כאן, אנו מדגימים את שיטת האפיון של שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) שנאספו מנוזלים ביולוגיים, כגון דמעות ורוק, של נבדקים אנושיים. הסורק המשמש בשיטה זו מסוגל לזהות את הפנוטיפ, הגודל וספירת החלקיקים הכוללת של EVs מ-1 מיקרוליטר של הדגימה.
שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs) הן מבנים המיוצרים מתאים ומשתתפים בתקשורת בין-תאית על ידי הובלת ביומולקולות מתא אחד למשנהו. הוכח כי רכבים חשמליים נוסעים למרחקים קצרים ורחוקים בגוף והם ספציפיים לרקמות. EVs נמצאים לא רק ברקמות, אלא ניתן למצוא אותם גם כמעט בכל נוזלי הגוף, כגון דמעות, רוק, נוזל עמוד השדרה, דם וכו'. למרות שניתן לאסוף EVs באופן לא פולשני מדמעות ורוק, ניתן לאסוף רק כמויות קטנות בכל פעם, מה שעלול לגרום לבעיות בהשגת מספיק EVs לניתוח חלבונים. הסורק הנדון במאמר זה הוא מנתח ננו-חלקיקים המספק פתרון לבעיה זו, ומאפשר לנו לאפיין ולחקור את הפנוטיפ, הגודל וספירת החלקיקים הכוללת של EVs מ-1 מיקרוליטר של נוזל ביולוגי בלבד. פרוטוקול זה ירחיב את הידע על רכבים חשמליים מכמויות קטנות של דגימות שקשה לחלץ ממטופלים. זה יכול לשפר את נוחות המטופל ואולי לזהות יעדים טיפוליים חדשים למגוון מחלות והפרעות.
תאים מתקשרים עם תאים שכנים באמצעות מנגנוני איתות שונים, כולל שחרור שלפוחיות חוץ-תאיות (EVs), הממלאות תפקיד מפתח בתקשורת בין-תאית. EVs משתתפים בתקשורת בין-תאית על ידי העברת מטען גנטי, כגון DNA, RNA וחלבונים, מתא אחד למשנהו 1,2,3,4,5. נכון לעכשיו, ישנן שלוש קטגוריות של רכבים חשמליים: אקסוזומים, מיקרו-שלפוחיות וגופים אפופטוטיים, המאופיינים בגודלם. האקסוזומים הם הקטנים ביותר, בקוטר של 30-150 ננומטר 6,7,8, ונוצרים ממערכת הממברנה האנדוזומלית 9,10,11 (איור 1). מיקרו-שלפוחיות גדולות יותר מאקסוזומים בכך שהן נעות בין 100-1000 ננומטר12,13,14 וניצנות מממברנת הפלזמה 11,12,13 (איור 1). גופים אפופטוטיים הם הגדולים ביותר מבין ה-EVs ונעים בין 1000-5000 ננומטר12,14,15, והם גם נובטים מממברנת הפלזמה 12,16,17 (איור 1). מלבד הגודל, ניתן לסווג EVs על סמך מאפיינים ביופיזיים אחרים, הכוללים צפיפות, סמנים מולקולריים כגון CD63, CD81, CD9, וגם מנגנון ביוגנזה18. רכבים חשמליים יכולים לנסוע למרחקים קצרים בין תאים סמוכים ולמרחקים ארוכים בכל הגוף 19,20,21,22,23. ניתן למצוא EVs בנוזלים ביולוגיים כגון דם 24,25,26, נוזל עמוד השדרה המוחי 27,28,29, קרעים 30,31,32 ורוק 33,34,35, אם להזכיר כמה.
נכון להיום, אולטרה-צנטריפוגה היא אחת השיטות הידועות ביותר לבידוד רכבים חשמליים מדגימות 36,37,38. שיטה זו דורשת סבבים מרובים של צנטריפוגות ואולטרה-צנטריפוגה שניתן לבצע על ידי הגדלת המהירות לבידוד ה-EVs מתאים ופסולת תאים. ניתן להתחיל בשיטה זו במהירות נמוכה עם תאי גלולה שלאחריה מהירות בינונית כדי לחסל שלפוחיות גדולות יותר, ולבסוף, שלב אולטרה-צנטריפוגה לגלולה EVs18. בעוד שאולטרה-צנטריפוגה נחשבת לשיטה הטובה ביותר לבידוד, עדיין קיימות מגבלות מסוימות בכך שהיא משנה את המורפולוגיה של ה-EVs 39,40,41. טכניקה נוספת המשמשת לבידוד EVs היא ציטומטריית זרימה, המדגישה את היתרונות של הערכת נקודות זמן ונקודות קצה מרובות וניתוח EV יחיד בתפוקה גבוהה. עם זאת, המגבלות של זרימה ציטומטרית כוללות אך אינן מוגבלות לסתימת הנקבוביות ואותות חלשים. גישה נוספת המשמשת היא צנטריפוגה שיפוע, המשתמשת בחומרים בעלי צפיפות שונה לצנטריפוגה עם הרכבים החשמליים ומאפשרת הפרדה טובה יותר של הרכבים החשמליים בהשוואה לאולטרה-צנטריפוגה. למרות שטכניקה זו משפרת את ההפרדה, היא עתירת עבודה, גוזלת זמן ועלולה להוביל לאובדן משמעותי של הדגימה. בנוסף, ניתן להשתמש במשקעים וסינון גם כדי לבודד רכבים חשמליים. שתי הטכניקות הללו פשוטות ומהירות, אך שתיהן עלולות להוביל לזיהום דגימה. אמנם ישנן מספר טכניקות לבידוד רכבים חשמליים, אך לכל טכניקה יש את היתרונות והמגבלות שלה, המפורטים להלן (טבלה 1) 42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54, 55, 56,57,58,59,60,61,62,63,64,65,66,67.
לאחר בידוד הרכבים החשמליים, ניתן לבצע בדיקות מולקולריות כדי לאפיין את הרכבים החשמליים. כתמים מערביים הם בדיקה נפוצה לחיפוש ביטוי חלבון פני השטח והמטען 68,69,70 ותגובת שרשרת פולימראז (PCR) משמשת לביטוי miRNA 71,72,73 עבור EVs 74,75,76. מבחנים אלו מבוססים ויכולים להניב תוצאות מסקרנות. מגבלה של שיטות אלה היא שהן דורשות כמות גדולה של חלבונים או RNA מ-EVs כדי לקבל קריאה77, מה שמהווה בעיה עבור דגימות בעלות נפח קטן או ריכוז EV, מלכתחילה.
מנתח הננו-חלקיקים הנדון במאמר זה מאפשר למשתמש להתגבר על רבות מהמגבלות המפורטות בטבלה 1 ובטבלה 2 78,79,80,81,82,83,84,85,86,87,88,89,90 . שיטה זו אינה דורשת שימוש בטכניקות בידוד, שיעזרו להתגבר על התפוקה המופחתת של רכבים חשמליים. שיטה זו גם מאפשרת למשתמש לנתח את חלבוני פני השטח והמטען, ספירת EV הכוללת וגודל EV מנפח דגימה של עד 1 μL. זה נעשה על ידי שימוש בשבבי טטרספנין המסופקים על ידי החברה המשתמשת במיקרו-מערך נוגדנים עם נוגדנים טטרה-ספנין, CD63, CD81 ו-CD9, כדי לזהות EVs בתמיסה, כפי שמוצג באיור 2. נוגדנים פלואורסצנטיים מאשרים את נוכחותם של EVs וכן מונעים מחלקיקים מזהמים להטות את התוצאות.
המטרה הכוללת של טכניקה זו היא לספק שיטה שגוזלת פחות זמן לנתח רכבים חשמליים וכן לנתח רכבים חשמליים מנפח קטן של דגימה. שימוש במנתח ננו-חלקיקים זה מאפשר למשתמשים לנתח את הגודל, ספירת החלקיקים הכוללת וחלבוני פני השטח מ-1 מיקרוליטר של דגימה, שהוא אידיאלי עבור נוזלים ביולוגיים כגון דמעות ורוק.
כל המחקרים שתוארו דבקו בהצהרת הלסינקי. הסכמה בכתב התקבלה מכל נבדק לפני שנכלל במחקר. אישור מועצת הביקורת המוסדית (IRB) מבית החולים האוניברסיטאי ארהוס (1-10-72-77-14) ומכון דין מקגי (1576837-2) התקבל על פי ההנחיות הפדרליות והמוסדיות. לפני העיבוד הוסרו כל דגימות הדמעות והרוק. כל המחקרים נבדקו ואושרו על ידי מועצת הביקורת המוסדית האזורית של צפון טקסס (#2020-030). הפרוטוקול הבא עומד בכל ההנחיות ואושר, כאמור לעיל.
1. יום 1: הכנת דגימה ודגירה
2. יום 2: שטיפת שבבים
3. יום 2: סריקת השבבים
4. עיבוד נתונים
בעת ניתוח הכתמים על השבבים, כוונו לריכוז אופטימלי של EVs על ידי התבוננות ברכבים חשמליים המסומנים פלואורסצנטית בערוצי CD63, CD81 ו-CD9, וערוץ MIgG30,91 אמור להישאר שחור, מכיוון שזהו ערוץ הבקרה כפי שניתן לראות באיור 3A. CD81 יופחת עבור נוזלים ביולוגיים. אם אין פלואורסצנטיות בערוצי CD63, CD81 ו-CD9, יש היעדר EVs (איור 3B). היזהרו לא להרוות יתר על המידה את השבב (איור 3C). זה יקשה על תוכנת הניתוח לחשב את הדיוק של הגודל, ספירת החלקיקים הכוללת והפנוטיפים של ה-EVs. מהנקודות של הריכוז האופטימלי, תוכנת הניתוח תוכל למדוד את הגודל (50-200 ננומטר), ספירת החלקיקים הכוללת וביטוי הטטרה-ספנין של ה-EVs (איור 4) ותיוצא לגיליונות אלקטרוניים בודדים להמשך ניתוח. ניתוח הטטרספנין יכלול את הקולוקליזציה של חלבוני פני השטח על ה-EVs. הקולוקליזציה תיוצג עם "/", לדוגמה, "CD63/CD81". זה לא אומר ש-CD63 ו-CD81 משולבים; זה אומר שגם CD63 וגם CD81 ממוקמים על פני השטח של ה-EV.
תוצאות אלה יספקו תובנה חשובה בין דגימות בריאות וחולות. נוכל לקבוע אם דגימות בריאות או דגימות חולות מייצרות יותר רכבים חשמליים, רכבים חשמליים גדולים או קטנים יותר, ואת הפנוטיפ של הרכבים החשמליים. כל אחד מהמאפיינים הללו או כולם יכולים לשחק תפקיד בביוגנזה של המחלה ו/או בהתקדמותה. עם תוצאות אלה, נוכל לראות אם יש היעדר או עלייה ברמות הטטרספנין, מה שיכול לספק תובנה לגבי תהליכים תאיים והיווצרות EVs.
איור 1: הסוגים והגדלים של הרכבים החשמליים השונים. אנא לחצו כאן לצפייה בגרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 2: סכמטי של האופן שבו שבבי הטטרה-ספנין לוכדים ומזהים רכבים חשמליים. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 3: אופטימיזציה של ריכוזי EV. (A) ריכוז אופטימלי של רכבים חשמליים. (B) תוצאה שלילית: אין רכבים חשמליים. (ג) רוויית יתר של רכבים חשמליים. אנא לחץ כאן לצפייה בגרסה גדולה יותר של איור זה.
איור 4: נתונים שנוצרו על ידי מנתח הננו-חלקיקים. (A) גודל קוטר EV נמדד בננומטרים. (B) ספירת החלקיקים הכוללת של EVs. (C) פנוטיפ קו-לוקאלי של EV. אנא לחץ כאן לצפייה בגרסה גדולה יותר של איור זה.
טכניקה | יתרונות | מגבלות |
אולטרה-צנטריפוגה | טוהר גבוה42,43 | שינויים במורפולוגיה של EV42,44 |
הומוגניות42,45 | דורש נפח גדול42,44,46 | |
פונקציונליות42,43 | יקר42,43 | |
ציטומטריית זרימה | הערכת דגימות בנקודות זמן מרובות47 | אות חלש48,49 |
נקודות קצה מרובות47,50 | נקבוביות סתומות51 | |
ניתוח EV יחיד בתפוקה גבוהה52,53 | ||
צנטריפוגת שיפוע צפיפות | הפקת דוגמאות טהורות ביותר54 | עבודה אינטנסיבית55,56 |
מגוון דוגמאות55,57 | גוזל זמן55,58 | |
אובדן יבול משמעותי54 | ||
משקעים | פשוט59.60 | זיהום36,44,61 |
מהיר61,62 | לא ספציפי63 | |
תשואה גבוהה44,59,62 | ||
pH ניטרלי36 | ||
סינון | פשוט64 | מלכודת אקסוזומים65 |
מהיר64 | פגיעה בשלפוחיות גדולות36 | |
זול64 | עוגת פילטר66,67 | |
סתימת אקסוזום65 |
טבלה 1: יתרונות ומגבלות של טכניקות בידוד EV. רשימה של הדרכים השונות לבודד רכבים חשמליים, כולל היתרונות והמגבלות שלהם.
טכניקה | יתרונות | מגבלות |
פיזור אור דינמי | מדידת חלקיקים בגודל 1 ננומטר עד 6 מיקרומטר78 | לא מתאים למדידת דגימות אקסוזום מורכבות בטווח מידות גדול79 |
הגבול התחתון הוא 10 ננומטר מתאים למערכות חד-דיספריס79 | לא מסוגל להבחין בין חלבונים מזוהמים לאקסוזומים79 | |
מיקרוסקופ אלקטרונים שידור (TEM) | שימו לב למורפולוגיה של אקסוזומים79,80 | הכנות מדגם מסובכות79 |
התבוננו במבנה הפנימי81 | לא מסוגל להבחין באקסוזומים על סמך גודל וצורה בגלל אותות פלואורסצנטיים מוגזמים82 | |
ניתוח מעקב אחר ננו-חלקיקים | מדידת ריכוז, גודל והתפלגות גודל של אקסוזומים בתחום של 10 ננומטר עד 2 מיקרומטר78 | לא יכול להבדיל את ה-EVs מצברי חלבון ומזהמים אחרים83 |
הכנה ומדידה מהירה של מדגם78,84 | מכשיר NTA יקר85 | |
ניתן לשחזר דגימות בצורה מקורית84 | רגיש לרעידות85 | |
כתם מערבי (WBs) | יכול לנתח באופן איכותי וכמותי חלבוני סמן79,86 | מסובך וגוזל זמן79 |
ניתוח אקסוזומים ממצע תרבית תאים79 | EV מבודדים עשויים להכיל ליפופרוטאינים ומזהמים אחרים86 | |
ציטומטריית זרימה | רגישות גבוהה יותר והדמיה ברזולוציה גבוהה ל | גוזל זמן ומייגע עם מגבלת זיהוי של 400 ננומטר79,88 |
להבחין בין אקסוזומים מוכתמים לבלימות87 | ||
נדרש ריכוז דגימה נמוך79 | אותות אופטיים מעכבים את הדיוק והרזולוציה88 | |
Exoview | מדוד טטרספנינים (CD9, CD63 ו-CD81) על אקסוזומים89 | לא מודד גדלי EV גדולים יותר75 |
מודד חלבוני מטען EV90 |
טבלה 2: יתרונות ומגבלות של טכניקות אפיון EV.
השלב הקריטי ביותר בפרוטוקול זה הוא לוודא שריכוז אופטימלי של רכבים חשמליים מושג. צריכים להיות מספיק רכבים חשמליים כדי לקבל קריאה, אבל לא יותר מדי רכבים חשמליים שירוויו את השבב יתר על המידה. הדרך הטובה ביותר לקבוע את ריכוז ה-EV האופטימלי היא לבצע ריצת אופטימיזציה עם 1 מיקרוליטר של דגימה ולראות אם יש צורך להתאים את הריכוז. צעד קריטי נוסף הוא לראות אם יש שפע של פסולת תאים בדגימה, שניתן לקבוע על ידי צפייה בנתחים גדולים על השבבים בתוכנת הניתוח. אם בדגימה יש פסולת תאים, צנטריפוגה או סינון פשוטים של הדגימה אמורים לפתור בעיה זו.
שלב נוסף ומכריע הוא להבטיח שהשבב/ים לא ייגעו בדפנות הבאר והימנעות ממגע עם האזור המרכזי של השבב/ים בעת הצבתם במעלה הרמפה. הסורק יקרא מהריבוע במרכז השבב, לכן חיוני להימנע מלגעת באזור זה עם המלקחיים כדי למנוע שיבוש של הרכבים החשמליים.
לשיטה זו יש כמה מגבלות כגון ריכוז לא מספיק של EVs לזיהוי על ידי המכשיר. ניתן לשפר את הריכוז על ידי ייבוש הדגימה או שימוש בצינור ריכוז. מגבלה נוספת היא שתוכנת הניתוח מודדת רק EVs בטווח של 50-200 ננומטר, לא כולל כמה מיקרו-שלפוחיות וכל הגופים האפופטוטיים ממדידות הגודל75.
ישנן דרכים רבות לבידוד (טבלה 1 42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52, 53,54,55,56,57,58)59,60, 61,62,63,64,65,66,67) ולנתח רכבים חשמליים (טבלה 2 78,79,80,81,82,83,84,85, 86,87,88,89,90), ותקן הזהב הנוכחי לבידוד EV הוא אולטרה-צנטריפוגה 36,37,38 כדי לגלול את התאים לבדיקות כגון Western Blots 68,69,70 ו-PCR 71,72,73,74,75,76. בעוד שפרוטוקול זה עובד היטב עבור דגימות גדולות 42,44,46, השגת נוזלים ביולוגיים יכולה להיות מאתגרת, ולעתים קרובות, ניתן לאסוף רק נפח קטן של דגימות בכל פעם, וזה לא אידיאלי עבור אולטרה-צנטריפוגה. לעומת זאת, שימוש במנתח ננו-חלקיקים זה מאפשר למשתמש לייצר נתונים יקרי ערך, כגון גודל, ספירת חלקיקים כוללת ופנוטיפ של ה-EVs, ב-1 מיקרוליטר בלבד של דגימה, מה שהופך אותו לאידיאלי עבור נוזלים ביולוגיים. נוכל להרחיב את הידע על רכבים חשמליים מכמויות קטנות של דגימות שקשה לחלץ, מה שיכול להגביר את נוחות המטופל ואולי למצוא מטרות טיפוליות פוטנציאליות למחלות והפרעות שונות.
למחברים אין אינטרסים פיננסיים מתחרים או ניגודי אינטרסים אחרים לחשוף.
ברצוננו להודות ל-NIH על המימון (EY031316 ו-EY034714). ברצוננו גם להודות ל-UNTHSC ול-NTERI על שטח המעבדה.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
ChipWasher 100 | NanoView | EV-CW100 | Incubates, washes, rinses and dries the tetraspanin chips. This current model is no longer available. Price at time of purchase: $9,995.00 |
ExoView Analyzer software | NanoView | N/A | Analyzes the chip informations and produces excel files for further analysis. No longer available. |
ExoView R100 | NanoView | EV-R100 | Used to scan the tetraspanin chips at 3 wavelengths. This current model is no longer available. Price at time of purchase: $110,000.00 |
ExoView Scanner software | NanoView | N/A | Scans the chips at 3 different wavelengths. No longer available. |
Human Tetraspanin Kits | Unchained Labs | EV-TETRA-C | Includes 8 tetraspanin chips, Incubation Solution, Blocking Solution, CD63 antibody, CD81 antibody, CD9 antibody, Solution A, Solution B, USB, and plate cover. |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionExplore More Articles
This article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved