Co-culture de la vie microbiome avec Microengineered Human Intestinal Villi dans un Gut-on-a-Chip microfluidique périphérique

Résumé

Nous décrivons un protocole in vitro de co-culture gut microbiome et villosités intestinales pendant une période prolongée en utilisant un système microphysiological humain gut-on-a-chip.

Résumé

Ici, nous décrivons un protocole pour effectuer à long terme de co-culture de plusieurs espèces microbiome intestinal humain avec villosités intestinales microengineered dans un dispositif humain gut-on-a-chip microphysiological. Nous récapitulons l'interface tissu intestinal lumen-capillaires dans un dispositif microfluidique, où des déformations mécaniques physiologiques et des flux de cisaillement de fluide sont constamment appliquées pour imiter le péristaltisme. Dans le microcanal de la lumière, l'épithélium intestinal Caco-2 sont cultivées des cellules humaines pour former un épithélium villosités 'exempt de germes »et régénérer villosités intestinales. les cellules microbiennes cultivées sont pré-inoculées dans le côté de la lumière pour établir un écosystème microbe hôte. Après que les cellules microbiennes adhèrent à la surface apicale des villosités, l'écoulement du fluide et des déformations mécaniques sont repris pour produire un microenvironnement état d'équilibre dans lequel le milieu de culture frais est constamment fourni et les bactéries non liées (ainsi que les déchets bactériens) sont continuellement retirés. Après prolongée co-culture fjour de ROM vers semaines, plusieurs microcolonies sont trouvés être situés de façon aléatoire entre les villosités et les deux microbes et les cellules épithéliales restent viables et fonctionnelles pendant au moins une semaine de culture. Notre protocole de co-culture peut être adapté pour fournir une plate - forme polyvalente pour d' autres écosystèmes d'accueil-microbiome qui peuvent être trouvés dans divers organes humains, qui peuvent faciliter étude in vitro du rôle du microbiome humain dans l' orchestration de la santé et de la maladie.

Introduction

L'intestin humain héberge un réseau incroyablement diversifié d'espèces microbiennes (<1.000 espèces) et un très grand nombre de cellules microbiennes (10 fois plus que les cellules hôtes humaines) et des gènes (100 fois plus que le génome humain) ^1. Ces microbiomes humains jouent un rôle clé dans le métabolisme des nutriments et des xénobiotiques, la régulation des réponses immunitaires, et le maintien de l' homéostasie intestinale ^2. Sans surprise, compte tenu de ces diverses fonctions, l'intestin microbiome commensal modulant largement la santé et de la maladie ^3. Ainsi, la compréhension du rôle des interactions gut microbiome et hôte-microbe sont d' une grande importance pour promouvoir gastro - intestinal (GI) la santé et explorer de nouvelles thérapies pour les troubles intestinaux ^4. Cependant, existant dans les modèles in vitro de l' intestin (par exemple, les cultures statiques) limitent la co-culture de l' hôte microbiome à une courte période de temps (<1 jour) parce que les cellules microbiennes et supplantent compromettent la barrière intestinalefonction ^5. Modèles animaux de substitution (par exemple, ⁶ ou génétiquement exempt de germes de souris ⁷⁾ sont également pas couramment utilisées pour étudier l' hôte-gut microbiome diaphonie parce que la colonisation et l' entretien stable de microbiome intestin humain sont difficiles.

Pour relever ces défis, nous avons récemment développé un humain biomimétique "Gut-on-a-Chip" système microphysiological (figure 1A, gauche) pour émuler les interactions microbiome hôte intestin qui se produisent dans l'intestin humain vivant ^5,8. Microdispositif intestin sur une puce comporte deux canaux microfluidiques parallèles séparés par une poreuse, une matrice extracellulaire souple (ECM) de membrane revêtu de bordée par épithéliales intestinales humaines Caco-2 cellules, mimant l'interface tissu intestinal lumière capillaire (figure 1A , à droite) ^9. déformations rythmiques cycliques entraînée sous vide induisent des déformations mécaniques physiologiques qui imitent les changements normalement induced par péristaltisme (figure 1A, à droite). Fait intéressant, lorsque cellules Caco-2 sont cultivées dans le tube digestif-on-a-chip pendant plus de 100 heures, ils forment spontanément en trois dimensions (3D) villosités intestinales avec des jonctions serrées, les bordures en brosse apicale, les cellules proliférantes limitées à cryptes de base, la production de mucus, augmentation de l' activité médicamenteuse de métabolisation (par exemple, le cytochrome P450 3A4, CYP 3A4), et le glucose amélioré recapture ^8. Dans ce microenvironnement 'exempt de germes », il était possible de co-culture de la GG Lactobacillus rhamnosus probiotique ou une formation thérapeutique d'un mélange bactérien probiotique avec des cellules épithéliales hôte jusqu'à deux semaines ^5,10.

Dans cette étude, nous décrivons le protocole détaillé pour effectuer hôte-gut microbiome co-culture dans le dispositif gut-on-a-chip pour une période prolongée. En outre, nous discutons des questions critiques et les défis potentiels à prendre en considération pour une large application de cet hôte-microbiome co-culture protocole.

Protocole

1. microfabrication d'un dispositif Gut-on-a-chip

Remarque: La puce boyau sur un dispositif microfluidique produit par, un polymère de silicone transparent perméable aux gaz (polydiméthylsiloxane PDMS), comportant deux micro-canaux parallèles (1 mm de largeur x 150 um de hauteur x 1 cm de longueur) séparés par une souplesse poreux (10 m de diamètre des pores, 25 um d'espacement des pores de pores) PDMS membrane ^5,9. Fabriquez l'intestin-on-a-chip (figure 1A, gauche) suivant les étapes prévues.

1. Microfabrication procédure du ^Gut-5,9 sur-une-puce.
   1. Préparer PDMS non durcies, dégazés en mélangeant le prépolymère PDMS et l'agent de durcissement (15: 1 en poids / poids) et la placer dans le dessiccateur à vide pendant 30 min.
   2. Verser 30 g et 3 g de non durcies, PDMS dégazés sur chaque moule en silicone qui a SU-8 micropatterns base de la tige et les microcanaux inférieurs de la puce gut-sur, respectivement. Puis durcir à 60 ° C dans un four sec pour au lest 4 h.
   3. Démouler les PDMS couches supérieure et inférieure de chaque moule de silicium en coupant autour du bord à l'aide d'un scalpel chirurgical. Percez 6 trous (deux entrées, deux sorties et deux chambres à vide) en utilisant un perforateur de biopsie (2,0 mm de diamètre du trou).
   4. Préparer la membrane poreuse en versant 10 g de PDMS non durcis et dégazé sur une plaquette de silicium silané contenant de soumettre des tableaux avec des piliers circulaires (10 um de diamètre, 25 um de hauteur) recouvrant avec une surface plane, silanisé couche de support PDMS (15: 1, w / w; 1 cm d'épaisseur). Placez 3 kg de poids presseur sur la configuration et durcir le polymère à 60 ° C pendant 12 heures ou plus.
   5. Démouler la mise en place d'une membrane poreuse PDMS collée sur le support de la dalle PDMS la plaquette de silicium soigneusement en soulevant un coin de la dalle de la plaquette et se décolle jusqu'à ce que la membrane poreuse PDMS est complètement détachée de la plaquette.
   6. Exposer le côté de canal d'une couche supérieure (PDMS, 15: 1, p / p) et du côté de la membrane poreuse au plasma généré par une couronne treater terminal mobile pendant 1 min et 3 s, respectivement.
   7. Placer les surfaces traitées par plasma de la membrane poreuse PDMS et d'une couche supérieure de microcanaux dans un contact conforme en plaçant chaque pièce en parallèle, sans aucune bulle d'air.
   8. Incuber l'ensemble de l'installation à 80 ° CO / N pour la liaison irréversible des deux couches PDMS.
   9. Décoller la couche PDMS de support de l'ensemble d'une couche supérieure d'une membrane poreuse par précaution en soulevant le coin de la couche de support, et décoller jusqu'à ce que la couche de support est complètement détaché de la couche supérieure avec la membrane.
   10. Détachez les parties de cette membrane située au-dessus des chambres à vide (les deux Chambers situés de chaque côté du canal principal) à l'aide d'une pointe fine pince à épiler pour faire des chambres à vide creux.
   11. Exposer le côté avec la membrane fixée sur la partie supérieure et le côté avec les canaux gravés sur la pièce inférieure au plasma dans un même manière que décrit in 1.1.6 étape pendant 1 min.
   12. Aligner la couche de microcanaux supérieure d'une membrane poreuse et la couche inférieure avec un contact conforme en plaçant chaque pièce en parallèle, sans aucune bulle d'air sous un stéréoscope.
   13. Cure l'ensemble de l'installation dans un four sec à 80 ° CO / N pour produire un dispositif microfluidique complet échelle gut-on-a-chip contenant deux chambres à vide creux à côté du canal cellulaire microfluidique.
2. Connecter le tuyau à l'entrée et à la sortie de chaque port relié à la tige ou les microcanaux inférieurs dans un gut-on-a-chip via une coudée en acier inoxydable aiguille 90 ° blunt-end.
3. Connecter le tuyau aux trous liés aux chambres à vide en utilisant une coudée en acier inoxydable aiguille 90 ° blunt-end.
4. Stériliser les micro-canaux et de tubes en faisant circuler de 70% (v / v) d'éthanol en utilisant une seringue de 1 ml stérilisées à usage unique.
5. Sécher les microcanaux et les tubes dans un 60 ° C four sec O / N.

2. Croissance du micromoteurEred Intestinal Villi dans le dispositif Gut-on-a-chip

1. Seed cellules épithéliales intestinales (par exemple Caco-2BBE) sur un Microdevice ^Gut-5,9 sur-une-puce.
   1. Stériliser l'appareil avec 70% (v / v) d'éthanol (voir étape 1.4), en utilisant une seringue stérile de 1 ml à usage unique suivie d'un séchage dans un four à 60 ° C sec O / N (voir étape 1.5) avant l'activation de la surface.
   2. Exposer la configuration complète d'un microsystème gut-on-a-chip ( à savoir, un corps de l'intestin-on-a-chip relié à un tube) à la lumière UV (253,7 nm) et à l' ozone simultanément pendant 40 min.
   3. Refroidir l'appareil à température ambiante pendant 15 min sous la lumière UV dans une enceinte de sécurité biologique (BSC).
   4. Introduire 100 pi de la couche d'ECM Solution- un mélange de 50 pg / type ml de collagène et un mélange de la matrice extracellulaire 300 pg / ml dilués dans le sans sérum du milieu Eagle modifié Dulbecco (DMEM) - dans les deux micro-canaux supérieur et inférieur en utilisant un jetable stérile, seringue de 1 ml.
   5. incubatE l'ensemble de l' installation dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ incubateur pendant 1 h.
   6. Dégazer 50 ml de pré-chauffé (37 ° C) au milieu de culture complet (DMEM, 20% v / v de sérum bovin fœtal (FBS), 100 unités / ml de pénicilline et 100 pg / ml de streptomycine, aliquotées dans un 3 ml seringue jetable) en utilisant un système de filtration de 50 ml (0,45 um de taille des pores) dans la BSC pendant 1 min.
      1. Passez le milieu de pré-chauffé à travers le système de filtration et appuyez doucement sur le milieu filtré pour 1 min pour éliminer les bulles ou gaz dissous dans le milieu.
   7. Placer l'aliquote de milieu complet dégazé dans une seringue jetable de 3 ml et incuber dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ incubateur pendant 1 heure.
   8. Branchez deux 3 seringues jetables ml contenant dégazé, milieu de culture complet préchauffée à microcanaux supérieure et inférieure.
   9. Débit du milieu de culture cellulaire complète dégazé dans le microcanal supérieur en utilisant une pompe seringue à la volumétriquetaux de 30 ul / h débit (équivalent à la contrainte de cisaillement à 0,02 dyne / cm ²⁾ dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ incubateur O / N.
2. Formation de Microengineered Caco-2 Villi dans la puce Gut-on.
   1. Utiliser des cellules Caco-2BBE avec le nombre de passage compris entre 50 et 65.
   2. Cultiver les cellules Caco-2 dans un flacon T75 contenant du milieu de culture complet dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ pendant 4-5 jours pour obtenir des cellules confluentes complètement.
   3. Ajouter 10 ml de Ca ²⁺ et Mg ²⁺ -free PBS complètement confluentes cellules Caco-2 cultivées dans un flacon T75, laver les cellules, puis Aspirer PBS. Répéter deux fois cette étape.
   4. Ajouter 1 ml de solution de trypsine à 0,05% / EDTA et on incube dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ pendant 5 min.
   5. Remettre en suspension les cellules dissociées avec 10 ml de milieu de culture cellulaire complet préchauffée (avec du FBS), par pipetage de haut en bas trois à cinq fois.
   6. Centrifuger la suspension cellulaire par centrifugation à 500 xg pendant 5 min, puis retirez le surnageant.
   7. Resuspendre à nouveau avec 1 ml préchauffé milieu complet pour ajuster la densité cellulaire à ~ 1,5 x 10 ⁵ cellules / ^cm2 dans le dispositif. Utiliser hémocytomètre pour estimer la densité cellulaire.
   8. 100 pi de perfuser les remises en suspension des cellules Caco-2 dans le microcanal supérieur (lumière latérale) en plaçant une seringue jetable de 1 ml fixée à une aiguille 8 25 G5 / sur la sortie d'un tube relié à la partie supérieure microcanal.
   9. Serrer toutes les entrées et sorties des tubes reliés aux micro-canaux supérieur et inférieur à l'aide de clips de liaison.
   10. Incuber l'ensemble de l' installation dans un 37 ° C, humidifié à 5% de CO ₂ incubateur pendant 1 heure pour permettre dissociées cellules Caco-2 à adhérer à la surface de la membrane poreuse.
   11. Enlever les colliers de serrage et de reprendre l'écoulement du milieu de culture uniquement au microcanal supérieure à 30 ul / h en utilisant une pompe à seringue jusqu'à ce que les cellules forment une monocouche intacte pendant 24-36 h. Utilisez les contras de phaset ou le contraste interférentiel différentiel (DIC) au microscope pour confirmer les jonctions cellule-cellule dans une monocouche cellulaire.
   12. Lorsque les cellules forment une monocouche, perfuser le milieu de culture dans les deux supérieures (lumen) et inférieure (capillaires) microcanaux au même taux de 30 ul / h débit.
   13. Application des déformations mécaniques imitant péristaltisme-like motions ^5,9.
       1. Allumez la pompe à vide équipé du matériel de traction.
       2. Relier les chambres à vide sur le régulateur de vide par l'intermédiaire d'un tube avec un raccord en acier inoxydable.
       3. Réglez le mouvement d'étirement de 10% souche cellulaire moyenne à une fréquence de 0,15 Hz avec le mode de fonction sinus cyclique sur le logiciel de contrôle sous vide, puis cliquez sur "Démarrer".
   14. Maintenir le flux constant de milieu de culture (30 ul / h) dans les deux microcanaux supérieure et inférieure à la confluentes Caco-2 monocouche sous déformations mécaniques (10%, 0,15 Hz) pour ~ 100 h.
       Remarque: cellules Caco-2 Sponsubir tanément villosités morphogenèse avec des projections 3D ondulées étendues vers la lumière du microcanal épithéliale ^5,8-10.
3. Pour émuler les fonctions au niveau des organes de l'intestin humain vivant avec une interface de tissu lumen-capillaire dans l'intestin-on-a-chip ^10, suivez les étapes décrites.
   1. Cultivez microengineered Caco-2 villosités en répétant les étapes 2,1 à 2,2.
   2. L'écoulement du milieu de co-culture préchauffée (un mélange de cellules Caco-2 du milieu de culture cellulaire complet et le milieu de culture HMVECs complète, 1: 1 v / v) pour les microcanaux supérieurs et inférieurs à 30 ul / h.
   3. Introduire 100 pi de cellules dissociées normales microvasculaires capillaires endothéliales humaines (les HMVECs, la densité cellulaire finale, ~ 5,0 x 10 ⁵ cellules / cm ²⁾ dans le microcanal inférieure par la méthode décrite dans les étapes identiques de 2.2.3 à 2.2.9.
   4. Placez un morceau de PDMS rectangulaire durci (0,5 cm x 1 cm x 1 cm, largeur x longueur x hauteur; 15: 1, w/ w élastomère: agent de durcissement) sur le dessus de l'appareil gut-on-a-chip, puis retournez la configuration de l' ensemble du dispositif à l' envers (ie, le microcanal supérieur fait face à la baisse, et le microcanal inférieur fait face à la hausse).
   5. Incuber l'installation dans un 37 ° C humidifiée à 5% de CO ₂ incubateur pendant 1 heure pour permettre HMVECs dissociées à adhérer à la surface de la membrane poreuse dans le microcanal inférieure.
   6. Prenez toute une installation à partir du CO ₂ incubateur, et retourner la configuration à nouveau.
   7. Écoulement du milieu de co-culture préchauffée (un mélange de cellules Caco-2 du milieu de culture cellulaire complet et le milieu de culture HMVECs complète, 1: 1 v / v) dans les deux micro-canaux supérieurs et inférieurs à 30 ul / h, avec des mouvements d'étirement mécanique ( 10%, 0,15 Hz) pendant au moins trois jours pour former des jonctions cellule-cellule endothéliale d'une monocouche.

3. Hôte-gut Co-culture microbiome dans un Microdevice Gut-on-a-chip

1. Effectuer pré-culture of les cellules bactériennes comme suit pour co-culture commensal gut microbiome sur les villosités intestinales microengineered.
   1. Remettre en suspension le mélange en poudre bactérienne probiotique lyophilisé dans 10 ml de mélange (1: 1, v / v) de lactobacilles autoclavée MRS Broth et clostridium moyenne.
   2. Ajuster la densité cellulaire finale d'environ 0,2 unités de densité optique (à 600 nm) en y ajoutant quantité appropriée de milieu, puis aliquote de 3 ml de suspension de cellules microbiennes dans un tube stérile jetable de 10 ml.
   3. Placer les tubes contenant les cellules microbiennes remises en suspension dans le réservoir anaérobie. Ajouter deux paquets de sachets anaérobie produisant du gaz dans le récipient. Fermez le couvercle du récipient bien et incuber la configuration du récipient sans agitation dans un 37 ° C humidifié à 5% de CO ₂ incubateur O / N.
2. Ensemencement des microbiome et co-culture avec des cellules épithéliales intestinales ^5,10.
   1. Préparer des seringues jetables de 3 ml contenant antibioti dégazéc exempt de milieu de culture cellulaire ( par exemple, du DMEM avec 20% de FBS). Voir 2.1.6 pour la procédure de dégazage du milieu de culture.
   2. Prenez toute une configuration de l'appareil gut-on-a-chip contenant villosités microengineered du CO ₂ incubateur, puis passer à l'enceinte de sécurité biologique.
   3. Retirer les seringues raccordées à un tube relié à microcanaux supérieure et inférieure. Connecter les seringues préparées 3.2.1 à l'appareil, ramener à l'incubateur à CO _2, alors circuler ce milieu de culture sans antibiotique pendant 12 heures avant l'ensemencement du microbiome.
   4. Isoler les cellules bactériennes probiotiques pré-cultivées mélange (voir étapes 3.1) à 10.000 xg pendant 5 min. Aspirer le surnageant en utilisant le vide, puis remise en suspension dans un milieu DMEM sans antibiotique (densité cellulaire finale, ~ 1,0 x 10 ⁷ UFC / ml).
   5. Perfuser la suspension cellulaire sur le côté de la lumière du microcanal contenant les villosités intestinales "axéniques" en utilisant une seringue jetable de 1 ml fixée à une 25G5 aiguille / 8. Permettre l'adhérence des cellules microbiennes à la surface apicale des villosités intestinales pendant environ 1,5 heure sans écoulement par serrage à l'ensemble de l'extrémité de la tubulure.
   6. Perfuser le milieu de culture sans antibiotique préchauffée dans les deux micro-canaux supérieurs et inférieurs à 40 ul / h, avec des déformations cycliques cadencés (10%, 0,15 Hz).
   7. Pour la co-culture de la protéine de fluorescence verte (GFP) marqué à E. coli (E. coli GFP; non-pathogène DH5-Alpha E. coli hôtes) ^10,11 cellules avec villosités microengineered, pré-cultiver GFP E. cellules coli dans un milieu LB autoclave à 37 ° C sous agitation condition (200 rpm) pendant 12 heures. Répétez la procédure à partir de 3.2.5 à 3.2.6 pour mener à bien la co-culture de la GFP E. cellules coli avec villosités microengineered.
3. Les cellules de l' image ^5,8-10
   1. Effectuer DIC, épifluorescence ou balayage laser microscopie confocale pour l' enregistrement microbienne et épithéliales morphologie ^5,8,10.
      1. Pour l'imagerie DIC, prendre une configuration de microsystème gut-on-a-chip du CO ₂ incubateur, placez le réglage de l' appareil sur la scène d'un microscope, puis enregistrer la morphologie cellulaire.
      2. Pour l'imagerie de fluorescence de villosités épithélium, l'écoulement du PBS pour le lavage des cellules dans 100 ul / h pendant 10 min.
         1. Fixer villosités avec 4% (p / v) de paraformaldehyde pendant 15 minutes. Ensuite, l'écoulement du PBS pour le lavage des cellules à 100 ul / h pendant 10 min.
         2. Perméabiliser les villosités avec 0,3% (v / v) de Triton X-100 dilué dans du PBS contenant 2% (p / v) de sérum-albumine bovine (BSA) pendant 10 min. Ensuite, l'écoulement du PBS pour le lavage des cellules à 100 ul / h pendant 10 min.
         3. des cellules de bloc avec 2% (p / v) de BSA dans une solution PBS pendant 1 heure. Ensuite, l'écoulement du PBS pour le lavage des cellules à 100 ul / h pendant 10 min.
         4. Ajouter 300 nM de 4 ', dichlorhydrate 6-diamidino-2-phénylindole (DAPI) solution diluée dans du PBS pour la coloration nucléaire sous la protection de la lumière.
         5. Ajouter 25 unités / ml de phalloïdine fluorescente(Phalloïdine-CF647 conjugué) dissous dans du PBS pour la coloration F-actine sous la protection de la lumière.
         6. Enregistrement des images des cellules colorées par fluorescence à l'aide d'un microscope confocal à balayage laser.
            Note: Un objectif 25X a été appliqué avec zoom optique approprié au cours de la microscopie confocale. La figure 3B, le grossissement d' environ 525X a été utilisé.

Résultats

Pour émuler l'intestin écosystème hôte microbiome humain in vitro, il est nécessaire de développer un protocole expérimental pour reconstituer la co-culture stable à long terme des bactéries intestinales et les cellules épithéliales intestinales humaines dans des conditions physiologiques telles que la mécanique péristaltisme-like et l'écoulement du fluide. Ici, nous utilisons un microdispositif biomimétique gut-on-a-chip (Fig...

Discussion

Comprendre les interactions hôte-microbiome est essentiel pour faire avancer la médecine; Cependant, les modèles de culture de cellules traditionnelles réalisées dans une boîte en plastique ou une plaque de puits statique ne prennent pas en charge la co-culture stable de cellules intestinales humaines avec des microbes de l' intestin vivant pendant plus de 1-2 jours parce que les cellules microbiennes envahissent la plupart des cellules de mammifères in vitro. La population microbienne overgrowing co...

matériels

Name	Company	Catalog Number	Comments
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) containing 25 mM glucose and 25 mM HEPES	Gibco	10564-011	Warm it up at 37 °C in a water bath.
Difco Lactobacilli MRS broth	BD	288120	Run autoclave at 121 °C for 15 min.
Poly(dimethylsiloxane)	Dow Corning	3097358-1004	15:1 (w/w), PDMS : cureing agent
Caco-2BBE human colorectal carcinoma line	Harvard Digestive Disease Center		Human colorectal adenocarcinoma
Heat-inactivated FBS	Gibco	10082-147	20% (v/v) in DMEM
Penicillin-streptomycin-glutamine	Gibco	10378-016	1/100 dilution in DMEM
4′,6-Diamidino-2-phenylindole dihydrochloride	Molecular Probes	D1306	Nuclei staining
Phalloidin-CF647 conjugate (25 units/ml)	Biotium	00041	F-actin staining
Flexcell FX-5000 tension system	Flexcell International Corporation	FX5K	Peristalsis-like stretcing motion (10% cell strain, 0.15 Hz frequency)
Inverted epifluorescence microscope	Zeiss	Axio Observer Z1	Imaging, DIC
Scanning confocal microscope	Leica	DMI6000	Imaging, Fluorescence
UVO Cleaner	Jelight Company Inc	342	Surface activation of the gut-chip
Type I collagen	Gibco	A10483-01	Extracellular matrix component for cell culture into the chip
Matrigel	BD	354234	Extracellular matrix component for cell culture into the chip
1 ml disposable syringe	BD	309628	Cell and media injection stuff
25 G 5/8 needle	BD	329651	Cell and media injection stuff
Syringe pump	Braintree Scientific Inc.	BS-8000	Injection equipment into the chip
VSL#3	Sigma-Tau Pharmaceuticals	7-45749-01782-6	A formulation of 8 different commensal gut microbes
Reinforced Clostridial Medium	BD	218081	Anaerobic bacteria culture medium
GasPak EZ Anaerobe Container System with Indicator	BD	260001	Anaerobic gas generating sachet
4% paraformaldehyde	Electron Microscopy Science	157-4-100	Fixing the cells for staining
Triton X-100	Sigma-Aldrich	T8787	Permeabilizing the cells
Bovine serum albumin	Sigma-Aldrich	A7030	Blocking agent for staining of the cells
Corona treater	Electro-Technic Products	BD-20AC	Plasma generator for fabrication of the chip
Steriflip	Millipore	SE1M003M00	Degasing the complete culture medium
Disposable hemocytometer	iNCYTO	DHC-N01	For manual cell counting