ב סיטו Chemotaxis אסאי לבחון התנהגות מיקרוביאלית במערכות אקולוגיות מימיות

Summary

מוצג כאן הוא הפרוטוקול עבור סיסאי chemotaxis סיטו, מכשיר מיקרופלויד שפותח לאחרונה המאפשר מחקרים של התנהגות מיקרוביאלית ישירות בסביבה.

Abstract

התנהגויות מיקרוביאליות, כגון תנועתיות וchemotaxis (היכולת של תא לשנות את תנועתו בתגובה הדרגתי כימי), נפוצים על פני התחומים חיידקיים וארכאיים. Chemotaxis יכול לגרום יתרונות משמעותיים רכישת משאבים בסביבות הטרוגניות. הוא גם ממלא תפקיד מכריע באינטראקציות סימביוטיות, מחלות, ותהליכים גלובליים, כגון רכיבה ביו-גיאוכימית. עם זאת, הטכניקות הנוכחיות להגביל את המחקר chemotaxis למעבדה והם לא ישימים בקלות בתחום. מוצג כאן הוא פרוטוקול שלב אחר שלב לפריסה של סיסטו chemotaxis assay (ISCA), מכשיר המאפשר חקירה חזקה של chemotaxis מיקרוביאלי ישירות בסביבה הטבעית. ISCA הוא מכשיר מיקרו-נוזלים המורכב ממערך של 20 בארות, שבו ניתן לטעון כימיקלים בעלי עניין. לאחר הפריסה בסביבות מימיות, כימיקלים לפזר מתוך הבארים, יצירת מעברי ריכוז כי חיידקים תחושה ולהגיב על ידי שחייה לתוך הבארים באמצעות chemotaxis. לאחר מכן ניתן לדגום את תכולת הבאר ולהשתמש בה כדי לכמת (1) את עוצמת התגובות הכימותרפיות לתרכובות ספציפיות באמצעות ציטומטריית זרימה, (2) לבודד ולתרבות מיקרואורגניזמים מגיבים, ו-(3) לאפיין את הזהות והפוטנציאל הגנומי של האוכלוסיות המגיבות באמצעות טכניקות מולקולריות. ISCA היא פלטפורמה גמישה שניתן לפרוס בכל מערכת עם שלב מים, כולל סביבות ימיות, מים מתוקים וקרקע.

Introduction

מיקרואורגניזמים מגוונים להשתמש בתנועתיות ו chemotaxis כדי לנצל סביבות תזונתיות לא אחידות, למצוא מארחים, או להימנע^{תנאים מזיקים 1,,2,,3}. התנהגויות מיקרוביאליות אלה יכולות בתורן להשפיע על שיעורי^{הטרנספורמציה הכימית 4 ולקדם שותפויות} סימביוטיות על פני מערכות אקולוגיות ארציות, מים מתוקים^{ומערכות אקולוגיות ימיות 2,5}.

Chemotaxis נחקר בהרחבה בתנאי מעבדה במשך 60 השנים האחרונות⁶. השיטה הכמותית הראשונה ללמוד chemotaxis, תסיסה נימי, כרוך צינור נימי מלא כימותרפיה putative שקוע השעיה של^{חיידקים 6}. דיפוזיה של הכימיקל מתוך הצינור יוצר מעבר צבע כימי, וחיידקים chemotactic להגיב הדרגתי זה על ידי נדידה לתוך צינור⁷. מאז הפיתוח של תסיסה נימי, עדיין בשימוש נרחב כיום, טכניקות רבות אחרות פותחו כדי ללמוד chemotaxis בתנאים פיזיים / כימיים מבוקרים יותר ויותר, עם האחרונה מעורבים בשימוש microfluidics^8,,9,,10.

מיקרו-נוזלים, יחד עם מיקרוסקופית וידאו במהירות גבוהה, מאפשרים מעקב אחר התנהגותם של תאים בודדים בתגובה לשינועים מבוקרים בקפידה. למרות טכניקות אלה שיפרו במידה רבה את ההבנה שלנו של chemotaxis, הם הוגבלו לשימוש במעבדה ולא לתרגם בקלות פריסת שדה במערכות סביבתיות. כתוצאה מכך, היכולת של קהילות טבעיות של חיידקים להשתמש chemotaxis בתוך מערכות אקולוגיות טבעיות לא נבדקה; לפיכך, ההבנה הנוכחית של החשיבות האקולוגית הפוטנציאלית של chemotaxis מוטה כלפי תנאי מעבדה מלאכותיים ומספר מוגבל של מבודדים חיידקיים במעבדה.תרבית. ISCA שפותח לאחרונה מתגבר על מגבלות אלה¹¹.

ISCA בונה על העיקרון הכללי של ההתכחה ניח; עם זאת, הוא עושה שימוש בטכניקות microfabrication מודרניות כדי לספק פלטפורמה ניסיונית משוכפלת מאוד, לפריסה בקלות לכימות של chemotaxis כלפי תרכובות של עניין בסביבה הטבעית. הוא גם מאפשר זיהוי ואפיון של מיקרואורגניזמים כימיים על ידי בידוד ישיר או טכניקות מולקולריות. בעוד מכשיר העבודה הראשון היה מפוברק עצמו ונבנה זכוכית PDMS¹¹, הגרסה האחרונה הזרקה מעוצב מורכב פוליקרבונט, באמצעות הליך ייצור מתוקן מאוד (לעניין בגרסה העדכנית ביותר של המכשיר, המחברים המתאימים ניתן ליצור קשר).

ISCA הוא בגודל כרטיס אשראי ומורכב 20 בארות מופץ במערך 5 x 4 בארות, כל המקושר לסביבה הימית החיצונית על ידי נמל קטן (800 μm קוטר; איור 1). כימותרפיה פוטטיבית נטען לתוך בארות מפוזרים לתוך הסביבה דרך הנמל, וחיידקים chemotactic להגיב על ידי שחייה דרך הנמל לתוך הבאר. כמו גורמים רבים יכולים להשפיע על התוצאה של ניסוי ISCA בסביבה הטבעית, פרוטוקול שלב אחר שלב זה יסייע למשתמשים חדשים להתגבר על מכשולים פוטנציאליים ולהקל על פריסות יעילות.

Protocol

אנו ממליצים לבצע את סעיף 1 לפני ניסויי שדה כדי למטב את התוצאות.

1. אופטימיזציה של המעבדה

הערה: אמצעי האחסון המתוארים בהליך המיטוב מספיקים עבור ISCA יחיד (המורכב מ- 20 בארות).

1. הכנת הכימיקל של עניין
   הערה: הריכוז האופטימלי עבור כל כימותרפיה לעתים קרובות צריך להיקבע בתנאי מעבדה לפני פריסות שדה. שדה הריכוז הכימי יקטן בעוצמה עם מרחק מהמקור (ISCA היטב), מה שאומר כי הריכוז שחוו מיקרואורגניזמים בסביבה יהיה נמוך יותר מזה הנוכחי בתוך המכשיר. הריכוז האופטימלי לשימוש ב-ISCA תלוי בקצב ההתהודה של הכימותרפיה. אם הריכוז בבאר הוא נמוך מדי (קרוב למגבלת הגילוי של החיידקים), לא יבחינו בכימותרפיה חיובית. לעומת זאת, אם הריכוז בבאר הוא גבוה מדי, הריכוז יהיה גם גבוה בסביבה הקרובה והצטברות מיקרוביאלית תתרחש מעל בארות ISCA ולא בפנים. לכן, סדרת דילול צריכה להתבצע בתנאי מעבדה עבור כל מתחם על מנת לקבוע את הריכוז האופטימלי עבור פריסות שדה. באופן אידיאלי, טווח ריכוז צריך להיבדק גם בשטח כדי לאשר את תוצאות המעבדה.
   1. הכן 2.5 ל' של מדיום מתאים המכיל את ריכוז המלח המתאים (לדוגמה, תמיסת מלח עם חוצץ פוספט [PBS] או מי ים מלאכותיים). סנן את המדיום באמצעות מסנן 0.2 μm באמצעות משאבת פריסלטי או ואקום ו autoclave.
   2. הכן תמיסת 10 מ"מ של כימותרפיה ב-1 מ"ל של המדיום הסטרילי. לסנן את הפתרון chemoattractant עם מסנן מזרק 0.2 μm כדי להסיר חלקיקים ומזהמים פוטנציאליים.
      הערה: באופן אידיאלי, אין תרכובות אורגניות מלבד כימותרפיה צריך להיות נוכח בפתרון הסופי.
2. טווח ריכוז לפי סדרת דילול
   1. תדלל את פתרון המניות המסונן chemoattractant בסדרות, החל (לדוגמה) מ- 10 mM עד 100 μM.
      הערה: לפחות נפח סופי של 0.7 מ"ל נדרש לכל ריכוז שנבדק.
3. טעינת ISCA
   1. מלא מזרק של 1 מ"ל עם הכימותרפיה המסוננת וחבר אותו למזרק 27 G. החזקת ISCA עם היציאה פונה כלפי מעלה, לאט להזריק את החומר עד טיפה קטנה מופיעה על גבי היציאה.
      הערה: 1) כל דילול או חומר חייב להיות מוזרק עם מזרק ומחט נפרדים כדי למנוע זיהום צולב. 2) טיפה קטנה זו חשובה משום שהיא מבטיחה כי אין בועת אוויר לכודה בתוך הנמל, אשר עלול לפגוע ביכולת של חיידקים לנדוד דרך הנמל. 3) מומלץ למלא שורה שלמה לכל חומר או ריכוז (חמש בארות) כדי לספק נפח מינימלי הולם לניתוחים נוספים. 4) שורה אחת לכל ISCA צריך לפעול כפקד שלילי ויש למלא עם המדיום מסונן שבו החיידקים יושעו. טיפול זה מסביר את ההשפעה של תנועבת אקראית על ידי חיידקים לתוך בארות ISCA ויש להשתמש בו כדי לנרמל את הטיפולים המכילים כימותרפיה.
4. פריסה במעבדה
   1. בין לילה, דגירה תרבות 5 מ"ל מועשר 1% מרק ימי (עבור חיידקים ימיים) או 1% מרק ליזוגני (LB, עבור חיידקים מים מתוקים).
      הערה: מבודד חיידקים מוטיב או קהילות חיידקים טבעיים יכול לשמש עבור פריסות מעבדה.
   2. דגירה את התרבות במשך 12 שעות בטמפרטורת החדר (RT) ו 180 סל"ד. לאחר 12 שעות, ודא כי הקהילות המיקרוביאליות הן מוטיב על ידי תצפית ישירה תחת מיקרוסקופ.
   3. סובבו את התרבות ב-1,500 x גרם למשך 10 דקות ו-1/100 ב-150 מ"ל של מדיום מתאים (לדוגמה, מי ים מסוננים, מים מתוקים מסוננים).
   4. מניחים שתי חתיכות קטנות של סרט דבק דו-צדדי על המשטח השטוח של מגש קיבולת של 200 מ"ל (המכסים של קופסאות קצה של 1 מ"ל יש את הממדים האידיאליים למטרה זו, ניתן בקלות autoclaved). מקם ISCA אחד למעלה, כדי להבטיח שהוא מתחבר באופן מאובטח לקלטת. מלא לאט את מגש הפריסה בתמיסה החיידקית באמצעות פיפטה סרולוגית של 50 מ"ל.
      הערה: מלאו את המגש עד שה-ISCA תשקע תחת כ-1-2 ס"מ של נוזל. אם אתה משתמש במגשים מרובים, השתמש באותו אמצעי אחסון על-פני כולם.
   5. השאר את ISCA לתגנר במשך 1 שעות כדי לאפשר chemotaxis חיידקים. לאחר שעה אחת, הסר את המדיום בעדינות רבה עם פיפטה סרולוגית של 50 מ"ל כדי למזער את הזרימה הסוערת.
   6. אחזר את ה- ISCA ממגש הפריסה מבלי לגעת במשטח העליון. השתמש בפיפטה ובגבים חד-פעמיים כדי להסיר את הנוזל הנותר על משטח ISCA.
      הערה: חשוב להימנע מלגעת בנמלים במהלך תהליך זה, כמו השינויים וכתוצאה מכך בלחץ יכול להסיר או להוסיף חיידקים מהסביבה החיצונית לתוך הבאר ובכך להטות את הצפיפות החיידקית והרכב בתוך הבאר.
5. אחזור הדגימות
   1. מחזיק את ISCA עם היציאה פונה כלפי מטה, לאחזר את נפח הבארים באמצעות מחט סטרילית 27 G מזרק מחובר מזרק 1 מ"ל.
      הערה: כל שורה (אם מכילה את אותו חומר) ניתן לאסוף כדי לספק מדגם עבודה של כ 550 μL. מדגם זה לאחר מכן ניתן לצטט לתוך צינורות שונים בהתאם ליישומים במורד הזרם הנדרשים.
   2. לקבוע את מספר החיידקים נמשכים לכל ריכוז chemoattractant על ידי ניתוח הדגימות עם ציתום זרימה¹². בחר את הריכוז של כימותרפיה הממקסמת את הכימותרפיה עבור פריסות שדה עוקבות.

2. הכנה לפריסת שדה

הערה: יש לבצע הכנת חומר ובנייה של מארז שיכוך הזרימה (סעיף 2) לפני הפריסה.

1. הכנת חומרים
   1. הכן את כל החומרים המפורטים בטבלה 1.
      הערה: כמויות חומרים מסופקות עבור ISCA אחד.
2. בנייה והכנה של מתחם שיכוך הזרימה
   הערה: מארז שיכוך הזרימה ממזער מערבולות לא רצויות המונעות אחרת הקמת מעברי צבע כימיים הבוקעים מה-ISCA.
   1. חותכים את החלקים עבור מארז הפריסה עם חותך לייזר מסדין אקריליק 3 מ"מ.
      הערה: ניתן למצוא את הקובץ עבור החלקים באמצעות הקישור הבא: .
   2. להרכיב את החלקים בחיתוך לייזר כפי שהוכח איור 2 באמצעות דבק אקרילי.
      הערה: להרכיב את החלקים בזהירות. חורים או אי-יישור יכולים ליצור דליפות בעת הפריסה, דבר המשפיע ישירות על איכות הנתונים.
   3. השאר את המתחם המורכב להתייבש בן לילה.
   4. לשטוף את המתחם עם מים deionized.
   5. זהה דליפה אפשרית על ידי שפיכת מים מנוים לתוך המתחם. לתקן את כל המפרקים דולף פוטנציאלי על ידי הוספת דבק אקריליק יותר, ולאחר מכן לחזור על שלבים 2.2.3–2.2.5.
   6. חותכים את חוטי הבורג לתוך חתיכת אקריליק שישמש כדי לאבטח את ISCA. ניתן להשיג זאת באמצעות ברז בקוטר ועם גובה התואם את ברגי ההרכבה.
      1. ראשית, הדבק את הברז לתוך מפתח ברגים, לאחר מכן לאבטח את חתיכת אקריליק להיות טפח בסגן ספסל. לקבלת התוצאות הטובות ביותר, ודא פיסת אקריליק הוא ברמה ככל האפשר. ודא כי הברז הוא ניצב על פיסת אקרילי ולהתחיל לסובב את מפתח הברז (בכיוון השעון), הפעלת לחץ קל על הברז.
      2. לאחר כמה מהפכות מלאות בחתיכה אקריליק, להפוך את הסיבוב של הברז (נגד כיוון השעון) עבור רבע סיבוב כדי לנקות אקריליק מהברז. חזור על התהליך עד כל העומק של חתיכת אקריליק הוא טפח.
      3. לבסוף, הסר את הברז (פונה נגד כיוון השעון) ובדוק את הליכי המשנה באמצעות בורג.

3. נוהל בתחום

1. סינון מים
   1. לאסוף מים מאתר השדה כאשר מוכן להתחיל את הניסוי. מסנן 5 מ"ל מים לכל ISCA באמצעות מסנן מזרק 0.2 μm (עם מזרק 50 מ"ל) לתוך צינור צנטריפוגה חרלי 50 מ"ל.
      הערה: כ-3 מ"ל של מים מסוננים נדרשים למלא את כל בארות ISCA; עם זאת, מומלץ 1) מסנן 5 מ"ל לכל מכשיר כדי להסביר הפסדים במהלך תהליך סינון מרובע, ו 2) לשמר aliquots של filtrates כמו פקדים שליליים עבור שני ציטומטריה זרימה והליכים מולקולריים.
   2. לסנן את הסינון פעמיים דרך מחסנית מסנן GP הידרופילי 0.2 μm (באמצעות אותו אחד, בשתי הפעמים) עם מזרק חדש 50 מ"ל לתוך צינור צנטריפוגה חרסית 50 מ"ל חדש. לסנן את הסינון דרך מסנן מזרק 0.02 μm (עם מזרק חדש 50 מ"ל) לתוך צינור חרס חדש 50 מ"ל.
      הערה: סינון מרובע זה צריך להסיר כמעט את כל מיקרואורגניזמים וחלקיקים מהמים. להרחיק את הסינון הסופי מכל מקור חום עד לשימוש. מים אלה ישמשו לשימוש חוזר של כל הכימיקלים המשמשים ב-ISCA, ויש לשמור עליהם באותה טמפרטורה כמו המים באתר הפריסה. זרמים קונבקטיביים המופעלים על ידי הבדלים בטמפרטורה בין בארות ISCA והסביבה החיצונית עלולים להתרחש אחרת.
   3. השתמש aliquots של הסינון כדי לתפור מחדש את כל chemoattractants של עניין (בדרך כלל יבש) לריכוזים הרצויים בצינורות צנטריפוגה חרסית 15 מ"ל.
   4. לסנן את הכימותרפיה מחדש דרך מסנן מזרק 0.2 μm עם מזרק 10 מ"ל לתוך צינורות צנטריפוגה חסין 15 מ"ל כדי להסיר חלקיקים לא רצויים או תרכובות מסיסות מים (אם באמצעות תמציות).
      הערה: סנן בעדינות כדי למנוע מחלקיקים לעבור דרך המסנן. חשוב לתבל מחדש את הכימותרפיה במים המנוננים במיוחד מאתר השדה ולא להסב את היציבות שלהם לפתרונות אחרים. שימוש במים מאתר השדה הכרחי כדי (1) להשיג את אותו ריכוז מלח בתוך הבארים כמו זה במים הסביבתיים בתפזורת כדי למנוע זרימה מונעת צפיפות, ו-(2) להבטיח כי רמות החומרים המזינים ברקע שוות בתוך הבאר ומחוצה לה.
2. מילוי ISCA
   1. בצע את סעיף 1.3 כדי למלא את ה- ISCA.
      הערה: מומלץ למלא שורה אחת (חמש בארות) לכל חומר (כלומר, שלושה חומרים שונים לכל ISCA ובקרת מי ים אחת מסונון במיוחד).
3. פריסה בשדה
   1. בורג ISCA(איור 3A)לחתיכה 9 של המתחם (איור 2K ו איור 3B).
      הערה: מארז שיכוך הזרימה המתואר לעיל יכול להכיל שני תתי-יחידות קאי זה לצד זה או ISCA אחד הממוקם במרכזו.
   2. סגור את המארז(איור 3C)ולאטום אותו עם סרט דבק(איור 3D).
      הערה: יש להימנע מקמטים כדי להבטיח אטם מושלם. אטמו תחילה את כל הצדדים, ולאחר מכן (בשלב שני) לאטום את החורים הצדדיים, אשר ישמשו לנקז מים מהמתחם בסוף הדגימה. אל תאטמו את החורים העליונים והתחתון. אין למקם את ISCA הפוך, כמו זרימה מונעת צפיפות יכול להתרחש בארות המכילות כימותרפיה, אשר יהיה להטות את מספר התאים בארות.
   3. מכיוון שהמתחם חייב להישאר יציב במהלך הפריסה, מומלץ לחבר אותו למבנים בעבודת אדם (לדוגמה, פונטון, סולם) באמצעות כבלי בנג'י.
      הערה: ניתן לחבר את המארז לזרוע פריסה (כאן, מלחציים מותאמים עם פלטפורמה ניצבת) באמצעות כבלי בנג'י לפני הטבילה במים. לחלופין, ניתן למלא את המתחם ולאבטח אותו עם משקל קטן על מצעים רדודים. אם פריסות מיועדות באוקיינוס הפלגי, ניתן לחבר את המתחם לרשת עם מצוף בצד אחד ולצלול במשקל בצד השני.
   4. לשקוע במתחם לחלוטין כדי להתחיל למלא. בעת מילוי, החזק את המתחם בחוזקה כדי למנוע תנועת מים מוגזמת בפנים. ברגע שמפלס המים מגיע לראש המתחם, ודא שאין אוויר לכוד בפנים.
      הערה: במקרה כמה בועות אוויר לכודים, להטות את המתחם בעדינות עם חור האוורור פונה כלפי מעלה, אשר יאפשר בועות לברוח.
   5. לאחר מלא לחלוטין, לאטום את החורים התחתית והלמעלה עם שני תקעים, אשר יכול להיות עשוי סיליקון או גומי או על ידי איטום הגפיים של 20 μL פיפט טיפים(איור 4).
      הערה: שלב זה מונע זרימה בתוך המארז במהלך הדגימה.
   6. השאר את ISCA במקום לדגימת עבור 1-3 שעות.
      הערה: זמן הפריסה האידיאלי מוכתב בעיקר על ידי טמפרטורת המים והכפלת זמן הקהילה החיידקית. כאשר טמפרטורת המים היא מעל 20 °C, לא מומלץ לפרוס את ISCA עבור יותר מ שעה אחת, מכיוון חלוקת תאים יכול להתרחש בארות המכילות כימותרפיה לאחר 1.5-2.0 שעות. עם זאת, זמן פריסה אופטימלי ניתן לבדוק לפני הניסוי ISCA על ידי תיקון קהילות טבעיות עם כימיקלים טעונים וכמת את מספר התאים לאורך זמן.
   7. הסר את המתחם מהמים. מניחים אותו מעל מיכל המאפשר לרוקן את המים מהמתחם.
   8. הסר את החלק העליון של סרט הדבק מהחורים הקדמיים בעדינות רבה.
      הערה: זרימת המים העוזבת את המתחם חייבת להיות במהירות נוטפת. המשיכו חור אחד בכל פעם, מההעליון של המתחם לתחתית. זה צריך לקחת בערך 10-15 דקות כדי לרוקן את המתחם לחלוטין.
   9. לאחר שקווי המים עוברים מתחת לראש ISCA, הסר את התקע התחתון ורוקן את שאר המים.
   10. בעוד ISCAs עדיין מחוברים למתחם, בזהירות להסיר את המים לכודים על גבי ISCA עם פיפטה 1 מ"ל.
   11. הסר את ISCA מבלי לגעת במשטח העליון והשתמש במגבונים חד-פעמיים כדי להסיר את כל הנוזלים הנותרים על פני השטח.
       הערה: חשוב לא לגעת בנמלים במהלך תהליך זה, כמו השינויים וכתוצאה מכך בלחץ יכול להסיר או להוסיף חיידקים בתפזורת לתוך הבאר ולהטיה ספירות חיידקים.
   12. אחזר את הדגימות מה-ISCA על-ידי חזרה על שלב 1.5.1.

4. יישומים במורד הזרם

הערה: אמצעי אחסון ניתנים בהתבסס על מדגם μL 550 (שורה אחת של ISCA).

1. לתקן 100 μL של תוכן טוב עם גלוטרלדהייד (2% ריכוז סופי) עבור ציתום זרימה לכמת chemotaxis לכל מושך.
   הערה: לאחסן על קרח (או ב- 4 °C) ולנתח את הדגימות באותו היום. לחלופין, דגימות יכול להיות פלאש קפוא חנקן נוזלי בעקבות קיבעון אם הניתוח אינו אפשרי באותו היום. ציתום זרימה היא השיטה המומלצת לכמת את מספר התאים בארות ISCA, כפי שהוא פשוט, מהיר, ומדויק¹².
2. הצמד להקפיא 300 μL של תוכן טוב חנקן נוזלי עבור הפקת DNA עוקבות וניתוח¹¹.
   הערה: אחסן את הדגימות ב- -80 °C עד לניתוח.
3. הוסף 90 μL של תוכן באר 10 μL של מאגר TE-גליצטרול והצמד-להקפיא את הדגימות עבור גנומיקה של תא יחיד¹³.
4. מורחים 10-20 μL על לוחות אגר המכילים את המדיום הרצוי לבידוד חיידקי.

תוצאות

סעיף זה מציג תוצאות מעבדה באמצעות ISCA כדי לבדוק את התגובה chemotactic של חיידקים ימיים לטווח ריכוז של גלוטמין, חומצת אמינו ידוע למשוך^{חיידקים קרקע 14}. ריכוז הגרלוטמין שהביע את התגובה הכימית החזקה ביותר בבדיקות המעבדה שימש לביצוע תסיסה כימית בסביבה הימית.

כדי לבצע את בד...

Discussion

בקנה מידה של מיקרואורגניזמים ימיים, הסביבה רחוקה מלהיות הומוגנית ומאופיינת לעתים קרובות על ידי מעברי צבע פיזיים/כימיים המוסיינים קהילות מיקרוביאליות^1,15. היכולת של מיקרואורגניזמים מוטיב להשתמש בהתנהגות (כלומר, chemotaxis) מקל על חיפוש מזון בתוך מיקרו מיקרו-סביב...

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Acrylic glue	Evonik	1133	Acrifix 1S 0116
Acrylic sheet	McMaster-Carr	8505K725	Or different company
Adhesive tape	Scotch	3M 810	Scotch Magic tape
Autoclave	Systec	D-200	Or different company
Benchtop centrifuge	Fisher Scientific	75002451	Or different company
Bungee cord	Paracord Planet	667569184000	Or different company
Centrifuge tube - 2 mL	Sigma Aldrich	BR780546-500EA	Eppendorf tube
Conical centrifuge tube - 15 mL	Fisher Scientific	11507411	Falcon tube
Conical centrifuge tube - 50 mL	Fisher Scientific	10788561	Falcon tube
Deployment arm	Irwin	1964719	Or different company
Deployment enclosure plug	Fisher Scientific	21-236-4	See alternatives in manuscript
Disposable wipers	Kimtech - Fisher Scientific	06-666	Kimwipes
Flow cytometer	Beckman	C09756	CYTOFlex
Glutaraldehyde 25%	Sigma Aldrich	G5882	Or different company
Green fluorescent dye	Sigma Aldrich	S9430	SYBR Green I - 1:10,000 final dilution
Hydrophilic GP filter cartridge - 0.2 µm	Merck	C3235	Sterivex filter
In Situ Chemotaxis Assay (ISCA)	-	-	Contact corresponding authors
Laser cutter	Epilog Laser	Fusion pro 32	Or different company
Luria Bertani Broth	Sigma Aldrich	L3022	Or different company
Marine Broth 2216	VWR	90004-006	Difco
Nylon slotted flat head screws	McMaster-Carr	92929A243	M 2 × 4 × 8 mm
Pipette set	Fisher Scientific	05-403-151	Or different company
Pipette tips - 1 mL	Fisher Scientific	21-236-2A	Or different company
Pipette tips - 20 µL	Fisher Scientific	21-236-4	Or different company
Pipette tips - 200 µL	Fisher Scientific	21-236-1	Or different company
Sea salt	Sigma Aldrich	S9883	For artificial seawater
Serological pipette - 50 mL	Sigma Aldrich	SIAL1490-100EA	Or different company
Syringe filter - 0.02 µm	Whatman	WHA68091002	Anatop filter
Syringe filter - 0.2 µm	Fisher Scientific	10695211	Or different company
Syringe needle 27G	Henke Sass Wolf	4710004020	0.4 × 12 mm
Syringes - 1 mL	Codau	329650	Insulin Luer U-100
Syringes - 10 mL	BD	303134	Or different company
Syringes - 50 mL	BD	15899152	Or different company
Tube rack - 15 mL	Thomas Scientific	1159V80	Or different company
Tube rack - 50 mL	Thomas Scientific	1159V80	Or different company
Uncoated High-Speed Steel General Purpose Tap	McMaster-Carr	8305A77	Or different company
Vacuum filter - 0.2 µm	Merck	SCGPS05RE	Steritop filter