Pour commencer, acquérez des images multivues d’embryons de poisson-zèbre à un stade précoce à l’aide d’un microscope à feuillet de lumière. Une fois les points d’intérêt détectés, sélectionnez toutes les vues, faites un clic droit et choisissez Enregistrer à l’aide des points d’intérêt. Pour vérifier la précision de l’enregistrement, sélectionnez deux vues consécutives.
Allez dans la zone de chevauchement et basculez entre les deux vues pour observer si les perles imagées sous différents angles sont superposées. Une fois l’inscription réussie, cliquez sur Enregistrer dans la fenêtre de l’explorateur multi-vues pour enregistrer le fichier XML mis à jour. Ouvrez maintenant la perle.
XML dans l’éditeur de texte de votre choix et copiez l’intégralité du bloc sous Enregistrements de vues. Ouvrez l’embryon. XML et remplacez le bloc d’enregistrement des vues par le bloc copié à partir du fichier de billes.
Ouvrez ensuite l’embryon. XML dans Big Stitcher et vérifiez soigneusement si l’enregistrement a fonctionné avec succès pour l’embryon. Répétez la même opération pour les perles en vérifiant le chevauchement des structures d’intérêt toutes les deux vues consécutives.
Pour effectuer une déconvolution à plusieurs vues, sélectionnez toutes les vues dans le fichier de perle, cliquez avec le bouton droit de la souris et choisissez les fonctions d’étalement de points et les options d’extraction. Procédez avec les tailles de fonction d’étalement de points par défaut et cliquez sur OK. Ensuite, réenregistrez le fichier XML. Ensuite, ouvrez l’embryon.
XML et attribuez la fonction d’étalement de points à chaque vue séparément. Cliquez avec le bouton droit de la souris sur une vue, cliquez sur Fonctions d’étalement de points, choisissez Attribuer, puis sélectionnez Avancé, puis Attribuer un nouveau PSF à toutes les vues sélectionnées. Cliquez sur Parcourir, allez dans le chemin du fichier XML et ouvrez le dossier PSF.
Dans la vue sélectionnée, choisissez la fonction d’étalement de points correspondante avec l’ID correspondant, puis cliquez sur OK. Une fois que la fonction d’étalement de points a été attribuée à toutes les vues, cliquez avec le bouton droit de la souris et choisissez Déconvolution multi-vues. Sélectionnez le cadre de sélection en tant que vues actuellement sélectionnées. À 70 % d’épibolie, les embryons ont pris des orientations horizontales, verticales ou obliques à l’intérieur du tube en polymère, l’horizontale étant la moins représentée, tandis que les positions verticales et obliques ont été observées de manière égale.
Lorsque des échantillons ont été préparés avant la gastrulation, environ 25 % des embryons présentaient une orientation horizontale. Le reste des embryons présentait diverses autres orientations au stade du bourgeon. Cependant, beaucoup d’entre eux se sont réorientés vers la position horizontale au début de la formation du somite.
Une comparaison des images infusées d’informations à l’échelle cellulaire n’a montré aucune différence significative dans l’information des noyaux, mais les limites cellulaires étaient mieux résolues dans l’ensemble de 30 degrés. Par rapport aux images d’entrée d’origine, les images segmentées contenaient des erreurs. Le logiciel n’a pas réussi à détecter une limite de cellule ou a dessiné des limites de cellule inexistantes.
Le nombre d’erreurs a considérablement augmenté les images infusées obtenues à partir de l’imagerie à des intervalles angulaires de 45 et 60 degrés par rapport à 30 degrés.
