אתגר במחקר האלגנטיות הימית הוא בידוד ההשפעות של תזונה חיידקית חיה מההשפעות של מניפולציות ניסיוניות. לפעמים קשה לקבוע אם המניפולציה משפיעה ישירות על הפונדקאי או בעקיפין על התולעים באמצעות אינטראקציות מיקרוביום של המארח. חיידקים המטופלים בפרפורמאלדהיד מתמודדים עם האתגר של בידוד ההשפעות של חילוף החומרים החיידקי מהפיזיולוגיה של המאכסן.
הטיפול בפרפורמלדהיד הוא בעל תפוקה גבוהה וגורם באופן עקבי לחיידקים להשתכפל ולהפוך אותם ללא פעילים מטבולית. בנוסף לעקביות, חיידקים שטופלו ב-PFA נשארים מקור מזון טעים ומזין.