Bu çalışma NIH R21AG059117 ve Michigan Üniversitesi'ndeki Paul F. Glenn Yaşlanma Araştırmaları Biyolojisi Laboratuvarları tarafından finanse edildi. SB, T32AG000114 tarafından finanse edildi. ESK, NSF DGE 1841052 tarafından finanse edildi.

1. Bakteri aşılaması
<ol><li>10 g tripton, 5 g maya özü ve 10 g sodyum klorürü (NaCl) 950 mL damıtılmış suda çözerek Luria suyunu (LB) hazırlayın.</li>
	<li>5M sodyum hidroksit (NaOH) ekleyerek LB'nin pH'ını 7.0'a ayarlayın. Bu sadece yaklaşık 0.2 mL NaOH gerektirmelidir.</li>
	<li>pH ayarlı LB ortamını 15 psi'de 45 dakika boyunca bir sıvı döngüsünde otoklavlayın. Çözeltinin soğumasını ve oda sıcaklığında saklanmasını bekleyin.</li>
	<li>500 mL'lik bir Erlenmeyer şişesinde 100 mL LB içinde tek bir bakteri kolonisini aşılayın. Bakterileri gece boyunca 37 °C'lik bir çalkalayıcı inkübatörde kültürleyin.</li>
	<li>Bakteri kolonisinin sağlığına, şişenin boyutuna ve çalkalayıcının ayarlandığı hıza bağlı olarak, bakterilerin büyümesi için geçen süre değişebilir. ~14 saat sonra, bakterilerin optik yoğunluğunu (OD) 600 nm'de (OD600) kontrol edin.</li>
	<li>OD600 3.0 (1 x 109 koloni oluşturan birim (CFU)/mL) olduğunda bakterileri çalkalayıcıdan çıkarın. OD600 3.0'dan düşükse, istenen OD'ye ulaşılana kadar şişeyi çalkalayıcı inkübatörüne geri koyun.</li>
	<li>Bakterileri 50 mL'lik konik tüplerde saklayın ve 4 °C'de saklayın veya bir sonraki adıma geçin.</li>
</ol>2. Paraformaldehit ile çalışma
NOT: Kullanılan paraformaldehit (PFA) konsantrasyonu ve maruz kalma süresi, iklime, konuma ve tedavi edilen bakteri türüne bağlı olarak biraz değişebilir. OP50 için iyi bir başlangıç noktası, 1 saat boyunca% 0,5 PFA'ya maruz kalmaktır, oysa HT115 için 1 saat% 0,25 PFA yeterli olabilir.
<ol><li>%32 PFA stoğu hazırlayın veya ticari olarak satın alınan %32 PFA solüsyonu kullanın. PFA ile çalışırken uygun kişisel koruyucu ekipman (KKD) kullanın. Eldiven ve koruyucu gözlük kullanın.</li>
	<li>Uygun havalandırmaya sahip bir kimyasal davlumbazın içine PFA ekleyin. PFA içeren yıkamaları ve uçları çeker ocaktaki uygun kimyasal tehlike kaplarına atın.</li>
</ol>3. Paraformaldehit ile bakteri tedavisi
<ol><li>Bakteriler 3.0'lık bir OD600'e ulaştığında, 50 mL'yi yeni bir 250 mL Erlenmeyer şişesine aktarmak için serolojik bir pipet kullanın. Geri kalanını canlı kontrol, sahte işlem görmüş bir kontrol (bkz. adım 4) veya gerektiğinde PFA ile tedavi etmek için saklayın.</li>
	<li>Bir şişeden diğerine dökmekten kaçının ve yeni şişenin kenarlarına bakteri sıçratmamaya dikkat edin. Şişenin yan tarafındaki koloniler daha düşük dozda PFA alabilir.</li>
	<li>Kimyasal başlıkta, nihai konsantrasyonu %0,5'e getirmek için 50 mL bakteriye 781 μL %32 PFA ekleyin. Kullanılan ucu katı atık kimyasal tehlike kabına atın.</li>
	<li>Şişeyi folyo ile örtün ve 37 °C çalkalayıcı inkübatöre 1 saat geri dönün. 1 saat sonra, şişeyi inkübatörden çıkarın ve 5. adıma geçin.</li>
</ol>4. Sahte işlem görmüş kontrol
<ol><li>Bakteriler 3.0 OD 600'e ulaştığında,50 mL bakteriyi 50 mL'lik konik bir tüpe aktarmak için serolojik bir pipet kullanın.</li>
	<li>PFA ile muamele edilmiş gruba benzer yıkama adımlarını tamamlamak için adım 5.3'e geçin.</li>
</ol>5. Kalıntı PFA'yı gidermek için bakterilerin yıkanması
<ol><li>Kimyasal başlıkta, işlenmiş bakterileri Erlenmeyer şişesinden 50 mL'lik konik bir tüpe aktarmak için serolojik bir pipet kullanın. Bakterileri dökmek yerine serolojik bir pipet kullanmak, şişenin kenarında PFA ile doğrudan tedaviden kaçınmış olabilecek herhangi bir bakteri kolonisinden kontaminasyonu önleyecektir.</li>
	<li>Santrifüj ile muamele edilmiş bakterileri 20 dakika boyunca yaklaşık 3000 x g'da santrifüjleyin. Süpernatanı, kimyasal davlumbazdaki sıvı atık kimyasal tehlike kabına atarak çıkarın.</li>
	<li>Bakteri peletini yeniden süspanse etmek için 25 mL LB ve vorteks ekleyin (Tüpün tamamen doldurulması, peletin yeniden süspanse edilmesini zorlaştırır). Santrifüjleme ve pelet yeniden süspansiyonunu 4x tekrarlayın.</li>
	<li>Pelet, farklı tahliller için en uygun hacimlerde yeniden süspanse edin. Yaşam süresi tahlilleri için, 10 mL LB içinde yeniden süspanse edilmiş 200 μL bakteri içeren 60 mm'lik plakaları tohumlayın. Bakterilerin 10 mL LB'de yeniden süspanse edilmesi, orijinal 50 mL kültürden 5x konsantrasyonla sonuçlanır.</li>
	<li>Bakterileri 4 °C'de saklayın.</li>
</ol>6. Bakteri üremesinin kalite kontrolü
<ol><li>Son yıkama ve yeniden süspansiyondan sonra, hazırlanan bakterilerle bir LB plakası (steril bir pipet ucu kullanarak) çizin. Kullanılan LB'nin kontamine olmadığından emin olmak için yıkama ve yeniden süspanse etme için kullanılan LB'yi ayrı bir plakaya sürmek iyi bir uygulamadır.</li>
	<li>Plakaları gece boyunca 37 °C'lik bir inkübatöre yerleştirin. Herhangi bir büyüme olup olmadığını kontrol edin. Koloniler LB plakasında büyümediğinde bakteriler replikatif olarak ölü kabul edilir.</li>
</ol>7. Bir respirometre kullanarak bakteri metabolizması için kalite kontrolü
<ol><li>Son yıkamadan ve adım 5.4'ten itibaren yeniden süspansiyondan sonra, respirometreler19,20 gibi mevcut araçları kullanarak ve bazal oksijen tüketim oranını (OCR) ölçerek bakterilerin metabolik olarak öldüğünü doğrulayın.</li>
	<li>M9 çözeltisini hazırlayın: 3 g potasyum fosfat monobazik (KH2PO4), 6 g sodyum fosfat dibazik (Na2HPO4) ve 5 g sodyum klorürü(NaCl) 950 mL damıtılmış suda çözün. 15 psi'de 45 dakika boyunca bir sıvı döngüsünde otoklavlayın, ardından çözeltinin oda sıcaklığına soğumasını bekleyin. 1 mL 1 M magnezyum sülfat (MgS04) ekleyin ve oda sıcaklığında saklayın.</li>
	<li>Respirometre kartuşunu nemlendirin: 96 oyuklu bir plakanın tüm kuyucuklarına 200 μL kalibrant ekleyin. Kartuşu 96 oyuklu plakaya yerleştirin ve gece boyunca 37 °C'lik bir inkübatörde inkübe edin.</li>
	<li>Test kalibrasyonu: Ertesi gün, hidratlı kartuşu makineye yerleştirin ve kalibrasyona başlayın.</li>
	<li>Test test plakası kurulumu: Yeni bir 96 oyuklu plaka kullanarak, kuyucukları test etmek için 160 μL M9 ve 40 μL hazırlanmış bakteri (1 x 109 CFU / mL) ekleyin. Boş kuyu olarak kullanmak için 4 köşe kuyucuğuna 200 μL M9 ekleyin. Negatif kontroller olarak kullanmak üzere yıkama ve yeniden süspanse etme için kullanılan 160 μL M9 ve 40 μL LB ekleyin. Kullanılmayacak kuyucukların geri kalanına 200 μL M9 ekleyin.</li>
	<li>Testi çalıştırın: Kartuş kalibrasyonu tamamlandıktan sonra, 7.5. adımdaki test plakasını analiz için makineye yerleştirin. Ayarlar, karıştırma, bekleme, ölçme ve döngü adımlarını içerir. Sonuçlar oksijen tüketim oranı (OCR) olarak gösterilecektir. Bakteriler metabolik olarak ölüdür ve OCR sıfır olduğunda kullanıma hazırdır.</li>
</ol><img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65775/65775fig01.jpg"> Şekil 1. Paraformaldehit arıtımı için iş akışı. Tek bir E. coli OP50 bakteri kolonisi gece boyunca büyütülür. PFA, %0.5'lik bir nihai konsantrasyona eklenir ve PFA ile muamele edilen kültür, 37 °C'de 1 saat çalkalanır. Son olarak, PFA, kültürün taze LB 5x ile yıkanmasıyla uzaklaştırılır. Tedavi edilen bakterilerin replikatif olarak inaktif olduğunu doğrulamak için, tedavi edilen bakterilerin bir LB plakasını çizin ve gece boyunca büyür. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65775/65775fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Paraformaldehit Kullanılarak Caenorhabditis elegans'ta Bakteriyel Metabolik İnaktivasyon

<ol>
	<li>Riddle, D. L., Blumenthal, T., Meyer, B. J., Priess, J. R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Elegans II. 33, (1997).</li><li>Corsi, A. K., Wightman, B., Chalfie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+transparent+window+into+biology:+A+primer+on+caenorhabditis+elegans.">A transparent window into biology: A primer on caenorhabditis elegans.</a> WormBook. , 1-31 (2015).</li><li>Kaletta, T., Hengartner, M. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Finding+function+in+novel+targets:+C.+elegans+as+a+model+organism.">Finding function in novel targets: C. elegans as a model organism.</a> Nature reviews. Drug discovery. 5 (5), 387-398 (2006).</li><li>Meneely, P. M., Dahlberg, C. L., Rose, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Working+with+worms:+Caenorhabditis+elegans+as+a+model+organism.">Working with worms: Caenorhabditis elegans as a model organism.</a> Current Protocols Essential Laboratory Techniques. 19 (1), (2019).</li><li>Zhang, S., Li, F., Zhou, T., Wang, G., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+as+a+useful+model+for+studying+aging+mutations.">Caenorhabditis elegans as a useful model for studying aging mutations.</a> Frontiers in Endocrinology. 11, 554994 (2020).</li><li>Feng, M., Gao, B., Garcia, L. R., Sun, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiota-derived+metabolites+in+regulating+the+development+and+physiology+of+Caenorhabditis+elegans.">Microbiota-derived metabolites in regulating the development and physiology of Caenorhabditis elegans.</a> Frontiers in Microbiology. 14, 1035582 (2023).</li><li>McIntyre, G., Wright, J., Wong, H. T., Lamendella, R., Chan, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+FUdR+on+gene+expression+in+the+C.+elegans+bacterial+diet+OP50.">Effects of FUdR on gene expression in the C. elegans bacterial diet OP50.</a> BMC Research Notes. 14 (1), 207 (2021).</li><li>Cabreiro, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metformin+retards+aging+in+c.+Elegans+by+altering+microbial+folate+and+methionine+metabolism.">Metformin retards aging in c. Elegans by altering microbial folate and methionine metabolism.</a> Cell. 153 (1), 228-239 (2013).</li><li>Worthy, S. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+attractive+odorants+released+by+preferred+bacterial+food+found+in+the+natural+habitats+of+c.+Elegans.">Identification of attractive odorants released by preferred bacterial food found in the natural habitats of c. Elegans.</a> PLoS One. 13 (7), e0201158 (2018).</li><li>Chen, Y. C., Seyedsayamdost, M. R., Ringstad, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microbial+metabolite+synergizes+with+endogenous+serotonin+to+trigger+C.+elegans+reproductive+behavior.">A microbial metabolite synergizes with endogenous serotonin to trigger C. elegans reproductive behavior.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117 (48), 30589-30598 (2020).</li><li>Kim, D. H., Flavell, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host-microbe+interactions+and+the+behavior+of+Caenorhabditis+elegans.">Host-microbe interactions and the behavior of Caenorhabditis elegans.</a> Journal of Neurogenetics. 34 (3-4), 500-509 (2020).</li><li>Gems, D., Riddle, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic,+behavioral,+and+environmental+determinants+of+male+longevity+in+Caenorhabditis+elegans.">Genetic, behavioral, and environmental determinants of male longevity in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 154 (4), 1597-1610 (2000).</li><li>Qi, B., Kniazeva, M., Han, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+vitamin-b2-sensing+mechanism+that+regulates+gut+protease+activity+to+impact+animal's+food+behavior+and+growth.">A vitamin-b2-sensing mechanism that regulates gut protease activity to impact animal's food behavior and growth.</a> eLife. 6, e26243 (2017).</li><li>Garigan, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+tissue+aging+in+caenorhabditis+elegans:+A+role+for+heat-shock+factor+and+bacterial+proliferation.">Genetic analysis of tissue aging in caenorhabditis elegans: A role for heat-shock factor and bacterial proliferation.</a> Genetics. 161 (3), 1101-1112 (2002).</li><li>Virk, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Folate+acts+in+E.+coli+to+accelerate+C.+elegans+aging+independently+of+bacterial+biosynthesis.">Folate acts in E. coli to accelerate C. elegans aging independently of bacterial biosynthesis.</a> Cell Reports. 14 (7), 1611-1620 (2016).</li><li>Beydoun, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+alternative+food+source+for+metabolism+and+longevity+studies+in+Caenorhabditis+elegans.">An alternative food source for metabolism and longevity studies in Caenorhabditis elegans.</a> Communications Biology. 4 (1), 258 (2021).</li><li>Thavarajah, R., Mudimbaimannar, V. K., Elizabeth, J., Rao, U. K., Ranganathan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chemical+and+physical+basics+of+routine+formaldehyde+fixation.">Chemical and physical basics of routine formaldehyde fixation.</a> Journal of Oral and Maxillofacial Pathology. 16 (3), 400-405 (2012).</li><li>Felix, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Permeabilized+and+immobilized+cells.">Permeabilized and immobilized cells.</a> Methods in Enzymology. 137, 637-641 (1988).</li><li>Lobritz, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+efficacy+is+linked+to+bacterial+cellular+respiration.">Antibiotic efficacy is linked to bacterial cellular respiration.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (27), 8173-8180 (2015).</li><li>Nadanaciva, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessment+of+drug-induced+mitochondrial+dysfunction+via+altered+cellular+respiration+and+acidification+measured+in+a+96-well+platform.">Assessment of drug-induced mitochondrial dysfunction via altered cellular respiration and acidification measured in a 96-well platform.</a> Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 44 (4), 421-437 (2012).</li><li>Shtonda, B. B., Avery, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dietary+choice+behavior+in+Caenorhabditis+elegans.">Dietary choice behavior in Caenorhabditis elegans.</a> The Journal of Experimental biology. 209 (Pt 1), 89-102 (2006).</li><li>MacNeil, L. T., Watson, E., Arda, H. E., Zhu, L. J., Walhout, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet-induced+developmental+acceleration+independent+of+tor+and+insulin+in+C.">Diet-induced developmental acceleration independent of tor and insulin in C.</a> elegans. Cell. 153 (1), 240-252 (2013).</li><li>Kumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lifespan+extension+in+C.+elegans+caused+by+bacterial+colonization+of+the+intestine+and+subsequent+activation+of+an+innate+immune+response.">Lifespan extension in C. elegans caused by bacterial colonization of the intestine and subsequent activation of an innate immune response.</a> Developmental Cell. 49 (1), 100-117 (2019).</li><li>Nakagawa, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+and+mechanisms+of+prolongevity+induced+by+Lactobacillus+gasseri+sbt2055+in+Caenorhabditis+elegans.">Effects and mechanisms of prolongevity induced by Lactobacillus gasseri sbt2055 in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 15 (2), 227-236 (2016).</li><li>Kaeberlein, T. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lifespan+extension+in+Caenorhabditis+elegans+by+complete+removal+of+food.">Lifespan extension in Caenorhabditis elegans by complete removal of food.</a> Aging Cell. 5 (6), 487-494 (2006).</li><li>Beaudoin-Chabot, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+unfolded+protein+response+reverses+the+effects+of+glucose+on+lifespan+in+chemically-sterilized+C.">The unfolded protein response reverses the effects of glucose on lifespan in chemically-sterilized C.</a> elegans. Nature Communication. 13 (1), 5889 (2022).</li><li>Komura, T., Takemoto, A., Kosaka, H., Suzuki, T., Nishikawa, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prolonged+lifespan,+improved+perception,+and+enhanced+host+defense+of+Caenorhabditis+elegans+by+Lactococcus+cremoris+subsp.">Prolonged lifespan, improved perception, and enhanced host defense of Caenorhabditis elegans by Lactococcus cremoris subsp.</a> cremoris.Microbiology Spectrum. 10 (3), e0045421 (2022).</li><li>Ye, X., Linton, J. M., Schork, N. J., Buck, L. B., Petrascheck, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+pharmacological+network+for+lifespan+extension+in+Caenorhabditis+elegans.">A pharmacological network for lifespan extension in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 13 (2), 206-215 (2014).</li><li>Hastings, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wormjam:+A+consensus+C.+elegans+metabolic+reconstruction+and+metabolomics+community+and+workshop+series.">Wormjam: A consensus C. elegans metabolic reconstruction and metabolomics community and workshop series.</a> Worm. 6 (2), e1373939 (2017).</li><li>O'Donnell, M. P., Fox, B. W., Chao, P. H., Schroeder, F. C., Sengupta, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+neurotransmitter+produced+by+gut+bacteria+modulates+host+sensory+behaviour.">A neurotransmitter produced by gut bacteria modulates host sensory behaviour.</a> Nature. 583 (7816), 415-420 (2020).</li><li>Stuhr, N. L., Curran, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+diets+differentially+alter+lifespan+and+healthspan+trajectories+in+C.+elegans.">Bacterial diets differentially alter lifespan and healthspan trajectories in C. elegans.</a> Communications Biology. 3 (1), 653 (2020).</li><li>Dirksen, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cembio+-+the+Caenorhabditis+elegans+microbiome+resource.">Cembio - the Caenorhabditis elegans microbiome resource.</a> G3 (Bethesda). 10 (9), 3025-3039 (2020).</li></ol>

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.

PFA öldürmenin diğer bakteri öldürme yöntemlerine göre faydaları PFA tedavisi, C. elegans için besleyici bir besin kaynağı sağlarken bakteri metabolizmasını önlemek için yüksek verimli bir yöntemdir. PFA tedavisi ile bakterileri öldürmenin diğer yöntemlere göre birçok avantajı vardır. Her plakanın başarılı öldürme için test edilmesi gereken UV tedavisinden farklı olarak, parti16'yı doğrulamak için PFA ile muamele edilmiş bir bakter...

Caenorhabditis elegans ilk olarak 1965'te bir model organizma olarak önerildi1 ve o zamandan beri genetik, gelişim, davranış, yaşlanma ve metabolizma çalışmalarında yaygın olarak benimsendi2. Büyük kuluçka boyutları ve şeffaf kütikülleri nedeniyle, C. elegans özellikle floresan raportörlerle yüksek verimli tarama için çok uygundur3. Kısa yaşam döngüleri, hermafrodit üremeleri ve insanlarla genetik homolojileri de C. elegans'ı gelişim4 ve yaşlanma biyolojisi5 üzerine yapılan çalışmalar için değerli bir model sistem haline getirmektedir. Ayrıca, C. elegans'ın bakımı nispeten kolaydır. Solucanlar sıvı kültürde veya katı agar plakalarında yetiştirilebilir ve canlı Escherichia coli OP50 bakterilerinden oluşan bir diyet tüketebilir4.
Bununla birlikte, canlı besin kaynağı C. elegans metabolizma, ilaç takviyesi ve davranış çalışmalarını karıştırabilir. Canlı bakterilerin kendi metabolizmaları olduğu için, bakterileri etkileyen deneysel koşullar, solucanlar için mevcut olan besinleri ve metabolitleri de değiştirir. Örneğin, bakteriyel demir, amino asit ve folat konsantrasyonlarındaki farklılıkların C. elegans'ın gelişimi, fizyolojisi ve ömrü üzerinde çeşitli etkileri vardır6. Birçok yaygın laboratuvar uygulaması, OP50 tarafından üretilen besin bileşiminde ve metabolitlerde bu tür değişiklikleri ortaya çıkarabilir. Spesifik olarak, C. elegans'ta üremeyi önlemek için yaygın olarak kullanılan bir bileşik olan 5-floro-2'-deoksiüridine (FUdR) maruz kalma, amino asit biyosentez yolları7 dahil olmak üzere OP50 gen ekspresyonunda geniş değişiklikler ortaya çıkarır. Canlı bakteriler ayrıca C. elegans'ın küçük moleküllerle desteklendiği çalışmaları da karıştırabilir, çünkü bakteriler aktif bileşikleri kısmen veya tamamen metabolize edebilir. Dahası, bu küçük moleküllerin bakteriler üzerindeki etkileri, yaşam süresini uzatan ilaç metformin8 ile bildirildiği gibi, C. elegans fizyolojisini değiştirebilir. Son olarak, canlı bakteriler solucanın ortamını, çekici koku maddeleri 9 salgılamak, eksojen nöromodülatörler10 üretmek ve yoğun bir bakteri çiminde oksijen gradyanları oluşturmak11 gibi davranışları değiştirecek şekilde değiştirebilir.
Bakteri metabolizmasının C. elegans araştırmaları üzerindeki kafa karıştırıcı etkilerini azaltmak için, bakterileri öldürmek için birden fazla yöntem geliştirilmiştir (Tablo 1). OP50'yi öldürmek için üç yaygın strateji UV ışınlaması, ısı öldürme ve antibiyotik tedavisidir. Basit ve nispeten düşük maliyetli olsa da, bu yöntemlerin her birinin hem bakteriler hem de C. elegans üzerinde istenmeyen etkileri olabilir. UV çapraz bağlayıcı12 aracılığıyla UV öldürme düşük verimlidir ve hız, UV çapraz bağlayıcıya sığabilecek plaka sayısı ile sınırlıdır. Ayrıca, UV öldürmenin etkinliği bir parti içinde plakadan plakaya değişebilir ve büyük deneylerde tüm plakalarda büyüme testi yapmak zor olabilir. OP50'yi kültürü >60 °C'lik sıcaklıklara maruz bırakarak ısıyı öldürmek ayrı bir dizi zorlukla birlikte gelir. Yüksek ısı, solucan için gerekli olan besin maddelerine zarar verebilir ve bakterilerin hücresel yapısını tahrip edebilir, bu da solucanların gıdaya harcadığı süreyi azaltan daha yumuşak bir doku oluşturur13. Bu yöntem aynı zamanda C. elegans'ın yaşam döngüsü boyunca kullanılamaz çünkü ısıyla öldürülmüş bakterilerle beslenen solucanlar gelişimin erken dönemlerinde tutuklanabilir13. Antibiyotik tedavisi, bakteri metabolizmasını baskılamak için üçüncü bir yaygın yöntemdir14, ancak antibiyotikler solucan büyümesini ve metabolizmasınıda değiştirebilir 15.
Bakteri yapısını ve temel besin maddelerini korurken canlı bakterilerin metabolik etkilerini ortadan kaldırmanın bir çözümü, OP50'yi paraformaldehit (PFA)16 ile öldürmektir. PFA, iç plazma zarı18 gibi iç hücre yapılarını tahrip etmeden bakteriyel replikasyonu önlemek için hücreler17 içindeki proteinleri çapraz bağlayabilen bir formaldehit polimeridir. İç hücresel yapının bu şekilde korunması nedeniyle, PFA ile tedavi edilen bakteriler büyüme veya metabolik aktivite göstermez, ancak C. elegans16 için yenilebilir ve besin açısından zengin bir besin kaynağı olarak kalır. Burada, paraformaldehit kullanarak bakterilerin metabolik olarak nasıl etkisiz hale getirileceğini gösteren ayrıntılı bir protokol sağlanmıştır.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td>Yöntem</td>
			<td>Gerekli Malzemeler</td>
			<td colspan="2">Ölçeklenebilir?</td>
			<td>Beslenme?</td>
			<td colspan="4">Solucan Üzerindeki Etkileri?</td>
		</tr><tr><td rowspan="4">UV</td>
			<td rowspan="4">UV çapraz bağlayıcı</td>
			<td colspan="2">Şununla sınırlı:</td>
			<td rowspan="4">Evet</td>
			<td colspan="4">NGM12, 23, 24'te yaşam süresi üzerindeki değişken etkiler</td>
		</tr><tr><td colspan="2">UV çapraz bağlayıcıya uyan plaka sayısı</td>
			<td colspan="4">FUdR24, 26, 27 üzerindeki yaşam süresi üzerindeki değişken etkiler</td>
		</tr><tr><td colspan="2">Plaka başına ışınlama süresi</td>
			<td colspan="4" rowspan="2">Yiyecek tercihinde azalma16</td>
		</tr><tr><td colspan="2">Her plakayı büyüme açısından kontrol etme yeteneği8</td>
		</tr><tr><td rowspan="3">Isı</td>
			<td rowspan="3">>60 °C inkübatör</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Evet</td>
			<td rowspan="3">Hayır: hücre duvarını tahrip eder, besin değerini azaltır</td>
			<td colspan="4">Gelişimsel tutuklama 13</td>
		</tr><tr><td colspan="4">Yiyecek tercihinde azalma13</td>
		</tr><tr><td colspan="4">NGM31'in kullanım ömrünü uzatır</td>
		</tr><tr><td rowspan="3">Antibiyotik</td>
			<td rowspan="3">Antibiyotikler (kanamisin, karbenisilin vb.)</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Evet</td>
			<td rowspan="3">Evet</td>
			<td colspan="4">Büyüme ve gelişmeyi geciktirir15</td>
		</tr><tr><td colspan="4">Sıvı ortamlarda kullanım ömrünü uzatır19</td>
		</tr><tr><td colspan="4">NGM15'in kullanım ömrünü uzatır</td>
		</tr><tr><td rowspan="3">PFA (Üstün Başarı T</td>
			<td rowspan="3">% 0.5 Paraformaldehit</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Evet</td>
			<td rowspan="3">Evet</td>
			<td colspan="4">Küçük kuluçka boyutunun azalması16</td>
		</tr><tr><td colspan="4">Küçük geliştirme süresi artışı16</td>
		</tr><tr><td colspan="4">Yiyecek tercihinde azalma16</td>
		</tr></tbody></table>Tablo 1. OP50'yi öldürme yöntemlerinin karşılaştırılması. UV öldürme, ısı öldürme, antibiyotik tedavisi ve PFA tedavisi, bakterilerin beslenme durumu ve tedavi edilen bakterilerle beslenen solucanların sağlığı üzerinde çeşitli etkilere sahiptir. E. coli'yi replikatif olarak inaktive etmek için kullanılan bu yöntemler, gerekli malzemeleri ve ölçeklenebilirlikleri bakımından da farklılık gösterir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Aluminum Foil</td>
			<td>Staples</td>
			<td>2549291</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bunsen burner</td>
			<td>VWR</td>
			<td>470121-700&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cell Density Meter</td>
			<td>Denville</td>
			<td>80-3000-45&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorg</td>
			<td>5430</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chemical fume hood</td>
			<td>Labcono</td>
			<td>975050411384RG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Conincal tubes (50 mL)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>339652</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cuvettes&#160;</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>14-955-127</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>E. coli OP50</td>
			<td>CGC</td>
			<td>OP50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Erlenmyer flasks</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>250 mL: FB501250 
			500 mL: FB501500 
			1000 mL: FB5011000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Inoculation loop</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>22-363-605</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>BP1425500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Liquid waste collection bottle</td>
			<td>Thomas Scientific</td>
			<td>1230G50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium Sulfate (MgSO4)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M7506</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehyde (32%)</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>15714-S</td>
			<td>Paraformaldehyde &#8211; methanol free solution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettor</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>Eppendorf Easypet 3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic dishes (100 mm)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>FB0875712</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Phosphate Monobasic (KH2PO4)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>P2853</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Seahorse XF Calibrant</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>100840-000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Seahorse XFe96 Extracellular Flux Assay Kit and Cell Culture Microplate</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>101085-004</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Serological pipettes (50 mL)</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>12-107</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker incubator</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>11 676 083</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S640-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Hydroxide (NaOH)</td>
			<td>Fisher</td>
			<td>S318500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Phosphate Dibasic Anhydrous (Na2HPO4)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>S374-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Solid waste collection bucket</td>
			<td>M&#38;M Industries</td>
			<td>&#160;5.0 Gallon M1 Traditional Pail</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>20-251</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>11676331</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Weighing balance</td>
			<td>C Goldenwall</td>
			<td>HZ10K6B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>20-255</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

methodology to metabolically inactivate bacteria for caenorhabditis elegans research

Caenorhabditis elegans , genetik, gelişim, yaşlanma, metabolizma ve davranış araştırmaları için yaygın bir model organizmadır. C. elegans canlı bakteri diyeti tükettiğinden, besin kaynaklarının metabolik aktivitesi, çeşitli müdahalelerin solucan üzerindeki doğrudan etkilerini arayan deneyleri karıştırabilir. Bakteriyel metabolizmanın kafa karıştırıcı etkilerinden kaçınmak için, C. elegans araştırmacıları, ultraviyole (UV) ışınlama, ısı öldürme ve antibiyotikler dahil olmak üzere bakterileri metabolik olarak etkisiz hale getirmek için birçok yöntem kullandılar. UV işlemi nispeten düşük verimlidir ve sıvı kültürde kullanılamaz çünkü her plakanın başarılı bakteri öldürme açısından incelenmesi gerekir. İkinci bir tedavi yöntemi olan ısı öldürme, bakterilerin dokusunu ve beslenme kalitesini olumsuz etkileyerek C. elegans'ın gelişimsel durmasına yol açar. Son olarak, antibiyotik tedavisi, bakteri üremesini önlemenin yanı sıra C. elegans fizyolojisini doğrudan değiştirebilir. Bu makale, paraformaldehit (PFA) kullanarak bakterileri metabolik olarak etkisiz hale getirmek için alternatif bir yöntemi açıklamaktadır. PFA tedavisi, hücresel yapıyı ve besin içeriğini korurken metabolik aktiviteyi önlemek için bakteri hücreleri içindeki proteinleri çapraz bağlar. Bu yöntem yüksek verimlidir ve bir PFA ile muamele edilmiş bakteri plakasının büyüme açısından test edilmesi tüm partiyi doğruladığından, sıvı kültürde veya katı plakalarda kullanılabilir. PFA tedavisi yoluyla metabolik inaktivasyon, bakteri metabolizmasının ilaç veya metabolit takviyesi, stres direnci, metabolomik ve davranış çalışmaları üzerindeki kafa karıştırıcı etkilerini ortadan kaldırmak için kullanılabilir.

Caenorhabditis elegans was originally proposed as a model organism in 19651 and has since been widely adopted in studies of genetics, development, behavior, aging, and metabolism2. Due to their large brood size and transparent cuticle, C. elegans is particularly well-suited for high-throughput screening with fluorescent reporters3. Their short life cycle, hermaphroditic reproduction, and genetic homology with humans also make C. elegans a valuable model system for studies on development4 and aging biology5. Moreover, C. elegans are relatively easy to maintain. Worms can be grown in liquid culture or on solid agar plates and consume a diet of live Escherichia coli OP50 bacteria4.
However, the live food source of C. elegans can confound studies of metabolism, drug supplementation, and behavior. Because live bacteria have their own metabolism, experimental conditions that affect the bacteria also alter the nutrients and metabolites available to the worms. For example, differences in bacterial iron, amino acid, and folate concentrations have diverse effects on C. elegans&#39; development, physiology, and lifespan6. Many common lab practices can elicit such changes in the nutrient composition and metabolites produced by OP50. Specifically, exposure to 5-fluoro-2&#39;-deoxyuridine (FUdR), a compound commonly used to prevent reproduction in C. elegans, elicits broad changes in OP50 gene expression, including amino acid biosynthesis pathways7. Live bacteria can also confound studies in which C. elegans are supplemented with small molecules because bacteria can partially or completely metabolize the active compounds. Moreover, the effects of these small molecules on the bacteria can, in turn, alter C. elegans physiology, as was reported with the lifespan-extending drug metformin8. Finally, live bacteria can change the worm&#39;s environment in ways that alter behavior, such as secreting attractive odorants9, producing exogenous neuromodulators10, and creating oxygen gradients in a dense bacteria lawn11.
To mitigate the confounding effects of bacterial metabolism on C. elegans research, multiple methods for killing bacteria have been developed (Table 1). Three common strategies for killing OP50 are UV-irradiation, heat-killing, and antibiotic treatment. While straightforward and relatively low-cost, each of these methods can have undesirable effects on both bacteria and C. elegans. UV-killing via a UV crosslinker12 is low-throughput and the rate is limited by the number of plates that can fit in the UV crosslinker. Moreover, the efficacy of UV-killing can vary from plate to plate within a batch, and testing for growth on all plates can become difficult in large experiments. Heat-killing OP50 by exposing culture to temperatures of &#62;60 &#176;C comes with a separate set of challenges. High heat can damage nutrients essential for the worm and destroy the cellular structure of bacteria, creating a softer texture that decreases the amount of time worms spend on the food13. This method also cannot be used throughout the life cycle of C. elegans because worms fed heat-killed bacteria can arrest early in development13. Antibiotic treatment is a third common method for suppressing bacterial metabolism14, but antibiotics can also alter worm growth and metabolism15.
One solution to eliminate the metabolic effects of live bacteria while preserving bacterial structure and essential nutrients is to kill OP50 with paraformaldehyde (PFA)16. PFA is a polymer of formaldehyde that can crosslink proteins within cells17 to prevent bacterial replication without destroying internal cell structures like the inner plasma membrane18. Due to this preservation of internal cellular structure, PFA-treated bacteria exhibit no growth or metabolic activity but remain an edible and nutrient-rich food source for C. elegans16. Here, a detailed protocol is provided which shows how to metabolically inactivate bacteria using paraformaldehyde.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Method</td>
			<td>Required Materials</td>
			<td colspan="2">Scalable?</td>
			<td>Nutritional?</td>
			<td colspan="4">Effects on Worm?</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="4">UV</td>
			<td rowspan="4">UV-crosslinker</td>
			<td colspan="2">Limited by:</td>
			<td rowspan="4">Yes</td>
			<td colspan="4">Variable effects on lifespan on NGM12, 23, 24</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Number of plates that fit in UV-crosslinker</td>
			<td colspan="4">Variable effects on lifespan on FUdR24, 26, 27</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Irradiation time per plate</td>
			<td colspan="4" rowspan="2">Decreased food preference16</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Ability to check every plate for growth8</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="3">Heat</td>
			<td rowspan="3">&#62;60 &#176;C incubator</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Yes</td>
			<td rowspan="3">No: destroys cell wall, decreased nutritional value</td>
			<td colspan="4">Developmental arrest 13</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Decreased food preference13</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Extends lifespan on NGM31</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="3">Antibiotics</td>
			<td rowspan="3">Antibiotics (kanamycin, carbenicillin, etc.)</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Yes</td>
			<td rowspan="3">Yes</td>
			<td colspan="4">Delays growth and development15</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Extends lifespan in liquid media19</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Extends lifespan on NGM15</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="3">PFA</td>
			<td rowspan="3">0.5% Paraformaldehyde</td>
			<td colspan="2" rowspan="3">Yes</td>
			<td rowspan="3">Yes</td>
			<td colspan="4">Small brood size decrease16</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Small development time increase16</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Decreased food preference16</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Table 1. Comparisons of methods to kill OP50. UV-killing, heat-killing, antibiotic-treatment, and PFA-treatment have varied effects on the nutritional status of the bacteria and the health of worms fed treated bacteria. These methods for replicatively inactivating E. coli also differ in their required materials and scalability.

Yazar Spotlight: Paraformaldehitle Tedavi Edilmiş Bakterileri Kullanarak Caenorhabditis elegans Araştırmasını İlerletmek 

Caenorhabditis elegans Araştırmaları için Bakterileri Metabolik Olarak İnaktive Etme Metodolojisi

A challenge in sea elegance research is isolating the effects of a live bacterial diet from the effects of experimental manipulations. It can be difficult to determine whether the manipulation directly impacts the host or indirectly impacts the worms through a host microbiome interactions. Paraformaldehyde treated bacteria address the challenge of isolating the effects of bacterial metabolism from host physiology.Paraformaldehyde treatment is high throughput and consistently renders the bacteria replicate and metabolically inactive. In addition to its consistency PFA treated bacteria remain a palatable and nutritious food source.

Protokolün ayrıntılı bir iş akışı Şekil 1'de gösterilmektedir. Paraformaldehit16 kullanılarak C. elegans araştırmalarında metabolik ve ilaç çalışmaları için bakteriyel replikasyonu (Şekil 2A) ve metabolizmayı (Şekil 2B) sürekli olarak etkisiz hale getirmek için yüksek verimli bir yöntem geliştirilmiş ve optimize edilmiştir. Amaç, ihtiyaç duyulan en düşük PFA konsant...

Watch this Scientific Journal Video about Advancing Caenorhabditis elegans Research Using Paraformaldehyde-Treated Bacteria at JoVE.com

Laboratuvarda Caenorhabditis elegans için besin kaynağı canlı Escherichia coli'dir. Bakteriler metabolik olarak aktif olduklarından, metabolik ve ilaç çalışmalarında karıştırıcı bir değişken sunarlar. Paraformaldehit kullanarak bakterileri metabolik olarak etkisiz hale getirmek için ayrıntılı bir protokol burada açıklanmaktadır.

Caenorhabditis elegans is a common model organism for research in genetics, development, aging, metabolism, and behavior. Because C. elegans consume a ...

Deniz zarafeti araştırmalarındaki bir zorluk, canlı bir bakteri diyetinin etkilerini deneysel manipülasyonların etkilerinden izole etmektir. Manipülasyonun konakçıyı doğrudan mı yoksa bir konakçı mikrobiyom etkileşimleri yoluyla solucanları dolaylı olarak mı etkilediğini belirlemek zor olabilir. Paraformaldehit ile muamele edilmiş bakteriler, bakteri metabolizmasının etkilerini konakçı fizyolojisinden izole etme zorluğunu ele alır.Paraformaldehit tedavisi yüksek verimlidir ve bakterileri sürekli olarak çoğalır ve metabolik olarak inaktif hale getirir. Kıvamına ek olarak, PFA ile tedavi edilmiş bakteriler lezzetli ve besleyici bir besin kaynağı olmaya devam etmektedir.

methodology-to-metabolically-inactivate-bacteria-for-caenorhabditis

Research

JoVE Journal

Biology

Methodology to Metabolically Inactivate Bacteria for Caenorhabditis elegans Research

1.9K Görüntüleme.  University of Michigan, Ann Arbor. Deniz zarafeti araştırmalarındaki bir zorluk, canlı bir bakteri diyetinin etkilerini deneysel manipülasyonların etkilerinden izole etmektir. Manipülasyonun konakçıyı doğrudan mı yoksa bir konakçı mikrobiyom etkileşimleri yoluyla solucanları dolaylı olarak mı etkilediğini belirlemek zor olabilir. Paraformaldehit ile muamele edilmiş bakteriler, bakteri metabolizmasının etkilerini konakçı fizyolojisinden izole etme zorluğunu ele alır.Paraformaldehit tedavisi yük...