نشكر أعضاء المختبر أوهالرون للتعليق على المخطوطة. نشكر وزارة جامعة جورج واشنطن للعلوم البيولوجية وكلية الكولومبي الآداب والعلوم للحصول على تمويل لD. أوهالرون.

1. محاذاة الأساسية المحلية أداة البحث (الانفجار): واجهة على الانترنت <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على هذا الرابط لزيارة خادم الويب انفجار 1 في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI). - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (الشكل 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدخال FASTA تسلسل تنسيق النص (انظر الشكل 2 على سبيل المثال) في مربع الاستعلام. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق البرنامج انفجار المناسبة وقواعد البيانات ذات الصلة أو الأنواع الفردية من الفائدة لاستخدامها في البحث ثم انقر فوق &quot;انفجار&quot;. ملاحظة: تسلسل FASTA تنسيق يبدأ مع خط وصف المشار إليها بواسطة &quot;&gt;&quot; علامة. وصف يجب أن تتبع مباشرة بعد &quot;&gt;&quot; علامة، تسلسل (أي. النيوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية) اتبع الوصف على السطر التالي. وينظر الإخراج من البحث انفجار كما HTML، نص عادي، XML، أو ضرب تاBLES (نص أو CSV) مع تعيين الافتراضي إلى HTML (الشكل 3). </li></ol> 2. محاذاة الأساسية المحلية أداة البحث (الانفجار): للتنفيذ محلي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل أحدث انفجار سطر الأوامر التنفيذية انفجار من هذا الرابط: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> م&gt; بالنسبة لمستخدمي الكمبيوتر: انقر نقرا مزدوجا فوق ملف آخر win32.exe الانفجار وقبول اتفاقية الترخيص ثم انقر فوق تثبيت. ملاحظة: الدليل التثبيت الافتراضي هو C: NCBI الانفجار-2.2.27 +. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تكوين متغير البيئة PC كما يلي: <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق جهاز الكمبيوتر على زر &quot;ابدأ&quot;، ثم انقر فوق الحق &quot;جهاز الكمبيوتر&quot;، </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على زر &quot;خصائص&quot; وفي المنبثقة انقر على &quot;متقدم&quot; التبويب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على زر &quot;متغيرات البيئة&quot; في والجديدة المنبثقة انقر فوق الزر &quot;جديد&quot; تحت اله &quot;متغيرات المستخدم للمستخدم&quot; القسم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في المنبثقة إضافة اسم متغير &quot;مسار&quot;، وقيمة المتغير &quot;C: NCBI الانفجار-2.2.27 + بن. ملاحظة: يحتوي على دليل بن القابل للتنفيذ (أي blastp، الخ.). </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> م&gt; بالنسبة لمستخدمي ماك: افتح التطبيق الطرفي (للقيام بذلك مجرد فتح &quot;الكشاف&quot; وبحث &quot;الطرفية&quot; وهذا سيتم عرض رمز &quot;محطة&quot;). في نوع إطار المحطة الطرفية: &gt; بروتوكول نقل الملفات <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> ملاحظة: يمكن أيضا كتابة عنوان URL المستخدمة أعلاه في المثال لPC </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للوصول إلى موقع FTP NCBI نوع &quot;المجهول&quot; للحصول على اسم وكلمة المرور، ثم اكتب: &gt; سي دي الانفجار / التنفيذية / اخر </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> قائمة الملفات التنفيذية بواسطة الكتابة: &gt; ليرة سورية </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحصول على أحدث إصدار عن طريق كتابة ما يلي (أو أيا كان أحدث إصدار حاليا): 2؛ حصول NCBI الانفجار-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الخروج من موقع خادم بروتوكول نقل الملفات NCBI بكتابة &quot;خروج&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضغط الملفات التي تم تحميلها عن طريق كتابة: &gt; القطران xzf NCBI الانفجار-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة موقع الثنائيات لتنفيذ الانفجار إلى المسار بحيث يمكن البحث من خلال قذيفة هذا الدليل عندما تبحث عن الأوامر بكتابة: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> معرفة ما اذا كان هذا إضافة الموقع إلى المسار الخاص بك عن طريق كتابة: &gt; صدى $ PATH </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل قواعد بيانات انفجار المنسقة مسبقا (التي يتم تحديثها يوميا) عن طريق النقر هنا: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع قاعدة البيانات في مجلد &quot;ديسيبل&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> م&gt; على PC: افتح موجه MS-DOS (للقيام بذلك انقر على &quot;ابدأ&quot; واكتب &quot;كمد&quot; في شريط البحث) وتغيير الدليل إلى المجلد NCBI الانفجار بكتابة: C: المستخدمين&gt; سي دي .. [التحركاتحتى مجلد واحد] C: &gt; CD-NCBI الانفجار 2.2.27 + سيؤدي ذلك إلى تغيير الدليل إلى: C: NCBI الانفجار-2.2.27 +&gt; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إنشاء قاعدة بيانات باستخدام الأمر &quot;makedb&quot; التالية: &gt; makedb في ديسيبل / briggsae.fasta-DBTYPE البروتوكول الاضافي المغادرة ديسيبل / briggsae ملاحظة: في المثال أدناه (الشكل 4) يدعى قاعدة البيانات &quot;briggsae&quot; وتتألف من مجموعة واحدة من الربط الكائن انواع معينة briggsae. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إنشاء تسلسل البروتين الاستعلام يسمى &quot;اختبار&quot; عن طريق إدراج تسلسل FASTA تنسيق النص البروتين إلى مجلد &quot;ديسيبل&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استجواب قاعدة البيانات عن طريق البحث blastp عن طريق كتابة الأمر التالي: &gt; ديسيبل blastp استعلام / TEST.TXT-ديسيبل ديسيبل / briggsae المغادرة text.txt </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> م&gt; في ماك: تحميل قاعدة بيانات لعمليات البحث انفجار المحلية عن طريق الوصول إلى بروتوكول نقل الملفات موقع NCBI وفقا للتعليمات أعلاه (الخطوة 2.4) ونوع ن: &gt; شاشات الكريستال السائل .. / قواعد البيانات / </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل الجينوم أو تسلسل من الفائدة عن طريق كتابة: &gt; الحصول على NC_ [الانضمام #]. الفنا ملاحظة: &quot;سانا&quot; يشير إلى تنسيق FASTA تسلسل النوكليوتيدات و&quot;FAA&quot;. يشير إلى تنسيق FASTA تسلسل الحمض الأميني. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اكتب &quot;إنهاء&quot; للخروج من موقع بروتوكول نقل الملفات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جعل قاعدة البيانات عن طريق كتابة: &gt; makeblastdb في ديسيبل /-mouse.faa من الماوس DBTYPE البروتوكول الاضافي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدراج تسلسل الاستعلام تنسيق FAST إلى مجلد &quot;بن&quot; واستجواب قاعدة البيانات باستخدام الأمر التالي: &gt; blastp-الاستعلام &quot;الخاص query.fasta&quot; ديسيبل &quot;قاعدة البيانات&quot; من results.txt </li></ol> 3. توليد الأحلاف تسلسل متعددة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على هذه الروابط للوصول استخداما تسلسل محاذاة (MSA) برامج متعددة: ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> كاليGN 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8،9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> العضلات 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> T-11 القهوة <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> PROBCONS 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على هذا الرابط - <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> - وتسلسل البيانات تنسيق المدخلات FASTA في مربع الاستعلام ملاحظة: يمكن الاطلاع على إخراج نموذج من T-القهوة في الشكل 5، بقايا مماثلة لونا مميزا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل كلوستال MSA كإصدار سطر الأوامر (ClustalW) أو الخامس الرسوميةersion (ClustalX) من خلال النقر على هذا الرابط: <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - ثم انقر على الملف القابل للتنفيذ المناسب (أي فوز، لينكس، نظام التشغيل Mac OS X). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل البيانات كنص تسلسل FASTA تنسيق ومواءمة (الشكل 6). </li></ol> 4. تحديد أفضل نماذج تناسب التطور <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر هنا لتحميل برنامج ProtTest 13: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة يتم تحميلها ProtTest، انقر نقرا مزدوجا فوق الملف ProtTest.jar </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة يتم تشغيل ProtTest، انقر على &quot;حدد ملف&quot; وتحميل البيانات التسلسل (الشكل 7). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ثم انقر على زر &quot;البدء&quot; وسيبدأ البرنامج (الشكل 8). ملاحظة: بعد الانتهاء من تشغيل (الشكل 8)، سيقوم البرنامج تشير إلى أفضل نموذج على أساس معايير مثل<html> &quot;أفضل نموذج وفقا لAIC: WAG + I + G&quot; </li></ol> 5. استنتاج تسلسل استنادا Phylogenies بواسطة القصوى أرجحية أو الاستدلال النظرية الافتراضية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل PhyML 4 هنا: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إطلاق القابل للتنفيذ عن طريق النقر المزدوج التطبيق المناسب (أي phyml ويندوز، لينكس phyml، الخ.) وسوف يطفو على السطح نافذة واجهة (الشكل 9). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل تسلسل إدخال كتسلسل PHYLIP تنسيق بكتابة: &gt; &quot;اسم الملف&quot;. فيز ملاحظة: لتحويل بين صيغ تسلسل، واستخدام &quot;Readseq&quot; برنامج الويب المتاحة في - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a> . </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إطلاق البرنامج عن طريق كتابة &quot;Y&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل MrBayes 5 هنا: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لبدء البرنامج اضغط على الملف القابل للتنفيذ وقراءة البيانات تسلسل NEXUS مهيأ في البرنامج عن طريق كتابة: &gt; تنفيذ &quot;اسم الملف&quot;. NEX </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعيين النموذج التطوري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد عدد من الأجيال التي تديرها الكتابة: &gt; mcmcp NGEN = 1000000 [هذا بتعيين عدد من الأجيال 1000000] &gt; مستنقع احترق بالداخل = 10000 [هذا يضع احترق بالداخل إلى 10000] </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حفظ أطوال فرع في ملف النتائج عن طريق كتابة: &gt; mcmcp savebrlens = نعم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تشغيل تحليل الكتابة: &gt; MCMC </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تلخيص الأشجار باستخدام الأمر &quot;sumt&quot;. </li></ol> 6. تصور Phylogenies <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عرض قائمة برامج المشاهد شجرة هنا: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل تحكم TreeView 14 الحديثة اضافة بالصورأنا هنا: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLUSTAL+W:+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting,+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice.">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li><li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm.">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li><li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+version+5:+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment.">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li><li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT:+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform.">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-coffee:+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment.">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li><li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeView:+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers.">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=jModelTest+2:+More+models,+new+heuristics+and+parallel+computing.">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li><li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

ليس لدينا شيء في الكشف عنها.

أملنا لهذا المقال هو أنه سيكون بمثابة نقطة انطلاق لتوجيه الباحثين أو الطلاب الذين هم جديدة لphylogenetics. أصبحت مشاريع تسلسل الجينوم أقل تكلفة على مدى السنوات القليلة الماضية ونتيجة لذلك الطلب مستخدم لهذه التكنولوجيا في تزايد مستمر، والآن إنتاج مجموعات البيانات الكبيرة...

من أجل فهم كيفية تطور اثنين (أو أكثر) من الأنواع، فمن الضروري أولا للحصول على تسلسل أو البيانات المورفولوجية من كل عينة؛ تمثل هذه البيانات الكميات التي يمكننا استخدامها لقياس العلاقة بينهما عبر الفضاء التطورية. تماما مثل عند قياس المسافة الخطية، بعد أن والمزيد من البيانات المتاحة (مثل ميل، بوصة، ميكرون) تساوي قياس أكثر دقة. إرجو، والدقة التي يمكن أن نستنتج الباحث المسافة التطورية ويتأثر بشدة من حجم البيانات بالمعلومات المتوفرة لقياس العلاقات. وعلاوة على ذلك، لأن عينات مختلفة تتطور بمعدلات مختلفة وآليات مختلفة، والطريقة التي نستخدمها لقياس العلاقة بين اثنين من الأنواع أيضا يؤثر بشكل مباشر على دقة القياسات التطورية. لذلك، لأن العلاقات التطورية لا تراعى مباشرة ولكن بدلا من ذلك يتم استقراء من تسلسل أو البيانات المورفولوجية، مشكلة استنتاج التطوريالعلاقات يصبح واحدا من الإحصاءات. Phylogenetics هي فرع من فروع علم الأحياء المعنية مع تطبيق النماذج الإحصائية لأنماط التطور من أجل إعادة بناء التاريخ التطوري على النحو الأمثل بين الأصناف. ويشار إلى هذه الأصناف لإعادة الإعمار بين نسالة كما في الأنواع و. للمساعدة على سد الفجوة في الخبرات بين علماء البيولوجيا الجزيئية والبيولوجيا التطورية وصفنا هنا خطوة خطوة عن طريق خط أنابيب لاستنتاج phylogenies من مجموعة من متواليات. أولا، نحن بالتفصيل الخطوات المتبعة في الاستجواب قاعدة البيانات باستخدام بسيطة المحلي محاذاة أداة البحث (الانفجار 1) الخوارزمية من خلال واجهة على شبكة الإنترنت، وكذلك باستخدام التنفيذية المحلية، وهذا غالبا ما يكون الخطوة الأولى في الحصول على قائمة من سلاسل مشابهة لمجهولين الاستعلام، على الرغم من أن بعض الباحثين قد تكون مهتمة ايضا في جمع البيانات لمجموعة واحدة عبر واجهات شبكة الإنترنت مثل Phylota (http://www.phylota.net/). انفجار هو خوارزمية لجomparing الأحماض الأمينية الأساسية أو بيانات تسلسل النوكليوتيدات مقابل قاعدة بيانات من تسلسل للبحث عن &quot;يضرب&quot; التي تشبه تسلسل الاستعلام. وقد تم تصميم البرنامج انفجار ستيفن Altschul وآخرون. في المعاهد الوطنية للصحة (NIH) 1. يتكون خادم انفجار عدد من البرامج المختلفة، وهنا لائحة لبعض البرامج انفجار الأكثر شيوعا: ط) انفجار النوكليوتيدات النوكليوتيدات (BLASTN): يتطلب هذا البرنامج إدخال تسلسل الحمض النووي وإرجاع تسلسل الحمض النووي الأكثر مماثلة من قاعدة بيانات الحمض النووي أن يحدد المستخدم (على سبيل المثال لكائن معين). ب) البروتين البروتين انفجار (blastp): هنا المستخدم مدخلات تسلسل البروتين وبرنامج بإرجاع تسلسل البروتين الأكثر مماثلة من قاعدة البيانات البروتين الذي يحدد المستخدم. ج) موقف محدد انفجار تكرارية (PSI-انفجار) (blastpgp): إن إدخال المستخدم هو المتواجدفي تسلسل التي ترجع مجموعة من البروتينات ترتبط ارتباطا وثيقا، ومن هذه البينات يتم إنشاء ملف تعريف الحفظ. المقبل يتم إنشاء استعلام جديد فقط باستخدام هذه &quot;الزخارف&quot; الحفظ الذي يستخدم لاستجواب قاعدة بيانات البروتين وهذا بإرجاع مجموعة أكبر من البروتينات التي مجموعة جديدة من &quot;الزخارف&quot; الحفظ يتم استخراج وتستخدم بعد ذلك لاستجواب قاعدة بيانات البروتين حتى وعاد مجموعة أكبر من البروتينات ويتم إنشاء ملف تعريف آخر وكرر العملية. من قبل بما في ذلك البروتينات ذات الصلة في الاستعلام في كل خطوة هذا البرنامج يتيح للمستخدم تحديد متواليات التي هي أكثر المتباينة. د) النوكليوتيدات 6 الإطار الترجمة البروتين (blastx): وهنا يوفر للمستخدم مدخلا تسلسل النوكليوتيدات التي يتم تحويلها إلى ستة الإطار المفاهيمي المنتجات الترجمة (أي كل من فروع) مقابل قاعدة بيانات تسلسل البروتين. ت) النوكليوتيدات 6 الإطار الترجمة النوكليوتيداتالترجمة 6 الإطار (tblastx): هذا البرنامج يأخذ مدخلات تسلسل النوكليوتيدات الحمض النووي ويترجم المدخلات إلى كل ستة الإطار المفاهيمي المنتجات الترجمة الذي يقارن ضد الترجمات ستة الإطار قاعدة بيانات تسلسل النوكليوتيدات. سادسا) البروتين النوكليوتيدات الترجمة 6 الإطار (tblastn): يستخدم هذا البرنامج لإدخال تسلسل البروتين لمقارنة ضد جميع الأطر القراءة ستة من قاعدة بيانات تسلسل النوكليوتيدات. المقبل، ونحن تصف البرامج استخداما لتوليد تسلسل محاذاة متعددة (MSA) من مجموعة بيانات تسلسل، وهذا تبعتها دليل المستخدم لبرامج التي تحدد نماذج أفضل تناسب التطور لمجموعة بيانات التسلسل. إعادة الإعمار النشوء والتطور مشكلة الإحصائية، وبسبب هذا، وأساليب النشوء والتطور بحاجة إلى دمج إطار إحصائي. يصبح هذا الإطار الإحصائي نموذج التطوري الذي يشتمل على تغيير تسلسل ضمن مجموعة البيانات. هذا مو التطوريوتتألف ديل مجموعة من الافتراضات حول عملية النوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية بدائل، ويمكن اختيار أفضل نموذج لاحتواء مجموعة بيانات خاصة من خلال اختبار الإحصائية. صالح لبيانات من نماذج مختلفة يمكن مقارنتها عبر اختبارات نسبة احتمال (LRTs) أو معايير المعلومات لتحديد أنسب نموذج ضمن مجموعة من تلك ممكن. معيارين المعلومات شيوعا هي المعيار Akaike المعلومات (AIC) 2 والمعيار المعلومات النظرية الافتراضية (BIC) 3. مرة واحدة يتم إنشاء محاذاة الأمثل، وهناك العديد من الطرق المختلفة لإنشاء نسالة من البيانات الانحياز. هناك طرق عديدة لاستنتاج العلاقات التطورية؛ على نطاق واسع، ويمكن تقسيمها إلى فئتين: طرق القائم على مسافة والأساليب القائمة على التسلسل. الطرق المعتمدة على مسافة حساب المسافات البشرى من متواليات، ومن ثم استخدام هذه المسافات للحصول على الشجرة. الأساليب القائمة على استخدام تسلسل المحاذاة تسلسل مباشرة، وعادة ما بحث رالفضاء ري باستخدام معيار المثالية. ونحن الخطوط العريضة الأساليب القائمة على تسلسل اثنين لإعادة بناء العلاقات النشوء والتطور: هذه هي PhyML 4 الذي ينفذ الإطار احتمال الحد الأقصى، وMrBayes 5 والذي يستخدم النظرية الافتراضية سلسلة ماركوف مونتي كارلو الاستدلال. احتمال والأساليب النظرية الافتراضية توفير إطار إحصائي لإعادة الإعمار النشوء والتطور. من خلال توفير معلومات المستخدم التي يشيع استخدامها على أدوات بناء شجرة، ونحن نقدم للقارئ البيانات اللازمة لاستنتاج العلاقات النشوء والتطور.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

العديد من الباحثين، عبر بؤر متنوعة بشكل لا يصدق، وتطبيق phylogenetics على سؤال أبحاثهم (ق). ومع ذلك، العديد من الباحثين جديدا على هذا الموضوع وذلك يعرض المشاكل المتأصلة. نحن هنا تجميع مقدمة عملية لphylogenetics لnonexperts. ونحن الخطوط العريضة بطريقة خطوة بخطوة، خط أنابيب لتوليد phylogenies موثوق بها من مجموعات البيانات تسلسل الجينات. نبدأ مع-دليل المستخدم لأدوات البحث التشابه عبر واجهات الانترنت وكذلك التنفيذية المحلية. المقبل، ونحن استكشاف برامج لتوليد التحالفات تسلسل متعددة تليها البروتوكولات لاستخدام البرنامج لتحديد أفضل نماذج تناسب التطور. نحن بعد ذلك الخطوط العريضة لإعادة إعمار بروتوكولات العلاقات النشوء والتطور عبر أقصى احتمال والمعايير النظرية الافتراضية ووصف أخيرا أدوات لتصور أشجار النشوء والتطور. في حين أن هذا ليس بأي وسيلة وصفا شاملا لنهج النشوء والتطور، فإنه لا يقدم للقارئ المعلومات حول عملية بدء العمليةايون على تطبيقات البرامج الرئيسية المستخدمة عادة من قبل phylogeneticists. ان الرؤية لهذه المادة أنه يمكن أن يكون بمثابة أداة تدريب عملي للباحثين الشروع في دراسات النشوء والتطور وأيضا بمثابة الموارد التعليمية التي يمكن إدراجها في أحد الفصول أو التدريس في المعمل.

العثور على أوجه التشابه مع استعلام يسمح للباحثين لصقه هوية القدرة على تسلسل جديدة وأيضا نستنتج العلاقات بين متواليات. نوع ملف الإدخال للانفجار 1 هو FASTA تسلسل النص المنسق أو بنك الجينات عدد الانضمام. تسلسل FASTA تنسيق يبدأ مع خط وصف المشار إليها بواسطة &quot;&gt;&quot; علا...

Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

نحن هنا وصف خط أنابيب خطوة بخطوة لتوليد phylogenies موثوق بها من النوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية تسلسل قواعد البيانات. ويهدف هذا الدليل لخدمة الباحثين أو الطلاب الجدد لتحليل النشوء والتطور.

دليل عملي لPhylogenetics لNonexperts

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

a-practical-guide-to-phylogenetics-for-nonexperts

Research

JoVE Journal

Biology

35.2K Views.  The George Washington University.  نحن هنا وصف خط أنابيب خطوة بخطوة لتوليد phylogenies موثوق بها من النوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية تسلسل قواعد البيانات. ويهدف هذا الدليل لخدمة الباحثين أو الطلاب الجدد لتحليل النشوء والتطور. 

Video: A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

وسلم المشي رونغ العمل : نظام تسجيل النقاط وتطبيقها العملي.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing and adult tissue. An advance in this concept is Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM), linking gene expression, cell fate, and cell behaviors in vivo, to create fate maps based on genetic lineage.
GIFM exploits X-CreER lines where X is a gene or set of gene regulatory elements that confers spatial expression of a modified bacteriophage protein, Cre recombinase (CreERT). CreERT contains a modified estrogen receptor ligand binding domain which renders CreERT sequestered in the cytoplasm in the absence of the drug tamoxifen. The binding of tamoxifen releases CreERT, which translocates to the nucleus and mediates recombination between DNA sequences flanked by loxP sites. In GIFM, recombination typically occurs between a loxP flanked Stop cassette preceding a reporter gene such as GFP.
Mice are bred to contain either a region- or cell type-specific CreER and a conditional reporter allele. Untreated mice will not have marking because the Stop cassette in the reporter prevents further transcription of the reporter gene. We administer tamoxifen by oral gavage to timed-pregnant females, which provides temporal control of CreERT release and subsequent translocation to the nucleus removing the Stop cassette from the reporter. Following recombination, the reporter allele is constitutively and heritably expressed. This series of events marks cells such that their genetic history is indelibly recorded. The recombined reporter thus serves as a high fidelity genetic lineage tracer that, once on, is uncoupled from the gene expression initially used to drive CreERT.
We apply GIFM in mouse to study normal development and ascertain the contribution of genetic lineages to adult cell types and tissues. We also use GIFM to follow cells on mutant genetic backgrounds to better understand complex phenotypes that mimic salient features of human genetic disorders.
This video article guides researchers through experimental methods to successfully apply GIFM. We demonstrate the method using our well characterized Wnt1-CreERT;mGFP mice by administering tamoxifen at embryonic day (E)8.5 via oral gavage followed by dissection at E12.5 and analysis by epifluorescence stereomicroscopy. We also demonstrate how to micro-dissect fate mapped domains for explant preparation or FACS analysis and dissect adult fate-mapped brains for whole mount fluorescent imaging. Collectively, these procedures allow researchers to address critical questions in developmental biology and disease models.

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM) marks and tracks cells with fine spatial and temporal control in vivo and elucidates how cells from a specific genetic lineage contribute to developing and adult tissues. Demonstrated here are the techniques required to fate map E12.5 mouse embryos for epifluorescent and explant analysis.

نهج عملي لرسم الخرائط الوراثية محرض مصير : دليل مرئي لمارك وتعقب خلايا في فيفو</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes determines the portion of the blood that can be analyzed (whole blood, plasma or serum). Laboratories involved in studying the genetic basis of human disorders rely on anticoagulated whole blood collected in EDTA-containing vacutainer as the source of DNA for genetic / genomic analysis. Because most clinical laboratories perform biochemical, serologic and viral testing as a first step in phenotypic outcome investigation, anticoagulated blood is also collected in heparin-containing tube (plasma tube). Therefore when DNA and plasma are needed for simultaneous and parallel analyses of both genomic and proteomic data, it is customary to collect blood in both EDTA and heparin tubes. If blood could be collected in a single tube and serve as a source for both plasma and DNA, that method would be considered an advancement to existing methods. The use of the compacted blood after plasma extraction represents an alternative source for genomic DNA, thus minimizing the amount of blood samples processed and reducing the number of samples required from each patient. This would ultimately save time and resources.
The BD P100 blood collection system for plasma protein preservation were created as an improved method over previous plasma or serum collection tubes1, to stabilize the protein content of blood, enabling better protein biomarker discovery and proteomics experimentation from human blood. The BD P100 tubes contain 15.8 ml of spray-dried K2EDTA and a lyophilized proprietary broad spectrum cocktail of protease inhibitors to prevent coagulation and stabilize the plasma proteins. They also include a mechanical separator, which provides a physical barrier between plasma and cell pellets after centrifugation. Few methods have been devised to extract DNA from clotted blood samples collected in old plasma tubes2-4. Challenges from these methods were mainly associated with the type of separator inside the tubes (gel separator) and included difficulty in recovering the clotted blood, the inconvenience of fragmenting or dispersing the clot, and obstruction of the clot extraction by the separation gel.
We present the first method that extracts and purifies genomic DNA from blood drawn in the new BD P100 tubes. We compare the quality of the DNA sample from P100 tubes to that from EDTA tubes. Our approach is simple and efficient. It involves four major steps as follows: 1) the use of a plasma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, USA) tube with mechanical separator for blood collection, 2) the removal of the mechanical separator using a combination of sucrose and a sterile paperclip metallic hook, 3) the separation of the buffy coat layer containing the white cells and 4) the isolation of the genomic DNA from the buffy coat using a regular commercial DNA extraction kit or a similar standard protocol.

We are describing a new method of isolating genomic DNA from whole blood collected for plasma/serology. After plasma collection, the compacted blood is usually discarded. Our novel method represents a significant improvement over existing methods and makes DNA and plasma available from a single collection, without requesting additional blood.

طريقة عملية ومبتكرة لاستخراج الحمض النووي الجينوم من الدم أطقم مجموعة لحفظ البلازما بروتين

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black box&#34; because an experimentalist does not know if it has been performed successfully until the last of several steps. Moreover, the quality of western blot data is sometimes challenged due to a lack of effective quality control tools in place throughout the western blotting process. Here we describe the V3 western workflow, which applies stain-free technology to address the major concerns associated with the traditional western blot protocol. This workflow allows researchers: 1) to run a gel in about 20-30 min; 2) to visualize sample separation quality within 5 min after the gel run; 3) to transfer proteins in 3-10 min; 4) to verify transfer efficiency quantitatively; and most importantly 5) to validate changes in the level of the protein of interest using total protein loading control. This novel approach eliminates the need of stripping and reprobing the blot for housekeeping proteins such as &#946;-actin, &#946;-tubulin, GAPDH, etc. The V3 stain-free workflow makes the western blot process faster, transparent, more quantitative&#160;and reliable.

V3 workflow is a western blot procedure using stain-free gels. The stain-free technology allows researchers to visualize protein separation quality, to verify the transfer efficiency, and most importantly, to validate the change in the protein of interest using total protein quantification as a reliable loading control.

V3 سير العمل خالية من وصمة عار لمراقبة عملية ومريحة وموثوق بها مجموع البروتين تحميل في النشاف الغربية

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

دليل لمودرن الكمية نيون الغربية التنشيف مع استراتيجيات استكشاف الأخطاء وإصلاحها

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the avoidance of airway obstruction, prevention of gastric tympany, and to allow ventilatory support. Due to the difficulty of intubation, alternative methods such as the use of laryngeal mask airways or laryngeal tubes have been explored. However, these methods do not result in direct access to the trachea and thus may present a risk for development of complications. In addition, lack of direct intubation of the trachea can result in personnel exposure to waste anesthetic gases. Numerous methods for endotracheal intubation have been described, including blind placement, use of a fiberoptic laryngoscope or endoscope, and cricoid placement. Despite these numerous publications, many still struggle to achieve success. Here we provide a detailed description of an intubation technique that can be taught with minimal training with a short time to proficiency. Briefly, after administration of injectable anesthesia and proper positioning of the rabbit, a polypropylene catheter is placed into the trachea by direct visualization using a laryngoscope. The catheter is then used as a guide to direct the endotracheal tube into the trachea. This method allows for intubation without the need for expensive equipment and can be performed by a single individual without the need for an assistant. In conclusion, this technique can be easily taught and performed at very little cost in any clinical or research setting.

Endotracheal intubation in rabbits is challenging due to their unusual anatomy. Here we present a technique for direct intubation of the trachea using a polypropylene catheter as a guide. This method utilizes relatively inexpensive supplies, requires minimal training, and can be easily performed in any clinical setting.

التنبيب داخل الرغامى من الأرانب باستخدام قسطرة دليل البولي بروبلين

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool operating by disruption of essential gene expression. Although different methods, such as injection, feeding, and soaking, have been reported for successful delivery of double-stranded RNA (dsRNA), the efficiency of RNAi through oral delivery of dsRNA is highly variable among different insect groups. The German cockroach, Blattella germanica, is highly sensitive to the injection of dsRNA, as shown by many studies published previously. The present study describes a method to demonstrate that the dsRNA encapsulated with liposome carriers is sufficient to retard the degradation of dsRNA by midgut juice. Notably, the continuous feeding of dsRNA encapsulated by liposomes significantly reduces the tubulin expression in the midgut, and led to the death of cockroaches. In conclusion, the formulation and utilization of dsRNA lipoplexes, which protect dsRNA against nucleases, could be a practical use of RNAi for insect pest control in the future.

This manuscript demonstrates the depletion of gene expression in the midgut of the German cockroach through oral ingestion of double-stranded RNA encapsulated in liposomes.

الاستخدام العملي لتدخل الجيش الملكي النيبالي: التسليم الشفوي من الحمض النووي الريبي مزدوج-الذين تقطعت بهم السبل في ناقلات الحويصلية للصراصير

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

A Sectioning, Coring, and Image Processing Guide for High-Throughput Cortical Bone Sample Procurement and Analysis for Synchrotron Micro-CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been studied substantially using traditional two-dimensional techniques. Recent advancements in X-ray imaging technology via desktop micro-computed tomography (&#181;CT) and synchrotron radiation micro-computed tomography (SR&#181;CT) have allowed for the acquisition of high-resolution three-dimensional (3D) scans of a larger field of view (FOV) than other 3D imaging techniques (e.g., SEM) providing a more complete picture of microscopic structures within human cortical bone. The specimen should be accurately centered within the FOV, however, to limit the appearance of streak artifacts known to impact data analysis. Previous studies have reported procurement of irregularly shaped rectilinear bone blocks that result in imaging artifacts due to uneven edges or image truncation. We have applied a geological sampling protocol (coring) to procure consistently sized cortical bone core specimens for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This coring method is efficient and minimally destructive to tissue. It creates uniform cylindrical samples that decrease imaging artifacts by nature of being isometric during rotation and providing a uniform path length for X-ray beams throughout scanning. Image processing of X-ray tomographic data of cored and irregularly shaped samples confirms the potential of the technique to improve visualization and analysis of cortical bone microarchitecture. A goal of this protocol is to deliver a reliable and repeatable method for the extraction of cortical bone cores that is adaptable for various types of high-resolution bone imaging experiments. An overarching goal of the work is to create a standardized cortical bone procurement for SR&#181;CT that is affordable, consistent, and straightforward. This procedure may further be adapted by researchers in related fields who commonly evaluate hard composite materials such as in biological anthropology, geosciences, or material sciences.

We employed a geological (coring) sampling protocol to procure cortical bone specimens of uniform size for SR&#181;CT experiments from the anterior aspect of human femora. This method is minimally destructive, efficient, results in cylindrical specimens that minimize imaging artifacts from irregular sample shapes and improves microarchitectural visualization and analysis.

قسم، Coring، ودليل معالجة الصور لارتفاع الإنتاجية اختبار العظام كورتيكية الشراء وتحليل لSynchrotron الدقيقة CT

Bone is a dynamic and mechanically active tissue that changes in structure over the human lifespan. The products of the bone remodeling process have been ...

A Step-by-Step Guide to Mosquito Electroantennography

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when acquiring a blood-meal. To locate a host to feed on, mosquitoes rely on a wide range of sensory cues, including visual, mechanical, thermal, and olfactory. The study details a technique, electroantennography (EAG), that allows researchers to assess whether the mosquitoes can detect individual chemicals and blends of chemicals in a concentration-dependent manner. When coupled with gas-chromatography (GC-EAG), this technique allows to expose the antennae to a full headspace/complex mixture and determines which chemicals present in the sample of interest, the mosquito can detect. This is applicable to host body odors as well as plant floral bouquets or other ecologically relevant odors (e.g., oviposition sites odorants). Here, we described a protocol that permits long durations of preparation responsiveness time and is applicable to both female and male mosquitoes from multiple genera, including Aedes, Culex, Anopheles, and Toxorhynchites mosquitoes. As olfaction plays a major part in mosquito-host interactions and mosquito biology in general, EAGs and GC-EAG can reveal compounds of interest for the development of new disease vector control strategies (e.g., baits). Complemented with behavioral assays, the valence (e.g., attractant, repellent) of each chemical can be determined.

The present article details a step-by-step protocol for successful and low noise electroantennograms in several genera of mosquitoes, including both females and males.

دليل خطوة بخطوة لتخطيط كهربية البعوض

Female mosquitoes are the deadliest animals on earth, claiming the lives of more than 1 million people every year due to pathogens they transmit when ...

تطوير نموذج فأر استئصال المبيض مع مستوى FSH مرتفع

Exploring Independent Effects of Follicle-Stimulating Hormone In Vivo in a Mouse Model

During the transition from a reproductive to a nonreproductive phase (menopause), many women experience significant physiological and pathological changes, including decreased bone mass, increased blood lipids, and increased visceral adiposity. Levels of follicle-stimulating hormone (FSH) rise during the menopausal transition. Many studies have shown that FSH in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. Thus, building an animal model that can help study the independent effects of FSH in vivo is particularly important. In this study, C57BL/6 female mice were ovariectomized and supplemented with estradiol valerate (OVX + E2) to eliminate the effect of the hypothalamic-pituitary-gonadal axis. The OVX + E2 mice received solvent (N.S.) or different doses of recombinant FSH via intraperitoneal injection to create a mouse model (OVF) characterized by relatively stable estrogen and rising FSH levels. Thus, we successfully generated an experimental mouse model to mimic the early stage of menopause transition, characterized by elevated serum FSH levels. The OVF model has the advantages of being stable, low cost, and easy to operate, which is suitable for studies to explore the extragonadal actions of FSH. Here, we describe detailed protocols for the mouse OVF model.

تسليط الضوء على المؤلف: التحقيق في العلاقة بين FSH والتغيرات الفيزيولوجية المرضية لدى النساء حول فترة ما قبل الظهر - رؤى من نموذج الماوس 

Follicle-stimulating hormone (FSH) in various extragonadal tissues and organs is associated with the pathogenesis of multiple diseases. The ovariectomized and FSH-treated mouse model (OVF) can be used to explore the extragonadal actions of FSH.