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Method Article
A análise de rastreamento de nanopartículas (NTA) é um método amplamente utilizado para caracterizar vesículas extracelulares. Este artigo destaca parâmetros e controles experimentais da NTA, além de um método uniforme de análise e caracterização de amostras e diluentes necessários para complementar as diretrizes propostas pelo MISEV2018 e EV-TRACK para reprodutibilidade entre laboratórios.
A análise de rastreamento de nanopartículas (NTA) tem sido um dos vários métodos de caracterização utilizados para pesquisas de vesícula extracelular (EV) desde 2006. Muitos consideram que os instrumentos NTA e seus pacotes de software podem ser facilmente utilizados após o treinamento mínimo e que a calibração de tamanho é viável internamente. Como tanto a aquisição da NTA quanto a análise de software constituem caracterização de EV, elas são abordadas em Informações Mínimas para Estudos de Vesículas Extracelulares 2018 (MISEV2018). Além disso, eles têm sido monitorados por Relatórios Transparentes e Centralização do Conhecimento em Pesquisa De Vesícula Extracelular (EV-TRACK) para melhorar a robustez dos experimentos de EV (por exemplo, minimizar a variação experimental devido a fatores descontrolados).
Apesar dos esforços para incentivar a notificação de métodos e controles, muitos artigos de pesquisa publicados não relatam as configurações críticas necessárias para reproduzir as observações originais da NTA. Poucos artigos relatam a caracterização da NTA de controles negativos ou diluentes, evidentemente assumindo que produtos disponíveis comercialmente, como soro fisiológico tamponado com fosfato ou água destilada ultrapura, são livres de partículas. Da mesma forma, controles positivos ou padrões de tamanho raramente são relatados pelos pesquisadores para verificar o dimensionamento de partículas. A equação de Stokes-Einstein incorpora variáveis de viscosidade e temperatura para determinar o deslocamento de partículas. Relatar a temperatura estável da câmara de laser durante toda a coleção de vídeo da amostra é, portanto, uma medida de controle essencial para uma replicação precisa. A filtragem de amostras ou diluentes também não é relatada rotineiramente e, se for o caso, as especificidades do filtro (fabricante, material de membrana, tamanho dos poros) e condições de armazenamento raramente são incluídas. Os padrões mínimos de detalhes experimentais aceitáveis da Sociedade Internacional para Vesícula Extracelular (ISEV) devem incluir um protocolo NTA bem documentado para a caracterização de EVs. O experimento a seguir fornece evidências de que um protocolo de análise NTA precisa ser estabelecido pelo pesquisador individual e incluído nos métodos de publicações que utilizam a caracterização do NTA como uma das opções para cumprir os requisitos MISEV2018 para caracterização de vesícula única.
A análise precisa e repetível de EVs e outras partículas em escala de nanômetros apresenta inúmeros desafios em toda a pesquisa e indústria. A replicação da pesquisa de EV tem sido difícil, em parte, devido à falta de uniformidade na comunicação dos parâmetros necessários associados à coleta de dados. Para suprir essas deficiências, o ISEV propôs diretrizes do setor como um conjunto mínimo de padrões bioquímicos, biofísicos e funcionais para pesquisadores de EV e publicou-as como uma declaração de posição, comumente referida como MISEV20141. O ritmo acelerado da pesquisa de EV exigiu uma diretriz atualizada, e o "MISEV2018: uma declaração de posição do ISEV" expandiu as diretrizes do MISEV20142. O artigo do MISEV2018 incluiu tabelas, contornos de protocolos sugeridos e passos a seguir para documentar a caracterização específica associada ao EV. Como mais uma medida para facilitar a interpretação e a replicação de experimentos, o EV-TRACK foi desenvolvido como uma base de conhecimento de fonte de multidões (http://evtrack.org) para permitir um relato mais transparente da biologia EV e da metodologia utilizada para os resultados publicados3. Apesar dessas recomendações para relatórios padronizados de métodos, o campo continua sofrendo com a replicação e confirmação dos resultados publicados.
Encaixando-se com o esforço dos Institutos Nacionais de Saúde e da Fundação Nacional de Ciência para ferramentas de avaliação da qualidade, este artigo sugere que o ISEV requer relatórios padronizados de métodos e detalhes para que as ferramentas de avaliação de dados possam ser aplicadas com o objetivo de replicar resultados entre laboratórios. Reportar fontes celulares, procedimentos de cultura celular e métodos de isolamento de EV são fatores importantes para definir as qualidades da população de EV. Entre os instrumentos da NTA, fatores como configurações de detecção, índice refrativo de fluido portador, populações de partículas heterogêneas contribuindo para a polidispersidade, falta de requisitos padronizados de notificação e resultados de medição intra e inter-observadores tornam a comparação da NTA entre laboratórios difícil ou impossível.
Em uso desde 2006, o NTA é um método popular para o tamanho das nanopartículas e determinação de concentração que atualmente é usado por aproximadamente 80% dos pesquisadores de EV4. As Diretrizes MISEV2018 exigem duas formas de análise de vesícula única, das quais a NTA é uma das opções populares. A NTA continua a ser usada em comum para caracterização de EV devido à sua ampla acessibilidade, baixo custo por amostra e sua teoria fundadora direta (a equação de Stokes-Einstein). A avaliação do EV pela NTA gera uma estimativa de distribuição e concentração de tamanho de partículas utilizando dispersão de luz laser e análise de movimento browniano, com o menor limite de detecção determinado pelo índice de refração do EV. Ao usar uma amostra fluida de viscosidade e temperatura conhecidas, as trajetórias dos EVs são rastreadas para determinar seu deslocamento médio-quadrado em duas dimensões. Isso permite que o coeficiente de difusão de partículas seja calculado e convertido em um diâmetro hidrodinâmico equivalente à esfera por uma equação modificada de Stokes-Einstein 5,6,7. A análise de partículas-partículas da NTA tem menos interferência por aglomerados ou partículas maiores em uma população heterogênea de EVs do que outros métodos de caracterização7. Embora algumas partículas maiores tenham um impacto mínimo na precisão do dimensionamento, a presença de quantidades minúsculas de partículas grandes e de dispersão de luz resulta em uma notável redução na detecção de partículas menores devido à redução da detecção e rastreamento de EV de softwarereduzido. Como técnica de medição, a NTA é geralmente considerada não tendenciosa em relação a partículas maiores ou agregados de partículas, mas pode resolver populações de múltiplos tamanhos através da análise individual de partículas9. Devido ao uso de dispersão de luz por partículas, uma das limitações da análise NTA é que qualquer particulado como poeira, plástico ou pó com atributos de refração e tamanho semelhantes em comparação com EVs não pode ser diferenciado dos EVs reais por este método de caracterização.
O NanoSight LM10 (analisador de tamanho de nanopartículas) e O LM14 (módulo laser) foram vendidos desde 2006, e embora modelos mais recentes deste instrumento tenham sido desenvolvidos, este modelo em particular é encontrado em muitas instalações principais e é considerado um cavalo de trabalho confiável. O treinamento é necessário para otimizar adequadamente as configurações nta para medições de alto nível de tamanho e concentração. As duas configurações importantes necessárias para gravações de vídeo ideais são (1) o nível da câmera e (2) o limiar de detecção. Estes devem ser definidos pelo operador com base nas características da amostra. Uma das principais restrições da análise da NTA é a recomendação de concentrações amostrais entre 107 e 109 partículas/mL, para alcançar esta diluição amostral pode ser necessária10. Soluções utilizadas para diluição, como soro fisiológico tamponado de fosfato, soro fisiológico de 0,15 M ou água ultrauso, raramente são livres de partículas com menos de 220 μm de tamanho, o que pode afetar as medições da NTA. A caracterização nta das soluções utilizadas para diluição deve ser realizada no mesmo nível de câmera e limiar de detecção das amostras de nanopartículas que estão sendo analisadas. O tamanho e a concentração de nanopartículas presentes em diluentes utilizados para diluições de amostras de EV raramente são incluídos em publicações envolvendo análises de EVs.
Este protocolo utiliza a análise NTA de lipossomos sintéticos semelhantes ao EV avaliados usando níveis de câmera selecionados, limiares de detecção e filtragem mecânica das amostras para analisar os efeitos sistemáticos do nível da câmera, limiar de detecção ou filtragem de amostras no conjunto de dados NTA. Lipossomos foram sintetizados como descrito no Arquivo Suplementar S1. Lipossomos sintéticos foram utilizados neste experimento devido à sua uniformidade de tamanho, características físicas e estabilidade no armazenamento a 4 °C. Embora amostras reais de EVs pudessem ter sido usadas, a heterogenicidade e estabilidade dos EVs durante o armazenamento podem ter complicado este estudo e sua interpretação. As semelhanças nos relatórios NTA de (A) lipossomos e (B) EVs indicam que os efeitos sistemáticos revelados para lipossomos neste artigo provavelmente também se aplicarão à caracterização de EV (Figura 1). Juntos, esses achados apoiam a noção de que o relato completo de configurações críticas de software e a descrição do processamento de amostras, como diluente, diluição e filtração, impactam na reprodutibilidade dos dados da NTA.
O objetivo deste artigo é demonstrar que foram obtidas as configurações nta variando (temperatura, nível de câmera e limiar de detecção) e mudanças na preparação da amostra dos resultados coletados: foram obtidas diferenças sistemáticas e significativas de tamanho e concentração. Como a NTA é uma das opções populares para cumprir a especificação de caracterização MISEV2018, esses resultados demonstram a importância de relatar a preparação da amostra e as configurações da NTA para garantir a reprodutibilidade.
Figura 1: Representante NTA relata comparar lipossomos com EVs. (A) Lipossomos: amostra não filtrada caracterizada na NTA em 12 de março de 2020. (B) EVs: amostra não filtrada caracterizada na NTA em 26 de agosto de 2021. Abreviaturas: NTA = Análise de rastreamento de nanopartículas; EVs = vesículas extracelulares. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
1. Diretrizes gerais do protocolo
2. Preparação de padrões de calibração de tamanho de 50 nm e 100 nm
NOTA: Veja a Tabela de Materiais.
3. Limpeza e montagem do módulo laser
4. Procedimento de descarga para o módulo laser antes e entre as amostras
5. Colocação do módulo laser no estágio do microscópio
Figura 2: Guia de alinhamento de foco do módulo laser. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
6. Foco e posicionamento do módulo laser
NOTA: Deve ser realizado com fluido na câmara.
7. Padrões de carregamento/amostras/diluídos no módulo laser para análise de NTA
8. Validação da calibração
NOTA: Recomenda-se validar a calibração do módulo usando padrões de tamanho (ver seção 2) antes da análise da amostra. A validação de rotina é necessária para garantir medições precisas. Em um laboratório multiusuário, ajustes individuais do usuário das configurações de configuração de software podem inadvertidamente causar coleta de dados imprecisas. Para a coleta crítica de dados, a validação diária é uma questão de boa prática laboratorial. A reprodutibilidade diária da validação precisa ser incluída nos resultados relatados. Normalmente, a calibração é definida pelo técnico e não é ajustável pelo usuário individual, a menos que o usuário tenha acesso ao administrador. Isso evita a reconfiguração não autorizada por usuários individuais.
9. Otimização da concentração amostral para NTA
NOTA: A tela deve conter entre 50 e 100 partículas mensuráveis quando o nível da câmera e a concentração da amostra forem ajustados corretamente. Se houver alguma dúvida sobre se uma amostra tem um número de partícula apropriado, uma Medição Rápida pode ser executada na amostra neste momento (ver etapas 9.1 a 9.7). É usado para avaliar as características da amostra rapidamente antes de capturas de vídeo mais longas. A guia Medição Rápida é encontrada dentro da guia SOP na caixa inferior do meio.
10. Amostra NTA
NOTA: A guia de medição padrão está dentro da guia SOP na caixa inferior do meio e é usada para análise de amostra de rotina (ver etapas 10.1 a 10.12).
11. Re-análise da amostra atual em diferentes limiares de detecção
NOTA: Imediatamente após a análise do NTA (etapa 10), os dados podem ser reanalisados usando diferentes configurações de limiar de detecção. No entanto, o nível da câmera não pode ser modificado após a captura.
12. Análise de arquivos arquivados
NOTA: Se os experimentos previamente analisados não tiverem sido salvos ou uma análise adicional for feita nessas amostras, os arquivos individuais podem ser recarregados no software NTA para avaliações adicionais do Limite de Detecção . As alterações do nível da câmera não podem ser modificadas após a captura.
13. Limpeza e desmontagem do módulo laser
14. Protocolo de análise de amostras
15. Análise estatística dos resultados da NTA
A Tabela 1 contém os resultados dos vídeos NTA para as amostras de lipossomo (18 filtrados e 18 não filtrados) e um representante do DPBS diluente. As comparações entre os dois grupos foram concluídas independentemente do nível da câmera ou do limiar de detecção neste artigo. As amostras filtradas apresentaram diâmetro médio de partículas de 108,5 nm, um modo de partícula de 86,2 nm e uma concentração de 7,4 × 108 partículas/mL. Em contraste, as amostras não filtradas aprese...
Existem vários métodos disponíveis para estimar o tamanho e concentração das nanopartículas11. Estes incluem métodos de conjunto que geram uma estimativa de tamanho de uma população, incluindo dispersão dinâmica de luz (DLS), sedimentação centrífuga e microscopia de nível de partícula única, NTA, microscopia de força atômica e sensoriamento de pulso resistivo tíclico. Destes, DLS e NTA são amplamente utilizados, tamanho não destrutivo e métodos de medição de concentração...
Nenhum dos autores tem conflitos de interesse.
O trabalho foi apoiado pelo estado do Kansas para o Midwest Institute for Comparative Stem Cell Biology (MICSCB), o Johnson Cancer Research Center to MLW e NIH R21AG06488 para LKC. O OLS recebeu suporte gra do MICSCB. Os autores agradecem ao Dr. Santosh Aryal por fornecer os lipossomos utilizados neste projeto e aos membros dos laboratórios Weiss e Christenson por conversas úteis e feedback. Hong Ele é grato pelo apoio técnico. MLW agradece Betti Goren Weiss por seu apoio e conselho.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Automatic Pipetter | |||
Centrifuge Tubes, Conical, Nunc 15 mL | Thermo Sci. | 339650 | |
Kimwipes | |||
Lens Cleaner | |||
Lens Paper | |||
NanoSight LM-10 | Malvern Panalytical | ||
NanoSight LM-14 Laser Module | Malvern Panalytical | ||
Nanosight NTA Software Ver. 3.2 | Malvern Panalytical | ||
Paper Towels | |||
Pipette Tips, 1-200 µL, Filtered, Sterile, Low Binding | BioExpress | P -3243-200X | |
Pipette Tips, 50-1,000 µL, Filtered, Sterile | BioExpress | P-3243-1250 | |
Saline, Dulbecco's Phosphate Buffered (No Ca or Mg) | Gibco | 14190-144 | |
Standards, Latex Transfer- 100 nm (3 mL) | Malvern | NTA4088 | |
Standards, Latex Transfer- 50 nm (3 mL) | Malvern | NTA4087 | |
Syringe Filter, 33 mm, .22 µm, MCE, Sterile | Fisher brand | 09-720-004 | |
Syringe, TB, 1 mL, slip tip | Becton Dickinson | 309659 | |
Waste fluid container |
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