תאים דבקים מפעילים כוחות על סביבתם, וכוחות אלה כוללים את תאי הכוחות המופעלים על המצע, המוצג כאן בירוק, ותאי הכוחות מפעילים על שכניהם, המוצגים באדום. כוחות אלה יכולים להימדד בשכבות התא באמצעות טכניקה הנקראת מיקרוסקופיית מתח monolayer. בקצרה, הטכניקה כוללת הכנת הידרוג'לים המכילים חרוזים פלואורסצנטיים זעירים, ממש מתחת לפני השטח העליונים, וחרוזים פלואורסצנטיים גדולים המודבקים לזכוכית.
בהידרוג'ל הזה, רואים את התאים ומתרבות אותם למפגש או כל מדינה שרוצה למדוד כוחות. מדידת הכוחות דורשת הדמיה של המונולייר התאי, צילום תמונות אור משודרות של התאים, ותמונות אור פלואורסצנטיות של החרוזים הזעירים והגדולים. כל אחת מהתמונות האלה נרכשת באותו מישור קולי.
תמונות אלה נרכשות כאשר התאים מחוברים ומנותקים מההידרוג'ל. והשוואה של שתי קבוצות התמונות האלה מספקת לנו את הנתונים הדרושים כדי לכמת את כל הכוחות האלה. זה המקום שבו AcTrM ו AnViM להיכנס למשחק.
לאחר צלחת התאים, לך לרכוש תמונות באותו מיקום בדיוק, בכל מופע רצוי, פרוטוקול זה מתוכנת לתוך AcTrM ולאחר מכן לנתח נתונים אלה ולהדמיין את התוצאות, כי היא המטרה של AnViM. בדקות הקרובות, נדריך אתכם בתהליך רכישת תמונות עבור מונו-שכבתית של תאי מפגש. שלב אפס של פעולה מבקש מהמשתמש לבחור את סוג הרכישה.
רכישה חדשה כדי להתחיל ניסוי חדש, או רכישה מתמשכת כדי לחדש ניסוי מוקדם יותר. לחץ על רכישה חדשה כדי ליצור רשימת מיקומים. פעולה שלב ראשון מפרט את כל השלב הבא שלך.
ופעולות אלה יינקטו בחלון רשימת מיקומי הבמה כאן. לחץ על Live במיקרו-מנהל כדי להציג באופן חזותי את הדוגמה להתאמות ידניות. בתצוגה חיה, נסתכל על השלב.
כאן זה ברור. עכשיו, אחד יצטרך להסתכל על החרוזים. כאן, ניתן לדמיין את החרוזים בפלואורסצנטיות.
אז בחר את הערוץ המתאים לחרוזים העליונים. חשוב גם כי אתה יכול לראות כמה חרוזים תחתון, אז בואו נסתכל על ערוץ עבור החרוזים התחתונים. מה שאתם רואים כאן הוא תמונה מטושטשת של חרוזים תחתון, וזה בסדר גמור כל עוד אתם יכולים לדעת כי החרוזים התחתונים נמצאים שם, אשר אתה יכול בתמונה זו.
רשימת מיקומים, לחץ על סמן. כך יוצרים רשימת מיקומים. לאחר שיצרת רשימת מיקומים, שנידונה בסרטון הקודם, בצע את השלבים המפורטים בפעולה שלב שני באמצעות חלון הרכישה הרב-ממדי.
נניח שאנחנו רוצים לבצע מעידה ארוכה בזמן. הנה, אני הולך לציין את מספר התמונות שאנחנו רוצים להיצולם. הערוץ הראשון יהיה ערוץ הפאזה.
הבא יהיה של החרוזים העליונים וזה שאחריו הולך להיות החרוזים התחתונים. לחץ על סגור בחלון הרכישה הרב ממדי ולחץ על אישור בשלב 2 של AcTrM. הפלט יישמר בספריה שזוהתה בחלון הרכישה הרב-ממדי.
פעולה שלב שלישי ישאל אם הניסוי זקוק להתאוששות. התשובה תהיה בדרך כלל כן. כאן iTACS שואל, האם אנחנו רוצים לבצע התאוששות מעודנת?
החלק הראשון הזה הולך לקרב אותנו להתאוששות מעודנת, אבל החלק התחתון הולך לקרב אותנו אפילו לדיוק גבוה יותר של מיקום מחדש. אם ההתאוששות תיעשה באמצעות שדה ראייה מוגבל, אפשרות זו מוצעת, אך לניסוי זה, לא נבחר באפשרות זו. בשלב זה, רכישת קבוצה של תמונות הפניה הושלמה ומיקרו-מנהל יכול להיסגר.
לרכישת תמונות, אחד יתחיל AcTrM. בחר את ההגדלה ובחר את הספריה המכילה תיקיות נתונים. בחר אפשרויות למיקום מחדש של הצלחת יחד עם הערוץ המשמש למיקום מחדש.
ממשק מסופק להתאמת מה שנראה כעת במצלמה עם התמונות השמורות. אם קיימת חפיפה, התמונות יציגו צבע אדום וירוק יחד עם שחור, וניתן לבצע התאמה ידנית. אחרת, לחץ על קבל, והרכישה תמשיך.
עכשיו אנחנו יכולים להתחיל פיג'י. בחר באפשרות הראשונה בתפריט הנפתח MSM שכותרתו עיבוד מקדים. לאחר מכן, בחר את התיקיה המכילה את התיקיה tnimgs.
לאחר מכן, נצטרך להגדיר איזה ערוץ מתאים לאיזו תמונה. לדוגמה זו, ערוץ 0 הוא תמונת האור המשודרת שהיא תמונת הניגודיות הפאזה של התאים. תמונת החרוזים התחתונה היא ערוץ 2, ותמונת החרוזים העליונה היא ערוץ 1.
ואז, הוא שואל אתכם היכן התאים חוצים ובאיזו צד של התמונה. במקרה זה, התאים הם monolayer המתקדם לכיוון הקצה הימני ולכן אנו לבטל את הבחירה ימינה, ולהמשיך. כאן אזור קטן של חרוזים עליונים, הממוקם הרחק מהמונולייר, משרת את אותה מטרה כמו תמונות חרוזים תחתונות שנראות מעופפות וגדולות יותר מאלה המוצגות כאן.
עכשיו זה שואל אותנו אם אנחנו רוצים לשנות את הבהירות והניגודיות כך החרוזים מופיעים באופן בולט. אז אנחנו מתאימים באמצעות סרגלי המחוון בתפריט, וברגע החרוזים מופיעים בולטים לחץ על אישור. ועכשיו, נעשה תיקון מיקום. אם תהיה משמרת כלשהי, היא תיפטר ממנה.
ואחרי שזה נעשה, זה ייצור את תיקיית הניתוח. בתוך תיקיית הניתוח, היא תיצור את תיקיית המיקום, P0, והבחירות שעשינו בתפריטי קדם העיבוד הקודמים מאוחסנות בבחירות ניתוח, כגון אילו קצוות נחצו, גודל הפיקסלים ואיזו תמונה היא ניגודיות פאזה ואחרות. במיקרוסקופיית מתח monolayer, או בתפריט הנפתח של MSM, בחר עיוות ג'ל MSM.
מכאן נבחר באפשרות המתאימה לחלוקת החרוזים שלנו. וכאשר הנתונים מעובדים, באפשרותך לראות שתיקיית תזוזה חדשה הופיעה בתיקיית המיקום. כאן יאוחסנו כל קבצי הפלט.
הדבר מצביע על כך שהניתוח הושלם. אנחנו הולכים להסתכל על איך לחשב את הכוחות המופעלים על פני צומת תא-ECM וצומת תא-תא וגם את הציטוסקלטון של תאים בודדים של monolayer. לשם כך, בחר באפשרות השלישית.
ואחד הולך לבחור את הספריה המכילה tnimgs ואת תיקיית הניתוח, כלומר אחד יבחר את הספריה לדוגמה ולא כל הספריות האלה. לחץ על בחר, וזה ישאל אותך, מה המודולוס הגיזה של הג'ל הזה? מודולוס הגמרה הוא 1250 ועובי ההידרוג'ל בדוגמה זו הוא 118 מיקרון.
רמת הרעש הצפויה מסופקת כאן. לאחר מכן, יש תזוזה ממוצעת היא דגל אפס, אשר אינו נבדק במקרה זה. בחר אישור, והיישום המחשב מתיחה מתבצע באמצעות פונקציית MATLAB, וכך היא מיושמת בגירסה זו של AnViM.
עכשיו הוא מוכן לעשות את החישוב עבור תאי תא או כוחות שלד ציטוסקיל. והשאלה הראשונה שיש לשאול היא, האם המפגש המונו-שכבתי? במקרה הספציפי הזה, יש לנו מונולייר מתקדם ואין אזור תא בצד ימין של המסגרת.
אז התשובה היא שהמונו-שכבתית אינה משוחחת, אז אנחנו הולכים להגיד לא. עכשיו אנחנו מתבקשים לצייר מצולע סביב האובייקט הלא תאי הגדול ביותר. אנו בוחרים את השיטות המתאימות לפילוח.
כאן הוא מבקש מאיתנו לציין את צבע התאים בשיטות שלוש וארבע, אז כאן התאים שחורים אז נבחר שחור. הפילוח המופק משיטות שונות אלה מסתיים עם כמה חורים בשכבת התא וכמה אזורים לבנים באזור ללא תא. כאן אנו יכולים לבחור, למלא כתמים באופן אוטומטי ולפגוע OK.So עכשיו כל הכתמים מלאים בשכבת המונולייר ולא באזור התא.
ואז נחשב את הלחצים המכניים במונו-שכבתית התאית. כבר ביצענו את החלק הראשון שבו פלחנו את התאים מאזור ללא תא, אז אנחנו מתחילים את השלב הזה עם חלק שני שהוא פילוח של התאים הבודדים והתמונות. אחד הולך לבחור פילוח עבור תאים בודדים.
וכאן הוא מבקש מאיתנו לבחור את מדריך התפקידים. ויש מידע נוסף שניתן כאן לפרמטרים אלה. ואז הוא מבקש ממך לצייר מצולע סביב התא הנורמלי הקטן ביותר.
אז מה שאתם מציירים כאן משמש לחישוב שטח וזה הולך לקבוע שכל דבר קטן מזה אינו מוגדר כתא. ולאחר מכן הוא מבקש את התא הגדול ביותר. אז אנחנו מציירים מצולע סביב התא הנורמלי הגדול ביותר, ואז הוא שואל, איזה מהם בהיר יותר?
האם ממשק התא בהיר יותר או שמרכזי התאים בהירים יותר? אז במקרה הזה, ממשק התא בהיר יותר, אז אני אבחר ממשק תא-תא. אז זה מצביע על כך שהחישוב הושלם.
נתחיל בבחירת מפה בעוצמות התאים. ראשית, iTACS מבקש מהמשתמש לבחור את ספריית המיקום, הידועה גם בשם התיקיה P0. בסיום, לחץ על בחר.
לאחר מכן המשתמש נשאל אם הוא או היא רוצים iTACS לזהות חלוקת תאים או לכמת פלואורסצנטיות סלולרית. במקרה זה, אין לנו חלבונים פלואורסצנטיים בתוך התא ולכן נבחר לזהות חלוקת תאים. השקופית הבאה מאפשרת למשתמש להגדיר את גודל האזור השכן, זהו ניתוח ייחודי ש- AnViM מבצעת כאשר הוא מסתכל על המאפיינים של תאים בודדים, כמו גם על המאפיינים של האזור השכן של התאים.
כאן, המשתמש יכול לבחור את הרוחב של אזור סמוך לתאים. במקרה זה, אנו מגדירים את האזורים הסמוכים עם 60 פיקסלים. תיבת הסימון הראשונה שואלת אם אנחנו רוצים iTACS לאסוף מאפיינים של התאים, כן אנחנו עושים, ותיבת סימון זו שואלת אם אנחנו רוצים iTACS לאסוף נכסים של השכנים, כן, אנחנו רוצים iTACS לעשות את זה גם כן.
מתחת לתיבות סימון אלה, iTACS מספק מידע נוסף אודות תיבות הסימון אם המשתמש רוצה פרטים נוספים אודות כל תיבת סימון. הדבר מצביע על כך שהניתוח הושלם. שוב, iTACS מבקש מהמשתמש לבחור את ספריית המיקום.
לאחר מכן, למשתמש ניתנת הבחירה למפות נתוני כוח, ליצור תמונות של נתוני הכוח, למפות נתוני מהירות וליצור תמונות של נתוני המהירות. חשוב לציין כי יצירת תמונות אכן לוקחת זמן, כך שניתן לבחור לעשות זאת כעת או לחכות לעשות זאת מאוחר יותר. לכן למשתמש ניתנת האפשרות לבחור את האפשרויות או לא.
כאן, iTACS מבקש מהמשתמש לקבוע שוב את גודל האזור השכן, ותוכל להשתמש באותו גודל שקבעת לעוצמות מיפוי, שהיה 60 פיקסלים, במקרה שלנו. ושוב, המשתמש מתבקש לאסוף מאפיינים של התאים, כמו גם את האזור השכן שלה. הדבר מצביע על כך שהניתוח הושלם.
במיקרוסקופיית הלחץ של הלחץ ב- Monolayer, או בתפריט הנפתח MSM, בחר נתונים מעקב אחר תוצאות. ראשית, iTACS מבקש מהמשתמש לבחור את ספריית המיקומים, הידועה גם בשם התיקיה P0. בסיום, לחץ על בחר.
כאן, iTACS שואל מאילו מספר מסגרת המשתמש רוצה ש- iTACS יתחיל לעקוב אחר נתונים. זה די בטוח להתחיל מעקב ממסגרת מספר שתיים, כי המהירות לא ניתן לקבוע עבור מסגרת מספר אחת. כאן, iTACS מבקש מהמשתמש לציין את המספר המרבי של התוויות למילוי בו-זמנית.
ובעצם, זוהי דרך לזרז מעקב אחר נתונים. בסיום, לחץ על אישור, והאפשרויות לבחירת משתנים במהלך המעקב מוצגות באופן דומה לאפשרויות ליצירת מפות חום. מאפיינים נפוצים של עניין מסופקים בתיבת הטקסט בחלק העליון של החלון.
אבל אם ברצונך להתאים אישית את המשתנים שלך, אתה פשוט צריך למחוק את כל מה שבתיבה ולבחור את המאפיינים הספציפיים המפורטים להלן. במיקרוסקופיית הלחץ של שכבות חד-שכבתיות, או בתפריט הנפתח MSM, בחר התוויית תוצאות. לאחר מכן, iTACS שואל את המשתמש אם המשתמש רוצה להגביל את ההתוויה לתאים עם רצועה רצופה.
אם אין ברצונך להגביל התוויית התוויה לרצועות רצועות רצוף, לחץ על לא.אך אם ברצונך להגביל התוויית התוויה לתאים עם רצועות רצוף, לחץ על כן כאן iTACS שואל כמה משתנים המשתמש רוצה שהתוכנית תתווה. iTACS מסוגל להתוות עד שלושה משתנים, ובמקרה זה, נתווה רק שני משתנים כדי לראות את הקשר בין גורמים אלה. במיקרוסקופיית מתח monolayer, או בתפריט הנפתח MSM, בחר תמונת תוצאות.
להלן ספריית המיקוח ולאחר שתסיים, לחץ על בחר. iTACS לאחר מכן מבקש מאיתנו לבחור את מסגרת ההתחלה. כאן, בחרנו מסגרת מספר שתיים.
האפשרויות להכנת מפות חום מוצגות באופן דומה לאפשרויות להתוויית מסלולי זמן של תאים בודדים. עם זאת, אנו מסיקים כיצד להכין מפת חום. כאן מייצג את עקבות הזמן של מהירות הסלולר במתח הציטוסד לתא מספר אחד.
המאפיינים מוצגים על ציר אנכי משותף והציר האופקי מציין את מספר מופע הזמן, שבו המסגרות נרכשות במרווחי זמן של 15 דקות. הפלט השני הוא מערך של מפות חום שעה אחת לתוך הניסוי. המאפיינים המוצגים כאן כוללים שטח פריסה, אוריינטציה, מעגליות, מהירות, כיוון תנועה, כיוון מתח מרבי, מתח שלד, מתיחות מצע, ואניסוטרופיה מתח של תאים בודדים.
אז זו הצצה לסט אחד של ניסויים. ישנם מספר מצבים ניסיוניים אחרים שבהם AnViM ו- AcTrM יכולים לעזור למשתמש לבצע את הניסוי באופן רבייה ואנשי קשר אלה מפורטים בכתב היד. חלק מהתכונות המרכזיות של iTACS כוללות אוטומציה של הפרוטוקול הניסיוני, ניתוח נתונים אוטומטי, ואין צורך ברקע הנדסי.
