A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Method Article
פרוטוקול זה מציג בדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית מהירה (AST) תוך 2.5 שעות על ידי הדמיית פיזור ראמן מגורה בתא יחיד של חילוף החומרים של D2O. שיטה זו חלה על חיידקים בשתן או בסביבת דם שלמה, שהיא טרנספורמטיבית עבור AST פנוטיפי מהיר של תא יחיד במרפאה.
כדי להאט ולמנוע התפשטות של זיהומים עמידים מיקרוביאלית, בדיקת רגישות אנטי-מיקרוביאלית מהירה (AST) זקוקה בדחיפות לקבוע כמותית את ההשפעות האנטי-מיקרוביאליות על פתוגנים. בדרך כלל לוקח ימים להשלים את ה- AST בשיטות קונבנציונליות המבוססות על התרבית הוותיקה, והן אינן פועלות ישירות עבור דגימות קליניות. כאן אנו מדווחים על שיטת AST מהירה המתאפשרת על ידי הדמיה מגורה של פיזור ראמאן (SRS) של שילוב מטבולי של תחמוצת דאוטריום (D2O). שילוב מטבולי של D2O בביומסה ועיכוב הפעילות המטבולית בעת חשיפה לאנטיביוטיקה ברמת החיידק הבודד מנוטרים על ידי הדמיית SRS. ריכוז ההשתקה של חילוף החומרים החד-תאי (SC-MIC) של חיידקים בעת חשיפה לאנטיביוטיקה יכול להתקבל לאחר סך של 2.5 שעות של הכנת דגימה וזיהויה. יתר על כן, שיטת AST מהירה זו ישימה ישירות על דגימות חיידקים בסביבות ביולוגיות מורכבות, כגון שתן או דם שלם. הדמיה מטבולית SRS של שילוב דאוטריום היא טרנספורמטיבית עבור AST פנוטיפי מהיר של תא יחיד במרפאה.
עמידות מיקרוביאלית (AMR) היא איום עולמי הולך וגובר על הטיפול היעיל במחלות זיהומיות1. התחזית היא ש-AMR יגרום ל-10 מיליון מקרי מוות נוספים בשנה ולאובדן תוצר עולמי של 100 טריליון דולר עד 2050 אם לא תינקט פעולה למאבק בחיידקים עמידים לאנטיביוטיקה 1,2. זה מדגיש את הצורך הדחוף בשיטות אבחון מהירות וחדשניות לבדיקת רגישות לאנטיביוטיקה (AST) של חיידקים זיהומיים כדי להאט את הופעתם של חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה ולהפחית את שיעור התמותה הקשור3. כדי להבטיח את התוצאה הקלינית הטובה ביותר האפשרית, חיוני להציג טיפול יעיל תוך 24 שעות. עם זאת, השיטה הנוכחית של תקן הזהב, כמו דיפוזיה של דיסק או שיטת דילול מרק, דורשת בדרך כלל לפחות 24 שעות עבור הליך קדם-דגירה עבור דגימות קליניות ועוד 16-24 שעות כדי להשיג את תוצאות הריכוז המעכב המינימלי (MIC). בסך הכל, שיטות אלה גוזלות זמן רב מכדי להנחות החלטה מיידית לטיפול במחלות זיהומיות במרפאה, מה שמוביל להופעתה והתפשטותה של עמידות מיקרוביאלית4.
שיטות AST גנוטיפיות, כגון טכניקות מבוססות תגובת שרשרת פולימראז (PCR)5, פותחו לזיהוי מהיר. טכניקות כאלה מודדות את הרצפים הגנטיים הספציפיים של ההתנגדות על מנת לספק תוצאות AST מהירות. הם אינם מסתמכים על תרבית תאים גוזלת זמן; עם זאת, נבדקים רק רצפים גנטיים ידועים ספציפיים עם עמידות. לכן, היישום שלה מוגבל מינים חיידקים שונים או מנגנונים שונים של התנגדות. כמו כן, הם לא יכולים לספק תוצאות MIC עבור החלטות טיפול 6,7. חוץ מזה, שיטות פנוטיפיות חדשניות עבור AST מהיר נמצאות בפיתוח כדי להתגבר על מגבלות אלה8, כולל התקנים מיקרופלואידיים 9,10,11,12,13, התקנים אופטיים14,15,16, AST פנוטיפי לכימות חומצות גרעין עותק מספר17,18, ושיטות ספקטרוסקופיות של ראמאן 19, 20,21,22,23,24. שיטות אלה מקצרות את הזמן להנחיית תוצאות AST, אולם רובן ישימות רק לחיידקים מבודדים, לא ישירות לדגימות קליניות, ועדיין דורשות קדם-דגירה ארוכת זמן.
בעבודה זו אנו מציגים שיטה לקביעה מהירה של רגישות חיידקים בשתן ובדם שלם באמצעות ניטור הפעילות המטבולית התאית על ידי הדמיית SRS. מים (H2O) לוקחים חלק ברוב המכריע של תהליכי סינתזה ביומולקולריים חיוניים בתאים חיים. כאיזוטופולוג של מים, באמצעות תגובת חילופי H/D מזורזת אנזימים בין אטום המימן הפעיל חמצון-חיזור ב-NADPH לבין אטום D ב-D2O, ניתן לשלב דאוטריום בביומסה בתוך תא25,26. תגובת סינתזה של חומצות שומן מתווכת על ידי דאוטריום שכותרתו NADPH. השילוב של D2O בתגובות של חומצות אמינו (AAs) גורם לייצור חלבון מפורק26 (איור 1). בדרך זו, ניתן להשתמש בביומולקולות המכילות קשר C-D שזה עתה סונתז בתאים מיקרוביאליים בודדים כסמן פעילות מטבולית כללית שיש לזהות. כדי לקרוא קשרי C-D מסונתזים דה נובו, ספקטרוסקופיית ראמאן, כלי אנליטי רב-תכליתי המספק מידע כימי ספציפי וכמותי של ביומולקולות, נמצאת בשימוש נרחב כדי לקבוע רגישות מיקרוביאלית ולהפחית באופן משמעותי את זמן הבדיקה למספר שעות27,28,29,30 . עם זאת, בשל היעילות הנמוכה האינהרנטית של תהליך פיזור ראמאן, הספקטרוסקופיה הספונטנית של ראמאן היא בעלת רגישות גילוי נמוכה. לכן, מאתגר להשיג תוצאות תמונה בזמן אמת באמצעות ספקטרוסקופיית ראמאן ספונטנית. פיזור ראמאן קוהרנטי (CRS), כולל פיזור ראמן קוהרנטי נגד סטוקס (CARS) ופיזור ראמאן מגורה (SRS), הגיע לרגישות גילוי גבוהה בגלל שדה האור הקוהרנטי כדי ליצור סדרי גודל גדולים יותר מאלה של ספקטרוסקופיית ראמאן ספונטנית, ובכך להפוך הדמיה כימית מהירה, ספציפית וכמותית ברמת התא הבודד 31,32,33,34,35 ,36,37,38,39.
כאן, בהתבסס על העבודה האחרונה שלנו40, אנו מציגים פרוטוקול לקביעה מהירה של הפעילות המטבולית והרגישות האנטי-מיקרוביאלית על ידי הדמיית femtosecond SRS C-D של שילוב D2O של חיידקים במדיום הרגיל, בשתן ובסביבת הדם כולה ברמת התא הבודד. הדמיית Femtosecond SRS מאפשרת לנטר את ריכוז ההשבתה של חילוף החומרים של תא בודד (SC-MIC) נגד אנטיביוטיקה ברמת החיידק היחיד תוך 2.5 שעות. תוצאות SC-MIC מאומתות על-ידי בדיקת MIC סטנדרטית באמצעות מיקרו-דילול מרק. השיטה שלנו ישימה לקביעת רגישות אנטי מיקרוביאלית של חיידקי דלקת בדרכי השתן (UTI) ופתוגנים של זיהום בזרם הדם (BSI) עם זמן בדיקה קצר בהרבה בהשוואה לשיטה הקונבנציונלית, מה שפותח את ההזדמנות ל- AST פנוטיפי מהיר במרפאה ברמת התא הבודד.
השימוש בדגימות דם אנושיות הוא בהתאם להנחיות ה- IRB של אוניברסיטת בוסטון והמכונים הלאומיים לבריאות (NIH). באופן ספציפי, הדגימות הן מבנק והן מזוהות לחלוטין. דגימות אלה אינן נחשבות לנבדקים אנושיים על ידי משרד מועצת הביקורת המוסדית (IRB) באוניברסיטת בוסטון.
1. הכנת חיידקים ותמיסת מלאי אנטיביוטיקה
2. D2O שילוב טיפול בנוכחות אנטיביוטיקה (איור 2a)
3. הכנת חיידקים בסביבת שתן (איור 2b)
4. הכנת חיידקים בסביבת הדם (איור 2c)
5. הדמיית SRS של שילוב מטבולי D2O בחיידק יחיד
6. עיבוד תמונה וניתוח נתונים (איור 3)
7. כמות של רגישות מיקרוביאלית באמצעות SC-MIC
הערה: ערך החיתוך ב- 0.60 כדי לקבוע את ה- SC-MIC נקבע על פי הניתוח הסטטיסטי של עוצמות ה- SRS C-D של התנאים הפעילים בחילוף החומרים והמעוכבים בחילוף החומרים עבור חיידקים בריכוזים שונים של חשיפה לתרופות40. עוצמות ה-C-D של הקבוצות הרגישות לאנטיביוטיקה והעמידות לאנטיביוטיקה הותאמו בחלוקה נורמלית.
ההשפעה של זמן הדגירה על התאגדות דאוטריום נמדדת על-ידי מיקרוספקטרוסקופיית ראמאן ספונטנית באזור C-D (2070 עד 2250 ס"מ-1) ו-C-H (2,800 עד 3,100 ס"מ-1) (איור 4a). ספקטרום הראמן החד-תאי בעל קיטועי הזמן של P. aeruginosa בתרבית ב-70% D2O המכיל מדיום מראה עלייה בעוצמת CD/CH לאורך זמן הדגיר?...
ניתן להשיג AST מהיר על ידי הערכת התגובה של פעילות מטבולית חיידקית לטיפול אנטיביוטי באמצעות הדמיה מטבולית של SRS חד-תאי תוך 2.5 שעות מהדגימה לתוצאות SC-MIC. ניתן לזהות את התגובה של פעילות מטבולית חיידקית ורגישות מיקרוביאלית על ידי ניטור השילוב המטבולי של D2O לסינתזה של ביו-מולקולות באמצעות ה?...
למחברים אין ניגודי עניינים לחשוף.
עבודה זו נתמכה על ידי NIH R01AI141439 ל- J.-X.C ו- M.S, ו- R35GM136223 ל- J.-X.C.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Acousto-optic modulation | Gooch&Housego | R15180-1.06-LTD | Modulating stokes laser beam |
Amoxicillin | Sigma Aldrich | A8523-5G | |
Bandpass filter | Chroma | HQ825/150m | Block the stokes laser beam before the photodiode |
Calcium chloride | Sigma Aldrich | C1016-100G | Cation adjustment |
Cation-adjusted Mueller-Hinton Broth | Fisher Scientific | B12322 | Antimicrobial susceptibility testing of microorganisms by broth dilution methods |
Centrifuge | Thermo Scientific | 75002542 | |
Cover Glasses | VWR | 16004-318 | |
Culture tube with snap cap | Fisher brand | 149569B | |
Daptomycin | Acros | A0386346 | |
Deuterium oxide | 151882 | Organic solvent to dissolve antibiotics | |
Deuterium oxide-d6 | Sigma Aldrich | 156914 | Organic solvent as a standard to calibrate SRS imaging system |
Escherichia coli BW 25113 | The Coli Genetic Stock Center | 7636 | |
Eppendorf polypropylene microcentrifuge tubes 1.5 mL | Fisher brand | 05-408-129 | |
Gentamicin sulfate | Sigma Aldrich | G4918 | |
Hydrophilic Polyvinylidene Fluoride filters | Millipore-Sigma | SLSV025NB | pore size 5 µm |
ImageJ software | NIH | Version: 2.0.0-rc-69/1.52t | Image processing and analysis |
Incubating orbital shaker set at 37 °C | VWR | 97009-890 | |
Inoculation loop | Sigma | BR452201-1000EA | |
InSight DeepSee femtosecond pulsed laser | Spectra-Physics | Model: insight X3 | Tunable laser source and fixed laser source at 1045 nm for SRS imaging |
Lock-in amplifier | Zurich Instrument | HF2LI | Demodulate the SRS signals |
Oil condenser | Olympus | U-AAC | NA 1.4 |
Pseudomonas aeruginosa ATCC 47085 (PAO1) | American Type Culture Collection | ATCC 47085 | |
Photodiode | Hamamatsu | S3994-01 | Detector |
Polypropylene conical tube 15 mL | Falcon | 14-959-53A | |
Polypropylene filters | Thermo Scientific | 726-2520 | pore size 0.2 µm |
Sterile petri dishes | Corning | 07-202-031 | |
Syringe 10 mL | Fisher brand | 14955459 | |
UV/Vis Spectrophotometer | Beckman Coulter | Model: DU 530 | Measuring optical density at wavelength of 600 nm |
Vortex mixer | VWR | 97043-562 | |
Water objective | Olympus | UPLANAPO/IR | 60×, NA 1.2 |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved