Lorsque vous effectuez cette procédure il est important de se rappeler que la création de la piscine est flexible et ouverte à la modification que ce soit au niveau de l&#39;ARN ou de protéines. Au niveau de l&#39;ARN régions orthologues, les mutations des maladies, des polymorphismes ou des mutations aléatoires peuvent être introduites dans la séquence oligonucléotidique. Au niveau protéique de l&#39;ARN facteur de liaison peut être modifiée par phosphorylation ou d&#39;autres modifications post traductionn...

a rapid high-throughput method for mapping ribonucleoproteins (rnps) on human pre-mrna

Séquençage ARN que la co-immunoprécipitation (co-IP) avec protéines liant l&#39;ARN a amélioré notre compréhension de l&#39;épissage en démontrant que l&#39;emplacement contraignante influence souvent fonction d&#39;un facteur d&#39;épissage. Cependant, comme toute stratégie d&#39;échantillonnage les chances d&#39;identifier un ARN lié à un facteur d&#39;épissage est proportionnelle à son abondance cellulaire. Nous avons développé une nouvelle approche in vitro pour l&#39;arpentage spécificité de liaison sur les autres transitoires pré-ARNm. Cette approche utilise un bassin spécialement conçu oligonucléotidiques que les carreaux dans les introns, des exons, jonctions d&#39;épissage, ou d&#39;autres pré-ARNm. La piscine est soumis à une sorte de sélection moléculaire. Ici, nous démontrons la méthode par séparation des oligonucléotides en une fraction liée et non liée et d&#39;utiliser une stratégie à deux couleurs ensemble pour enregistrer l&#39;enrichissement de chaque oligonucléotide dans la fraction liée. Les données du tableau génère cartes à haute résolution avec la possibilité d&#39;identifier des séquences spécifiques et structurelles des déterminants ribonucléoprotéines (RNP) liant pré-ARNm. Un avantage unique de cette méthode est sa capacité à éviter les biais d&#39;échantillonnage en direction ARNm associés à la PI et techniques actuelles SELEX, comme la piscine est spécifiquement conçu et synthétisé à partir de pré-ARNm séquence. La flexibilité de la piscine oligonucléotide est un autre avantage puisque l&#39;expérimentateur choisit les régions à l&#39;étude et la tuile à travers, en adaptant la piscine à leurs besoins individuels. En utilisant cette technique, on peut doser l&#39;effet des polymorphismes ou des mutations sur la liaison à grande échelle ou d&#39;un clone de la bibliothèque dans une journaliste épissage fonctionnels et d&#39;identifier des oligonucléotides qui sont enrichis dans la fraction incluse. Ce roman in vitro de haute résolution schéma de mappage offre un moyen unique d&#39;étudier les interactions avec les RNP transitoires pré-ARNm espèces, dont la faible abondance les rend difficiles à étudier avec cours techniques in vivo.

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A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

En raison de la nature transitoire de pré-ARNm, il peut être difficile d&#39;isoler et d&#39;étudier<em&gt; In vivo</em&gt;. Ici, nous présentons un roman<em&gt; In vitro</em&gt; Approche pour étudier les interactions ARN-protéine en utilisant un pool de synthèse oligo que les carreaux de toutes les régions sélectionnées du pré-ARNm.

Un rapide à haut débit Méthode de cartographie ribonucléoprotéines (RNP) sur l&#39;homme pré-ARNm

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

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A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

11.7K vues.  Brown University. En raison de la nature transitoire de pré-ARNm, il peut être difficile d'isoler et d'étudier In vivo. Ici, nous présentons un roman In vitro Approche pour étudier les interactions ARN-protéine en utilisant un pool de synthèse oligo que les carreaux de toutes les régions sélectionnées du pré-ARNm.