מידול ליגנדות למפות הנגזרות מקריומיקרוסקופ אלקטרונים

אנו מעוניינים להבין את התהליכים הפיזיולוגיים המתרחשים ברחבי התא, במיוחד בממשק הממברנה. אנו משתמשים ב- Cryo-EM כטכניקה עיקרית ועובדים על בעיות ביולוגיות מעניינות ומאתגרות שונות בחקר קומפלקסים מקרומולקולריים מרובים. קביעת המבנים של חלבוני ממברנה וקומפלקסים אחרים הייתה מאתגרת לפני כמה עשורים.

עם זאת, התקדמות טכנית ב- Cryo-EM, חומר ניקוי חדשני ומימטי שומנים ועם תרומות סללו את הדרך לקביעת מבנה מהירה של קומפלקסים אלה. כיום ניתן להשיג מבנים אלה ברזולוציה גבוהה ולהשתמש בהם באופן פוטנציאלי בגילוי תרופות. בחלקיק יחיד Cryo-EM, האתגרים כוללים רכישת דגימה יציבה והומוגנית, הטמעת הדגימה בכיוון אקראי בקרח דק, עיבוד מספר רב של תמונות עם יחס אות לרעש נמוך, וקביעה מדויקת של הכיוון הזוויתי והסיווג במהלך שחזור תלת ממדי.

זיהוי ומידול מולקולות קטנות במפות cryo-EM של קומפלקסים של חלבוני ליגנד הוא מאתגר בשל רעש מובנה בנתונים ורזולוציית מפה איזוטרופית ונמוכה, הטרוגניות הדגימה וגמישות ליגנד. פרוטוקול זה הוא מדריך שלב אחר שלב לזיהוי ומידול ליגנדות ומולקולות ממס ברזולוציה נמוכה עד בינונית Cryo-EM.