Sucul Ekosistemlerde Mikrobiyal Davranışı İncelemek Için Situ Chemotaxis Tsay'da

Özet

Burada sunulan bir in situ kemotaksis test için protokol, çevrede doğrudan mikrobiyal davranış çalışmaları sağlayan yeni geliştirilen mikroakışkan bir cihaz.

Özet

Motilite ve kemotaksis (bir hücrenin kimyasal bir degradeye yanıt olarak hareketini değiştirme yeteneği) gibi mikrobiyal davranışlar bakteriyel ve arke-dizilme deresi arasında yaygındır. Kemotaksiler heterojen ortamlarda önemli kaynak edinimi avantajlarına neden olabilir. Ayrıca biyojeokimyasal bisiklet gibi simbiyotik etkileşimler, hastalık ve küresel süreçlerde de önemli bir rol oynar. Ancak, mevcut teknikler laboratuvariçin kemotaksis araştırma kısıtlamak ve alanında kolayca uygulanabilir değildir. Burada sunulan in situ chemotaxis test (ISCA), doğrudan doğal ortamda mikrobiyal kemotaksilerin sağlam sorgulama sağlayan bir cihaz dağıtım için adım adım protokoldür. ISCA, 20 kuyu dizisinden oluşan ve ilgi çekici kimyasalların yüklenebileceği bir mikroakışkan cihazdır. Sulu ortamlarda konuşlandırıldıktan sonra kimyasallar kuyulardan dışarı yayılır ve mikropların hissedip tepki verdiği konsantrasyon degradeleri oluşturur. Kuyu içeriği daha sonra örneklenebilir ve kullanılabilir (1) akış sitometri yoluyla belirli bileşiklere kemotaktik yanıtların gücünü ölçmek için, (2) izole ve kültür duyarlı mikroorganizmalar, ve (3) moleküler teknikler yoluyla yanıt veren popülasyonların kimlik ve genomik potansiyelini karakterize. ISCA, deniz, tatlı su ve toprak ortamları da dahil olmak üzere sulu faza sahip her sistemde konuşlandırılabilen esnek bir platformdur.

Giriş

Çeşitli mikroorganizmalar yamalı besin ortamları yararlanmak için hareketlilik ve kemotaksiler kullanın, konakları bulmak, ya da zararlı koşullar^{önlemek 1,2,3}. Bu mikrobiyal davranışlar sırayla kimyasal dönüşüm oranlarını etkileyebilir⁴ ve karasal genelinde simbiyotik ortaklıklar teşvik, tatlı su, ve deniz ekosistemleri^2,5.

Kemotaksis kapsamlı son 60 yıldır laboratuvar koşulları altında incelenmiştir^6. Kemotaksis çalışma için ilk kantitatif yöntem, kılcal dosdoğru, bir putatif kemoattractant bakteri bir süspansiyon batırılmış dolu bir kılcal tüp içerir⁶. Tüpün dışarı kimyasal difüzyon bir kimyasal gradyan oluşturur, ve kemotaktik bakteriler tüp içine göç ederek bu degrade yanıt⁷. Kılcal damar tofaş gelişiminden bu yana, hala yaygın olarak bugün kullanılan, birçok diğer teknikler giderek kontrol fiziksel / kimyasal koşullar altında kemotaksis çalışma geliştirilmiştir, en son mikroakışkanların kullanımını içeren^8,9,10.

Mikroakışkanlar, yüksek hızlı video mikroskobu ile birlikte, dikkatle kontrol edilen degradelere yanıt olarak tek hücrelerin davranışlarının izlenmesini sağlar. Bu teknikler kemotaksis anlayışımızı büyük ölçüde geliştirmiş olsa da, laboratuvar kullanımıyla sınırlandırılmıştır ve çevre sistemlerinde saha dağıtımına kolayca çevrilmemektedir. Sonuç olarak, doğal bakteri topluluklarının doğal ekosistemler içinde kemotaksis kullanma kapasitesi incelenmemiştir; bu nedenle, kemotaksisin potansiyel ekolojik önemine yönelik mevcut anlayış yapay laboratuvar koşullarına ve sınırlı sayıda laboratuvar kültürlü bakteri izoleedilmesine yöneliktir. Son zamanlarda geliştirilen ISCA bu sınırlamalar¹¹üstesinden .

ISCA kılcal damar tözünün genel prensibine dayanmaktadır; ancak, doğal ortamda ilgi bileşikleri doğru kemotaksis nicelleştirilmesi için son derece çoğaltılmış, kolayca dağıtılabilir deneysel platform sunmak için modern mikroüretim teknikleri kullanır. Ayrıca kemotaktik mikroorganizmaların doğrudan izolasyon veya moleküler tekniklerle tanımlanmasını ve karakterizasyonunu sağlar. İlk çalışma cihazı kendi kendine imal edilmiş ve cam ve PDMS¹¹inşa edilmiş iken, en son enjeksiyon kalıplı versiyonu polikarbonat oluşur, son derece standart üretim prosedürü kullanarak (cihazın en son sürümü ilgi için, ilgili yazarlar temasa geçilebilir).

ISCA kredi kartı büyüklüğündedir ve her biri dış su ortamına küçük bir bağlantı noktası (800 μm çapında) ile bağlanan 5 x 4 kuyu halinde dağıtılan 20 kuyudan oluşur; Şekil 1). Kuyulara yüklenen putatif kemoattractants liman üzerinden çevreye yayılır ve kemotaktik mikroplar limandan kuyuya yüzerek tepki verir. Doğal ortamdaki bir ISCA deneyinin sonucunu etkileyen birçok faktör olduğundan, bu adım adım protokol yeni kullanıcıların olası engelleri aşmasına ve etkili dağıtımları kolaylaştırmasına yardımcı olacaktır.

Protokol

Sonuçları optimize etmek için alan denemelerini önce bölüm 1'i yürütmenizi öneririz.

1. Laboratuvar optimizasyonu

NOT: Optimizasyon prosedüründe açıklanan birimler tek bir ISCA (20 kuyudan oluşur) için yeterlidir.

1. İlgi kimyasalının hazırlanması
   NOT: Her kemoattractant için en uygun konsantrasyon genellikle saha dağıtımları öncesinde laboratuvar koşullarında belirlenmelidir. Kimyasal konsantrasyon alanı kaynaktan uzaklığı ile büyüklüğü azalacaktır (ISCA iyi), hangi ortamda mikroorganizmalar tarafından deneyimli konsantrasyon cihazın içinde mevcut daha düşük olacağı anlamına gelir. ISCA'da kullanılacak en uygun konsantrasyon kemoattractantın difüzyon hızına bağlıdır. Kuyudaki konsantrasyon çok düşükse (mikropların algılama sınırına yakın) pozitif kemotaksis gözlenmez. Tersine, kuyudaki konsantrasyon çok yüksekse, yakın çevrede konsantrasyon da yüksek olacaktır ve mikrobiyal birikim isca kuyularının üzerinde değil, içinde oluşacaktır. Bu nedenle, alan dağıtımları için en uygun konsantrasyonu belirlemek için seyreltme serileri her bir bileşiğin laboratuvar koşullarında yapılmalıdır. İdeal olarak, laboratuvar sonuçlarını doğrulamak için sahada bir konsantrasyon aralığı da test edilmelidir.
   1. Uygun tuz konsantrasyonu (örneğin, fosfat tamponlu tuzlu [PBS] veya yapay deniz suyu içeren uygun bir ortam 2,5 L hazırlayın. Orta makineyi peristaltik veya vakum pompası ve otoklav kullanarak 0,2 μm filtre ile filtreleyin.
   2. Steril ortamda 1 mL'de 10 mM'lik kemoattractant çözeltisi hazırlayın. Partikülleri ve potansiyel kirleticileri temizlemek için kemoattractant çözeltisini 0,2 m şırınga filtresi ile filtreleyin.
      NOT: İdeal olarak, nihai çözeltide kemoattractant dışında hiçbir organik bileşik bulunmamalıdır.
2. Seyreltme serileri ile konsantrasyon aralığı
   1. Filtrelenmiş chemoattractant stok çözeltisini seri olarak seyreltin, (örneğin) 10 mM ile 100 μM arasında değişen.
      NOT: Test edilen konsantrasyon başına en az 0,7 mL son hacim gereklidir.
3. ISCA'nın yüklenmesi
   1. 1 mL'lik bir şırıngayı filtrelenmiş kemoattractantla doldurun ve 27 G şırıngaya bağlayın. ISCA'yı yukarı bakacak şekilde tutarken, bağlantı noktasının üstünde küçük bir damlacık belirene kadar maddeyi yavaşça enjekte edin.
      NOT: 1) Çapraz kontaminasyonu önlemek için her seyreltme veya maddeye ayrı bir şırınga ve iğne enjekte edilmelidir. 2) Bu küçük damlacık, hiçbir hava kabarcığı liman içinde sıkışıp kalmasını sağlar, bu da mikropların liman dan göç yeteneğini bozabilir çünkü önemlidir. 3) Daha fazla analiz için yeterli minimum hacim sağlamak için madde veya konsantrasyon (beş kuyu) başına bir satırın tamamının doldurulması önerilir. 4) ISCA başına bir satır negatif kontrol olarak hareket etmeli ve mikropların askıya alınacağı filtrelenmiş ortamla doldurulmalıdır. Bu tedavi, mikropların rastgele hareketliliğin ISCA kuyularına etkisini hesaplar ve kemoattractant içeren tedavileri normalleştirmek için kullanılmalıdır.
4. Laboratuvarda dağıtım
   1. Bir gecede, %1 deniz suyu (deniz bakterileri için) veya %1 lisojen suyu (LB, tatlı su bakterileri için) ile zenginleştirilmiş 5 mL'lik bir kültürü kuluçkaya yatırın.
      NOT: Motile bakteriyel izole veya doğal bakteri toplulukları laboratuvar dağıtımları için kullanılabilir.
   2. Oda sıcaklığında 12 saat (RT) ve 180 rpm kültür kuluçka. 12 saat sonra, mikrobiyal toplulukların mikroskop altında doğrudan gözlem le hareket eden bir şekilde hareket lediğinden emin olun.
   3. Kültürü 10 dk için 1.500 x g'da döndürün ve 150 mL'lik 1/100'ü uygun ortama (örn. filtrelenmiş deniz suyu, filtrelenmiş tatlı su) yeniden askıya alın.
   4. 200 mL kapasiteli tepsinin düz yüzeyine iki küçük çift taraflı yapışkan bant yerleştirin (1 mL uçlu kutuların kapakları bu amaç için ideal boyutlara sahiptir ve kolayca otoklavlanabilir). Bir ISCA'yı teybe güvenli bir şekilde takmasını sağlamak için en üste yerleştirin. 50 mL serolojik pipet kullanarak dağıtım tepsisini yavaşça bakteriyel solüsyonla doldurun.
      NOT: ISCA yaklaşık 1-2 cm sıvı nın altına batırılana kadar tepsiyi doldurun. Birden çok tepsi kullanıyorsanız, tüm genelinde aynı ses düzeyini kullanın.
   5. Bakteriyel kemotaksis izin vermek için 1 saat kuluçka için ISCA bırakın. 1 saat sonra, türbülanslı akışı en aza indirmek için 50 mL serolojik pipet ile ortayı çok hafifçe çıkarın.
   6. ISCA'yı üst yüzeye dokunmadan dağıtım tepsisinden alın. ISCA yüzeyinde kalan sıvıyı çıkarmak için bir pipet ve tek kullanımlık silecek kullanın.
      NOT: Bu işlem sırasında limanlara dokunmaktan kaçınmak önemlidir, çünkü basınçtaki değişiklikler dış ortamdan kuyuya bakteri ekleyebilir veya ekleyebilir ve böylece kuyunun içindeki bakteri yoğunluğunu ve bileşimini saptırır.
5. Örneklerin alınması
   1. ISCA'yı port aşağı bakacak şekilde tutarak, 1 mL şırıngaya bağlı steril 27 G şırınga iğnesi kullanarak kuyuların hacmini alın.
      NOT: Her satır (aynı maddeyi içeriyorsa) yaklaşık 550 μL'lik bir çalışma numunesi sağlamak için bir araya alınabilir. Bu örnek daha sonra gerekli downstream uygulamalarına bağlı olarak farklı tüpler içine aliquoted olabilir.
   2. Akış sitometrisi¹²ile numuneleri analiz ederek her kemoattractant konsantrasyonuna çekilen bakteri sayısını belirleyin. Sonraki alan dağıtımları için kemotaksisi en üst düzeye çıkaran kemoattractant konsantrasyonu seçin.

2. Saha konuşlandırması için hazırlık

NOT: Malzemenin hazırlanması ve akış sönümleme muhafazasının (bölüm 2) inşaatı dağıtımdan önce yapılmalıdır.

1. Malzemelerin hazırlanması
   1. Tablo 1'delistelenen tüm malzemeleri hazırlayın.
      NOT: Malzeme miktarları bir ISCA için sağlanmaktadır.
2. Akış sönümleme muhafazasının yapımı ve hazırlanması
   NOT: Akış sönümleme muhafazası, ISCA'dan yayılan kimyasal degradelerin oluşmasını engelleyen istenmeyen türbülansları en aza indirir.
   1. 3 mm'lik akrilik bir levhadan lazer kesici ile dağıtım muhafazası için parçaları kesin.
      NOT: Parçalar için dosya aşağıdaki linkten bulunabilir: .
   2. Şekil 2'de gösterildiği gibi lazer kesim parçaları akrilik tutkal kullanarak birleştirin.
      NOT: Parçaları özenle monte edin. Delikler veya yanlış hizalama, dağıtım sırasında sızıntılar oluşturabilir ve bu da veri kalitesini doğrudan etkiler.
   3. Birleştirilmiş muhafazayı bir gecede kurumaya bırakın.
   4. Muhafazayı deiyonize suile yıkayın.
   5. Kasaya deiyonize su dökerek potansiyel sızıntıyı belirleyin. Daha fazla akrilik tutkal ekleyerek herhangi bir potansiyel sızıntı eklemdüzeltmek, sonra adımları tekrarlayın 2.2.3-2.2.5.
   6. VIDA ipliklerini ISCA'yı sabitlemek için kullanılacak akrilik parçaya kesin. Bu, montaj vidaları ile eşleşen bir çap ve adım ile bir musluk kullanılarak elde edilebilir.
      1. İlk olarak, bir musluk anahtarı içine musluk yapıştırın, sonra bir tezgah vice dokundu akrilik parça güvenli. En iyi sonuçlar için, akrilik parça mümkün olduğunca seviye olduğundan emin olun. Musluğun akrilik parçaya dik olduğundan emin olun ve musluk anahtarını (saat yönünde) çevirerek musluğa ışık basıncı uygulayın.
      2. Akrilik parça birkaç tam devrimler sonra, musluk akrilik temizlemek için bir rotasyon dörtte biri için (saat yönünün tersine) dokunun dönüşünü tersine çevirin. Akrilik parçanın tüm derinliği dokunana kadar işlemi tekrarlayın.
      3. Son olarak, musluğu çıkarın (saat yönünün tersine çevirin) ve bir vida kullanarak ipleri test edin.

3. Sahada prosedür

1. Su filtrasyonu
   1. Deneye başlamaya hazır olduğunuzda saha alanından su toplayın. 50 mL konik santrifüj tüpüne 0,2 μm şırınga filtresi (50 mL şırınga ile) ile ISCA başına 5 mL su filtreleyin.
      NOT: Bir ISCA'nın tüm kuyularını doldurmak için yaklaşık 3 mL filtrelenmiş su gereklidir; ancak, dört lü filtrasyon işlemi sırasında ki kayıpları hesaba katmak için cihaz başına 5 mL filtre leme ve 2) filtratların hem akış sitometrisi hem de moleküler prosedürler için negatif kontroller olarak korunması önerilir.
   2. Filtrasyonu 0,2 μm'lik hidrofilik GP filtre kartuşu (aynı, her iki seferde kullanarak) yeni bir 50 mL şırınga ile yeni bir 50 mL konik santrifüj tüpüne iki kez süzün. Filtronu 0,02 m şırınga filtresinden (yeni bir 50 mL şırıngayla) yeni bir 50 mL konik tüpe süzün.
      NOT: Bu dörtlü filtrasyon su hemen hemen tüm mikroorganizmalar ve parçacıklar kaldırmalıdır. Kullanıma kadar son filtratı herhangi bir ısı kaynağından uzak tutun. Bu su, ISCA'da kullanılan tüm kimyasalları yeniden askıya almak için kullanılacak ve dağıtım yerindeki suyla aynı sıcaklıkta muhafaza edilmelidir. ISCA kuyuları ile dış ortam arasındaki sıcaklık farklılıklarının tetiklediği konvektif akışlar oluşabilir.
   3. 15 mL konik santrifüj tüplerinde istenilen konsantrasyonlarda ilgi (genellikle kuru) tüm kemoattractants (genellikle kuru) askıya almak için filtrate aliquots kullanın.
   4. İstenmeyen partikülleri veya suda çözünmeyen bileşikleri (ekstreler kullanıyorsanız) çıkarmak için yeniden askıya alınan kemoçekanları steril 15 mL konik santrifüj tüplerine 10 mL şırınga ile 0,2 m şırınga filtresinden filtreleyin.
      NOT: Partiküllerin filtreden geçmesini önlemek için hafifçe filtre uygulayın. Ultrafiltrelenmiş sudaki kemoçekanları saha alanından yeniden uzaklaştırmak ve diğer çözeltilere dönüştürmemek önemlidir. Alan alanından su kullanarak (1) yoğunluk odaklı akışını önlemek için toplu çevresel su olarak kuyuiçinde aynı tuz konsantrasyonu elde etmek için gereklidir, ve (2) arka plan besin düzeyleri kuyu içinde ve dışında eşit olduğunu garanti.
2. ISCA dolumu
   1. ISCA'yı doldurmak için bölüm 1.3'u gerçekleştirin.
      NOT: Madde başına bir satır (beş kuyu) doldurulması tavsiye edilir (yani, ISCA başına üç farklı madde ve bir ultra filtrelenmiş deniz suyu kontrolü).
3. Alanda dağıtım
   1. ISCA(Şekil 3A)kasanın 9'una(Şekil 2K ve Şekil 3B)vidalayın.
      NOT: Yukarıda özetlenen akış sönümleme muhafazası, iki ISCA'yı yan yana veya merkezinde yer alan bir ISCA içerebilir.
   2. Muhafazayı kapatın(Şekil 3C)ve yapışkan bantla kapatın (Şekil 3D).
      NOT: Kırışıklıklar mükemmel bir mühür sağlamak için kaçınılmalıdır. Tüm tarafları önce mühürleyin, sonra (ikinci bir adımda) örnekleme sonunda kasadan suyu boşaltmak için kullanılacak yan delikleri kapatın. Üst ve alt delikleri mühürlemeyin. ISCA'yı baş aşağı yerleştirmeyin, çünkü yoğuşma içeren kuyularda yoğunlukla çalışan akış oluşabilir, bu da kuyudaki hücre sayısını saptırır.
   3. Muhafazanın dağıtım sırasında sabit kalması gerektiğinden, bungee kabloları kullanılarak insan yapımı yapılara (örneğin, ponto, merdiven) takılması önerilir.
      NOT: Kasa, suya dalmadan önce bungee kabloları kullanılarak bir dağıtım koluna (burada, dik platformlu modifiye li modifiye li bir kelepçe) takılabilir. Alternatif olarak, kasa sığ yüzeylerde küçük bir ağırlıkla doldurulabilir ve sabitlenebilir. Dağıtımlar pelajik okyanusta tasarlanmıştırsa, kasa bir tarafında şamandıra, diğer tarafta ağırlık olan bir ağa bağlanabilir.
   4. Doldurmaya başlamak için muhafazayı tamamen batırın. Doldururken, içaşırı su hareketini önlemek için muhafazayı sıkıca tutun. Suyun seviyesi kasanın üst seviyesine ulaştığında, içeride hava nın sıkışmadığından emin olun.
      NOT: Bazı hava kabarcıklarının sıkışması durumunda, kapağı yukarı bakacak şekilde yavaşça yatırın, bu da kabarcıkların kaçmasını sağlayacaktır.
   5. Tamamen dolduktan sonra, alt ve üst delikleri silikon veya kauçuktan veya 20 μL pipet uçlarının ekstremitelerini mühürleyerek yapabilen iki fişle kapatın (Şekil 4).
      NOT: Bu adım örnekleme sırasında muhafazanın içindeki akışı önler.
   6. ISCA'yı örnekleme için 1-3 saat bekletin.
      NOT: İdeal dağıtım süresi öncelikle suyun sıcaklığı ve bakteri topluluğunun iki katına kadar dikte edilir. Su sıcaklığı 20 °C'nin üzerinde olduğunda, ISCA'nın 1 saatten fazla dağıtılması tavsiye edilmez, çünkü hücre bölünmesi 1,5-2.0 saatten sonra kemoattractants içeren kuyularda oluşabilir. Ancak, en uygun dağıtım süresi, doğal toplulukları yüklenen kimyasallarla değiştirerek ve zaman içinde hücre sayısını ölçerek ISCA denemesinden önce test edilebilir.
   7. Muhafazayı sudan çıkarın. Suyun kasadan boşaltılmasını sağlayan bir kabın üzerine yerleştirin.
   8. Yapışkan bandın üst kısmını ön deliklerden çok nazikçe çıkarın.
      NOT: Kasadan çıkan suyun akışı damlama hızında olmalıdır. Kasanın üstünden en altına kadar her seferinde bir deliğe devam edin. Kasanın tamamen boşaltılaması yaklaşık 10-15 dakika sürmelidir.
   9. Su hattı ISCA'nın üst kısmı altından geçtikten sonra, alt fişi çıkarın ve suyun geri kalanını boşaltın.
   10. ISCA'lar hala kasaya bağlıyken, 1 mL pipetle ISCA'nın üzerine sıkışmış suyu dikkatlice çıkarın.
   11. IsCA'yı üst yüzeye dokunmadan çıkarın ve yüzeyde kalan sıvıyı çıkarmak için tek kullanımlık bir silme kullanın.
       NOT: Bu işlem sırasında bağlantı noktalarına dokunmamak önemlidir, çünkü basınçtaki değişiklikler kuyuya dökme bakterileri kaldırabilir veya ekleyebilir ve bakteri sayılarını saptayabilir.
   12. ISCA'dan 1.5.1 adımını tekrarlayarak örnekleri alın.

4. Downstream uygulamaları

NOT: Hacimler 550 μL'lik bir örneğe (bir ISCA satırı) göre verilir.

1. Her çekici için kemotaksisi ölçmek için akış sitometrisi için glutaraldehit (%2 nihai konsantrasyon) ile iyi içeriği100 μL düzeltin.
   NOT: Buzüzerinde (veya 4 °C'de) saklayın ve örnekleri aynı gün analiz edin. Alternatif olarak, analiz aynı gün mümkün değilse, fiksasyon sonrasında sıvı nitrojen dondurulmuş örnekler flaş olabilir. Akış sitometrisi, ISCA kuyularında bulunan hücre sayısını ölçmek için önerilen yöntemdir, çünkü basit, hızlı ve doğru^12.
2. Sonraki DNA çıkarma ve analiz için sıvı nitrojen de iyi içerik 300 μL snap dondurma¹¹.
   NOT: Numuneleri analiz edilene kadar -80 °C'de saklayın.
3. 10 μL TE-gliserol tamponuna 90 μL kuyu içeriği ekleyin ve tek hücreli genomik¹³için numuneleri tutturun.
4. Bakteriyel izolasyon için istenilen ortamı içeren agar plakalarına 10-20°L yayın.

Sonuçlar

Bu bölümde, deniz mikroplarının toprak bakterisini cezbettiği bilinen bir amino asit olan glutamin konsantrasyon aralığına kemotaktik tepkisini test etmek için ISCA kullanılarak laboratuvar sonuçları vermiştir¹⁴. Laboratuvar testlerinde en güçlü kemotaktik yanıtı ortaya çıkaran glutamin konsantrasyonu, deniz ortamında kemotaksi testi yapmak için kullanıldı.

Laboratuvar testleri gerçekleştirmek için, Sydney kıyı suyundan örneklenen deniz suy...

Tartışmalar

Sucul mikroorganizmaların ölçeğinde, çevre homojen olmaktan uzaktır ve genellikle mikrobiyal toplulukları^1,15yapı fiziksel / kimyasal degradeler ile karakterizedir.¹⁵ Hareketli mikroorganizmaların davranış kullanma kapasitesi (yani kemotaksis) bu heterojen mikroortamlarda avlanmayı kolaylaştırır^1. Chemotaksilerin doğrudan çevrede incelenmesi, önemli interspesifik etkileşimleri ve kimyasal tercihleri belirleme potansiyeli...

Malzemeler

Name	Company	Catalog Number	Comments
Acrylic glue	Evonik	1133	Acrifix 1S 0116
Acrylic sheet	McMaster-Carr	8505K725	Or different company
Adhesive tape	Scotch	3M 810	Scotch Magic tape
Autoclave	Systec	D-200	Or different company
Benchtop centrifuge	Fisher Scientific	75002451	Or different company
Bungee cord	Paracord Planet	667569184000	Or different company
Centrifuge tube - 2 mL	Sigma Aldrich	BR780546-500EA	Eppendorf tube
Conical centrifuge tube - 15 mL	Fisher Scientific	11507411	Falcon tube
Conical centrifuge tube - 50 mL	Fisher Scientific	10788561	Falcon tube
Deployment arm	Irwin	1964719	Or different company
Deployment enclosure plug	Fisher Scientific	21-236-4	See alternatives in manuscript
Disposable wipers	Kimtech - Fisher Scientific	06-666	Kimwipes
Flow cytometer	Beckman	C09756	CYTOFlex
Glutaraldehyde 25%	Sigma Aldrich	G5882	Or different company
Green fluorescent dye	Sigma Aldrich	S9430	SYBR Green I - 1:10,000 final dilution
Hydrophilic GP filter cartridge - 0.2 µm	Merck	C3235	Sterivex filter
In Situ Chemotaxis Assay (ISCA)	-	-	Contact corresponding authors
Laser cutter	Epilog Laser	Fusion pro 32	Or different company
Luria Bertani Broth	Sigma Aldrich	L3022	Or different company
Marine Broth 2216	VWR	90004-006	Difco
Nylon slotted flat head screws	McMaster-Carr	92929A243	M 2 × 4 × 8 mm
Pipette set	Fisher Scientific	05-403-151	Or different company
Pipette tips - 1 mL	Fisher Scientific	21-236-2A	Or different company
Pipette tips - 20 µL	Fisher Scientific	21-236-4	Or different company
Pipette tips - 200 µL	Fisher Scientific	21-236-1	Or different company
Sea salt	Sigma Aldrich	S9883	For artificial seawater
Serological pipette - 50 mL	Sigma Aldrich	SIAL1490-100EA	Or different company
Syringe filter - 0.02 µm	Whatman	WHA68091002	Anatop filter
Syringe filter - 0.2 µm	Fisher Scientific	10695211	Or different company
Syringe needle 27G	Henke Sass Wolf	4710004020	0.4 × 12 mm
Syringes - 1 mL	Codau	329650	Insulin Luer U-100
Syringes - 10 mL	BD	303134	Or different company
Syringes - 50 mL	BD	15899152	Or different company
Tube rack - 15 mL	Thomas Scientific	1159V80	Or different company
Tube rack - 50 mL	Thomas Scientific	1159V80	Or different company
Uncoated High-Speed Steel General Purpose Tap	McMaster-Carr	8305A77	Or different company
Vacuum filter - 0.2 µm	Merck	SCGPS05RE	Steritop filter