Dissociation d’échantillons de tissus tumoraux humains et murins pour le séquençage d’ARN unicellulaire

Le champ de notre recherche est d’étudier les mécanismes de réponse ou de résistance dans les immunothérapies standard. Notre laboratoire tente de comprendre ce qui motive une réponse immunitaire réussie contre les tumeurs, et si nous pouvons identifier ces prédicteurs de la thérapie pour trouver des cibles capables de surmonter la résistance. La plus grande avancée de ces dernières années a été le développement et l’intégration de techniques de séquençage de l’ARN unicellulaire.

Ils nous permettent d’étudier systématiquement et en temps réel les caractéristiques moléculaires des cellules individuelles de manière impartiale, ce qui est utile pour la dissection de ces écosystèmes tumoraux complexes et évolutifs. Bien que de nombreux modèles précliniques soient utilisés pour étudier les mécanismes de réponse à l’immunothérapie, nous ne connaissons toujours pas les déterminants immunologiques qui sont importants dans l’immunité humaine. Le traitement et l’analyse des échantillons de patients en temps réel sont essentiels à notre capacité à étudier tous les compartiments cellulaires d’une tumeur donnée.

À l’aide de techniques génomiques et transcriptomiques impartiales, notre laboratoire a découvert que des défauts dans la machinerie de présentation de l’antigène sont associés à la résistance à l’immunothérapie dans le mélanome. Plus récemment, en utilisant des approches unicellulaires, nous avons découvert des états uniques des lymphocytes T et des polarités des cellules myéloïdes associés aux résultats des patients dans le mélanome et le cancer de la tête et du cou, respectivement. Le plus grand avantage de notre protocole réside dans sa simplicité.

Il s’agit d’un protocole universel adapté à la dissociation de petits et de grands échantillons tumoraux de plusieurs types de cancers dans un court laps de temps, aboutissant à la génération de suspensions unicellulaires hautement viables.