Damos las gracias a los miembros del laboratorio O&#39;Halloran para comentarios sobre el manuscrito. Damos las gracias a El Departamento de la Universidad George Washington de Ciencias Biológicas y Columbian Facultad de Artes y Ciencias de la financiación para D. O&#39;Halloran.

1. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST): Interfaz de línea <ol><li> Haga clic en este enlace para visitar el BLAST 1 servidor web en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (Figura 1). </li><li> Introduzca una secuencia de texto con formato FASTA (véase la figura 2, por ejemplo) en el cuadro de consulta. </li><li> Haga clic en el programa BLAST apropiado y base de datos pertinente o especies individuales de interés para usar en la búsqueda y haga clic en &quot;BLAST&quot;. Nota: secuencia FASTA formato comienza con una línea de descripción se indica por un signo &quot;&gt;&quot;. La descripción debe seguir inmediatamente después del signo &quot;&gt;&quot;, la secuencia (es decir. Nucleótidos o aminoácidos) seguir la descripción que figura en la siguiente línea. La salida de la explosión de búsqueda se ve como HTML, texto plano, XML, o golpear tables (de texto o csv) con el ajuste predeterminado a HTML (Figura 3). </li></ol> 2. Basic Local Alignment Search Tool (BLAST): Ejecutables locales <ol><li> Descargue las últimas BLAST de línea de comandos ejecutables BLAST desde este enlace: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li> em&gt; Para los usuarios de PC: haga doble clic en el último archivo win32.exe explosión y aceptar el acuerdo de licencia y haga clic en instalar. Nota: El directorio de instalación por defecto es C: NCBI-BLAST-2.2.27 +. </li><li> Configure la variable de entorno PC como sigue: <ol><li> Haga clic en el PC botón &quot;Inicio&quot; y haga clic derecho en &quot;Equipo&quot;, </li><li> Haga clic en &quot;Propiedades&quot; y en la ventana emergente, haga clic en la pestaña &quot;avanzado&quot; </li><li> Haga clic en el botón &quot;Variables de entorno&quot; y en la nueva ventana emergente, haga clic en el botón &quot;nuevo&quot; en the &quot;Variables de usuario para el usuario&quot; sección </li><li> En la ventana emergente añadir el nombre de la variable &quot;Path&quot; y el valor de la variable &quot;C: NCBI-BLAST-2.2.27 + bin. Nota: el directorio bin contiene el archivo ejecutable (es decir blastp, etc.).. </li></ol></li><li> em&gt; Para los usuarios de Mac: Abra la aplicación Terminal (para ello &quot;Finder&quot; recién abierto y busque &quot;Terminal&quot; y esto mostrará el icono de &quot;terminal&quot;). En la ventana de terminal: &gt; Ftp <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> Nota: También puede escribir la dirección URL utilizada anteriormente en el ejemplo para PC </li><li> Para acceder a la NCBI tipo &quot;anónimo&quot; de nombre y contraseña, y luego tipo de sitio ftp: &gt; Hornos cd / ejecutables / MAS RECIENTES </li><li> Enumerar los ejecutables escribiendo: &gt; ls </li><li> Obtenga la versión más reciente al escribir lo siguiente (o lo que sea la última versión actualmente es): 2; obtener NCBI-BLAST-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Salga del sitio del servidor ftp NCBI escribiendo &quot;exit&quot;. </li><li> Descomprimir los archivos descargados escribiendo: &gt; Tar-xzf NCBI-BLAST-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Añada la ubicación de los binarios para el ejecutable explosión para su ruta para que el shell puede buscar a través de este directorio en la búsqueda de comandos, escriba: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li> Compruebe si este añadió la ubicación a la ruta de acceso, escriba: &gt; Echo $ PATH </li><li> Descargar una bases de datos BLAST con formato previo (que se actualizan todos los días) haciendo clic aquí: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li> Coloque la base de datos en la carpeta &quot;db&quot;. </li><li> em&gt; En un PC: abrir una ventana de MS-DOS (para ello haga clic en &quot;Inicio&quot; y escribe &quot;cmd&quot; en la barra de búsqueda) y cambie el directorio a la carpeta ncbi-blast escribiendo: C: Users&gt; cd .. [muevehasta una carpeta] C: &gt; cd NCBI-BLAST-2.2.27 + Esto va a cambiar el directorio a: C: NCBI-BLAST-2.2.27 +&gt; </li><li> Cree la base de datos utilizando el comando &quot;makedb&quot; siguiente: &gt; Makedb en db / briggsae.fasta-dbtype prot Salida db / briggsae Nota: En el siguiente ejemplo (Figura 4) la base de datos se denomina &quot;briggsae&quot; y se compone de un grupo de enlace del organismo Caenorhabditis briggsae. </li><li> Crear una secuencia de proteínas de consulta llamado &quot;prueba&quot; mediante la inserción de una secuencia de texto con formato FASTA proteína en la carpeta &quot;db&quot;. </li><li> Interrogar a la base de datos a través de una búsqueda blastp escribiendo el siguiente comando: &gt; Db blastp-query / test.txt-db db / text.txt briggsae Salida </li><li> em&gt; En un Mac: descargar una base de datos para búsquedas locales por onda expansiva mediante el acceso a la página web de NCBI ftp de acuerdo con las instrucciones de arriba (paso 2.4) y eltipo n: &gt; Lcd .. / bases de datos / </li><li> Descarga el genoma o secuencia de interés, escribiendo: &gt; Obtener NC_ [Adhesión #]. Fna Nota: &quot;. Fna&quot; se refiere a la secuencia de nucleótidos formato FASTA y &quot;FAA.&quot; Se refiere a las secuencias de aminoácidos formato FASTA. </li><li> Escriba &quot;quit&quot; para salir del sitio ftp. </li><li> Hacer la base de datos, escriba: &gt; Makeblastdb en db / mouse.faa Salida ratón dbtype prot </li><li> Introduzca una secuencia de consulta de FAST formateado en la carpeta &quot;bin&quot; e interrogar a la base de datos con el siguiente comando: &gt; Blastp-query &quot;su query.fasta&quot;-db &quot;base de datos&quot; Salida results.txt </li></ol> 3. Generación de múltiples alineamientos de secuencias <ol><li> Haga clic en estos enlaces para acceder a los programas más utilizados alineación de secuencias múltiples (MSA): ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> Kalign 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> MÚSCULO 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> T-Café 11 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> PROBCONS 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li> Haga clic en este enlace - <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> - y de FASTA formato de entrada de datos de secuencia en el cuadro de consulta Nota: Un ejemplo de salida de T-Café se puede ver en la Figura 5, residuos similares están codificados por color. </li><li> Descargue el Clustal MSA como una versión de línea de comandos (ClustalW) o una gráfica de versión (ClustalX) haciendo clic en este enlace: <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - a continuación, haga clic en el ejecutable correspondiente (es decir, ganar, Linux, Mac OS X). </li><li> Carga de datos como texto con formato FASTA secuencia y alinear (Figura 6). </li></ol> 4. La determinación de mejores modelos de ajuste de la Evolución <ol><li> Haga clic aquí para descargar el programa ProtTest 13: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li> Una vez ProtTest se descarga, haga doble clic en el archivo ProtTest.jar </li><li> Una vez que se puso en marcha ProtTest, haga clic en &quot;Seleccionar archivo&quot; y cargar los datos de la secuencia (Figura 7). </li><li> Luego haga clic en &quot;start&quot; y el programa comenzará (Figura 8). Nota: Después de la finalización de la carrera (Figura 8), el programa le indicará el mejor modelo basado en criterios por ejemplo<html> &quot;Mejor modelo según AIC: WAG + I + G&quot; </li></ol> 5. Inferir filogenias secuencia basada en máxima verosimilitud o inferencia bayesiana <ol><li> Descargado PhyML 4 aquí: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li> Inicie el ejecutable haciendo doble clic en la aplicación apropiada (es decir phyml de Windows, phyml Linux, etc.) Y la ventana de la interfaz aparecerá (Figura 9). </li><li> Cargue la secuencia de entrada como una secuencia con formato PHYLIP escribiendo: &gt; &quot;Nombre de archivo&quot;. Phy Nota: Para convertir entre formatos de secuencia, utilice el programa web &quot;Readseq&quot; disponible en - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a> . </li><li> El lanzamiento del programa, escriba &quot;Y&quot;. </li><li> Descarga MrBayes 5 aquí: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li> Para iniciar el programa, haga clic en el archivo ejecutable y leer NEXUS formato de datos de secuencia en el programa escribiendo: &gt; Ejecutar &quot;nombre de archivo&quot;. Nex </li><li> Establecer el modelo evolutivo. </li><li> Seleccione el número de generaciones para ejecutar escribiendo: &gt; Mcmcp ngen = 1000000 [esto establece el número de generaciones 1000000] &gt; Sumidero burnin = 10000 [esto establece el burnin 10000] </li><li> Guarde las longitudes de rama en el archivo de resultados escribiendo: &gt; Mcmcp savebrlens = sí </li><li> Ejecute el análisis escribiendo: &gt; Mcmc </li><li> Resuma los árboles con el comando &quot;SUMT&quot;. </li></ol> 6. Visualizar Phylogenies <ol><li> Ver una lista de programas visores de árboles aquí: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li> Descargue el TreeView 14 progrEstoy aquí: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. 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L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

No tenemos nada que revelar.

Nuestra esperanza para este artículo es que sirva como punto de partida para guiar a los investigadores o estudiantes que son nuevos en la filogenética. Proyectos de secuenciación del genoma han vuelto menos costosos en los últimos años y como consecuencia de la demanda de los usuarios de esta tecnología es cada vez mayor, y ahora la producción de grandes conjuntos de datos de secuencias es un lugar común en pequeños laboratorios. Estos conjuntos de datos proporcionan a menudo los investigadores con conjuntos d...

Con el fin de entender cómo evolucionaron dos (o más) especies, es necesario primero obtener la secuencia o los datos morfológicos de cada muestra, estos datos representan cantidades que podemos utilizar para medir su relación a través del espacio evolutivo. Al igual que en la medición de distancia lineal, tener más datos disponibles (por ejemplo, millas, pulgadas, micras) equivaldrán a una medición más precisa. Ergo, la precisión con la que un investigador puede deducir la distancia evolutiva está fuertemente influenciado por el volumen de datos informativos disponibles para medir las relaciones. Además, debido a que diferentes muestras evolucionan a diferentes velocidades y por diferentes mecanismos, el método que se utiliza para medir la relación entre dos taxones también influye directamente en la precisión de las mediciones evolutivos. Por lo tanto, debido a las relaciones evolutivas no se observan directamente, sino que en lugar se extrapolan de secuencia o los datos morfológicos, el problema de inferir evolutivarelaciones se convierte en una de las estadísticas. Phylogenetics es la rama de la biología que se trate con la aplicación de modelos estadísticos para los patrones de evolución con el fin de reconstruir de manera óptima la historia evolutiva entre los taxones. Esta reconstrucción entre los taxones que se conoce como la filogenia de los taxones. Para ayudar a cerrar la brecha de conocimientos entre los biólogos moleculares y los biólogos evolutivos que describimos aquí un paso a paso de tuberías para inferir filogenias a partir de un conjunto de secuencias. En primer lugar, se detallan los pasos a seguir en la interrogación de bases de datos utilizando el Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 1) algoritmo a través de la interfaz basada en la web y también mediante el uso de archivos ejecutables locales, lo que es a menudo el primer paso para obtener una lista de secuencias similares a una no identificada consulta, aunque algunos investigadores también pueden estar interesados ​​en la recopilación de datos para un solo grupo a través de interfaces web como Phylota (http://www.phylota.net/). BLAST es un algoritmo para Comparing primaria de aminoácidos o de datos de secuencias de nucleótidos contra una base de datos de secuencias para buscar &quot;hits&quot; que se asemejan a la secuencia problema. El programa BLAST fue diseñado por Stephen Altschul et al. en los Institutos Nacionales de Salud (NIH) 1. El servidor de BLAST consiste en una serie de programas diferentes, y aquí está una lista de algunos de los programas BLAST más comunes: i) BLAST de nucleótidos del nucleótido (blastn): Este programa requiere una entrada de secuencia de ADN y devuelve las secuencias de ADN más similares a partir de la base de datos de ADN que especifica el usuario (por ejemplo, para un organismo específico). ii) BLAST-proteína-proteína (BLASTP): Aquí el usuario introduce una secuencia de la proteína y el programa vuelve las secuencias de proteína más similares a partir de la base de datos de proteínas que el usuario especifica. iii) BLAST iterativo-posición específica (PSI-BLAST) (blastpgp): La entrada del usuario es una proteen la secuencia que devuelve un conjunto de proteínas estrechamente relacionadas, ya partir de esta base de datos se genera un perfil conservado. A continuación, una nueva consulta se genera utilizando sólo estos &quot;motivos&quot; conservados que se utiliza para interrogar a una base de datos de proteínas y esto devuelve un grupo mayor de proteínas a partir de los cuales se extraen de un nuevo conjunto de &quot;motivos&quot; conservados y luego se usa para interrogar a una base de datos de proteínas hasta un conjunto aún mayor de proteínas vuelven a sintonizarse y se genera otro perfil y se repite el proceso. Mediante la inclusión de proteínas relacionadas en la consulta en cada paso de este programa permite al usuario identificar secuencias que son más divergentes. iv) nucleótidos traducción de la proteína 6-marco (BLASTX): Aquí el usuario proporciona una entrada de secuencia de nucleótidos que se convierte en los productos de traducción conceptual de seis marcos (es decir, ambas cadenas) contra una base de datos de secuencias de proteínas.. v) Nucleótido 6-bastidor de traslación-nucleótidoTraducción 6-marco (TBLASTX): Este programa toma una secuencia de nucleótidos de ADN de entrada y traduce la entrada en todos los productos de traducción conceptual de seis marcos que se compara contra las traducciones de seis marcos de una base de datos de secuencia de nucleótidos. vi) La proteína-nucleótido traducción 6-frame (tblastn): Este programa utiliza una entrada de secuencia de proteínas con el que comparar los seis marcos de lectura de una base de datos de secuencias de nucleótidos. A continuación se describen los programas más utilizados para generar una alineación de secuencias múltiples (MSA) de un conjunto de datos de secuencias, y esto es seguido por una guía de usuario para programas que determinan los modelos de mejor ajuste de la evolución de un conjunto de datos de secuencias. La reconstrucción filogenética es un problema estadístico, y debido a esto, los métodos filogenéticos necesidad de incorporar un marco estadístico. Este marco estadístico se convierte en un modelo evolutivo que incorpora el cambio de secuencia en el conjunto de datos. Este mo evolutivodel se compone de un conjunto de hipótesis sobre el proceso de nucleótidos o amino-ácidos sustituciones, y el modelo de mejor ajuste para un determinado conjunto de datos se puede seleccionar a través de pruebas estadísticas. El ajuste de los datos de los diferentes modelos se pueden comparar a través de pruebas de coeficiente de riesgo (LRTs) o criterios de información para seleccionar el modelo que mejor se ajusta dentro de un conjunto de posibles. Dos criterios de información comunes son el criterio de información de Akaike (AIC) 2 y el criterio de información bayesiano (BIC) 3. Una vez que se genera un alineamiento óptimo, hay muchos métodos diferentes para crear una filogenia de los datos alineados. Hay numerosos métodos de inferir relaciones evolutivas; en términos generales, que se pueden dividir en dos categorías: métodos basados ​​en la distancia y métodos basados ​​en la secuencia. Métodos basados ​​en la distancia calculan distancias por parejas de secuencias y, a continuación, utilizar estas distancias para obtener el árbol. Métodos Secuencia basada utilizan la secuencia de alineación directa, y por lo general buscar en la tespacio ree utilizando un criterio de optimalidad. Planteamos dos métodos basados ​​en la secuencia para la reconstrucción de las relaciones filogenéticas: son PhyML 4 que implementa el marco de máxima verosimilitud, y MrBayes 5 que utiliza bayesiano Markov Chain Monte Carlo inferencia. Verosimilitud y métodos bayesianos ofrecen un marco estadístico para la reconstrucción filogenética. Al proporcionar la información del usuario en las herramientas de creación de árboles de uso común, se introduce al lector a los datos necesarios para inferir las relaciones filogenéticas.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
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			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

Muchos investigadores, a través de muy diversa focos, están aplicando la filogenética a su pregunta (s) de investigación. Sin embargo, muchos investigadores son nuevos en este tema y por lo que presenta problemas inherentes. Aquí compilamos una introducción práctica a la filogenética para los no expertos. Nos planteamos de una manera paso a paso, una tubería para generar filogenias confiables de los conjuntos de datos de secuencias de genes. Comenzamos con una guía de usuario para las herramientas de búsqueda de similitud a través de interfaces en línea, así como ejecutables locales. A continuación, exploramos los programas para la generación de múltiples alineamientos de secuencias seguidas de protocolos para el uso de software para determinar los modelos de mejor ajuste de la evolución. A continuación, describimos protocolos para la reconstrucción de relaciones filogenéticas a través de máxima verosimilitud y criterios bayesianas y, finalmente, describe herramientas para la visualización de los árboles filogenéticos. Si bien esto no es de ninguna manera una descripción exhaustiva de los estudios filogenéticos, proporciona al lector con informat comenzando prácticaiones en las aplicaciones de software clave comúnmente utilizados por filogenetistas. La visión de este artículo sería que podría servir como una herramienta de formación práctica para los investigadores que emprenden estudios filogenéticos y también sirven como un recurso educativo que se podrían incorporar en un salón de clases o la enseñanza-lab.

Encontrar similitudes a una consulta permite a los investigadores atribuyen una identidad potencial de nuevas secuencias y también inferir relaciones entre secuencias. El tipo de entrada de archivo para BLAST FASTA 1 es la secuencia de texto con formato o número de acceso GenBank. Secuencia FASTA formato comienza con una línea de descripción se indica por un signo &quot;&gt;&quot; (Figura 2). La descripción debe seguir inmediatamente después del signo &quot;&gt;&quot;, la secuencia ...

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A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Aquí se describe una tubería de paso a paso para generar filogenias confiables desde el nucleótido o secuencia de aminoácidos conjuntos de datos. Esta guía tiene como objetivo servir a los investigadores o estudiantes nuevos para el análisis filogenético.

Una guía práctica para Phylogenetics para no expertos

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

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Research

JoVE Journal

Biology

35.2K vistas.  The George Washington University.  Aquí se describe una tubería de paso a paso para generar filogenias confiables desde el nucleótido o secuencia de aminoácidos conjuntos de datos. Esta guía tiene como objetivo servir a los investigadores o estudiantes nuevos para el análisis filogenético. 

Video: A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

El peldaño de la escalera a pie de la tarea: un sistema de puntuación y su aplicación práctica.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Investigación

Biología

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing and adult tissue. An advance in this concept is Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM), linking gene expression, cell fate, and cell behaviors in vivo, to create fate maps based on genetic lineage.
GIFM exploits X-CreER lines where X is a gene or set of gene regulatory elements that confers spatial expression of a modified bacteriophage protein, Cre recombinase (CreERT). CreERT contains a modified estrogen receptor ligand binding domain which renders CreERT sequestered in the cytoplasm in the absence of the drug tamoxifen. The binding of tamoxifen releases CreERT, which translocates to the nucleus and mediates recombination between DNA sequences flanked by loxP sites. In GIFM, recombination typically occurs between a loxP flanked Stop cassette preceding a reporter gene such as GFP.
Mice are bred to contain either a region- or cell type-specific CreER and a conditional reporter allele. Untreated mice will not have marking because the Stop cassette in the reporter prevents further transcription of the reporter gene. We administer tamoxifen by oral gavage to timed-pregnant females, which provides temporal control of CreERT release and subsequent translocation to the nucleus removing the Stop cassette from the reporter. Following recombination, the reporter allele is constitutively and heritably expressed. This series of events marks cells such that their genetic history is indelibly recorded. The recombined reporter thus serves as a high fidelity genetic lineage tracer that, once on, is uncoupled from the gene expression initially used to drive CreERT.
We apply GIFM in mouse to study normal development and ascertain the contribution of genetic lineages to adult cell types and tissues. We also use GIFM to follow cells on mutant genetic backgrounds to better understand complex phenotypes that mimic salient features of human genetic disorders.
This video article guides researchers through experimental methods to successfully apply GIFM. We demonstrate the method using our well characterized Wnt1-CreERT;mGFP mice by administering tamoxifen at embryonic day (E)8.5 via oral gavage followed by dissection at E12.5 and analysis by epifluorescence stereomicroscopy. We also demonstrate how to micro-dissect fate mapped domains for explant preparation or FACS analysis and dissect adult fate-mapped brains for whole mount fluorescent imaging. Collectively, these procedures allow researchers to address critical questions in developmental biology and disease models.

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM) marks and tracks cells with fine spatial and temporal control in vivo and elucidates how cells from a specific genetic lineage contribute to developing and adult tissues. Demonstrated here are the techniques required to fate map E12.5 mouse embryos for epifluorescent and explant analysis.

Un enfoque práctico de elaboración de mapas genéticos inducible destino: una guía visual para marcar y rastrear las células En Vivo</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes determines the portion of the blood that can be analyzed (whole blood, plasma or serum). Laboratories involved in studying the genetic basis of human disorders rely on anticoagulated whole blood collected in EDTA-containing vacutainer as the source of DNA for genetic / genomic analysis. Because most clinical laboratories perform biochemical, serologic and viral testing as a first step in phenotypic outcome investigation, anticoagulated blood is also collected in heparin-containing tube (plasma tube). Therefore when DNA and plasma are needed for simultaneous and parallel analyses of both genomic and proteomic data, it is customary to collect blood in both EDTA and heparin tubes. If blood could be collected in a single tube and serve as a source for both plasma and DNA, that method would be considered an advancement to existing methods. The use of the compacted blood after plasma extraction represents an alternative source for genomic DNA, thus minimizing the amount of blood samples processed and reducing the number of samples required from each patient. This would ultimately save time and resources.
The BD P100 blood collection system for plasma protein preservation were created as an improved method over previous plasma or serum collection tubes1, to stabilize the protein content of blood, enabling better protein biomarker discovery and proteomics experimentation from human blood. The BD P100 tubes contain 15.8 ml of spray-dried K2EDTA and a lyophilized proprietary broad spectrum cocktail of protease inhibitors to prevent coagulation and stabilize the plasma proteins. They also include a mechanical separator, which provides a physical barrier between plasma and cell pellets after centrifugation. Few methods have been devised to extract DNA from clotted blood samples collected in old plasma tubes2-4. Challenges from these methods were mainly associated with the type of separator inside the tubes (gel separator) and included difficulty in recovering the clotted blood, the inconvenience of fragmenting or dispersing the clot, and obstruction of the clot extraction by the separation gel.
We present the first method that extracts and purifies genomic DNA from blood drawn in the new BD P100 tubes. We compare the quality of the DNA sample from P100 tubes to that from EDTA tubes. Our approach is simple and efficient. It involves four major steps as follows: 1) the use of a plasma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, USA) tube with mechanical separator for blood collection, 2) the removal of the mechanical separator using a combination of sucrose and a sterile paperclip metallic hook, 3) the separation of the buffy coat layer containing the white cells and 4) the isolation of the genomic DNA from the buffy coat using a regular commercial DNA extraction kit or a similar standard protocol.

We are describing a new method of isolating genomic DNA from whole blood collected for plasma/serology. After plasma collection, the compacted blood is usually discarded. Our novel method represents a significant improvement over existing methods and makes DNA and plasma available from a single collection, without requesting additional blood.

Un método práctico y novela para extraer el ADN genómico de los kits de extracción de sangre para la Preservación Plasma Protein

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black box&#34; because an experimentalist does not know if it has been performed successfully until the last of several steps. Moreover, the quality of western blot data is sometimes challenged due to a lack of effective quality control tools in place throughout the western blotting process. Here we describe the V3 western workflow, which applies stain-free technology to address the major concerns associated with the traditional western blot protocol. This workflow allows researchers: 1) to run a gel in about 20-30 min; 2) to visualize sample separation quality within 5 min after the gel run; 3) to transfer proteins in 3-10 min; 4) to verify transfer efficiency quantitatively; and most importantly 5) to validate changes in the level of the protein of interest using total protein loading control. This novel approach eliminates the need of stripping and reprobing the blot for housekeeping proteins such as &#946;-actin, &#946;-tubulin, GAPDH, etc. The V3 stain-free workflow makes the western blot process faster, transparent, more quantitative&#160;and reliable.

V3 workflow is a western blot procedure using stain-free gels. The stain-free technology allows researchers to visualize protein separation quality, to verify the transfer efficiency, and most importantly, to validate the change in the protein of interest using total protein quantification as a reliable loading control.

Flujo de trabajo sin manchas V3 para un control de carga total de proteínas práctico, conveniente y confiable en Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

Una guía para la moderna cuantitativa fluorescente Western Blot con las estrategias de solución de problemas

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the avoidance of airway obstruction, prevention of gastric tympany, and to allow ventilatory support. Due to the difficulty of intubation, alternative methods such as the use of laryngeal mask airways or laryngeal tubes have been explored. However, these methods do not result in direct access to the trachea and thus may present a risk for development of complications. In addition, lack of direct intubation of the trachea can result in personnel exposure to waste anesthetic gases. Numerous methods for endotracheal intubation have been described, including blind placement, use of a fiberoptic laryngoscope or endoscope, and cricoid placement. Despite these numerous publications, many still struggle to achieve success. Here we provide a detailed description of an intubation technique that can be taught with minimal training with a short time to proficiency. Briefly, after administration of injectable anesthesia and proper positioning of the rabbit, a polypropylene catheter is placed into the trachea by direct visualization using a laryngoscope. The catheter is then used as a guide to direct the endotracheal tube into the trachea. This method allows for intubation without the need for expensive equipment and can be performed by a single individual without the need for an assistant. In conclusion, this technique can be easily taught and performed at very little cost in any clinical or research setting.

Endotracheal intubation in rabbits is challenging due to their unusual anatomy. Here we present a technique for direct intubation of the trachea using a polypropylene catheter as a guide. This method utilizes relatively inexpensive supplies, requires minimal training, and can be easily performed in any clinical setting.

Intubación endotraqueal de conejos usando un catéter guía polipropileno

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool operating by disruption of essential gene expression. Although different methods, such as injection, feeding, and soaking, have been reported for successful delivery of double-stranded RNA (dsRNA), the efficiency of RNAi through oral delivery of dsRNA is highly variable among different insect groups. The German cockroach, Blattella germanica, is highly sensitive to the injection of dsRNA, as shown by many studies published previously. The present study describes a method to demonstrate that the dsRNA encapsulated with liposome carriers is sufficient to retard the degradation of dsRNA by midgut juice. Notably, the continuous feeding of dsRNA encapsulated by liposomes significantly reduces the tubulin expression in the midgut, and led to the death of cockroaches. In conclusion, the formulation and utilization of dsRNA lipoplexes, which protect dsRNA against nucleases, could be a practical use of RNAi for insect pest control in the future.

This manuscript demonstrates the depletion of gene expression in the midgut of the German cockroach through oral ingestion of double-stranded RNA encapsulated in liposomes.

Uso práctico de ARN de interferencia: administración Oral de ARN bicatenario en liposomas portadores para las cucarachas

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been studied substantially using traditional two-dimensional techniques. Recent advancements in X-ray imaging technology via desktop micro-computed tomography (&#181;CT) and synchrotron radiation micro-computed tomography (SR&#181;CT) have allowed for the acquisition of high-resolution three-dimensional (3D) scans of a larger field of view (FOV) than other 3D imaging techniques (e.g., SEM) providing a more complete picture of microscopic structures within human cortical bone. The specimen should be accurately centered within the FOV, however, to limit the appearance of streak artifacts known to impact data analysis. Previous studies have reported procurement of irregularly shaped rectilinear bone blocks that result in imaging artifacts due to uneven edges or image truncation. We have applied a geological sampling protocol (coring) to procure consistently sized cortical bone core specimens for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This coring method is efficient and minimally destructive to tissue. It creates uniform cylindrical samples that decrease imaging artifacts by nature of being isometric during rotation and providing a uniform path length for X-ray beams throughout scanning. Image processing of X-ray tomographic data of cored and irregularly shaped samples confirms the potential of the technique to improve visualization and analysis of cortical bone microarchitecture. A goal of this protocol is to deliver a reliable and repeatable method for the extraction of cortical bone cores that is adaptable for various types of high-resolution bone imaging experiments. An overarching goal of the work is to create a standardized cortical bone procurement for SR&#181;CT that is affordable, consistent, and straightforward. This procedure may further be adapted by researchers in related fields who commonly evaluate hard composite materials such as in biological anthropology, geosciences, or material sciences.

We employed a geological (coring) sampling protocol to procure cortical bone specimens of uniform size for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This method is minimally destructive, efficient, results in cylindrical specimens that minimize imaging artifacts from irregular sample shapes and improves microarchitectural visualization and analysis.

Una guía de sección, corte y procesamiento de imágenes para adquisición y análisis de muestras óseas corticales de alto rendimiento para Micro-TC sincrotrón

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

Una guía paso a paso para la electroantenografía de mosquitos

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

Desarrollo de un modelo de ratón ovariectomizado con un nivel elevado de FSH

Exploring Independent Effects of Follicle-Stimulating Hormone In Vivo in a Mouse Model

During the transition from a reproductive to a nonreproductive phase (menopause), many women experience significant physiological and pathological changes, including decreased bone mass, increased blood lipids, and increased visceral adiposity. Levels of follicle-stimulating hormone (FSH) rise during the menopausal transition. Many studies have shown that FSH in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. Thus, building an animal model that can help study the independent effects of FSH in vivo is particularly important. In this study, C57BL/6 female mice were ovariectomized and supplemented with estradiol valerate (OVX + E2) to eliminate the effect of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The OVX + E2 mice received solvent (N.S.) or different doses of recombinant FSH via intraperitoneal injection to create a mouse model (OVF) characterized by relatively stable estrogen and rising FSH levels. Thus, we successfully generated an experimental mouse model to mimic the early stage of menopause transition, characterized by elevated serum FSH levels. The OVF model has the advantages of being stable, low cost, and easy to operate, which is suitable for studies to explore the extragonadal actions of FSH. Here, we describe detailed protocols for the mouse OVF model.

Autor destacado: Investigación de la relación entre la FSH y los cambios fisiopatológicos en mujeres perimenopáusicas - Perspectivas de un modelo de ratón 

Follicle-stimulating hormone (FSH) in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. The ovariectomized and FSH-treated mouse model (OVF) can be used to explore the extragonadal actions of FSH.