Name: unraveling the unseen players in the ocean - a field guide to water chemistry and marine microbiology
Uploaded: 2014-11-05T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 43 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology at JoVE.com

We thank Elisha Wood-Charlson, Jackie Mueller, Karen Weynberg, and Kathy Morrow for their help and constructive input on this manuscript. We also thank the crew and captain of the Hanse explorer which provided us with a perfect working environment to conduct large parts of this research. Further we would like to thank the three anonymous reviewers for their time and helpful comments to improve the manuscript. This work was funded by the NSF Dimensions of Biodiversity and PIRE awards DEB-1046413 and OISE/IIA-1243541, respectively, the Gordon and Betty Moore Foundation, Investigator Award 3781, and the CIFAR Integrated Microbial Diversity Fellowship IMB-ROHW-141679, all to FR.

The authors have nothing to disclose.

השיטות שהוצגו כאן תספק כלי ליצירת הערכה מקיפה של דינמיקה נגיפית וחיידקים במערכות אקולוגיות ימיות. הם ממוקדים לכמת את המניה עומדת משאבים אורגניים ואי-אורגניים זמינים לקהילות חיידקים ולאפיין את האיפור של הווה הקהילה הנגיפי וחיידקים. בסמוך לכימות שפע נגיפי ושפע וביומסה חיידקים, מידע רצף הגנומי מגלה מבנה הקהילה ותפקודם. כל השיטות פותחו או שונה כדי לאפשר ליישום במקומות בשדה מרוחק. עם זאת חוסר הגדרות מעבדה מבוקרת מטבע יוצר כמה פוטנציאל לטעויות. כאן אנו דנים כמה אזהרות הקשורים לכל אחד מהפרמטרים שהוערכו. ליד פוטנציאל לזיהום במהלך מדגם טיפול חלק מהפרמטרים גם להניב פוטנציאל לטעויות בתהליך אנליטי. פחמן אורגני מומס זיהום פחמן יכול להתרחש במהלך הליכי הדגימה (דגימה במורד הזרם, או בקרבת סירה או צוללן), במהלך הכנת המדגם (זיהום של ציוד או טיפול שלא במתכוון), וגם בזמן האחסנה של מדגם (דוגמאות אחרות במקפיא המכיל אורגני ממסים / נדיפים). כדי להימנע מהמקורות השונים של התנהגות זיהום ככמה צעדי טיפול ככל האפשר, כמו כל מעבר מדגם מהווה מקור נוסף לזיהום. המדגם לא צריך לקבל במגע עם כל פריט שלא חומצה שטפה או שריפה. לבסוף, מייעד מקפיא אחסון באופן בלעדי עבור דגימות לא מכילות חומרים אורגניים נדיפים יבטיח את השלמות של הדגימות במהלך תקופות אחסון ארוכות יותר. אם לא יכולים להיות כל הזמן דגימות קפואות במהלך החמצת תקופת נסיעות מורחבת של דגימות DOC עם HCl המרוכז (כמתואר 38-41) עשוי להיות חלופה מתאימה. כדי לוודא יש להשתמש בחומרי ייחוס קונסנסוס DOC דיוק המדידה regularly במהלך מדידת DOC פועל. במיוחד מי ים עמוק (2,000&gt; מ &#39;) אזכור הוא בעלי ערך בהערכת הביצועים של המכונה האנליטית כפי שהוא מאוד יציב בתוכן DOC שלה 42. חומר אורגני חלקיקים בנוסף להימנעות זיהום פחמן אורגני, דגימת POM דורשת תשומת לב מיוחדת כדי להבטיח את הדיוק של הנפח המסונן. אם הנפח הממוקד של 500 מיליליטר צריך לסטות מכל סיבה שפוטנציאל הזה צריך לציין להתייחס הסכום של POM שנתפס על המסנן לתסנין שהוא נוצר. חומרים מזינים אורגניים כמו בדגימת פחמן אורגנית, יש לשים לב לזיהום מדגם מזין אפשרי שנוצר על ידי מקורות שונים כמו סירות או פריקות שפכים 12. מסננים המשמשים לדגימת פחמן אורגנית עם גודל נקבובית נומינלי של 0.8 מיקרומטר, ייתכן שלא לכלול את כל יומסה וציוד ה החיידקיםולד ולכן להיות שונה כדי 0.2 מיקרומטר מסננים לסינון צעד זה. יתר על כן, מגבלות זיהוי להוות בעיה עם דגימות מזינים; במיוחד במים העיליים oligotrophic סביב מקומות שונית אלמוגים רבים (למשל, Cotner et al. 43). גבולות איתור הם בערך סביב 0.1, 0.2, ו -0.1 μmol / L לאמוניום, ניטראט וניטריט, ואורתו-פוספט בהתאמה (ראה 36,12,37) מיקרוסקופית לצד הבדלים בריכוז של ניתוח תמונת דגימות משקופיות מיקרוסקופ מניב נוסף פוטנציאל לטעויות. לדוגמא, תמונות עשויות להיות מחוץ לפוקוס באזורים מסוימים של שדה הראייה, ונמצאים בפוקוס באחרים. כמסנן מטריצת אלומינה טוהר גבוה הוא סוג מסנן נוקשה מאוד, כל פסולת מתחת למסנן עלולה לגרום לכל המסנן לשבת על זווית לשקופית. כתוצאה מכך, תמונות יכולות להיות באופן עקבי מחוץ לפוקוס בחלקים שונים של שדה הראייה למסנן נתון, מחדשgardless של יישור מיקרוסקופ. לתלות שוב מסננים, להבטיח את החלק התחתון של המסנן נקי, יכול לשפר את זה אם הוא ציין. כמו כן, במקרים מסוימים ייתכן שיש שני מוקדי מטוסים שבו ניתן למצוא וירוסים וחיידקים. זוהי התוצאה של אובייקטים מוכתמים הופכים מנותק מהמסנן על הרכבה, ומרחפים לי לחלק התחתון של להחליק את המכסה מה שעלול להפוך ספירה לא אמינה. לכן מומלץ תמיד לבדוק את האיכות של הדגימות במהלך התהליך. Cytometry הזרימה כמו במקרה של הדגימות מיקרוסקופית, יכול להיות שיש באופן טבעי הבדלים בין זרימת cytometry דגימות אשר דורשות התאמות של התהליך אנליטי. לדוגמא, תלוי ברגישות של המכשיר, תאי פרוכלורוקוקוס עמום fluorescing עשויים להיות נמוכים מרמת הרעש ולא ניתן לכמת. חרוזים לשמש שליטת מדגם פנימי (למשל, כדי לוודא שהשו&quot;ת של המכשירonse לאותות ניאון עולה בקנה אחד מהיום ליום (ונשאר יציב בזמן הריצה עצמה). אם נוסף למדגם בריכוזים ידועים, הם יכולים לשמש גם כבקרה פנימית כדי לוודא את ריצת נפח דגימה. עם זאת, מומלץ תמיד לרוץ aliquot של מדגם קפוא בעבר &quot;סטנדרטי&quot; של מי ים שמופשר ומוכתם יחד עם הדגימות של עניין לספק הדברה ביולוגית נוספת למדגם טיפול בין ריצות צלחת 96-היטב. בהתאם למיקום, דגימות מי ים עשויות להיראות שונות מאוד אחד מהשני. מיון אוכלוסיות &quot;נציג&quot; ולאחר מכן הצגה תחת מיקרוסקופ epifluorescent (EM) יכול להיות דרך טובה כדי לוודא במהירות אוכלוסיות הפיטופלנקטון כמו גם Synechococcus sp. או אאוקריוטים פוטוסינתזה. תאי פרוכלורוקוקוס הם בדרך כלל לא נראים לעין תחת EM כי הם נעלמים מהר מדי. בנוסף לכלורופיל, sp Synechococcus. מכיל גם phphycoeurythrin otopigment (PE), אשר פולט אור באורכי גל קצר יותר (540-630 ננומטר) מאשר כלורופיל (660-700 ננומטר). כאשר תאי Synechococcus נרגשים עם אור כחול / ירוק (470-490 ננומטר), הם יופיעו זהב נצפו אם תחת מסנן פליטה שמסיר את כל אורכי הגל של אור מתחת 510 ננומטר. לשם השוואה, החלק האווקריוטי ייראה אדום, כאשר ירגשו עם אותו אורך הגל של אור. Metagenomics ויראלי חשוב לציין כי התהליך של ריכוז ואחסון VLP משפיע על הקהילה התאוששה. אובדן חלקיקים נגיפי יכול להתרחש בכל שלב בתהליך, ובכך, הבחירה של פרוטוקולים לטיהור והעשרה נגיפיים יכולה הסוף של דבר משפיעה על הרכב שנצפה הטקסונומית וגיוון של metagenomes הנגיפי כתוצאה 44,45,18. ריכוז של דגימות ניתן לעשות זאת באמצעות TFF 19 או כימי מבוסס הַפתָתָה 20. בבסיס כימי הגישה, לְהַנִיחַively טעון יוני ברזל מחייבים את חלקיקי נגיף באופן טבעי הטעונים שלילי ויוצרים מתחמי ברזל-ויראלי (&gt; 8 מיקרומטר) גדולים שflocculate מתוך פתרון וניתן לשחזר באמצעות 8 מיקרומטר מסננים. בהמשך הברזל chelated את חלקיקי נגיף ומחדש מומס באמצעות מגנזיום, חומצה אסקורבית, וEDTA, עוזב חלקיקים נגיפיים מרוכזים להפקת חומצות גרעין 20. לאחר ההשוואה בין שתי שיטות קיימים אלה, הגענו למסקנה כי שיטת כלוריד הברזל הוא פחות זמן רב יותר מאשר ריכוז נגיפי TFF, אך עשוי להניב כמה אזהרות. מצאנו כי ניתוק ופירוק של הברזל ויראלית דורש פי שניים פתרון מגנזיום חומצה אסקורבית-EDTA מרוכז יותר מ -20 דיווחו על מנת שפירוק להמשיך לפני מדרדרת החומצה אסקורבית. מלבד בעיה זו, הפרוטוקול מטהר חלקיקים נגיפיים על ידי גודל-חלוקה לבד, הסרת מזהמי חיידקים באמצעות 0.2 מיקרומטר סינון. וירוסים גדולים אינם עוברים דרך filtאה (לדוגמא, יאנג et al. 46) ובכך לא להיות מזוהה בmetagenome, בעוד כמה חיידקים לעשות (McDole, נתונים שלא פורסמו). התוצאה היא זיהום חיידקים תוך אפליה נגד וירוסים גדולים. שהבעיה ספציפית אך רלוונטית גם להסרת של חיידקים בחיבור עם ריכוז TFF. כטיפול כלורופורם הוכח להסיר וירוסי כלורופורם רגיש עם ממברנות שומנים בדם חיצוניות 47 מחקרים מראים כי 0.22 מיקרומטר סינון ניתן להשתמש כדי להסיר את רוב החיידקים. ראוי גם לציין, כי השיטה שהציגה בעיקר למטרה bacteriophage, הספק הנפוץ ביותר של חומר גנטי בסביבות ימיות. מכיוון שהפאג נחשב בדרך כלל לא מכילים בדרך כלל שומנים 48 הם עמידים יותר לטיפול כלורופורם. למיטב ידיעתנו שיטת &quot;לתפוס את כל&quot; אינה קיימת עד כה. השיטה המוצגת כאן היא עיבוד ouניסיון בתחום R במהלך 10 השנים האחרונות בסביבות ימיות המיועדות למערכות טרופיות הארקטי. החיידקים metagenomics הבנייה של ספריות metagenomic לחיידקים (כלומר, חיידקים וחיידקים קדומים) היא יותר פשוטה מאשר metagenomes הנגיפי כפי שהוא קל יותר ליצור ריכוזי DNA מינימאליים הנדרשים להכנת ספרייה. ספריות לינקר הגברה רובה (LASLs) הגברה 17,49,50 וכל הגנום המבוססים על ההגברה עקירה מרובה (מד&quot;א) הן שני השיטות הנפוצות ביותר ליצירת DNA מספיק לקביעת רצף. השימוש במד&quot;א להשיג ריכוזי DNA גבוהים יותר בmetagenomes חיידקים לפעמים יש צורך. אולם זה יכול לגרום להפרעות בנתונים ברצף, כגון overamplification של minicircles dinoflagellate. שיטות מד&quot;א ידועות כדי להגביר דנ&quot;א חד-גדילים ומעגליים מועדף, וכתוצאה מכך התוצאות לא-כמותי 51,52. LASLs מותאם להתקרב 50 ניתן אפוא משמש כחלופה טובה יותר בהגברת שני חיידקים וDNA הנגיפי metagenomic עבור סידור. חשוב לציין כי יש לו את גישת LASLs שלבים מרובים, דורשת ציוד מתוחכם, ומוגבלת לתבניות dsDNA. יתר על כן, ערכת חילוץ DNA הרקמה הוכח לחלץ DNA משני טווח מערכת שלילית גרם חיובי וגרם, אבל זה לא אומת למיני חיידקים ביעילות lyse סוררים או מבנים הקשורים בם (למשל, חיידקים קדומים מסוימים, endospores, או נבגי פטריות) . לכן צעד מכות חרוז עשוי להיות נחוץ כדי להשיג DNA מחיידקים מסוימים. הערכות מקיפות אלה יגרמו להבנה טובה יותר של תפקוד מערכת אקולוגית ויראליים וחיידקים. למרות שמספר מחקרים שנערכו הניסיון להעריך את כל הפרמטרים שהוצעו, רב כבר חוקר אלה שנבחרו. נלסון ואח &#39;. 53 הציע חיבור betwבתי גידול een שונית ספציפית וdepletions בשני ריכוזי DOC וbacterioplankton יחסית למים מהחוף. שינויי ריכוז אלו לוו בבידול מובחן של קהילות bacterioplankton. Dinsdale et al. 5 הראה כי השפעת פעילות אנושית מוגברת הייתה מלווה ב10x שכיחות גבוהה יותר של תאי חיידקים וחלקיקים כמו וירוס. קהילות חיידקים במי אוקיינוס ​​המקיפים את האיים מיושבים היו גם שברים גדולים יותר של heterotrophs ופתוגנים פוטנציאליים 5. לבסוף McDole et al. 4 הראו, על ידי הצגת ציון microbialization, שפעילות אנושית הסטת אנרגיה לחיידקים, על חשבון macrobes. מחקרים אלה, המתמקדים בפרמטרים של חיידקים וכימיה מים ספציפיים, לספק תובנות חדשות למבנה הביוכימי של מערכות אקולוגיות ימיות. שילוב הנתונים מסורתיים של מאמצי ניטור מערכת אקולוגית - כמו ערכי טמפרטורה ו- pH, ביומסה הדגים וdiversity, כיסוי של קרקעית ים, או חשיפה להשפעה אנושית - עם כימיה מים והערכות חיידקים, צפוי לגרום למאמצי ניטור סביבתי רגישים יותר, שעלולה להוביל למאמצי שימור ממוקדים יותר.

מערכות אקולוגיות ימיות חשופים למגוון רחב של הפרעות שגורמות לשינויים מזמינות חומרי מזון לביומסה של טורפי שיא. בעשור האחרון, מחקרים רבים הוכיחו את החשיבות של קהילות חיידקים במערכות אקולוגיות ימיות 1-4. ניכר כי שינויים בקהילת חיידקי וירוסים קשורים באופן הדוק עם השפלה הכוללת של סביבות ימיות 5. שינויים אלה עשויים להיות בהנחייתם של גיאוכימיה שינו בעמודת המים כגון זמינות חמצן או 6,7 remineralization פחמן. כתוצאה מהתלות ההדדית בין macroorganisms, הכימיה מים ולולאות משוב פעילות המיקרוביאלית עשויים להאיץ את קצב פירוק המערכת האקולוגית 8. ב -1970 ו -80 ניסיונות מרובים שנעשו כדי לפתור מחזורי biogeochemical במערכות אקולוגיות ימיות 9-11. אחד האתגרים העיקריים למחקרים המוקדמים אלה היה החוסרגישות סטנדרטיות למדידת הפרמטרים biogeochemical העריכו. אמנם היו פרוטוקולים זמינים, בעיקר בחומרים מזינים מי ים 12,13, ההערכה של דינמיקת פחמן ומבנה קהילת החיידקים היו מוגבלים על ידי הכלים והשיטות זמינים. עם השוואת שיטות JGOFS EqPac, שארפ ואח &#39;. 14 הציע בפעם הראשונה פרוטוקול אמין וסטנדרטי להערכת פחמן אורגני מומס ריכוז (DOC). על ידי 2000s מוקדם האתגרים אנליטיים כדי לקבוע משאבים העומדים לרשות קהילת החיידקים שכך רובן נפתרו וגישות לאפיין קהילות חיידקים בסביבות תרבות מבוקרות שהוקמו (ראה 15 DeLong). השיטות לקביעת רצף המסורתיות באותה העת הסתמכו במידה רבה על תרבויות משובטים טיפחו. רצף של גנים סביבתיים מוקדם של דגימות טבעיות מתגלה, עם זאת, כי הרוב המכריע של מגוון ביולוגי של חיידקים שהוחמץ על ידי cultivשיטות המבוסס על ation 16. בשנת 2002, ברייטברט et al. 17 משמשים רצף רובה בפעם הראשונה שתארה את קהילת ויראלי בדגימות מי ים סביבתיים הקמת שיטה לקביעת רצף הגנום כולו של קהילות נגיפיות ימיות חסרות תרבות. בתוך הערכות חיידקים הקיימות, וירוסים עדיין להישאר במיוחד תחת נלמד, כמו רוב קשים לתרבות ואין להם סמן אוניברסלי שמורה כגון RNA ריבוזומלי 16S (rRNA) גנים משמשים בדרך כלל להערכת גיוון ואפיון קהילה. גישת רצף metagenomic מספקת אלטרנטיבה לשיטות תלוית תרבות וממוקדת גן לניתוח קהילות נגיפיות מורכבות. בעוד metagenomes הנגיפי הראשון שנוצר ממי הים היה רצף באמצעות סנגר רצף 17, פיתוח טכנולוגיות רצף של הדור הבא וטכניקות מולקולריות משופרות הוביל לגידול מהיר במחקרי metagenomic 18 </sעד&gt;. העבודה המעבדה הנוכחית לmetagenomics הנגיפי כרוכה הפרדה, העשרה, ו / או בריכוז של חלקיקים נגיפיים, ואחריו חומצות גרעין (DNA או RNA) חילוץ, הכנת ספרייה, ורצף 19-21. כדי לקדם את הידע הקיים על נגיפיים, חיידקים ותפקוד ביוכימי במערכות אקולוגיות ימיות, השוואת ערכות נתונים במערכות שונות ברחבי העולם הוא חיוני. עם זאת, הפרוטוקולים הוקמו במידה רבה פותחו עבור סביבות near-shore עם מתקני מעבדה נגישים בקלות. כך, חוסר שיטות שדה סטנדרטיים מעכב השוואות המערכת האקולוגית צולבת אלה. כאן אנחנו מציגים נבדקו ביסודיות וטופלנו גם עיבודים ממצב של פרוטוקולי מחקר אמנות לשימוש במקומות בשדה מרוחקים. שיטות אלו הוכחו מוצלחות במחקרים רבים פורש העשור האחרון 5,22 ומשמשות כיום על ידי מעבדות ימיות שונות, כמו גם על NOAAשונית הערכה ותכנית ניטור (רמפה) בכל האוקיינוס ​​השקט 4 האוקיינוס. פרוטוקולי הדגימה כוללים פרמטרים של מים כימיה (ריכוזי פחמן אי-אורגניים ואורגניים, ריכוז חומרי תזונה אורגני), שפע ויראליים וחיידקים (ספירת חיידקים ישירה, ספירה נגיפית ישירה, וcytometry זרימה להעריך אוטוטרוף לעומת יחסי הטרוטרוף), ומבנה קהילה ויראליים וחיידקים ו פוטנציאל מטבולים באמצעות ניתוח metagenomic (לסקירה ראה איור 1). התוצאות שהתקבלו מהשיטות שתוארו כאן נדרשות על מנת להבהיר פרמטרים רקע biogeochemical מפתח הדרושים כדי לאפיין באופן מקיף על מערכות אקולוגיות ימיות.

<table><tbody><tr><td>Niskin collection and processing units (Hatay Niskins)</td><td></td><td></td><td>&lt;strong&gt;Figure 1&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>Filtration setup</td><td></td><td></td><td>&lt;strong&gt;Figure 1&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>32-36% Hydrochloric acid (HCl)</td><td>Fisher Sci</td><td>A508-212</td><td></td></tr><tr><td>High-density polyethylene (HDPE) container</td><td></td><td></td><td>&lt;em&gt;e.g.&lt;/em&gt;, 5 Gallon HDPE UN Certified Pail with Snap-On Lid</td></tr><tr><td>Combustion oven (550 &amp;deg;C)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>60 ml HDPE vials&amp;nbsp;</td><td>Fisher Sci</td><td>02-896-2B</td><td></td></tr><tr><td>25 mm GF/F filter</td><td>Fisher Sci</td><td>09-874-64</td><td></td></tr><tr><td>Forceps&amp;nbsp;</td><td>Fisher Sci</td><td>XX62-000-06</td><td></td></tr><tr><td>Sterile, non-powdered gloves</td><td>Fisher Sci</td><td>19-170-010B</td><td></td></tr><tr><td>Bilge pump&amp;nbsp;</td><td></td><td></td><td>&lt;em&gt;e.g.&lt;/em&gt;, Thirsty Mate 124PF</td></tr><tr><td>20 L collapsible low-density polyethylene carboy</td><td></td><td></td><td>&lt;em&gt;e.g.&lt;/em&gt;, Reliance Fold A Carrier II</td></tr><tr><td>Tangential flow filter (TFF) ultrafiltration hollow fiber cartridges</td><td>Amersham</td><td>CFP-2-E-9A</td><td></td></tr><tr><td>Platinum-cured silicon tubing for TFF</td><td>Cole Parmer</td><td>96440-82</td><td></td></tr><tr><td>Hose clamps</td><td>Cole Parmer</td><td>P-68007-23</td><td></td></tr><tr><td>Peristaltic pump</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-77410-10</td><td></td></tr><tr><td>Sodium hydroxide (NaOH) solution</td><td>Electron Microscopy Sciences</td><td>21162</td><td></td></tr><tr><td>0.2 &amp;micro;m Polycarbonate track-etched membrane filter</td><td>Fisher Sci</td><td>09-300-61</td><td></td></tr><tr><td>8.0 &amp;micro;m Polycarbonate track-etched membrane filter</td><td>Fisher Sci</td><td>09-300-57</td><td></td></tr><tr><td>0.22 &amp;micro;m Polyvinylidene difluoride cylindrical filter</td><td>Fisher Sci</td><td>SVGP01050</td><td></td></tr><tr><td>0.45 &amp;micro;m Polyvinylidene difluoride cylindrical filter</td><td>Fisher Sci</td><td>SVHV010RS</td><td></td></tr><tr><td>Synthetic nylon mesh</td><td>Sefar</td><td>03-125-37</td><td></td></tr><tr><td>20 ml Plastic scintillation bottle</td><td>Fisher Sci</td><td>03-341-72C</td><td></td></tr><tr><td>Clean bucket (10-20 L)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>32% Paraformaldehyde</td><td>Electron Microscopy Science</td><td>15714</td><td></td></tr><tr><td>25% Glutaraldehyde</td><td>Electron Microscopy Science</td><td>16220</td><td></td></tr><tr><td>Liquid nitrogen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>0.02 &amp;micro;m High-purity alumina matrix filter with annular polypropylene support ring&amp;nbsp;</td><td>Fisher Sci</td><td>6809-6002</td><td></td></tr><tr><td>0.2 &amp;micro;m High-purity alumina matrix filter with annular polypropylene support ring</td><td>Fisher Sci</td><td>6809-6022</td><td></td></tr><tr><td>10,000x SYBR Gold nucleic acid stain</td><td>Invitrogen</td><td>S11494</td><td></td></tr><tr><td>DAPI solution 25 &amp;micro;g/ml</td><td>Invitrogen</td><td>D1306</td><td></td></tr><tr><td>Molecular grade water</td><td>sigma aldrich</td><td>W-4502</td><td></td></tr><tr><td>Ascorbic acid</td><td>Fisher Sci</td><td>BP351-500</td><td></td></tr><tr><td>Phosphate Buffered Saline (PBS)</td><td>Fisher Sci</td><td>BP399-500</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Fisher Sci</td><td>G31-500</td><td></td></tr><tr><td>Microscope slide</td><td>Fisher Sci</td><td>12-550-123</td><td></td></tr><tr><td>Coverslip</td><td>Fisher Sci</td><td>12-548-5M</td><td></td></tr><tr><td>Delicate task wipe&amp;nbsp;</td><td>Fisher Sci</td><td>06-666A</td><td></td></tr><tr><td>Slide station with vacuum pump</td><td></td><td></td><td>&lt;strong&gt;Figure 3&lt;/strong&gt;</td></tr><tr><td>DNA extraction kit</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740952.1</td><td>Nucleospin tissue kit</td></tr><tr><td>Proteinase K (20 mg/ml)</td><td>Lifetechnologies</td><td>AM2546</td><td></td></tr><tr><td>200-proof Ethanol</td><td>Electron Microscopy Sciences</td><td>15058</td><td></td></tr><tr><td>Red cap: Male Luer with Lock Ring x Female Luer Coupler&amp;nbsp;</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-45503-88</td><td></td></tr><tr><td>Cesium chloride (CsCl)</td><td>Fisher Sci</td><td>bp1595-500</td><td></td></tr><tr><td>60 ml Syringe</td><td>Fisher Sci</td><td>13-6898</td><td></td></tr><tr><td>0.02 &amp;micro;m Alumina matrix disposable syringe filter</td><td>Fisher Sci</td><td>O992613</td><td></td></tr><tr><td>Ultra-clear centrifuge tubes</td><td>Beckman Coulter</td><td>344059</td><td></td></tr><tr><td>Ultra-swinging bucket rotor</td><td>Beckman Coulter</td><td>333790</td><td>SW41 Ti Rotor&amp;nbsp;</td></tr><tr><td>DNase I (100 units/&amp;micro;l)</td><td>Calbiochem</td><td>260913</td><td></td></tr><tr><td>0.5 M EDTA</td><td>Fisher Sci</td><td>BP2482-500</td><td></td></tr><tr><td>Formamide</td><td>Fisher Sci</td><td>BP228-100</td><td></td></tr><tr><td>Glycogen</td><td>sigma aldrich</td><td>G-1767</td><td></td></tr><tr><td>1x Tris-EDTA (TE) pH 8.0</td><td>Fisher Sci</td><td>BP2473-500</td><td></td></tr><tr><td>Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td><td>Fisher Sci</td><td>02674-25</td><td></td></tr><tr><td>20 &amp;mu;g/ml Proteinase K</td><td>Fisher Sci</td><td>BP1700-500</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Fisher Sci</td><td>BP1145-1</td><td></td></tr><tr><td>Phenol:Chloroform:Isoamyl alcohol 25:24:1</td><td>sigma aldrich</td><td>p3803</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>Fisher Sci</td><td>BP2618-500</td><td></td></tr><tr><td>50 ml Oak Ridge tube</td><td>Fisher Sci</td><td>05-562-16B</td><td></td></tr></tbody></table>

unraveling the unseen players in the ocean - a field guide to water chemistry and marine microbiology

כאן אנו מציגים סדרה של פרוטוקולי מחקר נבדקו ביסודיות וגם תקניים המותאמים לשימוש בסביבות ימיות מרוחקות. פרוטוקולי הדגימה כוללים הערכה של משאבים העומדים לרשות קהילת החיידקים (פחמן מומס אורגני, חומר אורגני חלקיקים, חומרים מזינים אורגניים), ותיאור מקיף של הקהילות נגיפיות וחיידקיים (באמצעות ספירה נגיפית וחיידקים ישירים, ספירה של חיידקים autofluorescent, ו בניית metagenomes הנגיפי וחיידקים). אנו משתמשים בשילוב של שיטות, המייצגות את השדה מפוזר של דיסציפלינות מדעיות הכוללות פרוטוקולים כבר הוקמו וכמה מן הטכניקות האחרונות פיתחו. טכניקות רצף במיוחד metagenomic המשמשות לאפיון קהילה נגיפי וחיידקיים, הוקמו רק בשנים האחרונות, ולכן עדיין נתון לשיפור מתמיד. זה הוביל למגוון רחב של curren נהלי דגימה ועיבוד מדגםtly בשימוש. הקבוצה של שיטות שהוצגה כאן מספקת את גישת מועד לאיסוף ועיבוד דגימות סביבתיות. פרמטרים התייחסו לפרוטוקולים אלה יניבו מינימום על מידע החיוני לאפיין ולהבין את המנגנון הבסיסי של דינמיקת קהילה נגיפית וחיידקים. זה נותן קל לעקוב אחרי הנחיות לביצוע סקרים מקיפים ודן שלבים קריטיים ואזהרות פוטנציאליות רלוונטיים לכל טכניקה.

Watch this Scientific Journal Video about Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology at JoVE.com

Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology

Here, we present a comprehensive protocol to assess the organic and inorganic nutrient availability and the abundance and structure of microbial and viral communities in remote marine environments.

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

Here we introduce a series of thoroughly tested and well standardized research protocols adapted for use in remote marine environments. The sampling ...

unraveling-unseen-players-ocean-field-guide-to-water-chemistry-marine

Research

JoVE Journal

Environment

25.5K Views.  San Diego State University. Here, we present a comprehensive protocol to assess the organic and inorganic nutrient availability and the abundance and structure of microbial and viral communities in remote marine environments. 

Video: Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be subsampled throughout the experiment1&#8211;7. Subsampling of large volumes can be problematic for several reasons: 1) it causes variation in the total volume and the surface area:volume ratio of the culture during the experiment; 2) pseudo-replication (i.e., replicate samples from the same treatment flask8) is often employed rather than true replicates (i.e., sampling from replicate treatments); 3) the duration of the experiment is limited by the total volume; and 4) axenic cultures or the usual bacterial microbiota are difficult to maintain during long-term experiments as contamination commonly occurs during subsampling.
The use of microtiter plates enables 1 ml culture volumes to be used for each replicate, with up to 48 separate treatments within a 12.65 x 8.5 x 2.2 cm plate, thereby decreasing the experimental volume and allowing for extensive replication without subsampling any treatment. Additionally, this technique can be modified to fit a variety of experimental formats including: bacterial-algal co-cultures, algal physiology tests, and toxin screening9&#8211;11. Individual wells with an alga, bacterium and/or co-cultures can be sampled for numerous laboratory procedures including, but not limited to: WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry, microscopy, bacterial colony forming unit (cfu) counts and flow cytometry. The combination of the microtiter plate format and WATER-PAM fluorometry allows for multiple rapid measurements of photochemical yield and other photochemical parameters with low variability between samples, high reproducibility and avoids the many pitfalls of subsampling a carboy or conical flask over the course of an experiment.

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated WATER-PAM Fluorometry

The goal of this procedure is to demonstrate the reproducibility and adaptability of using a microtiter plate format for microalgal screening. This rapid screen combines WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) fluorometry to measure photosynthetic yield as an indicator of Photosystem II (PSII) health with small volume bacterial-algal co-cultures.

מבדק נפח קטן להערכה בקטריאלי / הפיטופלנקטון Co-תרבות שימוש במים-Pulse-Amplitude-אופנן (WATER-PAM) Fluorometry

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

Chemotactic Response of Marine Micro-Organisms to Micro-Scale Nutrient Layers

The degree to which planktonic microbes can exploit microscale resource patches will have considerable implications for oceanic trophodynamics and biogeochemical flux. However, to take advantage of nutrient patches in the ocean, swimming microbes must overcome the influences of physical forces including molecular diffusion and turbulent shear, which will limit the availability of patches and the ability of bacteria to locate them. Until recently, methodological limitations have precluded direct examinations of microbial behaviour within patchy habitats and realistic small-scale flow conditions. Hence, much of our current knowledge regarding microbial behaviour in the ocean has been procured from theoretical predictions. To obtain new information on microbial foraging behaviour in the ocean we have applied soft lithographic fabrication techniques to develop 2 microfluidic devices, which we have used to create (i) microscale nutrient patches with dimensions and diffusive characteristics relevant to oceanic processes and (ii) microscale vortices, with shear rates corresponding to those expected in the ocean. These microfluidic devices have permitted a first direct examination of microbial swimming and chemotactic behaviour within a heterogeneous and dynamic seascape. The combined use of epifluorescence and phase contrast microscopy allow direct examinations of the physical dimensions and diffusive characteristics of nutrient patches, while observing the population-level aggregative response, in addition to the swimming behaviour of individual microbes. These experiments have revealed that some species of phytoplankton, heterotrophic bacteria and phagotrophic protists are adept at locating and exploiting diffusing microscale resource patches within very short time frames. We have also shown that up to moderate shear rates, marine bacteria are able to  fight the flow  and swim through their environment at their own accord. However, beyond a threshold high shear level, bacteria are aligned in the shear flow and are less capable of swimming without disturbance from the flow. Microfluidics represents a novel and inexpensive approach for studying aquatic microbial ecology, and due to its suitability for accurately creating realistic flow fields and substrate gradients at the microscale, is ideally applicable to examinations of microbial behaviour at the smallest scales of interaction.  We therefore suggest that microfluidics represents a valuable tool for obtaining a better understanding of the ecology of microorganisms in the ocean.

The fabrication of microfluidic channels and their implementation in experiments for studying the chemotactic foraging behaviour of marine microbes within a patchy nutrient seascape and the swimming behaviour of bacteria within shear flow are described.

תגובת Chemotactic של מיקרו אורגניזמים ימיים כדי Micro-Scale שכבות מזין

The degree to which planktonic microbes can exploit microscale resource patches will have considerable implications for oceanic trophodynamics and ...

Biology

VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and detritus, and excreting particulate and dissolved compounds, they serve as important agents for benthic-pelagic coupling. Accurately measuring the compounds removed and excreted by suspension feeders (such as sponges, ascidians, polychaetes, bivalves) is crucial for the study of their physiology, metabolism, and feeding ecology, and is fundamental to determine the ecological relevance of the nutrient fluxes mediated by these organisms. However, the assessment of the rate by which suspension feeders process particulate and dissolved compounds in nature is restricted by the limitations of the currently available methodologies. Our goal was to develop a simple, reliable, and non-intrusive method that would allow clean and controlled water sampling from a specific point, such as the excurrent aperture of benthic suspension feeders, in situ. Our method allows simultaneous sampling of inhaled and exhaled water of the studied organism by using minute tubes installed on a custom-built manipulator device and carefully positioned inside the exhalant orifice of the sampled organism. Piercing a septum on the collecting vessel with a syringe needle attached to the distal end of each tube allows the external pressure to slowly force the sampled water into the vessel through the sampling tube. The slow and controlled sampling rate allows integrating the inherent patchiness in the water while ensuring contamination free sampling. We provide recommendations for the most suitable filtering devices, collection vessel, and storing procedures for the analyses of different particulate and dissolved compounds. The VacuSIP system offers a reliable method for the quantification of undisturbed suspension feeder metabolism in natural conditions that is cheap and easy to learn and apply to assess the physiology and functional role of filter feeders in different ecosystems.

VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

We introduce the VacuSIP, a simple, non-intrusive, and reliable method for clean and accurate point sampling of water. The system was developed and evaluated for the simultaneous collection of the water inhaled and exhaled by benthic suspension feeders in situ, to cleanly measure removal and excretion of particulate and dissolved compounds.

VacuSIP, שיטת INEX משופרת<em&gt; באתרו</em&gt; מדידה של חלקיקים מומס תרכובות מעובד על ידי האכלת השעית Active

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and ...

A Simple Approach to Manipulate Dissolved Oxygen for Animal Behavior Observations

The ability to manipulate dissolved oxygen (DO) in a laboratory setting has significant application to investigate a number of ecological and organismal behavior questions. The protocol described here provides a simple, reproducible, and controlled method to manipulate DO to study behavioral response in aquatic organisms resulting from hypoxic and anoxic conditions. While performing degasification of water with nitrogen is commonly used in laboratory settings, no explicit method for ecological (aquatic) application exists in the literature, and this protocol is the first to describe a protocol to degasify water to observe organismal response. This technique and protocol were developed for direct application for aquatic macroinvertebrates; however, small fish, amphibians, and other aquatic vertebrates could be easily substituted. It allows for easy manipulation of DO levels ranging from 2 mg/L to 11 mg/L with stability for up to a 5 min animal-observation period. Beyond a 5 min observation period water temperatures began to rise, and at 10 min DO levels became too unstable to maintain. The protocol is scalable to the study organism, reproducible, and reliable, allowing for rapid implementation into introductory teaching labs and high-level research applications. The expected results of this technique should relate dissolved oxygen changes to behavioral responses of organisms.

This article describes a simple and reproducible protocol to manipulate dissolved oxygen conditions in a laboratory setting for animal behavior studies. This protocol may be used in both teaching and research laboratory settings to evaluate organismal response of macroinvertebrates, fishes, or amphibians to changes in dissolved oxygen concentration.

גישה פשוטה מניפולציות חמצן מומס לתצפיות התנהגות בעלי החיים

The ability to manipulate dissolved oxygen (DO) in a laboratory setting has significant application to investigate a number of ecological and organismal ...

Ecotoxicological Method with Marine Bacteria Vibrio anguillarum to Evaluate the Acute Toxicity of Environmental Contaminants

Bacteria are an important component of the ecosystem, and microbial community alterations can have a significant effect on biogeochemical cycling and food webs. Toxicity testing based on microorganisms are widely used because they are relatively quick, reproducible, cheap, and are not associated with ethical issues. Here, we describe an ecotoxicological method to evaluate the biological response of the marine bacterium Vibrio anguillarum. This method assesses the acute toxicity of chemical compounds, including new contaminants such as nanoparticles, as well as environmental samples. The endpoint is the reduction of bacterial culturability (i.e., the capability to replicate and form colonies) due to exposure to a toxicant. This reduction can be generally referred to as mortality. The test allows for the determination of the LC50, the concentration that causes a 50% decrease of bacteria actively replicating and forming colonies, after a 6 h exposure. The culturable bacteria are counted in terms of colony forming units (CFU), and the &#34;mortality&#34; is evaluated and compared to the control. In this work, the toxicity of copper sulphate (CuSO4) was evaluated. A clear dose-response relationship was observed, with a mean LC50 of 1.13 mg/L, after three independent tests. This protocol, compared to existing methods with microorganisms, is applicable in a wider range of salinity and has no limitations for colored/turbid samples. It uses saline solution as the exposure medium, avoiding any possible interferences of growth medium with the investigated contaminants. The LC50 calculation facilitates comparisons with other bioassays commonly applied to ecotoxicological assessments of the marine environment.

Ecotoxicological Method with Marine Bacteria Vibrio anguillarum to Evaluate the Acute Toxicity of Environmental Contaminants

This work describes a new protocol to assess the ecotoxicity of pollutants, including emerging contaminants such as nanomaterials, using the marine bacterium Vibrio anguillarum. This method allows for the determination of the LC50, or mortality, the concentration that causes a 50% decrease in bacteria culturability, after a 6 h exposure.

שיטה אקוטוקסיקולוגית עם חיידקים ימיים<em&gt; תזונת ויבריו</em&gt; כדי להעריך את רעילות חריפה של מזהמים סביבתיים

Bacteria are an important component of the ecosystem, and microbial community alterations can have a significant effect on biogeochemical cycling and food ...

Seawater Sampling and Collection

This video documents methods for collecting coastal marine water samples and processing them for various downstream applications including biomass concentration, nucleic acid purification, cell abundance, nutrient and trace gas analyses. For today's demonstration samples were collected from the deck of the HMS John Strickland operating in Saanich Inlet. An A-frame derrick, with a multi-purpose winch and cable system, is used in combination with Niskin or Go-Flo water sampling bottles. Conductivity, Temperature, and Depth (CTD) sensors are also used to sample the underlying water mass. To minimize outgassing, trace gas samples are collected first.  Then, nutrients, water chemistry, and cell counts are determined. Finally, waters are collected for biomass filtration. The set-up and collection time for a single cast is ~1.5 hours at a maximum depth of 215 meters. Therefore, a total of 6 hours is generally needed to complete the collection series described here.

This video documents methods for collecting coastal marine water samples and processing them for various downstream applications including biomass concentration, nucleic acid purification, cell abundance, nutrient and trace gas analyses.

מי ים דגימה אוסף

This video documents methods for collecting coastal marine water samples and processing them for various downstream applications including biomass ...

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For this method, samples were collected from the deck of the HMS John Strickland operating in Saanich Inlet. This video documents large volume (&ge;20 L) filtration of microbial biomass, ranging between 0.22&mu;m and 2.7&mu;m in diameter, from the water column. Two 20L samples can be filtered simultaneously using a single pump unit equipped with four rotating heads. Filtration is done in the field on extended trips, or immediately upon return for day trips. It is important to record the amount of water passing through each sterivex filter unit. To prevent biofilm formation between sampling trips, all filtration equipment must be rinsed with dilute HCl and deionized water and autoclaved immediately after use. This procedure will take approximately 5 hours plus an additional hour for clean up.

Large Volume 20L+ Filtration of Coastal Seawater Samples

This video documents large volume (&ge;20 L) filtration of microbial biomass, ranging between 0.22&mu;m and 2.7&mu;m in diameter, from the water column.

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For this method, ...

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For today s demonstration samples were collected from the deck of the HMS John Strickland operating in Saanich Inlet. This video documents small volume (~1 L) filtration of microbial biomass from the water column. The protocol is an extension of the large volume sampling protocol described earlier, with one major difference: here, there is no pre-filtration step, so all size classes of biomass are collected down to the 0.22 &mu;m filter cut-off. Samples collected this way are ideal for nucleic acid analysis. The set-up, filtration, and clean-up steps each take about 20-30 minutes. If using two peristaltic pumps simultaneously, up to 8 samples may be filtered at the same time. To prevent biofilm formation between sampling trips, all filtration equipment must be rinsed with dilute HCl and deionized water and autoclaved immediately after use.

Small Volume 1-3L Filtration of Coastal Seawater Samples

This video documents small volume (~1 L) filtration of microbial biomass from the water column.

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

The workflow begins with the collection of coastal marine waters for downstream microbial community, nutrient and trace gas analyses. For today s ...

A Practical and Low-Cost Setup to Measure Methane in Aqueous Samples

Measuring Dissolved Methane in Aquatic Ecosystems Using An Optical Spectroscopy Gas Analyzer

Measuring greenhouse gas (GHG) fluxes and pools in ecosystems are becoming increasingly common in ecological studies due to their relevance to climate change. With it, the need for analytical platforms adaptable to measuring different pools and fluxes within research groups also grows. This study aims to develop a procedure to use portable optical spectroscopy-based gas analyzers, originally designed and marketed for gas flux measurements, to measure GHG concentrations in aqueous samples. The protocol involves the traditional headspace equilibration technique followed by the injection of a headspace gas subsample into a chamber connected through a closed loop to the inlet and outlet ports of the gas analyzer. The chamber is fabricated from a generic mason jar and simple laboratory supplies, and it is an ideal solution for samples that may require pre-injection dilution. Methane concentrations measured with the chamber are tightly correlated (r2 &#62; 0.98) with concentrations determined separately through gas chromatography-flame ionization detection (GC-FID) on subsamples from the same vials. The procedure is particularly relevant for field studies in remote areas where chromatography equipment and supplies are not readily available, offering a practical, cheaper, and more efficient solution for measuring methane and other dissolved greenhouse gas concentrations in aquatic systems.

This study demonstrates an approach to measure methane gas concentrations in aqueous samples using portable optical analyzers coupled to an injection chamber in a closed loop. The results are similar to conventional gas chromatography, presenting a practical and low-cost alternative particularly suitable for remote field studies.

Measuring greenhouse gas (GHG) fluxes and pools in ecosystems are becoming increasingly common in ecological studies due to their relevance to climate ...

A Toxicological and Ecotoxicological Assay Based on Mussel (Mytilus galloprovincialis) Hemocytes Motility

Hemocytes are the circulating immune-competent cells in bivalve mollusks and play a key role in several important functions of cell-mediated innate immunity. During the early stages of the immune response, hemocytes actively migrate to the site of infection. This inherent motility is a fundamental characteristic of these cells. It represents a key cellular function that integrates multiple processes, such as cell adhesion, cell signaling, cytoskeletal dynamics, and changes in cell volume. Therefore, alterations in cell motility following exposure to drugs or pollutants can serve as a useful toxicological endpoint. Despite the fundamental role of cell motility in cellular physiology, it has been poorly investigated from a toxicological perspective. This work proposes a novel in vitro method for the rapid and sensitive assessment of the toxicity and ecotoxicity of pollutants, based on evaluating the hemocyte motility of Mytilus galloprovincialis. We developed a cell motility assay on hemocytes adhering to the bottom of a 96-well polystyrene microplate. Following exposure to increasing concentrations of drugs, cell trajectories, and velocities were quantified by cell tracking under time-lapse microscopy, allowing us to measure the effects on hemocyte motility. Due to the ease of hemocyte collection from the animals in a relatively non-invasive manner, the proposed method offers an alternative test for screening the effects and mechanisms of action of pollutants and drugs. It aligns with the 3Rs (Replacement, Reduction, and Refinement) criteria, addressing ethical concerns and contributing to the reduction of vertebrate in vivo animal testing.

The article proposes a novel in vitro method for the rapid and sensitive assessment of the toxicity and ecotoxicity of pollutants, based on the motility of Mytilus galloprovincialis hemocytes. The method aims to contribute to the development of more ethical and sensitive toxicological and ecotoxicological exposure tests.

בדיקה טוקסיקולוגית ואקוטוקסיקולוגית המבוססת על תנועתיות המוציטים של מולים (Mytilus galloprovincialis)

Hemocytes are the circulating immune-competent cells in bivalve mollusks and play a key role in several important functions of cell-mediated innate ...

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס - מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

מבדק נפח קטן להערכה בקטריאלי / הפיטופלנקטון Co-תרבות שימוש במים-Pulse-Amplitude-אופנן (WATER-PAM) Fluorometry

תגובת Chemotactic של מיקרו אורגניזמים ימיים כדי Micro-Scale שכבות מזין

VacuSIP, שיטת INEX משופרת

גישה פשוטה מניפולציות חמצן מומס לתצפיות התנהגות בעלי החיים

שיטה אקוטוקסיקולוגית עם חיידקים ימיים

מי ים דגימה אוסף

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

Measuring Dissolved Methane in Aquatic Ecosystems Using An Optical Spectroscopy Gas Analyzer

בדיקה טוקסיקולוגית ואקוטוקסיקולוגית המבוססת על תנועתיות המוציטים של מולים (Mytilus galloprovincialis)

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס ​​- מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה

Summary

Explore More Videos

Chapters in this video

מבדק נפח קטן להערכה בקטריאלי / הפיטופלנקטון Co-תרבות שימוש במים-Pulse-Amplitude-אופנן (WATER-PAM) Fluorometry

תגובת Chemotactic של מיקרו אורגניזמים ימיים כדי Micro-Scale שכבות מזין

VacuSIP, שיטת INEX משופרת

גישה פשוטה מניפולציות חמצן מומס לתצפיות התנהגות בעלי החיים

שיטה אקוטוקסיקולוגית עם חיידקים ימיים

מי ים דגימה אוסף

נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

נפח קטן (1-3L) סינון של דגימות מי ים החוף

Measuring Dissolved Methane in Aquatic Ecosystems Using An Optical Spectroscopy Gas Analyzer

בדיקה טוקסיקולוגית ואקוטוקסיקולוגית המבוססת על תנועתיות המוציטים של מולים (Mytilus galloprovincialis)

להתיר את השחקנים הנעלמת באוקיינוס - מדריך שדה לכימיה מים והימי מיקרוביולוגיה