We thank Elisha Wood-Charlson, Jackie Mueller, Karen Weynberg, and Kathy Morrow for their help and constructive input on this manuscript. We also thank the crew and captain of the Hanse explorer which provided us with a perfect working environment to conduct large parts of this research. Further we would like to thank the three anonymous reviewers for their time and helpful comments to improve the manuscript. This work was funded by the NSF Dimensions of Biodiversity and PIRE awards DEB-1046413 and OISE/IIA-1243541, respectively, the Gordon and Betty Moore Foundation, Investigator Award 3781, and the CIFAR Integrated Microbial Diversity Fellowship IMB-ROHW-141679, all to FR.

The authors have nothing to disclose.

Les méthodes présentées ici fournissent un outil pour générer une évaluation complète de la dynamique virales et microbiennes dans les écosystèmes aquatiques. Ils visent à quantifier le stock permanent de ressources organiques et inorganiques disponibles pour les communautés microbiennes et de caractériser la composition de la communauté virale et microbienne présente. En plus de la quantification de l&#39;abondance virale et de l&#39;abondance et de la biomasse microbienne, des informations de séquence génomique révèle leur structure et leur fonction communauté. Toutes les méthodes ont été développés ou modifiés pour permettre l&#39;application dans des endroits éloignés de terrain. Cependant, l&#39;absence de paramètres de laboratoire contrôlées crée par nature un certain risque d&#39;erreurs. Ici, nous discutons quelques mises en garde associées à chacun des paramètres évalués. Suivant à risque de contamination lors de la manipulation des échantillons de certains paramètres céder aussi risque d&#39;erreur dans le processus analytique. Le carbone organique dissous contamination de carbone peut se produire pendant les procédures d&#39;échantillonnage (échantillonnage en aval, ou dans le voisinage d&#39;un bateau ou plongeur), au cours de la préparation de l&#39;échantillon (contamination de l&#39;équipement ou de la manipulation par inadvertance), et même au cours du stockage de l&#39;échantillon (d&#39;autres échantillons dans le congélateur contenant organique solvants volatils /). Pour éviter les différentes sources de contamination de conduite que quelques étapes de manipulation possible, que chaque échantillon délocalisation pose une source supplémentaire de contamination. L&#39;échantillon ne doit pas entrer en contact avec un objet non lavé à l&#39;acide ou brûlés. Enfin, la désignation d&#39;un congélateur de stockage exclusivement pour les échantillons ne contenant pas de substances organiques volatiles sera d&#39;assurer l&#39;intégrité des échantillons pendant les périodes de stockage plus longues. Si les échantillons ne peuvent être congelés pendant une longue période de Voyage acidification des échantillons de DOC avec HCl concentré (comme décrit 38-41) peut être une alternative applicable. Pour vérifier les documents de référence DOC de consensus de précision de mesure doivent être utilisés regrement au cours de la mesure de la DOC fonctionne. En particulier l&#39;eau de mer profonde (&gt; 2000 m) références sont précieuses pour évaluer la performance de la machine analytique car il est très stable dans son contenu DOC 42. Matière organique particulaire En plus d&#39;éviter la contamination de carbone organique, POM échantillonnage nécessite une attention particulière pour assurer l&#39;exactitude du volume filtré. Si le volume prévu de 500 ml doit écarter pour quelque raison que ce potentiel doit être noté à rapporter la quantité de POM capturées sur le filtre pour le filtrat, dont il a été dérivé. Nutriments inorganiques Comme pour l&#39;échantillonnage de carbone organique, il faut faire attention à une éventuelle contamination de l&#39;échantillon en éléments nutritifs générés par diverses sources comme des bateaux ou des rejets d&#39;eaux usées 12. Les filtres utilisés pour l&#39;échantillonnage du carbone organique avec une tension nominale de tailles de pores de 0,8 um, peuvent ne pas exclure toute la biomasse microbienne et should donc être modifié de 0,2 pm pour les filtres de cette étape de filtration. En outre, les limites de détection posent un problème avec les échantillons des éléments nutritifs; en particulier dans l&#39;eau de surface oligotrophe autour de nombreux endroits de récifs coralliens (par exemple, Cotner et al., 43). Les limites de détection sont à peu près autour de 0,1, 0,2, et 0,1 pmol / L pour l&#39;ammonium, nitrate et nitrite, et ortho-phosphate respectivement (voir 36,12,37) Microscopie En plus des variations dans la concentration de l&#39;analyse d&#39;image des échantillons de lames de microscopie donne en outre risques d&#39;erreurs. Par exemple, les images peuvent être de mise au point dans certaines régions du champ de vision, et la mise au point dans d&#39;autres. Comme un filtre de matrice d&#39;alumine de grande pureté est un type de filtre très rigide, tous les débris sous le filtre peut entraîner l&#39;ensemble de filtre à reposer sur un angle par rapport à la glissière. En conséquence, les images peuvent être systématiquement hors foyer dans différentes parties du champ de vision pour un filtre donné, regardless de l&#39;alignement du microscope. Remontage des filtres, assurant la face inférieure du filtre est propre, peut améliorer cette si elle est observée. En outre, dans certains cas, il peut y avoir deux plans focaux dans lequel les virus et les microbes peuvent être trouvés. Ceci est le résultat d&#39;objets colorés se détacher du filtre lors du montage, et flottant à la face inférieure de la lamelle qui peut rendre compte peu fiables. Par conséquent, il est toujours recommandé de vérifier la qualité des échantillons au cours du processus. Cytométrie en flux Comme pour les échantillons de microscopie, il peut y avoir des différences entre la cytométrie de flux des échantillons qui nécessitent des ajustements du processus d&#39;analyse d&#39;origine naturelle. Par exemple, en fonction de la sensibilité de l&#39;instrument, les cellules fluorescentes Prochlorococcus faiblement peuvent être en dessous du niveau de bruit et ne seront pas quantifiés. Perles de faire un contrôle de l&#39;échantillon interne (par exemple, pour confirmer que le REEE de l&#39;instrumentonse aux signaux fluorescents est conforme au jour le jour (et reste stable pendant la course elle-même). Si elles sont ajoutées à l&#39;échantillon à des concentrations connues, ils peuvent également servir en tant que contrôle interne afin de vérifier l&#39;exécution de volume de l&#39;échantillon. Cependant, il est recommandé de toujours lancer une aliquote d&#39;un échantillon préalablement congelés &quot;standard&quot; de l&#39;eau de mer qui est décongelé et coloré avec les échantillons d&#39;intérêt à fournir un contrôle biologique supplémentaire pour la manipulation entre plaque de 96 puits pistes échantillon. En fonction de l&#39;emplacement, des échantillons d&#39;eau de mer peuvent être très différents les uns des autres. Tri populations «représentatives» et puis regarder sous un microscope à épifluorescence (EM) peut être un bon moyen de vérifier rapidement les populations de phytoplancton que soit Synechococcus sp. Ou eucaryotes photosynthétiques. Prochlorococcus cellules ne sont généralement pas visibles sous EM car elles se fanent trop vite. En plus de la chlorophylle a, Synechococcus sp. Contenir aussi le phphycoeurythrin otopigment (PE), qui émet de la lumière à des longueurs d&#39;onde plus courtes (540 à 630 nm) que la chlorophylle A (660-700 nm). Lorsque les cellules Synechococcus sont excités avec lumière bleue / verte (470-490 nm), ils apparaissent d&#39;or si on la regarde sous un filtre d&#39;émission qui supprime toutes les longueurs d&#39;onde de lumière en dessous de 510 nm. Par comparaison, la fraction eucaryote cherchera rouge, lorsqu&#39;il est excité avec la même longueur d&#39;onde de la lumière. La métagénomique des virus Il est important de noter que le processus de concentration et de stockage VLP influence de la communauté récupéré. Perte de particule virale peut survenir à chaque étape du processus, et donc, le choix des protocoles de purification et d&#39;enrichissement virales peut finalement affecter la composition taxonomique observée et la diversité des métagénomes virales résultant 44,45,18. Concentration des échantillons peut être fait en utilisant la FFT 19 ou 20 floculation à base chimique. Dans la base chimique approche, postulertivement chargée d&#39;ions de fer se lient les particules virales naturellement chargées négativement formant grandes (&gt; 8 um) des complexes de fer-virale qui floculent dans la solution et peuvent être récupérés en utilisant des filtres de 8 um. Par la suite le fer est chélaté les particules virales et re-dissous en utilisant du magnésium, de l&#39;acide ascorbique, et de l&#39;EDTA, en laissant les particules virales concentrées pour l&#39;extraction d&#39;acide nucléique 20. Après avoir comparé ces deux méthodes actuelles, nous avons conclu que la méthode de chlorure de fer est moins de temps que la FFT concentration virale, mais peut donner quelques mises en garde. Nous avons trouvé que la dissociation et la dissolution du fer-viral nécessite une deux fois la solution plus concentrée de magnésium de l&#39;acide ascorbique, de l&#39;EDTA à 20 rapporté dans le but de procéder à la dissolution avant se dégrade de l&#39;acide ascorbique. Mis à part ce problème, le protocole purifie particules virales par taille fractionnement seule, éliminer les contaminants microbiens en utilisant 0,2 um filtration. Les grands virus ne passent pas par la FILTer (par exemple, Yang et al. 46) et ne sera donc pas détecté dans le métagénome, tandis que certaines bactéries ne (McDole, données non publiées). Il en résulte une contamination bactérienne tout en discriminant contre les grands virus. Cette question spécifique est toutefois également pertinente pour l&#39;élimination des microbes dans le cadre de la concentration de la FFT. Comme a été démontré que le traitement par le chloroforme pour éliminer les virus sensibles au chloroforme des membranes lipidiques externes 47 certaines études suggèrent que 0,22 pm filtration peut être utilisé pour éliminer la majorité des bactéries. Il convient également de noter que la méthode présentée vise principalement bactériophage, le support le plus abondant de matériel génétique dans des environnements marins. Parce phages sont pas habituellement considérée contenir communément lipides 48 ils sont plus résistants au traitement de chloroforme. À notre connaissance, une méthode «fourre-tout» ne existe pas à ce jour. La méthode présentée ici est adaptée de l&#39;OUl&#39;expérience de terrain de r au cours des 10 dernières années dans divers environnements marins couvrant tropical aux systèmes arctiques. Microbienne métagénomique La construction de banques metagénomiques de microbes (par exemple, les bactéries et les archées) est plus simple que métagénomes viraux comme il est plus facile de produire des concentrations d&#39;ADN minimales requises pour la préparation de bibliothèque. Amplification fusil de chasse bibliothèques Linker (de) LASLs 17,49,50 et tout le génome amplification basée sur l&#39;amplification par déplacement multiple (MDA) sont les deux méthodes les plus couramment utilisées pour générer suffisamment d&#39;ADN pour le séquençage. L&#39;utilisation de MDA pour obtenir des concentrations d&#39;ADN plus élevées dans métagénomes microbiennes est parfois nécessaire. Il peut cependant provoquer des artefacts dans les données de séquence, telles que la suramplification de minicercles de dinoflagellés. MDA méthodes sont connues pour amplifier préférentiellement l&#39;ADN simple brin et circulaire, résultant en résultats non-quantitatives 51,52. Les LASLs optimisés approchent 50 peut donc sert comme une meilleure alternative à amplifier la fois microbienne et de l&#39;ADN métagénomique viral pour le séquençage. Il est important de noter que l&#39;approche de LASLs a plusieurs étapes, nécessite un équipement sophistiqué, et se limite à des modèles ADN double brin. En outre, le kit d&#39;extraction d&#39;ADN de tissu a été montré pour extraire l&#39;ADN des deux embranchements à Gram négatif positif et Gram, mais il n&#39;a pas été vérifiée de taxons microbienne efficace lyse récalcitrant ou leurs structures associées (par exemple, certaines archées, endospores ou des spores de champignons) . Par conséquent, une étape de battage de talon peut être nécessaire pour obtenir de l&#39;ADN à partir de certains microbes. Ces évaluations globales se traduira par une meilleure compréhension du fonctionnement virale et microbienne des écosystèmes. Bien que peu d&#39;études ont entrepris l&#39;effort d&#39;évaluer tous les paramètres proposés, beaucoup ont étudié sélectionnés. Nelson et al. 53 suggère une connexion entreen habitats récifaux spécifique, et un appauvrissement dans les deux concentrations de COD et bactérioplancton relatifs aux eaux extracôtières. Ces changements de concentration ont été accompagnés par des différenciations distinctes des communautés bactérioplancton. Dinsdale et al. 5 a montré que l&#39;augmentation de l&#39;impact anthropique a été accompagnée par une plus grande abondance de 10x cellules microbiennes et de particules pseudo-virales. Les communautés microbiennes dans les eaux marines entourant les îles habitées ont également de plus grandes fractions de bactéries hétérotrophes et des agents pathogènes potentiels 5. Enfin McDole et al. 4 a montré, en introduisant le score de microbialization, que les activités humaines se déplacent d&#39;énergie pour les microbes, au détriment des macrobes. Ces études, centrées sur les paramètres microbiens et chimiques de l&#39;eau spécifiques, fournissent de nouveaux aperçus sur la structure biochimique des écosystèmes marins. En combinant les données traditionnelles des efforts de surveillance des écosystèmes - comme température et de pH valeurs, la biomasse des poissons et diversiTy, couverture benthique, ou l&#39;exposition à l&#39;impact humain - avec la chimie de l&#39;eau et des évaluations microbiens, se traduira probablement par les efforts de surveillance de l&#39;environnement les plus sensibles, ce qui peut conduire à des efforts de conservation plus ciblés.

Les écosystèmes marins sont soumis à une large gamme de perturbations qui entraînent des changements de la disponibilité des nutriments à la biomasse des grands prédateurs. Au cours de la dernière décennie, plusieurs études ont démontré l&#39;importance des communautés microbiennes dans les écosystèmes marins 1-4. Il est évident que les changements dans la communauté bactérienne et virale sont étroitement associés à la dégradation globale de l&#39;environnement marin 5. Ces changements peuvent être facilitées par la géochimie altérée dans la colonne d&#39;eau tels que la disponibilité de l&#39;oxygène ou la reminéralisation du carbone 6,7. En raison de l&#39;interdépendance entre la macro-organismes, la chimie de l&#39;eau et activité microbienne des boucles de rétroaction peut accélérer la vitesse de dégradation de l&#39;écosystème 8. Dans les années 1970 et 80, plusieurs tentatives ont été faites pour démêler les cycles biogéochimiques dans les écosystèmes marins 9-11. L&#39;un des principaux défis pour ces premières études était le manquedes approches normalisées pour mesurer les paramètres biogéochimiques évalués. Bien qu&#39;il y avait des protocoles disponibles, principalement sur ​​les éléments nutritifs de l&#39;eau de mer 12,13, l&#39;évaluation de la dynamique du carbone et la structure de la communauté microbienne ont été limitées par les outils et méthodes disponibles. Avec la comparaison des méthodes JGOFS EqPac, Sharp et al. 14 a suggéré pour la première fois un protocole fiable et standardisée pour les évaluations carbone organique dissous (COD) de concentration. Au début des années 2000 les défis analytiques pour déterminer les ressources disponibles pour la communauté microbienne avait donc été en grande partie résolus et les approches pour caractériser les communautés microbiennes dans les milieux de culture contrôlées ont été mis en place (voir DeLong 15). Les méthodes de séquençage traditionnelles à cette époque largement appuyée sur les cultures clonales cultivées. Tôt le séquençage des gènes de l&#39;environnement d&#39;échantillons naturels a toutefois révélé que la majorité de la biodiversité microbienne a été manqué par Cultivméthodes basées ation-16. En 2002, Breitbart et al. 17 Séquençage du fusil de chasse pour la première fois pour décrire la communauté virale dans les échantillons d&#39;eau de mer de l&#39;environnement d&#39;établir une méthode de séquençage du génome entier des communautés virales marins incultes. Dans les évaluations actuelles de micro, les virus restent particulièrement sous-étudié, car la plupart sont difficiles à cultiver et ils manquent un marqueur universellement conservées comme la ARN ribosomique 16S (ARNr) des gènes habituellement utilisés pour évaluer la diversité et de la communauté profilage. L&#39;approche de séquençage métagénomique offre une alternative aux méthodes de culture-dépendante et gène-cible pour l&#39;analyse des communautés virales complexes. Alors que les premiers métagénomes virales générées à partir de l&#39;eau de mer ont été séquences en utilisant le séquençage Sanger 17, le développement des technologies de séquençage de prochaine génération et l&#39;amélioration des techniques de biologie moléculaire a conduit à une augmentation rapide dans les études de métagénomique 18 </sjusqu&#39;à&gt;. Le flux de travail de laboratoire en cours pour la métagénomique virales implique la séparation, l&#39;enrichissement et / ou de la concentration de particules virales, puis de l&#39;acide nucléique (ADN ou ARN) extraction, la préparation bibliothèque, et le séquençage 19-21. Pour approfondir les connaissances actuelles sur virale, microbienne et le fonctionnement biochimique dans les écosystèmes aquatiques, en comparant les ensembles de données dans différents systèmes dans le monde entier est essentiel. Cependant, les protocoles établis ont été largement développée pour les environnements proches du rivage avec des installations de laboratoire facilement accessibles. Ainsi, l&#39;absence de méthodes de terrain standardisés empêche ces comparaisons entre les écosystèmes. Ici, nous introduisons testé et adaptations de l&#39;état des protocoles de recherche d&#39;art bien standardisée pour utilisation dans des endroits éloignés de terrain. Ces méthodes ont fait leurs preuves avec succès dans plusieurs études couvrant la dernière décennie 5,22 et sont actuellement utilisées par les différents laboratoires marins ainsi que sur la NOAAÉvaluation de corail et Programme de surveillance (RAMP) dans tout l&#39;océan Pacifique 4. Les protocoles d&#39;échantillonnage comprennent des paramètres de l&#39;eau de la chimie (concentrations organiques et inorganiques carbone, la concentration en éléments nutritifs inorganiques), l&#39;abondance virale et microbienne (chiffres bactériennes directs, compte virales directs, et la cytométrie de flux pour évaluer autotroph vs ratios hétérotrophes), et la structure des communautés virales et microbiennes et potentiel métabolique par l&#39;analyse métagénomique (pour un aperçu, voir la figure 1). Les résultats obtenus à partir des méthodes décrites ici sont nécessaires afin d&#39;élucider les principaux paramètres de fond biogéochimiques nécessaires à la caractérisation complète des écosystèmes aquatiques.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1307">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:616px;">Name of Material/ Equipment</td>
			<td style="width:217px;">Company</td>
			<td style="width:149px;">Catalog Number</td>
			<td style="width:325px;">Comments/Description</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Niskin collection and processing units (Hatay Niskins)</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>Figure 1</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Filtration setup&#160;</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>Figure 1</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">32 &#8211; 36 % Hydrochloric acid (HCl)</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>A508-212</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="18">
			<td height="18" style="height:18px;">High-density polyethylene (HDPE) container</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>e.g., 5 Gallon HDPE UN Certified Pail with Snap-On Lid</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Combustion oven (550&#176; C)</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">60 ml HDPE vials&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">02-896-2B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="19">
			<td height="19" style="height:19px;">25 mm GF/F filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>09-874-64</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Forceps&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>XX62-000-06</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sterile, non-powdered gloves</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">19-170-010B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Bilge pump&#160;</td>
			<td></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>e.g., Thirsty Mate 124PF</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">20 l collapsible low-density polyethylene carboy&#160;</td>
			<td></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>e.g., Reliance Fold A Carrier II</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Tangential flow filter (TFF) ultrafiltration hollow fiber cartridges</td>
			<td>Amersham</td>
			<td>CFP-2-E-9A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Platinum-cured silicon tubing for TFF</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>96440-82</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Hose clamps</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>P-68007-23</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Peristaltic pump</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-77410-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium hydroxide (NaOH) solution</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>21162</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.2 &#181;m polycarbonate Track-Etched Membrane filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>09-300-61</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">8.0 &#181;m polycarbonate Track-Etched Membrane filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>09-300-57</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.22 &#181;m polyvinylidene difluoride cylindrical filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>SVGP01050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.45 &#181;m polyvinylidene difluoride cylindrical filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>SVHV010RS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Synthetic nylon mesh</td>
			<td>Sefar</td>
			<td>03-125-37</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">20 ml plastic scintillation bottle&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>03-341-72C</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clean bucket (10 - 20 L)</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">32 % paraformaldehyde</td>
			<td>Electron Microscopy Science</td>
			<td>15714</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">25 % glutaraldehyde</td>
			<td style="width:217px;">Electron Microscopy Science</td>
			<td>16220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Liquid Nitrogen</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.02 &#181;m high-purity alumina matrix filter with annular polypropylene support ring&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>6809-6002</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.2 &#181;m&#160; high-purity alumina matrix filter with annular polypropylene support ring&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>6809-6022</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10,000 X SYBR Gold nucleic acid stain&#160;</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>S11494</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">DAPI solution 25 &#181;g ml-1</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>D1306</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Molecular grade water</td>
			<td>sigma aldrich</td>
			<td>W-4502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ascorbic Acid</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>BP351-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phosphate buffered saline (PBS)</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP399-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glycerol</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>G31-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Microscope slide</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>12-550-123</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Coverslip</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>12-548-5M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Delicate task wipe&#160;</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>06-666A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Slide Station with vacuum pump</td>
			<td style="width:217px;"></td>
			<td style="width:149px;"></td>
			<td>Figure 3</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:616px;">DNA extraction kit</td>
			<td style="width:217px;">Macherey-Nagel</td>
			<td>740952.1</td>
			<td>Nucleospin tissue kit</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">Proteinase K (20 mg ml-1)</td>
			<td style="width:217px;">Lifetechnologies</td>
			<td>AM2546</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">200-proof 100% Ethanol</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>15058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Red cap: Male Luer with Lock Ring x Female Luer Coupler&#160;</td>
			<td>Cole Parmer</td>
			<td>EW-45503-88</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Cesium chloride (CsCl)</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>bp1595-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">60 ml syringe</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>13-6898</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.02 &#181;m alumina matrix disposable syringe filter</td>
			<td>Fisher Sci</td>
			<td>O992613</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:616px;">Ultra-clear centrifuge tubes</td>
			<td style="width:217px;">Beckman Coulter</td>
			<td>344059</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Ultra - swinging bucket rotor</td>
			<td style="width:217px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:149px;">333790</td>
			<td>SW41 Ti Rotor&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">DNase I (100 u &#181;l-1)</td>
			<td>Calbiochem</td>
			<td>260913</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">0.5 M EDTA</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP2482-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Formamide</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP228-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glycogen</td>
			<td style="width:217px;">sigma aldrich</td>
			<td style="width:149px;">G-1767</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">100 % Ethanol (200-proof)</td>
			<td style="width:217px;">Electron Microscopy Science</td>
			<td style="width:149px;">15058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1 X Tris-EDTA (TE) pH 8.0</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP2473-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium Dodecyl Sulfate (SDS)</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">02674-25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:24px;">20 &#956;g ml-1 Proteinase K</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP1700-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Chloroform</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP1145-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Phenol:Chloroform:Isoamyl alcohol 25:24:1</td>
			<td style="width:217px;">sigma aldrich</td>
			<td style="width:149px;">p3803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Isopropanol</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">BP2618-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:616px;">50ml Oak Ridge Tube&#160;</td>
			<td style="width:217px;">Fisher Sci</td>
			<td style="width:149px;">05-562-16B</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

unraveling the unseen players in the ocean - a field guide to water chemistry and marine microbiology

Ici, nous introduisons une série de protocoles de recherche et soigneusement testés et normalisés conçus pour être utilisés dans des environnements marins éloignés. Les protocoles d&#39;échantillonnage comprennent l&#39;évaluation des ressources à la disposition de la communauté microbienne (carbone organique dissous, la matière organique particulaire, les nutriments inorganiques), et une description complète des communautés virales et bactériennes (via compte virales et microbiennes directs, le dénombrement des microbes autofluorescentes, et construction de métagénomes virales et microbiennes). Nous utilisons une combinaison de méthodes, qui représentent un champ dispersé des disciplines scientifiques comprenant des protocoles déjà établis et certaines des techniques les plus récentes développées. Techniques de séquençage métagénomique surtout utilisés pour la caractérisation virale et bactérienne communautaire, ont été mis en place que depuis quelques années, et sont donc encore soumis à l&#39;amélioration constante. Cela a conduit à une variété de méthodes d&#39;échantillonnage et de traitement de l&#39;échantillon CurrenTLY en utilisation. L&#39;ensemble des méthodes présentées ici fournit une mise à jour approche pour collecter et traiter les échantillons environnementaux. Les paramètres adressés à ces protocoles donnent le minimum sur les informations essentielles pour caractériser et comprendre les mécanismes sous-jacents de la dynamique des communautés virales et microbiennes. Il donne des directives faciles à suivre pour mener des enquêtes complètes et décrit les étapes critiques et les mises en garde potentiels pertinents pour chaque technique.

Microscopie échantillons de microscopie peuvent et doivent être analysés immédiatement pour assurer qu&#39;ils sont de la qualité souhaitée. Pour mesurer l&#39;abondance et la distribution de la taille de la communauté bactérienne, diapositives DAPI seront examinées par microscopie à épifluorescence (excitation / émission: 358/461 nm, voir McDole et al 2012). (Figure 6A). Les comptages cellulaires et les dimensions peuvent être recueillies à l&#39;aide de logiciels d&#39;imagerie (par exemple, ImagePro ou ImageJ). De volumes longueur et la largeur cellulaires (V) sont dérivés en faisant l&#39;hypothèse que toutes les cellules ont la forme de cylindres avec des bouchons hémisphériques en utilisant l&#39;équation suivante: V = π / 4 × w 2 (L - w / 3) où L est la longueur et w est la largeur de chaque cellule de 23,4. La biomasse microbienne peut alors être estimé en utilisant déjà établi des relations de taille dépendant FOr communautés microbiennes marines 24. Généralement vont bactéries marines en longueur de 0,1 à 4 pm, mais aller jusqu&#39;à ~ 8 pm dans certains endroits. Alors que les filtres (0,2 um) colorées au DAPI ne montre que les bactéries, les filtres utilisés pour la teinture SYBR Gold (0,02 um) contiennent des bactéries et des virus. La mesure de l&#39;abondance de virus suit le même protocole que pour les micro-organismes, mais une excitation de 325 à 375 nm est utilisé, et le maximum d&#39;émission est à 537 nm (Figure 6B). Afin de générer les données quantitatives du volume de prélèvement peut être nécessaire d&#39;ajuster en fonction de l&#39;abondance du virus dans l&#39;échantillon d&#39;origine. Le volume exact de filtre est mieux déterminée empiriquement pour une masse d&#39;eau. Des exemples de micrographies contenant des échantillons avec des concentrations variables virales sont illustrés à la Figure 7. Les résultats des études précédentes suggèrent que le virus de Microberatios (VMR) varient généralement de 1 à 50 dans les systèmes aquatiques 25-29, et entre 3 et 20, avec une moyenne d&#39;environ 6 dans les systèmes de récifs coralliens (Knowles données non publiées). Cytométrie en flux En plus des comptages directs et estimation de la taille de la communauté microbienne, les évaluations du rapport autotrophes à microbes hétérotrophes par cytométrie en flux peuvent en outre être extraits des échantillons prélevés (flux exemplaire cytométrie sortie donnée dans la figure 8). Pour déterminer le nombre total de cellules de bactéries, les échantillons sont colorés avec du SYBR Green I et un tube photomultiplicateur d&#39;un filtre passe-bande 530/30 est utilisé pour la détection. Un canal pour la chlorophylle (retour à miroirs de LP dos résultant dans une gamme de 675 à 735 nm) et (filtre passe-bande 585/42) phycoérythrine est utilisée pour compter l&#39;abondance des autotrophes dans des échantillons non colorés. Pour déterminer l&#39;abondance de microbes hétérotrophes, les comtes autotrophes de la nonpartie tachée sont ensuite soustrait du nombre de SYBR teinté totale (McDole et al. soumis). La métagénomique des virus Métagénomique viral utilise une approche moléculaire indépendante de la culture de l&#39;écologie virale en utilisant l&#39;information totale de la séquence génomique de déterminer la structure et la fonction communauté. La métagénomique a été faire progresser notre compréhension de la complexité et de la diversité des communautés virales au niveau local 17 à l&#39;échelle mondiale 30. Le développement récent d&#39;un large éventail d&#39;outils bioinformatiques pour l&#39;analyse de données de métagénomique virale a diminué les goulets d&#39;étranglement de calcul, permettant une vision plus globale de la de la virosphere à travers le prisme de la métagénomique. Les méthodes présentées ici mettent en évidence l&#39;isolement et l&#39;enrichissement des particules virales à partir de l&#39;eau de mer en utilisant une combinaison de pré-filtration de nylon large de la taille des pores de maille pour enlever les débris et la matière cellulaire, de la concentration deles échantillons avec de la FFT (figure 3) et une filtration subséquente de 0,45 um pour éliminer les cellules plus grandes. Cette méthode produit environ un 100x échantillon concentré (figures 5B-5E) qui nous permet d&#39;effectuer des procédés en aval dans les petits volumes. Afin d&#39;empêcher la croissance de toutes les cellules microbiennes qui restent dans le lysat viral et par conséquent des changements dans l&#39;abondance viral de l&#39;échantillon au cours du temps de transit de temps entre la station de terrain et en laboratoire, le chloroforme est souvent ajouté à une concentration finale de 2% pour le stockage. Suite à l&#39;isolation et la purification des VLP, la microscopie à épifluorescence avec des colorants d&#39;acides nucléiques tels que l&#39;or SYBR sont utilisés pour vérifier la présence et la pureté des particules virales (figures 5B-5E). Ici, nous présentons deux métagénomes virales de la barrière de corail sud de l&#39;île de ligne, en particulier, le Starbuck (STAR7) et du Millénaire (CAR9; précédemment connu sous le nom Caroline) îles. Un volume total de 120 L sample eau ont été recueillies à partir de chaque site à une profondeur de 10 mètres et traité comme décrit dans la section 3.7 et 5.2. Les VLP purifiées à partir de la centrifugation sur gradient de chlorure de césium était 3,3 x 10 8 particules / ml pour CAR9 (Figure 5D) et 2,9 x 10 9 particules par ml pour STAR7 vérifiée selon la méthode décrite au paragraphe 4 (figure 5B). La quantité totale d&#39;ADN isolé à partir de ces échantillons étaient d&#39;environ 400 ng basée sur la mesure de Nanodrop. L&#39;ADN a été amplifié à l&#39;aide Phi29 polymérase et séquencé par le Fonds pour l&#39;environnement génomique de base en 2011. Les caractéristiques des données de séquence est présentée dans le tableau 1. Sur la base de recherches de similarité en utilisant les bases de données existantes, la majorité (&gt; 70%) des séquences souvent fini , à savoir les origines et les fonctions inconnues non caractérisés. De même, les deux viromes présentées ici ont présenté plus de 97% de séquences inconnues. En conséquence, non-base de donnéesanalyse dépendante a été utilisé pour l&#39;analyse et a ouvert un nouveau bras de possibilité de recherche sur la «matière noire» dans la métagénomique virales (Seguritan et al. sous presse). Microbienne métagénomique L&#39;analyse de métagénomes microbiennes permet de caractériser de la communauté microbienne présente et la description fonctionnelle de ces communautés. Les exemples incluent des estimations de la présence d&#39;agents pathogènes et la virulence 5,22 ou des comparaisons entre les changements dans la structure des communautés macrobial ou de nutriments disponibles et l&#39;abondance des espèces et de leurs voies métaboliques prédominent (figure 9; Kelly et al 2014).. chimie de l&#39;eau paramètres chimiques de l&#39;eau ont généralement un traitement complet d&#39;analyse pour générer les données souhaitées; échantillons pour l&#39;analyse du COD seront mesurés par oxydation à haute température catalytique 31,32, la matière organique particulaire (POM) par rapport isotopique par spectrométrie de masse couplée à un analyseur élémentaire 33-35, et les nutriments inorganiques par Flow Injection Analysis 36,12,37. Après une réussite de toutes les analyses, informations comme indiqué dans le tableau 1 sera disponible pour compléter la caractérisation du microbienne et des communautés virales. Cette information peut être complétée par des ratios d&#39;isotopes stables d&#39;échantillons de carbone et d&#39;azote organique (Voir Haas et al. 35) et les rapports entre autotrophes et hétérotrophes (McDole et al. Soumis). <img alt="Figure 1" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig1highres.jpg" width="600" /> Figure 1. Vue d&#39;ensemble des méthodes décrites dans la section de protocole. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig1highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figu</a>re. <img alt="Figure 2" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig2highres.jpg" /> Figure 2. Exemple de configuration traitement de forage. L&#39;installation de filtration introduit ici (schéma à gauche, image réelle panneau de droite) ne doit pas nécessairement pour générer des échantillons mais permettra d&#39;accélérer le processus de manière significative. L&#39;installation se compose d&#39;une plaque, sur laquelle les unités Hatay Niskin (1) sont montés. A la sortie vers le bas, les unités Hatay Niskin sont connectés avec un tube de silicone pour les porteurs (2) filtre en ligne. Ces laissez-passer l&#39;eau échantillonnée à travers le filtre respectif dans les flacons PEHD d&#39;échantillonnage (3) monté juste en dessous. Le procédé de filtration est accéléré à travers l&#39;air sous pression (4), qui et réglé par une jauge de pression (5). Un bassin de débordement empêche renverser de l&#39;eau au cours de l&#39;évolution des flacons en PEHD ou filtration de POM. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig2highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît</a>cliquez ici pour voir une version plus grande de cette figure. <img alt="Figure 3" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig3highres.jpg" /> L&#39;eau de l&#39;échantillon 3. La figure tangentielle gamme de filtration d&#39;écoulement (modifié à partir de Thurber et al. 19). Maille de nylon filtrée est pompée à partir du réservoir (1) par l&#39;intermédiaire d&#39;une pompe péristaltique (2) à un filtre à flux tangentiel (3). L&#39;échantillon d&#39;eau revient au réservoir (1) le long de la ligne de retour (4) en l&#39;absence de contre-pression. Lorsque la contre-pression est appliquée au moyen d&#39;un collier de serrage (5) sur la ligne de retour, l&#39;eau passe à travers le filtre et est délivrée au rebut ou vers le réservoir de filtrat (6). l&#39;eau de l&#39;échantillon est remplacé comme il est concentré sur la ligne filtrat jusqu&#39;à ce que toute l&#39;eau de l&#39;échantillon est concentré dans les tubulures. <img alt="Figure 4" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig4highres.jpg" /> Figure 4. Microscope installation de filtration de diapositive.Pour répartir uniformément DAPI et SYBR or échantillons colorés sur le filtre de matrice d&#39;alumine (1) respective, les filtres doivent être placés entre la tour de filtre (2) et de la tige du collecteur de filtration et fixé avec une pince (4). Un vide réglementé de pression (5) permettra d&#39;accélérer le processus de filtration (en haut de schéma, réelle panneau inférieur de l&#39;image). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig4highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <img alt="Figure 5" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig5highres.jpg" /> Figure 5. La purification et la concentration de particules de phage. Un total de 1 ml de chaque gradient de densité de chlorure de césium sont posés l&#39;un sur l&#39;autre avant de diriger l&#39;échantillon pré-traité (A). Chaque couche doit être marquée à l&#39;extérieur du tube pour faciliter l&#39;extraction après ultracentrifugation. Les flèches rouges où le tube sera percé à l&#39;extracter la fraction de VLP. (BE) micrographies des concentrés viraux: micrographies épifluorescence de 0,45 um filtrées concentrés viraux représentatifs de STAR7 (B) et CAR9 (D). Les grosses particules, y compris les cellules bactériennes ont été visibles à partir de 0,45 um les filtrats des deux-STAR7 (B) et (D) CAR9 échantillons, tandis que des VLP (flèches blanches) restent après gradient de chlorure de césium ultracentrifugation; 7 étoiles (C) et CAR9 (E). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig5highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <img alt="Figure 6" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig6highres.jpg" /> Figure 6. Exemple de DAPI et or SYBR analyse micrographique. D&#39;écran à partir de l&#39;analyse de (A) et DAPI (B) or SYBR teinté exemple de glissière. (A) La longueur et la largeur (um) de toutes les particules mises en évidence(= Microbes) peuvent être évalués à l&#39;aide d&#39;un programme d&#39;imagerie. Noter l&#39;agrégation dans le centre de l&#39;image. Ces groupes doivent être exclus de l&#39;analyse ultérieure. (B) Au cours de l&#39;analyse des virus et des bactéries ont besoin d&#39;être mis en cellule par des seuils de taille et de VLP dans des gammes de taille cellulaire (VLP rouge, vert cellulaire). Notez qu&#39;il existe généralement des VLP faibles Non classé par le programme d&#39;imagerie respectif. Ces VLP apparaissant points blancs faibles doivent être comptabilisés et ajoutés aux comptes virales automatisés manuellement. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig6highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <img alt="Figure 7" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig7highres.jpg" /> Figure 7. Les concentrations de SYBR or teinté échantillons. Micrographies d&#39;un filtre 0,02 matrice alumine contenant différents nombres de SYBR teinté échantillons de virus. Le panneau A montre afilter contenant une quantité appropriée d&#39;eau de mer filtrée, alors que les concentrations sur le filtre de la B sont trop élevés et en C trop faible pour compte fiables. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig7highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <img alt="Figure 8" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig8highres.jpg" width="600" /> Figure 8. Résultats de cytométrie en flux de sortie de l&#39;analyse d&#39;un échantillon récif-eau. Panneau (A) montre l&#39;eau moléculaire de qualité uniquement avec des microsphères fluorescentes jaune-vert (0,75 um), utilisés pour vérifier fond minimale avec les réglages de l&#39;appareil. Groupe (B) représente la sortie de l&#39;échantillon d&#39;eau de récif terme avec des réglages identiques et la mise en page que dans A. Notez que les perles peuvent encore être vus dans le même endroit, ainsi que plusieurs populations de autotrophes. (C) </strong&gt; Le même échantillon que dans (B), utilisé pour sauvegarder porte le cytomètre en flux, en ciblant les événements positifs de SYBR (autotrophes + comptage hétérotrophe) et en minimisant fond. (D) L&#39;échantillon récif-eau représentant colorées avec SYBR Green I. Utilisation le déclenchement établi à (C), le nombre total de microbes ont été générés, et les microbes hétérotrophes et autotrophes cloisonnés par la chlorophylle autofluorescence (voir McDole et al. 4). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig8highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <img alt="Figure 9" fo:content-width="6in" src="/files/ftp_upload/52131/52131fig9highres.jpg" width="600" /> Figure 9. Exemple de données sur le métagénome microbien. Patterns entre les données de séquence de métagénomique microbienne et variables dépendantes du site. Ici, l&#39;abondance relative de Synechococcus </em&gt; spp. est positivement corrélé avec le couvercle de pour cent de corail, tandis que Pelagibacter spp. n&#39;a pas été (panneaux de gauche). La voie métabolique pour le transfert de conjugaison a été positivement corrélé avec les concentrations de nitrates, tandis que la voie métabolique de réparation de l&#39;ADN était cohérente entre tous les métagénomes (panneaux de droite). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131fig9highres.jpg" target="_blank">Se il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.</a> <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td></td><td> 7 étoiles </td><td> CAR9 </td></tr><tr><td> Nombre total de Lit </td><td> 939311 </td><td> 591600 </td></tr><tr><td> Nombre de Prétraitment Lit </td><td> 579664 </td><td> 360246 </td></tr><tr><td> Séquence longueur moyenne (pb) </td><td> 395 ± 131 </td><td> 451 ± 159 </td></tr><tr><td> Séquences annotées (en%) </td><td> 42 218 (7,3%) </td&gt; <td> 9117 (2,5%) </td></tr><tr><td> Inconnu (%) </td><td> 537 446 (92,7%) </td><td> 351 129 (97,5%) </td></tr></tbody></table> Tableau 1. Caractéristiques techniques de deux viromes générés par les îles de la Ligne du Sud, Starbuck et du Millénaire. Le degré d&#39;annotation est basé sur BLAT utilisant le serveur MG-RAST. <img alt="Tableau 2" fo:content-width="7in" src="/files/ftp_upload/52131/52131table2.jpg" width="700" /> Tableau 2. Les résultats représentatifs indiquent les données de différents sites au cours d&#39;une expédition. Les paramètres évalués ici de mesures de la chimie de l&#39;eau jumelé avec microbienne et abondances virales. Le tableau contient en outre des noms de fichier se référant à des données de métagénomique respectifs pour chaque emplacement d&#39;échantillonnage. concentrations de carbone et des nutriments inorganiques sont donnés en pmol / L. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52131/52131table2.jpg" target="_blank">Se il vous plaît</a>cliquez ici pour voir une version plus grande de cette table.

Watch this Scientific Journal Video about Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology at JoVE.com

Unraveling the Unseen Players in the Ocean - A Field Guide to Water Chemistry and Marine Microbiology

Here, we present a comprehensive protocol to assess the organic and inorganic nutrient availability and the abundance and structure of microbial and viral communities in remote marine environments.

Démêler les joueurs invisibles dans l&#39;océan - un guide de terrain à la chimie de l&#39;eau et de microbiologie marine

Here we introduce a series of thoroughly tested and well standardized research protocols adapted for use in remote marine environments. The sampling ...

unraveling-unseen-players-ocean-field-guide-to-water-chemistry-marine

Research

JoVE Journal

Environment

25.1K vues.  San Diego State University. Here, we present a comprehensive protocol to assess the organic and inorganic nutrient availability and the abundance and structure of microbial and viral communities in remote marine environments. 