Analyse introductive et validation des données de séquençage CUT&RUN

Notre recherche explore le rôle des éléments répétitifs de l’ADN dans l’initiation et la progression du cancer. Nous nous demandons si ces éléments sont directement impliqués dans les mécanismes d’initiation du cancer et, le cas échéant, si nous pouvons utiliser ces informations pour améliorer les résultats des patients. De nombreuses technologies de séquençage de nouvelle génération et un pipeline analytique ont été développés pour capturer les caractéristiques et les changements des facteurs épigénétiques tels que les changements transcriptionnels ou post-traductionnels de la chromatine et la liaison à la localisation spécifique sur la chromatine et les séquences d’ADN ou d’ARN qui sont capturées par la protéine défensive à la fois en résolution en vrac et en résolution unicellulaire.

Les technologies utilisées pour faire avancer la recherche dans notre domaine sont celles qui permettent de cartographier les positions génomiques des histones modifiées ou des facteurs de transcription sur la chromatine. Pour nos besoins, la technique la plus pertinente dans ce cadre de technologies est une technique appelée CUT & RUN. De nombreux pipelines d’analyse CUT&RUN accessibles au public sont relativement complexes pour le débutant en bioinformatique qui souhaite comprendre le déroulement de l’analyse et développer son propre pipeline d’analyse pour son projet.

Mais notre pipeline d’analyse CUT&RUN est développé étape par étape dans un seul langage de programme, qui est beaucoup plus facile à comprendre et à modifier pour obtenir leurs données de qualité de publication et pour construire l’expérience de la bioinformatique. Nous nous concentrons sur la réponse à la question de savoir comment l’expression chronique de l’ARN double brin affecte l’évasion du biomimétisme et les taux d’immunothérapie dans le développement du cancer, et comment la protéine TP53 peut réguler l’expression chronique de l’ARN double brin et l’évasion du biomimétisme. Et en fin de compte, nous voulons comprendre comment nous pouvons guérir le cancer résistant à l’immunothérapie en comprenant et en ciblant l’expression chronique de l’ARN double brin et le processus d’évasion par biomimétisme.