvo con atributos de refracción y tamaño similares en comparación con los EV no se puede diferenciar de los EV reales por este método de caracterización.
El NanoSight LM10 (analizador de tamaño de nanopartículas) y LM14 (módulo láser) se han vendido desde 2006, y aunque se han desarrollado modelos más nuevos de este instrumento, este modelo en particular se encuentra en muchas instalaciones centrales y se considera un caballo de batalla confiable. Se necesita capacitación para optimizar adecuadamente la configuración de NTA para mediciones de alta resolución de tamaño y concentración. Los dos ajustes importantes necesarios para una grabación de vídeo óptima son (1) el nivel de la cámara y (2) el umbral de detección. Estos deben ser establecidos por el operador en función de las características de la muestra. Una de las principales limitaciones del análisis NTA es la recomendación de concentraciones de muestra entre 107 y 109 partículas/ml, para lograr esta dilución de la muestra puede ser necesaria10. Las soluciones utilizadas para la dilución, como la solución salina tamponada con fosfato, la solución salina de 0,15 M o el agua ultrapura, rara vez están libres de partículas de menos de 220 μm de tamaño, lo que puede afectar las mediciones de NTA. La caracterización NTA de las soluciones utilizadas para la dilución debe realizarse al mismo nivel de cámara y umbral de detección que las muestras de nanopartículas que se están analizando. El tamaño y la concentración de nanopartículas presentes en los diluyentes utilizados para las diluciones de muestras de EV rara vez se incluyen en publicaciones que involucran el análisis NTA de EV.
Este protocolo utiliza el análisis NTA de liposomas sintéticos similares a EV evaluados utilizando niveles de cámara seleccionados, umbrales de detección y filtrado mecánico de las muestras para analizar los efectos sistemáticos del nivel de la cámara, el umbral de detección o la filtración de muestras en el conjunto de datos NTA. Los liposomas se sintetizaron como se describe en el Archivo Suplementario S1. Los liposomas sintéticos se utilizaron en este experimento debido a su uniformidad de tamaño, características físicas y estabilidad en el almacenamiento a 4 ° C. Aunque se podrían haber utilizado muestras reales de EV, la heterogenicidad y estabilidad de los EV durante el almacenamiento pueden haber complicado este estudio y su interpretación. Las similitudes en los informes de NTA de (A) liposomas y (B) EV indican que los efectos sistemáticos revelados para los liposomas en este documento probablemente también se aplicarán a la caracterización de EV (Figura 1). Juntos, estos hallazgos respaldan la noción de que el informe completo de la configuración crítica del software y la descripción del procesamiento de muestras, como el diluyente, la dilución y la filtración, afectan la reproducibilidad de los datos de NTA.
El propósito de este trabajo es demostrar que la variación de los ajustes de NTA (temperatura, nivel de cámara y umbral de detección) y la preparación de la muestra cambia los resultados recogidos: se obtuvieron diferencias sistemáticas y significativas en tamaño y concentración. Como NTA es una de las opciones populares para cumplir con la especificación de caracterización MISEV2018, estos resultados demuestran la importancia de informar la preparación de muestras y la configuración de NTA para garantizar la reproducibilidad.
Figura 1: Informes representativos de NTA para comparar liposomas con EV. (A) Liposomas: muestra sin filtrar caracterizada en NTA el 12 de marzo de 2020. (B) EV: muestra sin filtrar caracterizada en NTA el 26 de agosto de 2021. Abreviaturas: NTA = Análisis de seguimiento de nanopartículas; EV = vesículas extracelulares. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
1. Directrices generales del protocolo
2. Preparación de estándares de calibración de tamaño de 50 nm y 100 nm
NOTA: Consulte la Tabla de materiales.
3. Limpieza y montaje del módulo láser
4. Procedimiento de lavado para el módulo láser antes y entre muestras
5. Colocación del módulo láser en la etapa del microscopio
Figura 2: Guía de alineación de enfoque del módulo láser. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
6. Enfoque y posicionamiento del módulo láser
NOTA: Esto debe realizarse con líquido en la cámara.
7. Carga de estándares/muestras/diluyente en el módulo láser para el análisis NTA
8. Validación de la calibración
NOTA: Se recomienda validar la calibración del módulo utilizando estándares de tamaño (ver sección 2) antes del análisis de la muestra. La validación de rutina es necesaria para garantizar mediciones precisas. En un laboratorio multiusuario, los ajustes individuales del usuario de los ajustes de configuración del software pueden causar inadvertidamente una recopilación de datos inexacta. Para la recopilación de datos críticos, la validación diaria es una cuestión de buenas prácticas de laboratorio. La reproducibilidad diaria de la validación debe incluirse en los resultados informados. Normalmente, la calibración es establecida por el técnico y no es ajustable por el usuario individual a menos que el usuario tenga acceso de administrador. Esto evita la reconfiguración no autorizada por parte de usuarios individuales.
9. Optimización de la concentración de la muestra para NTA
NOTA: La pantalla debe contener entre 50 y 100 partículas medibles cuando el nivel de la cámara y la concentración de la muestra se ajustan correctamente. Si hay alguna pregunta sobre si una muestra tiene un número de partícula apropiado, se puede ejecutar una medición rápida en la muestra en este punto (consulte los pasos 9.1 a 9.7). Se utiliza para evaluar las características de la muestra rápidamente antes de capturas de video más largas. La pestaña Medición rápida se encuentra dentro de la pestaña SOP en el cuadro central inferior.
10. Ejemplo de NTA
NOTA: La ficha Medición estándar se encuentra dentro de la ficha SOP en el cuadro central inferior y se utiliza para el análisis rutinario de muestras (consulte los pasos 10.1 a 10.12).
11. Nuevo análisis de la muestra actual en diferentes umbrales de detección
NOTA: Inmediatamente después del análisis NTA (paso 10), los datos se pueden volver a analizar utilizando diferentes configuraciones de umbral de detección. Sin embargo, el nivel de cámara no se puede modificar después de la captura.
12. Análisis de archivos archivados
NOTA: Si no se han guardado experimentos analizados previamente o si es necesario realizar análisis adicionales en estas muestras, los archivos individuales se pueden volver a cargar en el software NTA para evaluaciones adicionales del umbral de detección . Los cambios en el nivel de la cámara no se pueden modificar después de la captura.
13. Limpieza y desmontaje del módulo láser
14. Protocolo de análisis de muestras
15. Análisis estadístico de los resultados de la NTA
La Tabla 1 contiene los resultados de los videos NTA para las muestras de liposomas (18 filtradas y 18 sin filtrar) y un diluyente DPBS representativo. Las comparaciones entre los dos grupos se completaron independientemente del nivel de la cámara o el umbral de detección en este documento. Las muestras filtradas tenían un diámetro medio de partículas de 108,5 nm, un modo de partículas de 86,2 nm y una concentración de 7,4 × 108 partículas/ml. Por el contrario, las muestras sin filtra...
Existen varios métodos disponibles para estimar el tamaño y la concentración de nanopartículas11. Estos incluyen métodos de conjunto que generan una estimación del tamaño de una población, incluida la dispersión dinámica de la luz (DLS), la sedimentación centrífuga y el análisis a nivel de partícula única: microscopía electrónica, NTA, microscopía de fuerza atómica y detección de pulso resistivo sintonizable. De estos, DLS y NTA son métodos de medición de tamaño y concentrac...
Ninguno de los autores tiene conflictos de intereses.
El trabajo fue apoyado por el estado de Kansas al Instituto del Medio Oeste para la Biología Comparada de Células Madre (MICSCB), el Centro de Investigación del Cáncer Johnson a MLW y NIH R21AG066488 a LKC. OLS recibió el apoyo gra del MICSCB. Los autores agradecen al Dr. Santosh Aryal por proporcionar los liposomas utilizados en este proyecto y a los miembros de los laboratorios Weiss y Christenson por conversaciones y comentarios útiles. Se agradece al Dr. Hong He por su apoyo técnico. MLW agradece a Betti Goren Weiss por su apoyo y consejo.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Automatic Pipetter | |||
Centrifuge Tubes, Conical, Nunc 15 mL | Thermo Sci. | 339650 | |
Kimwipes | |||
Lens Cleaner | |||
Lens Paper | |||
NanoSight LM-10 | Malvern Panalytical | ||
NanoSight LM-14 Laser Module | Malvern Panalytical | ||
Nanosight NTA Software Ver. 3.2 | Malvern Panalytical | ||
Paper Towels | |||
Pipette Tips, 1-200 µL, Filtered, Sterile, Low Binding | BioExpress | P -3243-200X | |
Pipette Tips, 50-1,000 µL, Filtered, Sterile | BioExpress | P-3243-1250 | |
Saline, Dulbecco's Phosphate Buffered (No Ca or Mg) | Gibco | 14190-144 | |
Standards, Latex Transfer- 100 nm (3 mL) | Malvern | NTA4088 | |
Standards, Latex Transfer- 50 nm (3 mL) | Malvern | NTA4087 | |
Syringe Filter, 33 mm, .22 µm, MCE, Sterile | Fisher brand | 09-720-004 | |
Syringe, TB, 1 mL, slip tip | Becton Dickinson | 309659 | |
Waste fluid container |
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