We thank Anne Wochele for her assistance in the laboratory and Vera Augsburger for help with the automated gel sequencer. We thank the Deutsche Forschungsgemeinschaft for funding by grants BE4038/2 and BE4038/5 within the &#8220;priority programmes&#8221; SPP1316 and SPP1617.

<ol>
	<li>Simpson, C. G., Brown, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primer+extension+assay.">Primer extension assay.</a> Methods Mol. Biol. 49, 249-256 (1995).</li><li>Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+sequencing+with+chain-terminating+inhibitors.">DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 74, 5463-5467 (1977).</li><li>Fekete, R. A., Miller, M. J., Chattoraj, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescently+labeled+oligonucleotide+extension:+a+rapid+and+quantitative+protocol+for+primer+extension.">Fluorescently labeled oligonucleotide extension: a rapid and quantitative protocol for primer extension.</a> Biotechniques. 35, 90-94 (2003).</li><li>Schuster, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+mazEF+Toxin-Antitoxin+Homologue+from+Staphylococcus+equorum.">Characterization of a mazEF Toxin-Antitoxin Homologue from Staphylococcus equorum.</a> J. Bacteriol. 195, 115-125 (2013).</li><li>Nolle, N., Schuster, C. F., Bertram, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+paralogous+yefM-yoeB+loci+from+Staphylococcus+equorum+encode+functional+toxin-antitoxin+systems.">Two paralogous yefM-yoeB loci from Staphylococcus equorum encode functional toxin-antitoxin systems.</a> Microbiology. 159, 1575-1585 (2013).</li><li>Yamaguchi, Y., Park, J. H., Inouye, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toxin-antitoxin+systems+in+bacteria+and+archaea.">Toxin-antitoxin systems in bacteria and archaea.</a> Annu. Rev. Genet. 45, 61-79 (2011).</li><li>Schuster, C. F., Bertram, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toxin-antitoxin+systems+are+ubiquitous+and+versatile+modulators+of+prokaryotic+cell+fate.">Toxin-antitoxin systems are ubiquitous and versatile modulators of prokaryotic cell fate.</a> FEMS Microbiol. Lett. 340, 73-85 (2013).</li><li>Goeders, N., Van Melderen, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toxin-antitoxin+systems+as+multilevel+interaction+systems.">Toxin-antitoxin systems as multilevel interaction systems.</a> Toxins. 6, 304-324 (2014).</li><li>Yamaguchi, Y., Inouye, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+interferases,+sequence-specific+endoribonucleases+from+the+toxin-antitoxin+systems.">mRNA interferases, sequence-specific endoribonucleases from the toxin-antitoxin systems.</a> Progress in molecular biology and translational science. 85, 467-500 (2009).</li><li>Park, J. H., Yamaguchi, Y., Inouye, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacillus+subtilis+MazF-bs+(EndoA)+is+a+UACAU-specific+mRNA+interferase.">Bacillus subtilis MazF-bs (EndoA) is a UACAU-specific mRNA interferase.</a> FEBS Lett. 585, 2526-2532 (2011).</li><li>Zhu, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=et+al.Staphylococcus+aureus+MazF+specifically+cleaves+a+pentad+sequence,+UACAU,+which+is+unusually+abundant+in+the+mRNA+for+pathogenic+adhesive+factor+SraP.">et al.Staphylococcus aureus MazF specifically cleaves a pentad sequence, UACAU, which is unusually abundant in the mRNA for pathogenic adhesive factor SraP.</a> J. Bacteriol. 191, 3248-3255 (2009).</li><li>Zhu, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+mRNA+interferases,+MazF-mt3+and+MazF-mt7+from+Mycobacterium+tuberculosis+target+unique+pentad+sequences+in+single-stranded+RNA.">The mRNA interferases, MazF-mt3 and MazF-mt7 from Mycobacterium tuberculosis target unique pentad sequences in single-stranded RNA.</a> Mol. Microbiol. 69, 559-569 (2008).</li><li>Fu, Z., Donegan, N. P., Memmi, G., Cheung, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+MazFSa,+an+endoribonuclease+from+Staphylococcus+aureus.">Characterization of MazFSa, an endoribonuclease from Staphylococcus aureus.</a> J. Bacteriol. 189, 8871-8879 (2007).</li><li>Marmur, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+procedure+for+the+isolation+of+deoxyribonucleic+acid+from+micro-organisms.">A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from micro-organisms.</a> J. Mol. Biol. 3, 208-218 (1961).</li><li>Emory, S. A., Belasco, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ompA+5'+untranslated+RNA+segment+functions+in+Escherichia+coli+as+a+growth-rate-regulated+mRNA+stabilizer+whose+activity+is+unrelated+to+translational+efficiency.">The ompA 5' untranslated RNA segment functions in Escherichia coli as a growth-rate-regulated mRNA stabilizer whose activity is unrelated to translational efficiency.</a> J. Bacteriol. 172, 4472-4481 (1990).</li><li>Cole, S. T., Bremer, E., Hindennach, I., Henning, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+the+promoters+for+the+ompA+gene+which+encodes+a+major+outer+membrane+protein+of+Escherichia+coli.">Characterisation of the promoters for the ompA gene which encodes a major outer membrane protein of Escherichia coli.</a> Mol. Gen. Genet. 188, 472-479 (1982).</li><li>Schleifer, K. H., Kilpper-B&#228;lz, R., Devriese, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Staphylococcus+arlettae+sp.+nov.,+S.+equorum+sp.+nov.+and+S.+kloosii+sp.+nov.:+Three+New+Coagulase-Negative,+Novobiocin-Resistant+Species+from+Animals.">Staphylococcus arlettae sp. nov., S. equorum sp. nov. and S. kloosii sp. nov.: Three New Coagulase-Negative, Novobiocin-Resistant Species from Animals.</a> Syst. Appl. Microbiol. 5, 501-509 .</li><li>Yu, H., Goodman, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+HIV-1+and+avian+myeloblastosis+virus+reverse+transcriptase+fidelity+on+RNA+and+DNA+templates.">Comparison of HIV-1 and avian myeloblastosis virus reverse transcriptase fidelity on RNA and DNA templates.</a> J. Biol. Chem. 267, 10888-10896 (1992).</li><li>Ying, B. W., Fourmy, D., Yoshizawa, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Substitution+of+the+use+of+radioactivity+by+fluorescence+for+biochemical+studies+of+RNA.">Substitution of the use of radioactivity by fluorescence for biochemical studies of RNA.</a> RNA. 13, 2042-2050 (2007).</li></ol>

The authors have nothing to disclose that would present a conflict of interest.

Extension d&#39;amorce fluorescente est une méthode simple et rapide pour déterminer les extrémités 5 &#39;des ARN, soit pour TSP ou l&#39;identification de la transformation secondaire de l&#39;ARN. Grâce à l&#39;utilisation d&#39;amorces fluorescentes, les réactions peuvent être mises en place et fonctionnent sans précautions de sécurité supplémentaires (contrairement au cas des amorces marquées de manière radioactive). Étant donné que les échantillons sont détectés par fluorescence, ils peuvent êt...

Une extension d&#39;amorce est une méthode moléculaire pour déterminer les extrémités 5 &#39;des molécules d&#39;ARN spécifiques à une résolution d&#39;une base. L&#39;avantage à d&#39;autres méthodes telles que 5&#39;-RACE (amplification rapide des extrémités d&#39;ADNc) est le délai d&#39;exécution rapide et la capacité d&#39;analyser facilement un mélange de différentes longueurs de molécules d&#39;ARN. Cette méthode fonctionne en soumettant des molécules d&#39;ARN à des réactions de transcription inverse en utilisant des amorces fluorescentes spécifiques, générant des fragments d&#39;ADNc de certaines longueurs. Ces molécules d&#39;ADNc sont longent les réactions de séquençage de Sanger traditionnels 2 sur des gels dénaturants de polyacrylamide et peuvent être détectés par leur fluorescence en raison de l&#39;utilisation d&#39;amorces marquées par fluorescence. Les longueurs des fragments d&#39;ADNc sont ensuite évaluées par comparaison de l&#39;échelle de séquençage, ce qui permet la mise en correspondance de l&#39;extrémité 5 &#39;de l&#39;ARN. Traditionnellement, les réactions d&#39;extension d&#39;amorces sont utilisées en conjonctionavec des isotopes radioactifs pour détecter des molécules d&#39;ADNc sur des films radiographiques. En raison de risques pour la santé, les problèmes d&#39;élimination des déchets et la facilité de manipulation, des protocoles plus récents utilisent la fluorescence pour la détection de l&#39;extension d&#39;amorce avec des séquenceurs automatiques, mais leur sensibilité est légèrement inférieure. En utilisant des amorces marquées par fluorescence, la procédure récurrente de radio-étiquetage peut être omis, comme des amorces fluorescentes sont stables pendant une longue période (plus d&#39;un an dans nos mains). La méthode que nous décrivons ici utilise un séquenceur automatisé de gel, mais avec de légères modifications, séquenceurs capillaires peut être également utilisée pour la séparation et la détection de l&#39;ADNc 3. La nature de l&#39;analyse parallèle de gel permet de détecter même une petite quantité de clivage de l&#39;ARN ou de traitement. Un autre avantage est la haute résolution de cette méthode, comme clivage ou le traitement d&#39;une seule base de la borne peut être détecté. En ce qui concerne la détection de clivage d&#39;ARN ou de transformation, tabituellement deux différents types d&#39;extensions d&#39;amorces sont distingués. Dans un cas, le traitement enzymatique est effectué in vitro en utilisant l&#39;ARN purifié et enzyme purifiée, alors que dans l&#39;autre cas, le traitement est réalisé in vivo et l&#39;ARN obtenu est purifié. Dans les deux cas, l&#39;ARN est soumis à une extension d&#39;amorce effectuée in vitro, cependant, en fonction de la source d&#39;ARN, le procédé est appelé soit une extension d&#39;amorce in vitro ou in vivo. Dans le protocole que nous présentons ici, nous nous concentrons uniquement sur ​​l&#39;extension vivo en primaire, en raison de la facilité d&#39;utilisation (pas de protéines purifiées nécessaire) et la possibilité de déterminer les points de départ de la transcription et de traitement dans le même temps. Cependant, in vitro extensions d&#39;amorces sont en principe mis en place de la même manière et ce protocole peuvent servir de point de départ. Le procédé illustré ici peut être appliquée à de nombreuses espèces bactériennes tant qu&#39;ils se prêtent à une grandepureté et à haut rendement de préparation d&#39;acides nucléiques. La recherche dans notre laboratoire se concentre sur la portée réglementaire de la toxine-antitoxine (TA-systèmes) 4,5, un domaine dans lequel la méthode d&#39;extension d&#39;amorce est largement utilisé. AT-systèmes sont de petits éléments génétiques présents dans les génomes procaryotes qui sont constitués d&#39;une protéine toxique et stable et actif de manière endogène une protéine ou un ARN essentiellement instable antitoxine qui neutralise la toxicité 6,7. l&#39;activité de la toxine est parfois exercée par inhibition de la réplication, la synthèse de la paroi cellulaire ou d&#39;autres mécanismes, mais le plus souvent par l&#39;activité RNase 8,9. En général, la spécificité de la RNase est déterminée en effectuant des tests différents, dont l&#39;un est le procédé d&#39;extension d&#39;amorce. Réactions d&#39;extension d&#39;amorce sont bien adaptés pour cette application, comme un mélange de fragments de longueur clivés et complètes peuvent être analysés simultanément pour déterminer leurs extrémités 5 &#39;. Utilisation d&#39;un mélange de in vitro et in vivo des extensions d&#39;amorce, latoxine spécifique clivage RNase, par exemple, une spécificité de séquence peut être déterminée 10 à 13. <img alt="Figure 1" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52134/52134fig1highres.jpg" width="600" /> Figure 1. Vue d&#39;ensemble de la procédure d&#39;extension d&#39;amorce. Les cultures bactériennes sont incubées et traitées selon les besoins expérimentaux. L&#39;ARN total est extrait des cellules, traités à la DNase I pour éliminer les traces d&#39;ADN et soumis à une réaction de transcription inverse en utilisant des amorces fluorescentes spécifiques des cibles d&#39;ADN donnant des ADNc. L&#39;ADN génomique ou de plasmides sont extraites et utilisées par la suite pour des réactions de séquençage de Sanger fluorescentes pour la comparaison de la taille des fragments d&#39;ADNc. Produits d&#39;extension d&#39;amorce sont longent produits de séquençage Sanger sur un gel de polyacrylamide dénaturant urée et analysés avec un laser automatisé et microscope. La base de séquençage qui aligne avec la bande d&#39;ADNc est laer but de l&#39;extrémité 5 &#39;de l&#39;ADNc (flèche bleue). Plus d&#39;informations dans Fekete, et al. 3 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52134/52134fig1highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> Une vue d&#39;ensemble de l&#39;ensemble de la procédure d&#39;extension d&#39;amorce se trouve dans la figure 1. En bref, les cellules bactériennes sont cultivées, récoltées, le culot de cellules lysées et l&#39;ARN extrait. L&#39;ARN purifié est ensuite traité avec de la DNase I pour éliminer les traces de molécules d&#39;ADN qui pourraient agir en tant que modèles pour la transcriptase inverse. Des amorces fluorescentes spécifiques sont ajoutés à l&#39;ARN, hybride à la région d&#39;intérêt et inverser ensuite transcrit, résultant en un ADN complémentaire simple brin (ADNc). Une échelle de séquençage est réalisé par séquençage de Sanger traditionnel utilisant des amorces fluorescentes et séparé sur un gel de polyacrylamide dénaturant à côté de l&#39;extension des fragments d&#39;ADNc d&#39;amorces. La résultantegel est analysé par comparaison des bandes fluorescentes, permettant l&#39;identification des extrémités 5 &#39;d&#39;intérêt. Points de départ de la transcription et des sites de traitement sont ensuite évaluées individuellement par des comparaisons de séquences.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1200">
	<tbody>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;"><a name="RANGE!A1:D16">Name</a></td>
			<td style="width:196px;">Supplier</td>
			<td style="width:244px;">Catalog Number(s)</td>
			<td style="width:363px;">Comment</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">AMV Reverse Transcriptase (20-25 U/&#181;l)</td>
			<td style="width:196px;">NEB / Roche</td>
			<td style="width:244px;">NEB: M0277-T / Roche: 10109118001</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:21px;width:399px;">DNase I (RNase free)</td>
			<td style="width:196px;">Ambion (life technologies)</td>
			<td style="width:244px;">AM2222</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">FastPrep-24 Instrument&#160;</td>
			<td style="width:196px;">MPBio</td>
			<td align="right">116004500</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="80">
			<td height="80" style="height:80px;width:399px;">Fluorescently labeled primers</td>
			<td style="width:196px;">Biomers</td>
			<td style="width:244px;">n/a</td>
			<td style="width:363px;">5&#8217; DY-681 modification of &#8220;ordinary&#8221; DNA oligonucleotides. Compatible dyes such as the LICOR IRDye 700/800 are also available from other suppliers such as IDTdna.</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">Li-Cor 4200 Sequencer incl. ImagIR Data collection software</td>
			<td style="width:196px;">Li-Cor</td>
			<td style="width:244px;"></td>
			<td style="width:363px;">Product discontinued</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">NanoDrop 2000</td>
			<td style="width:196px;">Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">Nuclease free water</td>
			<td style="width:196px;">Ambion (life technologies)</td>
			<td style="width:244px;">AM9915G</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">Plasmid mini preparation kit</td>
			<td style="width:196px;">QIAGEN</td>
			<td align="right">12125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">RapidGel-XL-40% Concentrate</td>
			<td style="width:196px;">USB</td>
			<td style="width:244px;">US75863</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">RNA STORAGE BUFFER</td>
			<td style="width:196px;">Ambion (life technologies)</td>
			<td>AM7000</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:399px;">Roti-Aqua-P/C/I</td>
			<td style="width:196px;">Carl Roth</td>
			<td style="width:244px;">X985.3</td>
			<td style="width:363px;">Alternative: &#8220;Acid-Phenol:Chloroform, pH 4.5 (with IAA, 125:24:1)&#8221; from Ambion (AM9720)</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">SUPERase&#8226;In RNase Inhibitor</td>
			<td style="width:196px;">Ambion (life technologies)</td>
			<td style="width:244px;">AM2696</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:399px;">Thermo Sequenase fluorescently labelled primer cycle sequencing kit with 7-deaza-dGTP</td>
			<td style="width:196px;">GE Healthcare</td>
			<td style="width:244px;">RPN2538</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">TRIzol reagent</td>
			<td style="width:196px;">life technologies</td>
			<td style="width:244px;">15596-026</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:399px;">Zirconia/Silica Beads 0.1 mm</td>
			<td style="width:196px;">BioSpec</td>
			<td style="width:244px;">11079101z</td>
			<td style="width:363px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fluorescence based primer extension technique to determine transcriptional starting points and cleavage sites of rnases in vivo

L&#39;extension d&#39;amorce à base de fluorescence (FPE) est une méthode moléculaire pour déterminer les points de départ de la transcription ou des sites de traitement de molécules d&#39;ARN. Ce résultat est obtenu par transcription inverse de l&#39;ARN d&#39;intérêt en utilisant des amorces marquées par fluorescence spécifiques et l&#39;analyse ultérieure des fragments d&#39;ADNc obtenus par électrophorèse dénaturante sur gel de polyacrylamide. En même temps, une réaction classique de séquençage de Sanger est exécuté sur le gel vers la carte les extrémités des fragments d&#39;ADNc à leurs bases correspondantes exactes. Contrairement à 5&#39;-RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends), où le produit doit être cloné et séquencé plusieurs candidats, la majeure partie des fragments d&#39;ADNc générés par extension d&#39;amorce peut être détecté simultanément en une seule opération de gel. En outre, l&#39;ensemble de la procédure (à partir de la transcription inverse de l&#39;analyse finale des résultats) peut être complété en une journée de travail. En utilisant des amorces marquées par fluorescence, l&#39;utilisation de réactifs dangereux isotope radioactif étiquetépeut être évitée et les délais de traitement sont réduites comme produits peuvent être détectés au cours de la procédure d&#39;électrophorèse. Dans le protocole suivant, nous décrivons une méthode d&#39;extension d&#39;amorce fluorescente in vivo pour détecter de manière fiable et rapide des extrémités 5 &#39;des ARN de déduire la transcription des points de départ et les sites de traitement de l&#39;ARN (par exemple, par les composants du système toxine-antitoxine) en S. aureus, E. coli et d&#39;autres bactéries.

Comme le montre la figure 6, une réaction d&#39;extension d&#39;amorce peut être utilisée pour déterminer les points de départ de la transcription de transcrits d&#39;intérêt et peut aider à déduire régions promotrices (typiquement identifié par -10 et -35 éléments). La plus haute (la plus longue) représente un fragment d&#39;ADNc de l&#39;extrémité 5 de l&#39;ARNm et peut donc être facilement mis en correspondance par rapport à l&#39;échelle de séquençage. <p class="jove_conten...

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Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

We here describe a fluorescence based primer extension method to determine transcriptional starting points from bacterial transcripts and RNA processing in vivo using an automated gel sequencer.

Fluorescence Basé Technique d&#39;extension d&#39;amorce pour déterminer transcription Points de départ et des sites de clivage de RNases<em&gt; In Vivo</em

Fluorescence based primer extension (FPE) is a molecular method to determine transcriptional starting points or processing sites of RNA molecules. This is ...

fluorescence-based-primer-extension-technique-to-determine

Research

JoVE Journal

Biology

Fluorescence Based Primer Extension Technique to Determine Transcriptional Starting Points and Cleavage Sites of RNases In Vivo

26.8K vues.  University of Tübingen. We here describe a fluorescence based primer extension method to determine transcriptional starting points from bacterial transcripts and RNA processing in vivo using an automated gel sequencer.