Nous remercions les membres du laboratoire O&#39;Halloran des commentaires sur le manuscrit. Nous remercions le ministère de l&#39;Université George Washington des sciences biologiques et Columbian College of Arts and Sciences pour le financement de D. O&#39;Halloran.

Une. Local Alignment Search Tool base (BLAST): Interface en ligne <ol><li> Cliquez sur ce lien pour visiter le serveur BLAST 1 Web du Centre national d&#39;information sur la biotechnologie (NCBI). - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (Figure 1). </li><li> Entrée une séquence FASTA format de texte (voir la figure 2 par exemple) dans la boîte de recherche. </li><li> Cliquez sur le programme BLAST approprié et base de données pertinentes ou les espèces individuelles d&#39;intérêt à utiliser dans la recherche, puis cliquez sur «BLAST». Remarque: séquence FASTA formaté commence avec une ligne de description indiquée par un signe &quot;&gt;&quot;. La description doit suivre immédiatement après le signe &quot;&gt;&quot;, la séquence (c.. Nucléotides ou d&#39;acides aminés) suivre la description sur la ligne suivante. La sortie de la recherche BLAST est considéré comme HTML, texte, XML, ou frapper tables (texte ou csv) avec la configuration par défaut au format HTML (Figure 3). </li></ol> 2. Local Alignment Search Tool base (BLAST): exécutables locaux <ol><li> Téléchargez les derniers BLAST de ligne de commande exécutables BLAST partir de ce lien: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li> em&gt; Pour les utilisateurs de PC: double-cliquez sur le dernier fichier explosion de win32.exe et accepter le contrat de licence et cliquez sur Installer. Remarque: Le répertoire d&#39;installation par défaut est C: ncbi-haut-2.2.27 +. </li><li> Configurer la variable d&#39;environnement de PC comme suit: <ol><li> Cliquez sur le PC bouton &quot;Démarrer&quot;, puis clic droit &quot;ordinateur&quot;, </li><li> Cliquez sur &quot;Propriétés&quot; et dans le pop-up, cliquez sur l&#39;onglet &quot;avancé&quot; </li><li> Cliquez sur le bouton &quot;Variables d&#39;environnement&quot; et dans le nouveau pop-up cliquez sur le bouton &quot;nouveau&quot; sous èmee &quot;variables utilisateur utilisateur pour&quot; section </li><li> Dans le pop-up ajouter le nom de la variable &quot;Path&quot; et valeur de la variable &quot;C: ncbi-haut-2.2.27 + bin. Remarque: le répertoire bin contient l&#39;exécutable (c&#39;est à dire de blastp, etc.).. </li></ol></li><li> em&gt; Pour les utilisateurs Mac: Ouvrez l&#39;application Terminal (pour ce faire il suffit d&#39;ouvrir &quot;Finder&quot; et la recherche &quot;Terminal&quot; et ceci affichera l&#39;icône &quot;terminal&quot;). Dans le type de fenêtre de terminal: &gt; Ftp <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> Remarque: Vous pouvez taper l&#39;URL utilisée ci-dessus dans l&#39;exemple pour PC </li><li> Pour accéder à la NCBI Type &quot;anonyme&quot; pour le nom et mot de passe, puis tapez site ftp: &gt; Cd / fourneaux exécutables / DERNIÈRE </li><li> Dressez la liste des exécutables en tapant: &gt; ls </li><li> Obtenir la dernière version en tapant le texte suivant (ou quelle que soit la dernière version est actuellement): 2; obtenir ncbi-haut-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Quitter le site du serveur ftp NCBI en tapant &quot;exit&quot;. </li><li> Décompressez les fichiers téléchargés en tapant: &gt; Tar-xzf ncbi-haut-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Ajouter l&#39;emplacement des fichiers binaires pour l&#39;exécutable de souffle à votre chemin afin que la coque peut chercher dans ce répertoire lors de la recherche de commandes en tapant: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li> Vérifiez si cet ajoute l&#39;emplacement de votre chemin en tapant: &gt; Echo $ PATH </li><li> Télécharger une bases de données BLAST préformatés (qui sont mises à jour quotidiennement) en cliquant ici: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li> Placez la base de données dans le dossier &quot;db&quot;. </li><li> em&gt; Sur un PC: ouvrir une invite de commande MS-DOS (pour ce faire, cliquez sur &quot;Démarrer&quot; et tapez &quot;cmd&quot; dans la barre de recherche) et changer le répertoire dans le dossier ncbi-explosion en tapant: C: Users&gt; cd .. [se déplacejusqu&#39;à un dossier] C: &gt; cd ncbi-haut-2.2.27 + Cela va changer le répertoire: C: ncbi-haut-2.2.27 +&gt; </li><li> Créer la base de données en utilisant la commande suivante &quot;de makedb&quot;: &gt; Makedb en db / briggsae.fasta-dbtype prot-out db / briggsae Remarque: Dans l&#39;exemple ci-dessous (figure 4) la base de données est appelée &quot;briggsae&quot; et se compose d&#39;un groupe de liaison provenant de l&#39;organisme Caenorhabditis briggsae. </li><li> Créer une séquence de protéine de requête appelé &quot;test&quot; par insertion d&#39;une séquence de texte formaté protéines FASTA dans le dossier &quot;db&quot;. </li><li> Interroger la base de données via une recherche de blastp en tapant la commande suivante: &gt; Blastp-query db / test.txt-db db / briggsae-out text.txt </li><li> em&gt; Sur un Mac: télécharger une base de données pour les recherches Blast locales par l&#39;accès au site ftp NCBI selon les instructions ci-dessus (étape 2.4) et latype n: &gt; Lcd .. / bases de données / </li><li> Télécharger le génome ou séquence d&#39;intérêt en tapant: &gt; Se NC_ [Accession #]. Fna Note: &quot;. Fna&quot; se réfère à la séquence nucléotidique de mise en forme et FASTA &quot;faa.&quot; Se réfère aux FASTA formaté séquences d&#39;acides aminés. </li><li> Tapez &quot;quitter&quot; pour quitter le site ftp. </li><li> Faire la base de données en tapant: &gt; Makeblastdb en db / mouse.faa-out souris dbtype prot </li><li> Insérez une séquence de requête FAST formatée dans le dossier &quot;bin&quot; et interroger la base de données avec la commande suivante: &gt; Blastp-requête &quot;votre query.fasta&quot;-db &quot;votre base de données&quot; Départ results.txt </li></ol> 3. Génération alignements multiples de séquences <ol><li> Cliquez sur ces liens pour accéder à l&#39;alignement des programmes (MSA) couramment utilisés multiples de séquence: ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> Kalign 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> Mafft 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> MUSCLE 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> T-café 11 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> Probcons 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li> Cliquez sur ce lien - <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> - et les séquences au format FASTA entrée dans la boîte de recherche Remarque: Un exemple de sortie de T-café peut être vu dans la figure 5, résidus similaires sont codés par couleur. </li><li> Télécharger le Clustal MSA comme une version en ligne de commande (ClustalW) ou un graphique version (ClustalX) en cliquant sur ​​ce lien: <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - puis cliquez sur l&#39;exécutable approprié (c.-à-gagnant, Linux, Mac OS X). </li><li> Télécharger des données sous forme de texte de séquence FASTA formaté et aligner (Figure 6). </li></ol> 4. Déterminer Modèles meilleur ajustement de l&#39;évolution <ol><li> Cliquez ici pour télécharger le programme ProtTest 13: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li> Une fois ProtTest téléchargé, double-cliquez sur le fichier de ProtTest.jar </li><li> Une fois ProtTest est lancé, cliquez sur &quot;Sélectionner un fichier&quot; et charger les données de séquence (figure 7). </li><li> Puis cliquez sur &quot;Démarrer&quot; et le programme commencera (Figure 8). Remarque: Après la fin de la course (figure 8), le programme vous indiquera le meilleur modèle en fonction de critères par exemple<html> &quot;Meilleur modèle selon AIC: WAG + I + G&quot; </li></ol> 5. Inférer séquence basée phylogénies par maximum de vraisemblance ou d&#39;inférence bayésienne <ol><li> Téléchargé PhyML 4 ici: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li> Lancer l&#39;exécutable en double cliquant sur ​​l&#39;application appropriée (c.-à-PhyML Windows, PhyML Linux, etc.) Et la fenêtre d&#39;interface apparaîtra (figure 9). </li><li> Chargez la séquence d&#39;entrée comme une séquence PHYLIP formaté en tapant: &gt; &quot;Nom de fichier&quot;. Phy Remarque: Pour convertir des formats de séquence, utilisez le programme &quot;readseq&quot; web disponible à - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a> . </li><li> Lancez le programme en tapant &quot;Y&quot;. </li><li> Télécharger MrBayes 5 ici: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li> Pour démarrer le programme, cliquez sur le fichier exécutable et lire les données de séquence de NEXUS formatée dans le programme en tapant: &gt; Exécuter &quot;nom de fichier&quot;. Nex </li><li> Réglez le modèle évolutif. </li><li> Sélectionnez le nombre de générations à exécuter en tapant: &gt; Mcmcp ngen = 1000000 [ce définit le nombre de générations à 1000000] &gt; Puisard Burnin = 10000 [cela définit la Burnin 10000] </li><li> Enregistrer les longueurs de branches dans le fichier de résultats en tapant: &gt; Mcmcp savebrlens = oui </li><li> Exécutez l&#39;analyse en tapant: &gt; MCMC </li><li> Résumer les arbres à l&#39;aide de la commande &quot;SUMT&quot;. </li></ol> 6. Visualisation phylogénies <ol><li> Voir la liste des programmes de visualisation d&#39;arbres ici: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li> Télécharger le TreeView 14 progrsuis ici: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. 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S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. 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L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

Nous n&#39;avons rien à communiquer.

Notre espoir pour cet article, c&#39;est qu&#39;il servira de point de départ pour guider les chercheurs ou les étudiants qui sont nouveaux pour la phylogénétique. projets de séquençage du génome sont devenus moins coûteux au cours des dernières années et, en conséquence la demande des utilisateurs de cette technologie est de plus en plus, et maintenant la production de grands ensembles de données de séquence est monnaie courante dans les petits laboratoires. Ces ensembles de données sont souvent des cherc...

Afin de comprendre comment deux (ou plusieurs) espèces ont évolué, il est d&#39;abord nécessaire d&#39;obtenir la séquence ou données morphologiques de chaque échantillon; ces données représentent des quantités que nous pouvons utiliser pour mesurer leur relation dans l&#39;espace évolutif. Tout comme lors de la mesure la distance linéaire, ayant plus de données disponibles (par exemple, mille pouces, microns) seront équivaudrait à une mesure plus précise. Ergo, la précision avec laquelle un chercheur peut en déduire la distance évolutive est fortement influencé par le volume de données d&#39;information disponibles pour mesurer les relations. En outre, parce que les différents échantillons évoluent à des rythmes différents et par des mécanismes différents, la méthode que nous utilisons pour mesurer la relation entre deux taxons influence aussi directement la précision des mesures de l&#39;évolution. Par conséquent, parce que les relations évolutionnaires ne sont pas observés directement mais sont extrapolées à partir de séquence ou des données morphologiques, le problème consistant à déduire l&#39;évolutionrelations devient l&#39;une des statistiques. Phylogénétique est la branche de la biologie concernés par l&#39;application de modèles statistiques à des modèles d&#39;évolution afin de reconstruire l&#39;histoire évolutive de manière optimale entre les taxons. Cette reconstruction entre taxons est considéré comme la phylogénie de taxons. Pour aider à combler l&#39;écart en matière d&#39;expertise entre les biologistes moléculaires et les biologistes évolutionnaires que nous décrivons ici une étape par étape de pipeline pour inférer des phylogénies à partir d&#39;un ensemble de séquences. Tout d&#39;abord, nous détaillons les étapes interrogation de base de données à l&#39;aide du Local Alignment Search Tool base (BLAST 1) algorithme par l&#39;interface web et également en utilisant des exécutables locaux, ce qui est souvent la première étape dans l&#39;obtention d&#39;une liste de séquences similaires à un inconnu requête, bien que certains chercheurs peuvent également être intéressé par la collecte de données pour un seul groupe via des interfaces Web comme Phylota (http://www.phylota.net/). BLAST est un algorithme de cOMPARAISON primaire d&#39;acides aminés ou des données de séquence nucléotidique à l&#39;encontre d&#39;une base de données pour rechercher des séquences &quot;hits&quot; qui ressemblent à la séquence de requête. Le programme BLAST a été conçu par Stephen Altschul et al. au National Institutes of Health (NIH) 1. Le serveur BLAST se compose d&#39;un certain nombre de programmes, et voici une liste de quelques-uns des programmes les plus communs BLAST: i) Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn): Ce programme nécessite une entrée de séquence d&#39;ADN et retourne séquences d&#39;ADN les plus proches de la base de données d&#39;ADN que l&#39;utilisateur précise (par exemple pour un organisme spécifique). ii) la protéine-protéine BLAST (blastp): l&#39;utilisateur saisit ici une séquence de protéine et le programme retourne les séquences protéiques les plus similaires à partir de la base de données de protéines que l&#39;utilisateur spécifie. iii) BLAST itératif position spécifique (PSI-BLAST) (blastpgp): L&#39;entrée de l&#39;utilisateur est un protedans l&#39;ordre qui renvoie un ensemble de protéines étroitement liées, et de cet ensemble de données un profil conservée est généré. Suivant une nouvelle requête est générée en utilisant uniquement ces &quot;motifs&quot; conservées qui sont utilisées pour interroger une base de données de protéines et cela renvoie un plus grand groupe de protéines à partir de laquelle une nouvelle série de &quot;motifs&quot; conservées sont extraits et ensuite utilisé pour interroger une base de données de protéines jusqu&#39;à ce que un nombre encore plus important de protéines sont réglées de nouveau et un autre profil est généré et le processus est répété. En incluant des protéines apparentées à la demande de recherche dans chacune des étapes de ce programme permet à l&#39;utilisateur d&#39;identifier des séquences qui sont plus divergentes. iv) Nucleotide 6-trame de traduction protéique (blastx): Ici, l&#39;utilisateur fournit une entrée de séquence de nucléotide qui est transformé en les six cadres des produits de traduction conceptuels (à savoir les deux brins) contre une base de données de séquences de protéines.. v) de nucléotides 6-cadre traduction nucléotidesTraduction 6-cadre (tblastx): Ce programme prend une entrée de séquence nucléotidique de l&#39;ADN et traduit l&#39;entrée dans tous les six cadres conceptuels produits de traduction qu&#39;il compare contre les traductions d&#39;une base de données de la séquence nucléotidique six cadres. vi) 6-trame traduction de protéine-nucléotide (tblastn): Ce programme utilise une entrée de séquence de protéine pour la comparer à l&#39;ensemble des six cadres de lecture d&#39;une base de données de séquences nucléotidiques. Ensuite, nous décrivons les programmes couramment utilisés pour produire un alignement de séquence multiple (MSA) à partir d&#39;un ensemble de données de séquence, et il est suivi par un mode d&#39;emploi pour des programmes qui déterminent les modèles les mieux adaptées de l&#39;évolution d&#39;un ensemble de données de séquence. Reconstruction phylogénétique est un problème statistique, et de ce fait, les méthodes phylogénétiques ont besoin d&#39;intégrer un cadre statistique. Ce cadre statistique devient un modèle évolutif qui intègre le changement de séquence dans l&#39;ensemble de données. Cette évolution model est composé d&#39;un ensemble d&#39;hypothèses sur le processus de nucléotides ou d&#39;acides aminés substitutions, et le meilleur modèle pour un ensemble de données particulier peut être sélectionnée au moyen de tests statistiques. L&#39;ajustement aux données de modèles différents peuvent être comparés par des tests du rapport de vraisemblance (LRT) ou des critères d&#39;information pour sélectionner le meilleur modèle dans un ensemble de possibles. Deux critères communs d&#39;information sont les informations critère Akaike (AIC) 2 et le critère d&#39;information bayésien (BIC) 3. Une fois un alignement optimal est généré, il existe de nombreuses méthodes différentes pour créer une phylogénie des données alignées. Il existe de nombreuses méthodes de déduire les relations évolutives; généralement, ils peuvent être divisés en deux catégories: les méthodes fondées sur la distance et méthodes basés sur les séquences. Méthodes fondées sur la distance calculent les distances paires de séquences, puis utilisent ces distances pour obtenir l&#39;arbre. Méthodes basés sur les séquences utilisent l&#39;alignement de séquences directement, et la recherche en général le tree espace en utilisant un critère d&#39;optimalité. Nous présentons deux méthodes basés sur les séquences pour reconstruire les relations phylogénétiques: ce sont PhyML 4 qui met en œuvre le cadre du maximum de vraisemblance, et MrBayes 5 qui utilise bayésienne Markov Chain Monte Carlo inférence. Probabilité et méthodes bayésiennes offrent un cadre statistique pour la reconstruction phylogénétique. En fournissant des informations de l&#39;utilisateur sur les outils de renforcement des arbres couramment utilisés, nous introduisons le lecteur aux données nécessaires pour déduire les relations phylogénétiques.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

De nombreux chercheurs, dans des foyers incroyablement diversifiée, appliquent phylogénétique à leur question (s) de recherche. Cependant, de nombreux chercheurs sont de nouveau à ce sujet et il présente des problèmes inhérents. Ici, nous compilons une introduction pratique à la phylogénétique pour non-experts. Nous présentons de façon étape-par-étape, un pipeline pour générer phylogénies fiables de jeux de données de séquences de gènes. Nous commençons avec un guide utilisateur pour les outils de recherche de similarité via des interfaces en ligne ainsi que les exécutables locaux. Ensuite, nous explorons des programmes de génération de multiples alignements de séquences, suivi par des protocoles d&#39;utilisation de logiciel pour déterminer les modèles les mieux adaptées de l&#39;évolution. Nous décrivons ensuite les protocoles pour reconstruire les relations phylogénétiques par maximum de vraisemblance et critères bayésiens et enfin décrire les outils de visualisation des arbres phylogénétiques. Si ce n&#39;est pas par tous les moyens une description exhaustive des approches phylogénétiques, il fournit au lecteur pratique informat départions sur des applications logicielles clés couramment utilisés par les phylogénéticiens. La vision de cet article serait qu&#39;il puisse servir comme un outil de formation pratique pour les chercheurs qui entreprennent des études phylogénétiques et aussi servir comme une ressource éducative qui pourrait être incorporé dans une salle de classe ou un enseignement de laboratoire.

Trouver des similitudes avec une requête permet aux chercheurs de attribuent une identité potentielle de nouvelles séquences et également déduire les relations entre les séquences. Le type d&#39;entrée de fichier pour BLAST est une séquence de texte formaté FASTA ou numéro d&#39;accession GenBank. Séquence FASTA formaté commence avec une ligne de description indiquée par un signe «&gt;» (figure 2). La description doit suivre immédiatement après le signe &quot;&gt;&quot;, la s...

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A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Nous décrivons ici un pipeline étape-par-étape pour générer phylogénies fiables de nucléotides ou d&#39;acides aminés des ensembles de données de séquence. Ce guide vise à servir les chercheurs ou les étudiants nouveaux à l&#39;analyse phylogénétique.

Un guide pratique pour Phylogenetics pour non-experts

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

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Research

JoVE Journal

Biology

35.2K vues.  The George Washington University.  Nous décrivons ici un pipeline étape-par-étape pour générer phylogénies fiables de nucléotides ou d'acides aminés des ensembles de données de séquence. Ce guide vise à servir les chercheurs ou les étudiants nouveaux à l'analyse phylogénétique. 

Vidéo: A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

Le barreau d&#39;échelle Marche Tâche: Un système de notation et son application pratique.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Recherche

Biologie

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing and adult tissue. An advance in this concept is Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM), linking gene expression, cell fate, and cell behaviors in vivo, to create fate maps based on genetic lineage.
GIFM exploits X-CreER lines where X is a gene or set of gene regulatory elements that confers spatial expression of a modified bacteriophage protein, Cre recombinase (CreERT). CreERT contains a modified estrogen receptor ligand binding domain which renders CreERT sequestered in the cytoplasm in the absence of the drug tamoxifen. The binding of tamoxifen releases CreERT, which translocates to the nucleus and mediates recombination between DNA sequences flanked by loxP sites. In GIFM, recombination typically occurs between a loxP flanked Stop cassette preceding a reporter gene such as GFP.
Mice are bred to contain either a region- or cell type-specific CreER and a conditional reporter allele. Untreated mice will not have marking because the Stop cassette in the reporter prevents further transcription of the reporter gene. We administer tamoxifen by oral gavage to timed-pregnant females, which provides temporal control of CreERT release and subsequent translocation to the nucleus removing the Stop cassette from the reporter. Following recombination, the reporter allele is constitutively and heritably expressed. This series of events marks cells such that their genetic history is indelibly recorded. The recombined reporter thus serves as a high fidelity genetic lineage tracer that, once on, is uncoupled from the gene expression initially used to drive CreERT.
We apply GIFM in mouse to study normal development and ascertain the contribution of genetic lineages to adult cell types and tissues. We also use GIFM to follow cells on mutant genetic backgrounds to better understand complex phenotypes that mimic salient features of human genetic disorders.
This video article guides researchers through experimental methods to successfully apply GIFM. We demonstrate the method using our well characterized Wnt1-CreERT;mGFP mice by administering tamoxifen at embryonic day (E)8.5 via oral gavage followed by dissection at E12.5 and analysis by epifluorescence stereomicroscopy. We also demonstrate how to micro-dissect fate mapped domains for explant preparation or FACS analysis and dissect adult fate-mapped brains for whole mount fluorescent imaging. Collectively, these procedures allow researchers to address critical questions in developmental biology and disease models.

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM) marks and tracks cells with fine spatial and temporal control in vivo and elucidates how cells from a specific genetic lineage contribute to developing and adult tissues. Demonstrated here are the techniques required to fate map E12.5 mouse embryos for epifluorescent and explant analysis.

Une approche pratique de la cartographie inductible destin génétique: un guide visuel à Mark et Track Cellules In Vivo</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes determines the portion of the blood that can be analyzed (whole blood, plasma or serum). Laboratories involved in studying the genetic basis of human disorders rely on anticoagulated whole blood collected in EDTA-containing vacutainer as the source of DNA for genetic / genomic analysis. Because most clinical laboratories perform biochemical, serologic and viral testing as a first step in phenotypic outcome investigation, anticoagulated blood is also collected in heparin-containing tube (plasma tube). Therefore when DNA and plasma are needed for simultaneous and parallel analyses of both genomic and proteomic data, it is customary to collect blood in both EDTA and heparin tubes. If blood could be collected in a single tube and serve as a source for both plasma and DNA, that method would be considered an advancement to existing methods. The use of the compacted blood after plasma extraction represents an alternative source for genomic DNA, thus minimizing the amount of blood samples processed and reducing the number of samples required from each patient. This would ultimately save time and resources.
The BD P100 blood collection system for plasma protein preservation were created as an improved method over previous plasma or serum collection tubes1, to stabilize the protein content of blood, enabling better protein biomarker discovery and proteomics experimentation from human blood. The BD P100 tubes contain 15.8 ml of spray-dried K2EDTA and a lyophilized proprietary broad spectrum cocktail of protease inhibitors to prevent coagulation and stabilize the plasma proteins. They also include a mechanical separator, which provides a physical barrier between plasma and cell pellets after centrifugation. Few methods have been devised to extract DNA from clotted blood samples collected in old plasma tubes2-4. Challenges from these methods were mainly associated with the type of separator inside the tubes (gel separator) and included difficulty in recovering the clotted blood, the inconvenience of fragmenting or dispersing the clot, and obstruction of the clot extraction by the separation gel.
We present the first method that extracts and purifies genomic DNA from blood drawn in the new BD P100 tubes. We compare the quality of the DNA sample from P100 tubes to that from EDTA tubes. Our approach is simple and efficient. It involves four major steps as follows: 1) the use of a plasma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, USA) tube with mechanical separator for blood collection, 2) the removal of the mechanical separator using a combination of sucrose and a sterile paperclip metallic hook, 3) the separation of the buffy coat layer containing the white cells and 4) the isolation of the genomic DNA from the buffy coat using a regular commercial DNA extraction kit or a similar standard protocol.

We are describing a new method of isolating genomic DNA from whole blood collected for plasma/serology. After plasma collection, the compacted blood is usually discarded. Our novel method represents a significant improvement over existing methods and makes DNA and plasma available from a single collection, without requesting additional blood.

Une méthode pratique et roman d&#39;extraire l&#39;ADN génomique à partir de kits de prélèvement sanguin pour la préservation Plasma Protein

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black box&#34; because an experimentalist does not know if it has been performed successfully until the last of several steps. Moreover, the quality of western blot data is sometimes challenged due to a lack of effective quality control tools in place throughout the western blotting process. Here we describe the V3 western workflow, which applies stain-free technology to address the major concerns associated with the traditional western blot protocol. This workflow allows researchers: 1) to run a gel in about 20-30 min; 2) to visualize sample separation quality within 5 min after the gel run; 3) to transfer proteins in 3-10 min; 4) to verify transfer efficiency quantitatively; and most importantly 5) to validate changes in the level of the protein of interest using total protein loading control. This novel approach eliminates the need of stripping and reprobing the blot for housekeeping proteins such as &#946;-actin, &#946;-tubulin, GAPDH, etc. The V3 stain-free workflow makes the western blot process faster, transparent, more quantitative&#160;and reliable.

V3 workflow is a western blot procedure using stain-free gels. The stain-free technology allows researchers to visualize protein separation quality, to verify the transfer efficiency, and most importantly, to validate the change in the protein of interest using total protein quantification as a reliable loading control.

Flux de travail sans taches V3 pour un contrôle pratique, pratique et fiable de la charge totale en protéines dans Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

Un Guide to Modern quantitative fluorescente Western blot avec des stratégies de dépannage

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the avoidance of airway obstruction, prevention of gastric tympany, and to allow ventilatory support. Due to the difficulty of intubation, alternative methods such as the use of laryngeal mask airways or laryngeal tubes have been explored. However, these methods do not result in direct access to the trachea and thus may present a risk for development of complications. In addition, lack of direct intubation of the trachea can result in personnel exposure to waste anesthetic gases. Numerous methods for endotracheal intubation have been described, including blind placement, use of a fiberoptic laryngoscope or endoscope, and cricoid placement. Despite these numerous publications, many still struggle to achieve success. Here we provide a detailed description of an intubation technique that can be taught with minimal training with a short time to proficiency. Briefly, after administration of injectable anesthesia and proper positioning of the rabbit, a polypropylene catheter is placed into the trachea by direct visualization using a laryngoscope. The catheter is then used as a guide to direct the endotracheal tube into the trachea. This method allows for intubation without the need for expensive equipment and can be performed by a single individual without the need for an assistant. In conclusion, this technique can be easily taught and performed at very little cost in any clinical or research setting.

Endotracheal intubation in rabbits is challenging due to their unusual anatomy. Here we present a technique for direct intubation of the trachea using a polypropylene catheter as a guide. This method utilizes relatively inexpensive supplies, requires minimal training, and can be easily performed in any clinical setting.

Intubation endotrachéale de lapins à l’aide d’un cathéter Guide en polypropylène

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool operating by disruption of essential gene expression. Although different methods, such as injection, feeding, and soaking, have been reported for successful delivery of double-stranded RNA (dsRNA), the efficiency of RNAi through oral delivery of dsRNA is highly variable among different insect groups. The German cockroach, Blattella germanica, is highly sensitive to the injection of dsRNA, as shown by many studies published previously. The present study describes a method to demonstrate that the dsRNA encapsulated with liposome carriers is sufficient to retard the degradation of dsRNA by midgut juice. Notably, the continuous feeding of dsRNA encapsulated by liposomes significantly reduces the tubulin expression in the midgut, and led to the death of cockroaches. In conclusion, the formulation and utilization of dsRNA lipoplexes, which protect dsRNA against nucleases, could be a practical use of RNAi for insect pest control in the future.

This manuscript demonstrates the depletion of gene expression in the midgut of the German cockroach through oral ingestion of double-stranded RNA encapsulated in liposomes.

Utilisation pratique de l’interférence d’ARN : l’administration orale d’ARN Double brin dans Liposome transporteurs pour les blattes

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been studied substantially using traditional two-dimensional techniques. Recent advancements in X-ray imaging technology via desktop micro-computed tomography (&#181;CT) and synchrotron radiation micro-computed tomography (SR&#181;CT) have allowed for the acquisition of high-resolution three-dimensional (3D) scans of a larger field of view (FOV) than other 3D imaging techniques (e.g., SEM) providing a more complete picture of microscopic structures within human cortical bone. The specimen should be accurately centered within the FOV, however, to limit the appearance of streak artifacts known to impact data analysis. Previous studies have reported procurement of irregularly shaped rectilinear bone blocks that result in imaging artifacts due to uneven edges or image truncation. We have applied a geological sampling protocol (coring) to procure consistently sized cortical bone core specimens for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This coring method is efficient and minimally destructive to tissue. It creates uniform cylindrical samples that decrease imaging artifacts by nature of being isometric during rotation and providing a uniform path length for X-ray beams throughout scanning. Image processing of X-ray tomographic data of cored and irregularly shaped samples confirms the potential of the technique to improve visualization and analysis of cortical bone microarchitecture. A goal of this protocol is to deliver a reliable and repeatable method for the extraction of cortical bone cores that is adaptable for various types of high-resolution bone imaging experiments. An overarching goal of the work is to create a standardized cortical bone procurement for SR&#181;CT that is affordable, consistent, and straightforward. This procedure may further be adapted by researchers in related fields who commonly evaluate hard composite materials such as in biological anthropology, geosciences, or material sciences.

We employed a geological (coring) sampling protocol to procure cortical bone specimens of uniform size for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This method is minimally destructive, efficient, results in cylindrical specimens that minimize imaging artifacts from irregular sample shapes and improves microarchitectural visualization and analysis.

Un guide de sectionnement, de coring et de traitement d’image pour l’approvisionnement et l’analyse d’échantillons d’os cortical à haut débit pour le micro-CT synchrotron

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

Un guide étape par étape de l’électroanténnographie des moustiques

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

Développement d’un modèle de souris ovariectomisé avec un taux élevé de FSH

Exploring Independent Effects of Follicle-Stimulating Hormone In Vivo in a Mouse Model

During the transition from a reproductive to a nonreproductive phase (menopause), many women experience significant physiological and pathological changes, including decreased bone mass, increased blood lipids, and increased visceral adiposity. Levels of follicle-stimulating hormone (FSH) rise during the menopausal transition. Many studies have shown that FSH in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. Thus, building an animal model that can help study the independent effects of FSH in vivo is particularly important. In this study, C57BL/6 female mice were ovariectomized and supplemented with estradiol valerate (OVX + E2) to eliminate the effect of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The OVX + E2 mice received solvent (N.S.) or different doses of recombinant FSH via intraperitoneal injection to create a mouse model (OVF) characterized by relatively stable estrogen and rising FSH levels. Thus, we successfully generated an experimental mouse model to mimic the early stage of menopause transition, characterized by elevated serum FSH levels. The OVF model has the advantages of being stable, low cost, and easy to operate, which is suitable for studies to explore the extragonadal actions of FSH. Here, we describe detailed protocols for the mouse OVF model.

Pleins feux sur l’auteur : Étude de la relation entre la FSH et les changements physiopathologiques chez les femmes en périménopause - Aperçu d’un modèle murin 

Follicle-stimulating hormone (FSH) in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. The ovariectomized and FSH-treated mouse model (OVF) can be used to explore the extragonadal actions of FSH.