טכניקות של מולקולות בודדות הן כלים רבי עוצמה לחקר המכניקה, הקואורדינציה וההרכב של מערכות הכרומטין. ולכן, חוקרים תמיד מחפשים שיטות טובות יותר ליצור מצעי נוקלאוזומים. כאן אנו מתארים פרוטוקול ליצירת נוקלאוזומים על פני דנ"א ב-C2 בכוח מתאם של מולקולה אחת ומיקרוסקופ פלואורסצנטי.
בדרך כלל, מצעי נוקלאוזומים מיוצרים על ידי הרכבת נוקלאוזומים על גבי DNA המכילים רצפי מיקום חזקים באמצעות דיאליזה מלחית. למרות שיש לכך יתרונות, הוא מייצר נוקלאוזומים יציבים באופן מלאכותי והוא כבד עם ריאגנטים. הפרוטוקול שלנו מכין מצעי נוקלאוזומים עבור כוח מתואם של מולקולה בודדת ומיקרוסקופ פלואורסצנטי ללא רצפי DNA ספציפיים ועם הרבה פחות ריאגנטים, והכל תוך דקות.
פרוטוקול זה מאפשר הרכבת נוקלאוזומים על רצפי DNA מקומיים, התאמה קלה של צפיפות הנוקלאוזומים, כמו גם פחות זמן הכנה ושימוש בריאגנטים. בנוסף, היווצרות קשירי DNA נוקלאוזומליים ב- C2 מאפשרת זרימת עבודה ניסיונית פשוטה יותר ואת הנוחות של הדמיה ומניפולציה מובנית של מולקולה בודדת. כאשר מיקום אחיד וספציפי של הנוקלאוזומים אינו חלק חיוני בניסוי, הממצאים שלנו יכולים לסייע למדענים לחקור את הכרומטין ואת חלבוני הכרייה שלו ברמת המולקולה הבודדת בצורה יעילה יותר.
עם הזמן והמשאבים שנחסכים, ניתן לבצע ניסויים נוספים כדי להמשיך לחקור משתנים ותנאים נוספים. תחומי מחקר ישימים שאנו חושבים עליהם כעת כוללים מכניקת כרומטין המוסדרת על ידי גרסאות היסטון ושינויים אחרים לאחר התרגום. אנו חושבים גם על ההתקשרויות הביופיזיות והקינטיקה של חלבונים אחרים קושרי כרומטין.
ולבסוף, אנו חושבים גם על תהליכי הרכבה מסדר גבוה יותר המונעים על ידי נוקלאוזומים, כגון עיבוי ביומולקולרי.
