Un flujo de trabajo integrado para estudiar la arquitectura del genoma espacio-temporal centrada en el promotor en poblaciones celulares escasas

Con liCHi-C, la pregunta principal que estamos tratando de responder es cómo interactúa la cromatina en el núcleo y, por lo tanto, comprender una nueva capa de regulación génica. Hemos demostrado con liCHi-C que podemos explorar la organización del genoma de una muestra dada, vincular la mutación no codificante asociada con la enfermedad con genes potenciales afectados y detectar reordenamientos cromosómicos, como la translocación, por ejemplo, en muestras tumorales. Ahora podemos explorar la organización de la cromatina 3D de los tipos de células cicatriciales, como las células madre primarias o las muestras clínicas relevantes.

Nuestro protocolo reduce los materiales de entrada y el tiempo y el costo necesarios para obtener datos de calidad para explorar la organización del genoma a la resolución del fragmento de restricción. liCHi-C está ampliando el alcance del campo de la organización de la cromatina 3D, lo que nos permite explorar nuevos tipos de células que antes eran imposibles de analizar. Gracias a liCHi-C, la comunidad científica puede explorar la regulación especial de la expresión génica.

Por ejemplo, en la transformación maligna solo en una subpoblación clonal específica dentro de un tumor.