Method Article
La recente epidemia del virus zika sottolinea l'importanza di stabilire approcci genetici inversi per sviluppare vaccini e/o strategie terapeutiche. Qui, descriviamo il protocollo per salvare un virus infettivo ricombinante zika da un clone cDNA a lunghezza intera assemblato in un cromosoma artificiale batterico sotto il controllo del promotore riciclo-precoce umano.
Durante la recente epidemia in tutto il mondo, l'associazione con complicanze neurologiche e la mancanza di vaccini e/o antivirali approvati hanno sottolineato l'urgente necessità di sviluppare sistemi genetici inversi studio della biologia e dello sviluppo di approcci terapeutici e/o profilattici. Tuttavia, come con altri flavivirus, la generazione di cloni di cDNA infettivi di iKV è stata ostacolata a causa della tossicità delle sequenze virali durante la sua amplificazione nei batteri. Per superare questo problema, abbiamo sviluppato un approccio non tradizionale basato sull'uso di cromosomi artificiali batterici (BAC). Utilizzando questo approccio, la copia cDNA completa del ceppo Rio Grande do Norte Natal viene generata da quattro frammenti di DNA sintetico e assemblata nel plasmide a copia singola sotto il controllo del citomegalovirus umano (CMV) promotore immediato-rapido. Il clone BAC cDNA assemblato è stabile durante la propagazione nei batteri, e il ricombinante infettivo (r)-IKV viene recuperato nelle cellule Vero dopo la trasfezione del clone BAC cDNA. Il protocollo qui descritto fornisce una potente tecnica per la generazione di cloni infettivi di flavivirus, tra cui la IKV, e altri virus dell'RNA a filamento positivo, in particolare quelli con grandi genomi che hanno problemi di stabilità durante i batteri propagazione.
Il gene è un membro del genere Flavivirus all'interno della famiglia Flaviviridae che attualmente costituisce un'emergenza sanitaria pubblica globale1. Come altri flavivirus, il virus dell'RNA è avvolto con una struttura icosaedro che contiene un senso positivo, molecola di RNA a filamento singolo di circa 10,8 kb (Figura 1)2. Il genoma virale codifica una grande poliproteina di circa 3.423 aminoacidi trasformati da proteasi virali e cellulari in tre proteine strutturali (capside [C], premembrane/membrana [prM/M]e busta [E]) che sono coinvolte nella formazione del particelle virali e sette proteine non strutturali (NS) (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5) che partecipano alla replicazione del genoma, all'assemblaggio dei virus e all'evasione della risposta immunitaria dell'ospite (Figura 1)3.
Storicamente, l'infezione da IKV è stata associata a una lieve malattia febbrile4,5. Tuttavia, l'esplosiva recente pandemia di infezioni da IKV insud e Centro America, nel Pacifico meridionale e nei Caraibi 6,7,8e la sua associazione con il verificarsi della sindrome di Guillain-Barré e la microcefalia9,10,11,12,13, hanno cambiato la percezione storica e potenziato la rilevanza di IKV come un importante agente patogeno umano. In questo senso, lo sviluppo di strumenti molecolari, come i cloni infettivi di cDNA, faciliterà lo studio della patogenesi virale e lo sviluppo di vaccini geneticamente definiti e l'identificazione di farmaci antivirali per il trattamento dell'infezione da .IKV. Come descritto per altri flavivirus, la generazione di cloni infettivi di cloni cDNA nei batteri che utilizzano plasmidi standard ad alto numero di copia15,16,17. Per superare questo problema di tossicità, negli ultimi due anni sono stati attuati con successo diversi approcci non tradizionali18. Questi includono l'uso di plasmidi a basso numero di copie19,20, l'inserimento di introni per disturbare le regioni tossiche21,22,23, la legatura in vitro di frammenti di cDNA 24 Mi lasa' di , 25, silenziamento mutazionale dei promotori batterici criptici presenti nel genoma virale26,27, ampli subgenomici infettivi (ISA)28,29, il metodo di assemblaggio Gibson30 e l'uso della reazione circolare di estensione della polimerasi (CPER)31.
Qui di seguito, descriviamo il protocollo dettagliato per l'ingegneria di un clone cDNAa lunghezza intera del ceppo di IKV, il deformazione di IKV, utilizzando un BAC per superare il problema della tossicità, e il salvataggio di r-IKV infettivo mediante trasfezione diretta del clone BAC cDNA in Vero cellule32, una linea cellulare approvata dalla Food and Drug Administration (FDA) per lo sviluppo di vaccini umani33. In questo sistema, la copia cDNA completa del genoma virale viene assemblata nel pLasmid bacBeloBAC1134 (Figura2A), un plasmide a basso numero di copie (da una a due copie per cellula) derivato dal fattore F Escherichia coli 35, che riduce al minimo la tossicità delle sequenze di flavivirus durante la sua propagazione nei batteri. Il cDNA del genoma di IKV è assemblato in pBeloBAC11 sotto il controllo del promotore umano CMV immediato-precoce, per consentire l'espressione dell'RNA virale (v)nel nucleo delle cellule transfected da polimerasi iI dell'RNA cellulare, e affiancato all'estremità 3 dall'epatite il ribozyme del virus delta (HDV), seguito dalle sequenze della terminazione dell'ormone della crescita bovina (BGH) e dei segnali di poliadenilazione per produrre RNA sintetici con effetti di autentici 5' e 3'-estremità del genoma virale, rispettivamente (Figura 2B). Questo sistema lanciato da cDNA si traduce nell'espressione intracellulare dell'RNA virale con tappo, permettendo il recupero di un'imposizione infettiva di ziKV senza la necessità di una fase di trascrizione in vitro. L'approccio BAC fornisce una potente metodologia applicabile alla costruzione di cloni cDNA infettivi stabili e completamente funzionali per altri flavivirus, così come altri virus RNA a filamento positivo36,37, 38,39,40,41.
1. Costruzione di un clone cDNA infettivo di IIKV in un BAC
NOT: La strategia per l'assemblaggio della IKV nei BAC è descritta per il ceppo RGN13 (numero di adesione KU527068) (Figura 2).
2. Preparazione dell'alta purezza pBAC-IKV per il salvataggio di
NOT: La preparazione su larga scala di un clone infettivo ultrapure pBAC-IKV, adatto alla trasfezione e al salvataggio di virus infettivi, viene eseguita da una lisi alcalina con un kit commerciale sviluppato appositamente per la purificazione BAC (vedi tabella di Materiali). Il kit deve includere una fase di digestione di eonuclea dipendente dall'ATP che rimuove la contaminazione del DNA genomico batterico, consentendo l'isolamento del BAC cDNA con un grado di purezza simile a quello ottenuto con il metodo del cloruro di cè.
3. Salvataggio di temuti r-IKV dal clone BAC cDNA per trasfezione di cellule vero
NOT: L'infectiouszia r-IKV viene recuperata dalla trasfezione delle cellule Vero con il clone pBAC-IKV cDNA, utilizzando un reagente commerciale di trasfezione lipidica cationica (vedi la Tabella dei Materiali; Figura 3).
4. Titolazione di R-IKV recuperato
5. Conferma del successo del salvataggio di r'IKV
NOT: Per confermare ulteriormente l'identità del virus salvato, l'espressione della proteina E di IKV Viene analizzata dall'immunofluorescenza utilizzando il mAb 1176-56 specifico del topo per la proteina .IKV E (Figura 4D). Questo mAb è specifico per la proteina E, contrariamente alla situazione della proteina pan-flavivirus E mAb 4G2 (passaggio 4.6.3). In alternativa, l'identità del virus può essere confermata mediante sequenziamento.
6. Amplificazione e generazione di titoli virali
NOT: Una volta confermata l'identità del virus salvato (sezione 5), amplificare il virus sulle cellule Vero e generare scorte virali per ulteriori studi.
Il protocollo qui descritto consente la generazione di cloni infettivi cDNA a lunghezza composta da .IKV utilizzando un BAC per ridurre al minimo i problemi di tossicità associati a diverse sequenze flavivirali. Il recupero efficiente di r-IKV infettivo dal clone BAC cDNA può essere facilmente ottenuto dopo la trasfezione di cellule Vero sensibili (Figura 2). Utilizzando questo protocollo, abbiamo generato un clone cDNA stabile a lunghezza intera del ceppo RGN32 di .IKV clonando in sequenza quattro frammenti di cDNA sovrapposti nel pBeloBAC1134 del plascoBAC 11 di BAC utilizzando metodi di clonazione convenzionali e unici siti di restrizione presenti nel genoma virale (Figura 2). Il clone cDNA a tutta lunghezza è stato affiancato all'estremità 5'dall'emittente umano CMV per consentire l'espressione del vRNA nel nucleo delle cellule trasfette, e all'estremità 3'dall'HDV R 'seguito dalle sequenze di poliadenilazione e terminazione del BGH, per produrre RNA contenenti l'esatto 3'-fine del genoma virale (Figura 2). La stabilità nei batteri del clone BAC cDNA generato, insieme alla sua facile manipolazione utilizzando tecnologie standard del DNA ricombinante, evidenzia il potenziale dell'approccio BAC cDNA per la generazione rapida e affidabile di cloni cDNA a lunghezza intera stabili di Altri flavivirus o virus dell'RNA dal filamento positivo con genomi virali instabili.
Una volta assemblato il clone BAC cDNA (Figura 2), il virus infettivo potrebbe essere facilmente recuperato dopo la trasfezione diretta di cellule Vero sensibili con il clone BAC cDNA utilizzando liposomi cationici(Figura 3). Questo sistema lanciato da cDNA ha permesso l'espressione intracellulare del vRNAcon tappo, consentendo il recupero di virus infettivi senza la necessità di una fase di trascrizione in vitro. Utilizzando questo approccio, siamo stati in grado di salvare r-IKV-RGN con titers superiore a 106 PFU/mL a 5 giorni posttrasfezione (Figura 4A). Inoltre, il virus salvato ha indotto un CPE chiaro (Figura 4B), generato placche omogenee di circa 2 mm (Figura4C),e la sua identità è stata confermata dal sequenziamento (dati non mostrati) e dall'analisi dell'immunofluorescenza utilizzando l'analisi per la proteina IKV E, 1176-56 (Figura 4D). I dati in vitro indicano che il r-IKV-RGN recuperato è stato replicato in modo efficiente nelle cellule Vero e a livelli rispetto a un isolare32 (dati non mostrati). Nel complesso, questi risultati dimostrano che il r-IKV infettivo può essere salvato da cloni cDNA a lunghezza intera assemblati in un BAC.
Figura 1 : Organizzazione del genoma di IKV e struttura virione. (A) Organizzazione del genoma: IKV contiene un RNA positivo a filamento singolo che viene tradotto come un singolo poliproteina. La poliproteina tradotta è stata scissa da proteasi virali (frecce) e ospite (diamanti) per produrre le proteine strutturali capsid (C, blu), matrice (M, marrone), e envelop (E, verde), e sette proteine non strutturali (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, e NS5). Le regioni non tradotte a 5' e 3' (UTR) alla fine del genoma virale sono indicate con linee nere. (B) Struttura Virion: i virioni di IKV erano decorati con le proteine E e M, ancorati in un bistrato lipidico con una struttura icosaedrale. Sotto l'involucro virale c'era il nucleocapside virale composto dalla proteina C associata all'RNA genomico virale. Questa cifra è stata adattata da . Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 2 : Assemblaggio del clone infettivo cDNA di .IKV in un BAC. (A) Rappresentazione schematica del pBeloBAC11 BAC:I geni regolatori parA, parB, parCe repE, l'origine della replicazione delfattore F (OriS), il gene resistente al cloramenico (Cmr) e il lac Sono indicati il gene . I relativi siti di restrizione utilizzati per assemblare il clone infettivo del cDNA di IKV sono sottolineati. (B) Assemblaggio del clone di cDNA infettivo a lunghezza intera di IKV nel pBeloBAC11 BAC:Quattroframmenti di DNA sovrapposti (n. 1 -4), che coprono l'intero genoma di sintesi e clonato in sequenza in pBeloBAC11 per generare il clone infettivo del cDNA di iKV pBAC-IKV. Il cDNA infettivo di iKV a piena lunghezza è stato assemblato sotto il controllo del promotore immediato-precoce del citomegalovirus umano (CMV) e affiancato all'estremità 3'dall'HDV ribozyme (R) e le sequenze di ormone della crescita bovina (BGH) e sequenze di poliambonazione. Gli acronimi per i geni virali e gli elementi regolatori sono come descritto nella Figura 1. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 3 : flusso di lavoro per la generazione di r-IKV dal clone BAC cDNA. Le cellule di vero al 90% della confluenza sono state trascate nel monostrato con il clone infettivo cDNA pBAC-IKV (Figura 2) utilizzando liposomi cationici. A 4-6 giorni dopo la trasfezione, quando la CPE era evidente, i supernatanti della coltura tissutale contenenti r-IKV sono stati raccolti e valutati per la presenza di virus (Figura 4) e utilizzati per l'amplificazione virale nelle cellule Vero. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 4 : Recupero e caratterizzazione in vitro di r-IKV. (A) Salvataggio di r-IKV infettivo dal clone BAC cDNA: le cellule Vero al 90% della confluenza (formato piastra 6-po, triplicati) sono state trascate in modo fittizio o trascate con 4 i feticidell di virus nei supernatanti della coltura tissutale sono stati determinati dal saggio di placca (PFU/mL). Le barre di errore indicano deviazioni standard da tre diversi esperimenti di trasfezione. La linea nera tratteggiata indica il limite di rilevazione (50 PFU/mL). (B) Le cellule CPE:Vero virali al 90% di confluenza (formato piastra 6-po, triplicati) sono state infettate in modo mock (top) o infettate (MOI di 0,5 PFU/cellula) con r'IKV, e a 48 h di post-infezione, la presenza di CPE è stata valutata dalla microscopia. Le barre di scala ( 100 m. (C) L'analto della placca virale e l'immunostaining: le cellule nere al 90% della confluenza (formato 12-beh piastra) sono state infettate con r-IKV, e a 72 h di post-infezione, le placche virali sono state visualizzate da colorazione viola cristallina (a sinistra) o immunostaining ( a destra) utilizzando la proteina pan-flavivirus E mAb 4G2. Barre di scala - 5 mm. (D) Immunofluorescenza:Le cellule veroali al 90% di confluenza (formato piastra 24-po, triplicati) sono state infettate (MOI di 0,5 PFU/cellula) con r-IKV e, a 48 h di post-infezione, analizzate dall'immunofluorescenza utilizzando il mAb 1176-56, specifico per E proteina. I nuclei cellulari sono stati macchiati con DAPI. Viene visualizzata un'immagine rappresentativa delle cellule Vero infettate da SIMLV. Il quadrato bianco in alto a destra rappresenta un'immagine ingrandita delle cellule Vero infettate da SIMLV. Barre di scala : 100 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
I cloni infettivi di cDNA costituiscono strumenti molecolari essenziali per la ricerca di base dei virus dell'RNA e lo sviluppo di vaccini e/o l'identificazione di strategie antivirali. Tuttavia, per molti virus dell'RNA a filamento positivo, compresi i flavivirus, la generazione di cloni infettivi di cDNA è difficile a causa dell'instabilità dei cDNA clonati quando vengono propagati nei batteri che utilizzano plasmidi standard ad alto numero di copie. Nel caso di iKV e di altri flavivirus, questa instabilità è dovuta principalmente all'espressione che perde le proteine virali tossiche dei promotori batterici criptici presenti nel genoma virale14,15,16,17 . Qui, descriviamo un protocollo alternativo e potente per generare un clone cDNA infettivo stabile di .IKV come un singolo plasmide, basato sull'uso del pBeloBAC1134 (Figura 2A) per superare il problema della tossicità, l'uso del Promotore di CMV per consentire l'espressione del vRNA nel nucleo delle cellule trasfette, e l'HDV R z per generare vRNA con accurate 3'-estremità (Figura 2B). Utilizzando questo metodo, abbiamo generato con successo un clone infettivo completamente stabile del RGN di deformazione di Figura 4).
Un enorme sforzo è stato fatto negli ultimi anni per superare i problemi di instabilità associati ai cloni di cDNA infettivi di IKV, e diversi approcci sono stati implementati con successo18, tra cui la legatura in vitro dei frammenti di cDNA24 ,25, plasmidi a bassa copia19,20, l'inattivazione di promotori batterici criptici con l'introduzione di mutazioni silenziose26,27, inserimento intron21, 22 Milia , 23, il metodo assembly Gibson30, il metodo ISA28,29e l'utilizzo di CPER31. Anche se questi approcci superano il problema della tossicità e sono utili per generare cloni di cDNA infettivi di IKV, alcuni di loro sono laboriosi e presentano diversi svantaggi, tra cui la necessità di passi di ligazione e trascrizione in vitro che riducono il virus l'efficienza di recupero o l'introduzione di un elevato numero di mutazioni silenziose per inattivare il promotore batterico criptico che potrebbe influenzare la forma fisica virale, tra gli altri. L'approccio descritto in questo protocollo presenta i vantaggi seguenti. i) Il plasmide BACpBeloBAC1134 ha una replica rigorosamente controllata, mantenendo una o due copie di plasmide per cellula, che riduce al minimo la tossicità e consente una manutenzione stabile nei batteri di cDNA instabili. ii) La propagazione e la modifica dei plasmidi BAC sono quasi simili a quelle dei plasmidi convenzionali, considerando le lievi modifiche descritte in questo protocollo per manipolare frammenti di DNA di grandi dimensioni e plasmidi a bassa copia. In particolare, il clone BAC cDNA può anche essere modificato in E. coli da ricombinazione omologa utilizzando il sistema di ricombinazione rosso42,43,44. 3) L'uso di promotore CMV consente il l'espressione intracellulare del vRNA di VRNA e il recupero di virus infettivi senza richiedere una fase di trascrizione in vitro. iv) Dopo la trasfezione diretta di cellule sensibili (ad esempio, Vero) viene generato il r-IKV infettivo con il clone BAC cDNA. Poiché la trafezione del DNA nelle cellule dei mammiferi è più efficiente della trasfezione dell'RNA, l'efficienza di recupero del virus con l'approccio BAC è superiore a quella osservata utilizzando le trascrizioni dell'RNA, riducendo il numero di passaggi nelle cellule di coltura per generare uno stock virale e, di conseguenza, limitando l'introduzione di mutazioni indesiderate per adattamento della coltura cellulare.
Infine, il potenziale dell'approccio BAC è supportato dall'uso di questo metodo (con lievi modifiche) per progettare cloni infettivi di cDNA di altri flavivirus, tra cui il virus della dengue36e diversi coronavirus di alto impatto salute umana e animale, come il coronavirus trasmissibile di gastroenterite37 (TGEV), il virus della peritonite infettiva felina38 (FIPV), il coronavirus umano OC4339 (HCoV-OC43), grave sindrome respiratoria acuta40 (SARS-CoV), e sindrome respiratoria del Medio Oriente coronavirus41 (MERS-CoV), tra gli altri.
Nel protocollo qui descritto sono presenti due passaggi critici da considerare. Una considerazione importante è l'identificazione di appositi siti di restrizione unici nel genoma virale che sono assenti nel plasmide BAC. Se non sono disponibili siti di restrizione adeguati, è possibile generare nuovi siti di restrizione durante la progettazione della clonazione mediante l'introduzione di mutazioni mutiadi silenziosi. Un'altra questione importante è che i plasmidi BAC sono presenti in una o due copie per cellula, e quindi, basse rese di plasmidi BAC con un'elevata contaminazione del DNA genomico batterico sono ottenuti utilizzando protocolli standard progettati per plasmidi medio-copia-numero. Questo potenziale problema è facilmente superata utilizzando grandi volumi di coltura e purificando il plasmide BAC con un kit commerciale sviluppato appositamente per la purificazione BAC.
In sintesi, abbiamo sviluppato un potente approccio genetico inverso basato sull'uso di un BAC che potrebbe essere adattato per generare cloni di cDNA infettivi stabili e completamente funzionali di altri virus dell'RNA a filamento positivo per facilitare lo studio della biologia di questi virus e lo sviluppo di vaccini e/o per facilitare l'identificazione dei farmaci antivirali.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Gli autori desiderano ringraziare Carla Gàmez per la sua assistenza tecnica nella generazione di cloni BAC cDNA e Snezhana Dimitrova per aver aiutato con la preparazione video. Questo lavoro è stato sostenuto in parte dalle sovvenzioni del Ministero spagnolo dell'Economia e della Competitività (MINECO, numero di sovvenzione BFU2016-79127-R) alla F.A.T. e dagli Istituti Nazionali di Sanità (NIH, numero di sovvenzione 1R21AI120500) a L.M.S. e F.A.T.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1. Molecular Biology Reagents | |||
Afe I | New England BioLabs | R0652S | 10,000 units/mL |
AmpliTaq DNA Polymerase | ThermoFisher Scientific (Applied Biosystems) | N8080161 | 5,000 Units/mL |
ApaL I | New England BioLabs | R0507S | 10,000 units/mL |
Asc I | New England BioLabs | R0558S | 10,000 units/mL |
BamH I | New England BioLabs | R0136S | 10,000 units/mL |
BstB I | New England BioLabs | R0519S | 20,000 units/mL |
Chloramphenicol | Sigma-Aldrich | C0378 | |
ElectroMAX DH10B Cells | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | 18290015 | Electocompetent DH10B cells |
Electroporation Cuvettes, 0.2 cm | Bio-Rad | 165-2086 | |
Ethanol | Merck | 100983 | Flamable |
Isopropanol | Merck | 109634 | Flamable |
Large-Construct Kit (10) | QIAGEN | 12462 | For high-purity BAC preparation |
LB Broth | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | 12780029 | Can be homemade as well |
LB with Agar | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | 22700041 | Can be homemade as well |
Methanol | Merck | 106009 | Flamable |
Mlu I | New England BioLabs | R0198S | 10,000 units/mL |
Oligonucleotides | IDT | N/A | |
Plasmid pBeloBAC11 | New England BioLabs | ER2420S (E4154S) | |
Plasmid Midi Kit (25) | QIAGEN | 12143 | For midle-scale preparation of BAC plasmids |
Pml I | New England BioLabs | R0532S | 20,000 units/mL |
Polypropylene tubes (10 mL) | DeltaLab | 175724 | Other commercial sources are acceptable |
QIAEX II Gel Extraction Kit (150) | QIAGEN | 20021 | Gel-clean-up kit optimized for DNA fragments larger than 10 kb |
Shrimp AlKaline Phosphatase (rSAP) | New England BioLabs | M0371S | 1,000 units/mL |
SOC Medium | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | 15544034 | Can be homemade as well |
Synthesis of cDNA fragments | Bio Basic | N/A | |
T4 DNA Ligase | Sigma-Aldrich (Roche) | 10481220001 | 1,000 units/mL |
2. Cell Culture Reagents | |||
6-Well Plates | ThermoFisher Scientific (Nunc) | 140675 | |
12-Well Plates | ThermoFisher Scientific (Nunc) | 150628 | |
24-Well Plates | ThermoFisher Scientific (Nunc) | 142485 | |
Agar Noble | VWR | 214230 | |
Alexa Fluor 488 Conjugate ant-mouse secondary antibody | Varies | N/A | |
Biotinylated Anti-Mouse Secondary Antibody | Varies | N/A | |
Cell Culture Dishes (100x21 mm) | ThermoFisher Scientific (Nunc) | 172931 | |
Conical Tubes (15 mL) | VWR | 525-0150 | |
Conical Tubes (50 mL) | VWR | 525-0155 | |
Crystal Violet | Sigma-Aldrich | C6158 | |
DAPI | Sigma-Aldrich | D9542 | Toxic and carcinogenic |
DEAE-Dextran | Sigma-Aldrich | D9885 | |
DMEM | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 11995065 | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | ThermoFisher Scientific (HyClone)) | SV30160.03 | |
Formaldehyde | Sigma-Aldrich | F8775 | Toxic and carcinogenic |
L-Glutamine | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 25030081 | |
Lipofectamine 2000 | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | 11668019 | Transfection reagent |
Nonessential amino acids | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 11140035 | |
Opti-MEM I Reduced Serum Medium | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 31985070 | Transfection medium |
Pan-flavivirus E protein mAb 4G2 | BEI Resources | NR-50327 | |
Paraformaldehyde | Electron Microscopy Sciences | 15710-S | Toxic and carcinogenic |
PBS | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 14190144 | |
Penicillin/Streptomycin | ThermoFisher Scientific (Gibco) | 15140122 | |
ProLong Gold Antifade Reagent | ThermoFisher Scientific (Invitrogen) | P10144 | |
Triton-X-100 | Sigma-Aldrich | T8787 | |
Vectastain ABC Kit | Vector Laboratories Inc | PK-4010 | Avidin/biotin-based peroxidase kit |
Vero Cells | ATCC | CCL-81 | |
ZIKV E Protein mAb 1176-56 | BioFront Technologies | BF-1176-56 | |
3. Equipment | |||
Agarose Gel Electrophoresis System | Bio-Rad | 1704468 | Other commercial sources are acceptable |
Class II Biosafety CO2 Cabinet | Varies | N/A | Other commercial sources are acceptable |
Desktop Refrigrated Centrifuge | Varies | N/A | |
Fluorescence Microscope | Varies | N/A | |
High-Speed Refrigrated Centrifuge | Varies | N/A | |
MicroPulser Electroporator | Bio-Rad | 1652100 | Other machines are acceptable |
SimpliAmp Thermal Cycler | ThermoFisher Scientific (Applied Biosystems) | A24811 | Other machines are acceptable |
Vortexer | Varies | N/A |
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