Pour commencer, téléchargez le pipeline d’analyse compressé à partir de GitHub en tapant la commande dans le terminal. Après le téléchargement, entrez la commande pour décompresser le fichier zip. Une fois la décompression terminée, retirez le fichier zip et modifiez le nom du dossier décompressé.
Ensuite, définissez les autorisations exécutables pour tous les scripts shell dans le répertoire de travail. Parmi les options disponibles, recherchez le script d’incarcération d’installation approprié. Recherchez un script nommé Script_01_Installation.sh.
Ouvrez le terminal et tapez echo SHELL pour vérifier le shell par défaut utilisé dans le terminal actif. Si bash n’est pas le shell par défaut, définissez-le en tapant chsh s dans le terminal. Tapez le script de téléchargement de la file d’attente rapide dans le terminal ou faites glisser le fichier de script dans le terminal et appuyez sur Entrée.
Après avoir exécuté le script, recherchez les messages d’erreur dans le fichier journal. Maintenant, entrez le script de découpage dans le terminal et exécutez-le. Ensuite, tapez le script de création d’index bowtie2 dans le terminal et exécutez-le.
Enfin, exécutez le script de mappage bowtie2 et appuyez sur Entrée. Tapez le script de filtrage et de tri bam dans le terminal et exécutez-le. Ensuite, convertissez bam aux formats BEDPE, BED et bedGraph en tapant la commande appropriée dans le terminal et en appuyant sur Entrée.
Effectuez la normalisation à l’aide de la méthode SRPMC, puis exécutez le script d’analyse de la taille d’insertion. Effectuez des appels de pointe à l’aide de la commande MACS dans le terminal. Ensuite, tapez la commande d’appel de pointe à l’aide de SEACR et appuyez sur Entrée.
Créez des fichiers BED de pics à l’aide de la commande appropriée dans le terminal, puis filtrez les pics. Ensuite, entrez la commande pour fusionner les pics MACS. Tapez la commande dans le terminal pour fusionner les pics SEACR.
Générez un tracé de corrélation et exécutez la commande pour l’analyse des composants principaux dans le terminal. Ensuite, créez un diagramme de Venn comparant différentes méthodes à l’aide de la commande appropriée. Entrez la commande pour générer un diagramme de Venn pour les réplications.
Enfin, générez une carte thermique du centre de crête ciblée. Ensuite, générez une carte thermique du centre de crête entière.
