La méthode la plus courante pour réparer l'ADN endommagé est de couper la pièce abimée, de recopier le brin complémentaire intact et de ligaturer ou refermer l'entaille. Ce schéma général de couper, copier et coller suit dans tous les types de mécanisme d'excision. La réparation par excision de base, ou BER, corrige les petits dommages de la base causés par le désamination, l'oxydation ou l'alkylation qui se produisent spontanément ou qui sont causés par des toxexiste deux types de réactions hydrolytiques qui endommagent spontanément les bases d'ADN dans des conditions physiologiques.

Le premier, la désamination, affecte les bases pyrimidines, comme la cytosine, et est défini par la perte d'un groupe amine et la présence d'eau qui transforme la base en uracile. Le second est la dépurination, qui est la perte des bases purines due au clivage de la liaison entre la base et le désoxyribose, laissant un site apurinique dans l'ADN. Ces différents types de dommage conduisent à des mutations aléatoires, qui peuvent être très nuisibles, causant l'instabilité du génome, la mort cellulaire, ou des cancers parmi les principales conditions.

Heureusement, seules quelques-unes de ces mutations sont retenues pendant la réplication de l'ADN en raison des mécanismes de réparation très efficaces des cellules. La structure double brin de l'ADN lui-même est particulièrement adaptée aux réparations car il contient deux copies séparées de l'information génétique dans ses deux brins. Cela signifie que lorsqu'un brin est endommagé, le brin complémentaire peut être utilisé comme modèle pour restaurer la séquence de nucléotides correcte.

Il existe trois mécanismes communs de réparation de l'ADN. Le premier, réparation par excision de base, se concentre sur la réparation des dommages endogènes de l'ADN, tels que les dommages hydrolytiques entraînant une désamination ou une dépurination. La réparation par excision de nucléotides peut corriger les dommages causés par la lumière ultraviolette ou certains agents chimiques cancérigènes.

Enfin, la réparation des mésappariements ou mismatch repair, corrige l'incorporation de base défectueuse par l'ADN polymérase au cours de la réplication, qui conduit à un appariement incorrect de la base.