私たちは、原稿にコメントをオハロランラボのメンバーに感謝。私たちは、D·オハロランに資金調達のための生物科学のジョージ·ワシントン大学学科、芸術科学コロンビア大学に感謝します。

1。基本的なローカル配列検索ツール（BLAST）：オンラインインターフェース<ol><li>国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）のBLAST 1のWebサーバにアクセスしてくださいするには、このリンクをクリックしてください。 - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> （ 図1）。 </li><li>検索ボックスに入力FASTA形式のテキスト列（例えば図2を参照）。 </li><li>検索に使用するために、適切なBLASTプログラムおよび関連するデータベースや、興味のある個々の種をクリックして、「BLAST」をクリックしてください。 注意：FASTAフォーマットされたシーケンスは、「&gt;」記号で示さ記述行から始まります。説明は、 &quot;&gt;&quot;記号、配列（ すなわち 。ヌクレオチドまたはアミノ酸）の次の行に記述し実行した後、すぐに従わなければなりません。 BLAST検索からの出力はHTML、プレーンテキスト、XML、またはヒットTAと見られているBLES HTMLに設定されているデフォルトで（テキストまたはCSV）（ 図3）。 </li></ol> 2。基本的なローカル配列検索ツール（BLAST）：ローカルの実行<ol><li>このリンクから最新のBLASTコマンドラインのBLAST実行可能ファイルをダウンロードします。 <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li> PCユーザーのためにEM&gt;：最新のブラストwin32.exeをファイルをダブルクリックし、使用許諾契約に同意してインストール]をクリックします。 注： NCBI-BLAST-2.2.27 +：デフォルトのインストールディレクトリはC。 </li><li>次のようにPCの環境変数を設定します。 <ol><li> 「開始」ボタンをクリックし、右側の「コンピュータ」をクリックして、PCをクリックして、 </li><li> 「プロパティ」をクリックし、ポップアップで「詳細設定」タブをクリックしてください</li><li> 「環境変数ボタン」をクリックして、新しいポップアップで目の下の「新規」ボタンをクリックしてくださいセクションE「ユーザーのユーザー環境変数」 </li><li> NCBI-BLAST-2.2.27 + BIN：ポップアップの「C変数名「パス」と、変数の値を追加します。 注意：binディレクトリが実行可能ファイル（。 すなわち BLASTP など ） が含まれています。 </li></ol></li><li> em&gt;はMacユーザーの場合：ターミナルアプリケーションを開きます（これは単なるオープン&quot;ファインダー&quot;を実行し、検索する「ターミナル」、これは「端末」アイコンが表示されます）。ターミナルウィンドウ型に： &gt; FTP <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> 注：また、PC用の例では上記で使用したURLを入力することができます </li><li> NCBIのFTPサイトの種類名とパスワードの入力を「匿名」を選択し、型にアクセスするには、次のように &gt; CDブラスト/実行ファイル/ LATEST </li><li>次のように入力して実行可能ファイルを一覧表示します。 &gt; LS </li><li>次のように入力して、最新バージョンを取得（または現在は何でも最新版）： 2、NCBI-BLAST-2.2.7-macosx.tar.gz取得</li><li> 「終了」と入力して、NCBIのFTPサーバーサイトを終了します。 </li><li>次のように入力してダウンロードしたファイルを解凍。 &gt;タールXZF NCBI-BLAST-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li>次のように入力したコマンドを検索するとき、シェルは、このディレクトリを検索できるように、パスにBLAST実行可能ファイルのバイナリの場所を追加します。 &gt; PATH = $ PATHに：new_folder_location </li><li>これは次のように入力して、あなたのパスに場所を追加したかどうかを確認します。 &gt;エコー$ PATHに</li><li>こちらをクリックして（毎日更新されます）フォーマット済みのBLASTデータベースをダウンロードしてください。 <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li> 「DB」フォルダにデータベースを配置します。 </li><li> PC上でEM&gt;：と入力して、NCBI-BLASTフォルダにディレクトリを変更（この&quot;スタート&quot;と検索バーに「cmd」と入力して実行する）、MS-DOSプロンプトを開きます。 C：ユーザー&gt; CD .. [移動1フォルダをバックアップ] C：&gt; CD NCBI-BLAST-2.2.27 + これは、ディレクトリを変更します。 C： NCBI-BLAST-2.2.27 +&gt; </li><li>以下の「makedb」コマンドを使用してデータベースを作成します。 &gt; makedbインDB / briggsae.fasta-DbTypeのPROTアウトDB / briggsae 注：（ 図4）以下の例では、データベースを「briggsae」という名前で、生物線虫briggsaeから1連鎖群で構成されている。 </li><li> 「DB」フォルダにFASTAフォーマットされたテキストのタンパク質配列を挿入することによって「テスト」と呼ばれるクエリータンパク質配列を作成する。 </li><li>次のコマンドを入力して、BLASTP検索を介してデータベースに問い合わせを。 &gt; BLASTPクエリーDB / test.txtというdBのDB / briggsaeアウトTEXT.TXT </li><li> em&gt;のMacは （ステップ2.4）上記の指示に従って、NCBIのftpサイトにアクセスすることにより、ローカルBlast検索用のデータベースをダウンロードし、Nタイプ： &gt; LCD .. /データベース/ </li><li>次のように入力して興味のあるゲノムやシーケンスをダウンロードしてください。 &gt;取得NC_ [受託番号]。FNA 注：「FNA」FASTAフォーマットされたヌクレオチド配列を意味し、「FAAは、「FASTAフォーマットされたアミノ酸配列を指す。 </li><li> FTPサイトを終了するには「終了」と入力します。 </li><li>次のように入力してデータベースを作成します。 &gt; DB / mouse.faaアウトマウスのDbTypeのPROT makeblastdbイン</li><li> 「ビン」フォルダにFASTフォーマットされたクエリー配列を挿入し、次のコマンドを使用してデータベースに問い合わせを。 &gt; BLASTPクエリー &quot;あなたのquery.fasta「-DB」、データベース「アウトresults.txtに</li></ol> 3。複数の配列アラインメントを生成する<ol><li>一般的に使用される複数の配列アラインメント（MSA）プログラムにアクセスするためにこれらのリンクをクリックしてください。 ClustalWの6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> カーリーGN 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> マッスル10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> Tシャツ·コーヒー11 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> PROBCONS 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li>このリンクをクリックしてください- <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a>検索ボックスの配列データをフォーマットされ、入力されたFASTA - 注：T-コーヒーからの出力例を図5に見ることができる、類似の残基は、色分けされている。 </li><li>クラスタルMSAはコマンドライン版（ClustalWの）またはグラフィカルVとしてダウンロード：このリンクをクリックしてERSION（ClustalX） <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/を</a>し、適切な実行可能ファイル（ すなわち勝利やLinux、Mac OS X）をクリックして- 。 </li><li> FASTAフォーマットされたシーケンス·データをテキストとしてアップロードします（ 図6）を合わせます。 </li></ol> 4。進化のベストフィットモデルを決定する<ol><li> ProtTest 13プログラムをダウンロードするには、ここをクリック。 <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li> ProtTestをダウンロードしたら、ProtTest.jarファイルをダブルクリック</li><li> ProtTestが起動したら、「ファイルの選択」をクリックします（ 図7）のシーケンスデータをロードします。 </li><li>それから「開始」をクリックし、プログラムは（ 図8）を開始します。 注記：実行します（ 図8）が終了した後、プログラムは基準に基づいて最適なモデルを示します例：<html> 「AICに従って最適なモデル：WAG + I + G &quot; </li></ol> 5。最尤やベイズ推定によって配列に基づく系統発生を推測する<ol><li>ここPhyML 4をダウンロード： <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li> （ すなわち phymlは、Windows、Linuxのphyml など ）二重適切なアプリケーションをクリックして、実行可能ファイルを起動して、インターフェイスのウィンドウ（ 図9）がポップアップ表示されます。 </li><li>次のように入力してPHYLIPフォーマットされたシーケンスとして入力シーケンスをロードします。 &gt; &quot;ファイル名&quot;。PHY 注意： シーケンスフォーマット間の変換するには、で入手可能な「Readseq「Webプログラムを使用- <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgiを</a> 。 </li><li> 「Y」と入力してプログラムを起動します。 </li><li>ここMrBayes 5をダウンロードしてください。 rceforge.net / download.php」&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li>実行ファイル上でプログラムをクリックして起動し、次のように入力して、プログラムにNEXUSフォーマットされたシーケンスデータを読み取るには： &gt; &quot;ファイル名&quot;を実行してください。NEX </li><li>進化モデルを設定します。 </li><li>次のように入力して実行するように世代の数を選択します。 &gt; mcmcp NGEN = 1000000 [これは1000000世代数を設定します] &gt;サンプバーニン= 10000 [これは10000にバーニンが設定されます] </li><li>次のように入力して結果ファイルに枝の長さを保存します。 &gt; mcmcp savebrlens = YES </li><li>次のように入力して解析を実行します。 &gt; MCMC </li><li> 「SUMT」コマンドを使って木をまとめたものである。 </li></ol> 6。系統発生を視覚化<ol><li>ここでツリービューアプログラムのリストを表示します。 <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li>ツリービュー14プログララマブルをダウンロードここにいます： <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLUSTAL+W:+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting,+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice.">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li><li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm.">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li><li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+version+5:+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment.">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li><li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT:+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform.">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-coffee:+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment.">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li><li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeView:+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers.">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=jModelTest+2:+More+models,+new+heuristics+and+parallel+computing.">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li><li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

我々は、開示することは何もありません。

この記事の私たちの願いは、系統学を初めて使用する研究者や学生を指導するための出発点となることである。ゲノム配列決定プロジェクトは、ここ数年の間に、より安価になっており、結果として、この技術に対するユーザーの需要が増加しており、現在、大規模なシーケンスデータセットの生産は、小さな研究室で一般的である。これらのデータセットは、多くの場合、それらの機能を?...

、2つ（またはそれ以上）の種が進化したかを理解するためには、各試料から配列または形態学的データを取得することが必要であり、これらのデータは、我々は進化の空間を介してそれらの関係を測定するために使用できる量を表す。直線距離を測定するときと同じように、（ 例えばマイル、インチ、ミクロン）より多くのデータが利用可能なものがより正確な測定を同一視します。エルゴは、研究者が進化距離を推定することができる精度は、高濃度の関係を測定するために利用可能な情報データの量によって影響される。異なるサンプルは異なるレートで、異なるメカニズムによって進化するため、また、我々二つの分類群との間の関係を測定するために使用する方法は、直接進化的測定の精度に影響を与える。そのため、進化的関係は直接観測されていませんが、代わりにシーケンスまたは形態学的データ、進化の推論の問題から推定されているので関係は統計の1になります。系統学は、最適の分類群間の進化の歴史を再構成するために進化のパターンに統計モデルを適用することに関する生物学の一分野である。分類群間のこの再構成は、分類群の系統と呼ばれている。 分子生物学と進化生物学者の間で専門知識のギャップを埋めるために、ここではシーケンスのセットから系統発生を推測する段階パイプラインを追って説明します。第一に、我々は詳細なWebベースのインターフェイスを介して、また、地元の実行可能ファイルを使用して基本的なローカル配列検索ツール（BLAST 1）アルゴリズムを使用して、データベースの尋問に必要な手順、これは多くの場合、未確認のに類似した配列のリストを取得するための最初のステップですクエリ、一部の研究者はまた、Phylota（http://www.phylota.net/）などのWebインタフェースを介して単一のグループのためのデータ収集に興味があるかもしれない。 BLASTは、Cのためのアルゴリズムであるクエリー配列に似ている &quot;ヒット&quot;を検索するための配列のデータベースに対して一次アミノ酸またはヌクレオチド配列データをomparing。 BLASTプログラムは、スティーブン·アルチュールらによって設計されました。国立衛生研究所（NIH）で1。 BLASTサーバーは、さまざまなプログラムの数で構成されており、ここでは最も一般的なBLASTプログラムのいくつかのリストです。 i）のヌクレオチド-ヌクレオチドBLAST（blastnを）：このプログラムは、DNA配列の入力を必要とし、DNAデータベースから、最も類似したDNA配列を返し、そのユーザが指定する特定の生物（ 例えば ）。 II） タンパク質-タンパク質BLAST（BLASTP）：ここでは、ユーザは、タンパク質配列を入力し、プログラムは、ユーザが指定したタンパク質データベースから最も類似タンパク質配列を返します。 III） 位置特異的反復BLAST（PSI-BLAST）（blastpgp）：ユーザー入力proteです密接に関連するタンパク質のセットを返す順序であり、このデータセットから保存されたプロファイルが生成されます。次の新たなクエリは、タンパク質データベースを問い合わせるために使用される場合にのみ、これらの保存された「モチーフ」を用いて生成され、これは、保存された「モチーフ」の新しいセットを抽出し、それまでタンパク質データベースに問い合わせをするために使用されるタンパク質の大きなグループを返すタンパク質のより大きなセットが再調整され、別のプロファイルが生成され、プロセスが繰り返される。各ステップでのクエリに関連するタンパク質を含んでいることによって、このプログラムは、ユーザーがより多くの発散である配列を同定することができます。 iv）のヌクレオチド、6フレーム翻訳タンパク質（BLASTXを）：ここでは、ユーザは、タンパク質配列データベースに対して6フレームの概念的翻訳産物（ すなわち、両方の鎖）に変換されるヌクレオチド配列の入力を提供する。 V）6 -フレーム翻訳ヌクレオチドをヌクレオチド6フレーム翻訳（TBLASTX）：このプログラムは、DNA塩基配列入力を受け取り、それをヌクレオチド配列データベースの6フレーム翻訳に対して比較するすべての6フレームの概念的翻訳産物への入力を変換する。 VI） タンパク質-ヌクレオチドの6フレーム翻訳（TBLASTN）：このプログラムは、ヌクレオチド配列データベースの6つのすべてのリーディングフレームと比較するタンパク質配列の入力を使用しています。 次に、シーケンスデータセットから複数の配列アラインメント（MSA）を生成するために一般的に使用されるプログラムを記述し、これは、配列データセットの進化のベストフィットモデルを決定プログラムへのユーザーガイドが続く。系統発生再構築は、統計的な問題であり、このため、系統発生の方法は、統計的なフレームワークを組み込む必要があります。この統計フレームワークは、データセット内の配列変化を組み込んだ進化のモデルになります。この進化のMOデルは、ヌクレオチドまたはアミノ酸置換の方法に関する仮定の集合で構成され、特定のデータセットの最良適合モデルは、統計的検定を介して選択することができる。異なるモデルのデータへの適合が可能なもののセット内のベストフィットモデルを選択する尤度比検定（LRTs）又は情報量規準を介して比較することができる。二つの共通情報基準は、赤池情報量基準（AIC）2とベイズ情報量基準（BIC）3である。最適なアラインメントが生成されると、整列されたデータから系統樹を作成するための多くの異なる方法がある。進化的関係を推測する多くの方法がありますが、広い意味では、彼らは2つのカテゴリに分けることができます：距離ベースの方法と順序ベースの方法。距離ベースの方法は、配列からのペアごとの距離を計算してから、木を得るために、これらの距離を使用しています。配列に基づく方法には、直接配列アラインメントを使用し、通常のTを検索最適性基準を使用してREEスペース。私たちは、系統関係を再構築するための2列ベースの方法の概要を示します。これらは、最尤フレームワークを実装しPhyML 4であり、ベイズマルコフ連鎖モンテカルロの推論を使用していますMrBayes 5。可能性とベイズ法は、系統学的再建のための統計的なフレームワークを提供します。一般的に使用されるツリー構築ツールのユーザ情報を提供することにより、我々は系統関係を推定するために必要な必要なデータを読者に紹介する。

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

多くの研究者は、信じられないほど多様な病巣を越え、自分の研究の質問（複数可）に系統学を適用している。しかし、多くの研究者は、このトピックに新しく追加されたので、それは固有の問題を提示します。ここでは、nonexpertsための系統学への実践的な導入をコンパイルします。我々は、段階的に遺伝子配列データセットから信頼性の高い系統発生を生成するためのパイプラインの概要を説明します。我々は、オンラインのインターフェースだけでなく、ローカルの実行を経由して、類似検索ツールのユーザガイドで開始する。次に、我々は進化のベストフィットのモデルを決定するためにソフトウェアを使用するためのプロトコルに続いて複数の配列アラインメントを生成するためのプログラムを探る。次に、最尤ベイズ基準を経由して系統関係を再構築するためのプロトコルの概要を説明し、最終的に系統樹を可視化するためのツールについて説明します。これはいかなる手段系統学的手法を徹底的に記述によるものですが、実用的な開始のinformatを読者に提供していますか一般phylogeneticistsによって利用主要ソフトウェア·アプリケーションへのイオン。この記事のビジョンは、系統学的研究に着手する研究者のための実践的なトレーニング·ツールとして機能し、また、教室や教育·研究室に組み込むことができる教育資源として役立つことができるということでしょう。

クエリに類似点を見つけることが、研究者は新しい配列に対する潜在的なアイデンティティをせいとも配列の間の関係を推測することができます。 BLAST 1のファイル入力タイプは、FASTA形式のテキスト配列またはGenBankアクセッション番号です。 FASTAフォーマットされたシーケンスは、「&gt;」記号（ 図2）で示される記述行から始まります。説明は、 &quot;&gt;&quot;記号、配?...

Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

ここでは、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列データセットから信頼性の高い系統発生を生成するためのステップバイステップのパイプラインを説明します。このガイドでは、研究者や系統解析に新たな学生にサービスを提供することを目指しています。

Nonexpertsための系統学の実用ガイド

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

a-practical-guide-to-phylogenetics-for-nonexperts

Research

JoVE Journal

Biology

35.2K ビュー.  The George Washington University. ここでは、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列データセットから信頼性の高い系統発生を生成するためのステップバイステップのパイプラインを説明します。このガイドでは、研究者や系統解析に新たな学生にサービスを提供することを目指しています。 

ビデオ: A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

タスクを歩くラダーラング：スコアリングシステムとその実用化。

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

生物学

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing and adult tissue. An advance in this concept is Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM), linking gene expression, cell fate, and cell behaviors in vivo, to create fate maps based on genetic lineage.
GIFM exploits X-CreER lines where X is a gene or set of gene regulatory elements that confers spatial expression of a modified bacteriophage protein, Cre recombinase (CreERT). CreERT contains a modified estrogen receptor ligand binding domain which renders CreERT sequestered in the cytoplasm in the absence of the drug tamoxifen. The binding of tamoxifen releases CreERT, which translocates to the nucleus and mediates recombination between DNA sequences flanked by loxP sites. In GIFM, recombination typically occurs between a loxP flanked Stop cassette preceding a reporter gene such as GFP.
Mice are bred to contain either a region- or cell type-specific CreER and a conditional reporter allele. Untreated mice will not have marking because the Stop cassette in the reporter prevents further transcription of the reporter gene. We administer tamoxifen by oral gavage to timed-pregnant females, which provides temporal control of CreERT release and subsequent translocation to the nucleus removing the Stop cassette from the reporter. Following recombination, the reporter allele is constitutively and heritably expressed. This series of events marks cells such that their genetic history is indelibly recorded. The recombined reporter thus serves as a high fidelity genetic lineage tracer that, once on, is uncoupled from the gene expression initially used to drive CreERT.
We apply GIFM in mouse to study normal development and ascertain the contribution of genetic lineages to adult cell types and tissues. We also use GIFM to follow cells on mutant genetic backgrounds to better understand complex phenotypes that mimic salient features of human genetic disorders.
This video article guides researchers through experimental methods to successfully apply GIFM. We demonstrate the method using our well characterized Wnt1-CreERT;mGFP mice by administering tamoxifen at embryonic day (E)8.5 via oral gavage followed by dissection at E12.5 and analysis by epifluorescence stereomicroscopy. We also demonstrate how to micro-dissect fate mapped domains for explant preparation or FACS analysis and dissect adult fate-mapped brains for whole mount fluorescent imaging. Collectively, these procedures allow researchers to address critical questions in developmental biology and disease models.

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM) marks and tracks cells with fine spatial and temporal control in vivo and elucidates how cells from a specific genetic lineage contribute to developing and adult tissues. Demonstrated here are the techniques required to fate map E12.5 mouse embryos for epifluorescent and explant analysis.

遺伝子誘導の運命のマッピングへの実践的アプローチ：マークとトラックの細胞へのビジュアルガイドインビボでの</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes determines the portion of the blood that can be analyzed (whole blood, plasma or serum). Laboratories involved in studying the genetic basis of human disorders rely on anticoagulated whole blood collected in EDTA-containing vacutainer as the source of DNA for genetic / genomic analysis. Because most clinical laboratories perform biochemical, serologic and viral testing as a first step in phenotypic outcome investigation, anticoagulated blood is also collected in heparin-containing tube (plasma tube). Therefore when DNA and plasma are needed for simultaneous and parallel analyses of both genomic and proteomic data, it is customary to collect blood in both EDTA and heparin tubes. If blood could be collected in a single tube and serve as a source for both plasma and DNA, that method would be considered an advancement to existing methods. The use of the compacted blood after plasma extraction represents an alternative source for genomic DNA, thus minimizing the amount of blood samples processed and reducing the number of samples required from each patient. This would ultimately save time and resources.
The BD P100 blood collection system for plasma protein preservation were created as an improved method over previous plasma or serum collection tubes1, to stabilize the protein content of blood, enabling better protein biomarker discovery and proteomics experimentation from human blood. The BD P100 tubes contain 15.8 ml of spray-dried K2EDTA and a lyophilized proprietary broad spectrum cocktail of protease inhibitors to prevent coagulation and stabilize the plasma proteins. They also include a mechanical separator, which provides a physical barrier between plasma and cell pellets after centrifugation. Few methods have been devised to extract DNA from clotted blood samples collected in old plasma tubes2-4. Challenges from these methods were mainly associated with the type of separator inside the tubes (gel separator) and included difficulty in recovering the clotted blood, the inconvenience of fragmenting or dispersing the clot, and obstruction of the clot extraction by the separation gel.
We present the first method that extracts and purifies genomic DNA from blood drawn in the new BD P100 tubes. We compare the quality of the DNA sample from P100 tubes to that from EDTA tubes. Our approach is simple and efficient. It involves four major steps as follows: 1) the use of a plasma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, USA) tube with mechanical separator for blood collection, 2) the removal of the mechanical separator using a combination of sucrose and a sterile paperclip metallic hook, 3) the separation of the buffy coat layer containing the white cells and 4) the isolation of the genomic DNA from the buffy coat using a regular commercial DNA extraction kit or a similar standard protocol.

We are describing a new method of isolating genomic DNA from whole blood collected for plasma/serology. After plasma collection, the compacted blood is usually discarded. Our novel method represents a significant improvement over existing methods and makes DNA and plasma available from a single collection, without requesting additional blood.

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black box&#34; because an experimentalist does not know if it has been performed successfully until the last of several steps. Moreover, the quality of western blot data is sometimes challenged due to a lack of effective quality control tools in place throughout the western blotting process. Here we describe the V3 western workflow, which applies stain-free technology to address the major concerns associated with the traditional western blot protocol. This workflow allows researchers: 1) to run a gel in about 20-30 min; 2) to visualize sample separation quality within 5 min after the gel run; 3) to transfer proteins in 3-10 min; 4) to verify transfer efficiency quantitatively; and most importantly 5) to validate changes in the level of the protein of interest using total protein loading control. This novel approach eliminates the need of stripping and reprobing the blot for housekeeping proteins such as &#946;-actin, &#946;-tubulin, GAPDH, etc. The V3 stain-free workflow makes the western blot process faster, transparent, more quantitative&#160;and reliable.

V3 workflow is a western blot procedure using stain-free gels. The stain-free technology allows researchers to visualize protein separation quality, to verify the transfer efficiency, and most importantly, to validate the change in the protein of interest using total protein quantification as a reliable loading control.

ウェスタンブロッティングにおける実用的で便利で信頼性の高い全タンパク質ローディング制御のためのV3染色不要のワークフロー

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

トラブルシューティングの方法と現代の定量的蛍光ウェスタンブロッティングへのガイド

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the avoidance of airway obstruction, prevention of gastric tympany, and to allow ventilatory support. Due to the difficulty of intubation, alternative methods such as the use of laryngeal mask airways or laryngeal tubes have been explored. However, these methods do not result in direct access to the trachea and thus may present a risk for development of complications. In addition, lack of direct intubation of the trachea can result in personnel exposure to waste anesthetic gases. Numerous methods for endotracheal intubation have been described, including blind placement, use of a fiberoptic laryngoscope or endoscope, and cricoid placement. Despite these numerous publications, many still struggle to achieve success. Here we provide a detailed description of an intubation technique that can be taught with minimal training with a short time to proficiency. Briefly, after administration of injectable anesthesia and proper positioning of the rabbit, a polypropylene catheter is placed into the trachea by direct visualization using a laryngoscope. The catheter is then used as a guide to direct the endotracheal tube into the trachea. This method allows for intubation without the need for expensive equipment and can be performed by a single individual without the need for an assistant. In conclusion, this technique can be easily taught and performed at very little cost in any clinical or research setting.

Endotracheal intubation in rabbits is challenging due to their unusual anatomy. Here we present a technique for direct intubation of the trachea using a polypropylene catheter as a guide. This method utilizes relatively inexpensive supplies, requires minimal training, and can be easily performed in any clinical setting.

ポリプロピレン ガイド カテーテルを用いた家兎気管内挿管

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool operating by disruption of essential gene expression. Although different methods, such as injection, feeding, and soaking, have been reported for successful delivery of double-stranded RNA (dsRNA), the efficiency of RNAi through oral delivery of dsRNA is highly variable among different insect groups. The German cockroach, Blattella germanica, is highly sensitive to the injection of dsRNA, as shown by many studies published previously. The present study describes a method to demonstrate that the dsRNA encapsulated with liposome carriers is sufficient to retard the degradation of dsRNA by midgut juice. Notably, the continuous feeding of dsRNA encapsulated by liposomes significantly reduces the tubulin expression in the midgut, and led to the death of cockroaches. In conclusion, the formulation and utilization of dsRNA lipoplexes, which protect dsRNA against nucleases, could be a practical use of RNAi for insect pest control in the future.

This manuscript demonstrates the depletion of gene expression in the midgut of the German cockroach through oral ingestion of double-stranded RNA encapsulated in liposomes.

RNA 干渉法の活用: ゴキブリのリポソーム キャリアで二本鎖 RNA の経口デリバリー

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been studied substantially using traditional two-dimensional techniques. Recent advancements in X-ray imaging technology via desktop micro-computed tomography (&#181;CT) and synchrotron radiation micro-computed tomography (SR&#181;CT) have allowed for the acquisition of high-resolution three-dimensional (3D) scans of a larger field of view (FOV) than other 3D imaging techniques (e.g., SEM) providing a more complete picture of microscopic structures within human cortical bone. The specimen should be accurately centered within the FOV, however, to limit the appearance of streak artifacts known to impact data analysis. Previous studies have reported procurement of irregularly shaped rectilinear bone blocks that result in imaging artifacts due to uneven edges or image truncation. We have applied a geological sampling protocol (coring) to procure consistently sized cortical bone core specimens for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This coring method is efficient and minimally destructive to tissue. It creates uniform cylindrical samples that decrease imaging artifacts by nature of being isometric during rotation and providing a uniform path length for X-ray beams throughout scanning. Image processing of X-ray tomographic data of cored and irregularly shaped samples confirms the potential of the technique to improve visualization and analysis of cortical bone microarchitecture. A goal of this protocol is to deliver a reliable and repeatable method for the extraction of cortical bone cores that is adaptable for various types of high-resolution bone imaging experiments. An overarching goal of the work is to create a standardized cortical bone procurement for SR&#181;CT that is affordable, consistent, and straightforward. This procedure may further be adapted by researchers in related fields who commonly evaluate hard composite materials such as in biological anthropology, geosciences, or material sciences.

We employed a geological (coring) sampling protocol to procure cortical bone specimens of uniform size for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This method is minimally destructive, efficient, results in cylindrical specimens that minimize imaging artifacts from irregular sample shapes and improves microarchitectural visualization and analysis.

高スループットコルティカル骨サンプルの採取と分析のための断面化、スコアリング、画像処理ガイド

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

蚊のエレクトロアンテノグラフィーのステップバイステップガイド

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

FSHレベルが上昇した卵巣摘出マウスモデルの開発

Exploring Independent Effects of Follicle-Stimulating Hormone In Vivo in a Mouse Model

During the transition from a reproductive to a nonreproductive phase (menopause), many women experience significant physiological and pathological changes, including decreased bone mass, increased blood lipids, and increased visceral adiposity. Levels of follicle-stimulating hormone (FSH) rise during the menopausal transition. Many studies have shown that FSH in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. Thus, building an animal model that can help study the independent effects of FSH in vivo is particularly important. In this study, C57BL/6 female mice were ovariectomized and supplemented with estradiol valerate (OVX + E2) to eliminate the effect of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The OVX + E2 mice received solvent (N.S.) or different doses of recombinant FSH via intraperitoneal injection to create a mouse model (OVF) characterized by relatively stable estrogen and rising FSH levels. Thus, we successfully generated an experimental mouse model to mimic the early stage of menopause transition, characterized by elevated serum FSH levels. The OVF model has the advantages of being stable, low cost, and easy to operate, which is suitable for studies to explore the extragonadal actions of FSH. Here, we describe detailed protocols for the mouse OVF model.

著者スポットライト:閉経周辺期の女性におけるFSHと病態生理学的変化との関係の調査 - マウスモデルからの洞察 

Follicle-stimulating hormone (FSH) in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. The ovariectomized and FSH-treated mouse model (OVF) can be used to explore the extragonadal actions of FSH.